Analisis Keragaman Genetik Klon Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Plasma Nutfah PT. Socfindo Menggunakan Marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

35
LAMPIRAN
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok
1. Pembuatan Larutan Stok
a. Tris HCl 1M pH 7.4 (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 6.057 gr
- Aquades ditambahkan hingga volume larutan mendekati 50 ml
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan NaOH 2.5 M hingaa pH 7.4
- Volume ditepatkan hingga 50 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave
b. EDTA 0.5 MpH 8.0 (100ml)
- NaEDTA : 18.612 gr
- NaOH : 2.0 gr
- Aquades : 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia dengan gelas beker dan diaduk dengan batang
pengaduk magnetik
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan HCl hingga pH 8.0
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilkan dengan autoclave
2. Pembuatan Larutan Kerja

a. Buffer TAE 50 X (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Tris : 10 ml
- Asam Asetat Glasial : 5.7 ml
- EDTA 0.5 M pH 8.0 : 10 ml
- Aquades ditambahakan hingga volume larutan 100 ml
b. Buffer TAE 1X (500 ml)
Bahan yang digunakan adalah :
- Buffer TAE 50 X : 10 ml
- Aquades : 490 ml
Lampiran 2. Alur Penelitian
Stok DNA

Proses PCR-RAPD

Elektroforesis

Analisis Hasil Amplifikasi

Universitas Sumatera Utara

36
Lampiran 3. Data Skoring
Kode
Sampel
1/459
2/458
3/457
4/456
5/455
6/454
7/453
8/444
9/445
10/446
11/447
12/448
13/449
14/450
15/451

16/452
17/437
18/436
19/435
20/434
21/433
22/432
23/431
24/430
25/429
26/425
27/427
28/426
29/423
30/420

2268
bp
1
1

1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

#
1
1
1
1
1
1
1

1696
bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1

1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
#
1
1
1
1
1
1

1

OPD-13
1024 831
bp
bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
#
#
1
1
1
1
1
1
1
1

1
1
1
1
1
1

634
bp
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
#
0
0
0
0
0
0
0

557
bp
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
#
0
0
0
0
1
0
0

461
bp
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
#
0
0
0
0
1
0
0

OPD-20
971 635
bp
bp
1
0
1
1
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
1
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
1
0
1
1
1
1
1
0

1254
bp
0
0
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
0
1
1
0
0
1
1
1
1
1
0
1
1
1
0
0
1

OPM-01
956 732
bp
bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

Universitas Sumatera Utara

405
bp
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

37
Lampiran 4. Data Dissimilarity Index (Bagian I)
Units
1
2
3
4
5
6
7
0.11
2
0.11 0.10
3
0.00 0.11 0.11
4
0.06 0.05 0.05 0.06
5
0.06 0.16 0.05 0.06 0.11
6
0.11 0.10 0.00 0.11 0.05 0.05
7
0.06 0.16 0.05 0.06 0.11 0.00 0.05
8
0.11 0.10 0.00 0.11 0.05 0.05 0.00
9
0.11 0.10 0.00 0.11 0.05 0.05 0.00
10
0.06 0.16 0.05 0.06 0.11 0.00 0.05
11
0.06 0.16 0.05 0.06 0.11 0.00 0.05
12
0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.11 0.05
13
0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.11 0.05
14
0.11 0.10 0.00 0.11 0.05 0.05 0.00
15
0.20 0.09 0.09 0.20 0.14 0.14 0.09
16
0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.11 0.05
17
0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.11 0.05
18
0.11 0.10 0.00 0.11 0.05 0.05 0.00
19
0.16 0.14 0.05 0.16 0.10 0.10 0.05
20
0.11 0.10 0.00 0.11 0.05 0.05 0.00
21
0.24 0.13 0.13 0.24 0.18 0.18 0.13
22
0.11 0.20 0.09 0.11 0.20 0.00 0.09
23
0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.11 0.05
24
0.06 0.16 0.05 0.06 0.11 0.00 0.05
25
0.11 0.10 0.00 0.11 0.05 0.05 0.00
26
0.06 0.16 0.05 0.06 0.11 0.00 0.05
27
0.16 0.05 0.14 0.16 0.10 0.20 0.14
28
0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.11 0.05
29
0.06 0.16 0.05 0.06 0.11 0.00 0.05
30

8

9

10

11

12

13

14

15

0.05
0.05
0.00
0.00
0.11
0.11
0.05
0.14
0.11
0.11
0.05
0.10
0.05
0.18
0.00
0.11
0.00
0.05
0.00
0.20
0.11
0.00

0.00
0.05
0.05
0.05
0.05
0.00
0.09
0.05
0.05
0.00
0.05
0.00
0.13
0.09
0.05
0.05
0.00
0.05
0.14
0.05
0.05

0.05
0.05
0.05
0.05
0.00
0.09
0.05
0.05
0.00
0.05
0.00
0.13
0.09
0.05
0.05
0.00
0.05
0.14
0.05
0.05

0.00
0.11
0.11
0.05
0.14
0.11
0.11
0.05
0.10
0.05
0.18
0.00
0.11
0.00
0.05
0.00
0.20
0.11
0.00

0.11
0.11
0.05
0.14
0.11
0.11
0.05
0.10
0.05
0.18
0.00
0.11
0.00
0.05
0.00
0.20
0.11
0.00

0.00
0.05
0.14
0.00
0.00
0.05
0.10
0.05
0.18
0.20
0.00
0.11
0.05
0.11
0.10
0.00
0.11

0.05
0.14
0.00
0.00
0.05
0.10
0.05
0.18
0.20
0.00
0.11
0.05
0.11
0.10
0.00
0.11

0.09
0.05
0.05
0.00
0.05
0.00
0.13
0.09
0.05
0.05
0.00
0.05
0.14
0.05
0.05

Universitas Sumatera Utara

38
Data Dissimilarity Index (Bagian II)
Units 16
17
18
19
20
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
0.14
17
0.14 0.00
18
0.09 0.05 0.05
19
0.13 0.10 0.10 0.05
20
0.09 0.05 0.05 0.00 0.05
21
0.04 0.18 0.18 0.13 0.08
22
0.09 0.20 0.20 0.09 0.09
23
0.14 0.00 0.00 0.05 0.10
24
0.14 0.11 0.11 0.05 0.10
25
0.09 0.05 0.05 0.00 0.05
26
0.14 0.11 0.11 0.05 0.10
27
0.04 0.10 0.10 0.14 0.18
28
0.14 0.00 0.00 0.05 0.10
29
0.14 0.11 0.11 0.05 0.10
30

21

22

23

24

25

26

27

28

29

0.13
0.09
0.05
0.05
0.00
0.05
0.14
0.05
0.05

0.09
0.18
0.18
0.13
0.18
0.08
0.18
0.18

0.20
0.00
0.09
0.00
0.20
0.20
0.00

0.11
0.05
0.11
0.10
0.00
0.11

0.05
0.00
0.20
0.11
0.00

0.05
0.14
0.05
0.05

0.20
0.11
0.00

0.10
0.20

0.11

Dissimilarity calculated from data file: Klon BTC 60 (Data Biner).var (type:'single')
User selection Units: 30/30 and Variables: 13/13
Dissimilarity index: Presence / Absence - Dice
Missing data options:
Integer code for missing data = 999
Pairwise variable deletion - Remove variables with missing data for the current unit pair (50 % of valid data
required for each unit pair)
1000 bootstraps

Universitas Sumatera Utara

39
Lampiran 5. Data Factorial Coordinates
Units
Axis 1
Axis 2
0.0155135
-0.0841746
1
-0.0936679
0.0071254
2
0.0045261
0.0127436
3
0.0155135
-0.0841746
4
-0.0526853
-0.0380017
5
0.0635129
-0.0155398
6
0.0045261
0.0127436
7
0.0635129
-0.0155398
8
0.0045261
0.0127436
9
0.0045261
0.0127436
10
0.0635129
-0.0155398
11
0.0635129
-0.0155398
12
-0.0526853
-0.0380017
13
-0.0526853
-0.0380017
14
0.0045261
0.0127436
15
-0.0283521
0.1082510
16
-0.0526853
-0.0380017
17
-0.0526853
-0.0380017
18
0.0045261
0.0127436
19
0.0130242
0.0440545
20
0.0045261
0.0127436
21
-0.0295586
0.1549966
22
0.1201970
0.0759274
23
-0.0526853
-0.0380017
24
0.0635129
-0.0155398
25
0.0045261
0.0127436
26
0.0635129
-0.0155398
27
-0.1246720
0.0508358
28
-0.0526853
-0.0380017
29
0.0635129
-0.0155398
30

Axis 3
0.0520552
0.0287942
-0.0194586
0.0520552
-0.0116932
0.0032464
-0.0194586
0.0032464
-0.0194586
-0.0194586
0.0032464
0.0032464
-0.0116932
-0.0116932
-0.0194586
0.0250490
-0.0116932
-0.0116932
-0.0194586
-0.0645463
-0.0194586
0.0046898
0.0501061
-0.0116932
0.0032464
-0.0194586
0.0032464
0.0665933
-0.0116932
0.0032464

Axis 4
-0.0157423
-0.0007886
0.0070029
-0.0157423
-0.0003752
0.0039986
0.0070029
0.0039986
0.0070029
0.0070029
0.0039986
0.0039986
-0.0003752
-0.0003752
0.0070029
0.0422119
-0.0003752
-0.0003752
0.0070029
-0.0434998
0.0070029
-0.0279103
-0.0134748
-0.0003752
0.0039986
0.0070029
0.0039986
-0.0064400
-0.0003752
0.0039986

Axis 5
0.0000382
0.0040785
-0.0000438
0.0000382
-0.0002894
0.0000411
-0.0000438
0.0000411
-0.0000438
-0.0000438
0.0000411
0.0000411
-0.0002894
-0.0002894
-0.0000438
-0.0000575
-0.0002894
-0.0002894
-0.0000438
0.0000534
-0.0000438
0.0001936
-0.0000835
-0.0002894
0.0000411
-0.0000438
0.0000411
-0.0021727
-0.0002894
0.0000411

Factorial coordinates calculated from dissimilarity: Klon BTC 60 (Data Biner).dis
Cosinus² values recorded in: Klon BTC 60 (Data Biner)-PCoA_Cos.DON
Axis Eigenvalue
Inertia%
1
0.00296
36.11
2
0.00245
29.78
3
0.00074
8.96
4
0.00019
2.31
5
0
0.01
Coordinate are calculated for the 5 first axes (with positive eigenvalue)
Dissimilarity calculated from data file: Klon BTC 60 (Data Biner).var (type:'single')
User selection Units: 30/30 and Variables: 13/13
Dissimilarity index: Presence / Absence - Dice
Missing data options:
Integer code for missing data = 999
Pairwise variable deletion - Remove variables with missing data for the current unit pair (50 % of valid data required
for each unit pair) 1000 bootstraps Imported Single data...

Universitas Sumatera Utara

40
35
Lampiran 6. Data Output DARwin .Arb
1
33
0
2
35
0.0255184587850491
3
58
0
4
33
0
5
43
0
6
34
0
7
55
0
8
36
0
9
53
0
10
58
0
11
38
0
12
41
0
13
47
0
14
48
0
15
54
0
16
31
0.0026762523191094
17
45
0
18
44
0
19
56
0
20
51
0.043594465962887
21
52
0
22
31
0.0373237476808906
23
34
0
24
46
0
25
37
0
26
57
0
27
39
0
28
32
0.0332477273552788
29
43
0
30
40
0

Lanjutan…
31
32
32
35
33
42
34
36
35
49
36
37
37
38
38
39
39
40
40
41
41
42
42
50
43
44
44
45
45
46
46
47
47
48
48
49
49
50
50
51
51
52
52
53
53
54
54
55
55
56
56
57
57
58

0.0101580697461704
0.0329478926446892
0.0347278387032644
0
0.0351828652416321
0
0
0
0
0
0.0306316384209186
0.0307379872992196
0
0
0
0
0
0.0296623597723572
0.0176206325083798
0.0022689819853339
0.0040245816561606
0
0
0
0
0
0

Tree construction: UnWeighted Neighbor-Joining
Tree constructed from: Klon BTC 60 (Data Biner).dis
30 selected units on 30
Bootstrap analysis: 1000
Average 'edge' distance between bootstrapped trees: 0.8598
5-percentile: 0.6667
95-percentile: 1
Dissimilarity calculated from data file: Klon BTC 60 (Data Biner).var (type:'single')
User selection Units: 30/30 and Variables: 13/13
Dissimilarity index: Presence / Absence - Dice
Missing data options:
Integer code for missing data = 999
Pairwise variable deletion - Remove variables with missing data for the current unit pair (50 % of valid data required
for each unit pair)
1000 bootstraps
Imported Single data…

Universitas Sumatera Utara