Keanekaragaman Genetik Padi (Oryza sativa L.) Lokal Sumatera Utara dengan Menggunakan Penanda Simple Sequence Repeat (SSR)

KEANEKARAGAMAN GENETIK PADI (Oryza sativa L.) LOKAL
SUMATERA UTARA DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA SIMPLE
SEQUENCE REPEAT (SSR)

ABSTRAK

Analisis keanekeragaman genetik padi lokal Sumatera Utara dapat dilakukan
dengan menggunakan penanda molekular, salah satunya adalah Simple Sequence
Repeat (SSR). Dalam penelitian ini digunakan 4 primer SSR yaitu primer RM 20,
RM 580, RM 413 dan RM 131 untuk menganalisis keanekaragaman genetik dari
11 koleksi padi lokal Sumatera Utara dan 1 koleksi padi hibrida. Alel-alel yang
diamplifikasi melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) dielektroforesis dengan
gel agarose. Total terdapat 82 pita DNA yang dideteksi dengan ukuran 200bp1769bp di seluruh primer yang diuji. Pita polimorfik tertinggi terdapat pada primer
RM 20 sebanyak 19 pita DNA dan pita polimorfik terendah pada primer RM 131
yaitu sebanyak 9 pita DNA. Persentase pita polimorfik yang paling tinggi diperoleh
pada primer RM 413 sebesar 84,61%. Data dikelompokkan dengan menggunakan
metode Unweight Pair Group Method with Arithme Average (UPGMA) untuk
menyajikan data dalam bentuk dendogram. Hasilnya menunjukkan terdapat 5
kelompok yang mengelompok secara acak dan berdasarkan sebaran wilayahnya,
dengan nilai koefisien kemiripan yang diperoleh sebesar 0,58-1,00 (58%-100%).
Kata kunci: Keanekaragaman genetik, Oryza sativa , penanda molekular, SSR

v
Universitas Sumatera Utara

GENETIC DIVERSITY OF LOCAL RICE (Oryza sativa L.) NORTH
SUMATERA WITH USE MARKER SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR)

ABSTRACT

Analysis genetic diversity of local rice Sumatera Utara can be done using molecular
markers, one of which is the Simple Sequence Repeat (SSR). The four primer SSR
is primer RM 20, RM 580, RM 413 and RM 131 used to this research for analysis
genetic diversity of 11 colection from local rice of Sumatera Utara and 1 colection
rice hybrid. Amplificafed alel with Polymerase Chain Reaction (PCR) had
electroforesis in gel agarose. The final totals get 82 band taht determinated by
200bp-1769bp in all primer. The higher polymorphic band in primer RM 20 as
many as 19 band DNA and the lowest polymorphic band in primer RM 131 as
many as 9 band DNA. The highest percentage of polymorphic band exist in primer
RM 413 as many as 84.61%. The data is grouped by using Unweight Pair Group
Method with Arithme Average (UPGMA) to present the data in the form

dendogram. The result shows that there are five groups with the similarity
coefficient values is 0.58 to 1.00 (58% -100%).
Keyword: genetic diversity, Oryza sativa , marker, SSR

vi
Universitas Sumatera Utara