DAFTAR ISI
Hal
LEMBAR IDENTITAS DAN PENGESAHAN ii
RINGKASAN iii
SUMMARY v
PRAKATA vii
DAFTAR ISI viii
DAFTAR TABEL ix
DAFTAR GAMBAR x
DAFTAR LAMPIRAN xi
BAB I. PENDAHULUAN 1
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA 4
2.1. Studi Pendahuluan dan Hasil yang Telah Dicapai 10
BAB III. TUJUAN DAN MANFAAT PENELITIAN 12
3.1. Tujuan
Penelitian 12
3.2. Manfaat Penelitian 13
BAB IV. METODE PENELITIAN 15
4.1. Metode Penelitian Tahun Pertama 15
4.1.1. Perancangan dan sintesis primer oligonukleotida 16
4.1.2. Amplifikasi gen ALP1 S. Fibuligera dan penggantian peptida sinyal 16
4.1.3. Analisis hasil PCR 17
4.1.4. Pemurnian produk PCR 17
4.1.5. Insersi produk PCR ke vektor pGemT 18
4.1.6. Transformasi
Escherichia coli TOP10 F’
18 4.1.7. Karakterisasi plasmid rekombinan
19 4.1.8. Isolasi plasmid rekombinan
19 4.1.9. Sekuensing nukleotida
20 4.1.10. Pemotongan DNA plasmid pGEM-T rekombinan
20 4.1.11. Perbanyakan DNA plasmid pPICZA
20 4.1.12. Pemotongan DNA plasmid pPICZA
20 4.1.13.
Ligasi MSALPI dengan vektor pPICZA
21 4.1.14.
Transformasi Escherichia coli
TOP10 F’ 21
BAB V. HASIL DAN PEMBAHASAN 22
5.1. Perancangan primer PCR 22
5.2. Amplifikasi MS-ALP1 S. fibuligera dan analisisnya 25
5.3. Konstruksi plasmid pGemT- MSALPI 25 5.4. Sekuensing nukleotida dan analisisnya
26 5.5. Konstruksi plasmid pPICZA- MSALPI
29
BAB VI. KESIMPULAN DAN SARAN 31
6.1. Kesimpulan 31
6.2. Saran
31 DAFTAR PUSTAKA
32 LAMPIRAN
35
8
DAFTAR TABEL
Hal Tabel 5.1. Hasil perancangan primer PCR. 22
Tabel 5.2. Urutan asam amino peptida sinyal α− factor yang diganti. 24
9
DAFTAR GAMBAR
Hal
Gambar 2.1. Peta vektor ekspresi pPICZA, B, C dari P. pastoris
6
Gambar 2.2. Urutan 15 asam amino signal peptida
α-amilase saliva mencit yang digabung dengan
α-factor pro-region peptida sinyal AMF dan gen pengkode mature glukoamilase 8
Gambar 4.1 : Peta penelitian
α-amilase S fibuligera R64. 15
Gambar 4.2. Bagan alir metoda penelitian tahun pertama.
16
Gambar 5.1. Skema penempelan primer PCR
23
Gambar 5.2. Analisis hasil PCR
25 Gambar 5.3.
Elektroforesis agaros hasil Rapid disruption 26
Gambar 5.4. Penjajaran urutan nukleotida hasil sekuensing
27
Gambar 5.5.
Hasil penjajaran urutan asam amino α-amilase antara ALPI dan
MSALPI. 28
Gambar 5.5. Analisis restriksi.
29 Gambar 5.6.
Peta plasmid pPICZA-MSALPI hasil konstruksi 30
10
DAFTAR LAMPIRAN
Hal 1. Elektroforegram hasil sekuensing pGemT-MSALPI dengan primer T7 35
2. Elektroforegram hasil sekuensing pGemT-MSALPI dengan primer Sp6 36 3. Elektroforegram hasil sekuensing pGemT-MSALPI dengan primer F1 37
4. Elektroforegram hasil sekuensing pGemT-MSALPI dengan primer R2 38 5. Konsensus urutan nukleotida DNA sisipan MSALPI pada vektor pGemT 39
6. Instrumen penelitian 40 7. Personalia tenaga peneliti beserta kualifikasinya 41
11
BAB I PENDAHULUAN
