Karakteristik Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Kerang Bulu (Anadara antiquata Linn.) asal Perairan Panimbang dan Bojonegara, Provinsi Banten

KARAKTERISTIK GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI)
PADA KERANG BULU (Anadara antiquata Linn. ) ASAL PERAIRAN
PANIMBANG DAN BOJONEGARA, PROVINSI BANTEN

DINI HERLINA

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2013

ABSTRAK
DINI HERLINA. Karakteristik Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Kerang Bulu
(Anadara antiquata Linn.) asal Perairan Panimbang dan Bojonegara, Provinsi Banten. Di bawah
bimbingan DEDY DURYADI SOLIHIN dan NURLISA A. BUTET.
Kerang bulu Anadara antiquata Linn. merupakan salah satu bivalvia intertidal anggota
Famili Arcidae yang keberadaannya tersebar luas di Indonesia. Kerang ini memiliki peran
ekonomis dan ekologis penting. Berdasarkan basis data genetik di GenBank belum ada data genom
spesies A. antiquata asal Indonesia. Dengan demikian untuk melengkapi informasi taksonomi
kerang bulu, maka penelitian ini dilaksanakan dengan tujuan untuk mengkaji karakteristik gen
cytochrome oxidase subunit I (COI) pada kerang bulu (Anadara antiquata linn.) asal Banten

(Panimbang dan Bojonegara). Sampel yang diekstraksi berasal dari Panimbang dan Bojonegara.
DNA hasil ekstraksi dilanjutkan dengan tahap amplifikasi dan sekuening Gen COI yang
menghasilkan produk sebesar 607 nukleotida (nt). Produk tersebut kemudian dianalisis
menggunakan Software MEGA 4.0, disejajarkan dengan beberapa sekuen yang berasal dari basis
data GenBank. Penelitian ini telah mampu mengkarakterisasi gen COI A. antiquata menggunakan
pensejajaran dengan metode Clustal W dan produk yang dihasilkan 382 nt.
Kata kunci : Anadara antiquata, COI, Banten.

ABSTRACT
DINI HERLINA. Characteristics of Gene Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) on Hairy Cockle
(Anadara antiquata Linn.) from Panimbang and Bojonegara Waters, Banten Province. Supervised
by DEDY DURYADI SOLIHIN and NURLISA A. BUTET.
Anadara antiquata is an intertidal bivalve belongs to Arcidae Family. Its distribution in
Indonesia is widespread. Its play role both in economy and ecology. Based on genetic database
from GenBank, there is no genome data of A. antiquata from Indonesia. Therefore, to accomplish
information on this hairy cockle, this research was aimed at characterizing cytochrome oxidase
subunit I (COI) in cockle (Anadara antiquata linn.) from Banten (Panimbang and Bojonegara).
Hairy cockle samples were collected from Panimbang and Bojonegara. Those were extracted for
DNA analysis. DNA extraction and amplification process were followed with DNA sequencing of
COI gene that produced 607 nucleotides (nt). The product was analyzed using software MEGA 4.0

and aligned with some sequences from GenBank database. This study was able to characterize A.
antiquata COI gene which product was 382 nt using alignment method of Clustal W.
Key words: Anadara antiquata, COI, Banten.

KARAKTERISTIK GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI)
PADA KERANG BULU (Anadara antiquata Linn. ) ASAL PERAIRAN
PANIMBANG DAN BOJONEGARA, PROVINSI BANTEN

DINI HERLINA

Skripsi
sebagai salah satu syarat memperoleh
gelar Sarjana Sains
pada Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2013

Judul skripsi : Karakteristik Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada
Kerang Bulu (Anadara antiquata Linn.) asal Perairan Panimbang
dan Bojonegara, Provinsi Banten
Nama
: Dini Herlina
NIM
: G34070033
Departemen : Biologi

Disetujui:
Pembimbing I

Pembimbing II

Dr. Ir. Nurlisa A. Butet, M.Sc
NIP. 19651208 199011 2 001

Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA
NIP. 19561102 198403 1 003

Diketahui,
Ketua Departemen Biologi
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Dr. Ir. Ence Darmo Jaya Supena, M.Si.
NIP. 19641002 198903 1 002

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala rahmat dan karunia-Nya
sehingga karya ilmiah yang berjudul Karakteristik Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada
Kerang Bulu (Anadara antiquata Linn.) asal Perairan Panimbang dan Bojonegara, Provinsi Banten
ini dapat diselesaikan. Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan Januari 2011 hingga bulan
Desember 2012 bertempat di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Penelitian Sumberdaya
Hayati dan Bioteknologi (PPSHB) dan Laboratorium terpadu Departemen Biologi, FMIPA Institut
Pertanian Bogor.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA dan Ibu
Dr. Ir. Nurlisa A. Butet, M.Sc atas segala bimbingan, arahan, saran serta ilmu yang senantiasa
diberikan sepanjang penelitian hingga penulisan karya ilmiah ini selesai. Di samping itu,

penghargaan penulis sampaikan kepada Bapak Heri dan Ibu Retno yang telah membantu dalam
proses penelitian. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada umi, bapak dan seluruh
keluarga atas segala doa, dukungan dan kasih sayang yang telah diberikan, serta kepada temanteman seperjuangan di laboratorium (Ratna, Dewi, Gita, Kak Nining dan Fery) dan keluarga besar
Biologi 44 atas semangat dan pertemanan yang telah diberikan.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Maret 2013

Dini Herlina

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Cianjur pada tanggal 22 Mei 1988 dari ayah Udin Saripudin dan ibu
Etih Nurhayati. Penulis merupakan putri kedua dari tiga bersaudara.
Tahun 2007 penulis lulus dari SMA Negeri 1 Cilaku dan pada tahun yang sama lulus
seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB. Penulis memilih mayor biologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Selama mengikuti perkuliahan penulis aktif di Organisasi Uni Konservasi Fauna (UKF)
pada tahun 2007-2011, pernah menjabat sebagai sekretaris kegiatan Eksplorasi Suaka Margasatwa
Cikepuh tahun 2009, Ketua divisi konsumsi kegiatan UKF EXPO 2009 dan Bendahara Internal
UKF pada tahun 2009/2010. Penulis juga menjadi asisten mata kuliah fisiologi tumbuhan pada

tahun ajaran 2010/2011. Pada tahun 2010, penulis melakukan praktik lapangan di PT SEA
WORLD Indonesia dengan judul “Pemeliharaan dan penerapan animal welfare pada penyu di PT
SEA WORLD Indonesia”.

2

DAFTAR ISI
DAFTAR GAMBAR
DAFTAR LAMPIRAN

Halaman
vii
vii

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Tujuan

1
1

2

BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat
Bahan
Metode
Ekstraksi DNA
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA
Perunutan Produk PCR (Sekuening) DNA A. antiquata Gen COI
Analisis Filogeni

2
2
2
2
2
2
3
3

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Ekstraksi DNA Total
Amplifikasi Daerah COI
Sekuening dan Alignment Produk PCR pada Daerah COI
Analisis Filogeni
Pembahasan

3
3
3
4
4
4
5

SIMPULAN

6

SARAN

6

DAFTAR PUSTAKA

6

3

DAFTAR GAMBAR
Halaman
1

Gambar kerang bulu (Anadara antiquata)

2

2

Hasil isolasi DNA total otot A. atlas pada gel agarosa 1.2%

3

3

Hasil amplifikasi daerah COI pada gel agarosa 1.2%

4

4

Elektroforesis DNA hasil pre-test produk PCR pada gel agarosa 1%

4

5

Konstruksi pohon filogeni dengan bootstrap neighboor-Joining (NJ) 1000 kali
pengulangan berdasarkan p-distance basa-basa nukleotida COI sepanjang 382 nt A.

antiquata ingroup dan outgroup

6

5

Gambar 6 Pensejajaran A. antiquata dengan spesies lain yang berasal dari ingroup dan
outgroup.
6

DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
1

Pensejajaran berganda nukleotida (607 nt) pada gen COI A. antiquata sampel Bj 6, Bj
11 dan P 228

2

Pensejajaran berganda nukleotida (382 nt) pada gen COI A. antiquata dengan sekuen lain
yang berasal dari GenBank

3

9

12

Matriks perbedaan rata-rata nukleotida p-distance (% nukleotida yang berbeda)
berdasarkan metode pairwise distance daerah COI pada kerang bulu A. antiquata
beberapa pembandingnya ingroup dan outgroup yang berasal dari GenBank

15

1

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Bivalvia khususnya Arcidae merupakan
salah satu famili yang keberadaannya paling
melimpah di perairan tropis dan memiliki
nilai ekonomis yang sangat tinggi untuk
daerah Indo-Pasifik (Broom 1985). Bivalvia
banyak dimanfaatkan oleh masyarakat
sebagai sumber bahan pangan alternatif.
Kerang bulu (Anadara antiquata Linn.)
merupakan salah satu anggota spesies dari
Famili Arcidae, Subfamili Anadarinae yang
tersebar luas di Indonesia. Anadara
antiquata termasuk ke dalam Subkelas
Lamellibranchiata yang memiliki filamen
insang memanjang dan melipat seperti
hurup W. Filamen satu dengan filamen
lainnya
dihubungkan
oleh
cilia
(filibranchia). Kerang ini memiliki ciri
bentuk kedua aduktor berukuran kurang
lebih sama (Nurjanah et al. 1999). Cangkang
kerang bulu lebih tipis dari kerang darah dan
memiliki ciri khas ditumbuhi oleh bulu –
bulu halus. Menurut Dixon et al. (1995) bulu
tersebut berasal dari periostrakum yang
merupakan lapisan terluar cangkang, terbuat
dari zat tanduk dan material organik
(choncialin). Bulu ini berfungsi sebagai alat
perlindungan diri dari predator karena
struktur cangkangnya yang relatif lebih tipis
dibanding kerang darah. Selain itu bulu juga
berperan sebagai alat penempelan pada
substrat.
Distribusi kerang tersebut meliputi New
Caledonia, Australia, Tropical Indo-West
Pacific, Red Sea, Jepang, China, Laut Cina
Selatan, Hong Kong (Xianggang), Vietnam,
Thailand, Philippines, dan Indonesia.
Penyebarannya di Indonesia tersebar di
kawasan pesisir pantai. Anadara antiquata
terdapat di area sublitoral, mendiami celah
bebatuan (Broom 1985), sedimen berpasir
kerikil (Afiati 2007) atau daerah estuari
bersubstrat lumpur yang berbatasan dengan
hutan mangrove (Pattikawa 2007). Kerang
bulu merupakan filter feeder. Makanan
utamanya adalah plankton, terutama
fitoplankton. Menurut Suwignyo et al.
(1998) makanan masuk melalui siphon
inhalant, dijebak pada insang karena
terdapat mukus. Zat makanan selanjutnya
dialirkan ke mulut melalui silia dan disortir
oleh pulp yang berada di sekitar mulut.
Partikel seperti kerikil dikeluarkan oleh
siphon
exhalant,
makanan
di
transformasikan ke mulut kemudian di
proyeksikan ke perut oleh bagian ventral

perut dan terjadi gerakan rotasi. Makanan
hancur secara mekanis dan material yang
tidak dicerna akan di buang melalui anus
sebagai feses.
Sebagai hewan filter feeder dan sedenter,
kerang bulu berpotensi kecil untuk
menghindar dari perubahan lingkungan
perairan yang membahayakan (Nurjanah et
al. 1999). Kerang bulu dengan demikian
dapat digunakan sebagai bioindikator.
Keberhasilan
A.
antiquata
sebagai
bioindikator telah dilakukan oleh Iswani et
al. (1995).
Pengkajian keragaman genetik melalui
penandaan
molekuler
menggunakan
Deoxyribonucleic Acid (DNA) pada inti dan
DNA
mitokondria
(mtDNA)
dapat
mengungkapkan perbedaan intra dan
interspesies dengan lebih teliti. Hal tersebut
menyangkut tentang struktur, komposisi dan
organisasi genom pada tingkat DNA
(Solihin 1994). DNA mitokondria memiliki
susunan yang berbeda dengan DNA inti,
ukurannya lebih kecil. Penggunaan mtDNA
sebagai penanda genetik telah memberikan
informasi
secara
kualitatif
maupun
kuantitatif. Selain itu mtDNA memiliki
kemampuan berevolusi sangat cepat
sehingga dapat digunakan untuk melacak
kejadian yang relatif baru (Solihin 1994).
Gen penyandi dalam genom mtDNA di
antaranya adalah Gen cytochrome oxidase
subunit I (COI). Gen COI memiliki banyak
kelebihan untuk mempelajari karakteristik
genetik, yaitu gen COI sedikit sekali
mengalami delesi dan insersi pada
sekuennya, serta banyak bagian yang
bersifat conserve (lestari) sehingga dapat
digunakan sebagai DNA barcoding, yaitu
penciri setiap spesies (Hebert et al. 2003).
Gen
COI
dapat
digunakan
untuk
merekonstruksi filogenetik pada cabang
evolusi tingkat spesies (Palumbi 1996).
Selain itu susunan asam amino dari protein
yang disandi gen COI jarang mengalami
substitusi sehingga gen COI bersifat stabil
dan dapat digunakan sebagai penanda
analisis filogeni, namun basa-basa pada
triple kodonnya masih berubah dan bersifat
silent yaitu perubahan basa yang tidak
merubah jenis asam amino (Lynch & Jarrell
1993).
Kajian molekuler terhadap A. antiquata
khususnya di Indonesia masih sangat sedikit.
Berdasarkan basis data genetik di GenBank,
belum ada data genom spesies A. antiquata
asal Indonesia. Hal inilah yang mendasari
untuk melakukan penelitian mengenai

2

karakteristik gen cytochrome oxidase
subunit I (COI) pada kerang bulu A.
antiquata asal Banten (Panimbang dan
Bojonegara). Kedua daerah tersebut sudah
mulai berubah karena lingkungannya mulai
tercemar limbah industri maupun limbah
rumah tangga. Menurut Muawanah et al.
(2005) kondisi perairan di Teluk Lada
khususnya Panimbang telah mengalami
pencemaran logam berat seperti Hg (0.0010.021 mg/l), Pb (0.005-0.023 mg/l) dan Cu
(0.005-0.065 mg/l). Sedangkan di Teluk
Banten perairannya mengandung Hg sebesar
0.153 mg/l, Pb 0.153 mg/l dan Cd 0.064
mg/l (Setyobudiandi 2004). Tingkat perubahan lingkungan dapat berpengaruh
terhadap
karakteristik
genetik
suatu
organisame menarik untuk dipelajari. Hasil
penelitian ini diharapkan dapat digunakan
sebagai informasi dasar mengenai keragaman genetik dengan penanda COI
sebagai pembeda antar spesies A. antiquata.
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji
karakteristik gen COI pada kerang bulu asal
Perairan Panimbang dan Bojonegara,
Provinsi Banten.

BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan
Januari 2011 hingga bulan Desember 2012
di Laboratorium Biologi Molekuler Hewan,
Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan
Bioteknologi (PPSHB) dan Laboratorium
Terpadu Departemen Biologi, FMIPA
Institut Pertanian Bogor.
Bahan
Sampel yang digunakan adalah sampel
otot A. antiquata asal Panimbang (P) dan
Bojonegara (Bj). Berikut gambar kerang
bulu yang digunakan pada penelitian ini.

Gambar

1.

Kerang Bulu
antiquata)

(Anadara

Metode
Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA genomik A. antiquata
asal Panimbang (P) sebanyak 30 dan sampel

Bojonegara (Bj) sebanyak 14 sampel
menggunakan metode menurut Solihin
(1997) yang telah dimodifikasi. Sampel otot
dicacah halus dan dimasukan ke dalam
microtube (1.5 ml), diberi larutan Low TE
(Tris HCL : EDTA = 1:10) sampai
terendam. Sampel diinkubasi pada suhu 37
⁰C selama kurang lebih satu bulan. Sampel
disentrifugasi pada kecepatan 13.000 rpm
selama 3 menit, kemudian larutan Low TE
dibuang. Sampel digerus dengan diberi
penambahan 800 µl 1x cethyl trimethyl
ammonium bromide (CTAB) Buffer dan 10
µl Proteinase K 20 mg/ ml kemudian
diinkubasi pada suhu 55 ⁰C selama
semalam.
Suspensi yang telah diinkubasi pada suhu
55⁰C ditambah fenol 400 µl, larutan CIAA
(chloroform : Isoamyl alcohol = 24:1) 400 µl
dan larutan NaCl 5 M 40 µl, diputar
membentuk angka delapan selama 20 menit
pada suhu ruang kemudian disentrifugasi
dengan kecepatan 13.000 rpm selama 3
menit.
Supernatan dipindahkan ke
microtube baru, dan ditambahkan larutan
CIAA 400 µl, diputar membentuk angka
delapan selama 20 menit dan disentrifugasi
dengan kecepatan 13.000 rpm selama 3
menit. Supernatan (lapisan atas) dipindahkan
ke microtube baru, ditambahkan etanol
absolut sebanyak 2x volume, simpan di
freezer selama semalam.
Selanjutnya sampel disentrifugasi dengan
kecepatan 12.000 rpm selama 5 menit dan
dibuang supernatannya. Sampel diberi
penambahan etanol 70 % sebanyak 2x
volume, sentrifugasi dengan kecepatan
12.000 rpm selama 5 menit dan dibuang
supernatannya. DNA (endapan putih)
dikeringudarakan pada suhu ruang selama
15 sampai 30 menit. Endapan diberi larutan
TE-RNAse 40 mg/ ml sebesar 35-50 µl,
diinkubasi pada suhu 37⁰C selama 15 menit.
DNA disimpan di freezer.
Kualitas
DNA
dilihat
dengan
dimigrasikan pada gel agarosa 1,2%
menggunakan buffer 1xTAE. Pewarnaan gel
agarosa dengan ethidium bromide (0.5 g/ ml)
diamati dan difoto menggunakan GELDOC
pada sinar Ultra violet 400 nm.
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen
DNA
DNA hasil ekstraksi diamplifikasi
menggunakan teknik Polymerase Chain
Reaction (PCR). Fragmen DNA yang
diamplifikasi yaitu gen COI parsial pada A.
antiquata. Amplifikasi fragmen DNA daerah

3

COI dilakukan dengan menggunakan
pasangan primer koleksi Dr. Dedy D.
Solihin, DEA dan Dr. Ir. Nurlisa A. Butet,
M.Sc dengan primer forward AGF (5’AGCCGGCAGGTCTTTATGTAGAAGTT
AG-3’) dan primer reverse AGR (5’TAAACCTCCGGGTGTCCAAAAAACCA
-3’). Komposisi pereaksi PCR terdiri atas 5
µl buffer A (KAPA), 5 µl enhancer, 6.8 µl
ddH2O, 3 µl sampel DNA yang tidak diukur
konsentrasinya, 2 µl MgCl2 50mM, 1 µl
dNTP, 1 µl primer forward 20 ρmol, 1 µl
primer reverse 20 ρmol dan 0.2 µl taq
Robust Hot Start. Total volume reaksi
adalah 25 µl.
Reaksi PCR dilakukan menggunakan
mesin AB Verity, dengan kondisi yaitu,
diawali predenaturasi 94 ⁰C selama 5 menit.
Siklus PCR dilakukan sebanyak 35 kali,
terdiri atas denaturasi 94 ⁰C selama 45 detik,
penempelan primer (annealing) 59 ⁰C
selama satu menit 30 detik, perpanjangan
(elongasi) 72 ⁰C selama 1 menit diakhiri
dengan post-elongasi 72⁰C selama 7 menit.
Produk PCR yang diharapkan adalah sebesar
600 nt.
Kualitas produk PCR dilihat dengan
dimigrasikan pada gel agarosa 1.2% dengan
menggunakan buffer 1xTAE. Pewarnaan gel
agarosa menggunakan ethidium bromida
(0.5 g/ml), diamati dan difoto menggunakan
GELDOC pada sinar ultraviolet (400 nm).
Perunutan Produk PCR (Sekuening)
DNA A. antiquata Gen COI
Sekuening merupakan metode yang
digunakan untuk mengetahui variasi genetik
gen COI. Pembacaan sekuen DNA
dilakukan untuk mengetahui komposisi
nukleotida dan asam amino suatu gen, juga
menganalisis
kekerabatan
dan
jalur
evolusinya (Albert et al. 1994)
Produk PCR gen COI penelitian ini
berupa pita tunggal yang berukuran 600 nt.
Produk PCR disekuening di PT Genetika
Science secara lengkap dengan primer
forward dan reverse.
Analisis Filogeni
Runutan nukleotida gen COI A.
antiquata dengan primer forward dan
reverse diedit dan dianalisis untuk
mendapatkan sekuen DNA dari gen COI.
Runutan nukleotida yang telah diedit
disejajarkan dengan urutan baku nukleotida
dari GenBank pada satu famili Arcidae
(ingroup) dengan kode akses AB050895.1

(A. antiquata Jepang), HQ258847.1 (A.
crebricostata Cina), HQ258848.1 (A.
vellicata Cina), AB050896.1 (Diluvarca
ferruginea
Jepang),
HQ258861.1
(Scapharca globosa Cina) dan yang diluar
famili
Arcidae
(outgroup),
yaitu
AB050892.1 (Cucullaea labiata Jepang)
famili Cucullaedae dan AF253493.1
(Arcopsis solida Panama) famili Noetiidae.
Pensejajaran runutan nukleotida dilakukan
dengan menggunakan program Clustal W
yang terdapat pada software MEGA 4.0
(Tamura et al. 2007).
Analisis filogeni berupa perhitungan
komposisi basa nukleotida, jarak genetik dan
konstruksi filogeni menggunakan program
MEGA 4 (Tamura et al. 2007). Jarak genetik
diperoleh
dengan
membagi
jumlah
nukleotida yang berbeda dengan jumlah total
nukleotida,
dan
pohon
filogeni
direkonstruksi
berdasarkan
metode
bootstrapped Neighbour-Joinning (NJ)
dengan 1000 kali pengulangan.

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Ekstraksi DNA Total
Dari Sampel DNA kerang bulu asal
Panimbang
yang
berjumlah
30,
menghasilkan pita DNA dengan integritas
yang baik hanya 11 sampel. Sedangkan
sampel DNA kerang bulu asal Bojonegara
sebanyak 14 sampel, menghasilkan pita yang
berintegritas baik hanya sembilan sampel.
Contoh hasil ekstraksi DNA total yang
berhasil, dimigrasikan pada gel agarosa
1.2% dan dilihat dengan sinar UV transulliminator (Gambar 2). DNA total inilah
yang selanjutnya digunakan sebagai cetakan
DNA untuk mengampifikasi gen COI pada
proses PCR.
1 2
3
4 5

Gambar 2. Hasil ekstraksi DNA total otot
kerang bulu pada gel agarosa
1.2%. Keterangan: kolom 1= P
22, 2= Bj 4, 3= Bj 5, 4= Bj 6
dan kolom 5= Bj 11

4

Amplifikasi Daerah COI
Sampel DNA yang berhasil diamplifikasi
berjumlah lima sampel (Gambar 3).
Amplifikasi daerah COI mtDNA pada
kelima sample A. antiquata menghasilkan
pita tunggal berukuran sekitar 600 nt.
Tampak bahwa pita sampel P 22 paling
tebal diantara yang lainnya. Hal ini
dipengaruhi oleh kualitas dari DNA total
yang menjadi cetakan pada saat amplifikasi.
Berdasarkan kualitas hasil PCR tersebut
hanya tiga sampel yang dilanjutkan ketahap
sekuening, yaitu P 22, Bj 6 dan Bj 11.

Setelah
dilakukan
pensejajaran,
diperoleh panjang DNA hasil sekuening
sebesar 607 nt (Lampiran 1).
Hasil
pensejajaran tersebut menunjukkan bahwa
gen COI A. antiquata sangat conserve pada
level spesies. Komposisi nukleotida hasil
pensejajarannya terdiri atas 21.4 % basa A,
40.2 % basa T, 15.3 % basa C dan 23.1 %
basa G. Basa yang mendominasi gen COI
pada A. antiquata ini adalah basa T.
1
1kb

1

2

3

4

5

2

3

4

5
1kb

6

1000 nt
750 nt
500 nt
250 nt

600nt
500nt

Gambar 3. Hasil amplifikasi gen daerah COI
kerang bulu pada gel agarosa
1.2%. Keterangan: kolom1=
marker 100nt, 2= P 22, 3= Bj 4,
4= Bj 5, 5= Bj 6 dan kolom 6=
Bj 11
Sekuening dan Alignment Produk PCR
pada Daerah COI
Sebelum dilakukan sekuening, PT
Genetika Science selaku penyedia jasa
sekuen
melakukan
pre-test
untuk
mengetahui kualitas dari produk PCR
(Gambar 4). Perunutan DNA dilakukan dari
dua arah, forward dan reverse. Hasil sekuen
dari ketiga sampel menunjukan hasil yang
baik, meskipun hasil pre-test
yang
dilakukan oleh PT. Genetika Science
(Gambar 4) pada sampel berkode Bj 6 dan
Bj 11 sangat tipis. Ketebalan ketiga pita
sampel hasil PCR tersebut berbeda.

Gambar 4. Visualisasi hasil pre-test kualitas
produk PCR pada gel agarosa
1%.
Keterangan:
kolom
1=marker, 2= Bj 6, 3= Bj 11, 4=
P 22 dan kolom 5= marker
Selanjutnya ketiga sekuen gen COI A.
antiquata disejajarkan dengan sekuen gen
COI bivalvia lain yang diperoleh dari
GenBank. Panjang basa nukleotida dari
seluruh sekuen setelah disejajarkan sebesar
382 nt (Lampiran 2). Pensejajaran sekuen
menghasilkan nilai conserve sebesar 53.93%
(206/382) dan nilai variabel sebesar 46.07%
(176/382). Berdasarkan pensejajaran inter
spesies A. antiquata asal Banten dengan A.
antiquata asal Jepang terdapat perbedaan
basa nukleotida sebesar 83 situs nukleotida.
Sedangkan jika A. antiquata asal Banten
dibandingkan dengan spesies lain, terdapat
11 situs nukleotida COI A. antiquata yang
berbeda dan bersifat diagnostik sehingga
dapat digunakan sebagai penciri bagi spesies
tersebut (Lampiran 2).
Analisis Filogeni
Hubungan kekerabatan Famili Arcidae
(A. antiquata, A. crebricostata, A. vellicata,
Diluvarca ferruginea dan Scapharca
globosa) serta famili lainnya (Cucullaea
labiata dan Arcopsis solida) dapat
dibandingkan berdasarkan jarak genetik (p-

5

distance) dari basa-basa nukleotidanya
(Lampiran 3). Jarak genetiknya berkisar
antara 0-0,301. Berdasarkan jarak genetik pdistance dari basa-basa nukleotida COI
tersebut terbentuk konstruksi pohon filogeni
A. antiquata seperti pada Gambar 5.

ketahap sekuening. Hanya sampel yang
memiliki kualitas baik yang dipilih dengan
ditandai oleh pita yang tebal. Keberhasilan
amplifikasi ini bisa dipengaruhi oleh
beberapa hal di antaranya komposisi bahan
pereaksi, kondisi reaksi PCR yang tepat,
hdg
hdd

Arcidae

A
A. antiquata

Noetiidae

B

Cucullaeidae

Gambar 5. Konstruksi pohon filogeni dengan bootstrap neighboor-Joining (NJ) 1000 kali
pengulangan berdasarkan p-distance basa-basa nukleotida COI sepanjang 382 nt A.
antiquata ingroup dan outgroup
Berdasarkan pohon filogeni (Gambar 5)
terdapat dua nodus utama, yaitu nodus A
yang berasal dari famili Arcidae dan nodus
B yang berasal dari dua famili lainnya yaitu
Famili Noetiidae dan Famili Cucullaeidae.
Nilai jarak genetik A. antiquata asal Jepang
dengan A. antiquata asal Panimbang sebesar
0.223 (22.3%), sedangkan dengan A.
antiquata asal Bojonegara sebesar 0.225
(22.5%). Jarak genetik terbesar
pada
matriks yaitu antara A. antiquata
dan
Cucullaea labiata sebesar 0.301 (30.1%)
yang berasal dari famili berbeda (Lampiran
3).
Semakin besar nilai jarak genetik
menunjukkan
bahwa
semakin
besar
perbedaan basa nukleotidanya, begitupun
sebaliknya. Analisis filogeni menunjukan
kekerabatan yang dekat antara sampel A.
antiquata asal Panimbang dan A. antiquata
Bojonegara karena hanya ada satu komposisi
nukleotida yang berbeda. Ketiga sampel
tersebut berada pada nodus yang sama
dengan nilai bootstrap 100%.
Pembahasan
Tidak semua hasil amplifikasi diteruskan

terutama pada proses penempelan primer
(annealing) (Handoyo et al. 2000) dan
kualitas DNA sebagai templat yang kurang
baik, termasuk konsentrasi atau kadar
kemurnian DNAnya (Palumbi 1996). Hal
tersebut tampak pada sampel BJ 6 dan BJ 11
yang pita hasil amplifikasinya tipis,
sedangkan P 22 pitanya sangat tebal. Hal ini
bisa disebabkan oleh tingkat kemurnian
DNA yang rendah pada sampel BJ 6 dan BJ
11 sehingga seharusnya volume DNA
ditingkatkan pada saat PCR. Suhu optimum
annaeling pada saat PCR sebesar 59 ⁰ C.
Panjang basa nukleotida gen COI A.
antiquata yang dihasilkan sebesar 607 nt.
Hasil amplifikasi pitanya tipis, namun hal
tersebut tidak terlalu mempengaruhi kualitas
pembacaan basa-basa nukleotida. Semua
nukleotida terbaca tanpa adanya nukleotida
yang disandikan hurup N. Sampel P 22
berbeda satu basa terhadap sampel Bj yaitu
pada situs ke 292 (Lampiran 1). Perbedaan
satu situs pada P 22 yang berasal dari
Panimbang terhadap Bj 6 dan Bj 11 yang
berasal dari Bojonegara bisa disebabkan
karena perbedaan lokasi yang memicu
terjadi mutasi. Namun perbedaan tersebut
tidak berbeda nyata karena yang berbeda

6

hanya satu basa saja. Bojonegara merupakan
daerah perairan yang terletak di Utara Jawa
tepatnya
Teluk
Banten.
Sebaliknya
Panimbang terletak di Teluk Lada, daerah
perairan yang menghadap ke Selat Sunda.
Berdasarkan analisis filogeni, dapat
diketahui bahwa intra spesies A. antiquata
asal panimbang dan Bojonegara bersifat
conserve. Ketiga sampel berada pada nodus
dan cabang yang sama dengan nilai
bootstrap sebesar 100 %. Penggunaan
Primer
forward
AGF
(5’AGCCGGCAGGTCTTTATGTAGAAGTT
AG-3’) dan primer reverse AGR (5’TAAACCTCCGGGTGTCCAAAAAACCA
-3’) juga dilakukan pada penelitian Rahayu
(2013) terhadap A. granosa, menghasilkan
panjang basa sebesar 606 nt. Sekuen
nukleotida tersebut hanya berbeda satu
nukleotida terhadap penelitian ini. Oleh
karena itu panjang basa 607 nt pada A.
antiquata ini belum bisa dijadikan sebagai
penciri spesies (barcoding). Hal ini bisa
disebabkan karena primer yang digunakan
kurang spesifik terhadap spesies A.
antiquata. Panjang basa nukleotida A.
antiquata 607 nt setelah disejajarkan dengan
spesies lain yang berasal dari satu ingroup
dan outgroup menjadi 382 nt. Hal ini
dikarenakan perbedaan panjang basa
nukleotida yang berbeda dari semua spesies
yang dibandingkan tersebut, sehingga
diambil panjang basa nukleotida terpendek
setelah disejajarkan.
607 nt

Pohon filogeni terbagi ke dalam dua
nodus utama, yaitu nodus A dan B. Nodus A
merupakan cabang yang ditempati oleh
spesies yang masih berasal dari satu famili
yang sama (ingroup) dengan A. antiquata,
yaitu Arcidae. Hubungan kekerabatan
terdekat diluar genus yang sama yaitu D.
Ferruginea, hal ini sesuai dengan Masahiro
(2002) dan Feng et al. (2011), kemudian S.
globosa dengan nilai bootstrap sebesar 59
%.
Nodus yang kedua (B) berasal dari luar
famili
sebagai
outgroup.
Outgroup
digunakan sebagai faktor pengkoreksi dalam
menentukan karakter diantara ingroup yang
ada (Maddison et al. 1984). Famili Arcidae
memiliki kekerabatan yang lebih dekat
dengan A. solida yang beasal dari Famili
Noetiidae dibandingkan C. labiata yang
berasal dari Famili Cucullaedidae. Hal ini
sesuai dengan penelitian Oliver et al. (2006)
bahwa Famili Arcidae dan Noetiidae
memiliki lebih banyak kesamaan dibanding
Famili
Cucullaeidae,
serta
menurut
Masahiro (2002) dan Feng et al. (2011)
berdasarkan karakteristik gen COI.
SIMPULAN
Penelitian
ini
telah
mampu
mengkarakterisasi gen COI A. antiquata
sepanjang 607 nt. Panjang nukleotida
tersebut belum dapat digunakan sebagai
penciri spesies (barcoding) terhadap A.
antiquata. COI tidak mampu membedakan
individu pada intra spesies. Gen COI dapat
membedakan inter populasi Banten dan
Jepang.

COI utuh

382 nt

Gambar 6. Pensejajaran A. antiquata dengan
spesies lain yang berasal dari
ingroup dan outgroup
Anadara antiquata Banten (Panimbang
dan Bojonegara) dan A. antiquata Jepang
memiliki 83 nt basa yang berbeda dengan
nilai matriks sebesar 0.223 (22.3%) dan
0.225 (22.5%). Hal ini bisa disebabkan oleh
perbedaan geografis yang dapat memicu
perubahan susunan nukleotida. Sebaliknya
A. antiquata dengan spesies lainnya
didapatkan 11 situs nukleotida yang berbeda
dan bersifat diagnostik sehingga dapat
digunakan sebagai penciri bagi spesies
tersebut.

SARAN
Penambahan jumlah sampel yang
disekuening dan lokasi sampling yang lebih
beragam perlu dilakukan untuk lebih
menguji sifat conserve COI pada intra dan
inter populasi di Indonesia. Selain itu perlu
adanya pangkajian keragaman genetik intra
spesies menggunakan cytochrome oxidase b
sebagai marka genetiknya.
DAFTAR PUSTAKA
Afiati N. 2007. Gonad maturation of two
intertidal blood clams Anadara granosa
(L.) and Anadara antiquata (L.)
(bivalvia: arcidae) in Central Java.
Journal of Coastal Development 10: 105113.
Albert J, Wahlberg J, Leitner T, Escamilla
D, Uhlen M. 1994. Analysis of a rape

7

case by direct sequencing of the human
immunodeficiency virus type 1 pol and
gag genes. J. Virol 68: 5018-24.
Broom MJ. 1985. The Biology and Culture
of Marine Bivalve Molluscs of The
Genus Anadara. Manila: ICLARM
Studies.
Dixon DR, Solecava AM, Pascoe PL dan
Holland PWH. 1995. Periostracal
adventitious hairs on spat of the mussel
Mytilus edulis. J. Mar. Biol. Ass 75:363372.
Feng Y, Li Q, Kong L, Zheng X. 2011. COIbased DNA barcoding of Arcoida species
(Bivalvia: Pteriomorphia)
along the
coast of China. Moleculer Ecology
Resources 11:435-441.
Handoyo D, Rudiretna A. 2000. Prinsip
umum dan pelaksanaan polymerase
chain reaction (PCR). Unitas 9:17-29.
Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, de
Waard
JR.
2003.
Biological
identifications through DNA barcodes.
Proc R Soc 270: 313–321.
Iswani GS, Hidayat F, Zulkarnaen A. 1995.
Stripping voltametry glassy carbon pada
studi cemaran logam berat Cd & Pb di
Perairan Gresik dengan bioindikator
kerang bulu (A. antiquata Linn.). Di
dalam: Prosiding Pertemuan dan
Presentasi
Ilmiah
PPNY-BATAN;
Yogyakarta, 25-27 April 1995. Hlm 245252.
Lynch M, Jarrel PE. 1993. A method for
calibrating molecular clocks and its
application to animal mitochondrial
DNA. Genetics 135: 1197-1208.
Maddison WP, Donoghue MJ, Maddison
DR. 1984. Outgroup analysis and
parsimony. Syst Zool 33: 83-103.
Masahiro M. 2002. Phylogenetics analysis
of the subclass Pteriomorphia (Bivalvia)
from mtDNA COI sequences. Moleculer
Phylogenetics and Evolution 27: 429440.
Muawanah NS, Hendrianto, Triana A. 2005.
Pemantauan lingkungan perairan pada

kegiatan pengembangan budidaya dan
sanitasi kerang hijau (Perna viridis) di
Kabupaten pandeglang, Provinsi Banten.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur
4:13-16.
Nurjanah, Hartanti, Nitibaskara RR. 1999.
Analisis kandungan logam berat Hg, Cd,
Pb, As dan Cu dalam tubuh kerang
konsumsi. Buletin THP VI(1): 5-8.
Palumbi SR. 1996. Nucleic acids II: the
polymerase chain reaction. Dalam
Molecular systematic. Ed ke-2. Edited by
Hillis DM, Moritz C, Mable BK.
Massachusetts: Sinauer.
Pattikawa JA. 2007. Pertumbuhan kerang
bulu (Anadara antiquata) di perairan
Pantai Passo, Teluk Ambon, Maluku.
Ilmu Kelautan 12: 181-186.
Oliver PG, Holmes AM. 2006. The Arcoidae
(Mollusc:Bivalvia): a review of the
current phenetic-based systematics.
Zoological Journal of the Linnean
Society 148:237-251.
Rahayu GK. 2013. Studi keragaman genetik
kerang darah (Anadara granosa)
berdasarkan cytochrome oxidase sub unit
I (COI) [skripsi]. Bogor: Institut
Pertanian Bogor.
Setyobudiandi I. 2004. Beberapa aspek
biologi reproduksi kerang hijau Perna
viridis Linnaeus, 1758 pada kondisi
perairan berbeda [disertasi]. Bogor:
Institut Pertanian Bogor.
Solihin DD. 1994. Peran DNA mitokondria
(mtDNA) dalam studi keragaman genetik
dan biopopulasi pada hewan. Hayati 1:
1-4.
Solihin DD. 1997. Isolasi dan Purifikasi
Mitochondrian (mtDNA). Laboratorium
Biologi Molekuler Pusat Penelitian
Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi
IPB. Bogor.
Suwignyo S, Widigdo B, Wardiatno Y dan
Krisanti M. 1998. Avertebrata Air Jilid
1. Jakarta : Penebar Swadaya.
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S.
2007. MEGA 4: Molecular evolutionary
genetics analysis software version 4. J
Mol Biol Evol 24: 1596-1599.

LAMPIRAN

9

Lampiran 1. Pensejajaran berganda nukleotida (607 nt) pada gen COI A. antiquata sampel Bj 6, Bj 11 dan P 22
#MEGA
!Title Alignment Bj6vsBj11vsP22;
!Format
DataType=Nucleotide
NSeqs=3 NSites=607
Identical=. Missing=? Indel=-;
!Domain=Data;
[
1 1111111112 2222222223
[
1234567890 1234567890 1234567890
#BJ6 AGCCGGCAGG TCTTTATGTA GAAGTTAGTC
#BJ11 .......... .......... ..........
#P22 .......... .......... ..........

3333333334
1234567890
AGTTGTATAA
..........
..........

4444444445
1234567890
TGTGATTATT
..........
..........

5555555556
1234567890
ACGAGGCATG
..........
..........

6666666667 ]
1234567890 ]
CATTTATTAT
..........
..........

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

7777777778
1234567890
GATTTTTTTT
..........
..........

8888888889
1234567890
TTCGTTATAC
..........
..........

1
9999999990
1234567890
CAGTAATAAT
..........
..........

1111111111
0000000001
1234567890
GGGGGGGTTT
..........
..........

1111111111
1111111112
1234567890
GGTAATTGAC
..........
..........

1111111111
2222222223
1234567890
TGATTCCAAT
..........
..........

1111111111 ]
3333333334 ]
1234567890 ]
TATAGTTGGG
..........
..........

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

1111111111
4444444445
1234567890
TGTGGGGATA
..........
..........

1111111111
5555555556
1234567890
TAAGACACCC
..........
..........

1111111111
6666666667
1234567890
ACGTTTAAAT
..........
..........

1111111111
7777777778
1234567890
AATTTTAGCT
..........
..........

1111111111
8888888889
1234567890
ACTGAGCCAT
..........
..........

1111111112
9999999990
1234567890
TCCTGGTGCT
..........
..........

2222222222 ]
0000000001 ]
1234567890 ]
TTATTCATAG
..........
..........

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

2222222222
1111111112
1234567890
TTTTCATGTC
..........
..........

2222222222
2222222223
1234567890
AGCGTTGATT
..........
..........

2222222222
3333333334
1234567890
GAGGGGGGGG
..........
..........

2222222222
4444444445
1234567890
CCGGTACTGG
..........
..........

2222222222
5555555556
1234567890
ATGAACTCTT
..........
..........

2222222222
6666666667
1234567890
TACCCTCCCC
..........
..........

2222222222 ]
7777777778 ]
1234567890 ]
TTTCTGGTTG
..........
..........

10

Lanjutan

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

2222222222
8888888889
1234567890
GATCTATCAT
..........
..........

2222222223
9999999990
1234567890
AAAAGTCCGG
..........
.G........

3333333333
0000000001
1234567890
CGCTGGATAT
..........
..........

3333333333
1111111112
1234567890
GGTTATTCTT
..........
..........

3333333333
2222222223
1234567890
TCGTTGCATA
..........
..........

3333333333
3333333334
1234567890
TTGCTGGGTT
..........
..........

3333333333 ]
4444444445 ]
1234567890 ]
TGGTTCAATG
..........
..........

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

3333333333
5555555556
1234567890
ATAAGGTCTT
..........
..........

3333333333
6666666667
1234567890
TAAATTTTAT
..........
..........

3333333333
7777777778
1234567890
GTGTACTATA
..........
..........

3333333333
8888888889
1234567890
ATTACAAGTC
..........
..........

3333333334
9999999990
1234567890
GTTTTTATGC
..........
..........

4444444444
0000000001
1234567890
TATAATTCCA
..........
..........

4444444444 ]
1111111112 ]
1234567890 ]
GAGCGGATAC
..........
..........

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

4444444444
2222222223
1234567890
CTGTGTTTTG
..........
..........

4444444444
3333333334
1234567890
TTGGTCGATG
..........
..........

4444444444
4444444445
1234567890
TTTGTTACAT
..........
..........

4444444444
5555555556
1234567890
CTTGGTTATT
..........
..........

4444444444
6666666667
1234567890
ATTATTTTCT
..........
..........

4444444444
7777777778
1234567890
TTACCTGTCT
..........
..........

4444444444 ]
8888888889 ]
1234567890 ]
TGGCTGGCGG
..........
..........

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

4444444445
9999999990
1234567890
TTTAACTATA
..........
..........

5555555555
0000000001
1234567890
CTTCTTACTG
..........
..........

5555555555
1111111112
1234567890
ATCGCCATAT
..........
..........

5555555555
2222222223
1234567890
TAATAGTTCT
..........
..........

5555555555
3333333334
1234567890
TTTTTTCGAC
..........
..........

5555555555
4444444445
1234567890
CGCAAGGGGG
..........
..........

5555555555 ]
5555555556 ]
1234567890 ]
AGGGGATCCT
..........
..........

11

Lanjutan
[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22

5555555555
6666666667
1234567890
TTATTGTTTC
..........
..........

5555555555
7777777778
1234567890
AACATTTGTT
..........
..........

5555555555
8888888889
1234567890
TTGGTTTTTT
..........
..........

5555555556
9999999990
1234567890
GGACACCCGG
..........
..........

6666666]
0000000]
1234567]
AGGTTTA
.......
.......

12

Lampiran 2. Pensejajaran berganda nukleotida (382 nt) pada gen COI A. antiquata dengan sekuen lain yang berasal dari GenBank
#MEGA
!Title Alignment A. antiquata vs ingroup-outgroup Arcidae;
!Format
DataType=Nucleotide
NSeqs=10 NSites=382
Identical=. Missing=? Indel=-;
!Domain=Data;
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22
#A._Antiquata_Japan
#A._crebricostata_China
#A._vellicata_China
#Scapharca_globosa_China
#Diluvarca_ferruginea_Japan
#Arcopsis_solida_Panama
#Cucullaea_labiata_Japan

1
1234567890
CACGTTTAAA
..........
..........
.T.....G..
.T..G.....
.T..G.....
.T..G.....
.T..G.....
.T..GG.T..
.T..G..G..

1111111112
1234567890
TAATTTTAGC
..........
..........
.........G
.........G
.........G
.........A
...C.....A
....A.G..T
....A.G..G

2222222223
1234567890
TACTGAGCCA
..........
..........
..T...ATTT
..T....TAC
..T....TAC
..T....TGT
..T..G.TTT
..T..GTTAT
.TT..GTTGT

3333333334
1234567890
TTCCTGGTGC
..........
..........
.G..A..A..
.A........
.A........
.A..G.....
.A..A.....
.G......C.
.G.....GC.

4444444445
1234567890
TTTATTCATA
..........
..........
......T...
......T...
......T...
GC.T..T...
...G..T...
....G.G..G
GC.G..T..G

5555555556
1234567890
GTTTTCATGT
..........
..........
..AA.T..A.
..CA.TG...
..CA.TG...
...G.T....
..CA.T....
C..A.T.GT.
T.A..GG.T.

6666666667 ]
1234567890 ]
CAGCGTTGAT
..........
..........
.T..T..A..
.T..TC.T..
.T..TC.T..
.T........
.T..TC.T..
....AGGA..
.T.G...A..

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22
#A._Antiquata_Japan
#A._crebricostata_China
#A._vellicata_China
#Scapharca_globosa_China
#Diluvarca_ferruginea_Japan
#Arcopsis_solida_Panama

7777777778
1234567890
TGAGGGGGGG
..........
..........
......A...
...A..T..T
...A..T..T
......T...
......T...
...A......

8888888889
1234567890
GCCGGTACTG
..........
..........
.TT..A....
.TG..A....
.TG..A....
..G..G....
.TT.....A.
..T..GT...

1
9999999990
1234567890
GATGAACTCT
..........
..........
.T.....AT.
.T..G.....
.T..G.....
.T..G..A..
.T..G.....
.G..G...G.

1111111111
0000000001
1234567890
TTACCCTCCC
..........
..........
G..T..A...
C..T.....G
C..T.....G
...T..A..T
...T..A..T
A..T.....T

1111111111
1111111112
1234567890
CTTTCTGGTT
..........
..........
..A..AA.C.
T.G..AA.A.
T.G..AA.A.
......A.G.
......A.G.
......A.AA

1111111111
2222222223
1234567890
GGATCTATCA
..........
..........
.A..T.T...
....T.TC..
....T.TC..
.A..T.T...
....T.T...
..GAG.T...

1111111111 ]
3333333334 ]
1234567890 ]
TAAAAGTCCG
..........
..G.......
..G......T
C.GT.....T
C.GT.....T
..GG..G...
..G...A..T
.CC..CA..T

13

Lanjutan
[
[
[
#Cucullaea_labiata_Japan

1 1111111111
7777777778 8888888889 9999999990 0000000001
1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
......A..T ..T..CT.G. .G..G..G.. A..T.....A

1111111111
1111111112
1234567890
.....AA.G.

1111111111
2222222223
1234567890
AT.GG.T...

1111111111 ]
3333333334 ]
1234567890 ]
CTC..CA..T

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22
#A._Antiquata_Japan
#A._crebricostata_China
#A._vellicata_China
#Scapharca_globosa_China
#Diluvarca_ferruginea_Japan
#Arcopsis_solida_Panama
#Cucullaea_labiata_Japan

1111111111
4444444445
1234567890
GCGCTGGATA
..........
..........
..TT.A....
..TT......
..TT......
..TT.A....
..TT.A....
..AA.A...T
..TA.....T

1111111111
5555555556
1234567890
TGGTTATTCT
..........
..........
....GG....
........T.
........T.
........T.
.A..A...T.
.A......T.
.A......T.

1111111111
6666666667
1234567890
TTCGTTGCAT
..........
..........
...CC.T...
C..TC.T...
C..TC.T...
...TC.T...
...TC.T...
...T..A...
...T..A...

1111111111
7777777778
1234567890
ATTGCTGGGT
..........
..........
..C..A..A.
..........
..........
..........
..........
..........
G.G.....T.

1111111111
8888888889
1234567890
TTGGTTCAAT
..........
..........
....G.....
....G..T..
....G..T..
....A.....
....G..T..
....G..T..
.......T..

1111111112
9999999990
1234567890
GATAAGGTCT
..........
..........
A.....T...
...G..A...
...G..A...
A.....T..G
A.....A..A
......C..A
T.....T...

2222222222 ]
0000000001 ]
1234567890 ]
TTAAATTTTA
..........
..........
..........
..........
..........
..G.......
..........
.....C....
..G..C....

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22
#A._Antiquata_Japan
#A._crebricostata_China
#A._vellicata_China
#Scapharca_globosa_China
#Diluvarca_ferruginea_Japan
#Arcopsis_solida_Panama
#Cucullaea_labiata_Japan

2222222222
1111111112
1234567890
TGTGTACTAT
..........
..........
..A.C..G..
..........
..........
.......A..
.A.....A..
..GT......
..ACG.....

2222222222
2222222223
1234567890
AATTACAAGT
..........
..........
...C...GC.
GG.G..CG.C
GG.G..CG.C
G.....CG.G
.G.....G..
C....GTG.C
TT...GTT..

2222222222
3333333334
1234567890
CGTTTTTATG
..........
..........
..G....T..
.......T..
.......T..
..A.......
..........
..G.......
..C..C....

2222222222
4444444445
1234567890
CTATAATTCC
..........
..........
T.T.......
.GT....C..
.GT....C..
.GT.G.....
..C.......
G....T.G..
GGT.G.....

2222222222
5555555556
1234567890
AGAGCGGATA
..........
..........
TG....A...
.G.......G
.G.......G
TG....T..G
TG.......G
TG....T..G
TG....A..G

2222222222
6666666667
1234567890
CCTGTGTTTT
..........
..........
.....T....
.....T....
.....T....
.....T....
.....T....
A....A...A
..G......A

2222222222 ]
7777777778 ]
1234567890 ]
GTTGGTCGAT
..........
..........
....A.....
.......T..
.......T..
....A..A..
.......T..
CA..AGGT..
T...AG.T..

14

Lanjutan
[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22
#A._Antiquata_Japan
#A._crebricostata_China
#A._vellicata_China
#Scapharca_globosa_China
#Diluvarca_ferruginea_Japan
#Arcopsis_solida_Panama
#Cucullaea_labiata_Japan

2222222222
8888888889
1234567890
GTTTGTTACA
..........
..........
......A..G
A.....A..G
A.....A..G
......G..G
......G..G
.A.G..A...
A........T

2222222223
9999999990
1234567890
TCTTGGTTAT
..........
..........
........G.
........G.
........G.
..A..AC...
..G..AC.T.
........G.
..A.......

3333333333
0000000001
1234567890
TATTATTTTC
..........
..........
.G..GC....
.G........
.G........
.G........
..........
.....C.G..
....G.....

3333333333
1111111112
1234567890
TTTACCTGTC
..........
..........
...G.....G
...G.....G
...G.....G
GC.T.....G
...G.....G
A..G.....A
...G.....G

[
[
[
#BJ6
#BJ11
#P22
#A._Antiquata_Japan
#A._crebricostata_China
#A._vellicata_China
#Scapharca_globosa_China
#Diluvarca_ferruginea_Japan
#Arcopsis_solida_Panama
#Cucullaea_labiata_Japan

3333333333
5555555556
1234567890
GATCGCCATA
..........
..........
.....T...G
.....A...G
.....A...G
.....T...G
.....A...G
..C..T...G
..C.....CT

3333333333
6666666667
1234567890
TTAATAGTTC
..........
..........
.A........
.A........
.A........
.A........
.G........
...GA.CA..
.G..C.C...

3333333333
7777777778
1234567890
TTTTTTTCGA
..........
..........
......C..T
.........T
.........T
...C.....T
.........T
A........C
.........T

33]
88]
12]
CC
..
..
..
..
..
..
..
..
..

3333333333
2222222223
1234567890
TTGGCTGGCG
..........
..........
.....C..A.
........G.
........G.
..........
..A.....A.
..A..A..A.
.....G..G.

3333333333
3333333334
1234567890
GTTTAACTAT
..........
..........
.G........
.G........
.G........
.G..G..G..
.G........
.G..G.....
.C.....C..

3333333333 ]
4444444445 ]
1234567890 ]
ACTTCTTACT
..........
..........
...GT.G..G
G...T.G...
G...T.G...
G...T.A...
....T.A...
G..AA....A
GT.AA....G

15

Lampiran 3. Matriks perbedaan rata-rata nukleotida p-distance (% nukleotida yang berbeda) berdasarkan metode pairwise distance daerah COI pada kerang bulu A.
antiquata beberapa pembandingnya ingroup dan outgroup yang berasal dari GenBank

Takson

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[1]
[2]

0.000

[3]

0.003

0.003

[4]

0.225

0.225

0.223

[5]

0.209

0.209

0.207

0.186

[6]

0.209

0.209

0.207

0.186

0.000

[7]

0.212

0.212

0.209

0.199

0.175

0.175

[8]

0.199

0.199

0.196

0.178

0.141

0.141

0.141

[9]

0.293

0.293

0.293

0.301

0.285

0.285

0.298

0.267

[10]

0.301

0.301

0.301

0.288

0.283

0.283

0.277

0.283

Keterangan :
[ 1] BJ 6 AA
[ 2] BJ 11 AA
[ 3] P 22 AA
[ 4] A. antiquata Japan
[ 5] A. crebricostata China

[ 6] A. vellicata China
[ 7] Scpharca globosa China
[ 8] Diluvarca ferruginea Japan
[ 9] Arcopsis solida Panama
[10] Cucullaea labiata Japan

0.259

[10]