Validasi Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT. Socfindo Berdasarkan Marka SSR (Simple Sequence Repeats) Chapter III VI

BAHAN DAN METODE
Tempat Penelitian dan Waktu
Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium DNA, Socfindo Seed
Production Laboratory (SSPL), Bangun Bandar dengan ketinggian ± 25 m dpl.
Penelitian ini dimulai pada bulan Maret - Mei 2016.

Bahan dan Alat Penelitian
Sampel yang digunakan objek penelitian berasal dari turunan kelapa sawit
material genetik PT Socfindo terdiri atas :
1. SL 4642, turunan dari (BB 6295 D (SL 834) x BB 15325 T (PO 6144).
2. SL 4556, turunan dari (BB 5235 D (SL 725) x BB 8978 P (PO 5918).
3. SL 4543, turunan dari (BB 6776 D (SL 726) x BB 9164 P (SL 956).
4. SL 4544, turunan dari (BB 6920 D (SL 710) x BB 9164 P (SL 956).
5. SL 5332, turunan dari (BB 8619 T (LM 12108) x BB 6912 D (SL 710).
Bahan lain yang digunakan, nitrogen cair 0.1 g, buffer CTAB, buffer
TAE, buffer TE, chloroform isoamilakohol (KIAA) dengan perbandingan 24 : 1,
NaCl, NaOH, Na-EDTA, HCl, dan 70% isopropanol dingin, β-mercaptoetanol
dingin 2%, primer oligonukleotida, Master Mix (Promega M7122), PCR
Bioladder III ukuran 100 bp, acrylamide, APS 10% dan temed., 6M gel Agarose
neuVitro Biology Grade for DNA RNA PCR.
Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain kertas tisu,

timbangan digital, hot plate (biosan), mortar, centrifus (Eppendorf 5415), vortex,
freezer, microtube 2.0 ml dan 1.5 ml, mikropipet ukuran 1-50 µl, 100-500 µl,
pinset, sarung tangan karet, tips pipet (warna putih, kuning dan biru), autoclave,

Universitas Sumatera Utara

kamera, water bath, pH meter elektrik, perangkat elektroforesis, pengaduk
magnetik, alat-alat gelas (gelas ukur, gelas beker, erlemeyer), elektroforesis
(Power PAC 3000, biorad), PCR (Thermal cycler) Applied Biosystem, Gel
Documentation System-UVP-DigiDoc-It 130 (Ultra-Violet Product Ltd.) masker
dan alat tulis, serta alat lain yang mendukung penelitian ini.

Metode Penelitian
Penelitian ini dengan metode marka SSR dengan prinsip PCR yang
menggunakan 4 primer SSR.
Prosedur Penelitian
Pengambilan Sampel Daun
Penelitian diawali dengan pengambilan sampel turunan kelapa sebanyak
10 sampel untuk 5 famili (total 50 sampel) (SL 4662, SL 4556, SL 4543, SL 4544
dan SL 5532) serta 1 sampel dari masing-masing tetua betina dan tetua jantan

(total 10 sampel) ke-5 famili dimaksud. Selain itu juga ditambah 2 genotipe
pembanding yaitu genotipe X dan Y. Maka jumlah seluruh sampel sebanyak 62
tanaman.

Analisis Molekuler
Isolasi DNA
Isolasi DNA dilakukan terhadap daun kelapa sawit kesatu. Daun yang
digunakan adalah daun ke satu dari turunan kelapa sawit di lapang. Prosedur
isolasi DNA diadaptasi dari metode CTAB oleh Orozco-Castilo (1994) dengan
beberapa modifikasi pada polynillpolypirrolidane (PVPP) dan 2-merkaptoethanol
(Toruan-Mathius dan Hutabarat, 1997), (Asmono, et al. 2000). Tahapan isolasi

Universitas Sumatera Utara

dilakukan dengan cara membuang tulang daun lalu dicuci dan dikeringkan dengan
tisu. Sebanyak ± 0.5 g daun digerus menggunkan mortar sambil ditambahkan
nitrogen cair PVPP. Setelah halus, sampel dimasukkan ke dalam sentrifus yang
berisi 1 ml buffer ekstraksi CTAB dan 2-mercaptoethanol 10 µl kemudian diaduk
menggunakan vortex dan diinkubasi dalam waterbath selama 30 menit pada suhu
65ºC. Setiap 10 menit sekali dibolak balik dengan perlahan-lahan. Setelah itu,

diinkubasi pada suhu ruang 4-5 menit, kemudian ditambahkan 1 ml kloroform :
isoamilalkohol (24:1).
Sampel disentrifius dengan kecepatan 13.000 rpm pada suhu ruang selama
10 menit. Supernatan yang diperoleh dipindahkan pada tabung sentrifius lain, lalu
ditambahkan 1 ml kloroform : isoamilalkohol (24:1) dikocok dengan vortex dan
disentrifius lagi dengan kecepatan 13.000 rpm pada suhu 4ºC selama 10 menit.
Supernatan yang telah diperoleh kemudian dipindahkan lalu ditambahkan 1 ml
isopropanol dingin. Supernatan dihomogenkan dengan membolak-balik tabung,
lalu disimpan dalam lemari es (4ºC) selama 30 menit, kemudian disentrifius lagi
dengan kecepatan 13.000 rpm pada suhu 4ºC selama 10 menit. Supernatan yang
diperoleh dibuang kemudian pelet dikering-anginkan. Pelet yang sudah kering
dilarutkan dengan buffer TE sebanyak 100 µl, kemudian dispin manual hingga
homogen.
Selanjutnya, ditambahkan dengan etanol absolut dingin, lalu dibolak –
balik hingga homogen. Lalu, dinkubasi dalam freezer (-20ºC) selama 30 menit
kemudian disentrifius lagi dengan kecepatan 13.000 rpm pada suhu 4ºC selama 10
menit. Supernatan dibuang sedangkan pelet dicuci menggunakan etanol 95% dan

Universitas Sumatera Utara

dikeringkan. Pelet DNA yang sudah kering dilarutkan dengan 100 µl buffer TE,
kemudian simpan DNA dalam freezer (-20ºC).

Uji Kualitas DNA
Gel agarose 0.8 % dibuat dari 0.28 g agaros dan 35 ml larutan TAE 1x,
kemudian dipanaskan hingga larut dengan menggunakan hot plate dan
didinginkan pada suhu kamar hingga hangat. Selanjutnya, ditambahkan 0.5 µl
EtBr dan dituang ke dalam cetakan gel elektroforesis yang telah dipasang sisir
(cetakan sumur) hingga gel memadat. Gel yang sudah padat dipindahkan ke dalam
bak elektroforesis. Sampel yang akan dielekstroforesis dicampur dengan loading
dye dengan perbandingan 5:1 (DNA: loading dye). Setelah dicampur maka
diinjeksi kedalam sumur gel agaros dengan menggunakan pipet mikro. Setelah
semua sampel selesai diinjeksi maka alat elektroforesis dihubungkan ke power
supply 50 watt yang dialiri tegangan listrik 80 volt dengan amperemeter sebesar
400 mA selama 45 menit. Hasil elektroforesis diamati dengan bantuan lampu UV
dalam transilluminator dan didokumentasikan dengan menggunakan gel
documentation.

Uji Kuantitas DNA
Pengujian kuantitas DNA dilakukan dengan metode spektrometer pada

panjang gelombang (λ) 260 dan 280 nm dengan menggunakan stok DNA hasil
isolasi dan pemurnian. DNA mempunyai kemurnian tinggi jika ratio nilai
absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm berkisar antara 1,8 – 2,0
(Sambrook et al. 1989).

Universitas Sumatera Utara

Amplifikasi PCR-Pemilihan Marka Mikrosatelit (SSR)
Primer SSR yang digunakan sebanyak 4 primer yang telah terpilih
mengacu pada Billotte et al.(2005). Primer yang digunakan adalah mCnCIR0038,
mEgCIR0894, mEgCIR3292 dan mEgCIR3663. Volume untuk setiap reaksi
produk PCR sebesar 25 ul yang terditi atas Go Taq PCR 12.5 μl, nuclease free
water 8.5 μl, forward primer 1 μl, referse primer 1 μl d an DNA sampel 2 μl.
Amplifikasi PCR dilakukan pada Eppendorf Mastercycler ep 384 (Eppendorf,
Wertbuy, New York, USA). Program running PCR didasarkan pada penelitian
Putri (2010) yang terdiri atas siklus denaturasi awal 4 menit pada suhu 94ºC,
diikuti 35 siklus denaturasi 94ºC, selama 30 detik, tahapan penempelan 52ºC
selama 1 menit 15 detik, perpanjangan 72ºC selama 1 menit 30 detik, dan elongasi
akhir pada 72ºC selama 8 menit.

Visualisai hasil amplifikasi DNA dengan marka SSR
Hasil amplifikasi DNA dilakukan dengan Elektroforesis Vertikal
(Elektroforesis PAGE) dengan gel poliacrylamide 8% (29 : 1). Tahap pengujian
dilakukan dengan cara disiapkan gel plate, spacer dan comb dicuci dengan air dan
etanol teknis, kemudian dirangkai. Sebelum membuat gel, terlebih dahulu dibuat
larutan acrylamide-bisacrylamide (29 : 1) yang dibuat dari 29 g acrylamide, 1 g
bisacrylamide dilarutkan dalam aquadest hingga 100 ml. Pembuatan gel
acrylamide 8% dengan volume 30 ml, terdiri dari larutan acrylamidebisacrylamide (29 : 1) sebanyak 8 ml, TAE 10X sebanyak 3 ml, aquadest steril
sebanyak 19 ml, Amonium persulfat 10% (APS) sebanyak 150 µl dan TEMED
sebanyak 20 µl. Dicampurkan semua bahan pembuatan gel tersebut, lalu
dituangkan ke dalam sandwich plate yang telah dirangkai lalu comb dimasukkan.

Universitas Sumatera Utara

Gel didiamkan memadat selama ± 60 menit. Gel polyacrylamide yang telah
memadat dimasukkan ke dalam tangki elektroforesis vertikal dan dimasukkan
buffer TAE 1X. Setelah siap, produk PCR sebanyak 4 µl dicampurkan dengan
loading dye sebanyak 1 µl, campuran tersebut dimasukkan ke dalam sumur gel
dan disertakan DNA marker 50 bp Ladder sebanyak 2 µl sebagai pembanding
pada sumur pertama dan terakhir, untuk melihat panjang DNA. Elektroforesis

vertikal dijalankan dengan 100 volt, 25mA selama 120 menit. Gel divisualisasi
dengan pewarnaan etidium bromida. Gel diletakkan dan digoyang dalam baki
berisi larutan etidium bromida selama 5 menit dan dicuci dengan ddH 2 O selama
10 menit. Hasil elektroforesis diamati dan didokumentasi dengan UVtransilluminator (UV Doc-its) dan Gel-Doc (U Doc-its).

Analisis Data
Analisis data berdasarkan hasil skoring pita DNA pada gel acrylamide.
Pita diskor secara manual sebagai data biner dengan ada pita (1) atau tidak ada (0)
pita. Analisis data untuk mengetahui kisaran panjang alel dilakukan dengan
menggunakan UV-Tec Cambridge. Nilai polymorphic information content (PIC)
untuk marka SSR dihitung dengan menggunakan software Power Marker 3.25
(Liu, 2005). Botsein et al. (1980) mengklasifikasikan nilai PIC menjadi 3 kelas
yaitu: PIC > 0.5: sangat informatif; 0.25 > PIC < 0.5: sedang dan PIC < 0.25:
rendah.
Berdasarkan pola pita yang muncul untuk memvalidasi turunan dengan
tetua, dihitung persentase turunan yang sesuai dengan tetua. Untuk menghitung
jumlah alel (Na), jumlah alel efektif (Ne), frekuensi alel, heterozigositas
pengamatan (Ho), heterozigositas harapan (He) digunakan software add-ins excel

Universitas Sumatera Utara

Gen Alex ver.6.501 (Peakall dan Smouse, 2012). Serta untuk membuat filogenetik
UPGMA dan menghitung jarak genetik antar individu digunakan software
DARwin Softwere Versi 6 (Perreira dan Jacquemoud-Collet, 2014).

Universitas Sumatera Utara

HASIL DAN PEMBAHASAN

Uji Kualitas Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo
Uji kualitas merupakan salah satu tahapan dari proses isolasi DNA.
Tahapan ini dilakukan untuk mengetahui bagaimana tingkat kemurnian hasil
isolasi DNA yang telah dilakukan. Pada tahapan ini juga akan diperoleh gambaran
visualisasi hasil isolasi dengan menggunakan metode elektroforesis yang
divisualisasikan dengan menggunakan gel dokumentasi. Gel dokumentasi akan
memperlihatkan bagaimana visualisasi DNA dan senyawa kimia lain yang
terbawa selama proses isolasi DNA .
Ketika proses isolasi DNA berlangsung stok DNA yang dihasilkan
biasanya tidak 100% murni. Artinya bahwa ada senyawa kimia lain yang terbawa,
senyawa tersebut dapat berupa senyawa metabolit sekunder, polisakarida, lipid,

protein, karbohidrat dan senyawa-senyawa lain yang masih melekat pada DNA.
Jika senyawa-senyawa ini berada dalam konsentrasi yang tinggi pada DNA stok
maka akan dapat mengganggu proses amplifikasi saat proses PCR.
Berdasarkan Gambar 1 dapat diketahui bahwa dari 13 sampel DNA yang
telah diuji (hasil uji visualisasi 49 sampel lainnya dapat dilihat pada Lampiran 2),
seluruhnya memperlihatkan adanya pita DNA. Keberadaan pita DNA tersebut
diduga tercampur dengan senyawa lain selain DNA. Hal ini ditunjukkan oleh
adanya smear yang mengikuti DNA hasil ekstraksi, keberadaan smear tersebut
dapat mempengaruhi tingkat keberhasilan penempelan primer pada saat proses
PCR.

Universitas Sumatera Utara

INB INJ

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

INB1 INJ1 11 12

13

1

2

Gambar 1. Visualisasi uji kualitas DNA kelapa sawit dari material genetik PT Socfindo
Keterangan : (1) Pita DNA hasil ekstraksi ; (2) Smear yang mengikuti hasil ekstraksi
DNA, INB : Induk Betina, INJ : Induk Jantan

Berdasarkan Gambar 1 menunjukkan hasil uji kualitas DNA material
genetik PT. Socfindo yang memperlihatkan bahwa DNA telah berhasil diisolasi
dari tanaman sampel yang ditunjukkan oleh lingkaran No.1. Keberhasilan hasil uji
kualitas ini dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor seperti umur tanaman sampel,
bahan yang digunakan selama proses isolasi dan metode yang digunakan pada saat
isolasi. Pada umumnya DNA tanaman dapat diisolasi pada jaringan yang masih
muda yang ditandai oleh warna daun. Warna daun mengindikasikan senyawa yang
terkandung didalam jaringan yang diisolasi, semakin berwarna hijau tua maka
kandungan polisakarida, karbohidrat, dan lipid yang dikandung oleh individu
tersebut semakin tinggi sehingga proses isolasi yang dilakukan akan semakin
sulit.
Faktor lain yang dapat mempengaruhi kemurniaan DNA hasil ekstraksi
adalah metode yang digunakan pada saat proses isolasi. Sejauh ini metode yang
paling umum digunakan adalah metode Doyle dan Doyle (1990) atau metode
Orosco-Castilo, et al. (1994). Kedua metode ini lebih mudah dalam
pelaksanaannya dan sangat sesuai digunakan untuk pemula. Penelitian ini sendiri
mengggunakan metode Orosco-Castilo, et al. (1994) dengan beberapa modifikasi

Universitas Sumatera Utara

CTAB. CTAB berperan untuk melisis organel sel namun tidak merusak struktur
DNA tanaman sedangkan nitrogen cair berfungsi untuk menjaga mencegah
kerusakan pada DNA ketika dilakukan penggerusan.

Uji Kuantitas Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik PT Socfindo
Setelah dilakukan pengujian secara visual, maka langkah selanjutnya
adalah uji kuantitas. Sama halnya dengan uji kualitas, uji kuntitas juga dilakukan
untuk melihat tingkat kemurnian dan konsentrasi DNA hasil isolasi. Perbedaannya
dengan uji kualitas yaitu uji kualitas dengan menggunakan metode elektroforesis
maka uji kuantitas dengan menggunakan metode spektrometer.
Pengujian dengan menggunakan metode spektrometer adalah metode yang
digunakan dengan melihat hasil perbandingan absorbansi pada panjang
gelombang 260 Å dan 280 Å. Hasil uji kuantitas yang baik ditunjukkan oleh nilai
absorbansi antara 1.80 sampai dengan 2.00. Hal ini terdapat pada Sambrook et.
al. (1980) yang menyatakan bahwa nilai absorbansi DNA terletak pada rasio
perbandingan panjang gelombang 260 Å dan 280 Å yaitu antara 1.80 hingga
2.00. Hasil uji kuantitas dari material genetik PT Socfindo pada penelitian ini
dapat dilihat pada Lampiran 36. Pengujian yang dilakukan pada penelitian ini
menunjukkan nilai absorbansi 260 Å dan 280 Å terletak diantara 1.36 sampai
dengan 2.11.
Kemurnian DNA yang sesuai dengan Sambrook et al. (2001) ditunjukkan
oleh sampel Y (1.87), No.38 (1.94), No. 34 (1.82), dan sampel No.13 (1.89).
Kelima sampel tersebut merupakan sampel yang memiliki nilai absorbansi yang
paling baik jika dibandingkan dengan nilai absorbansi pada sampel lainnya. Nilai
absorbansi yang berada diatas 2.00 menunjukkan bahwa DNA hasil isolasi lebih

Universitas Sumatera Utara

banyak mengandung RNA sedangkan nilai absorbansi dibawah 1.80 menunjukkan
bahwa DNA yang telah diisolasi mengadung protein, lipid dan karbohidrat.
Konsentrasi DNA stok hasil ekstraksi menunjukkan hasil yang beragam,
konsentrasi DNA tertinggi terdapat pada DNA pembanding yaitu pada genotipe X
dengan konsentrasi 290 ng/uL sedangkan konsentrasi DNA terendah adalah
sebesar 15 ng/uL. Nilai absorbansi dan konsentrasi DNA juga akan mempengaruhi
hasil gel dokumentasi dimana jika pita yang terdokumentasikan kelihatan tipis
atau redup dapat disebabkan oleh konsentrasi DNA yang terlalu sedikit dan jika
nilai absorbansi tidak berada pada kisaran 1.80 hingga 2.00 dapat menyebabkan
terjadinya smear akibat tingginya kandungan polisakarida dan senyawa-senyawa
fenolik. Weeden et al. (1992) menjelaskan bahwa cetakan DNA yang
mengandung senyawa polisakarida dan senyawa fenolik serta konsentrasi DNA
yang terlalu rendah akan memperlihatkan DNA amplifikasi yang kurang jelas.
Selanjutnya Mulyani et al. (2011) menyebutkan bahwa smear merupakan sisa dari
senyawa pada larutan yang secara tidak sengaja terbawa setelah proses isolasi
DNA dilakukan.

Profil Elektroforesis Pita Hasil Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik
PT Socfindo
Hasil identifikasi genetik tanaman kelapa sawit dianalisis dengan
menggunakan metode elektroforesis yang akan menunjukkan adanya pola pita.
Pola pita tersebut merupakan DNA yang akan menunjukkan bagaimana keadaan
genom berdasarkan primer yang telah diamplifikasi pada saat proses PCR. Pada
penelitian ini telah diuji empat primer SSR. Hasil dari pengujian dari keempat
marka SSR tersebut dapat dilihat pada Gambar 2 sampai dengan Gambar 32.

Universitas Sumatera Utara

Primer SSR merupakan primer yang bersifat heterozigot, dimana primer
ini mampu menunjukkan sepasang alel yang berasal dari induk yang berbeda,
sehingga dengan menggunakan primer SSR dapat menunjukkan keberadaan alel
dari induk betina dan induk jantan. Visualisasi hasil dari primer mCnCIR0038
pada sampel 1 sampai 6 dapat dilihat pada Gambar 2.
L

IND

INJ

1

2

3

4

5

6

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 2. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit Sampel 1-6 (Persilangan SL-4642)
Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6925 D (SL-834), INJ :
Induk Jantan BB 15325 T (PO 6144).

Berdasarkan Gambar 2 dapat diketahui bahwa sampel 1-6 adalah
persilangan SL-4642 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6295 D
(SL-834) dan BB 15325 T (PO-6144). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat
diketahui bahwa ukuran pita induk betina BB 6925 D (SL-834) terletak pada 105
bp sedangkan ukuran induk jantan BB 15325 T (PO-6144) terletak pada 94 bp.
Ukuran pita pada sampel 1-6 terletak pada ukuran 105 bp dan 94 bp. Visualisasi
selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 3.

Universitas Sumatera Utara

L

7

8

9

10

IND

INJ

11

12

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 3. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit Sampel 7-10 (Persilangan SL-4642),
11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 5235 D (SL-725), INJ :
Induk Jantan BB 8978 P (PO 5918).

Berdasarkan Gambar 3 dapat diketahui bahwa sampel 7-10 adalah
persilangan SL-4642 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6295 D
(SL-834) dan BB 15325 T (PO-6144). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat
diketahui bahwa ukuran pita pada sampel 7-10 terletak pada 105 bp dan 94 bp.
Profil elektroforegram selanjutnya diamati pada sampel 11 dan 12 adalah
persilangan SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara BB 5235 D (SL725) dan BB 8978 P (PO-5918). Berdasarkan hasil pengukuran sampel 11 dan 12
terletak pada 102 bp dan 94 bp. Pengukuran pada induk betina BB 5235 D (SL725) yang terletak pada 102 bp dan induk jantan BB 8978 P (PO-5918) yang
terletak pada 94 bp. Visualisasi pengamatan hasil elektroforesis selanjutnya dapat
dilihat pada Gambar 4.

Universitas Sumatera Utara

L

13

14

15

16

17

18

19

20

L

1200bp

200bp

100bp

50bp
Gambar 4. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan SL-4556),
Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 5235 D (SL-725), INJ :
Induk Jantan BB 8978 P (PO 5918).

Berdasarkan Gambar 4 dapat diketahui bahwa sampel 13-20 adalah
persilangan SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara BB 5235 D (SL725) dan BB 8978 P (PO-5918). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 13-20 terletak pada 102 bp dan 94 bp. Visualisasi
selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 5.
L

IND

INJ

21

22

23

24

25

26

L

1200bp
200bp
100bp

50bp
Gambar 5. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan SL-4543)
Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6776 D (SL-726), INJ :
Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 5 dapat diketahui bahwa sampel 21-26 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 D (SL-

Universitas Sumatera Utara

726) dan BB 6776 D (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 6776 D (SL-726) terletak pada 106 bp
sedangkan ukuran induk jantan terletak BB 6776 D (PO-6144) terletak pada 96
bp. Ukuran pita pada sampel 21-26 terletak pada ukuran 106 bp dan 94 bp
Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 6.
L

27

28

29

30

INJ

IND

31

32

L

1200bp

200bp
100bp

50bp

Gambar 6. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan SL-4543),
31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6920 D (SL-710), INJ :
Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 6 dapat diketahui bahwa sampel 27-30 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 D (SL726) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 27 – 30 terletak pada 106 bp dan 96 bp . Profil
elektroforegram selanjutunya diamati pada sampel 31 dan 32 adalah persilangan
SL-4544 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6920 D (SL-710) dan BB
9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil pengukuran sampel 31 terletak pada 105
sedangkan sampel 32 terletak pada 109 bp dan 105 bp. Pengukuran pada induk
betina BB 6920 D (SL-710) yang terletak pada 105 bp dan induk jantan BB 9164

Universitas Sumatera Utara

P (SL-956) yang terletak pada 109 bp. Visualisasi pengamatan hasil elektroforesis
selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 7.
33

L

34

35

36

37

38

39

40

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 7. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan SL-4544),
Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6920 D (SL-710), INJ :
Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 7 dapat diketahui bahwa sampel 33-40 adalah
persilangan SL-4544 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6920 D (SL710) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 33-40 terletak pada 105 bp dan 109 bp.
Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 8.

Universitas Sumatera Utara

L

IND

INJ

41

42

43

44

45

46

L

1200bp

200bp

100bp

50bp
Gambar 8. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan SL-5332)
Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108),
INJ : Induk Jantan BB 6912 D (SL-710)

Berdasarkan Gambar 8 dapat diketahui bahwa sampel 41-46 adalah
persilangan SL-5332 yang merupakan hasil persilangan antara BB 8619 T (LM12108) dan SL-710. Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui bahwa
ukuran pita induk betina BB 8619 T (LM-12108) terletak pada 121 bp dan 112 bp
sedangkan ukuran induk jantan BB 6912 D (SL-710) terletak pada 108 bp.
Ukuran pita pada sampel 41, 43, dan 45 terletak pada ukuran 112 bp dan 108 bp
sedangkan sampel 42, 44 dan terletak pada ukuran 121 bp dan 108 bp. Visualisasi
selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 9.

Universitas Sumatera Utara

L

INJ

IND

47

48

49

50

X

Y

L

1200bp

200bp

100bp

50bp
Gambar 9. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan SL-5332)
Socfindo berdasarkan primer mCnCIR0038
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108),
INJ : Induk Jantan BB 6912 D (SL-710), X : pembanding-I dan Y : Pembanding-II

Berdasarkan Gambar 9 dapat diketahui bahwa sampel 47-50 adalah
persilangan (SL-5332) yang merupakan hasil persilangan antara BB 8619 T (LM12108) dan BB 6912 D (SL-710). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 8619 T (LM-12108) terletak pada 121 bp dan
112 bp sedangkan ukuran induk jantan terletak BB 6912 D (SL-710) terletak pada
108 bp. Ukuran pita pada sampel 47 dan 50 terletak pada ukuran 121 bp dan 108
bp sedangkan sampel 48 dan 49 terletak pada ukuran 112 bp dan 108 bp. Sampel
pembanding-I (X) terletak pada 110 bp dan 96 bp sedangkan sampel pembandingII (Y) terletak pada 111 bp dan 97 bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada
Gambar 10.

Universitas Sumatera Utara

L

IND

INJ

1

2

3

4

5

6

L

1200bp

200bp
100bp

50bp
Gambar 10. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan SL-4642)
Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND: Induk betina BB 6925 D (SL-834), INJ :
Induk Jantan BB 15325 T (PO 6144)

Berdasarkan Gambar 10 dapat diketahui bahwa sampel 1-6 adalah
persilangan SL 4642 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6925 D (SL834) dan BB 15325 T (PO-6144). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 6925 D (SL-834) terletak pada 293 bp dan
268 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 15325 T (PO-6144) terletak pada 268
bp dan 255 bp. Ukuran pita pada sampel 1-6 terletak pada ukuran 268 bp dan 255
bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 11.
L

7

8

9

10

IND

INJ

11

12

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 11.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (Persilangan SL-4642),
11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 5235 D (SL-725), INJ :
Induk Jantan BB 8978 P (PO 5918)

Berdasarkan Gambar 11 dapat diketahui bahwa sampel 7-10 adalah
persilangan SL-4642 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6295 D (SL-

Universitas Sumatera Utara

834) dan BB 15325 T (PO-614). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 7-10 terletak pada 268 bp dan 255 bp. Profil
elektroforegram selanjutunya diamati pada sampel 11 dan 12 adalah persilangan
SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara BB 5235 D (SL-725) dan BB
8978 P (PO-918). Berdasarkan hasil pengukuran sampel 11 dan 12 terletak pada
220 bp dan 207 bp. Pengukuran pada induk betina BB 5235 D (SL-725) yang
terletak pada 102 bp dan 207 bp sedangkan induk jantan BB 8978 P (PO-5918)
yang terletak pada 227 bp dan 220 bp. Visualisasi pengamatan hasil elektroforesis
selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 12.

1200bp

200bp

100bp

50bp
Gambar 12. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan SL-4556),
Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III

Berdasarkan Gambar 12 dapat diketahui bahwa sampel 13-20 adalah
persilangan SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara BB 5235 D (SL725) dan BB 8978 P (PO-5918). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 13-20 terletak pada 220 bp dan 207 bp.
Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 13.

Universitas Sumatera Utara

L

IND

INJ

21

22

23

24

25

26

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 13. Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan SL-4543)
Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257 0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND: Induk betina BB 6776 D (SL-726), INJ :
Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 13 dapat diketahui bahwa sampel 21-26 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 D (SL726) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 6776 D (SL-726) terletak pada 241 bp dan
219 bp sedangkan ukuran induk jantan terletak BB 9164 P (SL-956) terletak pada
234 bp dan 219 bp. Ukuran pita pada sampel 21, 25 dan 26 terletak pada ukuran
241 bp dan 234 bp, sampel 22 terletak pada ukuran 234 bp dan 219 bp sedangkan
sampel 22 dan 23 terletak pada ukuran 227 bp dan 219 bp. Visualisasi selanjutnya
dapat dilihat pada Gambar 14.

Universitas Sumatera Utara

L

27

28

29

30

INJ IND

31

32

L

1200bp

100bp

200bp
50bp
Gambar 14.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan SL4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6920 D (SL-710), INJ
: Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 14 dapat diketahui bahwa sampel 27-30 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 D (SL726) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 27 dan 28 terletak pada 234 bp dan 219 bp,
sampel 29 terletak pada 241 bp dan 234 bp sedangkan sampel 30 terletak pada
227 bp dan 219 bp. Profil elektroforegram selanjutunya diamati pada sampel 31
dan 32 adalah persilangan SL-4544 yang merupakan hasil persilangan antara SL710 dan SL-956. Berdasarkan hasil pengukuran sampel 31 terletak pada 220 bp
dan 205 bp sedangkan sampel 32 terletak pada 234 bp dan 220 bp. Pengukuran
pada induk betina BB 6920 D (SL-710) yang terletak pada 234 bp dan 216 bp
sedangkan induk jantan BB 9164 P (SL-956) yang terletak pada 220 bp dan 205
bp. Visualisasi pengamatan hasil elektroforesis selanjutnya dapat dilihat pada
Gambar 15.

Universitas Sumatera Utara

L

33

34

35

36

37

38

39

40

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 15.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan SL4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III

Berdasarkan Gambar 15 dapat diketahui bahwa sampel 33-40 adalah
persilangan SL-4544 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6920 D (SL710) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 33 dan 36 terletak pada 234 bp dan 205 bp,
sampel 35 terletak pada 220 bp dan 205 bp, sampel 36-39 terletak pada 234 bp
dan 220 bp sedangkan sampel 40 terletak pada 216 bp dan 205 bp. Visualisasi
selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 16.
L

INJ

IND

41

42

43

44

45

46

L

1200bp

200bp

100bp
50bp
Gambar 16.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan SL5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108),
INJ : Induk Jantan BB 6912 D (SL-710)

Universitas Sumatera Utara

Berdasarkan Gambar 16 dapat diketahui bahwa sampel 41-46 adalah
persilangan SL-5332 yang merupakan hasil persilangan antara BB 8619 T (LM12108) dan BB 6912 D (SL-710). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 8619 T (LM-12108) terletak pada 235 bp dan
214 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 6912 D (SL-710) terletak pada 229 bp
dan 224 bp. Ukuran pita pada sampel 41-46 terletak pada ukuran 224 bp dan 214
bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 17.
L

INJ

IND

47

48

49

50

X

Y

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 17.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan SL5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR0257
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108),
INJ : Induk Jantan BB 6912 D (SL-710), X : pembanding-I dan Y : Pembanding-II

Berdasarkan Gambar 17 dapat diketahui bahwa sampel 47-50 adalah
persilangan SL-5332 yang merupakan hasil persilangan antara LM-12108 dan SL710. Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui bahwa ukuran pita induk
betina (LM-12108) terletak pada 235 bp dan 214 bp sedangkan ukuran induk
jantan terletak (SL-710) terletak pada 229 dan 224 bp. Ukuran pita pada sampel
47-50 terletak pada ukuran 229 bp dan 214 bp. Sampel pembanding-I (X) terletak
pada 227 bp dan 187 bp sedangkan sampel pembanding-II (Y) terletak pada 203
bp dan 183 bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 18.

Universitas Sumatera Utara

L

IND

INJ

1

2

3

4

5

6

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 18.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan SL-4642)
Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan: L= PCRBIO Ladder III, IND: Induk betina BB 6295 D (SL-834), INJ:
Induk Jantan BB 15325 T (PO 6144)

Berdasarkan Gambar 18 dapat diketahui bahwa sampel 1-6 adalah
persilangan SL-4642 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6295 D
(SL-834) dan BB 15325 T (PO-6144). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat
diketahui bahwa ukuran pita induk betina BB 6295 D (SL-834) terletak pada 225
bp dan 215 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 15325 T (PO-6144) terletak
pada 234 bp dan 211 bp. Ukuran pita pada sampel 1-6 terletak pada ukuran 225 bp
dan 211 bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 19.
L

7

8

9

10

IND

INJ

11

12

L

1200bp

200bp
100bp
50bp
Gambar 19.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (persilangan SL4642), 11-12 (persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 5235 D (SL-725),
INJ : Induk Jantan BB 8978 P (PO 5918)

Berdasarkan Gambar 19 dapat diketahui bahwa sampel 7-10 adalah
persilangan SL-4642 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6295 D (SL-

Universitas Sumatera Utara

834) dan BB 15325 T (PO-614). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 7 dan 9 terletak pada 225 bp dan 211 bp
sedangkan sampel 234 dan 225 terletak pada 234 bp dan 225 bp. Profil
elektroforegram selanjutnya diamati pada sampel 11 dan 12 adalah persilangan
SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara BB 5235 D (SL-725) dan BB
8978 P (PO-918). Berdasarkan hasil pengukuran sampel 11 dan 12 terletak pada
212 bp dan 204 bp. Pengukuran pada induk betina BB 5235 D (SL-725) yang
terletak pada 217 bp dan 212 bp sedangkan induk jantan BB 8978 P (PO-5918)
terletak pada 204 bp. Visualisasi pengamatan hasil elektroforesis selanjutnya
dapat dilihat pada Gambar 20.
L

13

14

15

16

17

18

19

20

L

1200bp

200bp
100bp
200bp
Gambar 20.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan SL4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III

Berdasarkan Gambar 20 dapat diketahui bahwa sampel 13-20 adalah
persilangan SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara SL-725 dan PO5918. Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui bahwa ukuran pita pada
sampel 13-20 terletak pada 212 bp dan 204 bp. Visualisasi selanjutnya dapat
dilihat pada Gambar 21.

Universitas Sumatera Utara

L

IND INJ

21

22

23

24

25

26

L

1200bp

200bp

100bp
200bp
Gambar 21.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (persilangan SL4543) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6776 D (SL-726),
INJ : Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 21 dapat diketahui bahwa sampel 21-26 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 D (SL726) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 6776 D (SL-726) terletak pada 212 bp dan
190 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 9164 P (SL-956) terletak pada 205 bp
dan 198 bp. Ukuran pita pada sampel 21 terletak pada ukuran 212 bp dan 205 bp,
sampel 22 terletak pada ukuran 198 bp dan 190 bp, sampel 23 terletak pada
ukuran 198 bp dan 194 bp sedangkan sampel 24-26 terletak pada 198 bp dan 212
bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 22.

Universitas Sumatera Utara

L

27

28

29

30

INJ IND

31

32

L

1200bp

200bp

100bp
50 bp
Gambar 22.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan SL4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6920 D (SL-710),
INJ : Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 22 dapat diketahui bahwa sampel 27-30 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 (SL-726)
dan BB 8978 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui bahwa
ukuran pita pada sampel 27 dan 30 terletak pada 198 bp dan 209 bp, sampel 28
terletak pada 198 bp dan 214 bp sedangkan sampel 29 terletak pada 212 bp dan
205 bp. Profil elektroforegram selanjutnya diamati pada sampel 31 dan 32 adalah
persilangan SL-4544 yang merupakan hasil persilangan antara SL-710 dan SL956. Berdasarkan hasil pengukuran sampel 31 dan 32 terletak pada 217 bp dan
213 bp. Pengukuran pada induk betina BB 6920 D (SL-710) yang terletak pada
241 bp dan 213 bp sedangkan induk jantan BB 9164 P (SL-956) terletak pada
225 bp dan 217 bp. Visualisasi pengamatan hasil elektroforesis selanjutnya dapat
dilihat pada Gambar 23.

Universitas Sumatera Utara

L

33

34

35

36

37

38

39

40

L

1200bp

200bp
100bp
50 bp
Gambar 23.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan SL4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III

Berdasarkan Gambar 23 dapat diketahui bahwa sampel 33-40 adalah
persilangan SL-4544 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6920 D (SL710) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 33 terletak pada 217 bp dan 213 bp, sampel 34
terletak pada 241 bp dan 213 bp, sampel 35 terletak pada 241 bp dan 225 bp,
sampel 36, 37 dan 40 terletak pada 217 bp dan 213 bp, sampel 39 terletak pada
225 bp dan 213 bp sedangkan sampel 40 terletak pada 217 bp dan 213 bp.
Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 24.
L

INJ

IND

41

42

43

44

45

46

L

1200bp

200bp
100bp
50 bp
Gambar 24.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan SL5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108),
INJ : Induk Jantan BB 6912 (SL-710)

Universitas Sumatera Utara

Berdasarkan Gambar 24 dapat diketahui bahwa sampel 41-46 adalah
persilangan SL-5332 yang merupakan hasil persilangan antara BB 8619 T ( LM12108) dan BB 6912 D (SL-710). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 8619 T (LM-12108) terletak pada 232 bp dan
209 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 6912 D (SL-710) terletak pada 226 bp
dan 220 bp. Ukuran pita pada sampel 41 terletak pada ukuran 232 bp dan 226 bp,
sampel 42-43 terletak pada 232 bp dan 209 bp, sedangkan sampel 44-46 terletak
pada 220 bp dan 209 bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 25.
L

INJ

IND

47

48

49

50

X

Y

L

1200bp

200bp

100bp

50 bp
Gambar 25.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan SL5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3663
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108),
INJ : Induk Jantan BB 6912 D (SL-710), X : pembanding-I dan Y : Pembanding-II

Berdasarkan Gambar 25 dapat diketahui bahwa sampel 47-50 adalah
persilangan SL-5332 yang merupakan hasil persilangan antara BB 8619 T (LM12108) dan BB 6912 D (SL-710). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 8619 T (LM-12108) terletak pada 232 bp dan
209 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 6912 D (SL-710) terletak pada 226 dan
220 bp. Ukuran pita pada sampel 47-48 terletak pada ukuran 226 bp dan 209 bp,
sampel 49 terletak pada 209 bp, sedangkan sampel 50 terletak pada 220 bp dan

Universitas Sumatera Utara

209 bp. Sampel pembanding-I (X) terletak pada 122 bp dan 193 bp sedangkan
sampel pembanding-II (Y) terletak pada 206 bp dan 193 bp. Visualisasi
selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 26.
L

IND

INJ

1

2

3

4

5

6

L

1200bp

200bp

100bp

50 bp
Gambar 26.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 1-6 (Persilangan SL-4642)
Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6295 D (SL-834),
INJ : Induk Jantan BB 15325 T (PO 6144)

Berdasarkan Gambar 26 dapat diketahui bahwa sampel 1-6 adalah
persilangan SL-4642 yang merupakan hasil persilangan antara SL-834 dan PO6144. Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui bahwa ukuran pita induk
betina BB 6295 D (SL-834) terletak pada 279 bp dan 270 bp sedangkan ukuran
induk jantan terletak BB 15325 T (PO-6144) terletak pada 270 bp dan 260 bp.
Ukuran pita pada sampel 1, 2, 4, 5 dan 6 terletak pada ukuran 279 bp dan 260 bp
sedangkan sampel 3 terletak pada 270 bp dan 260 bp. Visualisasi selanjutnya
dapat dilihat pada Gambar 27.

Universitas Sumatera Utara

L

7

8

9

10

IND INJ

11

12

L

1200bp

200bp

100bp

50 bp
Gambar 27.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 7-10 (Persilangan SL4642), 11-12 (Persilangan SL-4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 5235 D (SL-725),
INJ : Induk Jantan BB 8978 P (PO 5918)

Berdasarkan Gambar 27. dapat diketahui bahwa sampel 7-10 adalah
persilangan SL-4642 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6295 D (SL834) dan BB 15325 T (PO-614). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 7 dan 8 terletak pada 279 bp dan 260 bp
sedangkan sampel 9 dan 10 terletak pada 270 bp dan 260 bp. Profil
elektroforegram selanjutnya diamati pada sampel 11 dan 12 adalah persilangan
SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara BB 5235 D (SL-725) dan BB
8978 P (PO-918). Berdasarkan hasil pengukuran sampel 11 terletak pada 269 bp
dan 259 bp sedangkan sampel 12 terletak pada 282 bp dan 259 bp. Pengukuran
pada induk betina BB 5235 D (SL-725) yang terletak pada 282 bp dan 269 bp
sedangkan induk jantan BB 8978 P (PO-5918) terletak pada 269 bp dan 259 bp.
Visualisasi pengamatan hasil elektroforesis selanjutnya dapat dilihat pada
Gambar 28.

Universitas Sumatera Utara

L

13

14

15

16

17

18

19

20

L

1200bp

200bp
100bp
50 bp
Gambar 28.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 13-20 (Persilangan SL4556), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III

Berdasarkan Gambar 28 dapat diketahui bahwa sampel 13-20 adalah
persilangan SL-4556 yang merupakan hasil persilangan antara BB 5235 D (SL725) dan BB 8978 P (PO-5918). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 13, 15 dan 17 terletak pada 282 bp dan 269 bp
sedangkan sampel 14, 16, 18, 19 dsn 20 terletak pada 269 bp dan 259 bp.
Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 29.
L

IND INJ

21

22

23

24

25

26

L

1200bp

200bp
100bp
50 bp
Gambar 29.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 21-26 (Persilangan SL4543) Socfindo berdasarkan primer 3785
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6776 D (SL-726),
INJ : Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Universitas Sumatera Utara

Berdasarkan Gambar 29 dapat diketahui bahwa sampel 21-26 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 D (SL726) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 6776 D (SL-726) terletak pada 277 bp dan
267 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 9164 P (SL-956) terletak pada 267 bp
dan 259 bp. Ukuran pita pada sampel 21 terletak pada ukuran 277 bp dan 259 bp,
sampel 22 terletak pada ukuran 277 bp dan 267 bp, sedangkan sampel 23-26
terletak pada 267 bp dan 259 bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada
Gambar 30.
L

27

28

29

30

INJ

IND

31

32

L

1200bp

200bp

100bp
50 bp

Gambar 30.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 27-30 (Persilangan SL4543), 31-32 (Persilangan SL-4544) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III, IND : Induk betina BB 6920 D (SL-710),
INJ : Induk Jantan BB 9164 P (SL-956)

Berdasarkan Gambar 30 dapat diketahui bahwa sampel 27-30 adalah
persilangan SL-4543 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6776 D (SL726) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 27, 28 dan 30 terletak pada 267 bp dan 259 bp,
sedangkan sampel 29 terletak pada 277 bp dan 259 bp. Profil elektroforegram
selanjutnya diamati pada sampel 31 dan 32 adalah persilangan SL-4544 yang

Universitas Sumatera Utara

merupakan hasil persilangan antara BB 6920 D (SL-710) dan BB 9164 P (SL956). Berdasarkan hasil pengukuran sampel 31 terletak pada 280 bp dan 250 bp
sedangkan sampel 32 terletak pada 269 bp dan 250 bp. Pengukuran pada induk
betina BB 6920 D (SL-710) yang terletak pada 280 bp dan 269 bp sedangkan
induk jantan BB 9164 P (SL-956) terletak pada 250 bp. Visualisasi pengamatan
hasil elektroforesis selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 31.
L

33

34

35

36

37

38

39

40

L

1200bp

200bp
100bp
50 bp
Gambar 31.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 33-40 (Persilangan SL4544), Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785
Keterangan : L= PCRBIO Ladder III

Berdasarkan Gambar 31 dapat diketahui bahwa sampel 33-40 adalah
persilangan SL-4544 yang merupakan hasil persilangan antara BB 6920 D (SL710) dan BB 9164 P (SL-956). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita pada sampel 33, 36, 38 dan sampel 40 terletak pada 280 bp dan
250 bp sedangkan sampel 34, 35, 37 dan 39 terletak pada 269 bp dan250 bp.
Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 32.

Universitas Sumatera Utara

L

INJ

IND

41

42

43

44

45

46

L

1200bp

200bp
100bp
50 bp
Gambar 32.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 41-46 (Persilangan SL5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 Keterangan : L= PCRBIO
Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108), INJ : Induk Jantan BB
6912 D (SL-710)

Berdasarkan Gambar 32 dapat diketahui bahwa sampel 41-46 adalah
persilangan SL-5332 yang merupakan hasil persilangan antara BB 8619 T (LM12108) dan BB 6912 D (SL-710). Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui
bahwa ukuran pita induk betina BB 8619 T (LM-12108) terletak pada 279 bp dan
270 bp sedangkan ukuran induk jantan BB 6912 D (SL-710) terletak pada 270 bp
dan 259 bp. Ukuran pita pada sampel 41-43 terletak pada ukuran 279 bp dan 259
bp, sampel 44 terletak pada 269 bp dan 259 bp, sedangkan sampel 45- 46 terletak
pada 270 bp dan 259 bp. Visualisasi selanjutnya dapat dilihat pada Gambar 33.
L

INJ

IND

47

48

49

50

X

Y

L

1200bp

200bp
100bp
50 bp
Gambar 33.

Elektroforegram amplifikasi DNA kelapa sawit sampel 47-50 (Persilangan SL5332) Socfindo berdasarkan primer mEgCIR3785 Keterangan : L= PCRBIO
Ladder III, IND : Induk betina BB 8619 T (LM-12108), INJ : Induk Jantan BB
6912 D (SL-710), X : pembanding-I dan Y : Pembanding-II

Berdasarkan Gambar 33 dapat diketahui bahwa sampel 47-50 adalah
persilangan SL-5332 yang merupakan hasil persilangan antara LM-12108 dan SL710. Berdasarkan hasil elektroforesis dapat diketahui bahwa ukuran pita induk

Universitas Sumatera Utara

betina (LM-12108) terletak pada 232 bp dan 209 bp sedangkan ukuran induk
jantan terletak (SL-710) terletak pada 226 dan 220 bp. Ukuran pita pada sampel
47-49 terletak pada terletak pada 270 bp dan 259 bp sedangkan sampel 50 terletak
pada 279 bp dan 259 bp. Sampel pembanding-I (X) terletak pada 268 bp
sedangkan sampel pembanding-II (Y) terletak pada 277 bp dan 268 bp.
Berdasarkan profil pita dari analisis elektroforesis dapat diketahui bahwa
pola pita yang dibentuk oleh marka SSR menunjukkan pola pita homozigot dan
heterozigot. Selain itu juga dapat diketahui bahwa pola pita yang telah dibentuk
mampu untuk menjelaskan bagaimana kemurnian genetik antara hasil persilangan
dengan tetua. Genotipe hasil persilangan akan menunjukkan pita yang berasal dari
kedua induknya, pita SSR yang ditunjukkan akan membentuk pola pita
kodominan. Inilah kelebihan dari marka SSR yang dapat menunjukkan sifat
kodominan atau alel yang berisfat diploid. Hal ini sesuai dengan pernyataan
Zulhermana (2009) yang menyatakan bahwa marka SSR menunjukkan sifat
kodominan dengan jumlah alel yang diperlihatkan pada tiap individu hanya 2 pita
(sesuai genom kelapa sawit diploid 2n=32). Putri et al. (2010) juga menjelaskan
bahwa marka SSR bersifat polimorfis sehingga dapat dijadikan sebagai alat untuk
menganalisis pola pita pada keragaman genetik kelapa sawit Pisifera.
Analisis berbasis marka dengan menggunakan SSR akan dapat
menjelaskan bagaimana kemurnian genetik pada tanaman hasil persilangan. Jika
alel yang terlihat pada elektroforegram masih menunjukkan pola alel yang mirip
dengan tetuanya maka dapat dipastikan bahwa genotipe hasil persilangan tidak
mengalami misslabelling sehingga hasil ini akan sangat bermanfaat untuk
dijadikan sebagai bahan informasi dalam penentuan arah kegiatan pemuliaan

Universitas Sumatera Utara

selanjutnya. Asmono (1998) menjelaskan bahwa informasi molekuler yang telah
didapatkan dapat dijadikan sebagai petunjuk untuk kegiatan pemuliaan
selanjutnya.
Melalui

penanda

SSR

yang

ditunjukkan

oleh

pola

pita

hasil

elektroforegram akan diketahui bagaimana pola keragaman yang dihasilkan
sehingga akan dperoleh informasi tingkat keragaman ditingkat genetik sehingga
akan diperoleh kejelasan suatu individu yang sama secara penotip tetapi berbeda
secara genetik yang merupakan manifestasi dari keragaman genetik. Indrawan et
al. (2007) menjelaskan bahwa keragaman antar spesies sebagai manifestasi dari
keragaman genetik. Analisis SSR di paragraph selanjutnya akan dilihat melihat
bagaimana pola pita kuantitatif hasil keturunan kelapa sawit berdasarkan marka
SSR.

Profil Kuantitatif Pola Pita Hasil Keturunan Kelapa Sawit Material Genetik
PT Socfindo
Setelah dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA hasil isolasi, maka
selanjutnya adalah melakukan proses PCR pada DNA tanaman yang telah berhasil
diisolasi dari genom tanaman. Proses PCR merupakan salah satu upaya yang
dilakukan untuk menggandakan sekuen tertentu sesuai dengan dengan primer
yang digunakan. Keberhasilan penggandaan sekuen tertentu untuk menempel pada
DNA target dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor diantaranya adalah kesesuaian
primer dengan dengan DNA target, suhu anneling yang digunakan, dan kemurnian
DNA hasil ekstraksi.
Primer yang dipilih merupakan primer yang sesuai dengan nukleotida
sequens target, artinya bahwa primer tersebut memiliki kecocokan dengan DNA

Universitas Sumatera Utara

target sehingga dapat digandakan untuk diidentifikasi bagaimana pola pita yang
dihasilkan. Jika sekuen nukleotida yang digunakan tidak sesuai maka proses
penggandaan tidak akan akan terjadi. Surrahmann et al. (2007) menjelaskan
bahwa pemilihan primer yang sesuai dengan DNA target akan mempengaruhi
keberhasilan proses amplifikasi, oleh sebab itu pengujian primer perlu dilakukan
untuk mendapatkan primer-primer informatif. Primer yang informatif tersebut
akan dapat menunjukkan adanya keragaman pada genotipe tanaman yang sedang
diuji.
Keberhasilan proses PCR juga dipengaruhi oleh suhu annneling, hal ini
sesuai dengan pernyataan Suryanto (2003) yang menjelaskan bahwa suhu
berpengaruh pada penempalan enzim taq-polimerase. Pada proses anneling terjadi
penempelan oleh enzim taq-polimerase, jika suhu yang digunakan pada saat PCR
tidak sesuai maka proses amplifikasi tidak akan terjadi. Suhu anneling pada
masing-masing DNA individu berbeda-beda, tergantung dari jenis spesies y