Identifikasi keragaman Gen Growth Hormone Receptor (GHR AluI) pada Sapi Friesian Holstein di BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang.
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN GROWTH HORMONE
RECEPTOR (GHR|AluI) PADA SAPI FRIESIAN HOLSTEIN
DI BIB LEMBANG, BBIB SINGOSARI,
DAN BET CIPELANG
SKRIPSI
WIKE REISYA PERBA
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2011
RINGKASAN
Wike Reisya Perba. D14070081. 2011. Identifikasi Keragaman Gen Growth
Hormone Receptor (GHR|AluI) pada Sapi Friesian Holstein di BIB Lembang,
BBIB Singosari, dan BET Cipelang. Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan
Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama
: Prof. Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc.
Pembimbing Anggota : Ir. Anneke Anggraeni, M.Si, Ph.D.
Salah satu gen yang diduga memiliki peranan penting terhadap sifat
pertumbuhan, kualitas karkas, tingkat produksi, dan kualitas susu adalah gen Growth
Hormone Receptor (GHR). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi
keragaman gen GHR pada sapi Friesian Holstein (FH) dan dibandingkan dengan sapi
pedaging.
Sejumlah 126 sapi perah FH dan pedaging telah dikoleksi sampel darahnya.
Sampel ini berasal dari 89 ekor sapi FH dari BIB Lembang (17), BBIB Singosari
(32), dan BET Cipelang (40). Darah dari 37 ekor sapi pedaging berasal dari empat
bangsa di BET Cipelang diambil sebagai pembanding, yaitu Simmental (13),
Limousin (14), Brahman (5), dan Angus (5). Tingkat keragaman gen diidentifikasi
dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment
Length Polymorphism (PCR-RFLP) menggunakan enzim restriksi AluI yang
memotong pada situs AG|CT.
Panjang produk hasil amplifikasi fragmen GHR adalah 298 pb. Sapi FH dari
ketiga lokasi bersifat polimorfik dengan dua alel, yaitu alel A dan G, serta memiliki
tiga genotipe, yaitu genotipe AA, GG, dan AG. Genotipe AA memiliki tiga pita (50
pb, 81 pb, dan 167 pb), GG memiliki dua pita (131 pb dan 167 pb), dan genotipe
gabungan AG (50 pb, 81 pb, 131 pb, dan 167 pb). Hasil yang sama diidentifikasi
pada sapi pedaging. Kekecualian pada sapi Angus yang hanya memiliki genotipe AA
dan AG, serta sapi Brahman yang bersifat monomorfik dengan genotipe AA (100%).
Frekuensi alel A pada sapi FH dari ketiga lokasi lebih tinggi dibandingkan alel B dan
genotipe tertinggi sapi FH adalah genotipe AA (0,719). Sapi FH BIB Lembang dan
BBIB Singosari memiliki frekuensi genotipe AG dan GG yang seimbang (0,118 dan
0,125) sedangkan frekuensi genotipe AG pada sapi FH BET Cipelang sedikit lebih
tinggi dibandingkan GG (0,200 dan 0,125). Frekuensi alel A tertinggi ditemukan
juga pada sapi pedaging kecuali Simmental. Frekuensi genotipe AA tertinggi
ditemukan pada sapi Limousin dan Brahman, namun frekuensi genotipe AG tertinggi
ditemukan pada Simmental dan Angus.
Analisis Chi-Kuadrat menunjukkan bahwa sapi perah FH tidak berada dalam
keseimbangan Hardy-Weinberg (χhit2>χ0,052). Hal ini berkebalikan dengan sapi
Simmental dan Limousin, sedangkan nilai Chi-Kuadrat sapi Brahman dan Angus
tidak dapat dihitung. Tingkat heterozigositas pada sapi FH tergolong rendah (hoχ0,052), in contrast, Simmental and
Limousin were in Hardy-Weinberg equilibrium. The Hardy-Weinberg in Brahman
and Angus values could not be calculated. Heterozigosity values in HF and beef
cattle were low (ho
RECEPTOR (GHR|AluI) PADA SAPI FRIESIAN HOLSTEIN
DI BIB LEMBANG, BBIB SINGOSARI,
DAN BET CIPELANG
SKRIPSI
WIKE REISYA PERBA
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2011
RINGKASAN
Wike Reisya Perba. D14070081. 2011. Identifikasi Keragaman Gen Growth
Hormone Receptor (GHR|AluI) pada Sapi Friesian Holstein di BIB Lembang,
BBIB Singosari, dan BET Cipelang. Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan
Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama
: Prof. Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc.
Pembimbing Anggota : Ir. Anneke Anggraeni, M.Si, Ph.D.
Salah satu gen yang diduga memiliki peranan penting terhadap sifat
pertumbuhan, kualitas karkas, tingkat produksi, dan kualitas susu adalah gen Growth
Hormone Receptor (GHR). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi
keragaman gen GHR pada sapi Friesian Holstein (FH) dan dibandingkan dengan sapi
pedaging.
Sejumlah 126 sapi perah FH dan pedaging telah dikoleksi sampel darahnya.
Sampel ini berasal dari 89 ekor sapi FH dari BIB Lembang (17), BBIB Singosari
(32), dan BET Cipelang (40). Darah dari 37 ekor sapi pedaging berasal dari empat
bangsa di BET Cipelang diambil sebagai pembanding, yaitu Simmental (13),
Limousin (14), Brahman (5), dan Angus (5). Tingkat keragaman gen diidentifikasi
dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment
Length Polymorphism (PCR-RFLP) menggunakan enzim restriksi AluI yang
memotong pada situs AG|CT.
Panjang produk hasil amplifikasi fragmen GHR adalah 298 pb. Sapi FH dari
ketiga lokasi bersifat polimorfik dengan dua alel, yaitu alel A dan G, serta memiliki
tiga genotipe, yaitu genotipe AA, GG, dan AG. Genotipe AA memiliki tiga pita (50
pb, 81 pb, dan 167 pb), GG memiliki dua pita (131 pb dan 167 pb), dan genotipe
gabungan AG (50 pb, 81 pb, 131 pb, dan 167 pb). Hasil yang sama diidentifikasi
pada sapi pedaging. Kekecualian pada sapi Angus yang hanya memiliki genotipe AA
dan AG, serta sapi Brahman yang bersifat monomorfik dengan genotipe AA (100%).
Frekuensi alel A pada sapi FH dari ketiga lokasi lebih tinggi dibandingkan alel B dan
genotipe tertinggi sapi FH adalah genotipe AA (0,719). Sapi FH BIB Lembang dan
BBIB Singosari memiliki frekuensi genotipe AG dan GG yang seimbang (0,118 dan
0,125) sedangkan frekuensi genotipe AG pada sapi FH BET Cipelang sedikit lebih
tinggi dibandingkan GG (0,200 dan 0,125). Frekuensi alel A tertinggi ditemukan
juga pada sapi pedaging kecuali Simmental. Frekuensi genotipe AA tertinggi
ditemukan pada sapi Limousin dan Brahman, namun frekuensi genotipe AG tertinggi
ditemukan pada Simmental dan Angus.
Analisis Chi-Kuadrat menunjukkan bahwa sapi perah FH tidak berada dalam
keseimbangan Hardy-Weinberg (χhit2>χ0,052). Hal ini berkebalikan dengan sapi
Simmental dan Limousin, sedangkan nilai Chi-Kuadrat sapi Brahman dan Angus
tidak dapat dihitung. Tingkat heterozigositas pada sapi FH tergolong rendah (hoχ0,052), in contrast, Simmental and
Limousin were in Hardy-Weinberg equilibrium. The Hardy-Weinberg in Brahman
and Angus values could not be calculated. Heterozigosity values in HF and beef
cattle were low (ho