Validasi Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT. Socfindo Berdasarkan Marka SSR (Simple Sequence Repeats)
Lampiran 1. Elektroforegeram produk PCR primer SSR
Gambar 39 . Produk PCR dengan primer mCnCIR0038pada sampel SL-834, PO6144 dan 1-6 (SL-4642)
Gambar 40. Primer mCnCIR0038 No. Sampel 7-10 (SL-4642), SL-725, PO-5918,
dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 3. Primer 0038 sambungan 13-20 (SL-4556)
Gambar 41. Primer mCnCIR0038 dengan sampel 13 – 26 (SL-4556)
Gambar 42. Primer mCnCIR0038 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956),
dan 21 – 26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 43. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel INB (SL-710), INJ
(SL-956), 27-30 (SL-4543), 31-32 (SL-4544)
Gambar 44. Primer mCnCIR0038 sambungan 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 45. Primer mCnCIR0038 sampel, INB (LM-12108) , INJ (SL-710) dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 46. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ
(SL-710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Gambar 47. Primer mEgCIR0257 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-6144)
dan1-6 (SL-4642)
Gambar 48. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 7-10 (SL-4642), INB (SL-725),
INJ (PO-5918) dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 49. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 50. Primer mEgCIR0257 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956)
dan 21-26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 51. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 27-30 (SL-4543), INB SL710), INJ (SL-956) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 52. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 53. Primer mEgCIR0257 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 54. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Gambar 55. Primer mEgCIR3663 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-614)
dan 1-6 (SL-4642)
Gambar 56. Primer mEgCIR3663 dengan sampel INB (SL-725), INJ (PO-5918) ,
7-10 (SL-4642) dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 57. Primer mEgCIR3663 dengan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 58. Primer mEgCIR3663 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956)
dan 21-26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 59. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel,INB (SL-710), INJ (SL956), 27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 60. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel, 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 61. Primer mEgCIR3663 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 62. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Gambar 63. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-834), INJ (PO-6144),
1-6 (SL 4642)
Gambar 64. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-725), INJ (PO-5918),
7-10 (SL-4642) dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar . Primer mEgCIR3785 sambungan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 66. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-726), INJ (SL-956)
dan 21-26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 67. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel,INB (LM-12108), INJ (SL710), 27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 68. Primer mEgCIR3785 dengan sampel 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 69. Primer mEgCIR3785 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-956) dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 70. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel, INB (LM12108), INJ (SL710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 2. Uji kualitas sampel tanaman kelapa sawit material genetik PT.
Socfindo
14 15 16 17 18
19 20 INB INJ 21 22 23 24 25 26
27 28
Gambar 71. Hasil uji kualitas sampel No.14 – No.28 INJ (Jantan), INB (Betina)
29 30 31 32 33 34
35 36 37 38
39 40 INJ INB 41 42 43
Gambar 72. Hasil uji kualitas sampel No.29 – No.43, INJ (Jantan), INB (Betina)
Universitas Sumatera Utara
44
45
46
47
48
49
50
X
Y
Gambar 73. Hasil uji kualitas sampel No.44 – No.50, X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 3. Hasil uji kuantitas kelapa sawit material genetik PT. Socfindo
No.
urut
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
Sampel
INB
INJ
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
INB
INJ
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
INB
INJ
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
INJ
INB
31
32
33
OD280
(abs)
0.75
0.71
0.87
1.51
1.10
1.31
1.22
1.36
1.04
0.91
1.15
1.43
1.50
0.84
0.83
0.54
0.25
0.66
0.81
0.79
0.84
1.19
0.79
0.64
1.07
0.98
1.21
0.80
0.90
0.96
1.02
0.90
0.80
0.64
1.20
0.90
0.44
4.21
0.62
0.49
0.57
OD260
(abs)
1.01
1.10
1.45
2.06
1.73
1.81
1.71
1.86
1.65
1.40
1.66
1.94
2.34
1.30
1.32
0.84
0.47
1.04
1.20
1.34
1.28
1.79
1.10
0.91
1.81
1.66
1.99
1.37
1.57
1.51
1.70
1.46
1.39
1.08
1.94
1.44
0.62
4.54
0.98
0.84
0.96
OD260/
OD280
1.36
1.54
1.67
1.36
1.57
1.38
1.41
1.37
1.58
1.54
1.45
1.35
1.56
1.55
1.59
1.57
1.89
1.59
1.49
1.70
1.53
1.50
1.38
1.41
1.70
1.70
1.64
1.71
1.74
1.58
1.66
1.62
1.74
1.68
1.62
1.61
1.40
1.08
1.59
1.70
1.70
DsDNA
(ng/uL)
38.01
50.10
74.88
69.42
81.25
64.44
62.98
65.42
74.15
62.14
63.34
64.20
104.69
59.64
62.83
40.12
31.23
53.40
50.37
68.83
56.48
72.41
41.74
35.50
87.44
79.19
94.03
69.97
78.38
65.54
81.73
66.98
70.07
53.73
89.55
71.64
28.75
54.89
50.27
45.66
53.91
Konsentrasi
Akhir
35.00
50.00
70.00
65.00
80.00
60.00
60.00
65.00
70.00
60.00
60.00
60.00
100.00
55.00
60.00
40.00
30.00
50.00
50.00
65.00
55.00
70.00
40.00
35.00
85.00
75.00
90.00
65.00
75.00
65.00
80.00
65.00
70.00
50.00
85.00
70.00
25.00
50.00
50.00
45.00
50.00
Universitas Sumatera Utara
Lanjutan lampiran 3.
Socfindo
No.
urut
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
Sampel
34
35
36
37
38
39
40
INJ
INB
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
X
Y
Hasil uji kuantitas kelapa sawit material genetik PT.
OD280
(abs)
0.46
0.49
0.33
0.41
0.27
0.44
0.54
0.98
2.06
0.50
0.58
0.31
0.40
0.42
0.41
0.28
0.55
0.23
0.47
2.48
2.89
OD260
(abs)
0.84
0.74
0.56
0.54
0.52
0.62
0.78
1.66
3.52
0.74
0.82
0.42
0.55
0.64
0.61
0.42
0.81
0.38
0.73
5.25
5.41
OD260/
OD280
1.82
1.50
1.66
1.32
1.94
1.41
1.45
1.70
1.71
1.46
1.42
1.36
1.36
1.53
1.48
1.50
1.47
1.62
1.56
2.11
1.87
DsDNA
(ng/uL)
49.31
34.75
28.95
21.03
32.74
26.57
36.57
79.19
174.02
36.78
40.94
20.92
27.51
32.00
30.57
21.18
40.69
18.90
36.49
292.90
270.66
Konsentrasi
Akhir
45.00
30.00
25.00
20.00
30.00
25.00
35.00
75.00
170.00
35.00
40.00
20.00
25.00
30.00
30.00
20.00
40.00
15.00
35.00
290.00
270.00
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 4. Keragaman Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo dengan menggunakan Power Marker V3.25
Marker
mCnCIR0038
mEgCIR3785
mEgCIR3663
mEgCIR0257
Mean
Sample
Size
No. of obs.
Allele
Number
Gene
Diversity
Heterozygosity
PIC
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
11.0000
11.0000
20.0000
17.0000
0.8714
0.8711
0.9188
0.9092
0.8065
0.9677
0.9677
1.0000
0.8583
0.8594
0.9132
0.9021
62.0000
62.0000
14.7500
0.8926
0.9355
0.8833
Lampiran 5. Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik PT.
Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5
Allele List for Codominant Data
Data Sheet
Sheet1
Data Title
Codominant Data-Fragment size
No. Loci
4
No. Samples
62
No. Pops.
6
Alleles
94
96
97
102
105
106
108
109
110
112
121
122
183
187
190
193
194
198
203
204
205
206
mCnCIR0038
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
mEgCIR3785
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
mEgCIR3663
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
1
0
1
1
1
mEgCIR0257
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
Lanjutan lampiran 5. Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material
genetik PT. Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5
Alleles
207
209
211
212
213
214
215
216
217
219
220
224
225
226
227
229
232
234
235
241
250
255
259
260
267
268
269
270
277
279
280
282
293
Total No. Alleles
mCnCIR0038
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11
mEgCIR3785
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
11
mEgCIR3663
0
1
1
1
1
0
1
0
1
0
1
0
1
1
0
0
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
20
mEgCIR0257
1
0
0
0
0
1
0
1
0
1
1
1
0
0
1
1
0
1
1
1
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
17
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 6. Primer SSR yang digunakan dalam penelitian
No.
1.
2.
3.
4.
Nama Primer
mCnCIR0038
mEgCIR0257
mEgCIR3785
mEgCIR3663
Forward sequence (5’-3’)
CAAGTATATGTGTGTGTATGC
TGCTTCTTGTCCTTGATACA
AGCCATGAGTGAATCATATC
AGCAAAATGGCAAAGGAGAG
Reverse Squence (5’-3’)
ATCTGCTGTTGATTATGG
CCACGTCTACGAAATGATAA
ACCACGATGTCAATCTCTAT
GGTGTGTGCTATGGAAGATCATAGT
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 7. Jadwal Kegiatan Penelitian
Waktu Kegiatan (Minggu Ke-)
No.
Kegiatan
1
1.
2
3.
4.
5.
6.
7.
8.
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
Pengambilan sampel
daun
Isolasi DNA
Uji kualitas DNA
Uji kuantitas DNA
Optimasi suhu
amplifikasi DNA
Amplifikasi DNA
Visualisasi hasil
amplifikasi DNA
Analisis data
- Panjang alel
- PIC value
- Validasi
- Filogenetik
9.
Pembuatan
pembahasan tesis
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8. Pembuatan Larutan Stok
CTAB 5% (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 2 g dan CTAB sebanyak 5 g.
Masukkan bahan kimia kedalam erlemeyer dan ditambahkan dengan akuades 100
ml. Kemudian diaduk dengan menggunakan stirrer diatas hot plate.
Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml) : Timbang tris sebanyak 12.114 g. Masukkan tris
ke dalam erlemeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan
dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan di atas hot plate. Selanjutnya
ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8.
Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades
hingga volume larutan mencapai 100 ml.
EDTA 0.5 M pH7.4 (50 m) : Timbang EDTA sebanyak 18.612 g dan NaOH 2 g.
Masukkan bahan kimia ke dalam erlemeyer dan ditamabhakan aquades 80 ml.
Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hot plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aqudes hingga volume larutan menjadi 100 ml.
NaCl 5 M (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 29.22 g. Masukkan ke dalam
erlemeyer dan ditambahkan aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hot plate. Masukkan ke dalam
gelas ukur, kemudian ditempatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
** Semua bahan diatas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB
5%.
Lampiran 9. Pembuatan Larutan Buffer
Universitas Sumatera Utara
Buffer ekstraksi CTAB (100ml) : Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml. aquades.
Buffer TAE 50 X (100 ml) : Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M, pH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.
Buffer TAE 1X (500 ml) : Campurkan 10 ml buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 ml EDTA, 0.5
M pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml kloroform dan 2 ml
isoamilalkohol.
Etanol 70% (100 ml) : Campurkan 70 ml etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara
Gambar 39 . Produk PCR dengan primer mCnCIR0038pada sampel SL-834, PO6144 dan 1-6 (SL-4642)
Gambar 40. Primer mCnCIR0038 No. Sampel 7-10 (SL-4642), SL-725, PO-5918,
dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 3. Primer 0038 sambungan 13-20 (SL-4556)
Gambar 41. Primer mCnCIR0038 dengan sampel 13 – 26 (SL-4556)
Gambar 42. Primer mCnCIR0038 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956),
dan 21 – 26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 43. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel INB (SL-710), INJ
(SL-956), 27-30 (SL-4543), 31-32 (SL-4544)
Gambar 44. Primer mCnCIR0038 sambungan 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 45. Primer mCnCIR0038 sampel, INB (LM-12108) , INJ (SL-710) dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 46. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ
(SL-710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Gambar 47. Primer mEgCIR0257 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-6144)
dan1-6 (SL-4642)
Gambar 48. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 7-10 (SL-4642), INB (SL-725),
INJ (PO-5918) dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 49. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 50. Primer mEgCIR0257 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956)
dan 21-26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 51. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 27-30 (SL-4543), INB SL710), INJ (SL-956) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 52. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 53. Primer mEgCIR0257 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 54. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Gambar 55. Primer mEgCIR3663 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-614)
dan 1-6 (SL-4642)
Gambar 56. Primer mEgCIR3663 dengan sampel INB (SL-725), INJ (PO-5918) ,
7-10 (SL-4642) dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 57. Primer mEgCIR3663 dengan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 58. Primer mEgCIR3663 dengan sampel, INB (SL-726), INJ (SL-956)
dan 21-26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 59. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel,INB (SL-710), INJ (SL956), 27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 60. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel, 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 61. Primer mEgCIR3663 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 62. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel, INB (LM-12108), INJ (SL710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Gambar 63. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-834), INJ (PO-6144),
1-6 (SL 4642)
Gambar 64. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-725), INJ (PO-5918),
7-10 (SL-4642) dan 11-12 (SL-4556)
Universitas Sumatera Utara
Gambar . Primer mEgCIR3785 sambungan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 66. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-726), INJ (SL-956)
dan 21-26 (SL-4543)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 67. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel,INB (LM-12108), INJ (SL710), 27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 68. Primer mEgCIR3785 dengan sampel 33-40 (SL-4544)
Universitas Sumatera Utara
Gambar 69. Primer mEgCIR3785 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-956) dan
41-46 (SL-5332)
Gambar 70. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel, INB (LM12108), INJ (SL710), 47-50 (SL-5332), X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 2. Uji kualitas sampel tanaman kelapa sawit material genetik PT.
Socfindo
14 15 16 17 18
19 20 INB INJ 21 22 23 24 25 26
27 28
Gambar 71. Hasil uji kualitas sampel No.14 – No.28 INJ (Jantan), INB (Betina)
29 30 31 32 33 34
35 36 37 38
39 40 INJ INB 41 42 43
Gambar 72. Hasil uji kualitas sampel No.29 – No.43, INJ (Jantan), INB (Betina)
Universitas Sumatera Utara
44
45
46
47
48
49
50
X
Y
Gambar 73. Hasil uji kualitas sampel No.44 – No.50, X dan Y
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 3. Hasil uji kuantitas kelapa sawit material genetik PT. Socfindo
No.
urut
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
Sampel
INB
INJ
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
INB
INJ
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
INB
INJ
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
INJ
INB
31
32
33
OD280
(abs)
0.75
0.71
0.87
1.51
1.10
1.31
1.22
1.36
1.04
0.91
1.15
1.43
1.50
0.84
0.83
0.54
0.25
0.66
0.81
0.79
0.84
1.19
0.79
0.64
1.07
0.98
1.21
0.80
0.90
0.96
1.02
0.90
0.80
0.64
1.20
0.90
0.44
4.21
0.62
0.49
0.57
OD260
(abs)
1.01
1.10
1.45
2.06
1.73
1.81
1.71
1.86
1.65
1.40
1.66
1.94
2.34
1.30
1.32
0.84
0.47
1.04
1.20
1.34
1.28
1.79
1.10
0.91
1.81
1.66
1.99
1.37
1.57
1.51
1.70
1.46
1.39
1.08
1.94
1.44
0.62
4.54
0.98
0.84
0.96
OD260/
OD280
1.36
1.54
1.67
1.36
1.57
1.38
1.41
1.37
1.58
1.54
1.45
1.35
1.56
1.55
1.59
1.57
1.89
1.59
1.49
1.70
1.53
1.50
1.38
1.41
1.70
1.70
1.64
1.71
1.74
1.58
1.66
1.62
1.74
1.68
1.62
1.61
1.40
1.08
1.59
1.70
1.70
DsDNA
(ng/uL)
38.01
50.10
74.88
69.42
81.25
64.44
62.98
65.42
74.15
62.14
63.34
64.20
104.69
59.64
62.83
40.12
31.23
53.40
50.37
68.83
56.48
72.41
41.74
35.50
87.44
79.19
94.03
69.97
78.38
65.54
81.73
66.98
70.07
53.73
89.55
71.64
28.75
54.89
50.27
45.66
53.91
Konsentrasi
Akhir
35.00
50.00
70.00
65.00
80.00
60.00
60.00
65.00
70.00
60.00
60.00
60.00
100.00
55.00
60.00
40.00
30.00
50.00
50.00
65.00
55.00
70.00
40.00
35.00
85.00
75.00
90.00
65.00
75.00
65.00
80.00
65.00
70.00
50.00
85.00
70.00
25.00
50.00
50.00
45.00
50.00
Universitas Sumatera Utara
Lanjutan lampiran 3.
Socfindo
No.
urut
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
Sampel
34
35
36
37
38
39
40
INJ
INB
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
X
Y
Hasil uji kuantitas kelapa sawit material genetik PT.
OD280
(abs)
0.46
0.49
0.33
0.41
0.27
0.44
0.54
0.98
2.06
0.50
0.58
0.31
0.40
0.42
0.41
0.28
0.55
0.23
0.47
2.48
2.89
OD260
(abs)
0.84
0.74
0.56
0.54
0.52
0.62
0.78
1.66
3.52
0.74
0.82
0.42
0.55
0.64
0.61
0.42
0.81
0.38
0.73
5.25
5.41
OD260/
OD280
1.82
1.50
1.66
1.32
1.94
1.41
1.45
1.70
1.71
1.46
1.42
1.36
1.36
1.53
1.48
1.50
1.47
1.62
1.56
2.11
1.87
DsDNA
(ng/uL)
49.31
34.75
28.95
21.03
32.74
26.57
36.57
79.19
174.02
36.78
40.94
20.92
27.51
32.00
30.57
21.18
40.69
18.90
36.49
292.90
270.66
Konsentrasi
Akhir
45.00
30.00
25.00
20.00
30.00
25.00
35.00
75.00
170.00
35.00
40.00
20.00
25.00
30.00
30.00
20.00
40.00
15.00
35.00
290.00
270.00
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 4. Keragaman Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik
PT. Socfindo dengan menggunakan Power Marker V3.25
Marker
mCnCIR0038
mEgCIR3785
mEgCIR3663
mEgCIR0257
Mean
Sample
Size
No. of obs.
Allele
Number
Gene
Diversity
Heterozygosity
PIC
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
62.0000
11.0000
11.0000
20.0000
17.0000
0.8714
0.8711
0.9188
0.9092
0.8065
0.9677
0.9677
1.0000
0.8583
0.8594
0.9132
0.9021
62.0000
62.0000
14.7500
0.8926
0.9355
0.8833
Lampiran 5. Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik PT.
Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5
Allele List for Codominant Data
Data Sheet
Sheet1
Data Title
Codominant Data-Fragment size
No. Loci
4
No. Samples
62
No. Pops.
6
Alleles
94
96
97
102
105
106
108
109
110
112
121
122
183
187
190
193
194
198
203
204
205
206
mCnCIR0038
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
mEgCIR3785
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
mEgCIR3663
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
1
0
1
1
1
mEgCIR0257
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
Lanjutan lampiran 5. Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material
genetik PT. Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5
Alleles
207
209
211
212
213
214
215
216
217
219
220
224
225
226
227
229
232
234
235
241
250
255
259
260
267
268
269
270
277
279
280
282
293
Total No. Alleles
mCnCIR0038
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11
mEgCIR3785
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
11
mEgCIR3663
0
1
1
1
1
0
1
0
1
0
1
0
1
1
0
0
1
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
20
mEgCIR0257
1
0
0
0
0
1
0
1
0
1
1
1
0
0
1
1
0
1
1
1
0
1
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
17
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 6. Primer SSR yang digunakan dalam penelitian
No.
1.
2.
3.
4.
Nama Primer
mCnCIR0038
mEgCIR0257
mEgCIR3785
mEgCIR3663
Forward sequence (5’-3’)
CAAGTATATGTGTGTGTATGC
TGCTTCTTGTCCTTGATACA
AGCCATGAGTGAATCATATC
AGCAAAATGGCAAAGGAGAG
Reverse Squence (5’-3’)
ATCTGCTGTTGATTATGG
CCACGTCTACGAAATGATAA
ACCACGATGTCAATCTCTAT
GGTGTGTGCTATGGAAGATCATAGT
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 7. Jadwal Kegiatan Penelitian
Waktu Kegiatan (Minggu Ke-)
No.
Kegiatan
1
1.
2
3.
4.
5.
6.
7.
8.
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
Pengambilan sampel
daun
Isolasi DNA
Uji kualitas DNA
Uji kuantitas DNA
Optimasi suhu
amplifikasi DNA
Amplifikasi DNA
Visualisasi hasil
amplifikasi DNA
Analisis data
- Panjang alel
- PIC value
- Validasi
- Filogenetik
9.
Pembuatan
pembahasan tesis
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8. Pembuatan Larutan Stok
CTAB 5% (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 2 g dan CTAB sebanyak 5 g.
Masukkan bahan kimia kedalam erlemeyer dan ditambahkan dengan akuades 100
ml. Kemudian diaduk dengan menggunakan stirrer diatas hot plate.
Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml) : Timbang tris sebanyak 12.114 g. Masukkan tris
ke dalam erlemeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan
dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan di atas hot plate. Selanjutnya
ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8.
Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades
hingga volume larutan mencapai 100 ml.
EDTA 0.5 M pH7.4 (50 m) : Timbang EDTA sebanyak 18.612 g dan NaOH 2 g.
Masukkan bahan kimia ke dalam erlemeyer dan ditamabhakan aquades 80 ml.
Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hot plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aqudes hingga volume larutan menjadi 100 ml.
NaCl 5 M (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 29.22 g. Masukkan ke dalam
erlemeyer dan ditambahkan aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hot plate. Masukkan ke dalam
gelas ukur, kemudian ditempatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
** Semua bahan diatas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB
5%.
Lampiran 9. Pembuatan Larutan Buffer
Universitas Sumatera Utara
Buffer ekstraksi CTAB (100ml) : Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml. aquades.
Buffer TAE 50 X (100 ml) : Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M, pH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.
Buffer TAE 1X (500 ml) : Campurkan 10 ml buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 ml EDTA, 0.5
M pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml kloroform dan 2 ml
isoamilalkohol.
Etanol 70% (100 ml) : Campurkan 70 ml etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara