4. Pemilihan Karakter Morfologi
Pemilihan karakter untuk analisa filogeni berdasarkan Appeltans 2002 dan Samyn et al. 2005, yaitu morfologi eksternal, morfologi organ internal, serta
morfologi spikula. Status karakter dibobotkan berdasarkan asumsi evolusi menurut Deichmann 1958; Appeltans 2002; Solis-Marin 2003 dan Samyn et
al. 2005 Tabel 2.
Berdasarkan Tabel 2, terdapat tiga status karakter, yaitu nol 0 merupakan karakter yang paling primitif, kemudian berubah menjadi satu 1 dan seterusnya
sampai tiga 3 yang merupakan karakter turunan yang paling maju. Kemudian dibuat matriks karakter yang akan digunakan untuk menganalisa filogeni.
Tabel 2 Daftar karakter morfologi eksternal, internal serta spikula.
No Karakter
Status Karakter Pustaka
A MORFOLOGI EKSTERNAL
1 Bentuk penampang tubuh: 0 silindris atau konveks; 1 trapesium atau
persegi. [1]
2 Ukuran maksimal tubuh
0 besar lebih dari 40 cm; 1 sedang antara 30-40 cm; 2 kecil kurang dari 30.
[4] [5]
3 Susunan papila dorsal:
0 menyebar; 1 tersusun dalam 2 baris. [1] [3]
4 Dasar papila yang
membesar tuberkel: 0 tidak ada; 1 ada.
[1]
5 Bentuk tuberkel:
0 tidak ada; 1 tunggal; 2 bercabang. [4]
6 Susunan kaki tabung
ventral: 0 menyebar; 1 tersusun dalam 3 baris.
[2]
7 Posisi mulut:
0 terminal; 1 ventral. [1] [2]
8 Posisi anus:
0 terminal; 1 dorsolateral. [1] [2]
9 Modifikasi anus:
0 tidak ada; 1 ada, gigi pada lubang anus; 2 ada, tuberkel di sekeliling anus.
[1] [2]
10 Jumlah tentakel
0 16; 1 18 sampai 22. [2]
B MORFOLOGI INTERNAL
11 Perbandingan area cincin
kapur: 0 radial = interadial; 1 radial interadial.
[1] [2]
12 Tonjolan posterior pada
cincin kapur radial 0 tumpul, melebar; 1 meruncing, sempit.
[1] [2]
13 Jumlah gonad
0 1 rumbai; 1 2 rumbai. [1]
14 Bentuk madreporit
0 bulat; 1 oval; 2 tabung. [3] [5]
15 Jumlah polian vesikel
0 satu; 1 lebih dari satu. [1] [2]
16 Panjang polian vesikel
0 panjang kurang dari 15 panjang tubuh; 1 pendek lebih dari atau sama dengan 15
panjang tubuh. [2] [5]
17 Organ cuvier
0 tidak ada; 1 ada. [1] [2]
C MORFOLOGI SPIKULA PADA DINDING TUBUH DORSAL VENTRAL
No Karakter
Status Karakter Pustaka
Spikula tipe meja table
18 Meja reguler:
0 ada; 1 tidak ada. [1] [3]
19 Barisan lubang tepi
piringan meja reguler: 0 lebih dari satu baris; 1 satu baris; 2
kurang dari satu baris. [1] [3]
20 Tiang meja reguler:
4 pilar tinggi tinggi tiang ≥ diameter piringan; 1 4 pilar pendek tinggi tiang
diameter piringan. [1] [3]
21 Bentuk mahkota meja
reguler: 0 lingkaran; 1 maltese.
[1] [2]
22 Duri pada mahkota meja
reguler: 0 tersebar; 1 hanya disudut.
[1]
Spikula tipe mawar rosette
23 Mawar reguler:
0 tidak ada; 1 ada. [2]
24 Ujung percabangan
mawar reguler: 0 membesar; 1 melengkung.
[3] [5]
25 Mawar ireguler:
0 tidak ada; 1 seperti batang; 2 seperti lempeng.
[1] [3]
Spikula tipe batang rod
[1] [3]
26 Batang:
0 tidak ada; 1 ada. [1] [3]
27 Lubang pada batang:
0 tidak berlubang; 1 di ujung tengah; 2 hanya ditengah.
[1] [3]
28 Percabangan pada batang: 0 tidak becabang; 1 bercabang tidak
dikotom; 2 bercabang dikotom. [1] [3]
29 Batang bentuk C S:
0 tidak ada; 1 ada, ukuran seragam; 2 ada, ukuran bervariasi
[1] [5]
Spikula tipe butir miliary granule
30 Butir:
0 tidak ada; 1 ada, bulat; 2 ada, seperti cacing
[1] [3]
Spikula tipe kancing button 31
Kancing: 0 ada; 1 tidak ada.
[1] [3] D
MORFOLOGI SPIKULA PADA PAPILA DORSAL
Spikula tipe meja table
32 Meja reguler:
0 ada; 1 tidak ada. [1] [3]
33 Barisan lubang tepi
piringan meja reguler: 0 lebih dari satu baris; 1 satu baris; 2
kurang dari satu baris. [1] [3]
34 Tiang meja reguler:
4 pilar tinggi tinggi tiang ≥ diameter piringan; 1 4 pilar pendek tinggi tiang
diameter piringan. [1] [3]
35 Bentuk mahkota meja
reguler: 0 lingkaran; 1 maltese.
[1] [2]
36 Duri pada mahkota meja
reguler: 0 tersebar; 1 hanya disudut.
[1]
37 Meja ireguler:
0 tidak ada; 1 ada, tack-like; 2 ada, mahkota kecil; 3 ada, reduksi
[3]
38 Barisan lubang tepi
piringan meja ireguler: 0 lebih dari satu baris; 1 satu baris; 2
kurang dari satu baris. [1] [3]
39 Tiang meja ireguler:
0 4 pilar; 1 4 pilar menyatu di ujung; 2 4 pilar tereduksi.
[3]
40 Bentuk mahkota meja
ireguler: 0 persegi; 1 meruncing; 2 tereduksi; 3
tidak ada. [3]
Tabel 2 lanjutan
No Karakter
Status Karakter Pustaka
41 Meja semu pseudo-
table :
0 tidak ada; 1 ada. [1] [2]
Spikula tipe mawar rosette
42 Mawar reguler:
0 tidak ada; 1 ada. [2]
43 Ujung percabangan
mawar reguler: 0 membesar; 1 melengkung.
[4]
44 Mawar ireguler:
0 tidak ada; 1 seperti batang; 2 seperti lempeng.
[1] [3]
Spikula tipe batang rod
[1] [3]
45 Batang:
0 tidak ada; 1 ada. [1] [3]
46 Lubang pada batang:
0 tidak berlubang; 1 di ujung tengah; 2 hanya ditengah.
[1] [3]
47 Percabangan pada batang: 0 tidak becabang; 1 bercabang tidak
dikotom; 2 bercabang dikotom. [1] [3]
48 Batang bentuk C S:
0 tidak ada; 1 ada, ukuran seragam; 2 ada, ukuran bervariasi
[1] [5]
Spikula tipe lempeng plate
49 Lempeng ireguler:
0 tidak ada; 1 ada [2]
Spikula tipe butir miliary granule
50 Butir:
0 tidak ada; 1 ada, bulat; 2 ada, seperti cacing
[1] [3]
Spikula tipe kancing button 51
Kancing: 0 ada; 1 tidak ada.
[1] [3] E
MORFOLOGI SPIKULA PADA KAKI TABUNG VENTRAL
Spikula tipe meja table
52 Meja reguler:
0 ada; 1 tidak ada. [1] [3]
53 Barisan lubang tepi
piringan meja reguler: 0 lebih dari satu baris; 1 satu baris; 2
kurang dari satu baris. [1] [3]
54 Tiang meja reguler:
4 pilar tinggi tinggi tiang ≥ diameter piringan; 1 4 pilar pendek tinggi tiang
diameter piringan. [1] [3]
55 Bentuk mahkota meja
reguler: 0 lingkaran; 1 maltese.
[1] [2]
56 Duri pada mahkota meja
reguler: 0 tersebar; 1 hanya disudut.
[1]
57 Meja ireguler:
0 tidak ada; 1 ada, tack-like; 2 ada, mahkota kecil; 3 ada, reduksi
[3]
58 Barisan lubang tepi
piringan meja ireguler: 0 lebih dari satu baris; 1 satu baris; 2
kurang dari satu baris. [1] [3]
59 Tiang meja ireguler:
0 4 pilar; 1 4 pilar menyatu di ujung; 2 4 pilar tereduksi.
[3]
60 Bentuk mahkota meja
ireguler: 0 persegi; 1 meruncing; 2 tereduksi; 3
tidak ada. [3]
Spikula tipe mawar rosette
61 Mawar reguler:
0 tidak ada; 1 ada. [2]
62 Ujung percabangan
mawar reguler: 0 membesar; 1 melengkung.
[4]
63 Mawar ireguler:
0 tidak ada; 1 seperti batang; 2 seperti lempeng.
[1] [3]
Tabel 2 lanjutan
No Karakter
Status Karakter Pustaka
Spikula tipe batang rod
64 Batang:
0 tidak ada; 1 ada. [1] [3]
65 Lubang pada batang:
0 tidak berlubang; 1 di ujung tengah; 2 hanya ditengah.
[1] [3]
66 Percabangan pada batang: 0 tidak becabang; 1 bercabang tidak
dikotom; 2 bercabang dikotom. [1] [3]
67 Batang bentuk C S:
0 tidak ada; 1 ada, ukuran seragam; 2 ada, ukuran bervariasi
[1] [5]
Spikula tipe lempeng plate
68 Lempeng reguler:
0 tidak ada; 1 ada [2]
69 Lempeng ireguler:
0 tidak ada; 1 ada [2]
Spikula tipe butir miliary granule
70 Butir:
0 tidak ada; 1 ada, bulat; 2 ada, seperti cacing
[1] [3] Spikula tipe kancing button
71 Kancing:
0 ada; 1 tidak ada. [1] [3]
F MORFOLOGI SPIKULA PADA TENTAKEL
Spikula tipe meja table
72 Meja reguler:
0 ada; 1 tidak ada. [1] [3]
73 Meja ireguler:
0 tidak ada; 1 ada, tack-like; 2 ada, mahkota kecil; 3 ada, reduksi
[3]
Spikula tipe batang rod
74 Batang:
0 tidak ada; 1 ada. [1] [3]
75 Lubang pada batang:
0 tidak berlubang; 1 di ujung tengah; 2 hanya ditengah.
[1] [3]
76 Percabangan pada batang: 0 tidak becabang; 1 bercabang tidak
dikotom; 2 bercabang dikotom. [1] [3]
77 Batang masif:
0 tidak ada; 1 ada [1] [5]
Spikula tipe butir miliary granule
78 Butir:
0 tidak ada; 1 ada, bulat; 2 ada, seperti cacing
[1] [3] Keterangan: [1] = Samyn et al. 2005; [2] = Appeltans 2002; [3] = Deichmann 1958;
[4] =
Solis-Marin 2003; [5] =
modifikasi dalam studi ini
5. Analisa Filogeni
Metode yang digunakan untuk analisa filogeni berdasarkan Appeltans 2002 adalah maximum-parsimony dengan teknik heuristic yang dikondisikan
sebagai berikut: Menyimpan pohon yang terbaik keep best trees only; menggunakan TBR tree bisection-reconnection sebagai penentu cabang
algoritma; menyimpan pohon majemuk save multiple trees; karakter multistate diinterpretasikan sebagai polimorfisme. Karakter morfologi yang digunakan
berjumlah 78, dengan 10 karakter morfologi eksternal, tujuh karakter morfologi organ internal, 61 karakter spikula. Dalam analisa, semua karakter diolah secara
Tabel 2 lanjutan
acak unordered. Pembobotan semua karakter setara equal yaitu bernilai 1. Metode tersebut diolah dengan menggunakan program PAUP 4.0b 10 versi
windows Swofford 2002. Nilai indeks yang digunakan untuk mengukur konsistensi suatu pohon yang
dikonstruksi adalah dengan melihat nilai CI consistency index, yaitu indeks konsistensi yang digunakan sebagai parameter suatu topologi pohon. Nilai HI
homoplasy index adalah indeks banyak tidaknya karakter yang homoplasi. Pohon yang tidak memiliki karakter homoplasi ditunjukkan dengan nilai CI = 1,
sehingga makin baik suatu pohon ditandai dengan nilai indeks yang mendekati angka 1. Nilai RC rescaled consistency index, yaitu menunjukkan tingkatan
yang sama dengan homoplasi indeks yang merupakan gabungan dari CI dan RI retention index. RI merupakan indeks kestabilan yang merupakan proporsi dari
karakter synapomorf yang dapat diterima sebagai karakter synapomorf sejati Quicke 1993. Kualitas data dalam studi filogeni menggunakan parsimoni, dinilai
dengan melakukan bootstrap sebanyak 1000 kali.
6. Pembuatan Kunci Identifikasi
Kunci identifikasi Famili Stichopodidae dibuat setelah melakukan rekonstruksi pohon filogeni. Karakter yang digunakan merupakan karakter
synapomorf untuk pembeda Famili Stichopodidae dan Holothuriidae. Karakter synapomorf juga dapat digunakan untuk pembeda genus Stichopus dan
Thelenota dan spesies yang berjumlah sembilan. Karakter autapomorf digunakan
sebagai pembeda spesies.
Kategori