Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) Pada Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo
45
Lampiran 1. Urutan basa dari 4 primer SSR
Nama Primer
1
FR 0783
2
FR 0779
3
FR 3663
4
FR 3745
Sekuen (5’ 3’)
F: 5’- GAATGTGGCTGTAAATGCTGAGTG -3’
R: 5’- AAGCCGCATGGACAACTCTAGTAA -3’
F: 5’- AATGCAGACCAAGCTAATCATATAC -3’
R: 5’- GTTCAGGTGATGGTGACTCAGATAG -3’
F: 5’-AAGCAATATAGGTCAGTG-3’
R: 5’-TCATTTCTAATTCAATAC-3’
F: 5’- GGAAGTCTTGATGTTGAAAG -3’
R: 5’- ATCAAGCAGTCGCATAATAC -3’
Universitas Sumatera Utara
46
Lampiran 2. Pembuatan Larutan Stok
• CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB sebanyak
5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 100 ml
aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate.
• Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram.
Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote
plate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
• Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan
Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk campuran
larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate.
Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai pH mencapai
7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades
hingga volume larutan menjadi 50 ml.
• EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml): Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan
80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi
sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
Universitas Sumatera Utara
47
• NaCl 5 M (l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke dalam
erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Masukkan ke dalam
gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
**Semua bahan di atas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.
Universitas Sumatera Utara
48
Lampiran 3. Pembuatan Larutan Buffer
• Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5 M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml aquades.
• Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.
• Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
• Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M PH 8.0, 0.1 ml EDTA 0.5
M PH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
• Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan 2
ml Isoamilalkohol.
• Etanol 70 % (100 ml): Campurkan 70 ml Etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara
49
Lampiran 4. Alur Penelitian
Pengambilan Sampel DNA Klon Kelapa Sawit
Isolasi DNA
Uji Kualitas
Uji Kuantitas
Amplifikasi PCR-SSR
Analisis Hasil Amplifikasi PCR-SSR
Elektroforesis
Universitas Sumatera Utara
50
Lampiran 5. Kode sampel klon BTC 60 PT Socfindo
No.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
Kode Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
Klon
459
458
457
456
455
454
453
444
445
446
447
448
449
450
451
452
437
436
435
434
433
432
431
430
429
425
427
426
423
420
Universitas Sumatera Utara
51
Lampiran 6. Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC 60
Kode Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
x ± Sd
x ± 2Sd
Absorbansi ( Å260 /280)
2,03
1,16
2,53
1,60
1,34
2,40
1,66
1,36
1,33
2,01
1,98
1,12
1,48
2,50
1,48
3,15
1,37
1,57
1,05
1,98
2,03
1,26
1,80
1,58
1,62
1,37
1,67
2,23
1,62
3,32
1.79 ± 0.56
1.79 ± 1.12
Konsentrasi (μl/mg)
41,5
12,8
7,9
134,1
116,4
46,9
52,2
105,5
34,4
19,2
31,2
3,1
41,1
16,0
40,4
27,0
86,4
45,7
69,7
58,7
37,1
41,7
12,4
15,2
104,7
40,6
32,5
25,6
33,3
23,7
45.23 ± 33.39
45.23 ± 66.79
Universitas Sumatera Utara
52
Lampiran 7. Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 1
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 2
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 3
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 4
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 5
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 6
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 7
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 8
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 9
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 10
Universitas Sumatera Utara
53
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 11
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 12
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 13
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 14
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 15
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 16
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 17
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 18
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 19
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 20
Universitas Sumatera Utara
54
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 21
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 22
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 23
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 24
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 25
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 26
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 27
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 28
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 29
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 30
Universitas Sumatera Utara
55
Lampiran 8. Analisis faktorial dengan menggunakan DARwin 6.0
Factorial analysis on dissimilarity
Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis
Dissimilarity calculated from data file: KLON BTC 60.var (type:'allelic')
User selection Units: 30/30 and Loci: 4/4
Dissimilarity index: Simple matching
Missing data options:
No missing data
1000 bootstraps
---------------------------Imported Allelic data Ploidy = 2...
30 selected units on 30
Selected unit list:
Number
Unit
No. Sampel
1
1
1
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
6
6
6
7
7
7
8
8
8
9
9
9
10
10
10
11
11
11
12
12
12
13
13
13
14
14
14
15
15
15
16
16
16
17
17
17
18
18
18
19
19
19
20
20
20
21
21
21
22
22
22
23
23
23
24
24
24
25
25
25
26
26
26
27
27
27
28
28
28
29
29
29
30
30
30
Warning:
At least one negative eigenvalue.
(smallest eigenvalue: -0.000369145417916822)
Non Euclidean dissimilarity
Axis
Axis
1
2
3
4
5
Eigenvalue
Eigenvalue
0.00438
0.00071
0
0
0
Inertia%
Inertia%
80.29
12.95
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
56
There is only 2 axes with positive eigenvalue (user selection was 5 axes)
Unit coordinates on factorial axes
WARNING: negative eigenvalue => cosinus² may be negative or greater than one !
1st column = coordinate
2nd column = cosinus² x 1000
Axis 1
Coord.
Cos²
1
-0.0024
2
-0.0024
3
-0.0024
4
-0.0024
5
-0.0024
6
-0.0024
7
-0.0024
8
-0.0024
9
-0.0024
10
0.2395
926
11
-0.0024
12
-0.0024
13
-0.0024
14
-0.0024
15
-0.0024
16
-0.0024
17
-0.0024
18
0.0833
431
19
-0.0024
20
-0.0024
21
-0.0024
22
-0.0024
23
-0.0024
24
-0.0024
-0.0024
25
26
-0.0024
27
-0.0024
28
-0.0024
29
-0.2590
30
-0.0024
Axis 2
Coord.
Cos²
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
0.0830
111
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.1126
787
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
0.0406
26
-0.0004
Universitas Sumatera Utara
57
Lampiran 9. Analisis Kluster Metode UnWeighted Neighbor-Joining dengan
Menggunakan DARwin 6.0
Tree construction
Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis
Tree file
: KLON BTC 60.arb
Method: UnWeighted Neighbor-Joining
Dissimilarity min value = 0.125
Dissimilarity max value = 0.5
30 selected units on 30
Selected unit list:
Number Unit
No. Sampel
1
1
1
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
6
6
6
7
7
7
8
8
8
9
9
9
10
10
10
11
11
11
12
12
12
13
13
13
14
14
14
15
15
15
16
16
16
17
17
17
18
18
18
19
19
19
20
20
20
21
21
21
22
22
22
23
23
23
24
24
24
25
25
25
26
26
26
27
27
27
28
28
28
29
29
29
30
30
30
Iteration: 1
10
-18
--
- Maximum level =
31
31
4500
Iteration: 2
1
-2
--
- Maximum level =
32
32
624
Iteration: 3
32
-29
--
- Maximum level =
33
33
624
Iteration: 4
33
-28
--
- Maximum level =
34
34
124
Iteration: 5
34
--
- Maximum level =
35
124
Universitas Sumatera Utara
58
27
--
35
Iteration: 6
35
-26
--
- Maximum level =
36
36
124
Iteration: 7
36
-25
--
- Maximum level =
37
37
124
Iteration: 8
37
-24
--
- Maximum level =
38
38
124
Iteration: 9
38
-23
--
- Maximum level =
39
39
124
Iteration: 10
39
-22
--
- Maximum level =
40
40
124
Iteration: 11
40
-21
--
- Maximum level =
41
41
124
Iteration: 12
41
-20
--
- Maximum level =
42
42
124
Iteration: 13
42
-19
--
- Maximum level =
43
43
124
Iteration: 14
43
-30
--
- Maximum level =
44
44
124
Iteration: 15
44
-17
--
- Maximum level =
45
45
124
Iteration: 16
45
-16
--
- Maximum level =
46
46
124
Iteration: 17
46
-15
--
- Maximum level =
47
47
124
Iteration: 18
47
-14
--
- Maximum level =
48
48
124
Iteration: 19
48
-13
--
- Maximum level =
49
49
124
Iteration: 20
49
-12
--
- Maximum level =
50
50
124
Iteration: 21
50
--
- Maximum level =
51
124
Universitas Sumatera Utara
59
11
--
51
Iteration: 22
51
-31
--
- Maximum level =
52
52
124
Iteration: 23
52
-9
--
- Maximum level =
53
53
0
Iteration: 24
53
-8
--
- Maximum level =
54
54
0
Iteration: 25
54
-7
--
- Maximum level =
55
55
0
Iteration: 26
55
-6
--
- Maximum level =
56
56
0
Iteration: 27
56
-5
--
- Maximum level =
57
57
0
Last grouping
57
-4
-3
--
58
58
58
Edges and lengths
1
-32
2
-32
3
-58
4
-58
5
-57
6
-56
7
-55
8
-54
9
-53
10
-31
11
-51
12
-50
13
-49
14
-48
15
-47
16
-46
17
-45
18
-31
19
-43
20
-42
21
-41
22
-40
23
-39
24
-38
25
-37
26
-36
27
-35
28
-34
29
-33
30
-44
31
-52
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.188
0
0
0
0
0
0
0
0.062
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.25
0
0.062
Universitas Sumatera Utara
60
32
-33
33
-34
34
-35
35
-36
36
-37
37
-38
38
-39
39
-40
40
-41
41
-42
42
-43
43
-44
44
-45
45
-46
46
-47
47
-48
48
-49
49
-50
50
-51
51
-52
52
-53
53
-54
54
-55
55
-56
56
-57
57
-58
Edge length sum =
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
0.562
Edge bootstrap values (%)
31
-52
:
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
68
Average 'edge' distance between initial tree and bootstrapped trees: 0.975
5-percentile: 0.963
95-percentile: 1
Universitas Sumatera Utara
61
Lampiran 10. Jarak genetik klon BTC 60 berdasarkan 4 marka SSR
Units
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
1
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.500
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.374
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
21
22
0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.250 0.250
0.000 0.000
23
24
25
26
27
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.250
0.000
28
29
0.250
0.000 0.250
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 1. Urutan basa dari 4 primer SSR
Nama Primer
1
FR 0783
2
FR 0779
3
FR 3663
4
FR 3745
Sekuen (5’ 3’)
F: 5’- GAATGTGGCTGTAAATGCTGAGTG -3’
R: 5’- AAGCCGCATGGACAACTCTAGTAA -3’
F: 5’- AATGCAGACCAAGCTAATCATATAC -3’
R: 5’- GTTCAGGTGATGGTGACTCAGATAG -3’
F: 5’-AAGCAATATAGGTCAGTG-3’
R: 5’-TCATTTCTAATTCAATAC-3’
F: 5’- GGAAGTCTTGATGTTGAAAG -3’
R: 5’- ATCAAGCAGTCGCATAATAC -3’
Universitas Sumatera Utara
46
Lampiran 2. Pembuatan Larutan Stok
• CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB sebanyak
5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 100 ml
aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate.
• Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram.
Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote
plate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
• Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan
Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk campuran
larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate.
Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai pH mencapai
7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades
hingga volume larutan menjadi 50 ml.
• EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml): Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan
80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi
sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
Universitas Sumatera Utara
47
• NaCl 5 M (l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke dalam
erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Masukkan ke dalam
gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
**Semua bahan di atas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.
Universitas Sumatera Utara
48
Lampiran 3. Pembuatan Larutan Buffer
• Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5 M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml aquades.
• Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.
• Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
• Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M PH 8.0, 0.1 ml EDTA 0.5
M PH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
• Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan 2
ml Isoamilalkohol.
• Etanol 70 % (100 ml): Campurkan 70 ml Etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara
49
Lampiran 4. Alur Penelitian
Pengambilan Sampel DNA Klon Kelapa Sawit
Isolasi DNA
Uji Kualitas
Uji Kuantitas
Amplifikasi PCR-SSR
Analisis Hasil Amplifikasi PCR-SSR
Elektroforesis
Universitas Sumatera Utara
50
Lampiran 5. Kode sampel klon BTC 60 PT Socfindo
No.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
Kode Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
Klon
459
458
457
456
455
454
453
444
445
446
447
448
449
450
451
452
437
436
435
434
433
432
431
430
429
425
427
426
423
420
Universitas Sumatera Utara
51
Lampiran 6. Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC 60
Kode Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
x ± Sd
x ± 2Sd
Absorbansi ( Å260 /280)
2,03
1,16
2,53
1,60
1,34
2,40
1,66
1,36
1,33
2,01
1,98
1,12
1,48
2,50
1,48
3,15
1,37
1,57
1,05
1,98
2,03
1,26
1,80
1,58
1,62
1,37
1,67
2,23
1,62
3,32
1.79 ± 0.56
1.79 ± 1.12
Konsentrasi (μl/mg)
41,5
12,8
7,9
134,1
116,4
46,9
52,2
105,5
34,4
19,2
31,2
3,1
41,1
16,0
40,4
27,0
86,4
45,7
69,7
58,7
37,1
41,7
12,4
15,2
104,7
40,6
32,5
25,6
33,3
23,7
45.23 ± 33.39
45.23 ± 66.79
Universitas Sumatera Utara
52
Lampiran 7. Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 1
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 2
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 3
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 4
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 5
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 6
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 7
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 8
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 9
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 10
Universitas Sumatera Utara
53
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 11
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 12
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 13
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 14
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 15
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 16
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 17
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 18
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 19
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 20
Universitas Sumatera Utara
54
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 21
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 22
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 23
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 24
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 25
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 26
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 27
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 28
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 29
Gambar klon kelapa sawit BTC 60
sampel 30
Universitas Sumatera Utara
55
Lampiran 8. Analisis faktorial dengan menggunakan DARwin 6.0
Factorial analysis on dissimilarity
Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis
Dissimilarity calculated from data file: KLON BTC 60.var (type:'allelic')
User selection Units: 30/30 and Loci: 4/4
Dissimilarity index: Simple matching
Missing data options:
No missing data
1000 bootstraps
---------------------------Imported Allelic data Ploidy = 2...
30 selected units on 30
Selected unit list:
Number
Unit
No. Sampel
1
1
1
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
6
6
6
7
7
7
8
8
8
9
9
9
10
10
10
11
11
11
12
12
12
13
13
13
14
14
14
15
15
15
16
16
16
17
17
17
18
18
18
19
19
19
20
20
20
21
21
21
22
22
22
23
23
23
24
24
24
25
25
25
26
26
26
27
27
27
28
28
28
29
29
29
30
30
30
Warning:
At least one negative eigenvalue.
(smallest eigenvalue: -0.000369145417916822)
Non Euclidean dissimilarity
Axis
Axis
1
2
3
4
5
Eigenvalue
Eigenvalue
0.00438
0.00071
0
0
0
Inertia%
Inertia%
80.29
12.95
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
56
There is only 2 axes with positive eigenvalue (user selection was 5 axes)
Unit coordinates on factorial axes
WARNING: negative eigenvalue => cosinus² may be negative or greater than one !
1st column = coordinate
2nd column = cosinus² x 1000
Axis 1
Coord.
Cos²
1
-0.0024
2
-0.0024
3
-0.0024
4
-0.0024
5
-0.0024
6
-0.0024
7
-0.0024
8
-0.0024
9
-0.0024
10
0.2395
926
11
-0.0024
12
-0.0024
13
-0.0024
14
-0.0024
15
-0.0024
16
-0.0024
17
-0.0024
18
0.0833
431
19
-0.0024
20
-0.0024
21
-0.0024
22
-0.0024
23
-0.0024
24
-0.0024
-0.0024
25
26
-0.0024
27
-0.0024
28
-0.0024
29
-0.2590
30
-0.0024
Axis 2
Coord.
Cos²
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
0.0830
111
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.1126
787
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
-0.0004
0.0406
26
-0.0004
Universitas Sumatera Utara
57
Lampiran 9. Analisis Kluster Metode UnWeighted Neighbor-Joining dengan
Menggunakan DARwin 6.0
Tree construction
Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis
Tree file
: KLON BTC 60.arb
Method: UnWeighted Neighbor-Joining
Dissimilarity min value = 0.125
Dissimilarity max value = 0.5
30 selected units on 30
Selected unit list:
Number Unit
No. Sampel
1
1
1
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
6
6
6
7
7
7
8
8
8
9
9
9
10
10
10
11
11
11
12
12
12
13
13
13
14
14
14
15
15
15
16
16
16
17
17
17
18
18
18
19
19
19
20
20
20
21
21
21
22
22
22
23
23
23
24
24
24
25
25
25
26
26
26
27
27
27
28
28
28
29
29
29
30
30
30
Iteration: 1
10
-18
--
- Maximum level =
31
31
4500
Iteration: 2
1
-2
--
- Maximum level =
32
32
624
Iteration: 3
32
-29
--
- Maximum level =
33
33
624
Iteration: 4
33
-28
--
- Maximum level =
34
34
124
Iteration: 5
34
--
- Maximum level =
35
124
Universitas Sumatera Utara
58
27
--
35
Iteration: 6
35
-26
--
- Maximum level =
36
36
124
Iteration: 7
36
-25
--
- Maximum level =
37
37
124
Iteration: 8
37
-24
--
- Maximum level =
38
38
124
Iteration: 9
38
-23
--
- Maximum level =
39
39
124
Iteration: 10
39
-22
--
- Maximum level =
40
40
124
Iteration: 11
40
-21
--
- Maximum level =
41
41
124
Iteration: 12
41
-20
--
- Maximum level =
42
42
124
Iteration: 13
42
-19
--
- Maximum level =
43
43
124
Iteration: 14
43
-30
--
- Maximum level =
44
44
124
Iteration: 15
44
-17
--
- Maximum level =
45
45
124
Iteration: 16
45
-16
--
- Maximum level =
46
46
124
Iteration: 17
46
-15
--
- Maximum level =
47
47
124
Iteration: 18
47
-14
--
- Maximum level =
48
48
124
Iteration: 19
48
-13
--
- Maximum level =
49
49
124
Iteration: 20
49
-12
--
- Maximum level =
50
50
124
Iteration: 21
50
--
- Maximum level =
51
124
Universitas Sumatera Utara
59
11
--
51
Iteration: 22
51
-31
--
- Maximum level =
52
52
124
Iteration: 23
52
-9
--
- Maximum level =
53
53
0
Iteration: 24
53
-8
--
- Maximum level =
54
54
0
Iteration: 25
54
-7
--
- Maximum level =
55
55
0
Iteration: 26
55
-6
--
- Maximum level =
56
56
0
Iteration: 27
56
-5
--
- Maximum level =
57
57
0
Last grouping
57
-4
-3
--
58
58
58
Edges and lengths
1
-32
2
-32
3
-58
4
-58
5
-57
6
-56
7
-55
8
-54
9
-53
10
-31
11
-51
12
-50
13
-49
14
-48
15
-47
16
-46
17
-45
18
-31
19
-43
20
-42
21
-41
22
-40
23
-39
24
-38
25
-37
26
-36
27
-35
28
-34
29
-33
30
-44
31
-52
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.188
0
0
0
0
0
0
0
0.062
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.25
0
0.062
Universitas Sumatera Utara
60
32
-33
33
-34
34
-35
35
-36
36
-37
37
-38
38
-39
39
-40
40
-41
41
-42
42
-43
43
-44
44
-45
45
-46
46
-47
47
-48
48
-49
49
-50
50
-51
51
-52
52
-53
53
-54
54
-55
55
-56
56
-57
57
-58
Edge length sum =
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
:
0.562
Edge bootstrap values (%)
31
-52
:
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
68
Average 'edge' distance between initial tree and bootstrapped trees: 0.975
5-percentile: 0.963
95-percentile: 1
Universitas Sumatera Utara
61
Lampiran 10. Jarak genetik klon BTC 60 berdasarkan 4 marka SSR
Units
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
1
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.250
0.500
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.124
0.374
0.124
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
21
22
0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.000 0.000
0.250 0.250
0.000 0.000
23
24
25
26
27
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.000
0.250
0.000
0.000
0.250
0.000
28
29
0.250
0.000 0.250
Universitas Sumatera Utara