Dina Karina Islami, 2015 ANALISIS KEKERABATAN ANGGOTA FAMILIA SOLANACEAE
BERDASARKAN SIKUEN DNA DAERAH ITS Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
5 Solanum viarum
Terong hutan Ingroup
UPI
1 2
3 4
5
6 Solanum melongena
Terong ungu Ingroup
Ujung Berung 7
Nicotiana tabacum Tembakau
Ingroup Ujung Berung
8 Brugmansia suaveolens
Kecubung orange
Ingroup UPI
9 Brugmansia candida
Kecubung putih Ingroup
UPI 10
Brunfelsia uniflora Manacá
Ingroup UPI
11 Cestrum nocturnum
Kembang dayang
Ingroup UPI
12
Solanum pseudocapsicum
Leunca kuning Ingroup
UPI 13
Capsicum annum Cabai merah
Ingroup Genbank
14 Withania somnifera
Ashwagandha Ingroup
Genbank 15
Datura metel Kecubung ungu
Ingroup Cihideung
16 Petunia grandiflora
Petunia Ingroup
Cihideung 17
Nicandra physalodes Ciplukan keras
Ingroup UPI
18 Cestrum cultum
Kembang dayang
Ingroup Dago
19 Physalis peruviana
Ciplukan Ingroup
Dago 20
Solanum tuberosum Kentang
Ingroup Cimahi
21 Plantago major
Ki sendok Outgroup
UPI Dago 22
Allamanda cathartica Alamanda
Outgroup UPI
23 Ipomoea cairica
Bunga terompet Outgroup
UPI
3.3 Lokasi Penelitian
Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Departemen Pendidikan Biologi Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Alam Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung. Sikuensing hasil amplifikasi DNA daerah ITS dari sampel-sampel tumbuhan dilakukan di
Macrogen Inc., Seoul-Korea.
3.4 Alat dan Bahan
Fungsi alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini terdapat pada Tabel 3.2.
Dina Karina Islami, 2015 ANALISIS KEKERABATAN ANGGOTA FAMILIA SOLANACEAE
BERDASARKAN SIKUEN DNA DAERAH ITS Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
Tabel 3.2 Alat-alat yang Digunakan dalam Penelitian
No Alat
Fungsi
1 Autoclave
Sterilisasi 2
Mikropipet Mengambil larutan
3 Tabung mikro
Tempat isolasi DNA dan penyimpanan DNA genom
4 Tabung PCR
Tempat penyimpanan amplikon 5
Lumpang dan alu Menghaluskan sampel
6 Vorteks
Menghomogenkan larutan 7
Timbangan digital Mengukur masa bahan
8 Spatula
Mengambil bahan 9
Penangas air dan shaker Shocking saat isolasi DNA
10 Shaker
Mencampurkan larutan 11
Mesin sentrifugasi Memisahkan fasa larutan
12 Freezer
Menyimpan sampel 13
Spektrofotometer Mengukur konsentrasi DNA
14 Microwave
Memanaskan bahan 15
Mesin elektroforesis Memisahkan sampel DNA
16 UV transluminator
Melihat hasil elektroforesis 17
Mesin PCR Amplifikasi
18 Magnetic Stirrer with Hot Plate
Menghomogenkan larutan
Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian beserta fungsinya terdapat pada Tabel 3.3.
Tabel 3.3 Bahan-bahan yang Digunakan dalam Penelitian
No Bahan
Fungsi
1 Kit isolasi DNA tumbuhan
Isolasi DNA 2
Nitrogen cair Menghaluskan sampel
3 Buffer TAE
Penyangga untuk elektroforesis DNA 4
ddH
2
O Melarutkan bahan
5 RNAse
Mendegradasi molekul RNA 6
Agarose Media untuk mengelektroforesis DNA
7 DNA ledder
Penanda ukuran pita DNA 8
Loading dye Pemberat dan pewarna molekul DNA
9 EtBr
Pewarna DNA pada proses elektroforesis 10
Larutan TE Melarutkan bahan
11 PCR master mix
Campuran bahan-bahan untuk amplifikasi 12
Primer ITS-5 dan ITS-4 Pembatas fragmen DNA target saat
amplifikasi 13
Water-nuclease free Pengencer bahan-bahan amplifikasi
Dina Karina Islami, 2015 ANALISIS KEKERABATAN ANGGOTA FAMILIA SOLANACEAE
BERDASARKAN SIKUEN DNA DAERAH ITS Universitas Pendidikan Indonesia
| repository.upi.edu
| perpustakaan.upi.edu
Daftar alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian secara rinci terdapat dalam lampiran III.
3.5 Prosedur Kerja 3.5.1. Sampling
