BAHAN DAN METODE Penyediaan Ikan Uji

  Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 295-305

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

  

KERAGAM AN GENETIK TIGA GENERASI IKAN TAM BAKAN ( )

Helostoma temminkii

  

DALAM PROGRAM DOM ESTIKASI

_#

Otong Zenal Arifin , Wahyulia Cahyanti, dan Anang Hari Kristanto

  

Balai Riset Perikanan Bu didaya Air Tawar dan Penyu luhan Pe rikanan

(Naskah dit erima: 19 Januari 2017; Revisi final: 2 M aret 2017; Diset uj ui publikasi: 20 M aret 2017)

  ABSTRAK

Suatu penelitian untuk melihat keragaman genetik tiga generasi ikan tambakan dalam program domestikasi

te lah dilaku kan di Balai Rise t Pe rikanan Bu did aya Air Tawar dan Pe nyuluhan Pe rikanan, Bogo r. Tuju an

penelitian ini adalah untuk mengevaluasi keragaman genetik generasi tetua/awal (G0), generasi pertama

(G1), dan generasi kedua (G2) dalam program domestikasi ikan tambakan. Pengujian keragaman genetik

dilakukan dengan metode PCR-RAPD menggunakan tiga primer, yakni OPA-2, OPA-8, dan OPC-2. Hasil yang

d ip e role h m e n u n jukkan ad an ya p e rb e d aan ju m lah (7-15) d an u ku ran fragm e n (200-2.800 b p) yan g

dihasilkan, dengan frekuensi kemunculan alel berkisar antara 0,00-1,00 dari 31 lokus. Enam fragmen dari

OPC-2 (1.400 bp, 1.300 bp, 1.100 bp, 800 bp, 600 bp, 500 bp), lima fragmen dari OPA-2 (1.350 bp, 1.000

bp, 900 bp, 800 bp, 520 bp), dan dua fragmen dari OPA-8 (1.000 bp, 550 bp) merupakan fragmen marka

spesifik ikan tambakan pada penelitian ini. Keragaman genetik ikan tambakan antar generasi tergolong

re nd ah , de ngan nilai pe rse nt ase po limorfism e be rkisar an tara 6,45%-35,48% dan nilai het eroz igosit as

berkisar antara 0,03-0,16. Terjadi penurunan polimo rfisme dan heterozigositas dari generasi tetua/awal

(G0) ke generasi pertama (G1) dan kembali naik pada generasi kedua (G2). Dalam program domestikasi, nilai

efektif induk ( Ne ) sebaiknya lebih dari 100, dengan nilai laju inbreeding ( F ) tidak lebih dari 0,005.

  KATA KUNCI: keragaman genetik; PCR-RAPD; generasi; tambakan

ABSTRACT: Genetic diversit y of t hree generations of kissing gourami ( Helost oma t emminkii) under a

domestication program. By: Otong Zenal Arifin, Wahyulia Cahyanti, and Anang Hari Kristanto

A st udy t o examine t he genet ic diversit y of t hree generat ions of kissing gourami under a domest icat ion program has

been conduct ed at t he Research Inst it ut e for Freshwat er Aquacult ure and Fisheries Ext ension, Bogor. The purpose of

t his st udy was t o evaluate t he genetic diversit y of t he elder generat ion (G0), first generat ion (G1), and second generat ion

(G2) of kissing gourami under t he domest icat ion program. The genet ic diversit y examinat ion was conduct ed t hrough

a PCR-RAPD met hod using t hree primers, namely OPA-2, OPA-8, and OPC-2. The obt ained results indicat ed a difference

  Keragaman genet ik tiga generasi ikan tambakan (Helostoma temminkii) ..... (Otong Zenal Arifin) st akeholder sebagai ikan po t ensial budidaya di Pulau

  genet ic drift .

  Ikan uji yang digunakan adalah t iga generasi (G0, G1, dan G2) ikan t ambakan yang berasal dari po pulasi Jawa Barat dalam pro gram do mestikasi. Pembentukan po pulasi dilakukan di Inst alasi Riset Plasma Nut fah Perikanan Air Tawar Cijeruk, Balai Rise t Perikanan Budidaya Air Tawar dan Penyuluhan Perikanan, Bo go r.

  BAHAN DAN M ETODE Penyediaan Ikan Uji

  Tujuan dari kegiat an ini adalah unt uk menganalisis ke rag am a n ge n e t ik g e n e ra si awa l (G0 ), ge n e ra si pertama (G1), dan generasi kedua (G2) dalam program do mestikasi ikan tambakan melalui penanda mo lekuler RAPD.

  (RAPD) a d a la h t e k n ik m o le k u le r b e rb a sis PCR-RAPD yan g d ap at d igu n aka n u n t u k mendet eksi po limo rfisme ruas nukleo t ida pada DNA dengan memanfaat kan primer t unggal yang memiliki u ru t a n n u kle o t id a acak . Me t o d e RAPD m e m ilik i beberapa keunggulan di ant aranya mampu mendeteksi s e k u e n n u k le o t id a h a n ya d e n g a n s a t u p r im e r, p o lim o rfism e t in ggi, d an d ap at d igu n a kan t a n p a menget ahui lat ar belakang geno m sebelumnya (Dun- h am , 2 00 4 ). Pe nan da mo le kule r RAPD m erup akan se kue n DNA p o lim o rfik yan g d ip isah kan o le h ge l e le k t r o fo r e s is PCR m e n g g u n a k a n s a t u p r im e r o ligo nukleo t ida pendek secara acak.

  Random amplified poly- m or phi sm DNA

  et al ., 2008).

  Pro gram d o mest ikasi ikan t ambakan yang t e lah dilakukan dari gen erasi awal (G0) sam pai gene rasi kedua (G2) perlu diuji t ingkat keragaman genet iknya, m e lalu i p e n gam at an DNA m e n ggu n akan p e n an d a molekuler. Penanda molekuler telah banyak digunakan unt uk mengident ifikasi suat u individu at au geno t ipe, d e r a ja t k e k e r a b a t a n , d a n va r ia s i g e n e t ik s u a t u po pulasi (Sharma

  Keragaman genet ik merupakan ragam dalam sat u spe sie s b aik an t ara p o p ulasi yan g t erp isah se cara geografik maupun ant ara individu dalam sat u po pulasi.

  dipengaruhi o le h ju m la h in d u k ya n g m e m ija h /k a w in , d a n perbandingan induk jant an dan bet ina (Falco ner, 1989).

  Ne

  dan

  Kalim an t an . De wasa in i, p o p u lasi ikan t am b akan mengalami penurunan akibat penangkapan berlebih o leh n elayan . Be rdasarkan dat a KKP (200 6) jumlah pro duksi budidaya ko lam, karamba, maupun sawah ikan t ambakan berfluktuasi dari t ahun 1996-2005 dan cenderung menurun. Pada tahun 2004 jumlah produksi budidaya ikan tambakan adalah 8.137 ton dan menurun pada t ahun 2005 menjadi sebesar 3.263 t on, sehingga pro duksi budidaya ikan t ambakan ko lam mengalami pe nurunan p ro d uksi sekit ar 59,89%. Dalam rangka pe ningkat an po pu lasi ikan t am bakan baik d i alam maupun di lingkungan budidaya, dilakukan pro gram do mest ikasi di luar habit at aslinya.

  inbreeding

  , dan berkurangnya keragaman genetik pada suat u po pulasi. Ne digunakan unt uk mengendalikan t ekanan

  random genetic drift

  ) per generasi, jumlah

  inbreeding

  ) merupakan indikat o r peningkat an ko efisien silang dalam (

  Ne

  (

  breeding num- ber

  Do m e s t ika s i ad ala h p r o s e s p e n ye s u aian ika n t e r h a d a p h ab it a t b a r u ya n g a k a n m e m e n g ar u h i kebiasaan-kebiasaan ikan it u sendiri, seperti kebiasaan makan yang juga merupakan penyesuaian dari genet ik. Salah sat u t u ju an d ari d o m e st ikas i ad alah u n t u k mencegah t erjadi kepunahan t erhadap spesies yang terancam keberadaan kelangsungan hidupnya (Nurudin, 2 0 1 3 ). Sa la h s a t u k e g ia t a n ya n g m e n u n ja n g k e b e r h a s ila n d o m e s t ik a s i a d a la h k a r a k t e r is a s i geno t ipe, yang berfungsi unt uk menent ukan st rat egi p e m ijah an in d u k t iap ge n e rasi a gar t id ak t e r jad i penurunan keragaman genet ik. Efekt if

  Po pu lasi G1 dilaku kan de ngan m em ijah kan se cara

  Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 295-305

  (

   

  4 Ne

  1 F Jumlah betina induk jumlah jantan induk Jumlah betina induk jantan induk Jumlah

  2Ne

    

  . (2011) pada pe ne lit ian m en ggu nakan ikan uji hasil pe rsilangan ant ara gurami Bast ar-Paris, Bast ar-Blusafir, dan Paris- Blu s a fir m e n g u n a ka n p r im e r OPA-4 d a n OPA-7

  et al

  Jumlah dan ukuran fragmen yang dihasilkan dalam pene lit ian m enggunakan ikan t ambakan ini hampir m e n g u ji k e r a g a m a n g e n e t ik t ig a p o p u la s i ik a n tambakan yang berasal dari Jawa, Jambi, dan Kalimantan Selat an menggunakan met o de RAPD dengan primer OPA-2, OPC-2, dan OPC-5 dengan mendapatkan jumlah fragmen sebanyak 13 sampai 24 dengan kisaran ukuran fragmen ant ara 100-2.000 bp. Pada penelit ian yang d ilaku kan Sim at u pan g (2 0 12 ) m em p ero le h jum lah fragmen yang dihasilkan pada t iga po pulasi ikan sepat menggunakan t iga primer (OPA-2, OPC-2, dan OPC-5) dihasilkan fragmen sebanyak 20-30 dengan ukuran basa pada kisaran 12-2.000 bp. Nugro ho

  Analisis PCR-RAPD ant ar generasi (G0, G1, dan G2) menggunakan t iga primer menghasilkan jumlah dan ukuran fragmen berbeda. Primer OPC-2 menghasilkan jumlah fragmen sebanyak 9-15, OPA-2 sebanyak 7-15, d an OPA-8 se b an yak 1 0 -1 4 , d e n gan t o t al ju m lah fragm e n se b an yak 3 1 b u ah lo ku s. Fragm e n yan g dihasilkan be ru kuran ant ara 2 00-2.80 0 bp de ngan frekuensi kemunculan alel berkisar ant ara 0,00-1,00; sepert i t ert era pada Gambar 1 dan Tabel 2.

  HASIL DAN BAHASAN

  ) dihit ung berdasarkan rumus Tave (1999):

  F

  ing

  Lar va dan benih yang dipero leh dipelihara dalam t iga buah kolam sekat berukuran 3 m x 3,5 m x 1 m selama t u ju h b u lan d i ko lam p e m e lih araan se p e rt i p ad a pemeliharaan pembent ukan G1.

  Nilai jumlah efektif induk ( Ne ) dan nilai laju inbreed-

  Keragaman genet ik dianalisis menggunakan pro - gram TFPGA ( Tools for Populat ion Genot ipe Analysis ) (Nei & Tajima, 1981). Po limo rfisme genet ik diukur dengan

  Analisis Dat a

  36°C selama sat u m e n it , d an e lo n gasi 7 2 °C selama du a me n it . Elo ngasi akhir dilakukan pada suhu 72°C selama tujuh menit . Hasil PCR dilihat melalui elekt ro fo resis dalam gel agaro se 1,5%.

  annealing

  menggunakan pro gram amplifikasi, yaitu satu siklus denat urasi awal pada suhu 94°C selama dua menit , 34 siklus yang t erdiri at as denat urasi pada suhu 94°C selama sat u menit ,

  t hermocycler

  (penge nceran 20:80 ), mast ermix PCR (KAPA Ro bust kk 5701; 0,2 nM dNTPS, 2 nM MgCl ₂ dan st abilizer) t al 10 µL. Selanjutnya tabung mikro dimasukkan ke dalam

  DNA 1 µL, primer 0,5 µL konsentrasi 25 nmol

  am plifikasi DNA ad alah OPC-2 , OPA-2 , d an OPA-8 (Tab el 1) m en gacu pada pe nelit ian yan g dilakukan Sundari et al . (2012). Ko mpo sisi reaksi PCR adalah:

  Genomic DNA Purifica- t ion Kit (Ferm ent as). Primer yan g digun akan dalam

  Sebanyak 1 0 eko r dari m asing-masing generasi, diambil secara acak. Ikan uji po pulasi G0 diambil pada saat ikan baru didat angkan dari alam dengan ukuran ikan berkisar ant ara 30-50 g/eko r. Po pulasi G1 dan G2 diambil pada umur t ujuh bulan dengan bo bot masing- m a sin g p o p u lasi 2 0 -3 0 g/e ko r d a n 2 0 -2 5 g/e ko r. Kegiat an dilakukan di Laborato rium Bio logi Mo lekuler, BRPBATPP Bo go r. DNA geno m diekst raksi dari sirip dada (± 150 mg) menggunakan

  Am plifikasi PCR-RAPD

  

  Keragaman genet ik tiga generasi ikan tambakan (Helostoma temminkii) ..... (Otong Zenal Arifin)

  

8

  500 3000 1000 500 3000 1000

  OPA OPC2 OPA2 G0 G1 G2 3000 1000

  10 Panjang basa Prime r

  9

  8

  7

  6

  5

  4

  3

  2

  1

  10 M

  9

  7

  primer yang sama yang menghasilkan sebanyak 28 buah pada OPA-8 (1.000 bp dan 550 bp) merupakan fragmen Gambar 1. Hasil elekt ro fo resis PCR-RAPD t iga gene rasi ikan t ambakan (G0: ge nerasi awal, G1: gen erasi pert ama, G2: generasi kedua, M: marker DNA Gene Ruller 100 bp plus DNA Ladder dengan primer

  6

  5

  4

  3

  2

  7 8 9 10 M 1

  6

  5

  4

  3

  2

  M 1

  

Figure 1. Elect rophoresis result s of PCR-RAPD from t hree generat ions of kissing gourami (G0: t he elder generations,

G1: t he first generat ion, G2: second generat ion, M : marker DNA Gene Ruller 100 bp plus DNA Ladder) wit h OPC-2, OPA-2, and OPA-8 primers, 1-10: fish sample).

  OPC-2, OPA-2, dan OPA-8, 1-10: sampel ikan).

  500 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

• 6

  9

  Tabel 2. Ukuran pit a DNA pro duk PCR-RAPD pada t iga po pulasi generasi ikan t ambakan dengan primer OPC-2 Table 2. The band size of PCR-RAPD product using OPC-2 primer in t hree generat ions of kissing gouramy Ke terangan: Ukuran p ita m erup akan p red iksi berd asarkan p an jang jarak d iband ingkan m arker Remar ks: Si ze band is pr edi ct ion based on t he di st ance l engt h compared t he based marker

  5

  9

  7 , 2

  1

   2

  2 (4 ),

  1

  rn a l R is et A k u a k u lt u r,

  2

  4

  3

  5

  2

  5

  2

  7 , J u rn a l R is e t A k u a k u lt u r, e S S N

  1

  2

  C o p y ri g h t @

• -3

9 Ju

  3 C

  o p y ri g h t @

  2

  1

  7 , J u rn a l R is e t A k u a k u lt u r, e

• IS S N

  5

  2

• 6

  5

  3

  4 K er a g a m a n g en et ik ti g a g en er a si ik a n t a m b a k a n (H e lo st o m a t e m m in k ii) .

  ... . ( O to n g Z en a l A rif in )

  Tabel 3. Ukuran pit a DNA pro duk PCR-RAPD pada t iga po pulasi generasi ikan t ambakan menggunakan primer OPA-2 Table 3. The band size of PCR-RAPD product using OPA-2 primer in t hree generat ions of kissing gouramy

  Ke terang an ( Not e ): Ukuran p ita meru p akan p red iksi be rd asarkan p an jang jarak d ib and ingkan marker ( Si ze band is predict ion based on t he dist ance lengt h compared t he based marker )

  rn a l R is et A k u a k u lt u r,

• 6

  Ke t erangan (Not e): Ukura n p it a me ru pakan pre diksi berdas arkan pa nja ng jarak dib and ingka n m arker (Size band is predict ion based on t he dist ance lengt h compared t he based marker )

  Tabel 4. Ukuran band t iga po pulasi generasi ikan t ambakan pada primer OPA-8 Table 4. The band size of PCR-RAPD product using OPA-8 primer in t hree generat ions of kissing gouramy

  5

  9

  7 , 2

  1

   2

  2 (4 ),

  1

  3

  4

  3

  5

  2

  5

  2

  7 , J u rn a l R is e t A k u a k u lt u r, e S S N

  1

  2

  C o p y ri g h t @

• -3

1 Ju

  Keragaman genet ik tiga generasi ikan tambakan (Helostoma temminkii) ..... (Otong Zenal Arifin)

  N e

  ) d alam u p aya p e n in gkat an keragaan p e rt u m bu h an Tabel 5. Ju m la h s a m p le , ju m la h fr a g m e n , p e r s e n t a s e p o lim o r fis m e , he t ero zigo sit as, d an ukuran fragme n t iga gene rasi ikan t am bakan menggunakan PCR-RAPD dengan t iga primer berbeda

  Oreochromis niloticus

  ) dan ikan nila (

  Cyprinus carpio

  (Tave, 1999). Gjedrem & Baranski (2009) yang melakukan kegiat an seleksi individu pada ikan mas (

  genet ic drift

  d an

  inbreeding

  berbandin g t erbalik dengan t ekanan

  ), ju m la h e fe k t if in d u k m e ru pakan salah sat u b agian p aling p e n t in g d ari info rmasi yang dapat dipero leh dari po pulasi dalam pembenihan. Jumlah induk efekt if adalah salah sat u ko nsep yang paling pent ing dalam manajemen induk, ka re n a m e m b e r ika n in d ik asi m e n ge n ai s t ab ilit as g e n e t ik d a r i p o p u la s i, h a l in i d ik a r e n a k a n

  Keragam an gen e t ik dit en t ukan d ari ragam ale l dalam lo kus yang dihasilkan dari hasil elekt ro fo resis. Keragaman genet ik pada penelit ian t iga generasi ikan t ambakan yang dilakukan t ergo lo ng rendah, hal ini d ip e r lih a t k a n d e n g a n r e n d a h n ya p e r s e n t a s e po limo rfisme dari ket iga generasi ikan t ambakan yang b e r k is a r a n t a r a 6 ,4 5 %– 3 5 , 4 8 % d e n g a n n ila i h et ero zigo sit as an t ara 0 ,03 sam pai 0,1 6. Put rian a (2011) yang melakukan analisis keragaman genet ik tiga po pulasi ikan t ambakan yang berasal dari Kalimant an Selat an, Jambi, dan Jawa Barat , yang me nghasilkan persent ase po limo rfik yang t inggi, yait u antara 57,14% sampai 60,71%; dengan nilai het ero zigo sit as ant ara 0 ,2 3 s a m p a i 0 , 2 5 . Be r d a s a r k a n h a s il a n a lis is me nu njukkan t e rjad i p en urunan po lim o rfisme d an h e t e ro zigo sit as d ari ge n e rasi in d u k awal (G0 ) ke generasi pert ama (G1) dan kembali t erjadi kenaikan pada generasi kedua (G2) (Tabel 5).

  ef f ect i ve br eedi ng num ber

  =

  Ne

  su at u po pulasi dit ent ukan dari jumlah induk efekt if (

  inbr eeding

  Peningkat an nilai het ero zigo sit as dan po limo rfik dari G1 ke G2 diduga jumlah induk yang digunakan pada pembentukan G2 lebih banyak dibandingkan pada p e m b e n t u kan G1 . Nilai rat a-rat a

  (So e ward i, 2 0 0 7 ). Re n d a h n ya ke ragam an ge n e t ik merupakan gambaran umum yang dit emui pada jenis ikan air t awar se bagai akibat ket erb at asan m igrasi s e ca r a a la m i (Nu g r o h o et al ., 2 0 1 6 ). Tin g g in ya ke ragam an ge n e t ik ikan yan g d ilaku kan Pu t rian a (2 01 1) d ikaren akan ikan t amb akan yan g dian alisis diduga karena ikan yang digunakan merupakan ikan yang berasal dari alam dengan wilayah yang berjauhan (Po pulasi Jawa, Sumat era, dan Kalimant an). Selain it u, dikemukakan pula bahwa ikan t ambakan merupakan je n is ik an yan g t id ak m e rawat an akn ya se h in gga m e m u n gkin kan ikan t am b akan u n t u k m e la ku kan migrasi dengan jarak yang cukup jauh.

  . Het ero zigo sit as m erupakan ukuran keragaman g e n e t ik b e r d a s a r k a n p r o p o r s i ju m la h in d ivid u het ero zigo t po pulasi. Penurunan t ingkat keragaman g e n e t ik e r a t k a it a n n ya d e n g a n m e n u r u n n ya het ero zigo sit as gen. Hal ini dapat disebabkan karena adanya iso lasi po pulasi, inbreeding , dan genet ic drift

  inbreed- ing

  Penurunan nilai het erozigo sitas dan po limo rfik dari G0 k e G1 , d id u g a k a r e n a ik a n t a m b a k a n ya n g digunakan dalam penelit ian ini merupakan po pulasi d a la m k e g ia t a n d o m e s t ik a s i, s e h in g g a s a n g a t dimungkinkan t erjadi penurunan keragaman genet ik dari generasi ke generasi dikarenakan adanya

  

Table 5. Number of samples, t ot al number of fragment s, percent ages of polymor-

phism, het erozygosit y, and size ranges of fragment of t hree gener at ions

  Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 295-305

  Ne

  F

  (

  inbreeding

  sebesar 100 dan nilai laju

  Ne

  (F) sebesar 0,017; sedangkan pada pembent ukan generasi kedua adalah sebanyak 50 pasang (50 eko r jant an dan 50 eko r bet ina) yang dilakukan secara massal dengan nilai

  inbreeding

  sebesar 30 dan nilai laju

  Ne

  Pe n g g u n a a n in d u k ya n g t id a k s e s u a i k a id a h g e n e t ik a t e r b u k t i d a p a t m e n u r u n k a n t in g k a t k e r a g a m a n g e n e t ik ik a n ya n g d ih a s ilk a n . Pa d a pemb ent ukan generasi pe rt ama jumlah induk yang digunakan adalah 15 pasang (15 eko r jant an dan 15 e ko r b e t in a) yan g d ilaku k an se cara b e rp asan gan dengan nilai

  . (2 0 1 0 ) mengemukakan po pulasi yang t idak b erbeda n yat a mu ngkin disebabkan b anyaknya ke sam aan ge net ik ant ar po pulasi-po pulasi t ersebut .

  et al

  dilapo rkan tidak efektif. Hal tersebut antara lain karena rendahnya keragaman genet ik po pulasi dasar akibat s e d ik it n ya ju m la h

  agar t idak t in ggi, nilai F sebaiknya t idak lebih dari 0,005 dengan nilai

  t idak kurang dari 100.

  inbreeding

  ., 2008), ikan kelabau (

  N e

  p a s a n g a n in d u k -in d u k pembent uknya. Pa d a p e n e lit ia n ik a n s e p a t ya n g d ila k u k a n

  Sim a t u p a n g (2 0 1 2 ), d ip e r o le h p e r s e n t a s e po limo rfisme pada po pulasi sepat yang berasal dari Ka lim a n t a n d a n Su m a t r a 2 6 , 6 7 %, le b ih t in g g i dibandingkan po limo rfisme pada po pulasi sepat yang b e ra sal d a ri Ja wa ya n g m e m p u n ya i n ilai se b e s ar 13,33%. Demikian juga het ero zigo sit as po pulasi ikan sepat populasi Kalimant an (0,12) dan Sumat era (0,11), leb ih t inggi dib andin gkan het ero zigo sit as p o pulasi ikan sepat po pulasi Jawa (0,06). Pada ikan semah (

  Tor sor ro

  ) nilai h et e ro zigo sit as b erkisar an t ara 0,090 9- 0,1407 (Asih

  et al

  Ost eochilus kelabau

  . (2012) mengemukakan bahwa keberhasilan amplifikasi DNA geno m menggunakan t e kn ik RAPD san gat d it e n t u kan o le h u ru t an b asa p r im e r ya n g d ig u n a k a n , s e r t a k u a lit a s n ya a t a u kandu ngan prime r dalam set iap reaksi. Jumlah dan int ensitas pit a DNA yang dihasilkan setelah amplifikasi DNA dengan PCR sangat t ergant ung bagaimana primer mengenal urut an DNA komplementernya pada cetakan DNA (DNA

  ) berkisar ant ara 0,0100-0,1651 (Kusmini

  et al

  ., 2011). Arifin

  et al

  . (2007) memperoleh nilai keragaman ge net ik yang t inggi p ada emp at p o pulasi ikan nila d en gan rat a-rat a n ilai h e t e ro zigo sit as 0 ,2 1 46 dan polimo rfisme 56,62%. Dunham (2004) mengemukakan p o p u la si d e n gan ke r agam an ge n e t ik ya n g t in g gi m e miliki p elu ang h idu p yan g le b ih t inggi, kare n a banyak alt ernatif gen atau ko mbinasi gen yang tersedia unt uk merespo ns perubahan kondisi lingkungan yang dihadapi. Gusmiaty

  et al

  ) sebesar 0,005. Oleh karena it u, dalam pro gram do mest ikasi perlu unt uk memperhat ikan nilai jumlah efekt if induk (Ne) yang dipergunakan dalam perkawinan agar dapat m e n e kan n ilai inbr eedi ng d an genet ic dr ift . Un t u k me ne kan laju

KESIM PULAN

  et al

  ) yang d igunakan (Tinge y

  t emplat e

  Ukuran fragmen yang dih asilkan berkisar ant ara 200-2.800 bp dengan frekuensi kemunculan alel antara 0,001,00 dan berjumlah 31 lo kus. Enam fragmen dari OPC-2 (1.400 bp, 1.300 bp, 1.100 bp, 800 bp, 600 bp, 500 bp), lima fragmen dari OPA-2 (1.350 bp, 1.000 bp, 900 bp, 800 bp, 520 bp), dan dua fragmen dari OPA-8 (1.000 bp, 550 bp) merupakan fragmen marka spesifik ikan t ambakan pada penelit ian ini. Nilai po limo rfisme

  ., 1994). Berdasarkan nilai pada Tabel 6, menunjukkan tidak dimungkinkan t erjadi karena ikan yang diuji awalnya b e r a s a l d a r i s a t u p o p u la s i, ya it u p o p u la s i ik a n t ambakan yang awalnya (G0) berasal dari Jawa Barat , yang me mb edakan h an yalah ge ne rasi dari masin g- m a s in g p o p u la s i. Mu lya s a r i

  Keragaman genet ik tiga generasi ikan tambakan (Helostoma temminkii) ..... (Otong Zenal Arifin)

  Keanekar agaman j enis ikan di Sungai Sekonyer Taman Nasional Tanj ung Put ing. Kalimant an Tengah

  Eva lu a s i k e r a g a m a n g e n e t ik ik a n k a lu i (

  Osphronemus goramy

  ) dari kabupat en Lima Puluh Ko t a, Sumat era Barat berdasarkan marka rando m amplified po lymo rphism DNA(RAPD). Jurnal Riset

  Akuakult ur , 11 (4), 313-319.

  Nugro ho , E., Su kad i, F., & Hu wo yo n , G.H. (2 0 12 ).

  Beb erap a jen is ikan lo kal yang po t ensial un t uk bu didaya: Do me st ikasi, t e kn o lo gi pe mb enihan, dan pengelo laan kesehat an lingkungan budidaya.

  M edia Akuakult ur , 7(1), 52-57.

  Nu gro ho , E., Sun dari, S., & Jat nika. (20 11 ). Variasi gen et ik hibrida ikan gu rame dian alisis d en gan menggunakan marker RAPD.

  Jurnal Riset Akuakultur

  , 6(1), 1-6. Nuru din , F.A. (2 0 13 ).

  . Skripsi. Un ive rsit as Ne ge ri Semarang, 99 hlm. Parenrengi, A. (2006). RAPD fingerprin t ing o f t hree s p e c ie s o f g r o u p e r (

  Jurnal Perikanan (Journal of Fisheries Sciences ), 13(2), 86-90.

  Epi neph el u s

  s p p .) fr o m Makassar St rait , So ut h Sulawesi, Indo nesia.

  Indo- nesian Aquacult ure Journal

  , 1(2), 105-119. Parenrengi, A. & Tenriulo , A. (2008). Genet ic variabil- it y and population st ructure of gro uper (

  Epinephelus suillus

  ) fro m Makassar St rait and Bo ne Bay, So ut h Sulawesi, Indonesian Aquacult ure Journal , 3(2), 77- 87.

  Paren re ngi, A., Te nriulo , A., & Ali, S.A. (2 01 2). Ge- netic variabilit y o f t hree populat io ns of flying fish,

  Hirundicht hy oxycephalus fro m makassar st rait .

  In- donesian Aquacult ure Journal

  , 7(1), 1-10. Pu t rian a , I. (2 0 1 1 ).

  Nu gro h o , E., Azrit a, Syan dri, H., & Re filza. (20 16 ).

  In d rawan , M. (2 0 0 7 ). Bio lo gi Ko n ser vasi. Jakart a: Yayasan Obo r Indo nesia, 15 hlm. Kement e rian Kelaut an dan Perikanan [KKP]. (2006).

  16,13% dan 0,08 pada G2. Dalam program do mest ikasi, untuk menekan

  Berit a Biologi , 8(6), 465-471.

  inbreeding

  sebaiknya nilai F t idak lebih dari 0,005; dengan nilai efekt if induk (

  Ne

  ) lebih dari 100.

  UCAPAN TERIM A KASIH

  Ucap an t e r im a k as ih d is am p a ika n ke p a d a Sri Sundari, Deni Irawan, dan Bambang Priadi, at as peran se r t an ya d a lam ke gia t an p e n e lit ia n in i. Ke gia t an penelit ian ini didanai dari DIPA BRPBATPP Bo go r TA 2016.

  DAFTAR ACUAN Ar ifin , O.Z., Nu g ro h o , E., & Gu st ian o , R. (2 0 0 7 ).

  Keragaman genet ik po pulasi ikan nila (

  Oreochromis nilot icus

  ) dalam pro gram seleksi berdasarkan RAPD.

  Asih, S., Nu gro ho , E., Krist ant o , A.H., & Mulyasari.

  Jurnal Perennial , 8(1), 25-29.

  (2008). Penent uan variasi genet ik ikan bat ak ( Tor

  sorro

  ) dari Sumat era Ut ara dan Jawa Barat dengan met o de RAPD.

  Jurnal Riset Akuakult ur , 3(1), 91-97.

  Dunham, R.A. (2004). Aquacult ure and fisheries bio - t echno lo gy: Genet ic appro ach. CABI Publishing.

  Cambridge USA, p. 85-99. Falco ner, D.S. (1989).

  Int roduction t o quant it at ive genet - ics.

  Edit io n 3. Lo ngmans Green/Jo hn Wiley & So ns, Harlo w, Essex, UK/New Yo rk, 104 pp. Gjedrem, T. & Baranski, M. (20 09). Select ive breed- in g in aq u acu lt u re : An In t ro du ct io n . Sp rin ge r.

  Net herland, 221 pp. Gu s m iat y, M.R. & Po n gt u lu r an , I. (2 0 1 2 ). Se le k si p rime r un t u k an alisis ke ragaman ge ne t ik je nis bit t i (

  Vit ex coffassus ).

  Ker ag am an t ig a populasi ikan t ambakan (Helostoma temminkii) dengan met ode

  Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 295-305

  So ewardi, K. (2007). Pengelo laan keragaman genet ik Su r ya n t o , D. (2 0 0 3 ). Me lih a t k e a n e k a r a g a m a n sumber daya perikanan dan kelaut an. Depart emen o r ga n ism e m e lalu i b e b e ra p a t e kn ik ge n e t ika Ma n a je m e n Su m b e r d a ya Pe r a ir a n , Fa k u lt a s mo lekuler. USU digit al librar y, 11 pp. Perikanan dan Ilmu Kelau t an, Inst it ut Pert anian

  Tave, D. (1999). Inbreeding and Bro o d St o ck Manage- Bo go r. Bo go r, 153 hlm. me nt . FAO Fish Te chn ical Pap er. No . 39 2. FAO. Sundari, S., Iskandariah, Huwo yo n, G.H., Kusmini, I.I., Ro me, 122 pp.

  & Gu st ia n o , R. (2 0 1 2 ). Ke r ag am an g e n e t ik 3 Tingey, S.V., Rafalski, J.A., & Hanafe y, M.K. (19 94 ).

  Helost oma t emminckii

  populasi ikan t ambakan ( ) asal

  In

  Genet ic analysis wit h RAPD markers. Co ruzzi, Su mat e ra, Jawa, d an Kalim an t an m en ggun akan

  C., & Pu id o rm e n e ch , P. (Ed s.). Plant M olecular met o de RAPD (Rando m Amplified Po lymo rphism

  Biology , 81, 491-500. Prosiding Indoaqua - Forum Inovasi Teknologi DNA. Akuakult ur , hlm. 1109-1115.