Identifikasi Keragaman Gen Pituitary Specific Positive Transcription Factor1 (Pit1|Hinf1) pada Sapi Friesian Holstein di BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN PITUITARY SPECIFIC
POSITIVE TRANSCRIPTION FACTOR-1 (Pit1|Hinf1) PADA
SAPI FRIESIAN HOLSTEIN DI BIB LEMBANG,
BBIB SINGOSARI, DAN BET CIPELANG
SKRIPSI
TIFANNY SUKMAWATI
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2011
RINGKASAN
TIFANNY SUKMAWATI. D14070244. 2011. Identifikasi Keragaman Gen
Pituitary Specific Positive Transcription Factor-1 (Pit1|Hinf1) pada Sapi Friesian
Holstein di BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang. Skripsi. Mayor
Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan. Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing utama : Prof Dr Ir Cece Sumantri M Agr Sc
Pembimbing Anggota : Ir. Anneke Anggraeni, M.Si, Ph.D
Identifikasi keragaman gen perlu dilakukan pada kegiatan seleksi dengan
metode genetika molekuler terkait dengan tingkat produksi ternak. Salah satu gen
yang diduga memiliki pengaruh terhadap sifat pertumbuhan, dan karkas serta
produksi susu dan kualitas susu adalah gen Pit1. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi keragaman fragmen gen Pit1|Hinf1 pada sapi perah Friesian
Holstein (FH) dari BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang; serta pada
sapi pedaging dari BET Cipelang sebagai pembanding. Sampel darah yang
digunakan dalam penelitian ini berjumlah 89 ekor, meliputi: sapi FH jantan yang
berasal dari BIB Lembang (17 ekor), dan dari BBIB Singosari (32 ekor), serta sapi
FH betina dari BET Cipelang (40 ekor). Adapun sebagai pembanding dipakai sapi
pedaging betina yang berasal dari BET Cipelang berjumlah 36 ekor, meliputi: sapi
Simmental (12 ekor), Limousin (14 ekor), Angus (5 ekor), dan Brahman (5 ekor).
Amplifikasi gen Pit1 dilakukan dengan teknik PCR, sedangkan untuk menentukan
genotipnya dilakukan dengan teknik Restriction Fragmen Length Polymorphism
(RFLP) dengan enzim restriksi Hinf1.
Gen Pit1 pada semua sapi FH dari ketiga lokasi tersebut dan kelima bangsa sapi
pedaging dari BET Cipelang menghasilkan tiga variasi genotipe, yaitu AA (611 pb),
AB (611 pb, 367 pb, 244 pb) dan BB (367 pb, 244 pb); serta dua variasi alel, yaitu alel
A dan alel B. Sapi FH dari ketiga lokasi tersebut mempunyai frekuensi genotipe AA
(0,062-0,118), AB (0,176-0,550), dan BB (0,350-0,706); dengan frekuensi alel B
(0,625-0,794) lebih tinggi dibandingkan alel A (0,206-0,375). Proporsi frekuensi alel A
dan B pada sapi pedaging didapatkan berbeda-beda pada setiap bangsa. Berdasarkan
hasil analisis Chi-square gen Pit1|Hinf1 menunjukkan sapi FH dari ketiga lokasi serta
sapi pedaging bangsa Simmental dan Limousin berada dalam keseimbangan HardyWeinberg (χ2 hitung < χ2tabel), sedangkan untuk sapi pedaging bangsa Angus dan
Brahman tidak dapat dianalisis. Nilai heterozigositas gen Pit1|Hinf1 pada sapi FH
menghasilkan heterozigositas pengamatan (Ho=0,416) lebih rendah dibandingkan
heterozigositas harapan (He=0,418). Pada sapi pedaging, nilai heterozigositas
pengamatan (Ho) lebih tinggi dari nilai heterozigositas harapan (He). Kekecualian pada
sapi Angus yang mempunyai nilai heterozigositas pengamatan (Ho) lebih rendah dari
nilai heterozigositas harapan (He). Kesimpulan yang dapat diambil adalah gen
Pit1|Hinf1 sapi FH dari BIB Lembang, BBIB Singosari dan BET Cipelang serta sapi
pedaging dari BET Cipelang bersifat polimorfik (beragam).
Kata-kata kunci : Gen Pit1, sapi Friesian Holstein, PCR-RFLP, Polimorfisme
ABSTRACT
Identification Polymorphism of Pituitary Specific Positive Transcription Factor-1
(Pit1|Hinf1) Gene in Friesian Holstein Cows in BIB Lembang,
BBIB Singosari, and BET Cipelang
Sukmawati, T. , C. Sumantri, and A. Anggraeni
Gene Pit-1 or POU1F1 or GHF1 is identified as the pituitary specific transcription
factor that regulates the expression of the growth hormone (GH) and Prolactin (PRL)
genes in the anterior pituitary. This study was aimed to identify polymorphism of the
Pit1|Hinf1 gene from the collected DNA extraction by using Polymerase Chain
Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) methods. A
total of 89 dairy cattles, were used from BIB Lembang (17 hds), BBIB Singosari (32
hds), and BET Cipelang (40 hds). A totally number of 37 beef cattle that were used
for a comparison, namely Simmental (12 hds), Limousin (14 hds), Angus (5 hds),
and Brahman (5 hds) from BET Cipelang. Three genotypes were indentified, namely
AA (611 bp), AB (611 bp, 367 bp, 244 bp) and BB (367 bp, 244bp), genotypes
resulting two alleles namely A and B alleles. The frequency of the B allele was
higher than that of A allele (B=0.625-0.794 vs A=0.206-0.375); meanwhile in beef
cattle the frequencies of these two alleles were diverse by breeds. The Pit1 gene in
dairy cattle and beef cattle of Simmental and Limousin was in an equilibrium
(χ2calculation
POSITIVE TRANSCRIPTION FACTOR-1 (Pit1|Hinf1) PADA
SAPI FRIESIAN HOLSTEIN DI BIB LEMBANG,
BBIB SINGOSARI, DAN BET CIPELANG
SKRIPSI
TIFANNY SUKMAWATI
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2011
RINGKASAN
TIFANNY SUKMAWATI. D14070244. 2011. Identifikasi Keragaman Gen
Pituitary Specific Positive Transcription Factor-1 (Pit1|Hinf1) pada Sapi Friesian
Holstein di BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang. Skripsi. Mayor
Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan. Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing utama : Prof Dr Ir Cece Sumantri M Agr Sc
Pembimbing Anggota : Ir. Anneke Anggraeni, M.Si, Ph.D
Identifikasi keragaman gen perlu dilakukan pada kegiatan seleksi dengan
metode genetika molekuler terkait dengan tingkat produksi ternak. Salah satu gen
yang diduga memiliki pengaruh terhadap sifat pertumbuhan, dan karkas serta
produksi susu dan kualitas susu adalah gen Pit1. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi keragaman fragmen gen Pit1|Hinf1 pada sapi perah Friesian
Holstein (FH) dari BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang; serta pada
sapi pedaging dari BET Cipelang sebagai pembanding. Sampel darah yang
digunakan dalam penelitian ini berjumlah 89 ekor, meliputi: sapi FH jantan yang
berasal dari BIB Lembang (17 ekor), dan dari BBIB Singosari (32 ekor), serta sapi
FH betina dari BET Cipelang (40 ekor). Adapun sebagai pembanding dipakai sapi
pedaging betina yang berasal dari BET Cipelang berjumlah 36 ekor, meliputi: sapi
Simmental (12 ekor), Limousin (14 ekor), Angus (5 ekor), dan Brahman (5 ekor).
Amplifikasi gen Pit1 dilakukan dengan teknik PCR, sedangkan untuk menentukan
genotipnya dilakukan dengan teknik Restriction Fragmen Length Polymorphism
(RFLP) dengan enzim restriksi Hinf1.
Gen Pit1 pada semua sapi FH dari ketiga lokasi tersebut dan kelima bangsa sapi
pedaging dari BET Cipelang menghasilkan tiga variasi genotipe, yaitu AA (611 pb),
AB (611 pb, 367 pb, 244 pb) dan BB (367 pb, 244 pb); serta dua variasi alel, yaitu alel
A dan alel B. Sapi FH dari ketiga lokasi tersebut mempunyai frekuensi genotipe AA
(0,062-0,118), AB (0,176-0,550), dan BB (0,350-0,706); dengan frekuensi alel B
(0,625-0,794) lebih tinggi dibandingkan alel A (0,206-0,375). Proporsi frekuensi alel A
dan B pada sapi pedaging didapatkan berbeda-beda pada setiap bangsa. Berdasarkan
hasil analisis Chi-square gen Pit1|Hinf1 menunjukkan sapi FH dari ketiga lokasi serta
sapi pedaging bangsa Simmental dan Limousin berada dalam keseimbangan HardyWeinberg (χ2 hitung < χ2tabel), sedangkan untuk sapi pedaging bangsa Angus dan
Brahman tidak dapat dianalisis. Nilai heterozigositas gen Pit1|Hinf1 pada sapi FH
menghasilkan heterozigositas pengamatan (Ho=0,416) lebih rendah dibandingkan
heterozigositas harapan (He=0,418). Pada sapi pedaging, nilai heterozigositas
pengamatan (Ho) lebih tinggi dari nilai heterozigositas harapan (He). Kekecualian pada
sapi Angus yang mempunyai nilai heterozigositas pengamatan (Ho) lebih rendah dari
nilai heterozigositas harapan (He). Kesimpulan yang dapat diambil adalah gen
Pit1|Hinf1 sapi FH dari BIB Lembang, BBIB Singosari dan BET Cipelang serta sapi
pedaging dari BET Cipelang bersifat polimorfik (beragam).
Kata-kata kunci : Gen Pit1, sapi Friesian Holstein, PCR-RFLP, Polimorfisme
ABSTRACT
Identification Polymorphism of Pituitary Specific Positive Transcription Factor-1
(Pit1|Hinf1) Gene in Friesian Holstein Cows in BIB Lembang,
BBIB Singosari, and BET Cipelang
Sukmawati, T. , C. Sumantri, and A. Anggraeni
Gene Pit-1 or POU1F1 or GHF1 is identified as the pituitary specific transcription
factor that regulates the expression of the growth hormone (GH) and Prolactin (PRL)
genes in the anterior pituitary. This study was aimed to identify polymorphism of the
Pit1|Hinf1 gene from the collected DNA extraction by using Polymerase Chain
Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) methods. A
total of 89 dairy cattles, were used from BIB Lembang (17 hds), BBIB Singosari (32
hds), and BET Cipelang (40 hds). A totally number of 37 beef cattle that were used
for a comparison, namely Simmental (12 hds), Limousin (14 hds), Angus (5 hds),
and Brahman (5 hds) from BET Cipelang. Three genotypes were indentified, namely
AA (611 bp), AB (611 bp, 367 bp, 244 bp) and BB (367 bp, 244bp), genotypes
resulting two alleles namely A and B alleles. The frequency of the B allele was
higher than that of A allele (B=0.625-0.794 vs A=0.206-0.375); meanwhile in beef
cattle the frequencies of these two alleles were diverse by breeds. The Pit1 gene in
dairy cattle and beef cattle of Simmental and Limousin was in an equilibrium
(χ2calculation