B. Penyiapan Koordinat Awal Sistem
Simulasi dilakukan untuk empat sistem, yaitu p53
wildtype
, p53 termutasi R273H, p53 termutasi R273H yang berinteraksi dengan PRIMA-1 pada situs 1
dan p53 termutasi R273H yang berinteraksi dengan PRIMA-1 pada situs 2, dilakukan dengan modul
XLEAP
dalam program
AMBER7
. Struktur awal p53 yang diambil berupa data dalam bentuk 1GZH.pdb
untuk p53
wildtype
dan 2BIM.pdb untuk p53 termutasi R273H. Protein p53 berbentuk tetramer dan tiap monomer adalah identik sehingga cukup digunakan
salah satu monomer sebagai sampel yang diambil berdasarkan kelengkapan residu. Struktur ini masih belum lengkap, oleh karena itu dilakukan penyiapan
koordinat awal dimana struktur dilengkapi sehingga menyerupai sebagaimana struktur pada keadaan sebenarnya dan juga keadaan sistem dari struktur tersebut.
Perlu ditambahkan ion Cl
–
ke dalam empat struktur tersebut guna menetralkan muatan yang dimiliki. Penambahan ion ini sesuai dengan muatan
yang dimiliki oleh struktur yang akan disimulasi. Juga perlu dilakukan penambahan WATBOX216 sebagai pelarut explisit supaya sistem menyerupai
sistem sebenarnya dimana dalam tubuh manusia sistem tersebut tersolvasi dalam air, dengan
jarak terdekat sisi box dengan makromolekul 12 Ǻ. Pada struktur p53 termutasi R273H dengan penempelan ligan
PRIMA-1
baik pada situs 1 maupun pada situs 2 perlu juga ditambahkan data template dari hasil parameterisasi
PRIMA-1
, hal ini dikarenakan ligan tersebut belum mempunyai template parameter ligan. Sedang pada p53
wildtype
dan p53 termutasi R273H tidak dilakukan karena belum terdapat ligan
PRIMA-1
.
C. Minimisasi Sistem
Minimisasi sistem dilakukan karena jarak antar residu terlalu dekat sehingga dapat mempengaruhi stabilitas saat dilakukan simulasi dinamika
molekuler. Penyiapan koordinat awal dilakukan juga untuk menambah hidrogen yang hilang, berdasarkan geometri yang dispesifikkan dalam database residu,
yang menentukan topologi asli. Geometri tersebut bisa jadi tidak berkaitan dengan
actual minima
dalam force field yang digunakan, dan dapat dihasilkan dalam konflik dan overlap dengan atom-atom dalam residu lain. Oleh karena itu
dilakukan minimisasi untuk lebih menstabilkan sistem, dengan membetulkan posisi atom untuk meniadakan kontak buruk
bad contact
yang dapat menyebabkan simulasi dinamika molekuler tidak stabil. Juga supaya lebih
mendekatkan sistem menuju ke lokal minima. Minimisasi sistem dilakukan sebanyak 500 step dengan penahanan pada
counterion dengan energi sebesar 25 kcalmol
1
A
2
, yang dibagi menjadi 5 dengan 100 langkah masing-masing. Selama 100 langkah tersebut penahanan pada
counterion dikurangi hingga pada 500 langkah terakhir minimisasi, penahanan counterion tidak dilakukan.
Perhitungan minimisasi disertai penahanan counterion dengan energi sebesar 25 kcalmol
1
A
2
, karena energi tersebut sudah dapat untuk menahan terjadinya tranlasi pada molekul, dan seiring dengan tiap 100 step akan berkurang
sebesar 5 kcalmol
1
A
2
hingga yang paling akhir tidak terdapat lagi penahanan counterion karena diasumsikan bahwa keadaan sudah stabil berada pada
makromolekul.
D. Equilibrasi Sistem
Sebagaimana dengan minimisasi, prosedur yang sama dilakukan juga pada equilibrasi. Sistem dijalankan selama 500 ps dimana sisterm tersebut
dinaikkan temperaturnya selama 200 ps dari temperatur 50 K hingga 300 K secara berurutan, 50 ps pertama temperatur sebesar 50 K, 50 ps selanjutnya temperatur
dinaikkan menjadi 100 K kemudian 200 K hingga 300 K pada 50 ps terekhir. Selama 300 ps selanjutnya temperatur sistem dijaga stabil pada 300 K dan juga
dilakukan penahanan harmonis 25 kcalmol
1
A
2
konstan pada counterion.
E. Simulasi Sistem
Kategori