Filogeni berdasarkan sekuens dna mitokondria gen Cytochrome oxidase I (Gen Coi) pada beberapa bangsa sapi lokal Indonesia

FILOGENI BERDASARKAN SEKUENS DNA MITOKONDRIA
GEN CYTOCHROME OXIDASE I (GEN COI) PADA
BEBERAPA BANGSA SAPI LOKAL INDONESIA

ASRI FEBRIANA

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2011

ii

ABSTRAK
ASRI FEBRIANA. Filogeni Berdasarkan Sekuens DNA Mitokondria Gen Cytochrome Oxidase I
(Gen COI) pada Beberapa Bangsa Sapi Lokal Indonesia. Dibimbing oleh DEDY DURYADI
SOLIHIN dan JAKARIA.
Perkembangan jenis sapi di Indonesia berasal dari sapi asli seperti sapi bali dan juga sapi
hasil silangan yang telah menjadi sapi lokal seperti sapi pesisir, sapi madura, sapi aceh, dan sapi
Peranakan Ongole (PO). Sapi lokal Indonesia memiliki keanekaragaman tinggi seperti warna kulit

maupun ukuran tubuh. Pendekatan penanda molekuler mampu membedakan bangsa sapi lokal
Indonesia secara baik. Penelitian ini dilakukan untuk merekonstruksi pohon filogenetik beberapa
bangsa sapi lokal Indonesia berdasarkan sekuens DNA mitokondria gen Cytochrome Oxidase I
(COI). Sampel yang digunakan adalah sampel sapi bali, madura, aceh, pesisir, dan PO.
Amplifikasi secara in vitro dilakukan dengan teknik Polymerase Chain reaction (PCR). 10 sampel
berhasil diamplifikasi dan menghasilkan produk amplifikasi sebesar 710 pb, namun hanya delapan
sampel yang berhasil dirunutkan dan dianalisis. Analisis hubungan kekerabatan pada sapi lokal
Indonesia menunjukkan bahwa, sapi bali terpisah dari pengelompokan keempat bangsa sapi
lainnya. Sapi aceh, pesisir, PO, dan madura terletak dalam kelompok yang sama dengan Bos
indicus. Dari kedua pengelompokan tersebut menunjukkan bahwa sapi bali mempunyai asal-usul
tersendiri sedangkan keempat sapi lainnya berasal dari kelompok sapi zebu.

ABSTRACT
ASRI FEBRIANA. The Phylogeny Based on Mitochondrial DNA Sequences Cytochrome Oxidase
I (COI) Gene in Several Indonesian Local Cattle. Supervised by DEDY DURYADI SOLIHIN and
JAKARIA.
The development of Indonesian cattle breeds derived from the original cattle such as bali
cattle and also crossbreed which has become local cattle such as pesisir, madura, aceh, and filial
ongole (PO) cattle. Indonesian local cattle has a high diversity such as color skin as well as body
size. The approach of molecular markers can distinguish the Indonesian local cattle. This study

was conducted to reconstruct the phylogenetic tree of several Indonesian local cattle based on
mitochondrial DNA sequences of Cytochrome Oxidase I (COI) gene. The samples were used are
bali, madura, aceh, pesisir, and PO cattle. In vitro amplification were done by using polymerase
chain reaction (PCR) technique. 10 samples were successfully amplified and generated
amplification products of 710 bp, but only eight samples were sequenced and analyzed
succesfully. Phylogenetic analysis of Indonesian local cattle showed that bali cattle is separated
from other cattles. Aceh, pesisir, madura dan PO cattle are located in the same group with Bos
indicus. From these groupings showed that bali cattle have separate origins while the four others
derived from zebu cattle group.

iii

FILOGENI BERDASARKAN SEKUENS DNA MITOKONDRIA
GEN CYTOCHROME OXIDASE I (GEN COI) PADA
BEBERAPA BANGSA SAPI LOKAL INDONESIA

ASRI FEBRIANA

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Sains pada
Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2011

iv

Judul
Nama
NRP

: Filogeni Berdasarkan Sekuens DNA Mitokondria Gen Cytochrome
Oxidase I (Gen COI) pada Beberapa Bangsa Sapi Lokal Indonesia
: Asri Febriana
: G34062747

Menyetujui,

Pembimbing I

Pembimbing II

Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA
NIP. 19561102 198403 1 003

Dr. Jakaria, S.Pt, M.Si
NIP. 19660105 199303 1 001

Mengetahui,
Ketua Departemen Biologi
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Dr. Ir. Ence Darmo Jaya Supena, M.Si
NIP. 19641002 198903 1 002

Tanggal Lulus:

v

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas limpahan rahmat, hidayah, dan
karunia-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah yang berjudul Filogeni
Berdasarkan Sekuens DNA Mitokondria Gen Cytochrome Oxidase I (Gen COI) pada Beberapa
Bangsa Sapi Lokal Indonesia.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA dan Dr.
Jakaria, S.Pt, M.Si selaku dosen pembimbing atas segala bimbingan, kritik, saran, dan ilmu yang
diberikan selama penelitian dan penyusunan karya ilmiah ini serta Ibu Dr. Anja Meryandini, M.S
selaku dosen penguji yang telah memberikan saran dan masukan bagi perbaikan karya ilmiah ini.
Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu selama
pelaksanaan penelitian dan penyelesaian karya ilmiah ini, antara lain kepada Kak Eryk, Kak Surya,
Kak Ires, Ferdy, Pak Andi, Pak Ihsan, Pak Heri, Poppy, Indah, Vina, Enggar, Riri, Adi, Haikal,
beserta keluarga besar Lab PAU, Lab Genetika Molekuler Ternak Fakultas Peternakan, temanteman di Wisma Shambala, serta teman-teman Biologi khususnya Bio 43 atas bantuan, dukungan,
persahabatan dan kebersamaan yang indah selama ini.
Ucapan terima kasih tak terhingga penulis berikan untuk Papa dan Mama tercinta yang telah
memberi kasih sayang dan cinta yang tiada terkira, dukungan yang begitu berharga, dan do’a yang
tiada habisnya. Terima kasih kepada saudariku tercinta Kak Ega dan Dek Aliya atas segala

dukungan, pengertian, do’a, dan kasih sayangnya kepada penulis. Ucapan terima kasih penulis
sampaikan pula kepada seluruh keluarga besar atas do’a, dukungan, dan kasih sayangnya.
Semoga karya ilmiah ini dapat bermanfaat.

Bogor, Agustus 2011

Asri Febriana

vi

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Sigli, Nangroe Aceh Darussalam, pada tanggal 01 Februari 1989 dari
ayah Muchlis Rosyidi, SE dan Ibu Sri Handayani. Penulis merupakan putri kedua dari tiga
bersaudara.
Tahun 2006 penulis lulus dari SMA Assalam Sukoharjo dan pada tahun yang sama lulus
Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI). Penulis memasuki Program Studi Biologi, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA). Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah
menjadi asisten praktikum mata kuliah Biologi Dasar pada tahun ajaran 2009/2010. Pada tahun
2009, penulis melakukan praktik lapangan di Balai Besar Penelitian dan Pengembangan
Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB-Biogen) dengan judul “Identifikasi

Molekuler dan Deteksi Plasmid Ti pada Agrobacterium radiobacter Biovar 1 CD-27”.

vii

DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL ...............................................................................................................
DAFTAR GAMBAR ..........................................................................................................
DAFTAR LAMPIRAN .......................................................................................................

viii
viii
viii

PENDAHULUAN
Latar Belakang ..........................................................................................................
Tujuan .......................................................................................................................
Waktu dan Tempat Penelitian ...................................................................................

1

2
2

BAHAN DAN METODE
Bahan .........................................................................................................................
Metode .......................................................................................................................
Ekstraksi dan Isolasi DNA ....................................................................................
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA .........................................................
Perunutan Produk PCR (Sekuensing) ..................................................................
Analisis Filogeni ...................................................................................................

2
2
2
2
3
3

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil ...........................................................................................................................

Isolasi DNA Total ................................................................................................
Amplifikasi Daerah COI ......................................................................................
Perunutan Produk PCR Daerah COI .....................................................................
Analisis Filogeni ...................................................................................................
Pembahasan ...............................................................................................................
Amplifikasi Daerah COI ......................................................................................
Analisis Filogeni ...................................................................................................

3
3
3
3
4
5
5
6

SIMPULAN ........................................................................................................................

6

SARAN ...............................................................................................................................

7

DAFTAR PUSTAKA .........................................................................................................

7

viii

DAFTAR TABEL
Halaman
1

Matriks perbedaan rata-rata p-distance berdasarkan metode pairwise
distance daerah COI pada sapi B. indicus (NC_005971), PO, pesisir, aceh,
bali dan madura .....................................................................................................

4

DAFTAR GAMBAR
Halaman
1
2
3

4

Hasil isolasi DNA total darah sapi pada gel agarosa 1.5% ....................................
Hasil amplifikasi daerah COI pada gel agarosa 1.5% ...........................................
Konstruksi pohon filogeni dengan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ)
1000 kali pengulangan berdasarkan p-distance dari basa-basa nukleotida COI
(628 nt) pada sapi lokal Indonesia .........................................................................
Konstruksi pohon filogeni dengan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ)
1000 kali pengulangan berdasarkan p-distance dari basa-basa nukleotida COI
(628 nt) dengan outgroup sapi B. indicus (NC_005971) .......................................

3
3

4

5

DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
1
2
3
4

Pensejajaran berganda nukleotida (628 nt) pada gen COI bangsa sapi lokal
Indonesia ...............................................................................................................
Pensejajaran berganda nukleotida (628 nt) pada gen COI B. indicus
(NC_005971) dan bangsa sapi lokal Indonesia ......................................................
Matriks perbedaan rata-rata p-distance berdasarkan metode pairwise distance
daerah COI pada sapi PO, pesisir, aceh, bali dan madura .....................................
Komposisi genetik pada beberapa populasi sapi lokal Indonesia ..........................

10
13
16
17

1

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Sapi merupakan hewan ternak dengan
keanekaragaman jenis yang tinggi dan
ditemukan hampir di semua negara termasuk
Indonesia. Sapi (Bos sp.) merupakan
anggota famili Bovidae, subfamili Bovinae,
genus Bos (Geraads 1992; Buntjer 1997).
Subfamili Bovinae dibagi menjadi tiga
kelompok, yaitu Tragelaphini, Boselaphini,
dan Bovini. Kelompok Bovini terdiri atas
spesies sapi dan kerbau, baik liar maupun
yang telah didomestikasi, dan mulai
berdiferensiasi lebih dari 4 juta tahun lalu
(Lenstra & Bradley 1999). Menurut Perkins
(1969), domestikasi sapi pertama kali
ditemukan di Turki dengan dua tipe sapi,
yaitu tipe berpunuk (Zebu) dan tidak
berpunuk (Taurin). Sebagian besar sapi di
wilayah Asia merupakan keturunan tipe Bos
indicus atau dikenal sebagai sapi zebu,
sedangkan sapi yang tersebar di wilayah
Eropa termasuk dalam spesies Bos taurus
atau sapi taurin (Bradley & Cunningham
1999).
Sapi bali yang terdapat di Indonesia,
berbeda dari tipe B. indicus dan B. taurus,
dan berasal dari domestikasi yang terpisah.
Sapi bali memiliki karakteristik berukuran
sedang, tidak berpunuk, memiliki warna
putih pada bagian belakang paha, bagian
perut, dan keempat kaki bawah sampai di
atas kuku (white stocking) (Payne &
Rollinson 1973). Sapi bali yang ada saat ini
diduga berasal dari hasil domestikasi
Banteng liar (Bibos banteng), dan proses
domestikasi sapi bali ini terjadi sebelum
3500 SM (Rollinson 1984). Mereka
diklasifikasikan sebagai B. javanicus, serta
memiliki kromosom 2n=60, hampir sama
dengan B. indicus dan B. taurus (Bradley &
Cunningham 1999).
Bangsa sapi memiliki karakteristik
tertentu
yang
sama.
Berdasarkan
karakteristik
tersebut
mereka
dapat
dibedakan dari ternak lainnya meskipun
masih
dalam
spesies
yang
sama.
Karakteristik yang dimiliki dapat diturunkan
ke generasi berikutnya. Sapi-sapi yang
terdapat
di
Indonesia
mempunyai
karakteristik warna kulit maupun ukuran
tubuh yang berbeda tergantung dari asal
tetuanya. Perkembangan jenis sapi di
Indonesia berasal dari sapi asli seperti sapi
bali dan juga sapi hasil silangan yang telah
menjadi sapi lokal seperti sapi pesisir, sapi

madura, sapi aceh, sapi Sumba Ongole (SO)
dan sapi Peranakan Ongole (PO) (Martojo
2003; Jakaria 2008). Dalam upaya
membedakan masing-masing sapi lokal
Indonesia tersebut, struktur morfogenetik
saja tidak cukup untuk membedakan
keaslian
dan
asal-usulnya.
Untuk
memperjelas asal-usul sapi tersebut dapat
digunakan penanda genetik molekuler.
Salah satu penanda molekuler yang
sering digunakan sebagai pembeda adalah
gen cytochrome oxidase subunit I (COI).
Salah satu kelebihan gen COI sebagai
penanda analisis filogeni adalah asam amino
pada fragmen COI jarang mengalami
substitusi. Namun demikian, basa-basa pada
triple codonnya masih berubah dan bersifat
silent (perubahan basa yang tidak merubah
jenis asam amino). Perubahan yang bersifat
silent tersebut berasal dari substitusi basa
kodon ketiga (Lynch & Jarrell 1993).
Fragmen basa nukleotida COI bersifat
conserved (lestari) maka berguna untuk
merekonstruksi filogenetik pada cabang
evolusi tingkat spesies (Palumbi 1996).
Selain itu, COI juga dapat digunakan
sebagai DNA barcoding karena sedikit
sekali delesi dan insersi dalam sekuennya,
serta variasinya juga sedikit. Oleh karena itu,
sekuens yang bersifat conserved merupakan
identitas spesies (Hebert et al. 2003).
Beberapa penelitian telah menggunakan
daerah COI sebagai penanda pada beberapa
hewan seperti pada primata (Wu et al.
2000), Cestoda (Taenia) (Gasser et al.
1999), dan Hemiptera (Rahayuwati 2009).
Filogeni adalah sejarah mengenai garis
evolusi suatu kelompok organisme atau
makhluk hidup (Coccone 1999). Filogeni
sapi telah dipelajari berdasarkan analisis
morfologi (Geraads 1992) dan molekuler
seperti
sekuensing
gen
mitokondria
cytochrome oxidase subunit II (COII)
(Janecek et al. 1996), sekuensing D-loop
DNA mitokondria (Sutopo 2001; Abdullah
2008),
dan
sekuensing
mitokondria
cytochrome b (Schreiber et al. 1999). Hasil
penelitian Abdullah (2008) menunjukkan
berdasarkan runutan daerah D-loop DNA
mitokondria, sapi aceh, pesisir, dan PO
terletak dalam kelompok yang sama serta
memiliki jarak genetik yang lebih dekat
dengan B. indicus (zebu), sedangkan sapi
bali dan madura terletak dalam kelompok
sendiri. Selain DNA mitokondria, analisis
molekuler juga menggunakan DNA inti
yaitu mikrosatelit (Sutopo 2001; Abdullah
2008). Berdasarkan DNA mikrosatelit

2

Abdullah (2008) menunjukkan bahwa sapi
aceh, pesisir, dan PO terletak dalam
kelompok yang sama dengan sapi madura,
sedangkan sapi bali terletak dalam kelompok
yang terpisah.
Penelitian mengenai filogeni sapi
berdasarkan DNA mitokondria gen COI
belum pernah dilakukan sebelumnya,
sehingga hasil penelitian ini diharapkan
dapat digunakan untuk merekonstruksi
pohon filogenetik beberapa bangsa sapi
lokal Indonesia.
Tujuan
Penelitian ini bertujuan menganalisis
keragaman genetik beberapa bangsa sapi
lokal Indonesia dan mengetahui hubungan
kekerabatannya berdasarkan sekuens DNA
mitokondria gen COI.
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan
Oktober 2010 hingga April 2011 di
Laboratorium Biologi Molekuler Pusat
Penelitian
Sumberdaya
Hayati
dan
Bioteknolgi (PPSHB) dan Laboratorium
Genetika
Molekuler
Ternak
Bagian
Pemuliaan
dan
Genetika
Ternak,
Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi
Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut
Pertanian Bogor, Bogor.

BAHAN DAN METODE
Bahan
Sampel darah sapi yang digunakan
dalam penelitian ini adalah sampel darah
sapi bali (n = 2), madura (n = 2), aceh (n =
2), pesisir (n = 2), dan PO (n = 2) koleksi
Laboratorium Genetika Molekuler Ternak
Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak
Institut Pertanian Bogor, Bogor. Bahan
purifikasi yang digunakan yaitu etanol
absolut, etanol 70%, ddH2O, SDS 10%,
Proteinase K 5 mg/ml, 1X STE, larutan
fenol, CIAA (kloroform: isoamil alkohol
=24:1), NaCl 5 M, dan larutan TE.
Metode
Ekstraksi dan Isolasi DNA
Isolasi DNA dilakukan dengan
menggunakan metode fenol (Sambrook et
al. 1989). Sampel darah sapi yang disimpan
dalam etanol absolut dipindahkan ke tabung
1.5 ml sebanyak 200 µl, ditambah dengan
1000 µl low TE, divortex dan didiamkan ± 5
menit. Kemudian disentrifugasi pada
kecepatan 8000 rpm selama 5 menit dan

supernatannya dibuang. Hal ini dilakukan
sebanyak dua kali dengan tujuan untuk
menghilangkan kandungan alkohol yang
terdapat di dalam sampel darah sapi. Setelah
itu, ditambah 40 µl SDS 10%, 10 µl
Proteinase K 5 mg/ml, dan 1X STE sampai
400 µl, dikocok pelan dalam inkubator pada
suhu 55oC selama 2 jam.
Suspensi yang telah diinkubasi pada
suhu 55ºC selama 2 jam ditambah 400 µl
larutan fenol, 400 µl CIAA (kloroform:
isoamil alkohol =24:1), dan 40 µl 5 M NaCl,
dikocok pelan pada suhu ruang selama 1 jam
dan disentrifugasi pada kecepatan 12000
rpm selama 5 menit. Bagian DNA (bening)
dipindahkan menggunakan pipet ke tabung
1.5 ml baru ditambah 800 µl etanol absolut,
dan 40 µl 5 M NaCl lalu didinginkan dalam
freezer selama semalam. Setelah itu,
disentrifugasi pada kecepatan 12000 rpm
selama 5 menit. Supernatan dibuang,
ditambah dengan 800 µl etanol 70%,
disentrifugasi pada kecepatan 12000 rpm
selama 5 menit dan bagian supernatan
dibuang. Sampel selanjutnya didiamkan
dalam keadaan terbuka sampai alkohol
hilang lalu ditambah 100 µl TE dan sampel
DNA disimpan dalam freezer sampai akan
digunakan pada tahap selanjutnya.
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen
DNA
Amplifikasi mtDNA daerah COI
dilakukan dengan menggunakan primer
koleksi Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA
dengan primer forward BICOIF (5’-TTCTCAACCAACCATAAAGATATTGG-3’)
dan primer reverse BICOIR (5’-TAGACTTCGGGGTGTCCAAAGAATCA-3’).
Komposisi pereaksi PCR terdiri atas sampel
DNA 4 µl, primer forward dan reverse
dalam 0.5 ρmol/µl, dNTPs 0.1 mM/µl,
MgCl2 0.5 mM/µl, dan Taq Polymerase
(Fermentase) beserta buffernya sebesar 0.5
unit dalam volume total 25 µl.
Reaksi PCR dilakukan menggunakan
mesin Thermocycler Eppendorf dengan
kondisi yaitu, predenaturasi 95 oC selama
lima menit. Siklus PCR dilakukan sebanyak
35 kali dengan kondisi denaturasi 95 ºC
selama 45 detik, penempelan primer 58 oC
selama 1 menit, ekstensi 72 oC selama 1
menit, dan diakhiri oleh post-ekstensi 72 oC
selama 5 menit. Produk PCR yang
dihasilkan sebesar 710 pb
Kualitas produk PCR dilihat dengan
dimigrasikan pada gel agarosa 1.5% dengan
menggunakan buffer 0.5x TBE. Gel agarosa

3

diwarnai dengan etidium bromida (0.8%
g/ml), diamati, dan difoto dibawah sinar
Ultraviolet (365 nm). Selanjutnya sampel
dipurifikasi.
Perunutan Produk PCR (Sekuensing)
Pembacaan sekuens DNA menjadi alat
penting dan utama dalam biologi molekular
karena dapat mengetahui komposisi
nukleotida dan asam amino suatu gen, juga
menganalisis
kekerabatan
dan
jalur
evolusinya (Albert et al. 1994). Produk PCR
gen COI dari penelitian ini berupa pita
tunggal berukuran 710 pb. Analisis
perunutannya dilakukan di Macrogen, Korea
Selatan.
Analisis Filogeni
Runutan nukleotida yang telah diedit
disejajarkan dengan urutan baku nukleotida
B. indicus dari GeneBank (kode akses
NC_005971).
Proses
pensejajaran
(alignment) dilakukan dengan menggunakan
program Clustal W yang terdapat dalam
program
MEGA
4.0
(Molecular
Evolutionary Genetics Analysis 4.0; Tamura
et al. 2007). Perhitungan komposisi basa
nukleotida, jarak genetik dan konstruksi
pohon filogeni dilakukan menggunakan
program MEGA 4.0. Jarak genetik
digunakan
untuk
melihat
kedekatan
hubungan genetik antar sampel yang
dianalisis. Nilai jarak genetik diperoleh
dengan membagi jumlah nukleotida yang
berbeda dengan jumlah total nukleotida.
Perhitungan pairwise distance digunakan
untuk melihat jarak rata-rata p-distance dari
basa nukleotida daerah COI. Pohon filogeni
direkonstruksi dengan menggunakan metode
bootstrapped
Neighboor-Joining
(NJ)
dengan 1000 kali pengulangan (Nei &
Kumar 2000).

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Isolasi DNA Total
Penelitian ini menggunakan 10 sampel
yang terdiri atas lima bangsa sapi yaitu sapi
bali, sapi madura, sapi PO, sapi pesisir, dan
sapi aceh koleksi Laboratorium Genetika
Molekuler Ternak Bagian Pemuliaan dan
Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi
dan Teknologi Peternakan, Fakultas
Peternakan, Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Gambar 1 menunjukkan hasil isolasi DNA
total setelah dimigrasikan pada gel agarosa
1.5%
dan
dilihat
dengan
UV

transilluminator. DNA total tersebut
selanjutnya digunakan sebagai cetakan DNA
untuk mengamplifikasi gen COI dengan
menggunakan teknik PCR.
1

2

3

4

5

6

7

8

9 10

Gambar 1 Hasil isolasi DNA total darah sapi
pada
gel
agarosa
1.5%.
Keterangan: kolom 1-2= DNA
total sapi PO, kolom 3-4= DNA
total sapi pesisir, kolom 5-6=
DNA total sapi aceh, kolom 7-8=
DNA total sapi bali, kolom 9-10=
DNA total sapi madura.
Amplifikasi Daerah COI
Amplifikasi daerah COI mtDNA pada
kesepuluh sampel menghasilkan pita tunggal
berukuran 710 pb (Gambar 2). Sampel sapi
bali (kolom 7-8) dan sampel sapi madura
(kolom 9) menghasilkan pita tunggal yang
lebih tipis dibandingkan sampel sapi
lainnya.
1 2 3 4 5 6

7 8 9 10 M
700 pb

Gambar 2 Hasil amplifikasi daerah COI
pada
gel
agarosa
1.5%.
Keterangan: kolom 1-2= sapi
PO, kolom 3-4= sapi pesisir,
kolom 5-6= sapi aceh, kolom 78= sapi bali, kolom 9-10= sapi
madura, kolom M= penanda
100 pb.
Perunutan Produk PCR Daerah COI
Perunutan DNA dilakukan dari dua
arah, yaitu forward dan reverse. Dari 10
sampel yang disekuen, dua sampel yaitu PO
2 dan bali 1 tidak menampakkan hasil
sekuensing yang baik sehingga tidak
diikutkan dalam analisis. Sampel bali 1
menghasilkan pita tunggal yang tipis
sehingga hasil sekuensing yang diperoleh
memiliki panjang nukleotida yang lebih

4

nukleotidanya. Sebaliknya semakin kecil
nilai jarak genetiknya, maka semakin sedikit
perbedaan jumlah basa nukleotidanya.
Semakin
besar
perbedaan
susunan
nukleotidanya,
maka
semakin
jauh
hubungan
kekerabatannya.
Perbedaan
susunan basa nukleotida hasil pensejajaran
berganda pada gen COI dapat dilihat pada
Lampiran 1 dan 2. Matriks perbedaan ratarata p-distance pada sapi lokal Indonesia
dapat dilihat pada Lampiran 3.

pendek dan memiliki banyak huruf N yang
menunjukkan
basa
nukleotida
tidak
terdeteksi. Sampel PO 2 setelah dianalisis
tidak menunjukkan hasil yang sesuai
harapan atau berbeda bila dibandingkan
dengan literatur (Abdullah 2008), sehingga
diduga sampel PO 2 bukan sampel sapi PO
asli.
Panjang DNA hasil perunutan setelah
diedit, diperoleh hasil sekuen sepanjang 628
nukleotida (nt), dan hasil pensejajaran
berganda (multiple alignment) diperoleh
nilai conserved sebanyak 492, nilai variable
sebanyak 133, dan terdapat 3 insersi dari
628 nt (Lampiran 1). Data sekuens bangsabangsa sapi lokal Indonesia dari penelitian
ini selanjutnya dibandingkan dengan
sekuens mitokondria COI B. indicus (sapi
Nellore dari India) yang memiliki genom
mitokondria utuh dari GeneBank dengan
kode akses NC_005971. Setelah kedelapan
sekuens
sapi-sapi
lokal
Indonesia
disejajarkan dengan NC_005971 diperoleh
nilai conserved, variable, dan insersi yang
sama dengan hasil pensejajaran berganda
pada delapan sapi lokal Indonesia (Lampiran
2).

B

A

Gambar 3 Konstruksi pohon filogeni dengan
metode bootstrapped NeighboorJoining
(NJ)
1000
kali
pengulangan berdasarkan pdistance
dari
basa-basa
nukleotida COI (628 nt) pada
sapi lokal Indonesia.

Analisis Filogeni
Hubungan kekerabatan bangsa-bangsa
sapi lokal Indonesia dapat dibandingkan
berdasarkan
jarak genetik p-distance
dari basa-basa nukleotidanya.
Tabel 1
menunjukkan nilai jarak genetik bangsabangsa sapi lokal Indonesia yang berkisar
antara 0-0.203. Bangsa sapi bali dengan
sapi madura 1 memiliki jarak genetik yang
paling besar yaitu 0.203 (20.3%), sedangkan
jarak genetik rata-rata antara sapi bali
dengan sapi madura 0.1895 (18.95%). Hal
ini menunjukkan bahwa semakin besar nilai
jarak genetik atau persentase jarak genetik
maka semakin besar perbedaan jumlah basa

Konstruksi pohon filogeni bangsabangsa sapi lokal Indonesia berdasarkan
jarak genetik p-distance dari basa-basa
nukleotida COI dapat dilihat pada Gambar
3. Pada Gambar 3 tersebut menunjukkan
bangsa sapi pesisir, aceh, PO, dan madura
terletak dalam kelompok yang sama (kluster
B). Namun, madura 1 dan madura 2 terletak
terpisah, sedangkan sapi bali terletak dalam
kelompok yang terpisah sendiri (kluster A).

Tabel 1 Matriks perbedaan rata-rata p-distance berdasarkan metode pairwise distance daerah COI
pada sapi B. indicus (NC_005971), PO, pesisir, aceh, bali dan madura
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9

Sampel
NC_005971
PO 1
Pesisir 1
Pesisir 2
Aceh 1
Aceh 2
Bali 2
Madura 1
Madura 2

1
0
0.002
0.003
0
0
0.176
0.047
0

2

3

4

5

6

7

8

9

0.002
0.003
0
0
0.176
0.047
0

0.005
0.002
0.002
0.177
0.048
0.002

0.003
0.003
0.176
0.050
0.003

0
0.176
0.047
0

0.176
0.047
0

0.203
0.176

0.047

-

5

B

A

Gambar 4 Konstruksi pohon filogeni dengan
metode bootstrapped NeighboorJoining
(NJ)
1000
kali
pengulangan berdasarkan pdistance
dari
basa-basa
nukleotida COI (628 nt) dengan
outgroup
sapi
B.
indicus
(NC_005971).
Konstruksi pohon filogeni sapi lokal
Indonesia dan outgroup B. indicus
(NC_005971) sebagai pembanding (Gambar
4) tidak mengalami banyak perubahan pada
posisi pengelompokan. Pada Gambar 4
tersebut menunjukkan bangsa sapi pesisir,
aceh, PO, madura dan B. indicus terletak
dalam kelompok yang sama (kluster B),
sedangkan sapi bali tetap terletak dalam
kelompok yang terpisah (kluster A).
Pembahasan
Amplifikasi Daerah COI
Sampel sapi bali dan sampel sapi
madura (madura 1) menghasilkan pita
tunggal yang lebih tipis dibandingkan
sampel
sapi
lainnya.
Keberhasilan
amplifikasi daerah COI sangat dipengaruhi
oleh beberapa faktor antara lain kemurnian
DNA hasil ekstraksi, komposisi bahan
pereaksi yang digunakan seperti volume
DNA cetakan dan primer yang digunakan,
dan kondisi reaksi PCR yang tepat, terutama
pada saat penempelan primer.
Suhu penempelan primer berperan
penting dalam reaksi PCR. Penggunaan suhu
penempelan
primer
yang
sesuai,
memungkinkan masing-masing primer dapat
menempel pada kedua ujung DNA cetakan.
Suhu penempelan primer dapat dihitung
berdasarkan urutan nukleotida primer yang
digunakan. Umumnya suhu penempelan
primer optimum berkisar ± 5 0C dari suhu
perhitungan penempelan primer. Jika suhu

penempelan primer terlalu tinggi dari suhu
optimum, menyebabkan primer tidak
menempel dengan DNA cetakan. Jika suhu
penempelan primer terlalu rendah dari suhu
penempelan primer optimum menyebabkan
mispriming, yaitu penempelan primer pada
tempat yang salah pada DNA cetakan
sehingga dihasilkan produk non spesifik.
Oleh karena itu, dilakukan optimasi terhadap
suhu penempelan primer (Newton &
Graham 1997).
Selain suhu penempelan primer, perlu
juga dilakukan optimasi terhadap volume
DNA cetakan yang digunakan dalam reaksi
PCR. Ketersediaan DNA cetakan yang
cukup diperlukan agar dapat dilakukan
visualisasi hasil PCR dengan etidium
bromida, sehingga dapat diperoleh pita DNA
yang jelas saat elektroforesis. Adanya pita
DNA yang jelas menunjukkan bahwa proses
PCR telah berhasil mengamplifikasi
fragmen DNA cetakan. Disamping itu,
penggunaan DNA cetakan yang terlalu
banyak juga dapat menurunkan efisiensi
PCR karena DNA cetakan sulit diamplifikasi
(Newton & Graham 1997). Penggunaan
DNA cetakan yang terlalu sedikit, dapat
menyebabkan pita yang dihasilkan kurang
tebal dan jelas karena DNA cetakan tidak
dapat teramplifikasi dengan baik.
Beberapa hambatan yang sering terjadi
pada saat mengamplifikasi DNA cetakan
yaitu, pita yang dihasilkan multistrand atau
banyak pita yang bukan target. Untuk
mengatasi hal tersebut dilakukan beberapa
modifikasi pada komposisi dan kondisi
PCR. Modifikasi yang dilakukan pada
komposisi antara lain dengan menurunkan
volume MgCl2, menambah volume taq
polimerase dan volume DNA cetakan
(apabila pita yang dihasilkan tipis).
Modifikasi pada kondisi PCR dilakukan
dengan menaikkan suhu penempelan primer
sehingga lebih spesifik. Kadangkala
munculnya multistrand seringkali sulit
dihilangkan. Usaha yang dilakukan yaitu
beberapa sampel dipurifikasi kembali untuk
mendapatkan pita tunggal yang sesuai target.
Sampel sapi bali 1, bali 2, dan madura 1
menghasilkan pita tunggal yang lebih tipis
dibandingkan sampel lainnya. Hal ini
kemungkinan disebabkan karena primer
yang digunakan kurang spesifik terhadap
ketiga sampel DNA tersebut terutama pada
sampel sapi bali. Pasangan primer BICOIF
dan
BICOIR
dibuat
berdasarkan
sekuens basa COI B. indicus. Sapi bali dan
madura 1 kemungkinan memiliki sekuens

6

basa nukleotida yang berbeda dari B. indicus
dan sampel lainnya, sehingga primer yang
digunakan tidak komplementer atau tidak
menempel secara spesifik pada target.
Analisis Filogeni
Bangsa sapi aceh, pesisir, dan PO
terletak dalam kelompok yang sama dengan
B. indicus. Hal ini disebabkan nenek
moyang (ancestor) ketiga sapi lokal tersebut
berasal dari hibridisasi dengan sapi zebu (B.
indicus) (Abdullah 2008; Jakaria 2008),
sehingga sapi aceh, pesisir, dan PO memiliki
komposisi genetik yang sama dengan sapi
zebu (Mohamad et al. 2009). Berdasarkan
analisis metode pairwise distance diperoleh
nilai jarak genetik yang sama antara sapi
aceh, PO, madura 2, dan B. indicus yaitu 0.
Hal ini menunjukkan tidak terdapat
perbedaan basa nukleotida antara sapi-sapi
tersebut dan menunjukkan bahwa sapi lokal
Indonesia merupakan hasil introgresi dari
sapi zebu (Bradley & Cunningham 1999;
Abdullah 2008; Mohamad et al. 2009).
Sapi madura 1 dan 2 terletak terpisah.
Hal ini kemungkinan disebabkan madura 2
merupakan sapi madura campuran, dan
kemungkinan terjadi percampuran antara
sapi madura dengan sapi zebu (B. indicus),
PO, dan sapi aceh karena memiliki jarak
genetik yang sama yaitu 0, sedangkan
madura 1 merupakan sapi madura asli.
Namun, sapi madura sekarang telah banyak
berubah akibat persilangan yang tak teratur
(bebas) dengan bangsa sapi lain seperti
dengan PO dan SO. Dengan demikian, sapi
madura asli hasil turunan sapi bali dan zebu
(Nijman et al. 2003) dapat dipisahkan dari
sapi madura yang telah mengalami
modifikasi atau campuran material genetik
sehingga lebih dekat ke zebu (Gambar 3 dan
4).
Sapi bali terletak terpisah karena
merupakan sapi asli Indonesia dan hasil
domestikasi langsung dari banteng (Martojo
2003). Menurut Mohamad et al. (2009),
berdasarkan penanda genetik molekuler
DNA mitokondria bangsa sapi aceh, pesisir,
PO, dan madura memiliki komposisi genetik
yang sama dengan sapi zebu, sedangkan sapi
bali, berdasarkan penanda molekuler genetik
DNA mitokondria, kromosom Y, dan
mikrosatelit
menunjukkan
memiliki
komposisi genetik yang sama dengan
banteng. Hal ini membuktikan bahwa sapi
bali merupakan hasil domestikasi langsung

dari banteng. Pada sapi aceh, pesisir, dan
madura komposisi genetik berdasarkan
penanda
molekuler
kromosom
Y
menunjukkan ketiga bangsa sapi tersebut
berasal dari pejantan zebu (Lampiran 3).
Sapi pesisir terindikasi merupakan
campuran antara sapi aceh dan sapi madura
karena memiliki jarak genetik yang sama
yaitu 0.002 dan 0.003. Menurut Abdullah
(2008), kedekatan hubungan beberapa sapi
lokal kemungkinan karena ada aliran gen
yang terjadi akibat letak geografis sapi-sapi
tersebut berdekatan. Sapi aceh dan pesisir
terletak di wilayah Barat Indonesia dalam
satu pulau yang sama (Sumatera), sehingga
mempunyai hubungan kekerabatan yang
lebih dekat. Sapi aceh dan pesisir lebih dekat
dengan sapi PO yang berasal dari Pulau
Jawa karena letak kedua pulau lebih
berdekatan dibanding sapi bali yang ada di
Pulau Bali dan sapi madura di Pulau
Madura.
Persilangan antara spesies mungkin
terjadi jika spesies yang berhubungan dekat
berbagi habitat yang sama atau melalui
intervensi manusia sewaktu dipelihara.
Persilangan yang tidak terkontrol, seperti
yang terjadi di alam, memungkinkan adanya
pengaruh yang signifikan pada pembentukan
bangsa sapi, dan juga dapat mempengaruhi
integritas genetik spesies baik yang liar
maupun yang telah didomestikasi (Nijman et
al. 2003). Informasi mengenai sejarah
filogeni sapi penting untuk strategi
penentuan manajemen dan koservasi bangsa
sapi. Selain itu, analisis filogenetik memiliki
beberapa tujuan diantaranya membantu
dalam menentukan keputusan program
pemuliaan, pelestarian, persilangan bangsabangsa, dan pola migrasi (Kidd & Pirchner
1974).

SIMPULAN
Hubungan kekerabatan antara kelima
bangsa sapi lokal Indonesia yaitu, sapi bali
terletak terpisah dari pengelompokan
keempat bangsa sapi lainnya, sedangkan sapi
aceh, pesisir, dan PO terletak dalam
kelompok yang sama dengan sapi madura.
Sapi madura telah mulai mengalami
introgresi gen sapi zebu sehingga terdapat
sapi madura asli dan sapi madura campuran.
Sapi madura yang tidak asli lagi
karakterisasi genetiknya lebih mendekat ke
sapi PO.

7

SARAN
Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut
mengenai bangsa-bangsa sapi lokal dengan
sampel yang lebih banyak dan asal daerah
yang berbeda sehingga diperoleh hasil dan
informasi yang lebih lengkap untuk
mengetahui keragaman dan hubungan
kekerabatannya.

DAFTAR PUSTAKA
Abdullah MAN. 2008. Karakteristik genetik
sapi aceh menggunakan analisis
keragaman fenotipik, daerah D-loop
DNA
mitokondria
dan
DNA
mikrosatelit
[disertasi].
Bogor:
Program
Pascasarjana,
Institut
Pertanian Bogor.
Albert J, Wahlberg J, Leitner T, Escamilla
D, Uhlen M. 1994. Analysis of a rape
case by direct sequencing of the human
immunodeficiency virus type 1 pol and
gag genes. J. Virol 68: 5018-24.
Bradley DG, Cunningham EP. 1999.
Genetic aspects of domestication. In
Fries S, Ruvinsky A. The Genetics of
Cattle. Oxfordshire: CAB Int.
Buntjer JB. 1997. DNA repeats in the
vertebrate genome as probes in
phylogeny and species identification.
Academic thesis, Utrecht University.
Coccone A, Amato G, Gratry OC, Behler J,
Powell JR.
1999. A molecular
phylogeny of
four endangered
Madagascar tortoises based on mtDNA
sequences. Mol Phylogenet Evol 12:
1-9.
Felius M. 1995. Cattle Breeds: An
Encyclopedia Misset, Doetinchem,
The Netherlands.
Gasser RB, Zhu X, McManus DP. 1999.
NADH dehydrogenase
subunit 1
and cytochrome c oxidase subunit
I sequences compared for members of
the genus Taenia (Cestoda). Inter J
Parasit 29: 1965-1970.
Geraads D. 1992. Phylogenetic analysis of
the
tribe
bovine
(mammalia:
Artiodactyla). Zool J Linn soc 104:
193-207.
Hebert PD, Cywinska A, Ball SL, deWaard
JR. 2003. Biological identifications
through DNA barcodes. Proc. R. Soc.
Lond 270: 313-321.
Jakaria. 2008. Keragaman genetik gen
hormon pertumbuhan pada sapi pesisir

Sumatera Barat [disertasi]. Bogor:
Program
Pascasarjana,
Institut
Pertanian Bogor.
Janecek LL, Honeycutt RL, Adkins RM,
Davis SK. 1996. Mitochondrial gene
sequences
and
the
molecular
systematics
of
the
artiodactyl
subfamily Bovinae. Mol Phylogenet
Evol 6: 107-119.
Kidd KK, Osterhoff D, Erhard L, Stone WH.
1974. The use of genetic relationships
among cattle breeds in the formulation
of rational breeding policies: an
example with South Devon (South
Africa) and Gelbvieh (Germany). Anim
Blood Groups Biochemical Genetics 5:
21-28.
Lenstra JA, Bradley DG. 1999. Systematics
and phylogeny of cattle. In: Fries R,
Ruvinsky A (eds) The Genetics of
Cattle. Wallingford: CAB Int.
Lynch M, Jarrel PE. 1993. A method for
calibrating molecular clocks and its
application to animal mitochondrial
DNA. Genetics 135: 1197-1208.
Martojo H. 2003. Indigenous Bali Cattle:
The best suited cattle breed for
sustainable small farm in indonesia.
The Chinese society of animal science.
112 Farm road, Hsinhua, Tainan,
Taiwan.
Mohamad K, Olsson M, van Tol HTA,
Mikko S, Vlamings BH, et al. 2009.
On the origin of Indonesia cattle. PLos
ONE 4(5): e5490.
Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution
and Phylogenetics. New York: Oxford
Univ Pr.
Newton CR, Graham A. 1997. PCR
Introduction to Biotechnique, 2nd ed.
Oxford: Bios Scientific Publisher Ltd,
Nijman IJ et al. 2003. Hybridization of
banteng (Bos javanicus) and zebu (Bos
indicus) revealed by mitochondrial
DNA, satellite DNA, AFLP, and
microsatellites. Heredity 90: 10-16.
Palumbi SR. 1996. Nucleic acids II: the
polymerase chain reaction. Dalam
Molecular systematics. Ed ke-2. Edited
by Hillis DM, Moritz C, Mable BK.
Massachusetts: Sinauer.
Payne WJA, Rollinson DHL. 1973. Bali
cattle. Word Anim Rev 7: 13-21.
Perkins D Jr. 1969. Fauna of catal huyuk:
Evidence for early cattle domestication
in Anatolia. Sci 164: 177-178.
Rahayuwati S. 2009. Variasi morfologi
puparium dan DNA penyandi gen

8

mitokondria sitokrom oksidase I
Bemisia
tabaci
(Gennadius)
(Hemiptera:
Aleyrodidae)
[tesis].
Bogor: Program Pascasarjana, Institut
Pertanian Bogor.
Rollinson DHL. 1984. Bali Cattle. In :
Evolution of Domesticated Animals.
NewYork: Longman.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989.
Molecular cloning. A laboratory
manual. Cold Spring Harbor Lab
Press, USA.
Schreiber A, Erker D, Bauer K. 1999.
Artiodactyl
phylogeny:
an
immunogenetic study based on
comparative determinant analysis. Expl
Clin Immunogenet 7: 234-243.
Sutopo. 2001. Phylogenetic studies on
Indoesian native cattle based on blood
protein markers and dna polymorphism
[thesis]. Tokyo: Tokyo University of
Agriculture.
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S.
2007.
MEGA4:
Molecular
Evolutionary
Genetics
Analysis
(MEGA) software version 4.0. Mol Bio
Evol 24: 1596-1599.
Wu W, Schmidt TR, Goodman M,
Grossman LI. 2000. Molecular
evolution of cytochrome c oxidase
subunit 1 in primates: is there
coevolution between mitochondrial
and nuclear genomes. Mol Phylogenet
Evol 17: 294-304.

9

LAMPIRAN

10

Lampiran 1. Pensejajaran berganda nukleotida (628 nt) pada gen COI bangsa sapi lokal Indonesia
#MEGA
!Title COI delapan sapi lokal Indonesia;
!Format
DataType=Nucleotide
NSeqs=8 NSites=628
Identical=. Missing=? Indel=-;
!Domain=Data;
[
1
[
1234567890
#PO_1
TTTGGTGCTT
#Pesisir_1 ..........
#Pesisir_2 ..G.......
#Aceh_1
..........
#Aceh_2
..........
#Bali_2
..GA.CT.C.
#Madura_1 .........#Madura_2 ..........

1111111112
1234567890
GGGCCGGTAT
..........
..........
..........
..........
.AT....G.G
..........
..........

2222222223
1234567890
AGTAGGAACA
..........
..........
..........
..........
CCG.A..-..
.......-..
..........

3333333334
1234567890
GCTTTAAGCC
..........
..........
..........
..........
.TA.CTT...
..........
..........

4444444445
1234567890
TTCTAATTCG
...A......
..........
..........
..........
.GT..G...A
..........
..........

5555555556
1234567890
-CGCTGAATT
G.........
-.........
-.........
-.........
-..G......
-.........
-.........

6666666667
1234567890
AGGCCAACCC
..........
..........
..........
..........
...T......
..........
..........

7777777778 ]
1234567890 ]
GGAACTCTGC
..........
..........
..........
..........
..G..C....
..........
..........

[
[
[
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

1
9999999990
1234567890
CCAAATCTAC
..........
..........
..........
..........
.G.....CC.
..........
..........

1111111111
0000000001
1234567890
-AACGTAGTT
-.........
-.........
-.........
-.........
TG.G.C...G
-.........
-.........

1111111111
1111111112
1234567890
GTAACCGCAC
..........
..........
..........
..........
..TC......
..........
..........

1111111111
2222222223
1234567890
ACGCATTTGT
..........
..........
..........
..........
C.AG..CC..
..........
..........

1111111111
3333333334
1234567890
AATAATCTTC
..........
..........
..........
..........
..A.C.G...
..........
..........

1111111111
4444444445
1234567890
TTTATAGTAA
..........
..........
..........
..........
.C......G.
..........
..........

1111111111 ]
5555555556 ]
1234567890 ]
TACCAATCAT
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........

8888888889
1234567890
TCGGAGACGA
..........
..........
..........
..........
.......G..
..........
..........

11

Lampiran 1. Lanjutan
[
[
[
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

1111111111
6666666667
1234567890
AATTGGAGGG
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........

1111111111
7777777778
1234567890
TTCGGTAACT
..........
..........
..........
..........
..T.......
..........
..........

1111111111
8888888889
1234567890
GACTTGTTCC
..........
..........
..........
..........
.......C..
..........
..........

1111111112
9999999990
1234567890
CCTAATAATT
..........
..........
..........
..........
TG.G......
........A.
..........

2222222222
0000000001
1234567890
GGTGCT-CCC
......-...
......-...
......-...
......-...
.....C-...
......A...
......-...

2222222222
1111111112
1234567890
GATATAGCAT
..........
..........
..........
..........
A......A..
.......A..
..........

2222222222
2222222223
1234567890
TTCCCCGAAT
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........

2222222222 ]
3333333334 ]
1234567890 ]
AAATAATATA
..........
..........
..........
..........
.......G-.......G..
..........

[
[
[
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

2222222222
4444444445
1234567890
AGCTTCTGAC
..........
..........
..........
..........
....C.....
..........
..........

2222222222
5555555556
1234567890
TTCTCCCTCC
..........
..........
..........
..........
.C.......T
..........
..........

2222222222
6666666667
1234567890
CTCATTCCTA
..........
..........
..........
..........
...T......
..........
..........

2222222222
7777777778
1234567890
CTACTCCTCG
..........
..........
..........
..........
.....T..G.
..........
..........

2222222222
8888888889
1234567890
CATCCTCTAT
..........
..........
..........
..........
....A..C.C
..........
..........

2222222223
9999999990
1234567890
AGTTGAAGCT
..........
..........
..........
..........
...C......
..GA....GG
..........

3333333333
0000000001
1234567890
GGGGCAGGAA
..........
..........
..........
..........
.....G....
....GG....
..........

3333333333 ]
1111111112 ]
1234567890 ]
CAGGCTGAAC
..........
..........
..........
..........
....T.....
.G..G.....
..........

[
[
[
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

3333333333
2222222223
1234567890
CGTGTACCCT
..........
..........
..........
..........
.A........
..........
..........

3333333333
3333333334
1234567890
CCCTTAGCAG
..........
..........
..........
..........
..TC......
......A...
..........

3333333333
4444444445
1234567890
GCAACCTAGC
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........

3333333333
5555555556
1234567890
CCATGCAGGA
..........
..........
..........
..........
...CA.....
......GA..
..........

3333333333
6666666667
1234567890
GCTTCAGTTG
..........
..........
..........
..........
........A.
T.......A.
..........

3333333333
7777777778
1234567890
ATCTAACCAT
..........
..........
..........
..........
.C........
..........
..........

3333333333
8888888889
1234567890
TTTCTCTTTA
..........
..........
..........
..........
.......C..
..........
..........

3333333334 ]
9999999990 ]
1234567890 ]
CACTTAGCAG
..........
..........
..........
..........
.....G....
..........
..........

12

Lampiran 1. Lanjutan
[
[
[
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

4444444444
0000000001
1234567890
GAGTTTCCTC
..........
..........
..........
..........
.T........
..........
..........

4444444444
1111111112
1234567890
AATTTTAGGA
..........
..........
..........
..........
..........
.T.....A..
..........

4444444444
2222222223
1234567890
GCCATCAACT
..........
..........
..........
..........
..T..T..T.
..TT......
..........

4444444444
3333333334
1234567890
TCATTACAAC
..........
..........
..........
..........
.T..C.....
..........
..........

4444444444
4444444445
1234567890
AATTATCAAC
..........
..........
..........
..........
......T..T
..........
..........

4444444444
5555555556
1234567890
ATAAAGCCCC
..........
..........
..........
..........
.....A....
..........
..........

4444444444
6666666667
1234567890
CCGCAATGTC
..........
..........
..........
..........
.T........
..........
..........

4444444444 ]
7777777778 ]
1234567890 ]
ACAATACCAA
..........
..........
..........
..........
..........
....C....C
..........

[
[
[
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

4444444444
8888888889
1234567890
ACCCCTCTAT
..........
..........
..........
..........
.....C....
..........
..........

4444444445
9999999990
1234567890
TCGTATGATC
..........
..........
..........
..........
.T..G.....
G.........
..........

5555555555
0000000001
1234567890
CGTAATAATT
..........
..........
..........
..........
....C.C..C
..........
..........

5555555555
1111111112
1234567890
ACCGCCGTAC
..........
..........
..........
..........
......A...
.......CT.
..........

5555555555
2222222223
1234567890
TACTACTACT
..........
..........
..........
..........
....G..C..
..........
..........

5555555555
3333333334
1234567890
CTCGCTCCCT
..........
..........
..........
..........
...A..T...
....T.....
..........

5555555555
4444444445
1234567890
GTATTAGCAG
..........
..........
..........
..........
..........
......A...
..........

5555555555 ]
5555555556 ]
1234567890 ]
CCGGCATCAC
..........
..........
..........
..........
.T.....T..
.....T....
..........

[
[
[
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

5555555555
6666666667
1234567890
AATGCTATTA
..........
..........
..........
..........
...A......
..........
..........

5555555555
7777777778
1234567890
ACAGACCGGA
..........
..........
..........
..........
.....TT.A.
...T......
..........

5555555555
8888888889
1234567890
ACCTAAATAC
..........
..........
..........
..........
.T........
..........
..........

5555555556
9999999990
1234567890
AACTTTCTTC
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........

6666666666
0000000001
1234567890
GACCCGGCAG
..........
..........
..........
..........
.....A....
..........
..........

6666666666
1111111112
1234567890
GAGGAGGAGA
..........
..........
..........
..........
......AG..
..........
..........

66666666]
22222222]
12345678]
TCCTATTC
........
.......T
........
........
C.....C.
........
........

13

Lampiran 2. Pensejajaran berganda nukleotida (628 nt) pada gen COI B. indicus (NC_005971) dan bangsa sapi lokal Indonesia
#MEGA
!Title COI NC 005971 dan delapan sapi lokal Indonesia;
!Format
DataType=Nucleotide
NSeqs=9 NSites=628
Identical=. Missing=? Indel=-;
!Domain=Data;
[
1
[
1234567890
#NC_005971 TTTGGTGCTT
#PO_1
..........
#Pesisir_1 ..........
#Pesisir_2 ..G.......
#Aceh_1
..........
#Aceh_2
..........
#Bali_2
..GA.CT.C.
#Madura_1 .........#Madura_2 ..........

1111111112
1234567890
GGGCCGGTAT
..........
..........
..........
..........
..........
.AT....G.G
..........
..........

2222222223
1234567890
AGTAGGAACA
..........
..........
..........
..........
..........
CCG.A..-..
.......-..
..........

3333333334
1234567890
GCTTTAAGCC
..........
..........
..........
..........
..........
.TA.CTT...
..........
..........

4444444445
1234567890
TTCTAATTCG
..........
...A......
..........
..........
..........
.GT..G...A
..........
..........

5555555556
1234567890
-CGCTGAATT
-.........
G.........
-.........
-.........
-.........
-..G......
-.........
-.........

6666666667
1234567890
AGGCCAACCC
..........
..........
..........
..........
..........
...T......
..........
..........

7777777778 ]
1234567890 ]
GGAACTCTGC
..........
..........
..........
..........
..........
..G..C....
..........
..........

[
[
[
#NC_005971
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

1
9999999990
1234567890
CCAAATCTAC
..........
..........
..........
..........
..........
.G.....CC.
..........
..........

1111111111
0000000001
1234567890
-AACGTAGTT
-.........
-.........
-.........
-.........
-.........
TG.G.C...G
-.........
-.........

1111111111
1111111112
1234567890
GTAACCGCAC
..........
..........
..........
..........
..........
..TC......
..........
..........

1111111111
2222222223
1234567890
ACGCATTTGT
..........
..........
..........
..........
..........
C.AG..CC..
..........
..........

1111111111
3333333334
1234567890
AATAATCTTC
..........
..........
..........
..........
..........
..A.C.G...
..........
..........

1111111111
4444444445
1234567890
TTTATAGTAA
..........
..........
..........
..........
..........
.C......G.
..........
..........

1111111111 ]
5555555556 ]
1234567890 ]
TACCAATCAT
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........

8888888889
1234567890
TCGGAGACGA
..........
..........
..........
..........
..........
.......G..
..........
..........

14

Lampiran 2. Lanjutan
[
[
[
#NC_005971
#PO_1
#Pesisir_1
#Pesisir_2
#Aceh_1
#Aceh_2
#Bali_2
#Madura_1
#Madura_2

1111111111
6666666667
1234567890
AATTGGAGGG
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........
..........

1111111111
7777777778
1234567890
TTCGGTAACT
..........
..........
..........
..........
..........
..T.......
..........
..........

1111111111
8888888889
1234567890
GACTTGTTCC
..........
..........
..........
..........
..........
.......C..
..........
..........

1111111112
9999999990
1234567890
CCTAATAATT
..........
..........
..........
..........
..........
TG.G......
........A.
..........

2222222222
0000000001
1234567890
GGTGCT-CCC
......-...
......-...
......-...
..