Peran Polimorfisme Gen Reseptor Vitamin D Pada Kerentanan Terhadap Tuberkulosis Paru Suku Batak Di Medan Chapter III VI
53
BAB III
METODE PENELITIAN
3.1. Jenis dan Rancangan Penelitian
Rancangan penelitian ini adalah kasus-kontrol yang menilai hubungan
antara
faktor
risiko
dengan
kejadian
penyakit,
dengan
cara
membandingkan sekelompok orang yang menderita TB paru (kasus)
dan sekelompok orang yang tidak berpenyakit (kontrol).
3.2.
Populasi, Sampel, Besar Sampel dan Teknik Pengambilan Sampel
3.2.1. Populasi
Populasi kasus
Populasi target pada penelitian ini adalah pasien TB paru suku
Batak di Medan, sedangkan populasi terjangkau adalah pasien TB
paru suku Batak yang berobat ke RS H. Adam Malik Medan, BP4
dan rumah sakit lainnya.
Populasi kontrol
Populasi target kontrol pada penelitian ini adalah petugas
kesehatan bersuku Batak di Medan yang tidak menderita TB paru,
sedangkan populasi terjangkau adalah petugas kesehatan bersuku
Batak yang bertugas di beberapa rumah sakit di Medan dan tidak
menderita TB paru. Petugas kesehatan mencakup perawat, dokter,
dokter muda, pegawai yang pernah bertugas di ruangan dan
petugas radiologi.
53
54
3.2.2. Sampel
Sampel kasus
Sampel penelitian adalah pasien TB paru suku Batak yang
memenuhi kriteria inklusi sebagai berikut.
Kriteria inklusi:
1. Pasien TB paru kasus baru yang belum diobati, dengan kuman
BTA positip dalam dahak dengan cara pemeriksaan hapusan
langsung.
2. Pasien TB paru laki-laki dan perempuan umur 16-55 tahun.
3. Bersedia untuk mengikuti penelitian yang dinyatakan secara
tertulis setelah mendapatkan penjelasan mengenai penelitian ini
(informed consent).
Kriteria eksklusi
1. Menderita HIV, Diabetes Melitus, dan penyakit berat lainnya
seperti penyakit ginjal, liver dan penyakit sistemik lainnya.
2. Sedang
mengkonsumsi
obat
imunosupresive
seperti
kortikosteroid dan kemoterapi kanker.
Sampel kontrol
Sebagai sampel kelompok kontrol adalah individu yang tidak
menderita TB paru yang disepadankan dengan kelompok kasus
menurut umur, jenis kelamin dan suku yaitu Batak. Sampel kontrol
diambil dari petugas kesehatan yang mencakup dokter, perawat,
dokter muda, pegawai yang pernah bertugas di ruangan dan
54
55
petugas radiologi yang bertugas di rumah sakit yang diperkirakan
pernah atau sering terpajan dengan pasien TB paru. Pada
kelompok kontrol dilakukan foto toraks untuk memastikan kontrol
tidak menderita TB paru dan test tuberkulin untuk mengetahui
apakah individu kontrol penah terinfeksi TB.
3.2.3. Besar sampel
Besar sampel untuk perhitungan hubungan polimorfisme FokI dan
BsmI dengan terjadinya TB paru ditentukan dengan menggunakan
rumus studi kasus kontrol berpasangan (Madiyono B dalam
Sastroasmoro S, 2002)
Zα / 2 + Zβ PQ
n1 = n 2 =
(P − 1 / 2)
P=
2
R
(1 + R )
Keterangan :
R atau OR = 2, karena untuk penelitian longitudinal nilai OR = 2 baru
dianggap merupakan faktor risiko.
Maka P = 2 / (1+2) = 2/3 dan Q = 1 - 2/3 = 1/3.
α = 0,05 → Zα = 1,96
β = 0,20 → Zβ = 0,842
55
56
Setelah dimasukkan ke dalam rumus sampel di atas, maka jumlah
sampel untuk menentukan peran polimorfisme FokI dan BsmI gen
reseptor vitamin D dan TB paru adalah: n1 = n2 = 68 orang
Maka jumlah sampel minimal kasus 68 orang dan jumlah kontrol 68 orang.
3.2.4.Teknik pengambilan sampel
Untuk mengambil kasus dan kontrol, dilakukan:
Sampel kasus diambil secara consecutive sampling, semua subjek
yang
datang
dan
memenuhi
kriteria
inklusi
dan
eksklusi
dimasukkan dalam penelitian sampai jumlah sampel terpenuhi.
Individu pada kelompok kontrol diambil berdasarkan daftar petugas
kesehatan yang terdapat di tempat mereka bekerja.
3.3.Variabel Penelitian
Untuk menilai hubungan antara gen Reseptor Vitamin D (RVD)
dengan kerentanan timbulnya penyakit TB paru maka ada 2 jenis
variabel yaitu:
1. Variabel bebas (independen)
:
-
polimorfisme FokI gen Reseptor Vitamin D
-
polimorfisme BsmI gen Reseptor Vitamin D
2. Variabel tergantung (dependen) : - TB paru
3.4. Definisi Operasional Variabel
1. Suku Batak adalah merupakan salah satu suku bangsa di
Indonesia. Nama ini merupakan sebuah terminologi kolektif untuk
56
57
mengidentifikasikan beberapa suku bangsa yang bermukim dan
berasal dari Tapanuli, Sumatera Utara. Suku bangsa yang
dikategorikan
sebagai
Batak
adalah
Karo,
Pakpak,
Toba,
Simalungun, Mandailing dan Angkola.
Yang dimaksud kasus dan kontrol bersuku Batak adalah:
kasus dan kontrol yang mempunyai ayah, ibu, kakek dan nenek
dari pihak kedua orang tua murni bersuku Batak atau minimal ayah
dan ibu kasus dan kontrol bersuku Batak.
2. Tuberkulosis paru adalah tuberkulosis yang menyerang jaringan
paru.
Diagnosis tuberkulosis ditegakkan berdasarkan gejala klinis,
pemeriksaan fisis/jasmani, pemeriksaan bakteriologi dahak dan
pemeriksaan radiologi. Gejala klinis tuberkulosis dapat berupa
batuk-batuk > 2 minggu, batuk darah, sesak napas, nyeri dada,
demam, malaise, keringat malam, anoreksia dan berat badan
menurun. Kelainan yang dapat ditemukan pada pemeriksaan fisis
paru tergantung dari luas kelainan struktur paru dan pada
permulaan penyakit umumnya tidak / sulit menemukan kelainan.
Kelainan yang dapat ditemukan adalah suara napas bronkial,
amforik,
suara
napas
melemah,
dan
ronki
basah.
Bahan
pemeriksaan bakteriologis adalah melalui pemeriksaan dahak
dengan melakukan pemeriksaan kuman BTA dengan cara hapusan
langsung. Kelainan yang dapat dilihat pada pemeriksaan foto
57
58
toraks tuberkulosis paru adalah bayangan berawan/nodular, kavitas
dan lain-lain.
Didiagnosis tuberkulosis paru pada penelitian ini jika dijumpai
gejala klinis, kelainan paru pada pemeriksaan radiologis toraks, dan
dijumpai kuman BTA pada pemeriksaan sputum hapusan langsung.
3. Polimorfisme gen Reseptor Vitamin D
Polimorfisme adalah suatu variasi pada urutan nukleotida dari gen
yang sama pada individu yang berbeda. Polimorfisme yang diteliti
adalah FokI dan BsmI.
Polimorfisme FokI gen Reseptor Vitamin D
FokI menunjukkan transisi C-T (ACG-ATG) pada daerah pertama
dari dua daerah potensial inisiasi translasi di exon II. Individu
dengan alel C ditandai dengan dengan F. Individu dengan alel T
ditandai dengan f.
Cara pengukuran: Polimorfisme diketahui dengan pemeriksaan
menggunakan teknik PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction Restriction Fragmenth Length Polymorphism) yang menggunakan
enzim restriksi.
Alat
ukur:
visualisasi
band
(pita)
amplifikat
pada
menunjukkan genotip polimorfisme yang ada.
Hasil ukur:
Homozigot FF menghasilkan pita atau band 265 bp;
homozigot ff menghasilkan pita atau band 169 bp dan 96 bp
58
geldoc
59
heterozigot Ff jika terdapat tiga pita yaitu 265 bp, 169 bp dan 96 bp
Skala ukur: Skala ordinal
Polimorfisme BsmI gen Reseptor Vitamin D
BsmI ditemukan di intron 8 (antara ekson VIII dan IX),
menghasilkan perubahan G-A, alel G ditandai dengan B dan alel A
ditandai dengan b.
Cara pengukuran: Polimorfisme diketahui dengan pemeriksaan
menggunakan teknik PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction Restriction Fragmenth Length Polymorphism) yang menggunakan
enzim restriksi.
Alat
ukur:
visualisasi
band
(pita)
amplifikat
pada
geldoc
menunjukkan genotip polimorfisme yang ada.
Hasil ukur:
Homozigot BB menghasilkan pita atau band 825 bp;
homozigot bb menghasilkan pita atau band 175 bp dan 650 bp
heterozigot Bb jika ada tiga pita yaitu 825 bp, 175 bp dan 650 bp
Skala ukur: skala ordinal.
4. Luas lesi pada foto toraks adalah luas kelainan atau kerusakan
yang terjadi di paru yang terlihat pada foto toraks yang ditentukan
oleh 2 dokter yaitu 1 orang dokter spesialis paru dan 1 orang dokter
spesialis radiologi.
Alat ukur: visualisasi pencitraan pada film
Hasil ukur:
59
60
•
Lesi minimal jika proses mengenai sebagian dari satu atau
dua paru dengan luas tak lebih dari sela iga 2 depan
(volume paru yang terletak di atas chondrosternal junction
dari iga kedua depan dan prosesus spinosus vertebra
torakalis 4 atau korpus vertebra torakalis 5) serta tidak
dijumpai kavitas.
•
Lesi sedang jika proses penyakit lebih luas dari lesi minimal
tetapi tidak boleh lebih luas dari satu paru atau jumlah
seluruh proses yang ada paling banyak seluas satu paru
atau bila proses tuberkulosis tersebut mempunyai densitas
lebih padat, lebih tebal, maka luas proses tersebut tidak
boleh lebih dari sepertiga luas satu paru; jika ada kavitas
diameter total tidak melebihi 4 cm.
•
Lesi luas jika kelainan lebih luas dari lesi sedang.
Skala Ukur: Skala Ordinal.
5. Uji tuberkulin adalah test untuk mengetahui apakah seseorang
sedang atau pernah terinfeksi oleh Mycobacterium tuberculosis
dengan cara menyuntikkan tuberkulin PPD RT 23 dengan kekuatan
2 TU secara intra kutan dengan menggunakan semprit tuberkulin 1
cc dan jarum nomor 26. Pembacaan dilakukan 48-72 jam
kemudian. Diukur diameter transversal indurasi. Ukuran dinyatakan
dalam milimeter.
Alat ukur: diameter indurasi dalam satuan milimeter.
Hasil ukur:
60
61
•
•
0-4 mm
: uji tuberkulin negatip
5-9 mm
: uji tuberkulin meragukan.
≥5 mm dinyatakan positip
Uji tuberkulin dengan indurasi
pada individu:
-
Dengan infeksi HIV
-
Pada foto toraks terlihat gambaran fibrosis
yang sesuai dengan TB terdahulu
-
Pasien dengan transplantasi organ dan obat
imunosupresive
•
≥10 mm : uji tuberkulin positip pada individu berikut ini:
-
Pengguna obat-obat suntik
-
Pegawai atau orang yang tinggal di tempat
berisiko
tinggi
seperti
fasilitas
perawatan
jangka panjang, rumah sakit dan fasilitas
kesehatan lainnya, bersama pasien HIV/AIDS
dan penampungan tunawisma
-
Pekerja laboratorium
-
Orang dengan kondisi klinis yang dapat
meningkatkan risiko progresi menjadi TB
•
≥ 15 mm
: uji tuberkulin positip pada individu yang tidak
mempunyai faktor risiko untuk TB
Uji tuberjulin dikatakan positip pada penelitian ini jika diameter
indurasi ≥ 10 mm, karena dilakukan pada petugas kesehatan.
Uji tuberkulin positip artinya seseorang (dalam hal ini kelompok
61
62
kontrol yaitu petugas kesehatan) pernah atau sedang terinfeksi
oleh M. tuberculosis tapi tidak menderita TB paru.
Skala ukur: Skala Ordinal
6. Merokok adalah mereka yang merokok setiap hari untuk jangka
waktu minimal 6 bulan selama hidupnya dan masih merokok saat
penelitian dilakukan.
Alat ukur: kuesioner.
Hasil ukur: Merokok.
Tidak merokok.
Skala ukur: Skala ordinal.
7. Minum
Alkohol
adalah
orang
mengkonsumsi minuman keras.
Alat ukur: kuesioner
Hasil ukur: Konsumsi alkohol
Tidak konsumsi alkohol
Skala ukur: skala ordinal.
62
yang
mempunyai
kebiasaan
63
3.5. Kerangka Operasional Penelitian
Anamnesis, pemeriksaan
fisis, foto toraks, sputum
TB Paru Suku Batak
Anamnesis, pemeriksaan
fisis, foto toraks
Orang sehat Suku Batak
Test HIV (-), DM (-)
TB Paru (kasus)
Orang sehat (kontrol)
Pengambilan darah
Pengambilan
darah
Isolasi
DNA
Isolasi DNA
Test Tuberkulin
PCR & RFLP
PCR & RFLP
Polimorfisme FokI dan
BsmI Gen VDR
Polimorfisme FokI dan BsmI
Gen VDR
Analisis
3.6. Prosedur Penelitian
1. Sebelum
penelitian
Hasil
dimulai,
peneliti
telah
memperoleh
keterangan lolos kaji etik (ethical clearance) kepada Komite Etik
Penelitian
Kesehatan
Fakultas
Sumatera Utara.
63
Kedokteran
Universitas
64
2. Setiap penderita yang diikutsertakan dalam penelitian telah
dibuat surat informed consent, yang
ditandatangani oleh
penderita dan peneliti
3. Penderita TB paru yang ditegakkan berdasarkan anamnesis,
pemeriksaan klinis, pemeriksaan foto toraks dan pemeriksaan
dahak kuman Basil Tahan Asam (BTA) positip melalui hapusan
langsung serta memenuhi kriteria inklusi diikut sertakan dalam
penelitian.
4. Dilakukan pemeriksaan test HIV dan kadar gula darah (KGD).
Pasien yang menderita HIV dan DM tidak diikut-sertakan dalam
penelitian.
5. Setiap penderita TB paru (kasus) dicari kontrolnya yang
sepadan menurut umur dan jenis kelamin. Kelompok kontrol
ditentukan berdasarkan anamesis dan pemeriksaan foto toraks.
6. Dilakukan juga anamnesis kebiasaan merokok dan konsumsi
alkohol
7. Kemudian diambil darah penderita TB (kasus) dan darah orang
sehat (kontrol) dari vena mediana kubiti. Pada orang sehat
(kontrol) dilakukan test tuberkulin.
8. Dilakukan isolasi DNA terhadap darah yang diambil.
9. Hasil isolasi DNA kemudian disimpan di kulkas pada suhu
-200C.
10. Setelah jumlah sampel isolasi DNA mencukupi, selanjutnya
sampel diperiksa untuk dilakukan pemeriksaan VDR genotyping
64
65
dengan
teknik
PCR-RFLP
(Polymerase
Chain
Reaction-
Restriction Fragment Length Polymorphism).
11. Hasil data yang didapat dicatat dan dimasukkan ke dalam tabel
untuk dianalisa.
3.7. Analisis Statistik
Data
yang
berhasil
dikumpulkan,
diolah
menggunakan program komputer dengan
dan
dianalisis
dengan
perangkat lunak komputer
menggunakan program Epi Info.
a. Analisis Univariat
Analisis data dimulai dengan melakukan analisis variabel dengan
mendeskripsikan tiap variabel yang diteliti dan disajikan dalam
bentuk tabel frekuensi distribusi.
b. Analisis bivariat
Analisis bivariat dilakukan untuk mengetahui hubungan antara
variabel bebas dengan variabel terikat dan dari hasil analisis dapat
diketahui variabel bebas manakah yang berhubungan dengan
variabel terikat.
Karena disain penelitian ini adalah kasus kontrol berpasangan
menurut umur, jenis kelamin dan etnik, maka teknik analisis yang
digunakan adalah Mc Nemar chi-square dan besarnya hubungan
antara genotip polimorfisme FokI, BsmI gen reseptor vitamin D dan
TB paru dicari dengan menghitung Odds Ratio (OR) menggunakan
65
66
teknik analisis conditional logistic regression. Kemaknaan hasil uji
statistik ditentukan berdasarkan p
BAB III
METODE PENELITIAN
3.1. Jenis dan Rancangan Penelitian
Rancangan penelitian ini adalah kasus-kontrol yang menilai hubungan
antara
faktor
risiko
dengan
kejadian
penyakit,
dengan
cara
membandingkan sekelompok orang yang menderita TB paru (kasus)
dan sekelompok orang yang tidak berpenyakit (kontrol).
3.2.
Populasi, Sampel, Besar Sampel dan Teknik Pengambilan Sampel
3.2.1. Populasi
Populasi kasus
Populasi target pada penelitian ini adalah pasien TB paru suku
Batak di Medan, sedangkan populasi terjangkau adalah pasien TB
paru suku Batak yang berobat ke RS H. Adam Malik Medan, BP4
dan rumah sakit lainnya.
Populasi kontrol
Populasi target kontrol pada penelitian ini adalah petugas
kesehatan bersuku Batak di Medan yang tidak menderita TB paru,
sedangkan populasi terjangkau adalah petugas kesehatan bersuku
Batak yang bertugas di beberapa rumah sakit di Medan dan tidak
menderita TB paru. Petugas kesehatan mencakup perawat, dokter,
dokter muda, pegawai yang pernah bertugas di ruangan dan
petugas radiologi.
53
54
3.2.2. Sampel
Sampel kasus
Sampel penelitian adalah pasien TB paru suku Batak yang
memenuhi kriteria inklusi sebagai berikut.
Kriteria inklusi:
1. Pasien TB paru kasus baru yang belum diobati, dengan kuman
BTA positip dalam dahak dengan cara pemeriksaan hapusan
langsung.
2. Pasien TB paru laki-laki dan perempuan umur 16-55 tahun.
3. Bersedia untuk mengikuti penelitian yang dinyatakan secara
tertulis setelah mendapatkan penjelasan mengenai penelitian ini
(informed consent).
Kriteria eksklusi
1. Menderita HIV, Diabetes Melitus, dan penyakit berat lainnya
seperti penyakit ginjal, liver dan penyakit sistemik lainnya.
2. Sedang
mengkonsumsi
obat
imunosupresive
seperti
kortikosteroid dan kemoterapi kanker.
Sampel kontrol
Sebagai sampel kelompok kontrol adalah individu yang tidak
menderita TB paru yang disepadankan dengan kelompok kasus
menurut umur, jenis kelamin dan suku yaitu Batak. Sampel kontrol
diambil dari petugas kesehatan yang mencakup dokter, perawat,
dokter muda, pegawai yang pernah bertugas di ruangan dan
54
55
petugas radiologi yang bertugas di rumah sakit yang diperkirakan
pernah atau sering terpajan dengan pasien TB paru. Pada
kelompok kontrol dilakukan foto toraks untuk memastikan kontrol
tidak menderita TB paru dan test tuberkulin untuk mengetahui
apakah individu kontrol penah terinfeksi TB.
3.2.3. Besar sampel
Besar sampel untuk perhitungan hubungan polimorfisme FokI dan
BsmI dengan terjadinya TB paru ditentukan dengan menggunakan
rumus studi kasus kontrol berpasangan (Madiyono B dalam
Sastroasmoro S, 2002)
Zα / 2 + Zβ PQ
n1 = n 2 =
(P − 1 / 2)
P=
2
R
(1 + R )
Keterangan :
R atau OR = 2, karena untuk penelitian longitudinal nilai OR = 2 baru
dianggap merupakan faktor risiko.
Maka P = 2 / (1+2) = 2/3 dan Q = 1 - 2/3 = 1/3.
α = 0,05 → Zα = 1,96
β = 0,20 → Zβ = 0,842
55
56
Setelah dimasukkan ke dalam rumus sampel di atas, maka jumlah
sampel untuk menentukan peran polimorfisme FokI dan BsmI gen
reseptor vitamin D dan TB paru adalah: n1 = n2 = 68 orang
Maka jumlah sampel minimal kasus 68 orang dan jumlah kontrol 68 orang.
3.2.4.Teknik pengambilan sampel
Untuk mengambil kasus dan kontrol, dilakukan:
Sampel kasus diambil secara consecutive sampling, semua subjek
yang
datang
dan
memenuhi
kriteria
inklusi
dan
eksklusi
dimasukkan dalam penelitian sampai jumlah sampel terpenuhi.
Individu pada kelompok kontrol diambil berdasarkan daftar petugas
kesehatan yang terdapat di tempat mereka bekerja.
3.3.Variabel Penelitian
Untuk menilai hubungan antara gen Reseptor Vitamin D (RVD)
dengan kerentanan timbulnya penyakit TB paru maka ada 2 jenis
variabel yaitu:
1. Variabel bebas (independen)
:
-
polimorfisme FokI gen Reseptor Vitamin D
-
polimorfisme BsmI gen Reseptor Vitamin D
2. Variabel tergantung (dependen) : - TB paru
3.4. Definisi Operasional Variabel
1. Suku Batak adalah merupakan salah satu suku bangsa di
Indonesia. Nama ini merupakan sebuah terminologi kolektif untuk
56
57
mengidentifikasikan beberapa suku bangsa yang bermukim dan
berasal dari Tapanuli, Sumatera Utara. Suku bangsa yang
dikategorikan
sebagai
Batak
adalah
Karo,
Pakpak,
Toba,
Simalungun, Mandailing dan Angkola.
Yang dimaksud kasus dan kontrol bersuku Batak adalah:
kasus dan kontrol yang mempunyai ayah, ibu, kakek dan nenek
dari pihak kedua orang tua murni bersuku Batak atau minimal ayah
dan ibu kasus dan kontrol bersuku Batak.
2. Tuberkulosis paru adalah tuberkulosis yang menyerang jaringan
paru.
Diagnosis tuberkulosis ditegakkan berdasarkan gejala klinis,
pemeriksaan fisis/jasmani, pemeriksaan bakteriologi dahak dan
pemeriksaan radiologi. Gejala klinis tuberkulosis dapat berupa
batuk-batuk > 2 minggu, batuk darah, sesak napas, nyeri dada,
demam, malaise, keringat malam, anoreksia dan berat badan
menurun. Kelainan yang dapat ditemukan pada pemeriksaan fisis
paru tergantung dari luas kelainan struktur paru dan pada
permulaan penyakit umumnya tidak / sulit menemukan kelainan.
Kelainan yang dapat ditemukan adalah suara napas bronkial,
amforik,
suara
napas
melemah,
dan
ronki
basah.
Bahan
pemeriksaan bakteriologis adalah melalui pemeriksaan dahak
dengan melakukan pemeriksaan kuman BTA dengan cara hapusan
langsung. Kelainan yang dapat dilihat pada pemeriksaan foto
57
58
toraks tuberkulosis paru adalah bayangan berawan/nodular, kavitas
dan lain-lain.
Didiagnosis tuberkulosis paru pada penelitian ini jika dijumpai
gejala klinis, kelainan paru pada pemeriksaan radiologis toraks, dan
dijumpai kuman BTA pada pemeriksaan sputum hapusan langsung.
3. Polimorfisme gen Reseptor Vitamin D
Polimorfisme adalah suatu variasi pada urutan nukleotida dari gen
yang sama pada individu yang berbeda. Polimorfisme yang diteliti
adalah FokI dan BsmI.
Polimorfisme FokI gen Reseptor Vitamin D
FokI menunjukkan transisi C-T (ACG-ATG) pada daerah pertama
dari dua daerah potensial inisiasi translasi di exon II. Individu
dengan alel C ditandai dengan dengan F. Individu dengan alel T
ditandai dengan f.
Cara pengukuran: Polimorfisme diketahui dengan pemeriksaan
menggunakan teknik PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction Restriction Fragmenth Length Polymorphism) yang menggunakan
enzim restriksi.
Alat
ukur:
visualisasi
band
(pita)
amplifikat
pada
menunjukkan genotip polimorfisme yang ada.
Hasil ukur:
Homozigot FF menghasilkan pita atau band 265 bp;
homozigot ff menghasilkan pita atau band 169 bp dan 96 bp
58
geldoc
59
heterozigot Ff jika terdapat tiga pita yaitu 265 bp, 169 bp dan 96 bp
Skala ukur: Skala ordinal
Polimorfisme BsmI gen Reseptor Vitamin D
BsmI ditemukan di intron 8 (antara ekson VIII dan IX),
menghasilkan perubahan G-A, alel G ditandai dengan B dan alel A
ditandai dengan b.
Cara pengukuran: Polimorfisme diketahui dengan pemeriksaan
menggunakan teknik PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction Restriction Fragmenth Length Polymorphism) yang menggunakan
enzim restriksi.
Alat
ukur:
visualisasi
band
(pita)
amplifikat
pada
geldoc
menunjukkan genotip polimorfisme yang ada.
Hasil ukur:
Homozigot BB menghasilkan pita atau band 825 bp;
homozigot bb menghasilkan pita atau band 175 bp dan 650 bp
heterozigot Bb jika ada tiga pita yaitu 825 bp, 175 bp dan 650 bp
Skala ukur: skala ordinal.
4. Luas lesi pada foto toraks adalah luas kelainan atau kerusakan
yang terjadi di paru yang terlihat pada foto toraks yang ditentukan
oleh 2 dokter yaitu 1 orang dokter spesialis paru dan 1 orang dokter
spesialis radiologi.
Alat ukur: visualisasi pencitraan pada film
Hasil ukur:
59
60
•
Lesi minimal jika proses mengenai sebagian dari satu atau
dua paru dengan luas tak lebih dari sela iga 2 depan
(volume paru yang terletak di atas chondrosternal junction
dari iga kedua depan dan prosesus spinosus vertebra
torakalis 4 atau korpus vertebra torakalis 5) serta tidak
dijumpai kavitas.
•
Lesi sedang jika proses penyakit lebih luas dari lesi minimal
tetapi tidak boleh lebih luas dari satu paru atau jumlah
seluruh proses yang ada paling banyak seluas satu paru
atau bila proses tuberkulosis tersebut mempunyai densitas
lebih padat, lebih tebal, maka luas proses tersebut tidak
boleh lebih dari sepertiga luas satu paru; jika ada kavitas
diameter total tidak melebihi 4 cm.
•
Lesi luas jika kelainan lebih luas dari lesi sedang.
Skala Ukur: Skala Ordinal.
5. Uji tuberkulin adalah test untuk mengetahui apakah seseorang
sedang atau pernah terinfeksi oleh Mycobacterium tuberculosis
dengan cara menyuntikkan tuberkulin PPD RT 23 dengan kekuatan
2 TU secara intra kutan dengan menggunakan semprit tuberkulin 1
cc dan jarum nomor 26. Pembacaan dilakukan 48-72 jam
kemudian. Diukur diameter transversal indurasi. Ukuran dinyatakan
dalam milimeter.
Alat ukur: diameter indurasi dalam satuan milimeter.
Hasil ukur:
60
61
•
•
0-4 mm
: uji tuberkulin negatip
5-9 mm
: uji tuberkulin meragukan.
≥5 mm dinyatakan positip
Uji tuberkulin dengan indurasi
pada individu:
-
Dengan infeksi HIV
-
Pada foto toraks terlihat gambaran fibrosis
yang sesuai dengan TB terdahulu
-
Pasien dengan transplantasi organ dan obat
imunosupresive
•
≥10 mm : uji tuberkulin positip pada individu berikut ini:
-
Pengguna obat-obat suntik
-
Pegawai atau orang yang tinggal di tempat
berisiko
tinggi
seperti
fasilitas
perawatan
jangka panjang, rumah sakit dan fasilitas
kesehatan lainnya, bersama pasien HIV/AIDS
dan penampungan tunawisma
-
Pekerja laboratorium
-
Orang dengan kondisi klinis yang dapat
meningkatkan risiko progresi menjadi TB
•
≥ 15 mm
: uji tuberkulin positip pada individu yang tidak
mempunyai faktor risiko untuk TB
Uji tuberjulin dikatakan positip pada penelitian ini jika diameter
indurasi ≥ 10 mm, karena dilakukan pada petugas kesehatan.
Uji tuberkulin positip artinya seseorang (dalam hal ini kelompok
61
62
kontrol yaitu petugas kesehatan) pernah atau sedang terinfeksi
oleh M. tuberculosis tapi tidak menderita TB paru.
Skala ukur: Skala Ordinal
6. Merokok adalah mereka yang merokok setiap hari untuk jangka
waktu minimal 6 bulan selama hidupnya dan masih merokok saat
penelitian dilakukan.
Alat ukur: kuesioner.
Hasil ukur: Merokok.
Tidak merokok.
Skala ukur: Skala ordinal.
7. Minum
Alkohol
adalah
orang
mengkonsumsi minuman keras.
Alat ukur: kuesioner
Hasil ukur: Konsumsi alkohol
Tidak konsumsi alkohol
Skala ukur: skala ordinal.
62
yang
mempunyai
kebiasaan
63
3.5. Kerangka Operasional Penelitian
Anamnesis, pemeriksaan
fisis, foto toraks, sputum
TB Paru Suku Batak
Anamnesis, pemeriksaan
fisis, foto toraks
Orang sehat Suku Batak
Test HIV (-), DM (-)
TB Paru (kasus)
Orang sehat (kontrol)
Pengambilan darah
Pengambilan
darah
Isolasi
DNA
Isolasi DNA
Test Tuberkulin
PCR & RFLP
PCR & RFLP
Polimorfisme FokI dan
BsmI Gen VDR
Polimorfisme FokI dan BsmI
Gen VDR
Analisis
3.6. Prosedur Penelitian
1. Sebelum
penelitian
Hasil
dimulai,
peneliti
telah
memperoleh
keterangan lolos kaji etik (ethical clearance) kepada Komite Etik
Penelitian
Kesehatan
Fakultas
Sumatera Utara.
63
Kedokteran
Universitas
64
2. Setiap penderita yang diikutsertakan dalam penelitian telah
dibuat surat informed consent, yang
ditandatangani oleh
penderita dan peneliti
3. Penderita TB paru yang ditegakkan berdasarkan anamnesis,
pemeriksaan klinis, pemeriksaan foto toraks dan pemeriksaan
dahak kuman Basil Tahan Asam (BTA) positip melalui hapusan
langsung serta memenuhi kriteria inklusi diikut sertakan dalam
penelitian.
4. Dilakukan pemeriksaan test HIV dan kadar gula darah (KGD).
Pasien yang menderita HIV dan DM tidak diikut-sertakan dalam
penelitian.
5. Setiap penderita TB paru (kasus) dicari kontrolnya yang
sepadan menurut umur dan jenis kelamin. Kelompok kontrol
ditentukan berdasarkan anamesis dan pemeriksaan foto toraks.
6. Dilakukan juga anamnesis kebiasaan merokok dan konsumsi
alkohol
7. Kemudian diambil darah penderita TB (kasus) dan darah orang
sehat (kontrol) dari vena mediana kubiti. Pada orang sehat
(kontrol) dilakukan test tuberkulin.
8. Dilakukan isolasi DNA terhadap darah yang diambil.
9. Hasil isolasi DNA kemudian disimpan di kulkas pada suhu
-200C.
10. Setelah jumlah sampel isolasi DNA mencukupi, selanjutnya
sampel diperiksa untuk dilakukan pemeriksaan VDR genotyping
64
65
dengan
teknik
PCR-RFLP
(Polymerase
Chain
Reaction-
Restriction Fragment Length Polymorphism).
11. Hasil data yang didapat dicatat dan dimasukkan ke dalam tabel
untuk dianalisa.
3.7. Analisis Statistik
Data
yang
berhasil
dikumpulkan,
diolah
menggunakan program komputer dengan
dan
dianalisis
dengan
perangkat lunak komputer
menggunakan program Epi Info.
a. Analisis Univariat
Analisis data dimulai dengan melakukan analisis variabel dengan
mendeskripsikan tiap variabel yang diteliti dan disajikan dalam
bentuk tabel frekuensi distribusi.
b. Analisis bivariat
Analisis bivariat dilakukan untuk mengetahui hubungan antara
variabel bebas dengan variabel terikat dan dari hasil analisis dapat
diketahui variabel bebas manakah yang berhubungan dengan
variabel terikat.
Karena disain penelitian ini adalah kasus kontrol berpasangan
menurut umur, jenis kelamin dan etnik, maka teknik analisis yang
digunakan adalah Mc Nemar chi-square dan besarnya hubungan
antara genotip polimorfisme FokI, BsmI gen reseptor vitamin D dan
TB paru dicari dengan menghitung Odds Ratio (OR) menggunakan
65
66
teknik analisis conditional logistic regression. Kemaknaan hasil uji
statistik ditentukan berdasarkan p