Parameterisasi Penyiapan Koordinat Awal Sistem

25

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Parameterisasi

PRIMA-1 Parameterisasi PRIMA-1 bertujuan untuk memperoleh template ligan yang akan digunakan dalam penghitungan simulasi. Parameterisasi dilakukan dengan struktur PRIMA-1 teroptimasi yang diambil dari penelitian Warsino 2008, sedangkan struktur p53 wildtype dan p53 termutasi R273H diambil dari data pdb dengan kode pdb 1GZH dan 2BIM. Dilakukan penambahan hidrogen dengan menggunakan program XLEAP dalam AMBER7. Muatan diperoleh dengan RESP Restrained ElectroStatic Potensial . Potensial elektrostatik ab initio untuk RESP dihitung dengan GAUSSIAN98 pada level teori HF6-31G. Hasil parameterisasi PRIMA-1 . Gambar 7. Struktur PRIMA-1 parameterisasi Tabel 3. Kode atom, tipe atom, dan muatan PRIMA-1 yang diperoleh dengan RESP . Kode atom Tipe atom Muatan O1=O2 OH -0.652 H12=H15 HO 0.441 C8=C9 CT 0.096 H10=H11=H13=H14 H1 0.079 C5 CT 0.073 C1 C 0.601 O3 O -0.581 C2 CT 0.029 H5 HC 0.011 C3=C7 CT -0.115 C4=C6 CT -0.007 H1=H2=H6=H7 H1 0.094 N1 NT -0.552 H3=H4=H8=H9 HC 0.050

B. Penyiapan Koordinat Awal Sistem

Simulasi dilakukan untuk empat sistem, yaitu p53 wildtype , p53 termutasi R273H, p53 termutasi R273H yang berinteraksi dengan PRIMA-1 pada situs 1 dan p53 termutasi R273H yang berinteraksi dengan PRIMA-1 pada situs 2, dilakukan dengan modul XLEAP dalam program AMBER7 . Struktur awal p53 yang diambil berupa data dalam bentuk 1GZH.pdb untuk p53 wildtype dan 2BIM.pdb untuk p53 termutasi R273H. Protein p53 berbentuk tetramer dan tiap monomer adalah identik sehingga cukup digunakan salah satu monomer sebagai sampel yang diambil berdasarkan kelengkapan residu. Struktur ini masih belum lengkap, oleh karena itu dilakukan penyiapan koordinat awal dimana struktur dilengkapi sehingga menyerupai sebagaimana struktur pada keadaan sebenarnya dan juga keadaan sistem dari struktur tersebut. Perlu ditambahkan ion Cl – ke dalam empat struktur tersebut guna menetralkan muatan yang dimiliki. Penambahan ion ini sesuai dengan muatan yang dimiliki oleh struktur yang akan disimulasi. Juga perlu dilakukan penambahan WATBOX216 sebagai pelarut explisit supaya sistem menyerupai sistem sebenarnya dimana dalam tubuh manusia sistem tersebut tersolvasi dalam air, dengan jarak terdekat sisi box dengan makromolekul 12 Ǻ. Pada struktur p53 termutasi R273H dengan penempelan ligan PRIMA-1 baik pada situs 1 maupun pada situs 2 perlu juga ditambahkan data template dari hasil parameterisasi PRIMA-1 , hal ini dikarenakan ligan tersebut belum mempunyai template parameter ligan. Sedang pada p53 wildtype dan p53 termutasi R273H tidak dilakukan karena belum terdapat ligan PRIMA-1 .

C. Minimisasi Sistem