Identifikasi Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan Pantai Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI)

IDENTIFIKASI MOLEKULER UNDUR-UNDUR LAUT
DARI PERAIRAN PANTAI CILACAP BERDASARKAN
MARKA GEN Cytochrome Oxidase Subunit I (COI)

AGUS ALIM HAKIM

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi
Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan Pantai Cilacap Berdasarkan Marka
Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) adalah benar merupakan hasil karya
saya dengan arahan dari dosen pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk
apapun kepada perguruan tinggi mana pun. Semua sumber informasi yang berasal
atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain
telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian

akhir skripsi ini.

Bogor, Juni 2014
Agus Alim Hakim
NIM C24100031

ABSTRAK
AGUS ALIM HAKIM. Identifikasi Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan
Pantai Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI).
Dibimbing oleh NURLISA A BUTET dan ALI MASHAR.
Undur-undur laut (Albunea symmysta) merupakan kepiting yang hidup pada
sedimen pasir pantai yang masih terkena pasang surut air laut. Fenomena cryptic
species dan complex species pada biota perairan seringkali menyebabkan
kesalahan identifikasi secara morfologi. Awal penentuan genus Albunea
mengalami ketidakpastian disebabkan keragaman morfologi. Penelitian ini
dirancang untuk mengidentifikasi dan menganalisis hubungan kekerabatan undurundur laut A. symmysta yang berasal dari perairan pantai Cilacap berdasarkan
marka molekuler gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Isolasi dan ekstraksi
menghasilkan dua DNA total yang kemudian diamplifikasi dengan PCR,
sekuensing gen COI, dan dihasilkan nukleotida dengan panjang 650 pb yang
bersifat conserve. Gen COI A. symmysta disejajarkan dengan beberapa gen COI

spesies lain yaitu ingroup dan outgroup (famili Hippidae) yang didapatkan dari
GenBank. Pensejajaran dilakukan dengan menggunakan software MEGA 5.0.
Konstruksi pohon filogeni memperlihatkan perbedaan yang jelas antara famili
Albuneidae dengan famili Hippidae. A. symmysta memiliki 158 situs nukleotida
spesifik sebagai penciri spesies.
Kata kunci : A. symmysta, COI, identifikasi molekuler

ABSTRACT
AGUS ALIM HAKIM. Molecular Identification of Mole Crabs from Cilacap
Coastal Waters Based on Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Supervised by
NURLISA A. BUTET and ALI MASHAR.
Mole crab (Albunea symmysta) as an infaunal organism inhabits tidalexposed sand sediment. Like other aquatic organisms, mole crab is destined to be
cryptic species and complex species often leading to morphologically
misidentification. Taxonomic identification for genus Albunea was uncertain due
to variation in morphology. This study was aimed at identifying and analizing the
phylogenetic relationship A. symmysta from Cilacap coastal waters based on
molecular genetic marker Cytochrome Oxidase subunit I (COI). Isolation and
extraction resulted in two intact DNA product which were amplified using
universal COI primer. There were 650 bp nucleotide sequences. COI gene
A..symmysta was aligned with other species catagorized as ingroup and outgroup

(family Hippidae) acquired from GenBank. Alignment was performed using
MEGA 5.0 software. Construction of phylogeny tree showed distinction between
Albuneidae and Hippidae. There were 158 specific nucleotides in A. symmysta.
Key words : A. symmysta, COI gene, molecular identification

IDENTIFIKASI MOLEKULER UNDUR-UNDUR LAUT
DARI PERAIRAN PANTAI CILACAP BERDASARKAN
MARKA GEN Cytochrome Oxidase Subunit I (COI)

AGUS ALIM HAKIM

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan
pada
Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR
2014

Judul Skripsi : Identifikasi Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan Pantai
Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase Subunit I
(COI)
Nama
: Agus Alim Hakim
NIM
: C24100031
Program Studi : Manajemen Sumber Daya Perairan

Disetujui oleh

Dr Ir Nurlisa A Butet, MSc
Pembimbing I

Ali Mashar, SPi MSi
Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir M Mukhlis Kamal, MSc
Ketua Departemen

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji syukur ke hadirat Allah SWT atas segala limpahan rahmat, hidayah,
serta inayah yang diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah
ini dengan judul Identifikasi Molekuler Undur-Undur Laut dari Perairan Pantai
Cilacap Berdasarkan Marka Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI).
Penulis menyampaikan terima kasih kepada:
1. Institut Pertanian Bogor yang telah memberikan kesempatan untuk studi.
2. Beasiswa BIDIK MISI yang telah memberikan dana pendidikan selama
perkuliahan.
3. Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Kementrian Pendidikan dan
Kebudayaan atas biaya penelitian melalui Biaya Operasional Perguruan
Tinggi Negeri (BOPTN), Anggaran Pendapatan Belanja Negara (APBN),
DIPA IPB Tahun Ajaran 2013, kode Mak : 2013. 089. 521219, Penelitian

Dasar untuk Bagian, Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi, Lembaga
Penelitan dan Pengabdian kepada Masyarakat, IPB.
4. Dr Ir Nurlisa A Butet, MSc sebagai ketua komisi pembimbing dan Ali
Mashar, SPi MSi sebagai anggota komisi pembimbing yang telah memberi
arahan dan masukan dalam penulisan karya ilmiah ini.
5. Dr Ir Yunizar Ernawati, MS selaku penguji tamu dan Dr Ir Niken Tunjung
Murti Pratiwi, MSi selaku komisi pendidikan Departemen Manajemen
Sumber Daya Perairan atas saran dan masukan yang sangat berarti.
6. Dr Ir Yonvitner, MSi sebagai dosen pembimbing akademik.
7. Keluarga: Bapak Mokh. Musodaq (Almarhum), Bapak Suhardi, Ibu Sulamah,
Mbak Rini (Almarhum), Mbak Nisa, Mas Anto, Mas Siswanto, In’am, Rizal,
dan Feri.
8. Sahabat Terbaik: Rizham, Dea, Dewi, Yuyun, Siska, Miftah, Wahyu, Bani,
Nia, Mbok e, Merry, Akrom, Ria, Theo, Rinrin, Hesvi, Tari, Ita, Fanny,
Ayu, Sari, Nina, Anis, Rivany, Febi, Hilmy, Lita, Noor, Mega, Anggun,
Ajeng, Annisa, Irza, Kiky, Aji, Runi, Wida, Ninda, Ruri, Raisha, Nunuh,
Lulu, Dwi, Laras, Serly, Nurul, Deni, Oci, Lufi, Sifa, Tiwi, Rifqi, Susi,
Dana, Hendra, Rana, Oka, Ohang, Dhito, Andini, Apri, Tya, Dhini, Inggar,
Dinta, Maida, bang Wahyu, bang Panji, ningsih, bang Genta, MSP 46,
MSP 48, dan MSP 49.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juni 2014
Agus Alim Hakim

DAFTAR ISI
DAFTAR GAMBAR
DAFTAR TABEL
DAFTAR LAMPIRAN
DARTAR ISTILAH
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Prosedur Penelitian
Analisis Data
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil

Pembahasan
SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
RIWAYAT HIDUP

v
v
v
vi
1
2
2
2
3
5
5
9

12
12
12
15
19

DAFTAR TABEL
1 Nilai rata-rata pada pengukuran morfologi Albunea symmysta jantan
dan betina
2 Klasifikasi Albunea symmysta, Hippa pacifica, Emerita
austroafricana, dan Emerita emeritus berdasarkan karakteristik
morfologi
3 Matriks jarak genetik fragmen gen COI pada Albunea symmysta,
Hippa pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita emeritus
berdasarkan metode pairwise distance

6

6

8

DAFTAR GAMBAR
1 Undur-undur laut (Albunea symmysta)
2 Lokasi pengambilan contoh di perairan pantai Cilacap
3 Pengujian hasil isolasi DNA total otot kaki Albunea symmysta pada
gel agarosa 1,2%, (kolom kiri) sampel 1; (kolom kanan) sampel 2
4 Elektroforesis DNA hasil pre-test produk PCR pada gel agarosa 1%,
kolom kiri sampai kanan : marker 1kb; sampel 1; sampel 2
5 konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen COI pada Albunea
symmysta, Hippa pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita
emeritus

3
3
7
7

9

DAFTAR LAMPIRAN
1 Hasil blast n gen COI Albunea symmysta
2 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Albunea symmysta
berdasarkan sekuen 457 pb yang dibandingkan dengan outgroup
3 Situs nukleotida mutasi gen COI Albunea symmysta 1 dan
Albunea symmysta 2

15
17
18

DAFTAR ISTILAH
barcode molekuler

:

BLAST n

:

complex species

:

conserve

:

cryptic species

:

delesi

:

DNA barcoding

:

GenBank

:

gen conserve

:

insersi

:

origin species

:

sekuensing

:

singleton

:

variable

:

urutan pendek dari basa nukleotida DNA yang dapat
digunakan untuk mengenali suatu spesies
(Basic Local Alignment Search Tool-nucleotide) pilihan menu
dari situs NCBI (National Center for Biotechnology
Information) yang digunakan untuk memastikan kebenaran
suatu spesies dan mengetahui kedekatan dengan spesies lain
satu spesies diklasifikasikan dalam beberapa nama spesies
akibat keragaman morfologi yang kompleks
basa nukleotida yang bersifat tetap dari setiap spesies dalam
satu situs hasil pensejajaran
dua atau lebih spesies yang berbeda diklasifikasikan dalam
satu nama spesies akibat karakteristik morfologi yang samar
suatu jenis mutasi di mana satu atau lebih nukleotida yang
hilang dari suatu genom
metode identifikasi molekuler yang didasarkan pada urutan
pendek basa nukleotida, segmen standar genom yang dapat
memberikan barcode biologis yang memungkinkan identifikasi
ditingkat spesies
situs NCBI yang memuat informasi dasar mengenai
bioteknologi (termasuk informasi dasar DNA)
gen yang berevolusi sangat lambat, sedikit mengalami delesi,
dan insersi dalam sekuennya, serta variasi yang sedikit
suatu jenis mutasi di mana satu atau lebih nukleotida yang
masuk ke dalam genom
pusat penyebaran spesies yang menunjukkan asal spesies pada
lokasi berbeda
sebuah prosedur untuk menentukan urutan nukleotida dalam
sampel DNA yang berguna dalam taksonomi, identifikasi, dan
karakterisasi
satu basa nukleotida yang berbeda dari spesies lain dalam satu
situs hasil pensejajaran
basa nukleotida yang berbeda dari setiap spesies dalam satu
situs dari hasil pensejajaran yang merupakan ciri khusus
spesies

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Undur-undur laut (Mole Crab) merupakan kepiting dari ordo Decapoda
yang hidup pada sedimen pasir di perairan pantai yang masih terkena pasang surut
air laut (Boyko 2002). Undur-undur laut ditemukan di berbagai perairan Indopasifik (Boyko and Harvey 1999), seperti pantai Jawa, Bengkulu, dan Maluku
(Boyko 2002). Undur-undur laut juga ditemukan di perairan pantai Cilacap.
Undur-undur laut dengan nama lokal yutuk, memiliki potensi ekonomi bagi
masyarakat sekitar berupa olahan makanan khas bagi pariwisata pantai di
Kabupaten Cilacap. Penangkapannya dilakukan oleh warga setempat dengan alat
tangkap tradisional berupa sorok bambu dan jaring sodo. Terdapat tiga jenis
yutuk hasil tangkapan nelayan di perairan pantai Cilacap, yaitu Emerita emeritus
dan Hippa adactyla yang dominan ditemukan, serta Albunea symmysta yang
ditemukan dalam jumlah sedikit.
Penelitian mengenai undur-undur laut di dunia telah banyak dilakukan
meliputi aspek pertumbuhan (Fusaro 1978; Sastre 1991), kandungan logam berat
(Perez 1999), reproduksi (Kanagalakshmi 2011), kebiasaan makan (Wenner 1977),
dinamika populasi (Defeo and Cardoso 2002; Petracco et al. 2003), komposisi
spesies (Phasuk and Boonruang 1975), distribusi (Boyko and Harvey 1999), dan
filogenetik molekuler (Haye et al. 2002). Di Indonesia, penelitian mengenai
undur-undur laut belum banyak dilakukan. Fenomena cryptic species dan
complex species yang umumnya terjadi pada biota perairan sering kali
menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologi (Bickford et al. 2006),
seperti fenomena cryptic species pada ikan pari (Arlyza et al. 2013) dan fenomena
complex species pada kerang raksasa (Su et al. 2014). Oleh karena itu diperlukan
metode yang lebih akurat untuk menghindari kesalahan identifikasi.
Teknik DNA barcoding dapat digunakan dalam identifikasi suatu organisme
mulai spesies hingga subspesies secara akurat terhadap berbagai spesies yang sulit
dibedakan secara morfologi (Tudge 2000). Hasil DNA barcoding berupa sebuah
barcode molekuler dari sekuen pendek DNA untuk mengenali suatu spesies
(Hajibabaei et al. 2007). Gen Cythocrome Oxsidase subunit I (COI) pada DNA
mitokondria dapat dijadikan sebagai marka molekuler untuk penentuan spesies.
COI pada mitokondria merupakan gen yang berevolusi sangat lambat (Solihin
1994). Gen tersebut sedikit mengalami delesi dan insersi dalam sekuennya, serta
variasi yang sedikit sehingga dapat digunakan sebagai DNA barcoding (Hebert et
al. 2003). Hubungan kekerabatan antarspesies dapat dianalisis secara filogenetik
menggunakan DNA mitokondria (Avise et al. 1987).
Penentuan genus Albunea pada awal tahun 1800-an mengalami
ketidakpastian disebabkan adanya keragaman morfologi pada periopod (Boyko
and McLaughlin 2010). Permasalahan taksonomi berdasarkan morfologi tersebut
telah dapat diselesaikan dan diklasifikasikan Albunea dalam famili Albuneidae
(Boyko 2002). Pendekatan molekuler belum pernah membuktikan bahwa genus
Albunea berasal dari famili yang berbeda dari famili Hippidae, sehingga
diperlukan kajian mengenai molekuler untuk spesies A. symmysta. Hasil DNA
barcoding dari penelitian ini dapat dijadikan sebagai informasi identitas molekuler

2
A. symmysta. Sekuen nukleotida A. symmysta dari perairan pantai Cilacap dapat
dijadikan pedoman untuk mengidentifikasi situs-situs nukleotida yang bermutasi
dan spesifik pada spesies yang sama di lokasi berbeda. Data tersebut dapat
memberi informasi mengenai spesies origin dari A. symmysta.

Perumusan Masalah
Fenomena cryptic species dan complex species pada biota akuatik seringkali
dapat mengakibatkan kesalahan dalam identifikasi berdasarkan karakter morfologi.
Kepastian taksonomi (taxonomy certainty) sangat diperlukan dalam menentukan
pengelolaan suatu sumber daya. Pendekatan molekuler menjadi salah satu cara
untuk mengatasi masalah tersebut. DNA barcoding merupakan salah satu metode
untuk mengidentifikasi spesies secara cepat dan akurat, dengan menggunakan
fragmen sekuen nukleotida.
Habitat undur-undur laut (mole crab) ditemukan di pantai Cilacap yang
terletak di pesisir selatan Jawa Tengah dengan salah satu spesies yang ditemukan
adalah Albunea symmysta. Penentuan klasifikasi genus Albunea berdasarkan
karakteristik morfologi pernah mengalami ketidakpastian. Saat ini sudah
dipastikan bahwa genus Albunea berasal dari famili yang berbeda dari famili
Hippidae, tetapi pendekatan molekuler belum pernah membuktikan hal tersebut.
Oleh sebab itu, diperlukan adanya kajian DNA barcoding untuk mengetahui situs
nukleotida spesifik spesies A. symmysta di daerah pantai Cilacap.

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi nukleotida spesifik Albunea
symmysta yang berasal dari perairan pantai Cilacap dan menganalisis hubungan
kekerabatan dengan undur-undur laut lainnya dari superfamily Hippoidea
berdasarkan marka molekuler gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI).

METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Penelitian dilaksanakan mulai bulan Desember 2013 hingga Februari 2014
di Laboratorium Biologi Molekuler Departemen Manajemen Sumber Daya
Perairan Lantai 4 dan Laboratorium Terpadu Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

3
Prosedur Penelitian
Pengambilan Sampel
Pengambilan sampel dilakukan pada bulan November 2014. Undur-undur
laut (Albunea symmysta) (Gambar 1) diambil dari perairan pantai Cilacap
(Gambar 2) menggunakan alat tangkap tradisional yaitu sorok bambu dan jaring
sodo.

Gambar 1 Undur-undur laut (Albunea symmysta)

Gambar 2 Lokasi pengambilan sampel di perairan pantai Cilacap

4
Sampel undur-undur laut kemudian dimasukkan ke dalam tabung koleksi
berukuran 100 ml yang berisi alkohol 96% dan dibawa ke Laboratorium Biologi
Molekuler Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan Fakultas Perikanan
dan Ilmu Kelautan untuk analisis molekuler.
Identifikasi Morfologi
Identifikasi morfologi meliputi beberapa parameter, seperti bobot, panjang
total, panjang lurus, panjang karapas, panjang telson, lebar karapas, lebar telson,
serta panjang kaki depan kiri dan kanan dari undur-undur laut. Karakteristik
morfologi undur-undur laut diamati dan disamakan dengan karakteristik yang
terdapat di buku identifikasi kepiting genus Albunea (Boyko 2002). Karakteristik
yang disamakan berupa morfometrik dan meristik undur-undur laut yang menjadi
ciri khas spesies.
Isolasi dan Ekstraksi DNA
Lima belas sampel undur-undur laut yang telah diawetkan dalam alkohol
96% diambil otot periopod pertama dengan bobot 30 mg dan dicuci untuk
menghilangkan kandungan alkohol. Sempel otot tersebut kemudian dikeringkan
dan dimasukkan kedalam microtube untuk dilakukan proses isolasi dan ekstraksi
DNA. Isolasi dan ekstraksi DNA dilakukan menggunakan kit komersil (Gene
Aid) berdasarkan manual pabrik dengan beberapa modifikasi.
Uji Kualitas DNA
Kualitas DNA diuji pada gel agarosa 1,2% dengan menggunakan larutan
buffer TAE1x. Cetakan DNA total yang dipakai sebanyak 2,5 μl. Visualisasi
DNA total dilakukan dengan menggunakan mesin ultraviolet (Butet 2013).
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA Gen COI
DNA yang memiliki kualitas yang baik layak dijadikan sebagai cetakan
untuk amplifikasi fragmen DNA gen COI dengan teknik PCR (Polymerase Chain
Reaction) menggunakan kit komersial Kapa Extra Hot Start. Primer yang
digunakan adalah primer universal untuk beberapa biota akuatik yang didisain
oleh Butet (2013, unpublish data).
Amplifikasi dilakukan pada suhu
predenaturasi 94 0C selama 5 menit, suhu denaturasi 94 0C selama 45 detik, suhu
annealing 53 0C selama 1 menit, suhu elongasi 72 0C selama 1 menit, suhu
pascaelongasi 72 0C selama 5 menit, dan suhu penyimpanan 15 0C selama 10
menit. Produk PCR kemudian divisualisasi menggunakan gel agarosa 1,2% pada
mesin ultraviolet.
Pengurutan Produk PCR (Sekuensing) DNA A. symmysta Gen COI
Produk PCR yang memiliki kualitas baik layak dilanjutkan ke tahap
sekuensing untuk ditentukan sekuen basa nukleotidanya. Sekuensing dilakukan
menggunakan metode Sanger (1977) dengan mengirimkan produk PCR tersebut
ke perusahaan jasa pelayanan sekuensing.

5
Analisis Data
Pensejajaran Sekuen Nukleotida Gen COI A. symmysta
Sekuen nukleotida hasil sekuensing disejajarkan dengan menggunakan
metoda Clustal W yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011).
Sekuen nukleotida gen COI A. symmysta dengan primer forward dan reverse
diedit dan dianalisis untuk mendapatkan sekuen DNA dari gen COI tersebut.
Sebagai ingroup, sekuen gen COI A. symmysta hanya disejajarkan antara sampel 1
dan sampel 2 karena sekuens gen COI untuk spesies lain dalam genus Albunea
maupun famili Albuneidae tidak ditemukan di GenBank. Sebagai outgroup,
sekuen gen COI A. symmysta disejajarkan dengan beberapa spesies dari famili
selain Albuneidae, yaitu famili Hippidae yang meliputi Hippa pacifica
(AF246161.1), Emerita austroafricana (AF246160.1), dan Emerita emeritus
(AF246159.1). Sekuen gen COI spesies-spesies dari famili Hippidae tersebut
diunduh dari data GenBank.
Jarak Genetik
Jarak genetik sekuen gen COI antara A. symmysta dan spesies lain dari
famili Hippidae dihitung menggunakan metode pairwise distance yang terdapat
pada program MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Hasil perhitungan jarak genetik
disajikan dalam bentuk matriks data yang dapat digunakan untuk analisis
hubungan kekerabatan antarspesies berdasarkan pohon filogeni.
Analisis Filogeni
Analisis filogeni A. symmysta dikonstruksi antara gen COI A. symmysta
dengan H. pacifica, E. austroafricana, dan E. emeritus. Konstruksi pohon
filogeni menggunakan metode bootstrapped Neighbour-Joinning (NJ) dengan
1000 kali pengulangan yang terdapat pada program MEGA 5.0 (Tamura et al.
2011).

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Taksonomi Berdasarkan Morfologi
Identifikasi secara morfologi dilakukan dengan mengukur beberapa
parameter karakteristik morfologi undur-undur laut A. symmysta. Perbedaan
spesies A. symmysta jantan dan betina terlihat dari bentuk telson. Nilai rata-rata
hasil pengukuran disajikan pada Tabel 1.
Nilai rata-rata hasil pengukuran bobot, panjang total, panjang lurus, panjang
karapas, panjang telson lebar karapas, lebar telson, dan panjang kaki depan antara
jantan dan betina tidak mengalami perbedaan yang jauh. Identifikasi secara
morfologi juga dilakukan dengan menyamakan karakteristik morfologi undurundur laut dengan karakteristik yang ada di buku identifikasi kepiting.
Karakteristik tersebut yaitu sifat morfometrik dan meristik undur-undur laut

6
sehingga didapatkan nama spesies dari tingkatan paling umum, yaitu mulai dari
tingkat kingdom hingga tingkat spesies.
Tabel 1 Nilai rata-rata pada pengukuran morfologi Albunea symmysta jantan dan
betina
Panjang Kaki
Depan (mm)
Kiri
Kanan

Bobot
(gram)

Panjang
Total
(mm)

Panjang
Lurus
(mm)

Panjang
Karapas
(mm)

Panjang
Telson
(mm)

Lebar
Karapas
(mm)

Lebar
Telson
(mm)

Jantan

5,47

34,73

33,73

27,91

18,45

26,64

6,18

21,73

21,73

Betina

5,68

34,42

33,36

27,03

17,88

26,85

7,19

22,66

22,63

Jenis
Kelamin

Identifikasi secara morfologi dapat membuktikan kepastian taksonomi dari
suatu organisme. Hasil identifikasi secara morfologi menunjukkan bahwa spesies
yang diamati adalah benar bernama Albunea symmysta. Perbandingan klasifikasi
A. symmysta dengan beberapa spesies dari undur-undur laut lain yang masih
dalam satu ordo Decapoda dapat diketahui hubungan kekerabatan berdasarkan
karakteristik morfologi (Tabel 2).
Tabel 2 Klasifikasi Albunea symmysta, Hippa pacifica, Emerita austroafricana,
dan Emerita emeritus berdasarkan karakteristik morfologi
Kingdom
Filum
Subfilum
Kelas
Ordo
Famili
Genus
Spesies

Albuneidae
Albunea
Albunea
symmysta
(Linnaeus 1758)

Animalia
Arthropoda
Crustacea
Malacostraca
Decapoda
Hippidae
Hippa
Emerita
Hippa
Emerita
Emerita
pacifica
austroafricana
emeritus
(Dana 1852)
(Schmitt 1937)
(Linnaeus 1767)

Beberapa klasifikasi spesies yang masih dalam satu ordo Decapoda
ditentukan berdasarkan kemiripan morfologi, yaitu Albunea symmysta, Hippa
pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita emeritus. Spesies pada genus
Emerita memiliki kemiripan dengan spesies dalam genus Hippa sehingga
memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat secara morfologi. Ketiga
spesies tersebut memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dari A. symmysta
karena berbeda famili.
DNA Total
Isolasi dan ekstraksi DNA dari 15 sampel undur-undur laut (Albunea
symmysta) menghasilkan 2 sampel dengan kualitas DNA yang baik. Penentuan
kualitas tersebut telah dilakukan melalui pengujian terhadap DNA total pada
agarosa 1,2% (Gambar 3).
Sampel 1 dan sampel 2 memiliki kualitas DNA yang baik. Kualitas DNA
yang baik ditunjukkan dengan pita DNA yang terang. DNA yang memiliki
kualitas baik tersebut layak dijadikan sebagai cetakan untuk amplifikasi gen COI
dengan menggunakan teknik PCR.

7

pita DNA

Gambar 3 Pengujian hasil isolasi DNA total otot kaki Albunea symmysta pada gel
agarosa 1,2%, (kolom kiri) sampel 1; (kolom kanan) sampel 2
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA Gen COI
Amplifikasi fragmen DNA gen COI dilakukan dengan penempelan primer
pada suhu optimum sebesar 53ºC. Gen COI target amplifikasi berukuran antara
500-750 pb (Gambar 4).
Selanjutnya 2 sampel DNA dimurnikan dan
disekuensing sehingga diperoleh kualitas sekuen nukleotida yang baik.

750 pb
500 pb

Gambar 4 Elektroforesis DNA hasil pre-test produk PCR pada gel agarosa 1%,
kolom kiri sampai kanan : marker 1kb; sampel 1; sampel 2
Sekuensing DNA dan Pensejajaran Sekuen Nukleotida Gen COI A. symmysta
Berdasarkan hasil sekuensing gen COI A. symmysta dan hasil pensejajaran
dengan primer forward dan reverse, didapatkan panjang nukleotida yang
dihasilkan sampel 1 dan 2, masing-masing 642 dan 630 bp. Kedua sekuen
nukleotida tersebut kemudian disejajarkan sehingga didapatkan nukleotida
sepanjang 650 bp.
Hasil analisis menggunakan program MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011)
diperoleh komposisi basa nukleotida yang terdiri dari 28,7% basa timin (T),
32,8% basa adenin (A), 15,6% basa sitosin (C) dan 22,9% basa guanin (G).
Komposisi basa nukleotida purin (guanin dan adenin) memiliki jumlah yang lebih
tinggi dari pada basa nukleotida purimidin (sitosin dan timin) yaitu sebesar 55,7%.
Sekuen nukleotida gen COI A. symmysta diunggah pada BLAST n (Basic
Local Alignment Search Tool- nucleotide) pada situs NCBI (National Center for
Biotechnology Information) untuk memastikan kebenarannya dan mengetahui

8
kedekatannya dengan spesies lain. Sampel A. symmysta memiliki kedekatan
dengan Emerita emeritus (GenBank: AF246159.1) sebesar 96% (Lampiran 1).
Data dari GenBank menunjukkan bahwa belum ada sekuen gen COI dari spesies
yang terdapat di dalam famili Albuneidae, sehingga untuk analisis filogeni
digunakan ingroup spesies A. symmysta sendiri.
Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI dengan spesies dari famili
Hippidae menghasilkan nilai conserved, variabel, dan singleton, masing-masing
sebesar 31,5% (144/457), 68,05% (311/457), dan 23,4% (107/457). Nilai variabel
menunjukkan bahwa terdapat variasi basa nukleotida antara A. symmysta dengan
spesies outgroup yang merupakan karakteristik pembeda dari masing-masing
spesies.
Analisis Filogeni Gen COI A. symmysta
Jarak genetik fragmen gen COI antara A. symmysta dengan spesies lain dari
famili Hippidae berkisar antara 0,576-0,613. Jarak genetik menggambarkan
hubungan kekerabatan antarspesies (Tabel 3).
Tabel 3 Matriks jarak genetik fragmen gen COI pada Albunea symmysta, Hippa
pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita emeritus berdasarkan
metode pairwise distance

Albunea symmysta 1
Albunea symmysta 2
Hippa pacifica
Emerita austroafricana
Emerita emeritus

Albunea
symmysta
1

Albunea
symmysta
2

0,165
0,596
0,576
0,600

0,613
0,586
0,610

Hippa
pacifica

0,186
0,169

Emerita
austroafricana

Emerita
emeritus

0,131

Perbandingan antara A. symmysta dengan spesies outgroup, didapatkan nilai
jarak genetik terendah antara A. symmysta sampel 1 dan 2 yaitu sebesar 0,165.
Jarak genetik tertinggi antara A. symmysta dengan Hippa pacifica sebesar 0,613.
Data dari matriks tersebut digunakan untuk analisis hubungan kekerabatan
berdasarkan pohon filogeni. Konstruksi pohon filogeni ini menunjukkan bahwa
famili Albuneidea terpisah nyata dari famili Hippidae dengan nilai jarak genetik
sebesar 0,597 (Gambar 5).
Pohon filogeni A. symmysta, H. pacifica, E. austroafricana, dan E. emeritus
dikonstruksi berdasarkan jarak genetik pairwise distance dari basa-basa
nukleotida COI yang menunjukkan hubungan kekerabatan antar spesies. Ingroup
intraspesies A. symmysta memiliki hubungan yang erat. Cabang pohon filogeni
untuk famili Hippidae menunjukkan hubungan kekerabatan yang erat di dalam
genus yang sama.

9

Gambar 5 Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen COI pada Albunea
symmysta, Hippa pacifica, Emerita austroafricana, dan Emerita
emeritus
Nukleotida Spesifik Gen COI A. symmysta
Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI dengan spesies dari famili
Hippidae didapatkan situs spesifik dari A. symmysta (Lampiran 2). Situs spesifik
tersebut merupakan basa nukleotida spesifik dari A. symmysta sebagai penciri
yang dapat membedakan dengan spesies dari famili Hippidae. Terdapat 158 situs
nukleotida yang spesifik dari spesies A. symmysta yang menunjukkan adanya
evolusi spesifik pada A. symmysta.
Situs Mutasi Gen COI A. symmysta
Pensejajaran sekuen nukleotida gen COI A. symmysta sampel 1 dan sampel
2 didapatkan situs mutasi dari A. symmysta (Lampiran 3). Situs mutasi tersebut
merupakan basa nukleotida A. symmysta yang mengalami perubahan berupa
insersi dan delasi. Terdapat 40 situs nukleotida mutasi pada spesies A. symmysta
yang terdiri dari 20 situs nukleotida yang mengalami insersi dan 20 situs
nukleotida yang mengalami delesi.

Pembahasan
Identifikasi morfologi terhadap spesies yang diamati menunjukkan bahwa
spesies ini termasuk dalam genus Albunea dengan nama spesies Albunea
symmysta. Nama spesies dapat ditentukan secara jelas dengan adanya buku
identifikasi genus Albunea yang mencantumkan secara detail karakteristik
morfologi dari masing-masing spesies (Boyko 2002). Fenomena cryptic species
pada udur-undur laut yang memiliki keberagaman morfologi yang kompleks
berupa bentuk periopod, mengakibatkan ketidakpastian dalam penentuan genus
Albunea pada awal tahun 1800-an (Boyko and McLaughlin 2010). Klasifikasi
spesies undur-undur laut berdasarkan karakteristik morfologi dapat
memungkinkan terjadinya kesalahan dengan adanya fenomena tersebut.
Boyko (2002) dapat menyelesaikan permasalahan taksonomi tersebut dan
mengklasifikasikan Albunea dalam famili Albuneidae. Kesamaan famili
Albuneidae dengan undur-undur laut dalam famili yang berbeda dicirikan pada
bentuk karapas yang membujur, bentuk kaki pertama hingga keempat berliku
(cekung), dan kebiasaan hidup meliang dalam pasir. Perbedaan paling nyata

10
famili Albuneidae dengan famili lain pada bentuk kaki pertama subchelate dengan
struktur seperti penjepit (capit) (FAO 1998). Pembuktian bahwa genus Albunea
berasal dari famili yang berbeda dengan famili Hippidae belum pernah dilakukan
dengan pendekatan molekuler.
Identifikasi molekuler dari A. symmysta dengan menggunakan sekuen gen
COI telah dipastikan kebenaran dan kedekatannya dengan spesies lain
berdasarkan pengunggahan pada BLAST n (Basic Local Alignment Search Toolnucleotide) pada situs NCBI (National Center for Biotechnology Information).
Sampel A. symmysta memiliki kedekatan dengan Emerita emeritus sebesar 96%.
Menurut Herbert et al. (2003), perbedaan jarak genetik antara A. symmysta dengan
spesies lainnya yang diperoleh dari GenBank sebesar ± 4% menunjukkan bahwa
secara molekuler dipastikan A. symmysta berbeda spesies dengan Emerita
emeritus dan Hippa adactyla dari famili Hippidae.
15 sampel undur-undur diisolasi dan dihasilkan 2 sampel DNA yang
memiliki kualitas baik sehingga layak dilanjutkan hingga tahap sekuensing.
Pengujian kemiripan dan kedekatan dilakukan dengan mengunggah basa
nukleotida hasil penelitian pada situs NCBI. Hasil tersebut menunjukkan bahwa
spesies yang dimati berbeda dengan undur-undur laut spesies lainnya. 2 sampel
yang diteliti telah dapat mewakili dalam identifikasi A. symmysta secara
molekuler.
Konstruksi pohon filogeni A. symmysta dengan outgroup menunjukkan
bahwa terjadi pemisahan secara jelas antara famili Albuneidea dengan famili
Hippidae dengan nilai jarak genetik sebesar 0,597. Penelitian ini berhasil
membuktikan bahwa terjadi suatu pemisahan secara jelas antara famili Albuneidae
dengan famili Hippidae berdasarkan konstruksi pohon filogeni tersebut. Selain itu,
dapat menguatkan identifikasi morfologi mengenai pengklasifikasikan Albunea
dalam famili Albuneidae. Penggunaan gen COI dalam identifikasi secara
molekuler berhasil mengidentifikasi A. symmysta karena gen tersebut bersifat
conserve (Herbert et al. 2003).
Menurut FAO (1998), secara morfologi, famili Albuneidae lebih tua dari
familli Hippidae. Hal tersebut dikuatkan dengan bentuk konstruksi pohon filogeni
pada penelitian ini. Kemungkinan awal evolusi undur-undur laut dimulai dari
famili Albuneidae yang terpisah dan hidup di lokasi yang berbeda. Fragmentasi
habitat menyebabkan terjadinya perubahan genetik (Moreira 2009). Fragmentasi
habitat tersebut dapat disebabkan oleh proses-proses geologis yang dapat merubah
keanekargaman hayati. Akibat fragmentasi, dalam kurun waktu yang relatif lama,
famili Albuneidae tersebut berevolusi menjadi famili lain yang diakibatkan oleh
tekanan lingkungan.
Hasil DNA barcoding undur-undur laut (A. symmysta) yang berasal dari
perairan pantai Cilacap ini dapat dijadikan sebagai informasi dasar untuk
menentukan status taksonomi A. symmysta dari perairan lainnya. Situs nukeotida
pada A. symmysta memiliki ciri yang berbeda dari spesies outgroup. Menurut
Maddison (1984), penggunaan outgroup berfungsi sebagai faktor koreksi dalam
penentuan karakter diantara ingroup yang ada.
Sekuen nukleotida pada gen COI A. symmysta menunjukkan bahwa urutan
nukleotida yang bersifat conserve pada level spesies. Keberadaan 158 situs
nukleotida spesifik menjadi penciri spesies A. symmysta yang menunjukkan
adanya evolusi spesifik pada A. symmysta.

11
Sekuen nukleotida gen COI A. symmysta mengalami mutasi berupa insersi
dan delasi. Terdapat 40 situs nukleotida mutasi pada spesies A. symmysta. Mutasi
yang terjadi antara kedua basa nukleotida gen COI A. symmysta tersebu bersifat
silent. Menurut Simon (1994), silent mutation adalah gen yang mengalami
banyak substitusi pada sekuen nukleotida tetapi tidak berpengaruh pada identitas
asam amino. Jika identitas asam amino tersebut berubah, maka terjadi perubahan
dalam pembentukan enzim yang dapat berpengaruh pada morfologi. Mutasi yang
terjadi pada A. symmysta bersifat silent sehingga tidak merubah bentuk morfologi
dari A. symmysta.
Komposisi basa nukleotida A. symmysta didominasi oleh basa purin (guanin
dan adenin) sebesar 55,7%. Basa nukleotida A. symmysta juga didominasi oleh
ikatan basa A (adenin) dan basa T (timin). Ikatan hidrogen A-T terdiri dari 2
ikatan hidrogen yang bersifat lebih lemah dibandingkan dengan ikatan hidrogen
G-C yang memiliki 3 ikatan hidrogen (Jusuf 2001). Komposisi basa nukleotida A.
symmysta tersebut menunjukkan bahwa ikatan tersebut mudah terpisah sehingga
kemungkinan terjadinya mutasi pada spesies A. symmysta lebih tinggi.
Kepastian taksonomi (taxonomy certainty) sangat diperlukan dalam
menentukan pengelolaan suatu sumber daya. Suatu spesies yang memiliki
taksonomi secara morfologi yang sudah jelas, perlu dilakukan identifikasi secara
molekuler guna mengetahui urutan basa nukleotida. Hasil urutan basa nukleotida
ini dapat digunakan untuk mengetahui perkembangan evolusi dan mutasi dari
spesies tersebut.
Komposisi hasil tangkapan undur-undur laut yang ditemukan di Cilacap
memiliki kesamaan dengan komposisi undur-undur laut yang ditemukan di
Thailand. Perairan Provinsi Phuket dan Phangnga memiliki 3 jenis undur-undur
laut sama seperti yang ada di Cilacap, yaitu Emerita emeritus, Hippa adactyla,
dan Albunea symmysta (Phasuk and Boonruang 1975). Hal tersebut merupakan
penemuan baru. Lokasi yang memiliki komposisi 3 spesies sekaligus, jarang
ditemukan di lokasi lain. Indonesia dan Thailand memiliki kesamaan iklim yaitu
negara beriklim tropis yang memiliki perbedaan komposisi dari negara yang
beriklim subtropis. Negara subtropis biasanya hanya ditemukan satu jenis undurundur laut.
Identifikasi molekuler dari penelitian ini telah menunjukan kepastian
taksonomi (taxonomy certainty) dari Albunea symmysta, sehingga dapat
ditentukan pengelolaan yang tepat. Basa nukleotida A. symmysta hasil penelitian
ini dapat dibandingkan dengan penelitian lain di lokasi yang berbeda, sehingga
akan terlihat perbedaan sekuen basa nukleotida yang muncul (insersi) dan hilang
(delesi) dan dapat diketahui spesies asal atau pusat penyebaran spesies.
Penurunan keragaman genetik bisa terjadi secara alami melalui penghanyutan gen.
Penghanyutan gen (random genetic drift) menggambarkan perubahan secara acak
di dalam suatu populasi yang mengakibatkan penurunan keragaman genetik dari
generasi ke generasi yang bukan disebabkan oleh tekanan lingkungan tetapi
karena adanya mutasi secara murni (Singleton and Sainsbury 2006). Selain itu,
informasi genetik ini dapat digunakan sebagai dasar penentuan genetika populasi
dan pengkajian stok dari A..symmysta. Jika suatu kawasan memiliki keragaman
genetik yang rendah dari undur-undur laut (A..symmysta) akibat tekanan
inbreeding dan outbreeding, maka perlu dilakukan konservasi terhadap spesies
tersebut.

12

KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Albunea symmysta memiliki 158 situs spesifik yang dapat membedakan
dengan undur-undur laut spesies lain pada famili Hippidae, sehingga basa
nukleotida A. symmysta ini dapat digunakan sebagai acuan identifikasi untuk
populasi undur-undur laut dari lokasi yang berbeda.

Saran
Informasi genetik A. symmysta harus dikaji lebih lanjut dengan
menggunakan gen penanda lainnya sehingga didapatkan genom utuh A. symmysta.
Selain itu, sekuen basa nukleotida tersebut dapat digunakan untuk merancang
primer gen COI spesifik untuk A. symmysta.

DAFTAR PUSTAKA
Avise JC, Arnold J, Ball AM, Bermingham E, Lamb T, Neigel JE, Reeb CA,
Saunders NC. 1987. Intraspecific phylogeography: the mitochondrial DNA
bridges I between population genetics and systematics. Ann. Rev. Ecol.
Syst. 18:489-522.
Arlyza IS, Shen KN, Solihin DD, Soedharma D, Berrebi P, Borsa P. 2013.
Species boundaries in the Himantura uarnak species complex
(Myliobatiformes: Dasyatidae). Mol. Phyl. Evol. 66:429–435.
Bickford D, Lohman DJ, Sodhi NS, Ng PKL, Meler R, Winker K, Ingram KK,
Das I. 2006. Cryptic species as a window on diversity and conservation.
Ecology and Evolution. 22:148-155.
Boyko CB, Harvey AW. 1999. Crustacea Decapoda: Albuneidae and Hippidae of
the tropical Indo-West Pacific region, in Crosnier A. (ed.), Résultats des
Campagnes MUSORSTOM. Volume 20. Mémoires du Muséum national
d’Histoire naturelle. 180:379-406.
Boyko CB. 2002. A worldwide revision of the recent and fossil sand crabs of the
Albuneidae Stimpson and Blepharipodidae, new family (Crustacea:
Decapoda: Anomura: Hippoidea). Bulletin of the American Museum of
Natural History. 272–396.
Boyko CB, McLaughlin PA. 2010. Annotated checklist of anomuran Decapod
Crustaceans of the world (exclusive of the Kiwaoidea and families
Chirostylidae and Galatheidae of the Galatheoidea) part VI–Hippoidea.
The Raffles Bulletin Of Zoology. 23:139–151.
Butet NA. 2013. Plastisitas fenotip kerang darah Anadara granosa L. dalam
merespon pencemaran lingkungan: studi kasus di Perairan Pesisir Banten
[disertasi]. Bogor (ID) : Institut Pertanian Bogor.

13
Defeo O, Cardoso RS. 2002. Macroecology of population dynamics and life
history traits of the mole crab Emerita brasiliensis in Atlantic sandy
beaches of South America. Mar Ecol Prog Ser. 239:169–179.
FAO. 1998. The Living Marine Resources Of The Western Central
Pacific :Volume 2. Cephalopods, Crustaceans, Holothurians And Sharks.
Carpenter KE, Niem VH, editor. Rome (IT): FAO.
Fusaro C. 1978. Growth rate of the sand crab, Emerita analoga, (Hippidae) in two
different environments. Fishery Bulletin. 76(2):369-375.
Hajibabaei M, Singer GAC, Hebert PDN, Hickey DA. 2007. DNA barcoding:
how it complements taxonomy, molecular phylogenetics and population
genetics. TRENDS in Genetics. 23(4):167-172.
Haye PA, Tam YK, Kornfield I. 2002. Molecular phylogenetics of mole crabs
(Hippidae : Emerita). Crustacean Biology. 22 (4):903-915.
Hebert PDN, Ratnasingham S, De Waard JR. 2003. Barcoding animal life:
cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species.
Proc R Soc. 270:96–99.
Jusuf M. 2001. Genetika I: Struktur dan Ekspresi Gen. Jakarta (ID): Sagung Seto.
Kanagalakshmi K. 2011. Fluctuation of protein level in Haemolymph, ovary and
Hepatopancreas during non-reproductive and reproductive Molt Cycle of
Albunea symmista. Journal of research in Biology. 2: 68-72
Maddison WP, Donoghue MJ, Maddison DR. 1984. Outgroup analysis and
parsimony. Syst Zool. 33:83-103.
Moreira PA, Fernandes GW, Collevatti RG. 2009. Fragmentation and spatial
genetic structure in Tabebuia ochracea (Bignoniaceae) a seasonally dry
Neotropical tree. Forest Ecology and Management. 258:2690–2695.
Perez D. 1999. Mercury levels in mole crab Hippa cubensis, Emerita brasiliensis,
E. portoricensis, and Lepidopa richmondi (Crustacea: Decapoda:
Hippidae) from a Sandy Beach at Venezuela. Environmental
Contamination and Toxicology. 63:320-326.
Petracco M, Valeria GV, Ricardo SC. 2003. Population dynamics and secondary
production of Emerita brasiliensis (Crustacea : Hippidae) at Prainha Beach,
Brazil. Marine Ecology. 24(3):231-245.
Phasuk B, Boonruang P. 1975. Species composition and abundance distribution of
anumuran sand crabs and population bionomic of Emerita emeritus (L)
along the Indian Ocean Coast of Thailand (Decapoda : Hippidae).
Research buletin. 8:1-17.
Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. 1977. DNA sequencing with chainterminating
inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA. 74:5463-5467.
Sastre MP. 1991.S ex-specific growth and survival in the mole crab Emerita
portoricensis (Schmitt) Journal of Crustacean Biology, 11(1):103-112.
Simon C, Frati F, Beckenbach A, Crespi B, Liu H, Flook P. 1994. Evolution,
weighting, and phylogenetic utility of mitochondrial gene sequence and a
compilation of conserved polymerase chain reaction primers.
Entomological Society of America. 87(6):651-701.
Singleton P, Sainsbury D. 2006. Dictionary of Microbiology and Molecular
Biology, Third Edition. England (GB): Wiley & Sons Ltd.
Solihin DD. 1994. Peran DNA mitokondria (mtDNA) dalam studi keragaman
genetik dan biologi populasi pada hewan. Hayati. 1(1):1-4.

14
Su Y, Hung JH, Kubo H, Liu LL. 2014. Tridacna noae (Röding, 1798) – a valid
giant clam species separated from T. maxima (Röding, 1798) by
morphological and genetic data. Raffles Bulletin Of Zoology. 62:124–135
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2011. Mega 5: molecular evolutionary
genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and
maximum parsimony methods. J Mol Biol Evol. 28(10):2731–2739.
Tudge C. 2000. The Variety Of Life. New York (US): Oxford University Press.
Wenner AM. 1977. Food supply, feeding habits, and egg production in pacific
mole crabs (Hippa pacifica Dana). Pacific Science. 31(1):39-47.

15

LAMPIRAN
Lampiran 1 Hasil blast n gen COI Albunea symmysta

BLAST ®
Basic Local Alignment Search Tool
Nucleotide Sequence (630 letters)
Query ID lcl|35979
Description None
Molecule type nucleic acid
Program BLASTN 2.2.27+

Query Length 630
Database Name nr
Description Nucleotide collection (nt)

Graphic Summary
Distribution of 105 Blast Hits on the Query Sequence

16
Lanjutan Lampiran 1
Deskripsi
Description
Emerita emeritus cytochrome oxidase
subunit I (COI) gene, partial cds;
mitochondrial gene for mitochondrial
product
Emerita benedicti (isolate Port
Aransas,
Texas)
mitochondrial
cytochrome oxidase subunit I gene,
partial cds
Emerita
rathbunae
(isolate
El
Salvador) mitochondrial cytochrome
oxidase subunit I gene, partial cds
Emerita talpoida (isolate Panacea,
Florida) mitochondrial cytochrome
oxidase subunit I gene, partial cds
Upogebia pusilla
mitochondrion,
complete genome
Emerita talpoida (isolate South
Carolina) mitochondrial cytochrome
oxidase subunit I gene, partial cds
Aegla uruguayana voucher KACa0394
cytochrome oxidase subunit I (COI)
gene, partial cds; mitochondrial
Aegla
uruguayana
voucher
KACaB395
cytochrome
oxidase
subunit I (COI) gene, partial cds;
mitochondrial
Emerita analoga (isolate San Diego,
California) mitochondrial cytochrome
oxidase subunit I gene, partial cds
Emerita austroafricana cytochrome
oxidase subunit I (COI) gene, partial
cds;
mitochondrial
gene
for
mitochondrial product

Max
score

Total
score

Query
cover

E
value

Ident

Accession

769

769

74%

0.0

96%

AF246159.1

598

598

93%

2,00E167

85%

L43102.1

556

556

94%

1,00E154

84%

L43103.1

535

535

86%

3,00E148

84%

L43106.1

533

533

99%

9,00E148

83%

KC107815.1

525

525

87%

2,00E145

84%

L43105.1

514

514

98%

6,00E142

82%

AY595631.
1

514

514

98%

6,00E142

82%

AY595632.
1

508

508

91%

3,00E140

83%

L43101.1

508

508

74%

3,00E140

86%

AF246160.1

17
Lampiran 2 Situs nukleotida spesifik gen COI mitokondria Albunea symmysta
berdasarkan sekuen 457 pb yang dibandingkan dengan outgroup

Situs nukleotida ke Spesies
Albunea symmysta 1
Albunea symmysta 2
Hippa pacifica
Emerita austroafricana
Emerita emeritus

9
T
T
C
C
C

1
5
C
C
A
A
A

1
7
A
A
T
T
T

1
8
C
C
G
G
G

1
9
A
A
G
G
G

2
3
A
A
C
C
C

2
4
A
A
T
T
T

2
7
T
T
G
G
G

2
8
A
A
G
G
G

1
8
8
G
G
C
C
C

3
0
A
A
T
T
T

3
1
A
A
T
T
T

3
2
A
A
T
C
T

4
2
T
T
G
G
G

4
4
A
A
G
G
G

4
5
G
G
C
C
C

4
9
T
T
C
C
C

5
3
G
G
A
A
A

5
4
G
G
T
T
T

6
0
G
G
C
C
C

6
6
A
A
G
G
G

7
1
C
C
G
G
G

7
2
C
C
A
A
A

7
7
A
A
G
G
G

1
1
9
A
A
G
G
G

1
2
3
C
C
T
T
T

1
2
4
T
T
G
A
A

1
2
9
T
T
C
C
C

1
3
2
A
A
G
G
G

1
3
8
C
C
A
A
A

1
4
0
T
T
A
A
A

2
1
9
C
C
T
T
T

2
2
0
C
C
T
T
T

2
2
2
G
G
C
T
T

2
2
9
C
C
A
A
A

2
3
0
T
T
C
C
C

2
3
2
C
C
G
G
G

2
3
5
C
C
G
G
G

2
3
8
T
T
G
G
G

2
3
9
A
A
G
G
G

2
4
1
A
A
C
C
T

2
4
7
A
A
G
G
G

2
4
8
A
A
G
G
G

2
5
0
T
T
G
G
G

2
5
1
A
A
T
T
T

2
5
2
A
A
G
T
T

3
2
9
T
T
G
G
G

3
3
2
A
A
C
C
C

3
3
5
C
C
T
T
T

3
3
8
G
G
A
A
A

3
4
4
A
A
G
G
G

3
4
8
C
C
T
T
T

3
5
0
A
A
T
T
T

3
5
3
A
A
G
G
G

3
5
4
T
T
G
G
G

3
5
9
G
G
T
T
T

3
6
6
A
A
G
G
G

3
6
8
G
G
A
A
A

3
7
0
A
A
T
C
T

3
7
1
A
A
G
G
G

3
7
2
A
A
C
C
C

4
2
0
C
C
T
T
T

4
2
1
T
T
A
A
A

4
2
2
C
C
A
A
A

4
2
6
C
C
T
T
T

4
2
7
G
G
T
C
T

4
2
8
A
A
C
C
C

4
2
9
T
T
A
A
A

4
3
0
A
A
C
T
C

4
3
1
A
A
T
T
T

4
3
2
A
A
T
T
T

4
3
4
C
C
T
T
T

4
3
5
C
C
T
T
T

4
3
9
G
G
T
T
T

4
4
3
C
C
T
T
T

4
4
4
C
C
T
T
T

5
0
T
T
C
C
C

Situs nukleotida ke 1
4
1
A
A
T
T
T

1
4
2
G
G
C
T
C

1
4
4
G
G
T
T
T

1
4
7
A
A
G
G
G

1
4
8
G
G
A
A
A

1
5
2
G
G
C
C
C

1
5
3
C
C
T
T
T

1
5
5
A
A
G
G
G

1
6
8
T
T
G
G
G

1
7
1
T
T
C
C
C

1
7
4
G
G
A
A
A

1
7
5
T
T
A
A
A

1
8
0
T
T
C
A
A

1
8
1
G
G
C
C
C

1
8
5
G
G
A
A
A

1
8
6
A
A
G
G
G

1
8
7
T
T
A
C
A

2
5
5
C
C
T
T
T

2
6
3
G
G
A
A
A

2
6
7
A
A
T
T
T

2
6
9
A
A
C
C
C

2
7
2
A
A
T
T
T

2
7
5
G
G
A
A
A

2
7
6
A
A
T
C
T

2
7
7
G
G
A
A
A

2
7
8
G
G
T
T
T

2
7
9
G
G
C
T
C

2
8
0
T
T
A
A
A

2
8
1
C
C
T
T
T

2
8
3
A
A
T
T
T

2
8
7
T
T
A
A
A

2
9
2
T
T
A
A
A

2
9
3
T
T
C
C
C

2
9
6
G
G
A
A
A

2
9
9
C
C
A
A
A

3
7
3
G
G
C
A
A

3
7
4
T
T
C
C
C

3
7
7
G
G
T
T
T

3
7
8
C
C
G
G
G

3
7
9
T
T
A
G
G

3
8
0
C
C
T
T
T

3
8
1
G
G
T
T
T

3
8
2
G
G
C
T
C

3
8
3
G
G
C
C
C

3
8
4
T
T
C
C
C

3
8
7
C
C
T
T
T

3
8
8
T
T
A
G
A

3
8
9
A
A
T
T
T

3
9
0
C
C
T
T
T

3
9
1
G
G
T
C
T

3
9
2
T
T
A
A
A

3
9
5
A
A
G
G
G

3
9
6
T
T
G
G
G

1
8
9
A
A
C
C
C

1
9
2
T
T
C
C
C

1
9
3
C
C
T
T
T

1
9
5
A
A
T
T
T

1
9
8
G
G
T
T
T

2
0
4
T
T
C
C
C

2
1
6
A
A
T
T
T

Situs nukleotida ke 3
0
0
C
C
T
T
T

3
1
1
C
C
G
G
G

3
1
3
T
T
C
C
C

3
2
0
C
C
T
T
T

3
2
3
A
A
C
C
C

3
2
5
G
G
T
C
C

3
2
6
A
A
T
T
T

3
2
7
T
T
A
A
A

Situs nukleotida ke 3
9
8
C
C
G
G
G

4
0
1
A
A
T
T
T

4
0
9
T
T
C
C
C

4
1
0
A
A
C
C
C

4
1
3
T
T
A
A
A

Situs
nukleotida
ke 4
4
6
A
A
G
G
G

4
4
8
G
G
T
A
A

4
5
0
C
C
G
G
G

4
5
1
T
T
G
C
A

4
5
2
A
A
G
G
G

4
1
4
G
G
A
A
A

4
1
5
G
G
A
A
A

4
1
9
G
G
T
C
C

18
Lampiran 3 Situs nukleotida mutasi gen COI Albunea symmysta 1 dan Albunea
symmysta 2
Situs nukleotida ke Spesies

Albunea symmysta 1
Albunea symmysta 2

1
1 2 3 4 5 6 7 8 9 0
G T C T G G G T A G
- - - - - - - - - -

1
1
T
-

1
2
C
-

1
3
T
-

1
4
G
-

Situs nukleotida ke 6
4
2
G

6
4
3
G

6
4
4
T

6
4
5
A

6
4
6
G

6
4
7
A

6
4
8
A

6
4
9
A

6
5
0
A

1
5
A
-

1
6
G
-

1
7
T
-

1
8
A
-

1
9
T
-

3
4
A

3
5
T

7
6
T

9
7
G

1
1
4
T

1
1
5
T

1
3
3
T

1
4
5
G
–

6
3
8
T

6
3
9
G

6
4
0
T

6
4
1
T

19

RIWAYAT HIDUP
Penulis bernama lengkap Agus Alim Hakim, lahir di
Kendal 12 Maret 1992, merupakan anak ketiga dari tiga
bersaudara dari ibu bernama Sulamah dan ayah Mokh
Musodaq (Almarhum). Penulis mulai mengikuti pendidikan
sekolah dasar di SDN 1 Sukomulyo lulus pada tahun 2004.
Melanjutkan di SMPN 1 Kaliwungu lulus pada tahun
2007 dan dilanjutkan sekolah di SMAN 1 Kendal lulus pada
tahun 2010. Penulis lulus menjadi mahasiswa di Institut
Pertanian Bogor dengan mendapatkan beasiswa Bidikmisi,
melalui jalur Ujian Seleksi Masuk IPB (USMI) pada tahun 2010 sebagai
mahasiswa Departemen Sumber Daya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Kegiatan di luar akademik, penulis aktif dalam organisasi BEM FPIK IPB
tahun 2011-2012 sebagai anggota Departemen Sosial dan Lingkungan, Himpunan
Mahasiswa Manajemen Sumber Daya Perairan (HIMASPER) tahun 2012-2013
sebagai anggota divisi HRD. Selain itu, penilis aktif sebagai anggota dalam
organisasi Kementrian Humas pada Himpunan Mahasiswa Manajemen Sumber
Daya Perairan Se Indonesia (HIMASUPERINDO) tahun 2013-2015. Ketua
pelaksana “Water Festival 2013”. Penulis mengajar pada bimbingan belajar mata
kuliah fisika TPB IPB di Mafia Clubs. Kegiatan akademik di luar perkuliahan
penulis pernah menjadi asisten mata kuliah Metode Statistika dan asisten Ekologi
Perairan tahun 2012-2013. Koordinator asisten mata kuliah Dasar-Dasar Biologi
Populasi tahun 2013-2014. Asisten mata kuliah Metode Statistik dan Ekologi
Perairan Pesisir dan Laut Tropik tahun 2013-2014.