Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) Pada Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo

45

Lampiran 1. Urutan basa dari 4 primer SSR
Nama Primer
1

FR 0783

2

FR 0779

3

FR 3663

4

FR 3745

Sekuen (5’ 3’)

F: 5’- GAATGTGGCTGTAAATGCTGAGTG -3’
R: 5’- AAGCCGCATGGACAACTCTAGTAA -3’
F: 5’- AATGCAGACCAAGCTAATCATATAC -3’
R: 5’- GTTCAGGTGATGGTGACTCAGATAG -3’
F: 5’-AAGCAATATAGGTCAGTG-3’
R: 5’-TCATTTCTAATTCAATAC-3’
F: 5’- GGAAGTCTTGATGTTGAAAG -3’
R: 5’- ATCAAGCAGTCGCATAATAC -3’

Universitas Sumatera Utara

46

Lampiran 2. Pembuatan Larutan Stok

• CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB sebanyak
5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 100 ml
aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate.
• Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram.

Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote
plate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
• Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan
Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk campuran
larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate.
Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai pH mencapai
7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades
hingga volume larutan menjadi 50 ml.
• EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml): Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan
80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi
sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.

Universitas Sumatera Utara

47

• NaCl 5 M (l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke dalam
erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Masukkan ke dalam
gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
**Semua bahan di atas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.

Universitas Sumatera Utara

48

Lampiran 3. Pembuatan Larutan Buffer

• Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5 M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml aquades.
• Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.

• Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
• Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M PH 8.0, 0.1 ml EDTA 0.5
M PH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
• Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan 2
ml Isoamilalkohol.
• Etanol 70 % (100 ml): Campurkan 70 ml Etanol dan 30 ml aquades.

Universitas Sumatera Utara

49

Lampiran 4. Alur Penelitian
Pengambilan Sampel DNA Klon Kelapa Sawit

Isolasi DNA

Uji Kualitas

Uji Kuantitas

Amplifikasi PCR-SSR

Analisis Hasil Amplifikasi PCR-SSR

Elektroforesis

Universitas Sumatera Utara

50

Lampiran 5. Kode sampel klon BTC 60 PT Socfindo
No.
1
2
3
4
5
6
7

8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27

28
29
30

Kode Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30

Klon
459
458
457

456
455
454
453
444
445
446
447
448
449
450
451
452
437
436
435
434
433
432
431

430
429
425
427
426
423
420

Universitas Sumatera Utara

51

Lampiran 6. Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC 60
Kode Sampel
1
2
3
4
5
6

7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
x ± Sd
x ± 2Sd

Absorbansi ( Å260 /280)
2,03
1,16
2,53
1,60
1,34
2,40
1,66
1,36
1,33
2,01
1,98
1,12
1,48
2,50
1,48
3,15
1,37
1,57
1,05
1,98
2,03
1,26
1,80
1,58
1,62
1,37
1,67
2,23
1,62
3,32
1.79 ± 0.56
1.79 ± 1.12

Konsentrasi (μl/mg)
41,5
12,8
7,9
134,1
116,4
46,9
52,2
105,5
34,4
19,2
31,2
3,1
41,1
16,0
40,4
27,0
86,4
45,7
69,7
58,7
37,1
41,7
12,4
15,2
104,7
40,6
32,5
25,6
33,3
23,7
45.23 ± 33.39
45.23 ± 66.79

Universitas Sumatera Utara

52

Lampiran 7. Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 1

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 2

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 3

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 4

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 5

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 6

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 7

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 8

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 9

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 10

Universitas Sumatera Utara

53

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 11

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 12

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 13

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 14

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 15

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 16

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 17

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 18

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 19

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 20

Universitas Sumatera Utara

54

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 21

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 22

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 23

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 24

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 25

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 26

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 27

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 28

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 29

Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 30

Universitas Sumatera Utara

55

Lampiran 8. Analisis faktorial dengan menggunakan DARwin 6.0
Factorial analysis on dissimilarity
Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis
Dissimilarity calculated from data file: KLON BTC 60.var (type:'allelic')
User selection Units: 30/30 and Loci: 4/4
Dissimilarity index: Simple matching
Missing data options:
No missing data
1000 bootstraps
---------------------------Imported Allelic data Ploidy = 2...
30 selected units on 30
Selected unit list:
Number
Unit
No. Sampel
1
1
1
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
6
6
6
7
7
7
8
8
8
9
9
9
10
10
10
11
11
11
12
12
12
13
13
13
14
14
14
15
15
15
16
16
16
17
17
17
18
18
18
19
19
19
20
20
20
21
21
21
22
22
22
23
23
23
24
24
24
25
25
25
26
26
26
27
27
27
28
28
28
29
29
29
30
30
30
Warning:
At least one negative eigenvalue.
(smallest eigenvalue: -0.000369145417916822)
Non Euclidean dissimilarity
Axis
Axis
1
2
3
4
5

Eigenvalue
Eigenvalue
0.00438
0.00071
0
0
0

Inertia%
Inertia%
80.29
12.95
0
0
0

Universitas Sumatera Utara

56

There is only 2 axes with positive eigenvalue (user selection was 5 axes)
Unit coordinates on factorial axes
WARNING: negative eigenvalue => cosinus² may be negative or greater than one !
1st column = coordinate
2nd column = cosinus² x 1000
Axis 1
Coord.
Cos²
1
-0.0024
2
-0.0024
3
-0.0024
4
-0.0024
5
-0.0024
6
-0.0024
7
-0.0024
8
-0.0024
9
-0.0024
10
0.2395
926
11
-0.0024
12
-0.0024
13
-0.0024
14
-0.0024
15
-0.0024
16
-0.0024
17
-0.0024
18
0.0833
431
19
-0.0024
20
-0.0024
21
-0.0024
22
-0.0024
23
-0.0024
24
-0.0024
-0.0024
25
26
-0.0024
27
-0.0024
28
-0.0024
29
-0.2590
30
-0.0024

Axis 2
Coord.
Cos²
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
0.0830
111
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.1126
787
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
0.0406
26
-0.0004

Universitas Sumatera Utara

57

Lampiran 9. Analisis Kluster Metode UnWeighted Neighbor-Joining dengan
Menggunakan DARwin 6.0
Tree construction
Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis
Tree file
: KLON BTC 60.arb
Method: UnWeighted Neighbor-Joining
Dissimilarity min value = 0.125
Dissimilarity max value = 0.5
30 selected units on 30
Selected unit list:
Number Unit
No. Sampel
1
1
1
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
6
6
6
7
7
7
8
8
8
9
9
9
10
10
10
11
11
11
12
12
12
13
13
13
14
14
14
15
15
15
16
16
16
17
17
17
18
18
18
19
19
19
20
20
20
21
21
21
22
22
22
23
23
23
24
24
24
25
25
25
26
26
26
27
27
27
28
28
28
29
29
29
30
30
30
Iteration: 1
10
-18
--

- Maximum level =
31
31

4500

Iteration: 2
1
-2
--

- Maximum level =
32
32

624

Iteration: 3
32
-29
--

- Maximum level =
33
33

624

Iteration: 4
33
-28
--

- Maximum level =
34
34

124

Iteration: 5
34
--

- Maximum level =
35

124

Universitas Sumatera Utara

58

27

--

35

Iteration: 6
35
-26
--

- Maximum level =
36
36

124

Iteration: 7
36
-25
--

- Maximum level =
37
37

124

Iteration: 8
37
-24
--

- Maximum level =
38
38

124

Iteration: 9
38
-23
--

- Maximum level =
39
39

124

Iteration: 10
39
-22
--

- Maximum level =
40
40

124

Iteration: 11
40
-21
--

- Maximum level =
41
41

124

Iteration: 12
41
-20
--

- Maximum level =
42
42

124

Iteration: 13
42
-19
--

- Maximum level =
43
43

124

Iteration: 14
43
-30
--

- Maximum level =
44
44

124

Iteration: 15
44
-17
--

- Maximum level =
45
45

124

Iteration: 16
45
-16
--

- Maximum level =
46
46

124

Iteration: 17
46
-15
--

- Maximum level =
47
47

124

Iteration: 18
47
-14
--

- Maximum level =
48
48

124

Iteration: 19
48
-13
--

- Maximum level =
49
49

124

Iteration: 20
49
-12
--

- Maximum level =
50
50

124

Iteration: 21
50
--

- Maximum level =
51

124

Universitas Sumatera Utara

59

11

--

51

Iteration: 22
51
-31
--

- Maximum level =
52
52

124

Iteration: 23
52
-9
--

- Maximum level =
53
53

0

Iteration: 24
53
-8
--

- Maximum level =
54
54

0

Iteration: 25
54
-7
--

- Maximum level =
55
55

0

Iteration: 26
55
-6
--

- Maximum level =
56
56

0

Iteration: 27
56
-5
--

- Maximum level =
57
57

0

Last grouping
57
-4
-3
--

58
58
58

Edges and lengths
1
-32
2
-32
3
-58
4
-58
5
-57
6
-56
7
-55
8
-54
9
-53
10
-31
11
-51
12
-50
13
-49
14
-48
15
-47
16
-46
17
-45
18
-31
19
-43
20
-42
21
-41
22
-40
23
-39
24
-38
25
-37
26
-36
27
-35
28
-34
29
-33
30
-44
31
-52

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.188
0
0
0
0
0
0
0
0.062
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.25
0
0.062

Universitas Sumatera Utara

60

32
-33
33
-34
34
-35
35
-36
36
-37
37
-38
38
-39
39
-40
40
-41
41
-42
42
-43
43
-44
44
-45
45
-46
46
-47
47
-48
48
-49
49
-50
50
-51
51
-52
52
-53
53
-54
54
-55
55
-56
56
-57
57
-58
Edge length sum =

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
0.562

Edge bootstrap values (%)
31
-52
:

0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0

68

Average 'edge' distance between initial tree and bootstrapped trees: 0.975
5-percentile: 0.963
95-percentile: 1

Universitas Sumatera Utara

61

Lampiran 10. Jarak genetik klon BTC 60 berdasarkan 4 marka SSR
Units
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30

1
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

15

16

17

18

19

20

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.500
0.250

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.374
0.124

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

21

22

0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.250 0.250
0.000 0.000

23

24

25

26

27

0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.000
0.250
0.000

0.000
0.250
0.000

28

29

0.250
0.000 0.250

Universitas Sumatera Utara

41

DAFTAR PUSTAKA

Afifah, E.N. 2012. Penggunaan Penanda Molekuler Untuk Mempercepat dan
Mempermudah Perbaikan Kualitas Tanaman Teh (Camellia sinensis(L.)
O. Kuntze). Makalah Seminar. UGM Press, Yogyakarta.
Allolerung, M. S., Z. Pulungan., Syafaruddin., dan W. Rumini. 2010. Budidaya
Kelapa Sawit. Aska Media, Jakarta.
Ariani, S.H. 2014. Keragaman genetik aren Sulawesi Tenggara berdasarkan
marka random amplified polymorphic DNA. [Tesis]. Program Magister
Agroekotekonologi. Fakultas Pertanian. Universitas Sumatera Utara.
Medan.
Arumsari, S. 2013. Analisis Diversitas Genetik Aksesi Kelapa Sawit Kamerun
Berdasarkan Marka SSR. Jurnal Litri, 19 (4): 194 - 202.
Azrai, M. 2005. Sinergi Teknologi Marka Molekuler Dalam Pemuliaan Tanaman
Jagung. JurnalLitbang Pertanian 25: 81-89.
Darlan, N. H. Winarna, E. S. Sutarta. 2005. Peningkatan Efektivitas Pemupukan
Melalui Aplikasi Kompos TKS Pada Pembibitan Kelapa Sawit. Prosiding.
Pertemuan Teknis Kelapa Sawit. 19-20 April 2005. Medan.
Fauzi, Y., Widyastuti, Y .E., Satyawibawa, I dan Hartono, R. 2004. Kelapa
sawitEdisi Revisi. Penebar Swadaya, Jakarta.
Freeman, S., J. West, C. James, V. LEA, and S. Mayes. 2004. Isolation and
characterization ofhighly polymorfic microsatellites in tea (Camellia
sinensis). Mol. Ecol. Notes. 4: 324-326.
Gabungan Pengusaha Kelapa Sawit Indonesia. 2016. Indonesia dan Perkebunan
Kelapa Sawit dalam Isu Lingkungan Global. GAPKI, Jakarta.
Hadi. 2004. Teknik Berkebun Kelapa Sawit. Adicita, Yogyakarta.
Hairinsyah. 2010. Pendugaan Parameter Genetik danAnalisa Keragaman Genetik
Kelapa Sawit (Elaeisguineensis Jacq) dengan Marka Simple
SequenceRepeat (SSR). (Tesis). Sekolah Pascasarjana, InstitutPertanian
Bogor. 45 hlm.
Hartley, C.W.S. 1988. The Oil Palm. 2nd Edition, London; Longman. 545p.
Hetharie, H. 2010. Deteksi perubahan genetik pada kelapa sawit(Elaeis guinnensis
jacq.) abnormal dengan teknik RAPD. Jurnal Budidaya Pertanian, 6:45-50.

Universitas Sumatera Utara

42

Kiswanto, J.H., Purwanta, B. Wijayanto. 2008.Teknologi Budidaya Kelapa Sawit.
Balai Besar Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian, Badan
Penelitian dan Pengembangan Pertanian, http://cybex.deptan.go.id [10
Februari 2016].
Larasati,
P.
2011.
Quantifikasi
DNA
dan
Analisis
Kualitas.
http://puspalarasati.wordpress.com. Diakses tanggal 22 September 2011.
Lubis, A. U. 2008. Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Di Indonesia. Edisi 2.
PPKS RISPA, Medan.
Mangoensoekarjo, S. 2007. Manajemen Tanah Dan Pemupukan Budidaya
Perkebunan. Gadjah Mada University Press,Yogyakarta.
Mariska, I., S. Hutami., D. Sukmadjaja., M.Kosmiatin., S. Rahayu dan S. Utami.
2013. Inovasi Kultur Jaringan Tanaman Kelapa Sawit. Jurnal Agroinovasi.
Badan Litbang Pertanian, Bogor.
Mulyadiana, A. 2010. Keragaman genetik Shorea leavis Ridl. di Kalimantan
berdasarkan penanda mikrosatelit. Skripsi. Institut Pertanian Bogor.
Nurahmi, E., Nurhayati., dan A. Ulfa. 2010. Pertumbuhan Bibit Kelapa Sawit
(Elaeis guinensis Jacq) Pada Berbagai Komposisi Media Tanam Dan
Konsentrasi Pupuk Daun Seprint. Agrista 14:3.
Nurhaimi, H dan A. Darussamin. 1997.RAPD analysis of oil palm clones
withnormal and abnormal fruits.MenaraPerkebunan, 65, (2), 64-74.
Noor, Juliansyah. 2011. Metodologi Penelitian Skripsi, Tesis, Disertasi dan Karya
Ilmiah. Penerbit Kencana. Jakarta.
Ong A., 1993. Natural Sources of Tocotrienols, in Vitamin E in Health and
Disease, F.J.Packer L, Editor., Marcel Dekker Inc: New York. 3-8.
Orozco-Castillo., K.J. Chalmers., R.Waugh dan W.Powell. 1994. Detection of
Genetic Diversity and selective gene introgression in coffe using RAPD
markers. Theor. Appl. Genet 87:934-940.
Pahan, I. 2008. Panduan Lengkap Kelapa Sawit Manajemen Agribisnis dari Hulu
Hingga Hilir. Penebar Swadaya, Jakarta.
Pardamean, M. 2008. Panduan Lengkap Pengelolaan Kebun dan Pabrik Kelapa
Sawit. Agromedia Pustaka, Jakarta.
Perreira dan Jacquemoud-Collet, 2014. Software DARwin (Dissimiliarity
Analysis Representation for Windows). Diakses dari: http://darwin.cirad.fr
Last update 2016/3/12.

Universitas Sumatera Utara

43

Putri, L.A.P. 2010. Pendugaan Parameter Genetik dan Karakterisasi Molekuler
Keragaman Genetika dengan Marka Mikrosatelit (SSR) pada Kelapa
Sawit. Thesis. IPB. Tidak dipublikasikan.
Putri, L.A.P., Sudarsono., Asmono. D., dan Bilotte. N. 2015. Pendugaan
Keragaman Genetik Kelapa Sawit Tipe Dura Berdasarkan Marka
Mikrosatelit. Prosiding Seminar Nasional Biologi. 2;81-85.
Raganata, A.P. 2006. Kajian pengelolaan serbuk sari kelapa sawit(Elaeis
guinnensis jacq.) Pisifera. Thesis. IPB. Tidak dipublikasikan.
Rahayu, E.S., dan S., Handayani. 2010. Keragaman genetik pandan asal Jawa
Barat berdasarkan penanda inter simple sequence repeat. Marka Sains
14;158-162
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis. 1989. Moleculer Cloning A laboratory
Manual. Cold Spring Harbour Laboratory. CSH. New York. Sarvedio, MR
and Krikpatrick M. 1997. The Effect of Gene Flow on Reinforcement.
Evolution. 51:1764-1772.
Sastrosayono, S. 2003. Budidaya Kelapa Sawit. AgroMedia Pustaka. Jakarta.
Sayekti, U., U. Widyastuti., dan N.T. Mathius. 2015. Keragaman Genetik Kelapa
Sawit (Elaeis gueenensis Jacq.) Asal Angola Menggunakan Marka SSR.
Jurnal Agron Indonesia.Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Setiyo, I.E., 2001. Pemetaan dan Keragaman Genetik RAPD pada Kelapa Sawit
sungai pancur (RISPA). Tesis. Program Pascasarjana IPB, Bogor (tidak
dipublikasikan).
Siahaan, D. dan Maslan, R. 2006. Kajian Produksi Terpadu Karoten, Vitamin E,
dan Biodiesel dari Minyak Sawit. Warta, Medan.
Sianipar, N.F., G. A. Wattimena., H. Aswidinoor., M. Thewinadjaya., N. T.
Mathius dan G. Ginting. 2007. Karakterisasi Secara Morfologi
Abnormalitas Embrio Somatik Kelapa Sawit dari Eksplan Daun. Jurnal
AgroBiogen. Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Syakir, M. 2010. Budidaya kelapa Sawit.Aska Media, Bogor.
Tasma, I.M., A. Warsun., D. Satyawan., Syafaruddin., dan B. Martono. 2013.
Analisis Kekerabatan Kelapa Sawit (Elaeis gueenensis Jacq.) Asal
Kamerun Berdasarkan Marka Mikrosatelit. Jurnal Littri, 19(4): 194 - 202.
Zidenga, T. 2004. DNA-bqsecl Methods in sorghum Diversity studies and
Improvement. www.isb.\t.edu.Diakses tanggal 3 Februari 2016.

Universitas Sumatera Utara

44

Zulfahmi.2013. Penanda DNA Untuk Analisis Genetik Tanaman. Jurnal
Agroekotknlogi UIN, Riau.
Zulhermana. 2009. Keragaman Genetik Intra dan Interpopulasi Kelapa Sawit
(Elaeis guineensis Jacq.) Pisifera Asal Nigeria Berdasarkan Analisis
Marka Simple Sequence Repeat (SSR). (Tesis). Sekolah Pascasarjana,
Institut Pertanian Bogor. 45 hlm.

Universitas Sumatera Utara

18

BAHAN DAN METODE PENELITIAN

Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian ini telah dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler
Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara, Medan dan di Laboratorium DNA
Pusat Seleksi Bangun Bandar PT. SOCFINDO, Desa Martebing, Kecamatan
Dolok Masihul, Kabupaten Serdang Bedagai, Sumatera Utara yang dimulai pada
bulan Maret 2016 sampai dengan bulan Juni 2016.

Bahan dan Alat
Bahan tanaman yang digunakan dalam penelitian ini adalah daun kelapa
sawit asal klon sebanyak 30 sampel yang berasal dari PT. SOCFINDO,
Polyvinylpolypyrolidone

(PVPP),

nitrogen

cair,

buffer

ekstraksi

Cetyl

trimethylammonium bromide (CTAB) 5%, NaCl, Tris, HCl, NaOH, isopropanol,
Ethylenediamine

tetraacetic

(EDTA),

Kloroform

isoamialkohol

(KIAA),

β-mercaptoethanol, etanol 70%, etanol absolute, DNA marker 100bp Ladder, Go
taq Green Master Mix, loading dye, nuclease free water, aquades, aquabidest,
agarose dan 4 primer (FR 0783, FR 0779, FR 3663, FR 3745) dimana urutan basa
dari masing-masing primer dapat dilihat pada lampiran 1.
Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah mortar, alu, alumunium
foil, gunting, mikropipet, rak tube, tips, waterbath, stirer, centrifuge, kulkas,
freezeer, timbangan analitik, vortex, erlenmeyer, magnetic stirrer, microwave,
cetakan agarose, tube 2ml dan 1,5ml, tube PCR (100 µl), bak elektroforesis, PCR
(Master Cycler Nexus Gradient), Gel-Doc (UVitec Cambridge), pH meter,

Universitas Sumatera Utara

19

handspoon, alat-alat gelas (beaker glass, gelas ukur), power supply, pengaduk,
pipet kristal, kamera, oven, dan alat tulis.

Universitas Sumatera Utara

20

PELAKSANAAN PENELITIAN

Pengambilan Sampel Daun
Daun kelapa sawit yang digunakan adalah daun asal klon dari populasi
alam di plasma nutfah PT.Socfindo. Daun yang dipilih adalah daun tombak yang
masih muda kemudian disterilisasi dengan cara disemprotkan alkohol lalu
dibersikan dengan tisu dan dimasukkan ke dalam amplop yang telah diberi label.

Isolasi dan Pemurnian DNA
Isolasi dilakukan berdasarkan Metode CTAB dari Metode OrozcoCastilloet

al

(1994)

yang

dimodifikasi

dengan

penambahan

Polyvinil

polypirolidone (PVPP) dan β-mercaptoethanol. Daun kelapa sawit ditimbang
masing-masing 0,1 sampai dengan 0,3 g. Daun dipotong halus dengan gunting
secara melintang. Kemudian daun dimasukkan kedalam mortar untuk digerus
dengan penambahan nitrogen cair. Daun digerus sampai halus berlawanan arah
jarum jam. Kedalam mortar ditambah 0,1 g PVPP. Kemudian digerus kembali
hingga benar-benar lumat/halus. Daun dipindahkan kedalam tabung tube 2ml,
yang sudah berisi 1ml buffer ekstraksi CTAB dan 10µl β-mercaptoethanol,
kemudian divortex hingga homogen. Masing-masing tube diberi tanda sesuai
dengan sampel yang digunakan, tube tersebut diinkubasi kedalam pemanas air
bersuhu 65oC selama 30 menit, setiap 10 menit tabung dikocok perlahan secara
regular. Kemudian tabung dikocok lagi hingga homogen. Tabung disentrifugasi
selama 10 menit dengan kecepatan 13.000 rpm.
Bila ekstraksi berhasil maka supernatant akan terpisah berdasarkan berat
jenisnya. Kemudian fase atas (supernatant) dipindahkan ke tabung mikro lain 2ml

Universitas Sumatera Utara

21

dan ditambah 1ml larutan KIAA dan kembali disentrifugasi selama 10 menit pada
kecepatan 13.000 rpm. Supernatant dipindahkan ke tabung mikro 2ml dan
ditambahakan 1ml isopropanol dingin. Tabung dikocok perlahan dan diperhatikan
adanya benang-benang halus putih yang muncul. Bila benang-benang halus putih
sudah tampak jelas diinkubasi pada suhu 4oC selama 1 malam.
Setelah itu, disentrifus selama 10 menit dengan kecepatan 13.000 rpm
kemudian cairan isopropanol dalam tube dibuang dan benang-benang halus dalam
tube ditinggalkan lalu dikeringanginkan. Kemudian kedalam tabung ditambahkan
100µl buffer TE dan dispin manual agar terbentuk suspensi antara pelet dengan
buffer TE. Setelah itu kedalam tube ditambahkan 1 ml etanol 100% dan dikocok
kembali secara perlahan. Tube disentrifus kembali selama 10 menit pada
kecepatan 13.000 rpm. Langkah tersebut diulang sampai pellet bersih. Selanjutnya
fase atas dibuang, tube dikeringanginkan kemudian ditambah 100 µl buffer TE
dan pellet DNA disuspensikan kedalam buffer TE. Stok DNA yang diperoleh
disimpan pada freezer.

Uji Kualitas DNA
Uji kualitas DNA dilakukan dengan elektroforesis dimana sebelum
dilakukan elektroforesis, disiapkan gel agarose konsentrasi 2%. Agarose
ditimbang 1,6 g kemudian dilarutkan kedalam 80 ml buffer TAE 1x, larutan
tersebut dimasukkan kedalam erlenmeyer, kemudian dipanaskan dan diaduk
dengan pengaduk magnetic hingga larutan menjadi bening. Kemudian ditambah
larutan etidium bromide 1,5 µl. Kemudian larutan dimasukkan dalam cetakan agar
yang telah dipasang sisir (well) dan dibiarkan memadat selama +40 menit. Gel
yang telah memadat dimasukkan kedalam wadah elektroforesis dan diberi larutan

Universitas Sumatera Utara

22

TAE 1x + 670ml (hingga terendam). Contoh DNA yang telah disiapkan
dimasukkan ke dalam sumur pada gel. Pada saat stok DNA akan dimasukkan ke
dalam sumur gel, maka setiap stok DNA diberi loading buffer (pewarnaan)
sebanyak 2 µl dan stok DNA 5 µl kemudian dihomogenkan dengan mikropipet
dan setelah itu dimasukkan ke dalam sumur gel. Setelah semua lubang sumur gel
berisi selanjutnya dielektroforesis. Running elektroforesis dilakukan pada kondisi
70 volt selama 60 menit. Visualisasi dan dokumentasi DNA yang telah
dielektroforesis dilakukan dengan UVitec Cambridge.
Kualitas DNA dinyatakan baik bila hasil elektroforesis menunjukkan pola
pita yang terang dan fokus. Artinya DNA yang dihasilkan cukup solid, utuh dan
mempunyai konsentrasi yang tinggi.

Uji Kuantitas DNA
Pengujian kuantitas DNA dilakukan dengan metode spectrometer. Larutan
stok DNA hasil isolasi diambil sebanyak 1 µl

lalu alat dijalankan. Nilai

absorbansi diukur pada panjang gelombang (λ) 260 dan 280 nm dengan
menggunakan stok DNA hasil isolasi dan permunian. DNA mempunyai
kemurnian tinggi jika ratio nilai absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dan
280 nm berkisar antara 1,8 – 2,0 (Sambrook et al., 1989).

Amplifikasi PCR Marka Simple Sequences Repeats (SSR)
Amplifikasi dilakukan dengan menggunakan 4 primer yaitu FR 0783, FR
0779, FR 3663 dan FR 3745. Sebelum running PCR dilakukan pengenceran DNA
dengan mengambil 9 µl stok DNA dan ditambah 15 µl ddH2O sehingga diperoleh
24 µl aliquot DNA.

Universitas Sumatera Utara

23

Pembuatan master mix PCR dilakukan dalam tube PCR dengan komposisi
untuk satu kali reaksi dengan total volume 25 µl antara lain Go Taq PCR 12.5 µl,
nuclease free water 8.5 µl, primer forward 1 µl, primer reverse 1 µl dan DNA
sampel 2 µl dengan konsentrasi DNA sebesar 10 µg/ml. Proses amplifikasi
dilakukan menggunakan PCR thermal cycler. PCR merupakan proses
penggandaan sekuen nucleotide yang dapat dipengaruhi oleh suhu, waktu dan
siklus. Program amplifikasi PCR berdasarkan Putri (2010) dengan siklus
predenaturasi 4 menit pada suhu 94°C, diikuti 35 siklus denaturasi 94°C, selama
30 detik, tahapan anneling 52°C selama 1 menit 15 detik, extension 72°C selama
8 menit dan kondisi akhir PCR 4°C.

Elektroforesis
Sebelum dilakukan elektroforesis disiapkan gel agarose konsentrasi 4%.
Agarose ditimbang 3,2 g kemudian dilarutkan dengan menambahkan 80 ml buffer
TBE 1x. larutan dimasukkan ke dalam Erlenmeyer, kemudian dipanaskan dan
diaduk dengan pengaduk magnetik hingga larutan menjadi bening. Setelah itu
ditambahkan larutan etidium bromide 1 µl. Kemudian dibiarkan hingga etidium
bromide homogen dengan agar. Kemudian larutan dimasukkan kedalam cetakan
agar yang telah dipasang sisir pembuat lubang (well-forming combs) dan
dibiarkan memadat sampai gel mengeras. Well-forming combs dilepas secara
perlahan dan gel agarose siap digunakan untuk elektroforesis.
Untuk elektroforesis tray yang berisi gel agarose diletakkan ke dalam tank
elektroforesis dan larutan buffer TBE 1x dituang ke dalam tank tersebut + 670ml
(hingga terendam) hingga batas yang telah ditentukan. Pada lubang gel yang
pertama dimasukkan marker 3 µl dan dicampur dengan loading dye 1 µl dengan

Universitas Sumatera Utara

24

menggunakan mikropipet. Selanjutnya contoh DNA yang telah disiapkan
dimasukkan ke dalam sumur pada gel sebanyak 8 µl setiap lubangnya.
Setelah semua sampel dimasukkan ke dalam sumur (well), tank
elektroforesis ditutup dan dihubungkan dengan arus listrik. Kemudian proses
elektroforesis siap dijalankan. Running electrophoresis dilakukan pada kondisi 60
volt selama 210 menit. Setelah running elektroforesis selesai, arus listrik
dimatikan. Visualisasi DNA yang telah dielektroforesis dilakukan dengan UVitec
cambridge dengan cara meletakkan gel pada UVitec Cambridge dan jika pita/band
molekul DNA kelihatan terang maka didokumentasikan.

Analisis data
Penentuan Ukuran Pasangan Basa
Untuk menentukan keragaman genetik produk PCR – SSR berdasarkan
muncul tidaknya pita DNA. Pita yang muncul pada gel diasumsikan sebagai alel
SSR. Keragaman alel SSR ditentukan dari perbedaan migrasi alel pada gel
masing-masing individu sampel. Ukuran fragmen basa (pasangan basa = bp)
produk PCR ditentukan dengan menggunakan software UVITEC Cambridge Fire
Reader. Fragmen DNA yang digunakan sebagai standar ukuran yaitu BenchTop
100 bp DNA Ladder. Data gambar hasil elektroforesis yang dimasukkan ke dalam
program akan dideteksi muncul tidaknya bands dan dinilai berdasarkan marker’s
value yang telah dimasukkan. Analisis PCoA (Principal of Coooedinate),
filogenetik dan jarak genetic dengan menggunakan softwere DARwin 6.0.

Universitas Sumatera Utara

25

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Uji Kualitas
Uji kualitatif DNA dilakukan dengan teknik elektroforesis dari hasil
isolasi DNA. Hal ini dilakukan untuk menentukan kemurnian suatu galur atau
kultivar serta untuk menguji masuknya materi genetik tertentu (misalnya dalam
mendeteksi materi transgenik) ke dalam populasi. Metode elektroforesis
merupakan teknik yang dapat digunakan untuk menggambarkan pergerakan
molekul-molekul bermuatan dalam medan listrik ke arah elektroda dengan muatan
berlawanan atau teknik yang didasarkan pada pergerakan molekul bermuatan
dalam media penyangga di bawah pengaruh medan listrik.
Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan dan purifikasi fragmen
DNA, RNA, atau protein. Prinsip dasar dari elektroforesis adalah memisahkan
molekul berdasarkan muatan listrik. Elektroforesis DNA biasanya digunakan
untuk memisahkan DNA berdasarkan perbedaan ukurannya. Pemisahan DNA
dalam hal ini adalah menggunakan gel agaros. Agaros merupakan polisakarida
yang diekstrak dari rumput laut. Ukuran pori agarosa sesuai untuk pemisahan
polimer asam nukleat yang tersusun dari ratusan nukleotida (Firdausi et al., 2008).
Uji kualitas DNA dilakukan dengan menggunakan agaros pada konsentrasi
2%. Hasil uji kualitas

akan memperlihatkan ada atau tidak pita DNA yang

teramplifikasi. Tebal dan tipis pita yang dihasilkan menunjukkan volume dan
konsentrasi DNA. Pita yang tebal menunjukkan volume dan konsentrasi DNA
yang tinggi demikian pula sebaliknya. Selain hal tersebut juga dijumpai pita yang
berbayang (smear). Hal ini dapat disebabkan oleh DNA yang tercampur dengan

Universitas Sumatera Utara

26

zat kimia lain seperti keberadaan protein, lipid, karbohidrat, RNA dan senyawasenyawa kimia lainnya yang terbawa secara tidak sengaja pada saat isolasi DNA.
Kualitas DNA diukur dengan menggunakan gel agarose 2% hasil running
electrophoresis. Hasil running electrophoresis 30 sampel klon kelapa sawit BTC
60 Sumatera Utara dapat dilihat pada Gambar 1 sampai dengan Gambar 3.
11

9

10

19

2

12

20

15

14

4

5

8

13

18

17

28

Gambar 1. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60
Keterangan : Angka yang tertera merupakan kode sampel
12

23

1

29

24

28

20

19

26

12

11

20

18

5

Gambar 2. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60
Keterangan : Angka yang tertera merupakan kode sampel
11

26

27

5

21

20

30

6

7

16

18

12

3

22

25

11

Gambar 3. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60
Keterangan : Angka yang tertera merupakan kode sampel

Universitas Sumatera Utara

27

Uji kualitas merupakan metode yang digunakan untuk mengetahui
tingkat kemurnian hasil isolasi DNA. Dari Gambar 1-3 dapat diketahui bahwa dari
30 sampel yang diuji seluruhnya menunjukkan keberadaan pita DNA. Namun, ada
beberapa sampel yang menunjukkan smear (2, 5, 8, 11, 14, 18, 19). Hal ini
menyebabkan pita DNA terlihat tebal dikarenakan adanya kontaminasi pada saat
isolasi dan kontaminan tersebut bisa berupa polisakarida, protein, metabolit
sekunder dan lipid. Hal ini sesuai dengan Weeden et al. (1992) yang menyatakan
bahwa cetakan DNA yang mengandung senyawa-senyawa seperti polisakarida
dan senyawa fenolik, serta konsentrasi DNA cetakan yang terlalu kecil sering
menghasilkan pita DNA amplifikasi yang redup atau tidak jelas. Selain itu pada
penelitian Restu et al (2012) pemurnian yang kurang maksimal menyebabkan
sebagian supernatant yang mengandung DNA genom dapat ikut terbuang
sehingga konsentrasi DNA yang dihasilkan menjadi berkurang. Perbedaan hasil
pada masing-masing sampel tergantung pada banyaknya konsentrasi DNA yang
terekstraksi. Semakin sedikit atau tidak adanya smear pada pita DNA
menunjukkan semakin baik kualitas DNA.
Adanya band yang tidak muncul seperti pada sampel No.12 (Gambar 1)
dapat disebabkan oleh kontaminan yang terdapat di dalam DNA sampel seperti
lipid, protein, karbohidrat dan metabolit sekunder yang tidak sengaja terbawa
pada saat proses isolasi DNA. Hal ini sesuai dengan literatur Pharmawati (2009)
yang menyatakan bahwa salah satu penyebab terjadinya hal ini adalah kualitas
DNA yang kurang baik. DNA yang pemurniannya tidak sempurna kemungkinan
masih mengandung polisakarida, senyawa fenolik atau kontaminan lain, sehingga
dengan meningkatnya konsentrasi DNA maka kontaminan juga bertambah.

Universitas Sumatera Utara

28

Uji Kuantitas
Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan/jumlah
DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah
diketahui keberadaan DNA plasmidnya dalam larutan contoh dengan cara uji
kualitatif (Larasati, 2011).
DNA yang mengandung basa-basa purin dan pirimidin dapat menyerap
cahaya UV. Pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm, sedangkan
kontaminan protein atau phenol pada 280 nm. Dengan adanya perbedaan
penyerapan cahaya UV tersebut maka dapat diketahui berdasarkan perbandingan
nilai absorbansi

(Å260/Å280). Batas kemurnian yang biasa dipakai dalam

analisis molekuler pada rasio Å260/280 adalah 1,8 – 2,0 (Sambrook et al., 1989).
Jika nilai melebihi 2,0 maka larutan yang diuji masih mengandung kontaminan
dari protein membran atau senyawa lainnya sehingga kadar DNA yang didapat
belum murni. Jika kurang dari 1,8 maka ddH2O yang diambil terlalu banyak
sedangkan DNA yang diambil terlalu sedikit (Fatchiyah, 2011).
Uji kuantitatif dilakukan menggunakan spektrofotometer berdasarkan
konsentrasi DNA. Uji ini dilakukan untuk melihat kontaminasi protein dan
polisakarida pada DNA yang diisolasi. Menurut Sayekti et al (2015), konsentrasi
DNA yang terlalu rendah akan menghasilkan fragmen yang sangat tipis pada gel
atau bahkan tidak terlihat secara visual, sebaliknya konsentrasi DNA yang terlalu
tinggi akan menyebabkan fragmen terlihat tebal sehingga sulit dibedakan.
Uji kuantitas DNA dilakukan dengan metode spectrometer pada panjang
gelombang 260 nm dan 280 nm berkisar antara 1,05 – 3,32 untuk 30 sampel klon
kelapa sawit BTC 60 Sumatera Utara dapat dilihat di Lampiran 6. Nilai

Universitas Sumatera Utara

29

kemurnian DNA terendah sebesar 1,05 terdapat pada sampel 19 dan nilai
kemurnian tertinggi sebesar 3,32 terdapat pada sampel 30. Hal ini disebabkan
konsentrasi DNA yang terlalu rendah ataupun DNA yang masih mengandung
kontaminan. Sehingga perlu dilakukan permurnian DNA untuk menghilangkan
kontaminan seperti polisakarida dan RNA.
Nilai konsentrasi dari hasil isolasi DNA genom yang telah dimurnikan
(Tabel 3) menunjukkan konsentrasi pada rentang 3,10-134,1 μl/ml. Sampel yang
memiliki konsentrasi tertinggi adalah sampel 23 sedangkan sampel dengan
konsentrasi terendah adalah sampel 12. Konsentrasi yang dihasilkan berada dalam
jumlah yang beragam bagi setiap sampel. Hal ini dapat terjadi karena dalam
proses pengerjaan isolasi DNA yang tidak dapat dikontrol konsistensinya,
sehingga konsentrasi DNA yang didapat berbeda-beda. Menurut Wilkerson et al
(1993) mengemukakan bahwa nilai konsentrasi (C) yang baik untuk PCR berkisar
antara 0,5 sampai 6,5 μl/ml.
Dari 30 sampel DNA yang diisolai terdapat 3 sampel yang nilai
kemurniannya berkisar antara 1,8 – 2,0 yaitu pada sampel nomor 11, 20 dan 23.
Hal ini menunjukkan sampel DNA tidak mengandung kontaminan atau murni.
Sampel DNA yang nilai kemurniannya dibawah 1,8 sebanyak 18 sampel yaitu
pada nomor 2, 4, 5, 7, 8, 9, 12, 13, 15, 17, 18, 19, 22, 24, 25, 26, 27, 29 yang
menunjukkan bahwa sampel DNA memiliki konsentrasi yang rendah dan
mengandung protein. Menurut Fatchiyah (2011) nilai kemurnian yang lebih dari
2,0 menunjukkan bahwa sampel DNA belum murni karena mengandung
kontaminan RNA, yang terdapat pada 9 sampel DNA yaitu pada nomor 1, 3, 6,
10, 14, 16, 21, 28, 30.

Universitas Sumatera Utara

30

Visualisasi Hasil Elektroforesis PCR Primer SSR
Hasil amplifikasi dengan menggunakan 4 primer SSR yaitu dan FR 3745
sebanyak 3 primer yaitu FR 0783, FR 0779, FR 3663 dapat mengamplifikasi 30
aksesi tanaman kelapa sawit sehingga dapat divisualisasikan yang kemudian dapat
dianalisis. Namun, terdapat 1 primer yaitu FR 3745 yang tidak dapat
mengamplifikasi DNA pada 30 aksesi yaitu aksesi nomor 10 (Tabel 3.)
Tabel 3. Hasil Amplifikasi empat primer SSR
No.
1.
2.
3.
4.

Nama
Primer
FR 0783
FR 0779
FR 3663
FR 3745

Jumlah Aksesi
Teramplifikasi
30
30
30
29

Jumlah Aksesi Tidak
Teramplifikasi
1

No.
Aksesi
10

Amplifikasi 30 aksesi klon kelapa sawit digunakan empat primer SSR
dimana 2 primer diantaranya yaitu FR 0783 dan FR 3745 menunjukkan
polimorfisme yang tinggi. Hasil pengamatan jumlah fragmen DNA dan persentase
polimorfik setiap primer dapat dilihat pada Tabel 4.
Tabel 4. Persentase polimorfik
No..
1.
2.
3.
4.

Nama
Primer
FR 0783
FR 0779
FR 3663
FR 3745
Total
Rata-Rata

Ukuran
Pita (bp)
272-351
243-320
242
264-317

∑ Pita
4
2
1
2
9
2,25

∑ Pita
Polimorfik
4
0
0
2
6
1,5

∑ Pita
Monomorfik
0
2
1
0
3
0,75

%
Polimorfik
100%
0%
0%
100%
200%
50%

Pada Tabel 4 dapat terlihat bahwa pola pita yang dihasilkan oleh 4 primer
yang digunakan menghasilkan pola pita yang bervariasi. Ukuran pita-pita yang
dihasilkan bervariasi antara 242 – 351 bp. Total pola pita dari keempat primer

Universitas Sumatera Utara

31

sebanyak 9 dengan rata-rata 2,25 pita per primer. Pita polimorfik yang dihasilkan
sebanyak 6 pita dan total pita monomorfik sebanyak 3 pita.
Persentase pita polimorfik bervariasi antara 0% sampai 100% dengan
rata-rata 50% untuk semua primer. Jumlah pita tertinggi dan ukuran pasangan
basa tertinggi yaitu 4 pita dengan ukuran sebesar 351 bp terdapat pada primer FR
0783 sedangkan jumlah pola pita terendah dan ukuran pasang basa terendah
terdapat pada primer FR 3663 yaitu sebanyak 1 pita dengan ukuran 242 bp.
Primer 0783 mampu menunjukkan amplifikasi pada 30 DNA klon
kelapa sawit yang diuji. Pola pita bersifat heterozigot, jumlah pita sebanyak 4 dan
ukuran pita sekitar 335 bp, 272 bp, 351 bp dan 300 bp. Visualisasi primer 0783
dapat dilihat pada Gambar 4. Persentase pita polimorfis sebesar 100% dan
persentase pita momorfis sebesar 0%.
M

1

2

3 4

5

6

M 8 9 10 11 12 13 14 15

7
1500 bp

1500 bp

300 bp

500 bp

100 bp

100 bp

M 23 24 25 26 27 28 29 30

M 16 17 18 19 20 21 22
1500 bp

1500 bp

500 bp

500 bp

100 bp
100 bp

Gambar 4.

351 bp

300 bp

Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit BTC 60
Socfindo dengan menggunakan Primer FR 0783,
Keterangan: M = Marker Ladder 100 bp; Angka yang tertera
merupakan kode sampel

Universitas Sumatera Utara

32

Primer FR 0779 mampu menunjukkan amplifikasi pada 30 DNA klon
kelapa sawit yang diuji. Pola pita bersifat heterozigot, jumlah pita sebanyak 2 dan
ukuran pita sekitar 320 bp dan 243 bp.

Persentase polimorfis sebesar 0%.

Visualisasi primer FR 0779 dapat dilihat pada Gambar 5.
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

M 11 12 13 14 15 16 17 18 19

1500 bp

1500 bp

500 bp

500 bp

100 bp

100 bp

M

20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

1500 bp
500 bp
100 bp

Gambar 5.

Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit BTC 60
Socfindo dengan menggunakan Primer FR 0779.
Keterangan: M = Marker Ladder 100 bp; Angka yang tertera
merupakan kode sampel

Primer FR 3663 mampu menunjukkan amplifikasi pada 30 DNA klon
kelapa sawit yang diuji. Pola pita bersifat homozigot, jumlah pita sebanyak 1 dan
ukuran pita sekitar 242 bp. Persentase pita polimorfis sebesar 0% dan persentase
pita monomorfis sebesar 100%. Visualisasi primer FR 3663 dapat dilihat pada
Gambar 6.

Universitas Sumatera Utara

33

M

1

2

3

4

5

6

7

8

9 10 11 12 13

1500 bp
800 bp
500 bp
500 bp

M 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
1500 bp
1500 bp
300 bp
100 bp

Gambar 6.

Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit BTC 60
Socfindo dengan menggunakan Primer FR 3663.
Keterangan: M = Marker Ladder 100 bp; Angka yang tertera
merupakan kode sampel

Primer FR 3745 mampu menunjukkan amplifikasi pada 29 DNA klon
kelapa sawit yang diuji. Pola pita bersifat heterozigot, jumlah pita sebanyak 2 dan
ukuran pita sekitar 317 bp dan 264 bp. Persentase pita polimorfisme sebesar
100% dan persentase pita monomorfis sebesar 0%. Visualisasi primer FR 3745
dapat dilihat pada Gambar 7.
M 12 281917181511 27 1 22 7 16 8 2 21 13 4 24 5 14 6 3

M 10 29 20 30 26 23 25 9

1500bp
1500bp
500bp

500bp

317 bp

Gambar 7.

200bp

A

Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit BTC 60
Socfindo dengan menggunakan Primer FR 3745.
Keterangan: M = Marker Ladder 100 bp; A : tidak teramplifikasi;
Angka yang tertera merupakan kode sampel

Universitas Sumatera Utara

34

Analisis kluster Marka SSR
Analisis Radial Neighbour-Joining Tree (NJtree) menunjukkan titik
asal sebaran klon berdasarkan empat marka SSR yang telah diuji pada penelitian
ini. Hasil analisis Radial Neighbour-Joining Tree (NJtree) dapat dilihat pada
Gambar 8.

29

28
27
24
225
1
26
21
17
16
12
5
23
22
20
19
30
15
14
13
9
6
4
3
11
8
7
66

18

10
0

0.1

Gambar 8. Profil Radial Neighbour-Joining Tree (NJtree) dari 30 DNA klon
kelapa sawit BTC 60 Socfindo yang dianalisis berdasarkan matrix
dissimilarity simple matching dengan menggunakan marka SSR
Berdasarkan Gambar 8. dapat diketahui bahwa dari 30 sampel klon
yang telah diuji ada 27 sampel yang mengumpul pada satu titik, hal ini
menunjukkan bahwa sampel yang digunakan berasal dari klon yang sama, dan ada

Universitas Sumatera Utara

35

3 klon (No.10, No. 18 dan No.29) yang kemungkinan berasal dari tetua klon yang
berbeda. Analisis jarak genetik (Lampiran 9.) menunjukkan bahwa terjauh adalah
jarak genetik antara sampel No. 29 dengan sampel No.10 yaitu sebesar 0.500,
jarak genetik antara sampel No. 29 dan sampel No.18 adalah sebesar 0.374 serta
jarak genetik antara sampel No.18 dan sampel No.10 adalah sebebsar 0.250.

Analisis factorial Principal Coordinates Analysis (PCoA) Marka SSR
Analisis PCoA dapat diketahui seberapa besar nilai keragaman
molekuler berdasarkan empat marka SSR yang telah digunakan pada penelitian
ini. Hasil analisi PCoA dapat dilihat pada Gambar 9.
.1

Aksis I (80,29%)

10

.08
.06

29

.04
.02

-.3

-.25

-.2

-.15

-.1

-.05

28
27
26
25
24
23
22
21
20
19
30
17123456789
16
15
14
13
12
11

.05

.1

.15

.2

.25

-.02

Aksis II (12,95%)

-.04
-.06
-.08
-.1
-.12

18

Gambar 9. Analisis factorial Principal Coordinates Analysis (PCoA) aksis 1
(horizontal) dan aksis 2 (vertikal) yang dianalisis berdasarkan matrix
dissimilarity simple matching dengan menggunakan marka SSR
Berdasarkan Gambar 9. dapat diketahui bahwa nilai keragaman
molekuler berdasarkan empat marka SSR adalah sebesar 93.24%. Hasil analisis
ini menunjukkan ada tiga klon yang menunjukkan perbedaan dengan klon-klon
lainnya yaitu pada klon No.10, No.29 dan No.18.

Universitas Sumatera Utara

36

Pembahasan
Klon BTC 60 merupakan tanaman hasil perbanyakan dari kultur jaringan
sehingga memiliki sifat yang sama dengan induknya dalam jumlah yang banyak
dan relatif singkat. Hal ini sesuai dengan pernyataan Nurhaimi dan Darussamin
(1997) yang menyatakan bahwa salah satu keunggulan dari teknik kultur jaringan
adalah mampu menghasilkan bibit dalam jumlah yang banyak dan dalam waktu
yang relatif singkat. Oleh sebab itu maka perbanyakan dengan teknik kultur
jaringan telah diterapkan pada klon BTC 60.
Perbanyakan teknik kultur jaringan memiliki kekurangan yaitu berpotensi
akan menghasilkan tanaman abnormal selama proses kultur jaringan dapat terjadi
variasi klonal yang disebabkan oleh adanya sel-sel yang bermutasi. Hal ini sesuai
dengan Hetharie (2010) yang menyatakan bahwa teknik kultur jaringan tidak
selalu menghasilkan tanaman yang identik dengan induknya karena selama
proses kultur jaringan dapat terjadi variasi fenotipik yang disebabkan oleh
perubahan genetik yang disebut variasi somaklonal.
Informasi keragaman genetik merupakan informasi mengenai variasi atau
perbedaan karakteristik akibat keanekaragaman genetik yang ada dalam suatu
spesies. Hal ini dapat terjadi akibat evolusi maupun reproduksi seksual. Penilaian
keragaman genetik tanaman dapat menggunakan penanda morfologi, biokimia
dan molekuler. Hal ini sesuai dengan pernyataan Zulfahmi (2013) bahwa
keragaman tingkat genetik merupakan tingkat keragaman yang paling rendah
dalam organisasi biologi. Informasi keragaman genetik tanaman pada tingkat
individu, spesies maupun populasi perlu diketahui, sebagai dasar pertimbangan
dalam menyusun strategi konservasi, pemuliaan, pengelolaan dan pemanfaatan

Universitas Sumatera Utara

37

sumberdaya genetik tanaman secara berkelanjutan. Penilaian keragaman genetik
tanaman dapat dilakukan dengan menggunakan penanda morfologi, biokimia dan
molekuler DNA.
Marka SSR (Simple Sequence Repeat) merupakan penanda molekuler
yang dapat digunakan untuk mengevaluasi struktur keragaman genetik genus
Elaeis. Kelebihan marka ini bersifat kodominan, mudah dan ekonomis dalam
pengaplikasiannya serta memiliki

tingkat

polimorfisme tinggi.

Tingkat

keragaman molekuler berdasarkan 4 marka SSR yang diuji adalah sebesar
93.24%. Artinya bahwa primer SSR yang diuji dapat menunjukkan adanya
perbedaan antara klon yang diuji sebesar 93.24%.
Kekurangan marka SSR adalah butuh waktu lama dan biaya yang besar.
Hal ini sesuai dengan pernyataan dari Afifah (2012) yang menyatakan bahwa
SSR yang juga sering disebut dengan mikrosatelit merupakan alat bantu yang
sangat akurat untuk membedakan genotipe, evaluasi kemurnian benih, pemetaan,
dan seleksi genotip untuk karakter yang diinginkan. Kelebihan marka ini yaitu
bersifat kodominan sehingga tingkat heterozigositasnya tinggi yang berarti
memiliki daya pembeda antar individu sangat tinggi serta dapat diketahui
lokasinya pada DNA sehingga dapat mendeteksi keragaman alel pada level yang
tinggi, mudah dan ekonomis. SSR memiliki tingkat polimorfisme yang tinggi
stabil secara somatik. Kelemahan teknik ini adalah marka SSR tidak tersedia
pada semua spesies tanaman, sehingga untuk merancang primer yang baru
dibutuhkan waktu yang lama dan biaya yang cukup mahal.
Berdasarkan hasil penelitian dapat diketahui bahwa primer yang bersifat
homozigot teridentifikasi di primer FR 3663 dengan ukuran 242 bp dan

Universitas Sumatera Utara

38

teramplifikasi pada seluruh sampel tanaman yang diuji.

Primer homozigot

merupakan primer yang dapat dijadikan sebagai marker pada klon BTC 60
sehingga primer FR 3663 dapat mengidentifikasi klon tersebut. Hal ini sesuai
dengan hasil penelitian Mulsanti (2011) yang menyimpulkan bahwa primer
homozigot dapat dijadikan sebagai penanda untuk membedakan suatu varietas
dengan varietas lainnya.
Hasil penelitian selanjutnya menunjukkan bahwa primer FR 3745, FR
0779, dan FR 0783 bersifat heterozigot. Primer heterozigot merupakan primer
yang mampu menunjukkan alel yang berasal dari tetuanya, alel seperti ini juga
dikatakan dengan alel kodominan. Hal ini membuktikkan bahwa SSR mampu
mengidentifikasi keberadaan alel kodominan. Hal ini sesuai dengan pernyataan
Arumsari (2013) yang menyatakan bahwa SSR bersifat kodominan, dan memiliki
tingkat polimorfisme yang tinggi.
Berdasarkan hasil penelitian ini dapat diketahui bahwa individu nomor 18
memiliki perbedaan alel dengan 29 sampel lainnya yang teridentifikasi oleh
primer FR 3745 dengan ukuran alel yang berbeda tersebut adalah 317 bp.
Keberadaan alel yang berbeda juga ditunjukkan oleh sampel nomor 29 pada
primer FR 0783 dengan ukuran alel sebesar 351 bp dan 300 bp. Hal ini
membuktikan bahwa individu nomor 18 tersebut memiliki perbedaan genetik
dengan sampel lainnya sehingga primer FR 3745 dan FR 0783 dapat mendeteksi
keragaman alel. Hal ini sesuai dengan pernyataan Sayekti et al (2015) yang
menyatakan bahwa primer SSR dapat mendeteksi keragaman alel pada level yang
tinggi dan variatif.

Universitas Sumatera Utara

39

Sampel nomor 18 dan 29 berpotensi memiliki perbedaan genetik dengan
sampel lainnya. Hal tersebut dapat terjadi karena adanya akumulasi bahan-bahan
kimia selama proses kultur jaringan. Hetharie (2010) menyatakan bahwa teknik
kultur jaringan tidak selalu menghasilkan tanaman yang identik dengan induknya
karena selama proses kultur jaringan dapat terjadi variasi fenotipik yang
disebabkan oleh perubahan genetik yang disebut variasi somaklonal. Hal ini juga
diperkuat dengan penelitian Tazma et al (2013) yang menunjukkan bahwa auksin
yang banyak dilaporkan dapat menyebabkan perubahan genetik adalah 2,4-D.
Dengan umur embrioid