Eksplorasi Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) dari Kerang Mutiara (Pinctada fucata) yang Berasal dari Lokasi Geografis yang Berbeda

EKSPLORASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I
(COI) DARI KERANG MUTIARA (Pinctada fucata) YANG
BERASAL DARI LOKASI GEOGRAFIS YANG BERBEDA

YUYUN QONITA

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Eksplorasi Gen
Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) dari Kerang Mutiara (Pinctada fucata) yang
Berasal dari Lokasi Geografis yang Berbeda adalah benar karya saya dengan
arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari
karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan
dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Bogor, Juli 2014
Yuyun Qonita
NIM C24100019

ABSTRAK
YUYUN QONITA. Eksplorasi Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) dari
Kerang Mutiara (Pinctada fucata) yang Berasal dari Lokasi Geografis yang
Berbeda. Dibimbing oleh YUSLI WARDIATNO dan NURLISA A BUTET.
Pinctada fucata merupakan salah satu spesies kerang penghasil mutiara di
dunia. Kerang ini dapat ditemukan di Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan Selat
Semau, Nusa Tenggara Timur (Indonesia). Meskipun potensi pengembangan P.
fucata di Indonesia relatif tinggi, eksplorasi terhadap kerang mutiara jenis ini
belum banyak dilakukan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi
urutan basa nukleotida gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) dari kerang
mutiara Pinctada fucata yang berasal dari Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan
Selat Semau, Nusa Tenggara Timur (Indonesia). Hasil analisis urutan basa
nukleotida gen COI P. fucata yang berasal dari kedua wilayah menunjukkan
bahwa terdapat 33 situs mutasi yang terdiri dari 16 situs mutasi insersi dan 17
situs mutasi delesi. Perbedaan urutan basa nukleotida gen COI P. fucata yang
berasal dari kedua wilayah ini dapat menjadi identitas molekuler yang dapat

memberikan perlindungan terhadap sumber daya kerang mutiara (P. fucata) dan
produk mutiara yang dihasilkannya. Autentifikasi P. fucata dapat dilakukan
berdasarkan urutan basa nukleotida gen COI untuk mencegah perdagangan ilegal.
Kata kunci: gen COI, Nusa Tenggara Timur, Pinctada fucata, Teluk Persia

ABSTRACT
YUYUN QONITA. Exploration of Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Gene
from Pearl Oyster (Pinctada fucata) Originating from Different Geographic
Locations. Supervised by YUSLI WARDIATNO and NURLISA A BUTET.
Pinctada fucata is one of the marine bivalves producing pearl which has
been utilized and cultured in some countries. These oysters can be found in the
Persian Gulf (United of Emirates Arab) and Semau Strait, East Nusa Tenggara
(Indonesia). Despite the high potential for the development of P. fucata fishery
and culture in Indonesia, the exploration of these oysters has not been conducted.
The aim of this research is to explore Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) gene
sequences of pearl oyster (Pinctada fucata) originating from Persian Gulf (United
of Emirates Arab) and Semau Strait, East Nusa Tenggara (Indonesia). The results
of the analysis of P. fucata COI gene sequences from both regions shows that
there are 33 mutation sites consisting of 16 insertion mutation sites and 17
deletion mutation sites. The difference of P. fucata COI gene sequences from both

regions may be a molecular identity that can provide protection of the species and
its pearl production. Species authentication of P. fucata may be determined using
COI gene sequence in order to prevent illegal trading.
Keywords: COI gene, East Nusa Tenggara, Pinctada fucata, Persian Gulf

EKSPLORASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I
(COI) DARI KERANG MUTIARA (Pinctada fucata) YANG
BERASAL DARI LOKASI GEOGRAFIS YANG BERBEDA

YUYUN QONITA

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan
pada
Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan

DEPARTEMEN MANAJEMEN SUMBER DAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR
2014

Judul Skripsi : Eksplorasi Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) dari Kerang
Mutiara (Pinctada fucata) yang Berasal dari Lokasi Geografis
yang Berbeda
Nama
: Yuyun Qonita
NIM
: C24100019
Program studi : Manajemen Sumber Daya Perairan

Disetujui oleh

Dr Ir Yusli Wardiatno, MSc
Pembimbing I

Dr Ir Nurlisa A. Butet, MSc
Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir Mohammad Mukhlis Kamal, MSc
Ketua Departemen

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji dan syukur Penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas
segala karunia-Nya, sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang
dipilih dalam penelitian ini adalah Eksplorasi Gen Cytochrome Oxidase Subunit I
(COI) dari Kerang Mutiara (Pinctada fucata) yang Berasal dari Lokasi Geografis
yang Berbeda.
Penulis menyampaikan terima kasih kepada:
1. Institut Pertanian Bogor yang telah memberikan kesempatan untuk studi.
2. Program kerja sama penelitian Institut Pertanian Bogor dan Ehime
University, Jepang yang telah mendanai penelitian ini.
3. PT Timor Otsuki Mutiara, Kupang, NTT yang telah membantu kelancaran
penelitian ini.
4. Dr Ir Yusli Wardiatno, MSc selaku ketua komisi pembimbing dan Dr Ir

Nurlisa A. Butet, MSc selaku anggota komisi pembimbing yang telah
memberi arahan dan masukan dalam penulisan karya ilmiah ini.
5. Dr Ir Mohammad Mukhlis Kamal, MSc selaku penguji tamu dan Ali
Mashar SPi, MSi selaku komisi pendidikan Departemen Manajemen
Sumber Daya Perairan atas saran dan masukan dalam penulisan karya
ilmiah ini.
6. Dr Ir Ario Damar, MSc selaku dosen pembimbing akademik.
7. Ayah, ibu, dan keluarga yang telah memberikan dukungan dan doa.
8. Tim penelitian Institut Pertanian Bogor di Kupang
9. Tim Laboratorium Biologi Molekuler Departemen Manajemen Sumber
Daya Perairan yang telah memberikan semangat.
10. Teman-teman terbaik mahasiswa Manajemen Sumber Daya Perairan
angkatan 47.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juli 2014
Yuyun Qonita

DAFTAR ISI
DAFTAR GAMBAR

DAFTAR LAMPIRAN
DAFTAR ISTILAH
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perumusan Masalah
Tujuan Penelitian
METODE
Waktu dan Tempat
Bahan
Analisis Data
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Pembahasan
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Saran
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
RIWAYAT HIDUP

vi
vi
vii
1
2
2
3
3
4
5
8
10
11
11
13
17

DAFTAR GAMBAR
1 Pinctada fucata dari Teluk Persia (kiri), P. fucata dari Selat Semau,
NTT (kanan)

2 Hasil ekstraksi DNA total Pinctada fucata dari Teluk Persia (kiri), dan
P. fucata dari Selat Semau, NTT (kanan) pada gel agarosa 1.2%
3 Visualisasi produk PCR pada gel agarosa 1%, kolom kiri sampai
kanan: marker 1 kb, Pf UE, Pf ID
4 Konstruksi filogeni berdasarkan gen COI pada famili Pteriidae
(Pinctada fucata), Arcidae (Anadara antiquata, Anadara transversa,
Arca ventricosa, Arca navicularis), dan Pectinidae (Perna viridis,
Perna indica, Perna perna)

3
5
6

8

DAFTAR LAMPIRAN
1 Peta lokasi pengambilan contoh Pinctada fucata
2 Situs mutasi basa nukleotida gen COI Pinctada fucata yang berasal
dari Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan P. fucata yang berasal dari
Selat Semau (Indonesia)

3 Situs nukleotida spesifik gen COI Pinctada fucata yang berasal dari
Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan P. fucata yang berasal dari Selat
Semau (Indonesia)

13

14

15

DAFTAR ISTILAH
DNA barcoding

:

BLASTn

:

Complex life history

:

Complex species

:

Conserve

:

Cryptic species

:

GenBank

:

Phenotypic plasticity

:

Sexual dimorphisme

:

Singleton

:

Variable

:

sistem yang dirancang untuk melakukan identifikasi
secara cepat dan akurat berdasarkan urutan basa
nukleotida dari gen penanda pendek yang telah
terstandarisasi.
(Basic Local Alignment Search Tool-nucleotide)
pilihan menu dari situs NCBI (National Center for
Biotechnology Information) yang digunakan untuk
memastikan kebenaran suatu spesies dan
mengetahui kedekatan suatu spesies dengan spesies
lain.
satu spesies yang memiliki beberapa stadia hidup
dengan morfologi yang berbeda.
satu spesies yang diklasifikasikan ke dalam
beberapa nama spesies akibat keragaman morfologi.
urutan basa nukleotida yang dipertahankan dalam
jangka waktu yang sangat panjang pada suatu
spesies;
basa nukleotida yang bersifat tetap dari setiap
spesies dalam satu situs hasil pensejajaran.
dua atau lebih spesies berbeda yang diklasifikasikan
ke dalam satu spesies yang sama akibat karakteristik
morfologi yang samar/mirip.
situs NCBI yang memuat informasi dasar mengenai
bioteknologi (termasuk informasi dasar DNA).
satu spesies dengan beberapa bentuk tubuh yang
berbeda akibat adaptasi terhadap lingkungan.
satu spesies dengan morfologi yang berbeda antara
jantan dan betina.
satu basa nukleotida yang berbeda dari spesies lain
dalam satu situs hasil pensejajaran.
basa nukleotida yang berbeda dari setiap spesies
dalam satu situs dari hasil pensejajaran yang
merupakan ciri khusus spesies.

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Kerang mutiara merupakan salah satu komoditas laut yang memiliki nilai
ekonomis tinggi. Kerang penghasil mutiara dari genus Pinctada yang dikenal di
dunia adalah P. maxima, P. margaritifera, dan P. fucata. Saat ini, spesies yang
paling banyak dikembangkan di Indonesia adalah P. maxima, yang mampu
menghasilkan mutiara dengan ukuran terbesar. Meskipun demikian, spesies
lainnya tetap memiliki potensi yang besar untuk dikembangkan. Kerang mutiara
P. fucata atau yang populer disebut sebagai Akoya pearl oyster, sebagai penghasil
mutiara akoya, tersebar di perairan Indonesia, termasuk di Selat Semau, Nusa
Tenggara Timur. Selain terdapat di perairan Indonesia, kerang mutiara P. fucata
juga tersebar di wilayah pesisir Uni Emirat Arab, khususnya di Teluk Persia. Di
Teluk Persia, P. fucata telah banyak dikembangkan sebagai kerang penghasil
mutiara.
Indonesia memiliki potensi yang besar dalam pengembangan mutiara akoya,
namun kajian terhadap sumber daya P. fucata di Indonesia belum banyak
dilakukan hingga saat ini. Pemanfaatan sumber daya P. fucata sebagai penghasil
mutiara juga belum banyak dilakukan oleh masyarakat Indonesia. Oleh karena
itu, upaya eksplorasi dan pengembangan kerang mutiara akoya (P. fucata) perlu
dilakukan.
Tahap identifikasi merupakan tahap awal yang sangat penting dalam
penentuan strategi pengembangan dan pengelolaan P. fucata di Indonesia. Teknik
identifikasi berdasarkan karakteristik morfologi rentan terhadap kesalahan
identifikasi akibat adanya fenomena cryptic species dan complex species. Cryptic
species adalah dua atau lebih spesies yang sulit dibedakan secara morfologi dan
sering ditemukan pada organisme yang hidup di laut (Knowlton 2000; Bickford et
al. 2006). Oleh karena itu, diperlukan suatu teknik identifikasi yang lebih akurat,
yaitu teknik identifikasi berdasarkan marka molekuler.
Menurut Vrijenhoek (2009), teknik identifikasi secara molekuler mampu
menyelesaikan permasalahan identifikasi terhadap cryptic species dan kesamaan
taksonomi akibat adanya phenotypic plasticity, sexual dimorphisme, dan complex
life history. Salah satu teknik identifikasi molekuler yang populer digunakan
adalah DNA barcoding. DNA barcoding merupakan sistem yang dirancang
untuk mengidentifikasi spesies secara cepat dan akurat dengan menggunakan
daerah gen yang terstandarisasi sebagai penanda spesies (Hebert et al. 2005).
Sumber DNA pada hewan eukariot terbagi menjadi DNA inti dan DNA
mitokondria (Duryadi 1994). DNA mitokondria yang banyak digunakan sebagai
penanda adalah Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Menurut Hebert et al.
(2003a), keragaman sekuens gen COI mampu menjadi dasar dalam sistem DNA
barcoding hewan.
Gen COI memiliki kelebihan sebagai penanda molekuler, yaitu nukleotida
ketiga dari gen penyandi protein ini menunjukkan kejadian substitusi basa yang
tinggi, sehingga menyebabkan laju evolusinya tiga kali lebih cepat dibandingkan
12S atau 16S rDNA (Knowlton dan Weigt 1998). Laju evolusi dari gen ini cukup
tinggi, sehingga gen COI bukan hanya mampu membedakan individu antarspesies

2
yang memiliki kekerabatan dekat, namun dapat pula membuat filogeografi dari
spesies yang sama (Cox dan Hebert 2001 in Hebert et al. 2003b).
Eksplorasi gen COI melalui DNA barcoding memiliki peran penting dalam
langkah awal pengelolaan serta perlindungan komoditas kerang mutiara maupun
produk mutiara yang dihasilkannya. Perlindungan terhadap sumber daya dapat
dilakukan dengan teknik DNA barcoding yang mampu memberikan identitas
terhadap suatu komoditas berdasarkan urutan basa nukleotidanya. Berdasarkan
DNA barcoding, dapat diketahui asal-usul suatu sumber daya dan dapat dilakukan
validasi terhadap negara asal dari sumber daya tersebut (Nielsen dan Kjaer 2008),
sehingga suatu negara dapat melakukan klaim kepemilikan dari komoditas
perdagangan yang diproduksinya.

Perumusan Masalah
Indonesia memiliki potensi yang besar untuk mengembangkan mutiara
akoya, namun pengembangan dan pemanfaatan kerang mutiara P. fucata belum
banyak dilakukan di Indonesia. Tahap identifikasi merupakan tahap awal yang
penting dalam upaya pengembangan dan pengelolaan sumber daya hayati.
Fenomena cryptic species dan complex species dapat menyebabkan kesalahan
identifikasi secara morfologi. Oleh karena itu, dibutuhkan teknik identifikasi
yang lebih akurat, yaitu identifikasi berdasarkan marka molekuler. Teknik
identifikasi yang digunakan adalah teknik DNA barcoding yang dilakukan dengan
mengkarakterisasi gen COI dari P. fucata. Marka molekuler ini juga mampu
memberikan perlindungan terhadap sumber daya kerang mutiara dan produk
mutiara P. fucata berdasarkan identitas gen COI. Berdasarkan identitas molekuler
tersebut, dapat diketahui asal wilayah dari suatu sumber daya, sehingga negara
dapat melakukan klaim terhadap suatu komoditas perdagangan. Hal ini sangat
dibutuhkan mengingat kerang mutiara P. fucata terdapat di beberapa negara di
dunia, termasuk Indonesia dan Uni Emirat Arab. Selain itu, banyaknya kegiatan
ekspor-impor kerang mutiara antarnegara akan meningkatkan kemungkinan
terjadinya kerancuan identitas kerang mutiara dan produk mutiara yang
dihasilkannya, sehingga dibutuhkan sebuah teknik pemberian identitas melalui
DNA barcoding.

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi urutan basa nukleotida gen
cytochrome oxidase subunit I (COI) dari kerang mutiara Pinctada fucata yang
berasal dari Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan Selat Semau, Nusa Tenggara
Timur (Indonesia).

3

METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Desember 2013 hingga Mei 2014.
Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Perairan Departemen
Manajemen Sumber Daya Perairan dan Laboratorium Terpadu Fakultas Perikanan
dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah jaringan insang serta otot
kaki dari kerang mutiara P. fucata. Contoh kerang mutiara (Gambar 1) diambil
dari dua wilayah yang berbeda, yaitu Selat Semau, Nusa Tenggara Timur
(Indonesia) dan Teluk Persia (Uni Emirat Arab) (Lampiran 1). Jumlah contoh
yang digunakan dalam penelitian ini adalah 18 contoh P. fucata yang berasal dari
Teluk Persia dan 2 contoh P. fucata yang berasal dari Selat Semau.

Gambar 1 Pinctada fucata dari Teluk Persia (kiri), P. fucata dari Selat Semau,
NTT (kanan)
Isolasi dan ekstraksi DNA
Isolasi dan ekstraksi DNA dilakukan terhadap jaringan insang dan otot kaki
P. fucata yang berasal dari Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan Selat Semau, NTT
(Indonesia), masing-masing sejumlah 18 dan 2 contoh. Sebelum dilakukan isolasi
dan ekstraksi, contoh yang telah diawetkan di dalam alkohol 96% dibersihkan dan
dicuci terlebih dahulu menggunakan akuades. Jaringan tubuh kerang kemudian
diisolasi dan diekstraksi menggunakan kit komersial Gene Aid. Prosedur isolasi
dan ekstrasi yang dilakukan mengikuti manual pabrik dengan beberapa prosedur
yang telah dimodifikasi.
Uji kualitas DNA
Tahap pengujian kualitas DNA dilakukan untuk mengetahui kualitas DNA
yang layak digunakan sebagai cetakan pada prosedur amplifikasi. Pengujian
kualitas DNA dilakukan dengan metode elektroforesis menggunakan gel agarosa

4
1.2% yang direndam dengan buffer 1xTAE (40 mM Tris-asetat, 1 mM EDTA)
dan dialiri listrik 100 volt selama 30 menit. Sebelumnya, gel agarosa telah
diwarnai dengan ethidium bromide (EtBr). Penggunaan EtBr bertujuan untuk
memberikan warna pada DNA, sehingga pita DNA dapat terlihat saat dilakukan
visualisasi di bawah sinar UV. Volume DNA total yang digunakan dalam
pengujian ini adalah 2.5 μL. Setelah DNA dimigrasikan dengan aliran listrik, gel
agarosa kemudian diamati dan divisualisasikan di bawah sinar UV. DNA total
dengan kualitas baik akan memiliki pita DNA yang tebal saat divisualisasikan di
bawah sinar UV.
Amplifikasi DNA dengan metode PCR
Amplifikasi DNA dilakukan dengan metode PCR (Polymerase Chain
Reaction) menggunakan kit komersial Kapa Extra Hot Start, sehingga prosedur
amplifikasi mengikuti manual pabrik. Fragmen DNA yang diamplifikasi adalah
gen COI. Primer yang digunakan merupakan primer universal untuk beberapa
jenis kerang, termasuk P. fucata, yang didesain oleh Butet (2013, unpublish data).
Amplifikasi DNA dilakukan dalam beberapa tahap, yaitu predenaturasi pada suhu
95 oC selama 3 menit, denaturasi pada suhu 95 oC selama 1 menit, annealing pada
suhu 52 oC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 oC selama 1 menit, postelongasi pada suhu 72 oC selama 5 menit, dan penyimpanan pada suhu 15 oC
selama 10 menit. Amplifikasi dengan metode PCR dilakukan dalam 35 siklus di
mana tahap denaturasi, annealing, dan elongasi diulang sebanyak 35 kali.
Sekuensing DNA P. fucata gen COI
Produk PCR yang memiliki kualitas baik dapat dilanjutkan ke tahap
sekuensing atau pembacaan sekuens DNA. Sekuensing dilakukan oleh jasa
perusahaan sekuensing berdasarkan pada metode Sanger (1977).

Analisis Data
Pensejajaran urutan nukleotida gen COI P. fucata
Hasil sekuensing diedit secara manual berdasarkan primer forward dan
reverse untuk mendapatkan urutan basa nukleotida gen COI dari P. fucata.
Urutan basa nukleotida P. fucata kemudian disejajarkan dengan spesies lainnya
(ingroup dan outgroup) menggunakan metode Clustal W pada software MEGA
5.0 (Tamura 2011). Urutan basa nukleotida gen COI P. fucata yang berasal dari
Teluk Persia (UEA) disejajarkan dengan P. fucata yang berasal dari Selat Semau,
NTT (Indonesia) sebagai ingroup, sedangkan urutan nukleotida gen COI dari
beberapa spesies famili Arcidae dan Pectinidae disejajarkan sebagai outgroup.
Urutan basa nukleotida dari anggota famili Arcidae dan Pectinidae didapatkan
dari GenBank. Spesies dari famili Arcidae yang digunakan adalah Anadara
transversa (GQ166572.1), Anadara antiquata (HQ258850.1), Arca ventricosa
(AB076935.1), dan Arca venicularis (AB076935.1), sedangkan spesies yang
digunakan dari famili Pectinidae adalah Perna viridis (JX676167.1), Perna indica
(FJ428755.1), dan Perna perna (DQ351476.1).

5
Jarak Genetik
Analisis jarak genetik dari urutan basa nukleotida gen COI intraspesies dan
interspesies dilakukan menggunakan metode pairwise distance yang terdapat pada
program MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Jarak genetik intraspesies menunjukkan
jarak genetik P. fucata yang berasal dari kedua wilayah yang berbeda, sedangkan
jarak genetik interspesies menunjukkan jarak genetik antara P. fucata dan spesies
lainnya dari famili Arcidae dan Pectinidae.

Analisis Filogeni
Analisis filogeni dilakukan menggunakan metode bootstrapped Neighbour
Joining Tree dengan 1000 kali pengulangan pada software MEGA 5.0 (Tamura
2011). Pohon filogeni dikonstruksi berdasarkan jarak genetik antarspesies.
Konstruksi pohon filogeni berfungsi untuk mengetahui hubungan kekerabatan
antarspesies.

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
DNA total
Isolasi dan ekstraksi dilakukan terhadap jaringan insang dan otot kaki P.
fucata yang berasal dari Teluk Persia (UEA) dan Selat Semau, NTT (Indonesia),
masing-masing sebanyak 18 dan 2 contoh. Jaringan insang dipilih karena
memiliki tekstur yang lembut sehingga memudahkan dalam proses penggerusan,
sedangkan otot kaki dipilih karena mengandung jumlah sel yang relatif tinggi.
Berdasarkan isolasi dan ekstraksi DNA yang dilakukan, diperoleh DNA
total dengan kualitas yang baik sebanyak 1 contoh, baik untuk P. fucata yang
berasal dari Teluk Persia, UEA (Pf UE) dan P. fucata yang berasal dari Selat
Semau, Indonesia (Pf ID). DNA total dengan kualitas baik ditunjukkan oleh
keberadaan pita DNA yang terang dan tebal (Gambar 2).

Gambar 2 Hasil ekstraksi DNA total Pinctada fucata dari Teluk Persia (kiri), dan
P.fucata dari Selat Semau, NTT (kanan) pada gel agarosa 1.2%

6
DNA total P. fucata yang berasal dari perairan Indonesia berhasil diisolasi
dan diekstraksi dari jaringan insang, sedangkan DNA total P. fucata yang berasal
dari Teluk Persia diisolasi dan diekstraksi dari otot kaki. DNA total dengan
kualitas yang baik dapat dijadikan cetakan DNA dalam tahap amplifikasi gen COI
yang dilakukan menggunakan metode PCR.
Amplifikasi DNA gen COI
Amplifikasi gen COI dari kedua DNA total P. fucata dilakukan dengan
metode PCR pada suhu penempelan primer (annealing) 52 oC. Amplifikasi gen
COI menghasilkan produk PCR dengan kualitas yang baik. Gen COI yang
berhasil teramplifikasi memiliki panjang urutan basa nukleotida berkisar antara
500-750 pb (Gambar 3). Selanjutnya, proses sekuensing akan dilakukan terhadap
kedua produk PCR yang memiliki kualitas baik. Tahap sekuensing dilakukan
untuk mendapatkan urutan basa nukleotida gen COI P. fucata.

Gambar 3 Visualisasi produk PCR pada gel agarosa 1%, kolom kiri sampai
kanan: marker 1 kb, Pf UE, Pf ID
Sekuensing DNA dan pensejajaran urutan basa nukleotida gen COI P. fucata
Sekuensing gen COI P. fucata dilakukan menggunakan metode Sanger
(1977). Sekuensing dilakukan melalui dua arah, yaitu forward dan reverse.
Urutan basa nukleotida gen COI yang berupa urutan forward dan reverse
disejajarkan dan diedit secara manual, sehingga didapatkan panjang basa
nukleotida gen COI untuk contoh P. fucata yang berasal dari Teluk Persia (UEA)
dan Selat Semau, NTT (Indonesia), masing-masing adalah 360 pb dan 543 pb.
Komposisi urutan basa nukleotida gen COI dari kedua contoh P. fucata
dianalisis menggunakan software MEGA 5.0. Berdasarkan analisis yang
dilakukan, dapat diketahui persentase tiap basa nukleotida (adenin, timin, sitosin,
guanin) yang menyusun gen COI dari kedua contoh. Komposisi basa nukleotida
gen COI dari P. fucata yang berasal dari Teluk Persia terdiri dari 29.2% basa
timin (T), 24.0% basa sitosin (C), 28.7% basa adenin (A), dan 18.1% basa guanin.
Komposisi nukleotida P. fucata yang berasal dari Selat Semau terdiri dari 28.1%
basa timin (T), 20.1% basa sitosin (C), 28.1% basa adenin (A), dan 23.7% basa
guanin (G). Berdasarkan komposisi basa nukleotida, diketahui bahwa basa
nukleotida adenin (A) dan timin (T) mendominasi urutan basa nukleotida gen COI
dari kedua contoh, sehingga gen COI dari kedua contoh dikategorikan sebagai
kelompok kaya A-T (A-T rich).

7
Urutan basa nukleotida gen COI dari kedua contoh P. fucata (famili
Pteriidae) disejajarkan dengan outgroup (famili Arcidae dan Pectinidae) yang
diperoleh dari GenBank. Berdasarkan hasil pensejajaran, diperoleh nilai
conserved sebesar 18.3% (75/409), variable sebesar 71.8% (294/409) dan
singleton sebesar 51.3% (210/409).
Analisis jarak genetik dan filogeni gen COI P. fucata
Perhitungan jarak genetik dilakukan antara spesies P. fucata dan spesies
bivalvia lainnya dari famili Arcidae dan Pectinidae. Perhitungan jarak genetik
menunjukkan bahwa jarak genetik antara spesies P. fucata yang berasal dari Teluk
Persia (UEA) dan P. fucata yang berasal dari Selat Semau, NTT (Indonesia) lebih
rendah dari jarak genetik antara P. fucata dan spesies outgroup dari famili Arcidae
dan Pectinidae (Tabel 1).
Data jarak genetik dijadikan sebagai dasar dalam analisis filogeni. Analisis
filogeni dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan antarspesies.
Analisis filogeni menunjukkan pemisahan yang nyata antara famili Pteriidae,
Arcidae, dan Pectinidae (Gambar 4).
Pohon filogeni yang dikonstruksi
berdasarkan metode pairwise-distance menghasilkan tiga nodus. Nodus pertama
terdiri dari anggota famili Pteriidae (kedua contoh P. fucata), nodus kedua terdiri
dari anggota famili Arcidae (Anadara transversa, Anadara antiquata, Arca
ventricosa, dan Arca navicularis), dan nodus ketiga terdiri dari anggota famili
Pectinidae (Perna viridis, Perna indica, dan Perna. perna).
Tabel 1

Pf UE
Pf ID
Aa
At
Av
An
Pv
Pi
Pp
a

Jarak genetik fragmen gen COI pada Pinctada fucata yang berasal dari
Teluk Persia (UEA), P. fucata yang berasal dari Selat Semau
(Indonesia), Anadara antiquata, A transversa, Arca ventricosa, Arca
navicularis, Perna viridis, Perna indica, dan Perna perna
PF UEa

Pf ID

Aa

At

Av

An

Pv

Pi

0.333
0.702
0.687
0.697
0.712
0.672
0.652
0.662

0.641
0.616
0.697
0.652
0.652
0.652
0.667

0.308
0.394
0.348
0.606
0.591
0.606

0.333
0.303
0.571
0.591
0.611

0.232
0.626
0.636
0.641

0.545
0.576
0.611

0.167
0.197

0.061

Pp

Pf UE: Pinctada fucata dari UEA, Pf ID: P. fucata dari Indonesia, Aa: Anadara antiquata, At:
Anadara transversa, Av: Arca ventricosa, An: Arca navicularis, Pv: Perna viridis, Pi: Perna
indica, Pp: Perna perna.

8

Gambar 4

Konstruksi filogeni berdasarkan gen COI pada famili Pteriidae
(Pinctada fucata), Arcidae (Anadara antiquata, Anadara transversa,
Arca ventricosa, Arca navicularis), dan Pectinidae (Perna viridis,
Perna indica, Perna perna)

Situs mutasi gen COI Pinctada fucata
Berdasarkan hasil pensejajaran urutan basa nukleotida gen COI P. fucata
yang berasal dari Teluk Persia (UEA) dan Selat Semau (Indonesia), diperoleh
situs mutasi pada gen COI P. fucata sebanyak 33 situs. Situs mutasi yang
ditemukan terdiri dari 16 situs mutasi insersi dan 17 situs mutasi delesi (Lampiran
2).
Nukleotida spesifik gen COI Pinctada fucata
Berdasarkan hasil pensejajaran gen COI P. fucata dengan gen COI famili
Arcidae dan Pectinidae, diperoleh 70 situs spesifik pada P. fucata (Lampiran 3).
Situs spesifik ini merupakan penciri yang membedakan spesies P. fucata dengan
spesies lainnya dari famili Arcidae.dan Pectinidae. Keberadaan situs spesifik ini
menunjukkan adanya evolusi dari spesies P. fucata.

Pembahasan
Isolasi dan ekstraksi DNA P. fucata yang berasal dari Teluk Persia (UEA)
dan Selat Semau, NTT (Indonesia), masing-masing menghasilkan satu contoh
DNA total dengan kualitas yang baik. DNA total akan menjadi cetakan dalam
proses amplifikasi. Kualitas DNA total merupakan faktor yang sangat penting
dalam keberhasilan proses amplifikasi karena keberadaan debris dan protein yang
berlebihan akan menghambat proses amplifikasi (Popa et al. 2007). Kandungan
polisakarida dan protein polifenol yang tinggi di dalam otot kaki kerang juga
dapat menjadi kontaminan yang akan mengganggu proses polimerase enzimatik
asam nukleat (Pereira et al. 2011).

9
Kedua contoh DNA total dengan kualitas yang baik dijadikan sebagai
cetakan DNA untuk mengamplifikasi gen COI P. fucata dengan metode PCR
(Polymerase Chain Reaction). Amplifikasi gen COI dilakukan pada suhu
penempelan primer (annealing) 52 oC. Optimalisasi suhu annealing merupakan
tahap yang sangat penting dilakukan dalam metode PCR. Hal ini disebabkan
penempelan primer forward dan reverse di kedua ujung DNA terjadi pada tahap
annealing. Oleh karena itu, dibutuhkan suhu annealing yang optimal untuk
proses penempelan primer tersebut.
Urutan basa nukleotida gen COI P. fucata yang berasal dari Teluk Persia
(UEA) dan Selat Semau, NTT (Indonesia) didominasi oleh basa nukleotida adenin
dan timin. Komposisi basa nukleotida A-T pada P. fucata yang berasal dari Teluk
Persia dan Selat Semau, masing-masing adalah 56.2% dan 57.9%. Menurut Jusuf
(2011), ikatan hidrogen A-T terdiri dari 2 ikatan hidrogen yang bersifat lebih
lemah dibandingkan dengan ikatan hidrogen G-C yang memiliki 3 ikatan hidrogen.
Oleh karena itu, ikatan basa nukleotida A-T lebih mudah untuk terpisah, sehingga
menyebabkan spesies P. fucata memiliki kemungkinan mutasi yang relatif tinggi.
Urutan basa nukleotida gen COI P. fucata digunakan dalam analisis filogeni
untuk mengetahui hubungan kekerabatan antara P. fucata dan spesies bivalvia
lainnya (Anadara transversa, Anadara antiquata, Arca ventricosa, Arca
navicularis, Perna viridis, Perna indica, Perna perna). Konstruksi pohon filogeni
memperlihatkan pemisahan yang jelas antara famili Pteriidae (P. fucata) dengan
famili Arcidae (Anadara transversa, Anadara antiquata, Arca ventricosa, Arca
navicularis) dan famili Pectinidae (Perna viridis, Perna indica, Perna perna).
Pohon filogeni dikonstruksi berdasarkan jarak genetik antarindividu. Semakin
berbeda urutan basa nukleotida antarindividu, semakin besar pula jarak genetik
antarindividu. Selanjutnya, semakin besar jarak genetik antarindividu, semakin
jauh pula hubungan kekerabatan antara keduanya.
Konstruksi pohon filogeni memperlihatkan adanya tiga nodus. Nodus
pertama terdiri dari P. fucata yang berasal dari perairan UEA dan P. fucata yang
berasal dari perairan Indonesia. Nodus kedua terdiri dari anggota famili Arcidae,
yaitu Anadara transversa, A. antiquata, Arca ventricosa, dan Arca navicularis,
sedangkan nodus ketiga terdiri dari anggota famili Pectinidae, yaitu P. viridis, P.
indica, dan P. perna. Pemisahan ini terjadi akibat adanya situs spesifik pada gen
COI yang menjadi penciri bagi P. fucata. Keberadaan situs spesifik yang
berjumlah 70 situs nukleotida mampu membedakan antara P. fucata dan spesies
lainnya dari famili Arcidae dan Pectinidae.
Hasil perhitungan jarak genetik menunjukkan adanya perbedaan urutan basa
nukleotida pada beberapa situs gen COI P. fucata yang berasal dari Teluk Persia
(UEA) dan Selat Semau, NTT (Indonesia). Hal ini mengindikasikan terjadinya
mutasi pada P. fucata. Berdasarkan urutan basa nukleotida, diketahui bahwa
terdapat 16 situs mutasi insersi dan 17 situs mutasi delesi pada gen COI P. fucata.
Mutasi insersi adalah mutasi yang terjadi karena adanya penambahan satu atau
lebih basa nukleotida ke dalam urutan DNA, sedangkan mutasi delesi adalah
mutasi yang terjadi karena kehilangan satu atau lebih basa nukleotida di dalam
DNA. Mutasi yang terjadi pada P. fucata diduga disebabkan oleh adanya
fragmentasi habitat akibat jarak yang sangat jauh antara Teluk Persia (Uni Emirat
Arab) dan Selat Semau, NTT (Indonesia).
Fragmentasi habitat mampu
menyebabkan terjadinya mutasi genetik (Moreira 2009). Jarak yang sangat jauh

10
antara UEA dan Indonesia menyebabkan pertukaran haplotip tidak dapat terjadi
antara kedua populasi dan menyebabkan tidak adanya konektivitas antara kedua
populasi.
Teluk Persia terletak pada 23.9-30.3 oLU, sedangkan Selat Semau, NTT
terletak pada 10.1-10.3 oLS. Hal ini menyebabkan Teluk Persia beriklim
subtropis, sedangkan Selat Semau, NTT beriklim tropis. Lokasi geografis dengan
iklim yang berbeda menyebabkan perbedaan kondisi lingkungan perairan,
sehingga P. fucata melakukan strategi adaptasi yang berbeda pula untuk tetap
bertahan hidup dan bereproduksi. Salah satu strategi adaptasi yang dilakukan
adalah melalui mekanisme molekuler, sehingga gen COI P. fucata dari Teluk
Persia (UEA) dan Selat Semau, NTT (Indonesia) memiliki karakter molekuler
yang berbeda. Hal ini terbukti dari adanya perbedaan urutan basa nukleotida gen
COI pada P. fucata yang berasal dari kedua wilayah tersebut.
Perbedaan urutan gen COI antara P. fucata yang berasal dari Teluk Persia
(UEA) dan Selat Semau, NTT (Indonesia) dapat menjadi penciri khusus bagi
masing-masing populasi untuk mengetahui asal wilayah keduanya. Adanya
perbedaan tersebut mengindikasikan bahwa gen COI dapat menjadi suatu identitas
molekuler dan alat autentifikasi bagi sumber daya P. fucata dan mutiara yang
dihasilkannya untuk mencegah perdagangan ilegal dan pencurian mutiara.
Berdasarkan identitas molekuler tersebut, suatu negara dapat melakukan klaim
perdagangan terhadap sumber daya P. fucata dan produk mutiaranya.
Adanya situs mutasi dan perbedaan urutan basa nukleotida gen COI dari
kedua contoh mengindikasikan bahwa P. fucata yang berasal dari Teluk Persia
(UEA) dan Selat Semau (Indonesia) memiliki keragaman nukleotida yang berbeda.
P. fucata yang berasal dari Selat Semau (Indonesia) memiliki urutan basa
nukleotida gen COI yang khas. Keragaman nukleotida suatu spesies penting
untuk dipertahankan bagi kelestarian spesies tersebut. Semakin tinggi keragaman
nukleotida, semakin tinggi pula keragaman genetik yang dimiliki. Keragaman
genetik memiliki peran penting dalam kebugaran (fitness) dan ketahanan suatu
populasi. Keragaman genetik mampu menyediakan keragaman respon yang
penting untuk menjaga fungsi ekosistem dan adaptasi spesies terhadap perubahan
lingkungan (Ehlers et al. 2008). Oleh karena itu, kondisi perairan Selat Semau
yang belum banyak terkontaminasi oleh polutan harus tetap dipertahankan.
Kegiatan antropogenik yang membuang limbah di sepanjang pesisir juga perlu
dibatasi dalam upaya mempertahankan kondisi perairan Selat Semau yang
berperan sebagai habitat kerang mutiara P. fucata. Terjaganya kondisi habitat
menjadi faktor penting dalam pemeliharaan keragaman genetik P. fucata,
sehingga populasi P. fucata di Selat Semau dapat tetap lestari.

KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Karakterisasi gen COI berhasil dilakukan pada kerang mutiara P. fucata
sebagai langkah eksplorasi P. fucata di Selat Semau, NTT (Indonesia). P fucata

11
yang berasal dari Teluk Persia (UEA) dan P. fucata yang berasal dari Selat Semau,
NTT (Indonesia) memiliki perbedaan urutan basa nukleotida gen COI. Perbedaan
urutan basa nukleotida gen COI ini dapat menjadi penciri bagi masing-masing
populasi, sehingga suatu negara dapat melakukan klaim perdagangan terhadap
sumber daya P. fucata dan mutiara yang dihasilkannya berdasarkan urutan basa
nukleotida gen COI.yang dimilikinya.

Saran
Pengambilan contoh P. fucata yang berasal dari wilayah geografis yang
lebih bervariasi diperlukan untuk memberikan pembuktian yang lebih menyeluruh
mengenai perbedaan urutan basa nukleotida gen COI P. fucata. Penelitian
lanjutan dengan melakukan cloning gen COI P. fucata juga perlu dilakukan untuk
mendapatkan urutan basa nukleotida utuh dari gen COI P. fucata.

DAFTAR PUSTAKA
Bickford D, Lohman DJ, Sodhi NS, Ng PKL, Meler R, Winker K, Ingram KK,
Das I. 2006. Cryptic species as a window on diversity and conservation.
Ecology and Evolution. 22:148-155. doi:10.1016/j.tree.2006.11.004.
Duryadi D. 1994. Peran DNA mitokondria (mtDNA) dalam studi keragaman
genetik dan biologi populasi pada hewan. J Hayati. 1(1):1-4.
Ehlers A, Worm B, Reusch TBH. Importance of genetic diversity in eelgrass
Zostera marina for its resilience to global warming. Mar Ecol Prog Ser.
355: 1-7
Hebert PDN, Ratnasingham S, deWaard JR. 2003a. Barcoding animal life:
cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species.
Proc. R. Soc. Lond. 270:96–99. doi:10.1098/rsbl.2003.0025.
Hebert PDN, A Cywinska, Ball S. L, deWaard JR. 2003b. Biological
identification through DNA barcodes. Proc. R. Soc. Lond. 270:313-321.
doi:10.1098/rspb.2002.2218.
Hebert PDN, Gregory T R. 2005. The Promise of DNA Barcoding for Taxonomy.
Syst. Biol. 54(5):852-859. doi:10.1080/10635150500354886.
Jusuf M. 2001. Genetika I: Struktur dan Ekspresi Gen. Jakarta (ID):Sagung Seto.
Knowlton N, Weigt LA. 1998. New dates and new rates for divergence across the
Isthmus of Panama. Proc. R. Soc. Lond. 265:2257-2263.
Knowlton N. 2000. Molecular genetic analyses of species boundaries in the sea.
Hydrobiologi. 420:73-90.
Moreira PA, Fernandes GW, Collevatti RG. 2009. Fragmentation and spatial
genetic structure in Tabebuia ochracea (Bignoniaceae) a seasonally dry
Neotropical tree. Forest Ecology and Management. 258:2690-2695.
doi:10.1016/j.foreco.2009.09.037
Nielsen LR, Kjaer ED. 2008. Tracing Timber From Forest To Consumer With
DNA Markers. Copenhagen (DK):Forest and nature agency.

12
Pereira JC, Chaves R, Bastos E, Leitao A, Pinto HG. 2011. An efficient method
for genomic DNA extraction from different molluscs species. Int J Mol Sci.
12:8086-8095. doi:10.3390/ijms12118086.
Popa OP, Murariu D, Popa LO. 2007. Comparison of four DNA extraction
methods from invasive freshwater bivalve species (mollusca: bivalvia) in
Romanian fauna. Grigore Antipa. L:527-536.
Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. 1977. DNA sequencing with chainterminating
inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA. 74: 5463-5467.
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2011. Mega 5: molecular evolutionary
genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and
maximum parsimony methods. J Mol Biol Evol. 28 (10): 2731–2739.
doi:10.1093/molbev/msr121.
Vrijenhoek RC. 2009. Cryptic species, phenotypic plasticity, and complex life
histories: Assessing deep-sea faunal diversity with molecular markers.
Deep-Sea Research. 56:1713-172. doi:10.1016/j.dsr2.2009.05.01.

13

LAMPIRAN
Lampiran 1 Peta lokasi pengambilan contoh Pinctada fucata

Peta lokasi pengambilan contoh P. fucata di Teluk Persia (Uni Emirat Arab)

Peta lokasi pengambilan contoh P. fucata di Selat Semau, NTT (Indonesia)

14
Lampiran 2 Situs mutasi basa nukleotida gen COI Pinctada fucata yang berasal
dari Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan P. fucata yang berasal dari
Selat Semau (Indonesia)
Situs nukleotida keSpesies
Pinctada fucata
UE
Pinctada fucata
ID

Spesies
Pinctada
UE
Pinctada
ID

fucata
fucata

2
3

3
1

4
1

4
9

1
1
9

1
2
0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

1
0

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

T

T

A

C

A

T

G

A

A

C

A

C

G

G

G

-

-

-

-

-

1
2
1

1
2
9

2
2
2

2
6
8

2
9
8

3
2
9

Situs nukleotida ke3 3 3 3 3 3
3 5 5 6 7 7
0 4 5 9 0 1

3
7
2

3
7
3

3
7
4

3
7
5

3
7
6

A

T

-

-

-

-

-

C

G

G

G

G

T

T

A

A

A

-

-

G

A

A

C

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

15
Lampiran 3 Situs nukleotida spesifik gen COI Pinctada fucata yang berasal dari
Teluk Persia (Uni Emirat Arab) dan P. fucata yang berasal dari Selat
Semau (Indonesia)

Spesies
Pinctada fucata
UE
Pinctada fucata
ID
Anadara.
antiquata
Anadara
transversa
Arca
ventricosa
Arca
navicularis
Perna viridis

6
5

6
8

7
0

8
1

8
3

8
6

8
8

Situs nukleotida ke1 1 1 1 1 1
0 0 0 0 1 1
1 2 3 9 3 4

1
3
2

1
3
9

1
4
5

1
7
3

1
7
5

1
8
4

A C A A C T

C C T

C C T

A A A C

C

T

G

A C A A C T

C C T

C C T

A A A C

C

T

G

C

T

T

T

T

C

G G A G G C

T

C

T

T

A

A

T

C

T

T

G T

C

G G A G G G G C

T

T

A

A

C

-

-

-

-

-

-

-

-

G T

G

G

A

C

-

-

-

C

T

C

G G A G G C

T

T

T

G

G

A

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

G

T

Perna indica

C

G G G A A G A C

G G C

T

.

T

G

T

G

T

Perna perna

C

G G G A A G A C

G G C

T

G T

G

T

G

T

Spesies

1
8
6

1
8
7

1
9
5

2
0
0

2
0
4

2
0
7

A

G

A

A

A

C

T

C

C

C

A

G

A

A

A

C

T

C

C

C

T

C

C

G

T

G

T

C

T

C

T

G

T

G

T

T

C

T

G

T

T

T

C

T

G

Perna viridis

C

T

T

T

Perna indica

C

T

T

Perna perna

T

T

T

Pinctada
fucata UE
Pinctada
fucata ID
Anadara
antiquata
Anadara
transversa
Arca
ventricosa
Arca
navicularis

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Situs nukleotida ke2
2
2
2
2
1
1
1
2
3
1
3
9
8
3

2
3
4

2
3
6

2
3
7

2
4
0

2
4
9

A

G

G

G

G

T

C

A

G

G

G

G

T

A

T

T

T

T

A

A

A

T

A

T

T

T

T

A

T

A

G

T

A

T

T

T

C

C

T

G

T

G

T

A

T

T

T

T

T

A

G

G

G

A

T

T

T

T

A

T

T

A

G

T

G

T

A

T

T

T

T

A

T

T

A

G

C

G

T

A

T

T

T

T

A

C

C

A

G

16
Lanjutan Lampiran 3

Spesies
Pinctada
fucata UE
Pinctada
fucata ID
Anadara.
antiquata
Anadara
transversa
Arca
ventricosa
Arca
navicularis
Perna
viridis
Perna
indica
Perna
perna

Spesies
Pinctada
fucata UE
Pinctada
fucata ID
Anadara
antiquata
Anadara
transversa
Arca
ventricosa
Arca
navicularis
Perna
viridis
Perna
indica
Perna perna

Situs nukleotida ke2 3 3 3 3
9 0 0 0 1
1 0 8 9 0

2
5
0

2
5
5

2
5
6

2
5
7

2
6
3

2
6
4

2
6
6

3
1
1

3
1
3

3
1
5

3
1
6

3
2
0

3
2
1

C

C

T

G

A

C

C

C

A

T

A

G

G

A

G

G

C

A

C

C

T

G

A

C

C

C

A

T

A

G

G

A

G

G

C

A

T

G

C

T

T

T

T

G

T

G

T

T

T

T

A

C

T

T

T

G

C

T

C

T

T

A

T

G

T

T

T

T

A

C

T

T

T

G

C

C

T

T

T

G

T

G

T

T

T

T

A

C

G

T

T

G

C

T

T

T

T

G

T

A

T

T

T

T

A

C

T

T

T

A

C

C

C

T

T

T

G

A

G

C

T

G

A

C

T

T

T

T

C

C

C

T

T

T

G

G

G

C

T

G

A

C

T

T

T

T

C

C

C

T

T

T

G

G

G

C

T

G

A

C

T

T

3
2
8

3
3
6

3
3
7

3
4
3

3
5
4

3
5
9

Situs nukleotida ke3
3
3
3
3
7
8
8
8
8
2
2
3
5
8

3
9
2

4
0
2

4
0
3

4
1
5

4
1
6

4
1
9

A

A

T

T

A

T

C

G

A

G

C

T

A

A

T

A

A

A

A

T

T

A

T

C

G

A

G

C

T

A

A

T

A

A

T

T

C

C

G

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

T

C

C

G

A

A

C

G

C

G

A

-

-

-

-

-

T

T

C

C

G

A

G

C

G

C

G

A

T

T

G

G

G

T

T

C

C

G

A

A

C

G

C

G

A

T

T

G

G

G

T

C

C

C

T

C

G

T

T

T

T

G

T

T

G

T

T

T

C

C

C

T

C

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

C

C

C

T

C

G

T

T

T

T

-

-

-

-

-

-

17

RIWAYAT HIDUP
Penulis bernama lengkap Yuyun Qonita lahir di Arso
28 Juni 1992, merupakan anak kedua dari tiga bersaudara dari
ibu bernama Romelah dan ayah Sumbono. Penulis mulai
mengikuti pendidikan sekolah dasar di SD YPKP 1 Sentani
dan lulus pada tahun 2004. Melanjutkan di SMPN 1 Sentani
dan lulus pada tahun 2007 serta dilanjutkan di SMAN 1
Sentani dan lulus pada tahun 2010. Penulis lulus seleksi
menjadi mahasiswa di Institut Pertanian Bogor melalui jalur
Ujian Seleksi Masuk IPB (USMI) pada tahun 2010 sebagai
mahasiswa Departemen Sumber Daya Perairan, Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Kegiatan di luar akademik, penulis aktif dalam organisasi
Forum for Scientific Studies (FORCES) IPB tahun 2010-2011 sebagai anggota
Departemen Community Development, Himpunan Mahasiswa Manajemen Sumber
Daya Perairan (HIMASPER) IPB tahun 2011-2012 sebagai Sekretaris Umum II,
HIMASPER tahun 2012-2013 sebagai sekretaris Umum I. Kegiatan akademik di luar
perkuliahan yang pernah dilakukan oleh penulis adalah menjadi asisten mata kuliah
Metode Statistika dan asisten Ekologi Perairan tahun 2012-2013, asisten mata kuliah
Kualitas Air tahun 2013-2014, asisten mata kuliah Dasar-dasar Biologi Populasi
tahun 2013-2014 dan Koordinator asisten mata kuliah Metode Statistik 2013-2014.