22
IV. Hasil dan Pembahasan
A. Sampling dan Isolasi Bakteri
Bakteri dalam penelitian ini diisolasi dari Acropora nasuta Gambar 2 hasil sampling di Taka Cemara,
Karimunjawa, Jepara yang secara geografis berada pada 0,5’ 49’ 33,6” lintang selatan dan 110’ 25’ 25,9” bujur
timur. Pigmen berwarna kuning dihasilkan setelah 24
jam masa inkubasi pada suhu 35°C di media Zobell 2216E Agar Gambar 3.
Gambar 2. Acropora nasuta hasil sampling di Taka Cemara, Karimunjawa, Jepara.
23
A B
Gambar 3. Koloni bakteri hasil kultur pada Media Zobell 2216E Agar a dan Zobell 2216E cair b.
Sedangkan hasil
pengamatan menggunakan
mikroskop binokuler
dengan perbesaran
1000× ditunjukkan pada Gambar 4. Pengamatan mikroskopis
menunjukkan bahwa bakteri tersebut berbentuk coccus. Setelah dilakukan pengecatan gram dengan metode
gram staining, terjadi perubahan warna koloni menjadi merah, sehingga diketahui bahwa bakteri berjenis gram
negatif.
Gambar 4. Hasil pengamatan koloni bakteri menggunakan mikroskop binokuler.
24
B. Polymerase Chain Reaction 16S rDNA
Hasil pengecekan
terhadap PCR
16S rDNA
menunjukkan hasil positif dengan terdapatnya berkas DNA isolat bakteri dengan panjang basa yang sesuai yaitu
sekitar 1.500 bp Gambar 5.
Gambar 5. Elektroforesis PCR 16s rDNA. M: Marker ; +: positif kontrol; KJ5: Berkas DNA bakteri yang diisolasi dari Acropora
nasuta dengan panjang basa 1.500 bp.
C. Analisis Data BLAST Homologi
Dari analisis sekuensing didapatkan susunan basa parsial
16S rDNA
isolat bakteri
dan kemudian
dibandingkan dengan sekuen DNA pada basis data data base DNA Altschul dkk., 1997. Hasil análisis BLAST
menunjukkan bahwa bakteri yang berasosiasi dengan
2.000 1.000
500
M + KJ5
2.000 1.000
500
25
Acropora nasuta memiliki homologi sebesar 96 dengan Erythrobacter flavus
Tabel 1. Hasil penelusuran BLAST isolat bakteri KJ5
Kode Bakteri
Length Closest Relative
Homology Accession
KJ5 1440
bp Erythrobacter
flavus 100
NR_02524 5.1
Erythrobacter flavus strain LAMA 944 16S ribosomal RNA gene, partial sequence. Sequence ID:
gb|KC583223.1| Length: 1338Number of Matches: 1
Score Expect
Identities Gaps
Strand
558 bits302 9e-156
31432696 03260
PlusPlus
Query 2 GCCCTTAGGTTCGGAATAACTCAGAGAAATTTGAGCTAATACCGGATAATGTCTTCGGAC 61 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 46 GCCCTTAGGTTCGGAATAACTCAGAGAAATTTGAGCTAATACCGGATAATGTCTTCGGAC 105 Query 62 CAAAGATTTATCGCCTTTGGATGGGCCCGCGTAGGATTAGATAGTTGGTGGGGTAATGGC 121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 106 CAAAGATTTATCGCCTTTGGATGGGCCCGCGTAGGATTAGATAGTTGGTGGGGTAATGGC 165
Query 122 CTACCAAGTCGACGATCCTTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGA 181 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 166 CTACCAAGTCGACGATCCTTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGA 225 Query 182 CACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCT 241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 226 CACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCT 285
Query 242 GATCCAGCAATGCCGCGTGAGTGATGAAGGNCTNANGGTTGTAAANNNCTTTTACCNNGG 301 |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||| ||
Sbjct 286 GATCCAGCAATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTTACCAGGG 345 Query 302 ATGATANNGACAGTACNNGGAGAATA 327
|||||| |||||||| |||||||| Sbjct 346 ATGATAATGACAGTACCTGGAGAATA 371
26
Gambar 6. Pohon filogenetik antara isolat KJ5 dengan bakteri laut lainnya.
Genus Erythrobacter ditemukan pertama oleh Shiba Simidu
1982 yang pada awal penulisannya terdapat 8 spesies : Erythrobacter longus Shiba dan Simidu, 1982,
Erythrobacter litoralis Yurkov dkk., 1994, Erythrobacter citreus Denner dkk., 2002, Erythrobacter flavus dkk.,
2003, Erythrobacter aquimaris Yoon dkk., 2004, Erythrobacter seohaensis Yoon dkk., 2005, Erythrobacter
gaetbuli Yoon dkk., 2005 dan Erythrobacter vulgaris Ivanova dkk., 2005.
Erythrobacter flavus merupakan bakteri gram negatif dengan koloni berwarna kuning, motil, halus,
mengkilap, bulat, tidak berspora dan berbentuk cembung dengan diameter 10-15 mm setelah 3 hari kultivasi pada
KB5 Isolate Erythrobacter flavus strain SW-46 16S ribosomal RNA, partial sequence
Alpha proteobacterium B36 gene for 16S rRNA, partial sequence Sphingomonas phyllosphaerae strain FA2 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
Erythrobacter sp. MBIC4118 gene for 16S rRNA, partial sequence Erythrobacter flavus strain 2PR56-3 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
Erythrobacter citreus strain RKHC-1 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Erythrobacter gaetbuli partial 16S rRNA gene, isolate AMV17
KJ5
27
suhu 30°C. Bakteri ini tumbuh optimal pada suhu 30 –
37°C dengan pH optimal 6-7 Yoon dkk., 2003 Hampir semua spesies yang termasuk ke dalam
genus Erythrobacter mampu memproduksi pigmen dan beberapa
diantaranya mampu
memproduksi bakterioklorofil BChl a. Erb. longus dan Erb. litoralis
dilaporkan mengandung bakterioklorofil BChl a dan karotenoid Shiba dan Simidu, 1982; Yurkov dkk., 1994,
namun pada spesies Erythrobacter lain tidak ditemukan BChl a Denner dkk., 2002; Yoon dkk., 2003, 2004, 2005;
Ivanova dkk., 2005. Spesies Erythrobacter mensintesis pigmen fotosintetik dalam kondisi aerob, namun mereka
tidak mampu tumbuh anaerob meskipun dengan kondisi pencahayaan yang sama dengan bakteri fotosintesik
lainnya Shiba dan Simidu 1982.
D. Isolasi
Kategori