Validasi Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT. Socfindo Berdasarkan Marka SSR (Simple Sequence Repeats)
VALIDASI KETURUNAN KELAPA SAWIT MATERIAL GENETIK
PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA SSR
(SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
TESIS
Oleh
INDRA SYAHPUTRA
147001014/MAET
PROGRAM MAGISTER AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
VALIDASI KETURUNAN KELAPA SAWIT MATERIAL GENETIK
PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA SSR
(SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
TESIS
Diajukan Sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Magister
dalam Program Magister Agroekoteknologi pada Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara
Oleh
INDRA SYAHPUTRA
147001014/MAET
PROGRAM MAGISTER AGROEKOTEKNOLOGI
SEKOLAH PASCASARJANA PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
Judul Tesis
: VALIDASI KETURUNAN KELAPA SAWIT MATERIAL
GENETIK PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA SSR
(SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
Nama Mahasiswa : Indra Syahputra
NIM
: 147001014
Program Studi
: Magister Agroekoteknologi
Menyetujui,
Komisi Pembimbing
(Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si.)
Ketua
(Mohammad Basyuni, S.Hut,M.Si, Ph.D.)
Anggota
Ketua Program Studi
Dekan Fakultas Pertanian
Prof. Dr. Ir. Abdul Rauf, MP
Dr. Ir. Hasanuddin, MS
Tanggal Lulus : 18 Agustus 2016
Universitas Sumatera Utara
Telah diuji pada
Tanggal : 18 Agustus 2016
PANITIA PENGUJI TESIS
Ketua
: Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri, M.Si
Anggota
: Mohammad Basyuni, S. Hut, M.Si, Ph.D
Prof. Dr. Ir. Rosmayati, MS
Dr. Diana Sofia, SP, MP.
Ir. Revandy I.M. Damanik, M.Sc. Ph.D
Universitas Sumatera Utara
PERNYATAAN
Judul Tesis
VALIDASI KETURUNAN KELAPA SAWIT MATERIAL
GENETIK PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA
SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
Dengan ini Penulis menyatakan bahwa Tesis ini disusun sebagai
syarat untuk memperoleh gelar Magister Agroekoteknologi pada
Program Studi Magister Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara
adalah benar merupakan karya penulis sendiri.
Adapun pengutipan-pengutipan yang penulis lakukan pada bagianbagian tertentu dari hasil karya orang lain dalam penulisan Tesis ini,
telah Penulis cantumkan sumbernya secara jelas sesuai dengan norma,
kaidah, dan etika penulisan ilmiah.
Apabila dikemudian hari ternyata ditemukan seluruh atau sebagian
Tesis ini bukan hasil karya penulis sendiri atau adanya plagiat dalam
bagian-bagian tertentum Penulis bersedia menerima sanksi pencabutan
gelar akademik yang penulis sandang dan sanksi-sanksi lainnya sesuai
dengan peraturan perundangan yang berlaku.
Medan, Oktober 2016
Penulis,
Materai 6000
Indra Syahputra
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
Indra Syahputra, Validasi Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT. Socfindo
Berdasarkan Marka SSR (Simple Sequence Repeats). Dibimbing oleh Dr. Ir. Lollie
Agustina P.Putri, M.Si. dan Mohammad Basyuni, S.Hut., M.Si., Ph.D.
Tanaman kelapa sawit merupakan tanaman penghasil devisa terbesar bagi
Indonesia, oleh sebab itu perakitan varietas unggul terus dilakukan. Validasi dengan
teknik molekuler dapat membantu proses identifikasi keurunan kelapa sawit dengan
hasil yang lebih cepat dan akurat dibandingkan dengan cara konvensional. Tujuan
penelitian ini adalah untuk menganalisis kandidat primer yang dapat memvalidasi
turunan kelapa sawit, kemurnian genetik dan tingkat keragaman molekuler tanaman
kelapa sawit material genetik PT. Socfindo berdasarkan marka SSR. Bahan yang
digunakan pada penelitian adalah 5 turunan kelapa sawit material generik PT.
Socfindo. Primer yang digunakan pada penelitian ini antara lain mCnCIR0038,
mEgCIR0894, mEgCIR3292 dan mEgCIR3663. Analisis data dilakukan dengan
menggunakan Softwere Gen Alex 3.0, Power Marker 3.25 dan DARwin 6.0.
Kesimpulan penelitian ini menunjukkan bahwa primer mCnCIR0038, primer
mEgCIR3785, primer mEgCIR3663 dan primer mEgCIR0257 telah berhasil
memvalidasi turunan kelapa sawit material genetik PT. Socfindo, kemurnian genetik
berdasarkan empat marka SSR mencapai 95 % sampai dengan 100% dan tingkat
keragaman molekuler berdasarkan empat marka SSR sebesar 41.68%.
Kata kunci : Kelapa sawit, SSR, validasi, kemurnian genetik, keragaman molekuler
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
Indra Syahputra, Validation of Oil Palm Progeny from Genetic Material of PT.
Socfindo Based on SSR Marker (Simple Sequence Repeats) supervised by Dr. Ir.
Lollie Agustina P.Putri, M.Si. dan Mohammad Basyuni, S.Hut., M.Si., Ph.D.
Oil palm is the plant's largest foreign exchange earner for Indonesia,
therefore the assembly of high-yielding progeny has been continuously done.
Validation results with molecular techniques to assist in the identification of oil palm
progeny more quickly and accurately than the conventional way. The purpose of this
study was to analyze the primer candidate to validate oil palm progeny, genetic
purity and genetic diversity at the molecular level from the genetic material of PT.
Socfindo based on SSR marker. There were 5 palm genetic materials and 4 primers
(mCnCIR0038, mEgCIR0894, mEgCIR3292 dan mEgCIR3663) were used in this
research. Gen Alex 3.0, Power Marker 3.25 and DARwin 6.0 were used to analyze
data in this research has successfully validated the genetic material of oil palm
progeny from the fgenetic material of PT. Socfindo,where genetic purity of SSR
markers was achieved 95% to 100% and molecular variance based on four SSR
markers of was 41.68%.
Keywords : Oil palm, SSR, validation, genetic purity, molecular variance
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Medan, Sumatera Utara, pada tanggal 12 April 1964,
sebagai anak ke 4 dari 8 bersaudara, pasangan Bapak Mohd. Yusuf Djaya dan Ibu
Salbiah. Penulis lulus SMA Negeri 3 Medan pada tahun 1983 dan melanjutkan ke
Fakultas Pertanian IPB, Bogor pada tahun yang sama, dan lulus pada tahun 1988.
Penulis pernah bekerja sebagai Marketing Eksekutive di perusahan pestisida
PT Agricorn, Bogor pada tahun 1988-1990. Dan sejak 1990 hingga sekarang bekerja
di PT Socfin Indonesia, saat ini sebagai Head of Socfindo Seed Production and
Laboratories.
Pada tahun 1999, penulis mengikuti Oil Palm Breeding Course di Cirad,
Montpellier, Perancis selama 3 bulan. Kemudian pada tahun 2008, penulis menjadi
salah seorang anggota team Eksplorasi germplasm kelapa sawit Pemerintah Indonesia
dan Konsorsium germplasm sawit ke Kamerun (Afrika) selama 2 bulan.
Pada tahun 2014, melanjutkan pendidikan pada Program Magister
Agroekoteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sumatera Utara secara mandiri.
Penulis berharap semoga ilmu yang diperoleh bisa bermanfaat untuk penulis, PT
Socfindo, USU dan dunia perkelapa sawitan Indonesia.
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT, Tuhan Yang Maha Esa
karena atas berkat dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan penulisan tesis ini.
Selama melakukan penelitian dan penulisan tesis ini, Penulis banyak
memperoleh bantuan moril dan materil dari berbagai pihak. Oleh karena itu, pada
kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih yang tulus kepada :
1. Bapak Prof. Dr. Runtung Sitepu, SH. M.Hum., selaku Rektor Universitas
Sumatera Utara.
2. Bapak Dr. Ir. Hasanuddin, M.S., selaku Dekan Fakultas Pertanian Universitas
Sumatera Utara.
3. Bapak Prof. Dr. Ir Abdul Rauf, M.P. selaku Ketua Program Studi Magister
Agroekoteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara.
4. Ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si., selaku Ketua Komisi Pembimbing
yang telah membimbing dan mengarahkan penulis dalam menyelesaikan
penulisan tesis ini.
5. Bapak Mohammad Basyuni, S.Hut. M.Si. Ph.D., selaku Anggota Komisi
Pembimbing yang telah membimbing dan mengarahkan penulis dalam
menyelesaikan penulisan tesis ini.
6. Prof. Dr. Ir. Rosmayati, MS.,
Dr. Diana Sofia, SP, MP. Ir. Revandy I.M.
Damanik, M.Sc. Ph.D., selaku Komisi Penguji atas saran dan kritik yang
diberikan.
7. Kedua orang tua Penulis yaitu Bapak Mohd. Yusuf Djaya dan Ibu Salbiah yang
Universitas Sumatera Utara
telah berjuang membesarkan, merawat, dan mendidik penulis selama ini.
8. Mr. Harold Owen Williams yang telah memberikan motivasi kepada Penulis
untuk melanjutkan studi S2 karena setelah 25 tahun lebih meninggalkan dunia
kampus, dan bekerja di perkebunan kelapa sawit, melanjutkan study S2 rasanya
sesuatu yang mustahil.
9. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada semua staf pengajar dan pegawai
di Program Studi Magister Agroekoteknologi yang telah membantu Penulis
dalam menyelesaikan penelitian ini.
10. Semua teman-teman yang membantu yang tidak dapat disebutkan namanya satu
per satu yang telah banyak membantu penulis dalam menyelesaikan proposal
tesis ini.
Penulis menyadari tesis ini masih banyak memiliki kekurangan dan jauh dari
sempurna. Namun, harapan penulis semoga tesis ini bermanfaat kepada seluruh
pembaca. Semoga kiranya Tuhan Yang Maha Esa memberkati kita semua. Amin.
Medan, Juli 2016
Indra Syahputra
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
Halaman
1. Profil Kuantitatif hasil elektroforesis empat marka SSR pada kelapa sawit
material genetik PT Socfindo.......................................................................49
2. Karakteristik hasil persilangan tanaman kelapa sawit PT Socfindo
berdasarkan marka SSR ...............................................................................57
3. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4642 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................60
4. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4556 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................61
5. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4543 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................62
6. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4544 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................63
7. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-5332 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................64
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
Halaman
1.
Visualisasi uji kualitas DNA kelapa sawit dari material genetik
PT Socfindo ................................................................................................... 18
2.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit Sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 21
3.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit Sampel 7-10 (Persilangan
SL-4642), 11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan
primer mCnCIR003820 .................................................................................. 22
4.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 ................................. 23
5.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 23
6.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan
primer mCnCIR0038 ...................................................................................... 24
7.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 ................................. 25
8.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 26
9.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 27
10. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 .................................. 28
11. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (Persilangan SL4642), 11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR0257 .................................................................................................. 28
12. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 ................................. 29
Universitas Sumatera Utara
13. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 .................................. 30
14. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR0257 .................................................................................................. 31
15. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 ................................. 32
16. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257) ................................. 32
17. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 .................................. 33
18. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 .................................. 34
19. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (persilangan
SL-4642), 11-12 (persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan
primer mEgCIR3663 ...................................................................................... 34
20. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 ................................ 35
21. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663) ................................. 36
22. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR3663 .................................................................................................. 37
23. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663I ............................... 38
24. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 .................................. 38
25. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 .................................. 39
26. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 .................................. 40
Universitas Sumatera Utara
27. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (Persilangan
SL-4642), 11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR3785 .................................................................................................. 41
28. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 ................................. 42
29. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer 3785 ................................................ 42
30. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR3785 .................................................................................................. 43
31. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 ................................. 44
32. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 .................................. 45
33. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 .................................. 45
34. Analisis faktorial Principal Coodinates Analysis (PCoA) pada Kelapa
Sawit material genetik PT Socfindo berdasarkan marka SSR ....................... 51
35. Dendogram matrix dissimilarity simple matching Kelapa Sawit material
genetik PT Socfindo berdasarkan marka SSR ............................................... 53
36. Visualisasi alel hasil elektroforesis dengan menggunakan polyacrilamid
gel pada hasil keturunan SL-4544 primer mCnCIR0038 ............................... 66
37. Visualisasi alel hasil elektroforesis dengan menggunakan polyacrilamid
gel pada hasil keturunan SL-5332 primer mEgCIR3663 ............................... 67
38. Visualisasi alel hasil elektroforesis dengan menggunakan polyacrilamid
gel pada hasil keturunan SL-4544 primer ...................................................... 67
39. Produk PCR dengan primer mCnCIR0038pada sampel SL-834, PO-6144
dan 1-6 (SL-4642) .......................................................................................... 77
40. Primer mCnCIR0038 No. Sampel 7-10 (SL-4642), SL-725, PO-5918,
dan 11-12 (SL-4556) ..................................................................................... 77
41. Primer mCnCIR0038 dengan sampel 13 – 26 (SL-4556) .............................. 78
Universitas Sumatera Utara
42. Primer mCnCIR0038 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956), dan
21 – 26 (SL-4543) .......................................................................................... 78
43. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel INB (SL-710), INJ (SL-956),
27-30 (SL-4543), 31-32 (SL-4544)................................................................ 79
44. Primer mCnCIR0038 sambungan 33-40 (SL-4544)....................................... 79
45. Primer mCnCIR0038 sampel, INB (LM-12108) , INJ (SL-710) dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 80
46. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................ 80
47. Primer mEgCIR0257 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-6144) dan
1-6 (SL-4642)................................................................................................. 81
48. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 7-10 (SL-4642), INB (SL-725),
INJ (PO-5918) dan 11-12 (SL-4556) ............................................................. 81
49. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 13-20 (SL-4556) ................................ 82
50. Primer mEgCIR0257 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956) dan
21-26 (SL-4543)............................................................................................. 82
51. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 27-30 (SL-4543), INB SL-710),
INJ (SL-956) dan 31-32 (SL-4544) ............................................................. 83
52. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 33-40 (SL-4544) ......................... 83
53. Primer mEgCIR0257 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 84
54. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................ 84
55. Primer mEgCIR3663 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-614) dan 1-6
(SL-4642) ...................................................................................................... 85
56. Primer mEgCIR3663 dengan sampel INB (SL-725), INJ (PO-5918) , 7-10
(SL-4642) dan 11-12 (SL-4556) .................................................................... 85
57. Primer mEgCIR3663 dengan sampel 13-20 (SL-4556) ................................. 86
58. Primer mEgCIR3663 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956) dan
Universitas Sumatera Utara
21-26 (SL-4543)............................................................................................. 86
59. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel,INB (SL-710), INJ (SL-956),
27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544) .......................................................... 87
60. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel,INB (SL-710), INJ (SL-956),
27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544) .......................................................... 87
61. Primer mEgCIR3663 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 88
62. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................. 88
63. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-834), INJ (PO-6144), 1-6
(SL 4642) ....................................................................................................... 89
64. Primer mE/gCIR3785 dengan sampel,INB (SL-725), INJ (PO-5918), 7-10
(SL-4642) dan 11-12 (SL-4556) ................................................................... 89
65. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel 13-20 (SL-4556) .......................... 90
66. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-726), INJ (SL-956) dan
21-26 (SL-4543)............................................................................................. 90
67. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel,INB (LM-12108), INJ (SL-710),
27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544) ......................................................... 91
68. Primer mEgCIR3785 dengan sampel 33-40 (SL-4544) ................................. 91
69. Primer mEgCIR3785 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-956) dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 92
70. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel, INB (LM12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................. 92
71. Hasil uji kualitas sampel No.14 – No.28 INJ (Jantan), INB (Betina) ............ 93
72. Hasil uji kualitas sampel No.29 – No.43, INJ (Jantan), INB (Betina) ........... 93
73. Hasil uji kualitas sampel No.44 – No.50, X dan Y ........................................ 94
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
1.
Elektroforegram produk PCR primer PCR ............................................... 77
2.
Uji kualitas sampel tanaman kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo.............................................................................................. 93
3.
Hasil uji kuantitas kelapa sawit material genetik PT. Socfindo................ 95
4.
Keragaman Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo dengan menggunakan Power Marker V3.25 ...................... 97
5.
Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5 ............................... 97
6.
Primer SSR yang digunakan dalam penelitian......................................... 98
7.
Jadwal Kegiatan Penelitian ....................................................................... 99
8.
Pembuatan Larutan Stok ........................................................................... 100
9.
Pembuatan Larutan Buffer ........................................................................ 101
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
Hal.
ABSTRAK .................................................................................................................... i
ABSTRACT ................................................................................................................... ii
RIWAYAT HIDUP ...................................................................................................... iii
KATA PENGANTAR .................................................................................................. iii
DAFTAR TABEL ........................................................................................................ vi
DAFTAR GAMBAR .................................................................................................... vii
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................................ xii
DAFTAR ISI................................................................................................................. xiii
PENDAHULUAN ......................................................................................................... 1
Latar Belakang ................................................................................................................ 1
Tujuan Penelitian ............................................................................................................ 3
Kegunaan Penelitian ....................................................................................................... 3
TINJAUAN PUSTAKA ................................................................................................ 4
Botani Tanaman .............................................................................................................. 4
Pemuliaan Kelapa Sawit ................................................................................................. 6
Marka Simple Sequence Repeats (SSR) .......................................................................... 7
BAHAN DAN METODE .............................................................................................. 10
Tempat dan Waktu Penelitian ......................................................................................... 10
Bahan dan Alat ................................................................................................................ 10
Metode Penelitian ........................................................................................................... 10
Prosedur Penelitian ......................................................................................................... 11
Pengambilan Sampel Daun ............................................................................................. 11
Analisis molekuler. ......................................................................................................... 11
Isolasi DNA .................................................................................................................... 11
Uji Kualitas DNA ........................................................................................................... 13
Uji Kuantitas DNA ......................................................................................................... 13
Amplifikasi PCR-Pemilihan Marka Mikrosatelit (SSR) .................................................14
Visualisasi Hasil Amplifikasi dengan Marka SSR ......................................................... 14
Analisis Data ................................................................................................................... 15
HASIL DAN PEMBAHASAN .........................................................................17
Uji Kualitas Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo ................17
Uji Kuantitas Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo ..............19
Profil Elektroforesis Pita Hasil Keturunan Kelapa Sawit Material
Genetik PT Socfindo ...........................................................................................20
Profil Kuantitatif Pola Pita Hasil Keturunan Kelapa Sawit Material
Genetik PT Socfindo ...........................................................................................47
Analisis Faktoral Principal Coordinates Analysis (PCoA) Marka SSR .............50
Analisis Kluster Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo .........53
Universitas Sumatera Utara
Analisis Profil Radial Neighbour-Joining Tree (NJTree) Keturunan
Karakteristik Pita Hasil Persilangan Kelapa Sawit Material Genetik
PT. Socfindo........................................................................................................56
Kemurnian Hasil Persilangan Kelapa Sawit Material Genetik
PT Socfindo.........................................................................................................58
Validasi Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo
Berdasarkan Marka SSR .....................................................................................65
KESIMPULAN DAN SARAN .........................................................................70
Kesimpulan .......................................................................................................70
Saran....................................................................................................................70
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................... 71
Universitas Sumatera Utara
PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA SSR
(SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
TESIS
Oleh
INDRA SYAHPUTRA
147001014/MAET
PROGRAM MAGISTER AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
VALIDASI KETURUNAN KELAPA SAWIT MATERIAL GENETIK
PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA SSR
(SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
TESIS
Diajukan Sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Magister
dalam Program Magister Agroekoteknologi pada Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara
Oleh
INDRA SYAHPUTRA
147001014/MAET
PROGRAM MAGISTER AGROEKOTEKNOLOGI
SEKOLAH PASCASARJANA PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
Judul Tesis
: VALIDASI KETURUNAN KELAPA SAWIT MATERIAL
GENETIK PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA SSR
(SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
Nama Mahasiswa : Indra Syahputra
NIM
: 147001014
Program Studi
: Magister Agroekoteknologi
Menyetujui,
Komisi Pembimbing
(Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si.)
Ketua
(Mohammad Basyuni, S.Hut,M.Si, Ph.D.)
Anggota
Ketua Program Studi
Dekan Fakultas Pertanian
Prof. Dr. Ir. Abdul Rauf, MP
Dr. Ir. Hasanuddin, MS
Tanggal Lulus : 18 Agustus 2016
Universitas Sumatera Utara
Telah diuji pada
Tanggal : 18 Agustus 2016
PANITIA PENGUJI TESIS
Ketua
: Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri, M.Si
Anggota
: Mohammad Basyuni, S. Hut, M.Si, Ph.D
Prof. Dr. Ir. Rosmayati, MS
Dr. Diana Sofia, SP, MP.
Ir. Revandy I.M. Damanik, M.Sc. Ph.D
Universitas Sumatera Utara
PERNYATAAN
Judul Tesis
VALIDASI KETURUNAN KELAPA SAWIT MATERIAL
GENETIK PT SOCFINDO BERDASARKAN MARKA
SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS)
Dengan ini Penulis menyatakan bahwa Tesis ini disusun sebagai
syarat untuk memperoleh gelar Magister Agroekoteknologi pada
Program Studi Magister Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara
adalah benar merupakan karya penulis sendiri.
Adapun pengutipan-pengutipan yang penulis lakukan pada bagianbagian tertentu dari hasil karya orang lain dalam penulisan Tesis ini,
telah Penulis cantumkan sumbernya secara jelas sesuai dengan norma,
kaidah, dan etika penulisan ilmiah.
Apabila dikemudian hari ternyata ditemukan seluruh atau sebagian
Tesis ini bukan hasil karya penulis sendiri atau adanya plagiat dalam
bagian-bagian tertentum Penulis bersedia menerima sanksi pencabutan
gelar akademik yang penulis sandang dan sanksi-sanksi lainnya sesuai
dengan peraturan perundangan yang berlaku.
Medan, Oktober 2016
Penulis,
Materai 6000
Indra Syahputra
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
Indra Syahputra, Validasi Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT. Socfindo
Berdasarkan Marka SSR (Simple Sequence Repeats). Dibimbing oleh Dr. Ir. Lollie
Agustina P.Putri, M.Si. dan Mohammad Basyuni, S.Hut., M.Si., Ph.D.
Tanaman kelapa sawit merupakan tanaman penghasil devisa terbesar bagi
Indonesia, oleh sebab itu perakitan varietas unggul terus dilakukan. Validasi dengan
teknik molekuler dapat membantu proses identifikasi keurunan kelapa sawit dengan
hasil yang lebih cepat dan akurat dibandingkan dengan cara konvensional. Tujuan
penelitian ini adalah untuk menganalisis kandidat primer yang dapat memvalidasi
turunan kelapa sawit, kemurnian genetik dan tingkat keragaman molekuler tanaman
kelapa sawit material genetik PT. Socfindo berdasarkan marka SSR. Bahan yang
digunakan pada penelitian adalah 5 turunan kelapa sawit material generik PT.
Socfindo. Primer yang digunakan pada penelitian ini antara lain mCnCIR0038,
mEgCIR0894, mEgCIR3292 dan mEgCIR3663. Analisis data dilakukan dengan
menggunakan Softwere Gen Alex 3.0, Power Marker 3.25 dan DARwin 6.0.
Kesimpulan penelitian ini menunjukkan bahwa primer mCnCIR0038, primer
mEgCIR3785, primer mEgCIR3663 dan primer mEgCIR0257 telah berhasil
memvalidasi turunan kelapa sawit material genetik PT. Socfindo, kemurnian genetik
berdasarkan empat marka SSR mencapai 95 % sampai dengan 100% dan tingkat
keragaman molekuler berdasarkan empat marka SSR sebesar 41.68%.
Kata kunci : Kelapa sawit, SSR, validasi, kemurnian genetik, keragaman molekuler
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
Indra Syahputra, Validation of Oil Palm Progeny from Genetic Material of PT.
Socfindo Based on SSR Marker (Simple Sequence Repeats) supervised by Dr. Ir.
Lollie Agustina P.Putri, M.Si. dan Mohammad Basyuni, S.Hut., M.Si., Ph.D.
Oil palm is the plant's largest foreign exchange earner for Indonesia,
therefore the assembly of high-yielding progeny has been continuously done.
Validation results with molecular techniques to assist in the identification of oil palm
progeny more quickly and accurately than the conventional way. The purpose of this
study was to analyze the primer candidate to validate oil palm progeny, genetic
purity and genetic diversity at the molecular level from the genetic material of PT.
Socfindo based on SSR marker. There were 5 palm genetic materials and 4 primers
(mCnCIR0038, mEgCIR0894, mEgCIR3292 dan mEgCIR3663) were used in this
research. Gen Alex 3.0, Power Marker 3.25 and DARwin 6.0 were used to analyze
data in this research has successfully validated the genetic material of oil palm
progeny from the fgenetic material of PT. Socfindo,where genetic purity of SSR
markers was achieved 95% to 100% and molecular variance based on four SSR
markers of was 41.68%.
Keywords : Oil palm, SSR, validation, genetic purity, molecular variance
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Medan, Sumatera Utara, pada tanggal 12 April 1964,
sebagai anak ke 4 dari 8 bersaudara, pasangan Bapak Mohd. Yusuf Djaya dan Ibu
Salbiah. Penulis lulus SMA Negeri 3 Medan pada tahun 1983 dan melanjutkan ke
Fakultas Pertanian IPB, Bogor pada tahun yang sama, dan lulus pada tahun 1988.
Penulis pernah bekerja sebagai Marketing Eksekutive di perusahan pestisida
PT Agricorn, Bogor pada tahun 1988-1990. Dan sejak 1990 hingga sekarang bekerja
di PT Socfin Indonesia, saat ini sebagai Head of Socfindo Seed Production and
Laboratories.
Pada tahun 1999, penulis mengikuti Oil Palm Breeding Course di Cirad,
Montpellier, Perancis selama 3 bulan. Kemudian pada tahun 2008, penulis menjadi
salah seorang anggota team Eksplorasi germplasm kelapa sawit Pemerintah Indonesia
dan Konsorsium germplasm sawit ke Kamerun (Afrika) selama 2 bulan.
Pada tahun 2014, melanjutkan pendidikan pada Program Magister
Agroekoteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sumatera Utara secara mandiri.
Penulis berharap semoga ilmu yang diperoleh bisa bermanfaat untuk penulis, PT
Socfindo, USU dan dunia perkelapa sawitan Indonesia.
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT, Tuhan Yang Maha Esa
karena atas berkat dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan penulisan tesis ini.
Selama melakukan penelitian dan penulisan tesis ini, Penulis banyak
memperoleh bantuan moril dan materil dari berbagai pihak. Oleh karena itu, pada
kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih yang tulus kepada :
1. Bapak Prof. Dr. Runtung Sitepu, SH. M.Hum., selaku Rektor Universitas
Sumatera Utara.
2. Bapak Dr. Ir. Hasanuddin, M.S., selaku Dekan Fakultas Pertanian Universitas
Sumatera Utara.
3. Bapak Prof. Dr. Ir Abdul Rauf, M.P. selaku Ketua Program Studi Magister
Agroekoteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara.
4. Ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si., selaku Ketua Komisi Pembimbing
yang telah membimbing dan mengarahkan penulis dalam menyelesaikan
penulisan tesis ini.
5. Bapak Mohammad Basyuni, S.Hut. M.Si. Ph.D., selaku Anggota Komisi
Pembimbing yang telah membimbing dan mengarahkan penulis dalam
menyelesaikan penulisan tesis ini.
6. Prof. Dr. Ir. Rosmayati, MS.,
Dr. Diana Sofia, SP, MP. Ir. Revandy I.M.
Damanik, M.Sc. Ph.D., selaku Komisi Penguji atas saran dan kritik yang
diberikan.
7. Kedua orang tua Penulis yaitu Bapak Mohd. Yusuf Djaya dan Ibu Salbiah yang
Universitas Sumatera Utara
telah berjuang membesarkan, merawat, dan mendidik penulis selama ini.
8. Mr. Harold Owen Williams yang telah memberikan motivasi kepada Penulis
untuk melanjutkan studi S2 karena setelah 25 tahun lebih meninggalkan dunia
kampus, dan bekerja di perkebunan kelapa sawit, melanjutkan study S2 rasanya
sesuatu yang mustahil.
9. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada semua staf pengajar dan pegawai
di Program Studi Magister Agroekoteknologi yang telah membantu Penulis
dalam menyelesaikan penelitian ini.
10. Semua teman-teman yang membantu yang tidak dapat disebutkan namanya satu
per satu yang telah banyak membantu penulis dalam menyelesaikan proposal
tesis ini.
Penulis menyadari tesis ini masih banyak memiliki kekurangan dan jauh dari
sempurna. Namun, harapan penulis semoga tesis ini bermanfaat kepada seluruh
pembaca. Semoga kiranya Tuhan Yang Maha Esa memberkati kita semua. Amin.
Medan, Juli 2016
Indra Syahputra
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
Halaman
1. Profil Kuantitatif hasil elektroforesis empat marka SSR pada kelapa sawit
material genetik PT Socfindo.......................................................................49
2. Karakteristik hasil persilangan tanaman kelapa sawit PT Socfindo
berdasarkan marka SSR ...............................................................................57
3. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4642 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................60
4. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4556 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................61
5. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4543 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................62
6. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-4544 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................63
7. Keragaman alel dan persentase kecocokan alel dengan tetua pada varietas
SL-5332 berdasarkan 4 marka SSR .............................................................64
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
Halaman
1.
Visualisasi uji kualitas DNA kelapa sawit dari material genetik
PT Socfindo ................................................................................................... 18
2.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit Sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 21
3.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit Sampel 7-10 (Persilangan
SL-4642), 11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan
primer mCnCIR003820 .................................................................................. 22
4.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 ................................. 23
5.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 23
6.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan
primer mCnCIR0038 ...................................................................................... 24
7.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 ................................. 25
8.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 26
9.
Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038 .................................. 27
10. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 .................................. 28
11. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (Persilangan SL4642), 11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR0257 .................................................................................................. 28
12. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 ................................. 29
Universitas Sumatera Utara
13. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 .................................. 30
14. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR0257 .................................................................................................. 31
15. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 ................................. 32
16. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257) ................................. 32
17. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 .................................. 33
18. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 .................................. 34
19. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (persilangan
SL-4642), 11-12 (persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan
primer mEgCIR3663 ...................................................................................... 34
20. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 ................................ 35
21. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663) ................................. 36
22. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR3663 .................................................................................................. 37
23. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663I ............................... 38
24. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 .................................. 38
25. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663 .................................. 39
26. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan
SL-4642) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 .................................. 40
Universitas Sumatera Utara
27. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (Persilangan
SL-4642), 11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR3785 .................................................................................................. 41
28. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan
SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 ................................. 42
29. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan
SL-4543) Socfindo berdasarkan primer 3785 ................................................ 42
30. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan
SL-4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer
mEgCIR3785 .................................................................................................. 43
31. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan
SL-4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 ................................. 44
32. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 .................................. 45
33. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan
SL-5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 .................................. 45
34. Analisis faktorial Principal Coodinates Analysis (PCoA) pada Kelapa
Sawit material genetik PT Socfindo berdasarkan marka SSR ....................... 51
35. Dendogram matrix dissimilarity simple matching Kelapa Sawit material
genetik PT Socfindo berdasarkan marka SSR ............................................... 53
36. Visualisasi alel hasil elektroforesis dengan menggunakan polyacrilamid
gel pada hasil keturunan SL-4544 primer mCnCIR0038 ............................... 66
37. Visualisasi alel hasil elektroforesis dengan menggunakan polyacrilamid
gel pada hasil keturunan SL-5332 primer mEgCIR3663 ............................... 67
38. Visualisasi alel hasil elektroforesis dengan menggunakan polyacrilamid
gel pada hasil keturunan SL-4544 primer ...................................................... 67
39. Produk PCR dengan primer mCnCIR0038pada sampel SL-834, PO-6144
dan 1-6 (SL-4642) .......................................................................................... 77
40. Primer mCnCIR0038 No. Sampel 7-10 (SL-4642), SL-725, PO-5918,
dan 11-12 (SL-4556) ..................................................................................... 77
41. Primer mCnCIR0038 dengan sampel 13 – 26 (SL-4556) .............................. 78
Universitas Sumatera Utara
42. Primer mCnCIR0038 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956), dan
21 – 26 (SL-4543) .......................................................................................... 78
43. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel INB (SL-710), INJ (SL-956),
27-30 (SL-4543), 31-32 (SL-4544)................................................................ 79
44. Primer mCnCIR0038 sambungan 33-40 (SL-4544)....................................... 79
45. Primer mCnCIR0038 sampel, INB (LM-12108) , INJ (SL-710) dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 80
46. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................ 80
47. Primer mEgCIR0257 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-6144) dan
1-6 (SL-4642)................................................................................................. 81
48. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 7-10 (SL-4642), INB (SL-725),
INJ (PO-5918) dan 11-12 (SL-4556) ............................................................. 81
49. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 13-20 (SL-4556) ................................ 82
50. Primer mEgCIR0257 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956) dan
21-26 (SL-4543)............................................................................................. 82
51. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 27-30 (SL-4543), INB SL-710),
INJ (SL-956) dan 31-32 (SL-4544) ............................................................. 83
52. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 33-40 (SL-4544) ......................... 83
53. Primer mEgCIR0257 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 84
54. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................ 84
55. Primer mEgCIR3663 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-614) dan 1-6
(SL-4642) ...................................................................................................... 85
56. Primer mEgCIR3663 dengan sampel INB (SL-725), INJ (PO-5918) , 7-10
(SL-4642) dan 11-12 (SL-4556) .................................................................... 85
57. Primer mEgCIR3663 dengan sampel 13-20 (SL-4556) ................................. 86
58. Primer mEgCIR3663 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956) dan
Universitas Sumatera Utara
21-26 (SL-4543)............................................................................................. 86
59. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel,INB (SL-710), INJ (SL-956),
27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544) .......................................................... 87
60. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel,INB (SL-710), INJ (SL-956),
27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544) .......................................................... 87
61. Primer mEgCIR3663 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 88
62. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................. 88
63. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-834), INJ (PO-6144), 1-6
(SL 4642) ....................................................................................................... 89
64. Primer mE/gCIR3785 dengan sampel,INB (SL-725), INJ (PO-5918), 7-10
(SL-4642) dan 11-12 (SL-4556) ................................................................... 89
65. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel 13-20 (SL-4556) .......................... 90
66. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-726), INJ (SL-956) dan
21-26 (SL-4543)............................................................................................. 90
67. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel,INB (LM-12108), INJ (SL-710),
27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544) ......................................................... 91
68. Primer mEgCIR3785 dengan sampel 33-40 (SL-4544) ................................. 91
69. Primer mEgCIR3785 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-956) dan 41-46
(SL-5332) ....................................................................................................... 92
70. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel, INB (LM12108), INJ (SL-710),
47-50 (SL-5332), X dan Y ............................................................................. 92
71. Hasil uji kualitas sampel No.14 – No.28 INJ (Jantan), INB (Betina) ............ 93
72. Hasil uji kualitas sampel No.29 – No.43, INJ (Jantan), INB (Betina) ........... 93
73. Hasil uji kualitas sampel No.44 – No.50, X dan Y ........................................ 94
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
1.
Elektroforegram produk PCR primer PCR ............................................... 77
2.
Uji kualitas sampel tanaman kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo.............................................................................................. 93
3.
Hasil uji kuantitas kelapa sawit material genetik PT. Socfindo................ 95
4.
Keragaman Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo dengan menggunakan Power Marker V3.25 ...................... 97
5.
Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5 ............................... 97
6.
Primer SSR yang digunakan dalam penelitian......................................... 98
7.
Jadwal Kegiatan Penelitian ....................................................................... 99
8.
Pembuatan Larutan Stok ........................................................................... 100
9.
Pembuatan Larutan Buffer ........................................................................ 101
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
Hal.
ABSTRAK .................................................................................................................... i
ABSTRACT ................................................................................................................... ii
RIWAYAT HIDUP ...................................................................................................... iii
KATA PENGANTAR .................................................................................................. iii
DAFTAR TABEL ........................................................................................................ vi
DAFTAR GAMBAR .................................................................................................... vii
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................................ xii
DAFTAR ISI................................................................................................................. xiii
PENDAHULUAN ......................................................................................................... 1
Latar Belakang ................................................................................................................ 1
Tujuan Penelitian ............................................................................................................ 3
Kegunaan Penelitian ....................................................................................................... 3
TINJAUAN PUSTAKA ................................................................................................ 4
Botani Tanaman .............................................................................................................. 4
Pemuliaan Kelapa Sawit ................................................................................................. 6
Marka Simple Sequence Repeats (SSR) .......................................................................... 7
BAHAN DAN METODE .............................................................................................. 10
Tempat dan Waktu Penelitian ......................................................................................... 10
Bahan dan Alat ................................................................................................................ 10
Metode Penelitian ........................................................................................................... 10
Prosedur Penelitian ......................................................................................................... 11
Pengambilan Sampel Daun ............................................................................................. 11
Analisis molekuler. ......................................................................................................... 11
Isolasi DNA .................................................................................................................... 11
Uji Kualitas DNA ........................................................................................................... 13
Uji Kuantitas DNA ......................................................................................................... 13
Amplifikasi PCR-Pemilihan Marka Mikrosatelit (SSR) .................................................14
Visualisasi Hasil Amplifikasi dengan Marka SSR ......................................................... 14
Analisis Data ................................................................................................................... 15
HASIL DAN PEMBAHASAN .........................................................................17
Uji Kualitas Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo ................17
Uji Kuantitas Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo ..............19
Profil Elektroforesis Pita Hasil Keturunan Kelapa Sawit Material
Genetik PT Socfindo ...........................................................................................20
Profil Kuantitatif Pola Pita Hasil Keturunan Kelapa Sawit Material
Genetik PT Socfindo ...........................................................................................47
Analisis Faktoral Principal Coordinates Analysis (PCoA) Marka SSR .............50
Analisis Kluster Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo .........53
Universitas Sumatera Utara
Analisis Profil Radial Neighbour-Joining Tree (NJTree) Keturunan
Karakteristik Pita Hasil Persilangan Kelapa Sawit Material Genetik
PT. Socfindo........................................................................................................56
Kemurnian Hasil Persilangan Kelapa Sawit Material Genetik
PT Socfindo.........................................................................................................58
Validasi Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo
Berdasarkan Marka SSR .....................................................................................65
KESIMPULAN DAN SARAN .........................................................................70
Kesimpulan .......................................................................................................70
Saran....................................................................................................................70
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................... 71
Universitas Sumatera Utara