Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) Pada Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo
ANALISIS SSR (Simple Sequence Repeats) PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)
ASAL KLON PLASMA NUTFAH PT. SOCFINDO
SKRIPSI
OLEH :
DIAN ARVITA / 120301269
PEMULIAAN TANAMAN
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
ANALISIS SSR (Simple Sequence Repeats) PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)
ASAL KLON PLASMA NUTFAH PT. SOCFINDO
SKRIPSI
OLEH :
DIAN ARVITA / 120301269
PEMULIAAN TANAMAN
Skripsi sebagai salah satu syarat untuk dapat memperoleh
gelar sarjana di Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
Judul Penelitian : Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) Pada Kelapa Sawit
(Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah
PT.Socfindo
Nama
: Dian Arvita
NIM
: 120301269
Program Studi : Agroekoteknologi
Minat
: Pemuliaan Tanaman
Disetujui Oleh :
Komisi Pembimbing
(Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si)
Ketua
(Ir. Eva Sartini Bayu, MP)
Anggota
Mengetahui,
(Prof. Dr. Ir. T. Sabrina, M.Sc.)
Ketua Program Studi Agroekoteknologi
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
DIAN ARVITA: SSR Analysis’ (Simple Sequence Repeats) of Oil Palm from
Germplasm Clone of PT.Socfindo. Supervised by LOLLIE AGUSTINA P.PUTRI
and EVA SARTINIBAYU.
The purpose of this research was to find out band pattern of Oil Palm Clone
based on Simple Sequence Repeats with marker FR 0783, FR 0779, FR 3663, and
FR 3745. This research was conduted in genetica laboratory of molekuler,
Faculty of Agriculture, University of Sumatera Utara and DNA laboratory
Central Selection Bangun Bandar of PT.Socfindo, Dolok Masihol Regency, North
Sumatera from March 2016 to June 2016. The materials in this research come
form Germplasm Clone of PT.Socfindo. The number of materials in this research
was 30. DARwin 6.0 and MicrosoftExcel 2007 was used calculated and describe
analysis. The result of this research showed that FR 0779 is a monomorphic
primer at 320 bp and 243 bp, FR 3663 is a monomrphic primer at 242 bp. While,
FR 0783 is a polymorphiv primer at 335 bp, 272 bp, 351bpand 300 bp, FR 3745
is a polymorphic primer at 317 bp and 264 bp. FR 3745 showed difference band
pattern of DNA at sampel number 18 and FR 0783 at sampel number 29
Keywords : oil palm clone, SSR, band pattern
i
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
DIAN ARVITA : Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) pada Kelapa Sawit
(Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo. Dibimbing oleh
Lollie Agustina P.Putri dan Eva Sartini Bayu.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola pita DNA klon kelapa sawit
berdasarkan marka Simple Sequence Repeats dengan primer FR 0783, FR 0779,
FR 3663, dan FR 3745. Penelitian ini telah dilakukan di laboratorium genetika
molekuler Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara dan laboratorium DNA
Pusat Seleksi Bangun Bandar PT. Socfindo pada Maret - Juni 2016. Bahan
tanaman yang digunakan berasal dari klon plasma nutfah PT.Socfindo sebanyak
30 klon. Perhitungan dan analisis deskriptif pada penelitian ini menggunakan
sotware DARwin 6.0 dan Microsoft Excel 2007. Hasil penelitian menunjukkan
bahwa Primer monomorfis ditunjukkan oleh FR 0779 pada 320 bp dan 243 bp
serta FR 3663 pada 242 bp sedangkan primer polimorfis ditunjukkan oleh FR
0783 pada 335 bp, 272 bp, 351 bp dan 300 bp serta FR 3745 pada 317 bp dan 264
bp. Primer FR 3745 dapat menunjukkan perbedaan pola pita DNA pada sampel
sampel No. 18 serta primer FR 0783 yaitu pada sampel No. 29.
Kata Kunci : klon kelapa sawit, SSR, pola pita
ii
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Medan pada tanggal 29 Juli 1994 yang merupakan
anak kedua dari 2 (dua) bersaudara dari ayahanda Arwin Sudaryono dan Ibunda
Laksmita Widoastuti.
Tahun 2012 penulis lulus dari SMA Dharmawangsa Medan dan pada
tahun tersebut penulis melanjutkan jenjang pendidikan ke Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara melalui jalur Ujian Masuk Bersama Perguruan Tinggi
Negeri (UMBPTN) tertulis. Penulis memilih minat Pemuliaan Tanaman, Program
Studi Agroekoteknologi.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis aktif sebagai asisten praktikum di
Laboratorium Dasar Pemuliaan Tanaman, dan Laboratorium Genetika Molekuler
serta tergabung sebagai anggota di Himpunan Mahasiswa Agroekoteknologi
(HIMAGROTEK). Penulis melaksanakan praktek kerja lapangan (PKL) di
PT. Perkebunan Nusantara 6 Unit Usaha Bunut, Jambi pada tahun 2015.
iii
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis kepada Allah SWT atas berkat rahmat dan
karunia-Nya sekarang penulis dapat menyelesaikan skripsi ini tepat pada
waktunya.
Judul skripsi ini adalah “Analisis SSR (Simple Sequence Repeat) Pada
Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT. Socfindo”
yang merupakan syarat untuk dapat memperoleh gelar sarjana di Fakultas
Pertanian, Universitas Sumatera Utara, Medan.
Pada kesempatan ini Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesarbesarnya kepada Ayahanda Arwin Sudaryono, Ibunda Laksmita Widoastuti, dan
abangda Aldo Sigit Widagdo atas semangat, doa, dan dukungannya. Penulis juga
mengucapkan terima kasih ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si selaku ketua
komisi pembimbing dan ibu Ir. Eva Sartini Bayu, MP selaku anggota pembimbing
yang telah membimbing dan memberikan arahan dalam penyelesaian skripsi ini.
Disamping itu, penulis juga mengucapkan terimakasih kepada staf dan
laboran Lab. DNA PT. Socfindo yang telah banyak membantu, Laboran Kultur
Jaringan Asni, SP, Arnen Pasaribu, SP.MP, Muhammad Jamil, Rada Kurniati
Harahap, kak Pipit, Pak Eko, kak Fika, Rika Hardianti, Ana Critina Simbolon,
Alexander Luthfi, Frynando, serta kepada seluruh teman-teman yang tidak dapat
disebutkan namanya yang telah banyak membantu Penulis dalam menyelesaikan
skripsi ini.
iv
Universitas Sumatera Utara
Semoga hasil skripsi ini bermanfaat dan dapat memberikan sumbangan
bagi kemajuan
ilmu dan teknologi. Akhir kata penulis mengucapkan terima
kasih.
Medan, Oktober 2016
Penulis
v
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
Hal.
ABSTRACT ..........................................................................................................
i
ABSTRAK ..........................................................................................................
ii
RIWAYAT HIDUP ............................................................................................. iii
KATA PENGANTAR ........................................................................................ iv
DAFTAR ISI ....................................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ............................................................................................... viii
DAFTAR GAMBAR .......................................................................................... ix
DAFTAR LAMPIRAN .......................................................................................
x
PENDAHULUAN
Latar Belakang ..........................................................................................
Tujuan Penelitian ......................................................................................
Kegunaan Penelitian .................................................................................
1
5
5
TINJAUAN PUSTAKA
Botani Tanaman ........................................................................................
Syarat Tumbuh .........................................................................................
Iklim.................................................................................................
Tanah ...............................................................................................
Kunggulan Minyak Kelapa Sawit .........................................................................
Klon Kelapa Sawit ................................................................................................
Keragaman Genetik ...............................................................................................
Simple Sequence Repeat (SSR) .............................................................................
6
8
8
9
10
12
14
16
BAHAN DAN METODE PENELITIAN
Tempat dan Waktu Penelitian ..................................................................
Bahan dan Alat .........................................................................................
Pelaksanaan Penelitian .............................................................................
Pengambilan Sampel Daun ..............................................................
Isolasi dan Pemurnian DNA ............................................................
Uji Kualitas DNA ............................................................................
Uji Kuantitas DNA ..........................................................................
Amplifikasi PCR Marka Simple Sequence Repeats (SSR)..............
Elektroforesis ...................................................................................
Analisis Data ...................................................................................
Penentuan Ukuran Pasangan Basa .............................................
18
18
20
20
20
21
22
22
23
24
24
vi
Universitas Sumatera Utara
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil ..........................................................................................................
Uji Kualitas DNA ............................................................................
Uji Kuantitas DNA ..........................................................................
Visualisasi Hasil Elektroforesis PCR Primer SSR ..........................
Analisis Kluster Marka SSR ............................................................
Analisis PCoA Marka SSR ..............................................................
Pembahasan ..............................................................................................
25
25
28
30
34
35
36
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan ............................................................................................... 40
Saran ......................................................................................................... 40
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................... 41
LAMPIRAN ........................................................................................................ 45
vii
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
No.
Hal.
1. Komponen minor dari minyak kelapa sawit ................................................... 11
2. Hasil amplifikasi empat primer SSR ............................................................... 30
3. Persentase polimorfik ...................................................................................... 30
viii
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
No.
Hal.
1. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60................................. 26
2. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60................................. 26
3. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60................................. 26
4. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 0783 ................................................... 31
5. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 0779 ................................................... 32
6. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 3663 ................................................... 33
7. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 3745 ................................................... 33
8. Profil Radial Neighbour-Joining Tree (NJtree) 30 DNA Klon Kelapa
Sawit Socfindo yang dianalisis berdasarkan matrix dissimilarity simple
matching dengan menggunakan marka SSR ........................................... 34
9. Analisis factorial Principal Coordinates Analysis (PCoA) aksis 1
(horizontal) dan aksis 2 (vertikal) yang dianalisis berdasarkan matrix
dissimilarity simple matching dengan menggunakan marka SSR .......... 35
ix
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
No.
Hal.
1.
Urutan basa 4 primer SSR ......................................................................... 46
2.
Pembuatan larutan stok .............................................................................. 47
3.
Pembuatan larutan buffer ........................................................................... 48
4.
Alur Penelitian ........................................................................................... 49
5.
Kode sampel klon BTC 60 PT Socfindo .................................................... 50
6.
Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC 60 .................................................... 51
7.
Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo ........................ 52
8.
Analisis factorial dengan menggunakan DARwin 6.0 ............................... 55
9.
Analisis kluster metode unweighted Neighbour-Joining dengan
Menggunakan DARwin 6.0 ....................................................................... 57
10.
Jarak genetik klon BTC 60 berdasarkan 4 marka SSR .............................. 61
x
Universitas Sumatera Utara
ASAL KLON PLASMA NUTFAH PT. SOCFINDO
SKRIPSI
OLEH :
DIAN ARVITA / 120301269
PEMULIAAN TANAMAN
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
ANALISIS SSR (Simple Sequence Repeats) PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)
ASAL KLON PLASMA NUTFAH PT. SOCFINDO
SKRIPSI
OLEH :
DIAN ARVITA / 120301269
PEMULIAAN TANAMAN
Skripsi sebagai salah satu syarat untuk dapat memperoleh
gelar sarjana di Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
Judul Penelitian : Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) Pada Kelapa Sawit
(Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah
PT.Socfindo
Nama
: Dian Arvita
NIM
: 120301269
Program Studi : Agroekoteknologi
Minat
: Pemuliaan Tanaman
Disetujui Oleh :
Komisi Pembimbing
(Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si)
Ketua
(Ir. Eva Sartini Bayu, MP)
Anggota
Mengetahui,
(Prof. Dr. Ir. T. Sabrina, M.Sc.)
Ketua Program Studi Agroekoteknologi
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
DIAN ARVITA: SSR Analysis’ (Simple Sequence Repeats) of Oil Palm from
Germplasm Clone of PT.Socfindo. Supervised by LOLLIE AGUSTINA P.PUTRI
and EVA SARTINIBAYU.
The purpose of this research was to find out band pattern of Oil Palm Clone
based on Simple Sequence Repeats with marker FR 0783, FR 0779, FR 3663, and
FR 3745. This research was conduted in genetica laboratory of molekuler,
Faculty of Agriculture, University of Sumatera Utara and DNA laboratory
Central Selection Bangun Bandar of PT.Socfindo, Dolok Masihol Regency, North
Sumatera from March 2016 to June 2016. The materials in this research come
form Germplasm Clone of PT.Socfindo. The number of materials in this research
was 30. DARwin 6.0 and MicrosoftExcel 2007 was used calculated and describe
analysis. The result of this research showed that FR 0779 is a monomorphic
primer at 320 bp and 243 bp, FR 3663 is a monomrphic primer at 242 bp. While,
FR 0783 is a polymorphiv primer at 335 bp, 272 bp, 351bpand 300 bp, FR 3745
is a polymorphic primer at 317 bp and 264 bp. FR 3745 showed difference band
pattern of DNA at sampel number 18 and FR 0783 at sampel number 29
Keywords : oil palm clone, SSR, band pattern
i
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
DIAN ARVITA : Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) pada Kelapa Sawit
(Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo. Dibimbing oleh
Lollie Agustina P.Putri dan Eva Sartini Bayu.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola pita DNA klon kelapa sawit
berdasarkan marka Simple Sequence Repeats dengan primer FR 0783, FR 0779,
FR 3663, dan FR 3745. Penelitian ini telah dilakukan di laboratorium genetika
molekuler Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara dan laboratorium DNA
Pusat Seleksi Bangun Bandar PT. Socfindo pada Maret - Juni 2016. Bahan
tanaman yang digunakan berasal dari klon plasma nutfah PT.Socfindo sebanyak
30 klon. Perhitungan dan analisis deskriptif pada penelitian ini menggunakan
sotware DARwin 6.0 dan Microsoft Excel 2007. Hasil penelitian menunjukkan
bahwa Primer monomorfis ditunjukkan oleh FR 0779 pada 320 bp dan 243 bp
serta FR 3663 pada 242 bp sedangkan primer polimorfis ditunjukkan oleh FR
0783 pada 335 bp, 272 bp, 351 bp dan 300 bp serta FR 3745 pada 317 bp dan 264
bp. Primer FR 3745 dapat menunjukkan perbedaan pola pita DNA pada sampel
sampel No. 18 serta primer FR 0783 yaitu pada sampel No. 29.
Kata Kunci : klon kelapa sawit, SSR, pola pita
ii
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Medan pada tanggal 29 Juli 1994 yang merupakan
anak kedua dari 2 (dua) bersaudara dari ayahanda Arwin Sudaryono dan Ibunda
Laksmita Widoastuti.
Tahun 2012 penulis lulus dari SMA Dharmawangsa Medan dan pada
tahun tersebut penulis melanjutkan jenjang pendidikan ke Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara melalui jalur Ujian Masuk Bersama Perguruan Tinggi
Negeri (UMBPTN) tertulis. Penulis memilih minat Pemuliaan Tanaman, Program
Studi Agroekoteknologi.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis aktif sebagai asisten praktikum di
Laboratorium Dasar Pemuliaan Tanaman, dan Laboratorium Genetika Molekuler
serta tergabung sebagai anggota di Himpunan Mahasiswa Agroekoteknologi
(HIMAGROTEK). Penulis melaksanakan praktek kerja lapangan (PKL) di
PT. Perkebunan Nusantara 6 Unit Usaha Bunut, Jambi pada tahun 2015.
iii
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis kepada Allah SWT atas berkat rahmat dan
karunia-Nya sekarang penulis dapat menyelesaikan skripsi ini tepat pada
waktunya.
Judul skripsi ini adalah “Analisis SSR (Simple Sequence Repeat) Pada
Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT. Socfindo”
yang merupakan syarat untuk dapat memperoleh gelar sarjana di Fakultas
Pertanian, Universitas Sumatera Utara, Medan.
Pada kesempatan ini Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesarbesarnya kepada Ayahanda Arwin Sudaryono, Ibunda Laksmita Widoastuti, dan
abangda Aldo Sigit Widagdo atas semangat, doa, dan dukungannya. Penulis juga
mengucapkan terima kasih ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si selaku ketua
komisi pembimbing dan ibu Ir. Eva Sartini Bayu, MP selaku anggota pembimbing
yang telah membimbing dan memberikan arahan dalam penyelesaian skripsi ini.
Disamping itu, penulis juga mengucapkan terimakasih kepada staf dan
laboran Lab. DNA PT. Socfindo yang telah banyak membantu, Laboran Kultur
Jaringan Asni, SP, Arnen Pasaribu, SP.MP, Muhammad Jamil, Rada Kurniati
Harahap, kak Pipit, Pak Eko, kak Fika, Rika Hardianti, Ana Critina Simbolon,
Alexander Luthfi, Frynando, serta kepada seluruh teman-teman yang tidak dapat
disebutkan namanya yang telah banyak membantu Penulis dalam menyelesaikan
skripsi ini.
iv
Universitas Sumatera Utara
Semoga hasil skripsi ini bermanfaat dan dapat memberikan sumbangan
bagi kemajuan
ilmu dan teknologi. Akhir kata penulis mengucapkan terima
kasih.
Medan, Oktober 2016
Penulis
v
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
Hal.
ABSTRACT ..........................................................................................................
i
ABSTRAK ..........................................................................................................
ii
RIWAYAT HIDUP ............................................................................................. iii
KATA PENGANTAR ........................................................................................ iv
DAFTAR ISI ....................................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ............................................................................................... viii
DAFTAR GAMBAR .......................................................................................... ix
DAFTAR LAMPIRAN .......................................................................................
x
PENDAHULUAN
Latar Belakang ..........................................................................................
Tujuan Penelitian ......................................................................................
Kegunaan Penelitian .................................................................................
1
5
5
TINJAUAN PUSTAKA
Botani Tanaman ........................................................................................
Syarat Tumbuh .........................................................................................
Iklim.................................................................................................
Tanah ...............................................................................................
Kunggulan Minyak Kelapa Sawit .........................................................................
Klon Kelapa Sawit ................................................................................................
Keragaman Genetik ...............................................................................................
Simple Sequence Repeat (SSR) .............................................................................
6
8
8
9
10
12
14
16
BAHAN DAN METODE PENELITIAN
Tempat dan Waktu Penelitian ..................................................................
Bahan dan Alat .........................................................................................
Pelaksanaan Penelitian .............................................................................
Pengambilan Sampel Daun ..............................................................
Isolasi dan Pemurnian DNA ............................................................
Uji Kualitas DNA ............................................................................
Uji Kuantitas DNA ..........................................................................
Amplifikasi PCR Marka Simple Sequence Repeats (SSR)..............
Elektroforesis ...................................................................................
Analisis Data ...................................................................................
Penentuan Ukuran Pasangan Basa .............................................
18
18
20
20
20
21
22
22
23
24
24
vi
Universitas Sumatera Utara
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil ..........................................................................................................
Uji Kualitas DNA ............................................................................
Uji Kuantitas DNA ..........................................................................
Visualisasi Hasil Elektroforesis PCR Primer SSR ..........................
Analisis Kluster Marka SSR ............................................................
Analisis PCoA Marka SSR ..............................................................
Pembahasan ..............................................................................................
25
25
28
30
34
35
36
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan ............................................................................................... 40
Saran ......................................................................................................... 40
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................... 41
LAMPIRAN ........................................................................................................ 45
vii
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
No.
Hal.
1. Komponen minor dari minyak kelapa sawit ................................................... 11
2. Hasil amplifikasi empat primer SSR ............................................................... 30
3. Persentase polimorfik ...................................................................................... 30
viii
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
No.
Hal.
1. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60................................. 26
2. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60................................. 26
3. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC 60................................. 26
4. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 0783 ................................................... 31
5. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 0779 ................................................... 32
6. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 3663 ................................................... 33
7. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo
dengan menggunakan Primer FR 3745 ................................................... 33
8. Profil Radial Neighbour-Joining Tree (NJtree) 30 DNA Klon Kelapa
Sawit Socfindo yang dianalisis berdasarkan matrix dissimilarity simple
matching dengan menggunakan marka SSR ........................................... 34
9. Analisis factorial Principal Coordinates Analysis (PCoA) aksis 1
(horizontal) dan aksis 2 (vertikal) yang dianalisis berdasarkan matrix
dissimilarity simple matching dengan menggunakan marka SSR .......... 35
ix
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
No.
Hal.
1.
Urutan basa 4 primer SSR ......................................................................... 46
2.
Pembuatan larutan stok .............................................................................. 47
3.
Pembuatan larutan buffer ........................................................................... 48
4.
Alur Penelitian ........................................................................................... 49
5.
Kode sampel klon BTC 60 PT Socfindo .................................................... 50
6.
Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC 60 .................................................... 51
7.
Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo ........................ 52
8.
Analisis factorial dengan menggunakan DARwin 6.0 ............................... 55
9.
Analisis kluster metode unweighted Neighbour-Joining dengan
Menggunakan DARwin 6.0 ....................................................................... 57
10.
Jarak genetik klon BTC 60 berdasarkan 4 marka SSR .............................. 61
x
Universitas Sumatera Utara