Identifikasi carnation mottle virus pada tanaman anyelir (Dianthus Caryophyllus L.) melalui reverse transcription- polymerase chain reaction dan sekuen nukleotida

IDENTIFIKASI Carnation mottle virus PADA TANAMAN
ANYELIR (Dianthus caryophyllus L.) MELALUI REVERSE
TRANSCRIPTION-POLYMERASE CHAIN REACTION DAN
SEKUEN NUKLEOTIDA

RIZKI HAERUNISA

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN
FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013

ABSTRAK

RIZKI HAERUNISA. Identifikasi Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir
(Dianthus Caryophyllus L.) melalui Reverse Transcription-Polymerase Chain
Reaction dan Sekuen Nukleotida. Dibimbing oleh GEDE SUASTIKA.
Survei yang dilakukan di daerah pertanaman anyelir (Dianthus caryphyllus
L.) di Cianjur dan Bandung, Jawa Barat menemukan beberapa tanaman yang
menunjukan gejala belang pada daun. Gejala yang seperti diinduksi oleh virus ini

ditandai dengan belang berwarna kuning pada daun, tulang daun menjadi
berwarna hijau tua, dan tepi daun sedikit melekuk. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi virus penyebab penyakit belang pada tanaman anyelir dengan
menggunakan teknik Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RTPCR) dan analisis sekuen nukleotida. Virus ini berhasil dideteksi dengan RT-PCR
menggunakan primer spesifik untuk genus Carmovirus (5 'GATCGCGATGA
ATCCCACTGTGC3') dan BC58 (5 'TCACATCCTATAAACAACCATTG 3').
RT-PCR berhasil mengamplifikasi fragmen DNA Carmovirus pada daerah gen
coat protein dengan ukuran sebesar 1000 bp sesuai dengan desain primer. Produk
PCR telah berhasil disekuen. Penjajaran sekuen nukleotida mengindikasikan
bahwa isolat virus yang berasosiasi dengan penyakit belang di Jawa Barat adalah
Carnation mottle virus (CarMV). Analisis filogenetika menunjukkan bahwa isolat
CarMV asal Indonesia memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan isolat
CarMV asal Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, dan Spanyol.
Kata kunci : anyelir, Carmovirus, Carnation mottle virus, RT-PCR, sekuen
nukleotida.

ABSTRACT

RIZKI HAERUNISA. Identification of Carnation mottle virus on Carnation Plant
(Dianthus caryophyllus L.) by Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction

and Nucleotide Sequence. Supervised by GEDE SUASTIKA.
A survey conducted in carnation (Dianthus caryophyllus L.) cultivation
areas of Cianjur and Bandung, West Java found some plants showing mottle
symptoms on the leaves. These virus-like induced symptoms were characterized
by yellowing mottle on the leaves, dark green colour on the veins, slightly curved
of the leaf edges. This study aimed to identify the virus causing mottle disease on
carnation plants by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR)
method and nucleotide sequence analysis. The virus was successfully detected by
RT-PCR using specific primers for the genus Carmovirus BC57 (5 'GATCGC
GATGAATCCCACTGTGC 3') and BC58 (5 'TCACATCCTATAAACAACCA
TTG 3') that amplified coat protein gene. The RT-PCRs amplified DNA
fragments of Carmovirus about 1000 bp, a size in accordance with primer design.
The RT-PCR products were then successfully sequenced. The alignment of
nucleotide sequences indicated that the virus isolates were Carnation mottle virus
(CarMV). Phylogenetic analysis showed that CarMV isolates from Indonesia have
close evolutionary relationship with those of from Brazil, Israel, Iran, India,
Netherland, and Spain.
Keywords : Carmovirus, carnation, Carnation mottle virus, nucleotide sequence,
RT-PCR.

© Hak Cipta milik IPB, tahun 2013
Hak Cipta dilindungi Undang-Undang

Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
yang wajar IPB.
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB.

IDENTIFIKASI Carnation mottle virus PADA TANAMAN
ANYELIR (Dianthus caryophyllus L.) MELALUI REVERSE
TRANSCRIPTION-POLYMERASE CHAIN REACTION DAN
SEKUEN NUKLEOTIDA

RIZKI HAERUNISA

Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh

gelar Sarjana Pertanian
pada
Departemen Proteksi Tanaman

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN
FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013

: Identifikasi Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir
(Dianthus Caryophyllus L.) melalui Reverse TranscriptionPolymerase Chain Reaction dan Sekuen nukleotida
Nama Mahasiswa : Rizki Haerunisa
NIM
: A34080024

Judul Skripsi

Disetujui oleh

Dr. Ir. Gede Suastika, MSc.
Dosen Pembimbing

Diketahui oleh

Dr.Ir. Abdjad Asih Nawangsih, MSi
Ketua Departemen

Tanggal Lulus :

 

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala karena
berkat rahmat, hidayah serta kasih sayang-Nya penulis dapat menyelesaikan
skripsi yang berjudul “Identifikasi Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir
(Dianthus Caryophyllus L.) melalui Reverse Transcription- Polymerase Chain
Reaction dan Sekuen nukleotida”. Penelitian dan penulisan skripsi ini merupakan
salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Pertanian di Departemen

Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penelitian
dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi
Tanaman dari bulan April 2012 sampai Januari 2013.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Dr. Ir. Gede Suastika, MSc.
selaku dosen pembimbing akademik dan pembimbing skripsi yang telah banyak
memberikan ilmu, pengetahuan, pengarahan dan saran serta bimbingannya
selama penelitian hingga penulisan skripsi. Terima kasih penulis sampaikan pula
kepada Dr. Ir. Idham Sakti Harahap, MSi. selaku dosen penguji tamu yang telah
memberikan saran dan masukan dalam penulisan skripsi ini.  Penulis juga
mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada Ibunda Iim Kusniawati,
SPd. dan Ayahanda Ahmad Rifki, SP. yang selalu memberikan doa yang tidak
pernah terputus, cinta, kasih sayang, dukungan, dan motivasi. Terima kasih
kepada Mbak Tuti Legiastuti, Pak Edi Supardi, Ibu Erniawati Diningsih, MSi.
yang telah banyak membantu dan membimbing dalam pelaksanaan penelitian di
Laboratorium Virologi Tumbuhan. Penulis juga menyampaikan terimakasih
kepada rekan-rekan Virologi Tumbuhan dan sahabat seperjuangan Proteksi
Tanaman angkatan 45 atas kebersamaan, bantuan dan dukungannya selama di
Departemen Proteksi Tanaman.
Penulis menyadari bahwa penulisan skripsi ini masih jauh dari
kesempurnaan. Oleh karena itu kritik serta saran sangat diharapkan dari semua

pihak sehingga dapat menjadi penyempurnaan dalam penulisan ini. Penulis
berharap skripsi ini dapat bermanfaat untuk penulis sendiri, dunia akademik,
khususnya ilmu perlindungan tanaman, dan untuk masyarakat.

Bogor, April 2013
Rizki Haerunisa

 

 
 

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL

vii 

DAFTAR GAMBAR

vii 

DAFTAR LAMPIRAN

vii 

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Tujuan Penelitian
Manfaat Penelitian

1 
1
3
3

BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Metode Penelitian
Survei dan Pengambilan Sampel Tanaman Sakit

Ekstraksi RNA Total.
Sintesis complementary DNA (cDNA).
Amplifikasi DNA.
Visualisasi Hasil RT-PCR
Sekuen Nukleotida dan Analisis Filogenetika

4
4
4
4
4
5
5
6
6

HASIL DAN PEMBAHASAN
Penyakit Belang pada Tanaman Anyelir di Lapangan
Deteksi Carmovirus melalui RT-PCR
Identifikasi Spesies Carmovirus berdasarkan Analisis Sekuen Nukleotida

Hubungan Kekerabatan CarMV

8
8
9
10
15

SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran

17
17
17

DAFTAR PUSTAKA

18

LAMPIRAN

20

RIWAYAT HIDUP

24

 

DAFTAR TABEL

Komposisi reaktan reverse transcription (RT) untuk satu kali reaksi
sintesis komplementari DNA terhadap RNA genom Carmovirus

5 

Komposisi reaktan polymerase chain reaction (PCR) untuk satu kali
reaksi amplifikasi DNA genom Carmovirus

6 

3 Tingkat similaritas (alignment score) sekuen nukleotida gen coat protein
(CP) CarMV isolat Cipanas, Ciputri, Cihideung, Australia, Brazil,
Belanda, India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, Spanyol,
dan Melon necrosis spot virus

14 

1
2

DAFTAR GAMBAR

1 Variasi gejala Carnation mottle virus pada tanaman anyelir (Dianthus
caryophyllus L.) isolat Cipanas (A), Ciputri (B), dan Cihideung (C).
2
3

4

Hasil amplifikasi semua isolat virus melalui RT-PCR menggunakan
primer spesifik Carmovirus.

8 
9 

Penjajaran sekuen nukleotida isolat virus asal Cipanas, Ciputri, dan
Cihideung dengan isolat virus CarMV asal Australia, Belanda, Brazil,
India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, dan Spanyol serta sekuen
pembanding outgroup Melon necrosis spot menggunakan program
ClustalW.

12 

Kladogram sekuen nukleotida gen coat protein (CP) Carnation mottle
virus isolat Indonesia, Australia, Belanda, Brazil, Jepang, Spanyol,
India, Iran, Israel, Kolombia,dan Perancis serta Melon necrosis spot virus
menggunakan program MEGA 5.05 dan TreeTop -Phylogenetic Tree
Prediction.

15 

DAFTAR LAMPIRAN

1

Sekuen nukleotida isolat virus Cipanas

21 

2

Sekuen nukleotida isolat virus Ciputri

22 

3

Sekuen nukleotida isolat virus Cihideung

23 

 

PENDAHULUAN

Latar Belakang
Tanaman hias merupakan komoditas hortikultura yang bernilai ekonomi
tinggi dan sangat prospektif dibudidayakan sebagai sumber pendapatan, penyelia
lapangan kerja, dan penggerak ekonomi di daerah (Pangemanan et al 2011).
Tanaman hias subtropis mulai banyak dikembangkan oleh petani dan pengusaha
tanaman hias di Indonesia, seperti krisan, mawar, anyelir, lili, zanthedezia,
anthurium, coleus, cyclamen, poinsettia, kalanchoe dan saintpaulia (Dirjenhort
2005).
Anyelir (Dianthus caryophyllus L.) memiliki popularitas tertinggi ketiga
setelah mawar dan krisan dalam pasar bunga potong (Sinartani 2011). Anyelir
merupakan tanaman asli dari daerah Mediterania, anggota dari famili
Caryophyllaceae, genus Dianthus yang berjumlah lebih dari 200 spesies yang
telah teridentifikasi (OGTR 2005). Menurut Whealy (1992), kata ‘Dhiantus’
berasal dari bahasa Yunani yang berarti dewa (Dios) dan bunga (Anthos).
Tanaman anyelir merupakan tanaman tahunan yang memiliki daun sempit dengan
ujung meruncing dan memiliki kutikula yang tebal. Warna daun hijau muda agak
keputih-putihan. Tinggi tanaman dapat mencapai 1 m dengan percabangannya
banyak, dimana pada setiap cabangnya akan tumbuh kuncup bunga. Bunga
memiliki diameter 5- 10 cm. Mahkota bunga memiliki helai dengan kelipatan 5
dengan warna yang bervariasi. Kelopak bunga berbentuk cerobong hijau yang
sering kali pecah bila keadaan lingkungan kurang baik. Tanaman anyelir dapat
diperbanyak secara vegetatif menggunakan stek tunas samping atau kultur
jaringan. Produksi tanaman anyelir meningkat seiring dengan naiknya permintaan
bunga potong di Indonesia. Permintaan anyelir meningkat untuk berbagai
keperluan seperti hiasan, dekorasi ruangan, dan ucapan selamat (Mattjik 2010).
Konsumsi bunga potong cukup besar sehingga Indonesia masih mengimpor
beberapa jenis bunga atau bibit bunga potong untuk memenuhi keperluan dalam
negeri. Menurut Direktorat Jenderal Hortikultura (2012), produksi anyelir tahun
2007 sebanyak 1 901 509 tangkai meningkat menjadi 7 607 588 tangkai pada
tahun 2010. Namun pada tahun 2011 produksi anyelir diperkiraan menurun
menjadi 5 133 624 tangkai.
Salah satu faktor yang mempengaruhi penurunan produksi bunga anyelir
adalah adanya serangan organisme pengganggu tanaman (OPT). Menurut OGTR
(2005) patogen-patogen yang dilaporkan menyerang tanaman anyelir antara lain
Fusarium oxysporum f.sp. dianthi (layu Fusarium), Pseudomonas andropogonis
(bercak daun bakteri), Erwinia chrysanthemi (layu bakteri), Alternaria dianthicola
(bercak daun Alternaria), Uromyces dianthi (karat daun), Fusarium graminearum
( busuk batang Fusarium), Botrytis cinerea (hawar bunga Botrytis), Rhizoctonia
solani (busuk batang Rhizoctonia), Septoria dianthi (Bercak daun Septoria),
Sclerotonia sclerotium (busuk bunga Sclerotonia), Phytophthora parasitica
(busuk batang Phytophthora), dan Meloidogyne spp. (bintil akar). Menurut
Trujillo et al. (1989), hama yang menyerang anyelir antara lain thrips
Frankliniella occidentalis (Thysanoptera: Thripidae) dan tungau Tetranychus
urticae ( Acari: Tetranychidae). T.urticae menghisap cairan tanaman anyelir

2
sehingga menyebabkan bercak pada permukaan bawah daun. Selain itu, Whealy
(1992) menyatakan Aceria paradianthi (Acari: Eriophyidae) merupakan tungau
yang menyerang kuncup bunga menyebabkan perubahan bentuk kuncup dan
memperlambat pertumbuhan kuncup baru. Tungau Eriophyidae ini berukuran
kecil dan hidup pada pangkal daun, tangkai dan pada bagian bawah kelopak
bunga.
Anyelir yang rentan akan mudah terinfeksi oleh beberapa virus yang dapat
menimbulkan kerugian secara signifikan (Singh et al. 2005). Infeksi virus dapat
menyebabkan penurunan kualitas bunga hingga mempengaruhi produksi,
penjualan, dan keuntungan pasar (Whealy 1992). Kassanis (1955) pertama kali
melaporkan terdapat beberapa virus yang diketahui menginfeksi bunga anyelir
antara lain Carnation ringspot virus (CRSV), Carnation latent virus (CLV),
Carnation vein mottle virus (CVMoV), dan Carnation mottle virus (CarMV).
Masing-masing virus tersebut menyebabkan gejala khas pada tanaman anyelir.
CRSV berasal dari genus Dianthovirus menimbulkan gejala berupa bercak kuning
konsentris yang kemudian berkembang menjadi nekrosis bahkan terjadi
malformasi pada daun (Hakkart 1964). CRSV memiliki bentuk partikel virus
ikosahedral. CLV merupakan virus anggota genus Carlavirus berbentuk panjang,
lurus dan lentur. Tanaman yang terinfeksi oleh virus ini tidak menimbulkan gejala
atau biasa disebut gejala laten (Kassanis 1955). CVMoV berasal dari genus
Potyvirus menimbulkan gejala pada tanaman berupa klorosis, bercak berwarna
hijau tua, pemucatan tulang daun (vein clearing) yang kemudian berkembang
menjadi belang daun yang cukup mencolok pada D. barbatus. Partikel virus ini
berbentuk panjang dan lentur (filamentous) (Chung et al. 2004; El-Ela et al.
2006). CarMV berasal dari genus Carmovirus, famili Tombusviridae (Faquet et
al. 2005). Virus ini merupakan virus utama pada pertanaman anyelir dan sudah
tersebar luas di seluruh pertanaman anyelir di dunia. Gejala yang ditimbulkan
berupa mosaik ringan pada daun yang kemudian berkembang menjadi belang
kekuningan. Infeksi virus ini menyebabkan kualitas bunga potong menurun,
seperti ukuran bunga menjadi lebih kecil, kelopak bunga robek, dan vigor
tanaman menurun. Selain kualitas bunga, serangan virus ini juga berpengaruh juga
terhadap penurunan hasil panen seperti jumlah pucuk lateral berkurang, jumlah
dan bobot bunga menurun. Beberapa negara penghasil bunga potong anyelir
dilaporkan memiliki kejadian penyakit yang cukup tinggi. Berdasarkan hasil uji
serologi, kejadian penyakit di California sebesar 78% (Lommel et al. 1983) dan
India sebesar 93% (Singh et al. 2005).
Di Indonesia beberapa tanaman anyelir diketahui memiliki gejala belang di
lapangan. Gejala yang timbul berupa mosaik ringan pada daun, belang kuning
kehijauan pada lamina dan tulang daun berwarna hijau tua. Adapun tepi daun
terlihat sedikit melekuk dijumpai pada beberapa tanaman. Berdasarkan
simptomatologi, anyelir tersebut diduga terinfeksi oleh CarMV seperti
sebelumnya dilaporkan di beberapa negara.
Identifikasi virus berdasarkan runutan nukleotida genom virus merupakan
metode yang khas karena runutan nukleotida genom virus berbeda untuk setiap
jenis virus. Singh et al. (2005) melaporkan bahwa CarMV telah berhasil dideteksi
secara serologi (ELISA) maupun molekuler (PCR). Deteksi secara molekuler
memiliki sensitifitas deteksi yang tinggi terhadap virus (Akin 2006). Polymerase
Chain Reaction (PCR) merupakan suatu metode enzimatis untuk melipatgandakan

3
 

secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro. Metode
ini digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetik serta
dikembangkan lebih lanjut untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitasi
molekul RNA (Yuwono 2006).
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi Carnation
mottle virus pada tanaman anyelir melalui metode RT- PCR dan analisis sekuen
nukleotida.
Manfaat Penelitian
Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan informasi dasar mengenai
Carnation mottle virus yang berasosiasi dengan penyakit belang pada tanaman
anyelir di Indonesia sehingga diperoleh strategi pengendalian yang tepat.

 

BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat Penelitian
Survei dan pengambilan sampel tanaman anyelir dilakukan di beberapa
lokasi di Jawa Barat yaitu Cianjur dan Bandung. Adapun daerah pengambilan
sampel di Kabupaten Cianjur yaitu Kebun Percobaan Balai Penelitian Tanaman
Hias Desa Cipanas dan Desa Ciputri yang keduanya berada di Kecamatan Pacet.
Pengambilan sampel anyelir di Kabupaten Bandung dilakukan di Desa Cihideung,
Kecamatan Parongpong. Deteksi virus dilaksanakan di Laboratorium Virologi
Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian
Bogor. Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2012 sampai Januari 2013.
Metode Penelitian
Survei dan Pengambilan Sampel Tanaman Sakit
Sampel tanaman anyelir diperoleh dari Kebun Percobaan Segunung, Balai
Penelitian Tanaman Hias, Cipanas (Pacet), Ciputri (Pacet) dan Cihideung
(Parongpong), Jawa Barat. Sampel tanaman sakit diambil dari lapangan kemudian
dideteksi di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman,
Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Ekstraksi RNA Total.
Sampel bergejala yang diperoleh dari lapang diekstraksi untuk mendapatkan
RNA total dengan menggunakan Bench-Top Protocols for Xprep Plant RNA Mini
Kit, Phile Korea Technology (PKT). Tahapan utama isolasi RNA terdiri dari
degradasi sel, pemisahan substansi sel dengan asam nukleat, serta pencucian RNA
dan presipitasi.
Sampel daun anyelir bergejala yang diperoleh dari lapangan diekstraksi
untuk mendapatkan RNA total dengan menggunakan Bench-Top Protocols for
Xprep Plant RNA Mini Kit (PKT Korea). Sebanyak 0.1 g sampel tanaman digerus
menggunakan mortar dan pistil dengan bantuan nitrogen cair, kemudian
ditambahkan 450 µl bufer XPRB yang mengandung 1% mercaptoethanol. Fungsi
nitrogen cair untuk membantu menghancurkan jaringan tanaman sedangkan
mercaptoethanol berfungsi untuk menjaga kesegaran sampel agar virus yang
terkandung di dalam tanaman tidak mati saat jaringan tanaman dihancurkan. Bufer
XPRB berperan dalam proses degradasi sel (lisis). Hasil gerusan dipindahkan ke
dalam coloumn (warna putih) dan ditempatkan di tabung koleksi, kemudian di
sentrifugasi selama 2 menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Supernatan diambil
dengan pipet tanpa menyentuh pelet pada tabung koleksi, kemudian volume
supernatan diukur dan dimasukkan ke dalam tabung koleksi yang baru. Etanol
96% ditambahkan ke dalam tabung koleksi sebanyak setengah dari volume
supernatan dan dicampur hingga rata. Supernatan yang telah dicampur etanol
dimasukkan ke dalam tabung XPPLR coloumn (warna merah), kemudian
ditempatkan pada tabung koleksi dan disentrifugasi selama 1 menit dengan
kecepatan 13 000 rpm. Cairan pada tabung koleksi dibuang karena RNA telah
terjerap pada XPPLR mini coloumn. Sebanyak 500 µl wash buffer 1 ditambahkan
ke dalam XPPLR mini coloumn kemudian disentrifugasi selama 1 menit dengan
kecepatan 13 000 rpm. Cairan pada tabung koleksi dibuang, kemudian

5
 

ditambahkan wash buffer 2 sebanyak 750 µl ke dalam XPPLR mini coloumn yang
telah ditempatkan pada tabung koleksi baru, disentrifugasi selama 1 menit dengan
kecepatan 13 000 rpm. Cairan pada tabung koleksi dibuang, XPPLR mini
coloumn ditempatkan pada tabung koleksi baru kemudian disentrifugasi kembali
untuk mengeringkan coloumn selama 3 menit dengan kecepatan 13 000 rpm.
Setelah coloumn dipastikan kering, air bebas nuklease (RNase free water) diambil
dengan pipet sebanyak 50 µl ke dalam pusat membran XPPLR mini coloumn dan
didiamkan selama 1 menit. Selanjutnya disentrifugasi selama 2 menit dengan
kecepatan 13 000 rpm. Siapan RNA total ini digunakan sebagai templat dalam
reaksi RT.
Sintesis complementary DNA (cDNA).
Hasil ekstraksi RNA ditranskripsi balik menjadi cDNA (complementary
DNA) dengan menggunakan teknik reverse transcription. Adapun komposisi
yang digunakan dalam reaksi RT terdapat pada Tabel 1.
Tabel 1 Komposisi reaktan reverse transcription (RT) untuk satu kali reaksi
sintesis komplementari DNA terhadap RNA genom Carmovirus
Komponen
H2O
Buffer RT 5x
DTT 50 mM
dNTP 10 mM
MMuLV Rev
RNAse Inhibitor
Oligo d(T) 10 mM
RNA Templat
Total volume

Volume (µl)
3.70
2.00
0.35
0.50
0.35
0.35
0.75
2.00
10.00

Reaksi RT dilakukan menggunakan Automated Thermal cycler (Gene Amp
PCR System 9700; PE Applied Biosystem, USA) yang diprogram untuk satu
siklus pada suhu 25 ºC selama 5 menit, 42 ºC selama 60 menit, dan 70 ºC selama
15 menit. Hasil RT berupa cDNA digunakan sebagai DNA templat dalam reaksi
PCR.
Amplifikasi DNA.
Reaksi PCR menggunakan cDNA hasil dari RT-PCR yang telah dilakukan
untuk memperbanyak pita DNA. Amplifikasi DNA virus menggunakan metode
PCR dengan menggunakan pasangan primer spesifik yang didesain untuk
mendeteksi Carmovirus (Cevik et al. 2010) yaitu BC57 (5’ GATCGCGA
TGAATCCCACTGTGC 3’) dan BC58 (5’ TCACATCCTATAAACAACCATTG
3’). Primer ini spesifik mengidentifikasi Carmovirus dengan prediksi ukuran
produk PCR 1000 bp. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan
Automated Thermal cycler (Gene Amp PCR System 9700; PE Applied
Biosystem, USA). Adapun komposisi bahan PCR terdapat pada Tabel 2.

62
Tabel 2 Komposisi reaktan polymerase chain reaction (PCR) untuk satu kali
reaksi amplifikasi DNA genom Carmovirus
Komposisi
H20
GoTag Green Master Mix 2x (Promega,
Madison, USA)
Primer BC57
Primer BC58
cDNA
Total volume

Volume (µl)
9.5
12.5
1.0
1.0
1.0
25.0

Program PCR terdiri atas 35 siklus, dimulai dengan tahapan denaturasi awal
pada 94 ºC selama 3 menit dilanjutkan dengan tahapan denaturation (pemisahan
utas DNA pada 94 ºC selama 30 detik, annealing (penempelan primer) pada 50 ºC
selama 1 menit, elongation (sintesis untaian DNA baru) pada 72 ºC selama 1
menit 10 detik. Sedangkan khusus untuk siklus terakhir ditambahkan 10 menit
pada 72 ºC untuk sintesis, dan siklus berakhir pada suhu 4 ºC untuk suhu
penyimpanan. Selanjutnya dilakukan visualisasi produk PCR melalui proses
elektroforesis.
Visualisasi Hasil RT-PCR
Elektroforesis digunakan untuk visualisasi hasil RT-PCR dilakukan dengan
elektroforesis gel Agarosa 1%. Sebanyak 0.25 g Agarose dimasukan ke dalam
botol kaca 100 ml, ditambahkan 25 ml bufer Tris-Borate EDTA (TBE) 0.5x
(0.045 M Tris-Borate; 0.01 M EDTA) kemudian dipanaskan selama 3 menit
hingga tercampur rata. Setelah larutan Agarosa tersebut hangat, kemudian
ditambahkan 1.25 µl ethidium bromida dan diaduk hingga tercampur. Larutan
tersebut kemudian dituang ke dalam pencetak gel, kemudian sisir ditempatkan di
dekat tepian gel dan gel didiamkan hingga mengeras selama satu jam. Setelah
terbentuk gel, maka sebanyak 7 µl marker DNA 1 kb dan 7 µl DNA Carmovirus
hasil PCR masing-masing dimasukan ke dalam sumur gel elektroforesis.
Elektroforesis dilakukan dengan menggunakan tegangan 100 volt selama 30
menit. Hasil elektroforesis divisualisasikan dengan transluminator ultraviolet.
Pita DNA yang terbentuk pada hasil elektroforesis didokumentasikan dengan
kamera digital.
Sekuen Nukleotida dan Analisis Filogenetika
Sampel yang telah terdeteksi positif terinfeksi Carmovirus pada sampel
tanaman sakit anyelir dilakukan analisa sekuen nukleotida dengan pembuatan
produk PCR sebanyak 100 µl. Sampel tersebut dikirim ke PT Macrogen Inc.,
Seoul, Korea untuk dilakukan sekuen nukleotida.
Hasil sekuen nukleotida kemudian digunakan untuk analisis kesejajaran
dengan sekuen nukleotida Carmovirus yang telah dipublikasikan di GenBank
dengan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) pada situs National
Center for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov). Setelah
didapatkan database nukleotida dari virus tersebut kemudian dianalisa

7
 

menggunakan program multiple alignment, ClustalW dengan software BioEdit
V7.0.5. Pohon filogenetik dapat dibangun dengan menggunakan data sekuen
untuk memvisualisasikan hubungan evolusi kesejajaran suatu spesies (Mabrouk et
al. 2006). Analisis filogenetika dilakukan dengan menggunakan program
Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA 5.05) dan TreeTopPhylogenetic Prediction Tree dalam situs Genebee-Molecular Biology Services
(http://www.genebee.msu.su).

 

HASIL DAN
N PEMBA
AHASAN

Pen
nyakit Belaang pada Tanaman
T
Anyelir
A
di Lapangan
L
Keberadaaan penyakitt belang yanng disebabk
kan oleh Carrmovirus peertama kali
dilapporkan olehh Kassanis tahun 19555 pada beeberapa vaarietas popuular Sweet
Williiams (Diannthus barbbatus L.) di
d Inggris. Hasil inookulasi padda anyelir
menghasilkan gejala
g
lokal berupa berrcak putih kecil,
k
setelaah 8 hari beerkembang
menjjadi adanyaa pemucataan sepanjanng tulang daaun pada daun
d
muda, kemudian
bergganti menjaadi mosaik ringan. Virrus ini berrhasil ditulaarkan secarra mekanis
menggunakan cairan
c
perassan (sap) daaun dan gag
gal ditularkkan melalui kutu daun
Myzuus persicaee. Penyakit ini telah dilaporkan
d
di
d seluruh pertanaman
p
anyelir di
duniia, antara laain Marylannd (Waterw
worth dan Kaper
K
1972), Belanda ((Zandvoort
19733), Californnia (Lommeel et al. 19883), Spanyol (Navarro et al. 1996; Bernal et
al. 2006),
2
Indiaa (Singh ett al. 2005; Raikhy et al. 2006), Turkey (Cevik et al.
20100), dan Taiw
wan (Chen et
e al. 2003; Zheng et all. 2011).
Survei yang
y
telah dilakukann pada beeberapa seentra penggembangan
pertaanaman annyelir di daerah
d
Ciannjur dan Bandung
B
m
menemukan
n beberapa
tanam
man yang menunjukka
m
an gejala beelang (mottlle). Gejala khas
k
penyakkit tersebut
beruupa belang pada daun berwarna hijau mudaa dengan batas
b
yang tidak jelas
(Gam
mbar 1 A), belang padda lamina daun
d
berwarrna kuning kehijauan dan tulang
daunn berwarna hijau tua yang
y
cukup jelas serta bagian tepi daun terliihat sedikit
meleekuk (Gambbar 1 B). Gejala
G
semacam ini banyak
b
ditem
mukan padda tanaman
yangg masih muuda terutamaa di pembibbitan sepertii yang ditem
mukan di Cipanas dan
Cipuutri. Gejala seperti ini juga pernahh dilaporkaan Waterwoorth dan Kaaper (1972)
yangg dicirikan dengan mosaik
m
ringan pada Dianthus
D
baarbatus di Maryland,
Ameerika. Gejalla ini telahh diketahui diinduksi oleh infekksi Carmovvirus. Oleh
karena itu, peneelitian selanj
njutnya diaraahkan pada identifikasii Carmoviruus.

B
C
A
 
Gam
mbar 1 Varriasi gejala Carnation mottle
m
viruss pada tanam
man anyelirr (Dianthus
cary
ryophyllus L.)
L isolat Cippanas (A), Ciputri
C
(B),, dan Cihideeung (C).
Di sampinng mengindduksi belang pada dau
un tanaman anyelir, infeksi virus
ini juga menyeebabkan kuaalitas bunga potong menurun
m
dittandai denggan ukuran
bungga lebih keccil, kelopak bunga sobeek, jumlah dan
d bobot bunga
b
yang dihasilkan

9
 

berkurangg. Sampel tanaman anyelir
a
yan
ng diambill dari daeerah Cihideeung,
Parongponng tidak menunjukkann gejala (Gaambar 1 C)). Hal ini ddisebabkan pada
saat penggambilan saampel, tanaaman sudah
h memasukki fase geneeratif. Bebeerapa
penelitian terdahuluu menunjukkkan bahw
wa gejala infeksi Caarmovirus pada
pertanamaan anyelir tidak
t
begituu jelas, berrupa mosaikk ringan paada daun muda,
m
sedangkann pada tannaman yangg telah beerbunga tiddak terlihatt adanya gejala
g
(Lommel et al. 19833; Singh et al. 2005). Meskipun gejala
g
yangg tampak beerupa
gejala ringgan, namun virus ini daapat mengin
nfeksi semuua jenis anyelir (Singh et al.
2005).Viruus ini mennyebabkan kualitas
k
bun
nga potongg menurun ditandai deengan
ukuran buunga yang lebih
l
kecil, kelopak bunga sobekk, jumlah ddan bobot bunga
b
yang dihasilkan berkuurang.
Deteksi Caarmovirus melalui
m
RT
T-PCR
Reveerse transcription (RT
T) merupak
kan proses transkripsii balik terh
hadap
molekul mRNA
m
denngan mengggunakan enzim reverrse transcrriptase sehiingga
diperoleh molekul cD
DNA (complementary DNA)
D
yangg digunakan sebagai cettakan
dalam prooses PCR. Sampel
S
yang diperoleh
h dari Cipannas, Ciputri, dan Cihid
deung
dideteksi melalui RT-PCR
R
dengan pasangan prim
mer spesifi
fik Carmovvirus.
Berdasarkkan hasil am
mplifikasi dengan
d
tekn
nik RT-PC
CR, isolat vvirus dari ketiga
k
daerah terrsebut posittif terinfekssi Carmovirrus. Gambaar 2 menunnjukkan frag
gmen
DNA diperoleh darii hasil ampplifikasi yaang ditandaai adanya ppita DNA yang
terbentuk dengan ukuuran sebesaar 1000 bp sesuai
s
dengaan desain primer BC57
7 dan
BC58 (Ceevik et al. 20010).
M

K (-)

1

2

3

4

5

6

1
1000
bp

 

Gambar 2 Hasil am
mplifikasi seemua isolat virus melaalui RT-PCR
R menggun
nakan
primer spesifik
s
Caarmovirus. Lajur M = marker 1kkb DNA laadder
(Promegga, USA); Lajur K (--) = kontrool negatif (ttanaman an
nyelir
sehat); Lajur
L
1,2,3, dan 4 = sampel tannaman anyelir asal Cip
panas
(1= Dianthus barbaatus Jatim; 2= anyelir klon
k
RS 0313; 3= klon
n MD
76113; 4=
4 klon RS 83.1), Laju
ur 5= anyellir tipe standdar White Candy
C
asal Cipputri, Lajuur 6 = any
yelir tipe standar
s
warrna Salem asal
Cihideunng.

10
 

Hasil deteksi RT-PCR menunjukkan bahwa isolat virus yang diisolasi dari
tanaman anyelir klon RS 0313 dan MD 76113 yang diambil dari Kebun
Percobaan Balithi, Cipanas positif mengandung Carmovirus yang ditandai
dengan terbentuknya pita DNA (Gambar 2, lajur 2 dan 3). Isolat virus yang
diisolasi dari Dianthus barbatus Jatim (lajur 1) dan anyelir klon RS 83.1 (lajur 4)
negatif terhadap Carmovirus ditandai dengan tidak munculnya pita DNA. Adapun
sampel yang diambil dari Ciputri dan Cihideung positif mengandung Carmovirus
(lajur 5 dan 6). Pita DNA pada lajur 3 terlihat lebih tipis dibandingkan dengan
pita DNA pada lajur 2, 5, dan 6. Hal ini mungkin disebabkan konsentrasi partikel
virus pada jaringan tanaman masih rendah. Meskipun konsentrasi virus rendah,
namun virus masih bisa teramplifikasi dengan menggunakan teknik PCR. Teknik
RT-PCR memiliki sensitifitas yang cukup tinggi karena hanya membutuhkan
komponen dalam jumlah sedikit termasuk jumlah partikel DNA yang akan
diamplifikasi. Selain itu, PCR juga dapat melipatgandakan suatu fragmen DNA
secara cepat dan spesifik dengan bantuan oligonukleotida primer yang digunakan
untuk mengawali sintesis rantai DNA (Yuwono 2006). Pada penelitian
selanjutnya, dipilih tiga isolat virus yang asalnya berbeda, yaitu isolat virus
Cipanas, Ciputri, dan Cihideung.
Identifikasi Spesies Carmovirus berdasarkan Analisis Sekuen Nukleotida
Produk PCR yang telah terdeteksi positif mengandung Carmovirus telah
berhasil disekuen dan dilakukan analisa sekuen nukleotida. Hasil sekuen
dianalisis menggunakan program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI). Hasil
BLAST menunjukkan bahwa gen coat protein (CP) Carmovirus asal Indonesia
(Cipanas, Ciputri, Cihideung) memiliki similaritas yang cukup tinggi yaitu lebih
dari 96% dengan isolat CarMV yang telah dilaporkan dari berbagai negara seperti
Australia, Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, dan
Spanyol.
Hasil analisis penjajaran sekuen nukleotida dengan program ClustalW
menunjukkan bahwa gen coat protein (CP) Carmovirus asal Cipanas, Ciputri,
Cihideung memiliki kesamaan yang cukup tinggi dengan isolat CarMV dari
negara-negara tersebut seperti pada Gambar 3 (huruf dengan latar belakang hitam
menunjukkan kesamaan runutan nukleotida, sedangkan huruf dengan latar
belakang abu-abu menunjukkan runutan yang berbeda antara isolat yang
dibandingkan, dan huruf dengan latar belakang putih menunjukkan nukleotida
yang berbeda dalam satu runutan antara isolat yang dibandingkan).

11
 

12
 

 

Gambar 3 Penjajaran sekuen nukleotida isolat virus asal Cipanas, Ciputri, dan
Cihideung dengan isolat virus CarMV asal Australia, Belanda, Brazil,
India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, dan Spanyol serta
outgroup Melon necrosis spot virus menggunakan program ClustalW.
Analisis similaritas penjajaran nukleotida dilakukan dengan menambahkan
satu spesies lainnya dari genus Carmovirus sebagai outgroup yaitu Melon
necrosis spot virus (MNSV). Kesamaan urutan nukleotida antara isolat virus asal

13
 

Indonesia dengan yang berasal dari negara lain didapatkan berdasarkan
similaritas nilai penjajaran menggunakan Sequence Identity Matrix dalam BioEdit
V7.0.5 (Hall 1999). Persentase tertinggi similaritas nukleotida sebesar 98.7%
yaitu antara isolat virus Ciputri-Cihideung dan Cipanas-Cihideung. Hal ini
menunjukkan bahwa isolat virus asal Cipanas, Ciputri, dan Cihideung merupakan
kelompok virus dengan hubungan kekerabatan yang sangat dekat.
Jika dibandingkan dengan beberapa isolat virus yang telah dipublikasikan
dalam GenBank, isolat Cipanas memiliki nilai similaritas yang tinggi dengan
CarMV isolat nl-2 asal Belanda sebesar 98.3%, isolat Ciputri mempunyai nilai
similaritas tertinggi dengan CarMV isolat nl-2 asal Belanda dan CarMV isolat
Mahallat-2 asal Iran masing-masing sebesar 97.9%. Isolat asal Cihideung
memiliki nilai similaritas tertinggi dengan CarMV isolat isr-2 asal Israel sebesar
97.9%. Seluruh isolat Indonesia memiliki tingkat similaritas yang tinggi, berkisar
antara 97%-98% dengan isolat CarMV yang diperoleh dari GenBank. Manurut
Faquet et al. (2005), apabila antara satu spesies virus dengan spesies lainnya
disejajarkan dan memiliki kesamaan sekuen asam amino gen coat protein diatas
59% maka virus tersebut berada di dalam satu spesies yang sama. Hal ini dapat
disimpulkan bahwa spesies Carmovirus yang menginfeksi tanaman anyelir di
daerah Cianjur dan Bandung adalah CarMV. Kesimpulan ini dikuatkan oleh data
similaritas yang sangat rendah bila sekuen nukleotida isolat virus asal Indonesia
tersebut disejajarkan dengan spesies lain yang masih anggota genus Carmovirus
yaitu Melon necrosis spot virus (MNSV) yaitu hanya 41.4% (Tabel 3).
Carnation mottle virus merupakan virus tanaman anyelir yang tergolong
dalam genus Carmovirus, famili Tombusviridae (Faquet et al. 2005). Virus ini
memiliki virion berbentuk ikosahedral dengan diameter 32-35 nm. Genom RNA
memiliki panjang 4 kb dan memiliki 4 ORF (Open Reading Frame). ORF 1
berfungsi menyandikan enzim polymerase yang berperan dalam proses replikasi
virus, ORF 2 berfungsi untuk menyandi movement protein (7 kDa) yang berperan
dalam perpindahan virus dari satu sel ke sel lainnya, ORF 3 berfungsi
menyandikan movement protein (9kDa) yang berperan dalam perpindahan virus
melalui sistem pembuluh tanaman inang ke seluruh bagian tumbuhan. ORF 4
berfungsi menyandikan coat protein (38 kDa) yang berperan dalam ekspresi
gejala dan kisaran inang. Tipe asam nukleat virus ini yaitu RNA utas tunggal
(single stranded RNA). Virion memiliki 32 kapsomer per nukleokapsid dan
tersusun atas 180 subunit protein. Partikel virus mengandung 14% asam nukleat
dan 86% protein dalam mantelnya. Coat protein dari suatu virus tanaman
tersusun dari beberapa subunit yang mengandung sekuen yang identik bersifat
konstan namun berbeda untuk setiap spesies virus bahkan kadang-kadang berbeda
untuk setiap strain dari spesies virus yang sama (Agrios 2005). Oleh karena itu
coat protein sering digunakan sebagai target dari deteksi dan identifikasi virus
secara molekuler.
CarMV memiliki kisaran inang yang cukup luas. Beberapa spesies anyelir
dari genus yang berbeda namun masih berada dalam famili yang sama yaitu
Caryophyllaceae telah dilaporkan terinfeksi oleh virus ini, diantaranya Saponaria
officianalis (genus Saponaria) dan Vacaria hispanica (genus Vacaria). CarMV
menyerang secara spesifik terhadap tanaman anyelir, namun telah dilaporkan
secara alami menyerang Phalaenopsis orchids dari famili Orchidaceae (Zheng et
al. 2011) dan Zantedeschia spp. dari famili Araceae di Taiwan (Chen et al. 2003).

14
 

Tabel 3 Tingkat similaritas (alignment score) sekuen nukleotida gen coat protein (CP) CarMV isolat Cipanas, Ciputri, Cihideung,
Australia, Brazil, Belanda, India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, Spanyol, dan Melon necrosis spot virus
No

No. Aksesi

Isolat CarMV

Asal Negara

1

-

Cipanas

Indonesia

2

-

Ciputri

Indonesia

3

-

Cihideung

Indonesia

4

AJ309495

Jap

Jepang

5

AJ309492

Aus

Australia

6

JX207141

Mg 1669

Brazil

7

AJ309501

Isr-2

Israel

8

AJ309497

Nl-2

Belanda

9

AJ309509

Sp-m

Spanyol

10

DQ092486

Mahallat-2

Iran

11

AJ309494

Fr

Perancis

12

AJ309493

Col

Kolombia

13

AJ844549

India

14

AB232925

Solan
Melon necrosis
spot virus

1

Tingkat Similaritas (%)1
1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

ID

98.6

98.7

97.9

97.9

98.1

98.2

98.3

98.1

98.2

98.0

98.0

98.2

41.4

ID

98.7

97.5

97.5

97.7

97.8

97.9

97.7

97.9

97.6

97.6

97.8

41.4

ID

97.4

97.4

97.6

97.9

97.8

97.6

97.7

97.5

97.5

97.7

41.4

ID

100

97.2

97.3

97.5

97.1

97.1

99.9

99.9

97.5

41.6

ID

97.2

97.3

97.5

97.1

97.1

99.9

99.9

97.5

41.6

ID

98.1

98.2

97.6

97.9

97.3

97.3

98.3

41.0

ID

98.2

97.6

97.8

97.4

97.4

98.6

41.5

ID

99.9

98.4

97.6

97.6

98.6

40.9

ID

98.0

97.2

97.2

98.1

41.1

ID

97.2

97.2

98.3

41.3

ID

100

97.6

41.6

ID

98.2

41.6

ID

41.3

Jepang

Persentase tingkat similaritas isolat virus didapatkan dari perhitungan menggunakan BioEdit v7.0.5
Angka dengan cetak tebal menunjukkan persentase similaritas tertinggi antara isolat virus asal Indonesia (Cipanas, Ciputri, dan Cihideung)
Angka dengan arsiran menunjukkan persentase similaritas tertinggi antara isolat Cipanas, Ciputri, dan Cihideung dengan isolat virus asal GenBank
Angka dengan garis bawah menunjukkan persentase similaritas terendah antara isolat virus Indonesia dengan outgroup MNSV

ID

15
 

Hubungan Kekerabatan CarMV
Analisis filogenetik merupakan studi mengenai hubungan evolusi yang
digambarkan melalui cabang atau diagram menyerupai pohon yang mewarisi sifat
genetik suatu organisme (Mabrouk et al. 2006). Hasil analisis kekerabatan
digambarkan dalam pohon filogenetika berdasarkan sekuen nukleotida dengan
menggunakan program MEGA 5.05 dan TreeTop-Phylogenetic Tree Prediction.
Gambar 3 menunjukkan bahwa isolat-isolat CarMV membentuk dua kelompok
utama. Isolat Indonesia yaitu Cipanas, Ciputri, dan Cihideung membentuk satu
subkelompok dari kelompok pertama. Hal ini diduga sumber penularan virus
berasal dari tempat yang sama (Lakani 2012). Adanya distribusi anyelir dari satu
daerah ke daerah lainnya diduga sebagai penyebab penularan tersebut. Virus ini
dapat menyebar melalui perbanyakan tanaman dan alat-alat pertanian (Singh et al.
2005; Kassanis 1955).

Group I

Group II

 

Gambar 4 Kladogram sekuen nukleotida gen coat protein (CP) Carnation mottle
virus isolat Indonesia, Australia, Belanda, Brazil, Jepang, Spanyol,
India, Iran, Israel, Kolombia,dan Perancis serta Melon necrosis spot
virus menggunakan program MEGA 5.05 dan TreeTop -Phylogenetic
Tree Prediction. 
Adapun subkelompok 2 terdiri atas isolat CarMV asal Brazil, Israel, Iran,
India, Belanda, dan Spanyol. Kekerabatan antara ketiga isolat Indonesia (Cipanas,
Ciputri, Cihideung), Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, dan Spanyol sangat dekat
dan masih berada dalam satu kelompok. Kelompok 2 terdiri atas isolat CarMV
asal Australia, Jepang, Kolombia dan Perancis. Kladogram pada Gambar 3
menunjukkan hasil yang sesuai dengan hasil analisis homologi dan kesejajaran
sekuen nukleotida bahwa isolat virus asal Ciputri, Segunung, dan Bandung
memiliki kekerabatan yang sangat dekat dengan kelompok spesies CarMV. Selain
itu, pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa isolat virus asal Indonesia

16
 

memiliki hubungan yang cukup jauh dengan MNSV walaupun masih berasal dari
genus yang sama. Penelitian mengenai status penyakit belang yang disebabkan
oleh CarMV di Indonesia masih minim sehingga perlu diteliti lebih lanjut
mengenai karakterisasi dari virus ini.

 

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan
Berdasarkan analisis sekuen nukleotida dapat disimpulkan bahwa spesies
Carmovirus yang berasosiasi dengan penyakit belang pada tanaman anyelir di
daerah Cipanas, Ciputri, dan Cihideung adalah CarMV. Analisis filogenetika
menunjukkan bahwa isolat CarMV asal Cipanas, Ciputri, dan Cihideung
tergabung dalam satu subkelompok dan dekat kekerabatannya dengan CarMV asal
negara Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, dan Spanyol.
Saran
Perlu dilakukan survei dan pemetaan penyakit belang (mottle) yang
berasosiasi dengan CarMV di seluruh pusat pertanaman anyelir di Indonesia
sehingga diketahui kejadian penyakit serta dapat dianalisis keragaman isolatnya.

18
 

DAFTAR PUSTAKA

[Ditjenhort] Direktorat Jenderal Hortikultura. 2005. Inventarisasi Tanaman Hias
Unggulan Komersil. Jakarta (ID): Direktorat Budidaya Tanaman Hias,
Direktorat Jenderal Hortikultura, Departemen Pertanian.
[Ditjenhort] Direktorat Jenderal Hortikultura. 2012. Produksi Tanaman Hias di
Indonesia Tahun 2007-2011 [Internet]. Badan Pusat Statistik. [diunduh 2012
Jun 25]. Tersedia pada: http://florikultura.org/index.php/beranda /data_prod.
[OGTR] Office of the Gene Technology Regulator, Australian Government.
2005. The Biology and Ecology of Dianthus caryophyllus L. (Carnation).
Australian Government, Departement of Health and Ageing, Office of the
Gene Technology Regulator (AU).
Agrios GN. 2005. Planth Pathology. 5th Ed. Burlington (UK): Elsevier
Academic Press.
Akin HM. 2006. Virologi Tumbuhan. Yogyakarta (ID): Kanisius. 
Bernal BG, Castillo SG, Pallas V, Pina MAS. 2006. Distribution of carnation
viruses in the shoot tip: Exclusion from the shoot apical meristem.
Physiological and Molecular Plant Pathology. 69(1-3):43-51.
Cevik B, Bakir T, Koca G. 2010. First report of Carnation mottle virus in Turkey
[abstrak]. Plant Pathology. [Internet]. [diunduh 2012 Des 10]; 59 (2):394.
Tersedia
pada:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.13653059.2009.02181.x/abstract.
Chen CC, Ko WF. 2003. First report of Carnation mottle virus in Calla lily
(Zantedeschia spp.) [abstrak]. Plant Disease. [Internet]. [diunduh 2012 Sept
17]; 87(12):1539. Tersedia pada: http://www.apsnet.org/publications
/plantdisease/2003/December/Pages/87_12_1539.3.aspx.DOI:10.1094/PDIS.
2003.87.12.1539C.
Chung BN, Kim BD, Choi GS, Kim JS. 2004. First report on Carnation vein
mottle virus in Dianthus barbatus in Korea. Plant Pathology. 20(3): 224228.
El-Ela AA, Amer MA, Khatab EAH. 2006. Cytological and molecular studies of
an Egyptian isolate of Carnation vein mottle Potyvirus. Egyptian Journal of
Virology. 3(1):1-18.
Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, Desselberger U, Ball LA, editor. 2005. Virus
Taxonomy Eight Report of the International Committee on Taxonomy of
Viruses. San Diego (US): Virology Division International Union of
Microbiological Societies.
Hakkart FA. 1964. Description of symptoms and assessment of loss caused by
some viruses in the carnation cultivar “William Sim”. Plant Pathology.
70(1964): 53-60.
Hall TA. 1999. BioEdit: a user friendly biological sequence alignment editor and
analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series
41: 95-98.
Kassanis. 1955. Some properties of four viruses isolated from carnation plants.
Annals of Applied Biology. 43(1):103-113.
Lakani I. 2012. Identifikasi dan karakterisasi beberapa virus yang menginfeksi
tanaman anggrek di jawa serta induksi ketahanan sistemik tanaman anggrek
 

19
 

dengan asam salisilat [disertasi]. Bogor (ID): Fitopatologi, Institut Pertanian
Bogor.
Lommel SA, McCain AH, Mayhew DE, Morris TJ. 1983. Survey of commercial
carnation cultivars for four viruses in California by indirect enzyme-linked
immunosorbent assay. Plant Diseases. 67:53-56.
Mabrouk MS, Hamdy M, Mandouh M, Aboelfotoh M, Kaddah YM. 2006.
BIOINFTool: Bioinformatics and sequence data analysis in molecular
biology using Matlab. Cairo International Biomedical Engineering
Conference.
Mattjik NA. 2010. Anyelir (Dianthus caryophyllus L.). Di dalam: Purwito A,
editor. Budi Daya Bunga Potong dan Tanaman Hias. Bogor (ID): IPB
Press. Hlm 65-79.
Navarro JAS, Cano EA, Pallas V. 1996. Non-radioactive molecular hybridization
detection of Carnation mottle virus in infected carnations and its comparison
to serological and biological techniques. Plant Pathology. 45(1996): 375382.
Pangemanan L, Kapantow G, Watung M. 2011. Analisis pendapatan usahatani
bunga potong. ASE. 7(2):5-14.
Raikhy G, Hallan V, Kulshrestha S, Sharma ML, Ram R, Zaidi AA. 2003. First
Report of Carnation necrotic fleck virus (CNFV) infecting carnations in
India. Plant Pathology. 52 (6):801.
Singh HP, Hallan V, Raikhy G, Kulshrestha S, Sharma ML, Ram R, Garg ID,
Zaidi AA. 2005. Characterization of an Indian isolate of Carnation mottle
virus infecting carnations. Current Science. [Internet]. [diunduh 2012 Juni
30]; 88(4). Tersedia pada: http://www.currentscience.ac.in/php/toc.php?vol
=088&issue=04.
Trujillo EE, Shimabuku R, Hashimoto C, Hori TM. 1989. Diseases and Pests of
Carnation. Hawaii (USA): College of Tropical Agriculture and Human
Resources, University of Hawaii.
Varietas baru anyelir. 2011 Juni 15-21. Sinartani [Internet]. [diunduh 2012 Sept
7]. Agroinovasi: 10-11. Tersedia pada: http:// pustaka.litbang.deptan.go.id/
inovasi/kl1134103.pdf.
Whealy CA. 1992. Carnations. Di dalam: Larson RA, editor. Introduction to
Floriculture.
2nd ed. New York (US): Academic Press Inc. hlm 43-65.
Waterworth HE, Kaper JM. 1972. Purification and properties of Carnation mottle
virus and its ribonucleic acid. Phytopathology. 62: 959-964.
Yuwono T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Ed ke-1.
Yogyakarta (ID): Andi offset.
Zandvoort R. 1973. The spread of Carnation mottle virus in carnation in glasshouses. Plant pathology. 79(1973):81-84.
Zheng YX, Chen CC, Jan FJ. 2011. First report of Carnation mottle virus in
Phalaenopsis orchids [abstrak]. Plant Disease. [internet]. [diunduh 2012
Sept 17]; 95(3):354. Tersedia pada: http://www.apsnet.org/publications/
plantdisease/2011/March/Pages/95_3_354.2.aspx. DOI 10.1094/PDIS-1010-0757.

 

LAMPIRAN

21
 

Lampiran 1 Sekuen nukleotida isolat virus Cipanas

 

 

 

 

 

 

22
 

Lampiran 2 Sekuen nukleotida isolat virus Ciputri

 

 

 

23
 

Lampiran 3 Sekuen nukleotida isolat virus Cihideung

 

RIWAYAT HIDUP
 

Penulis lahir di Subang pada tanggal 10 September 1990 sebagai anak
pertama daridua bersaudara pasangan Ahmad Rifki, SP. dan Iim Kusniawati, SPd.
Penulis menyelesaikan pendidikan sekolah lanjutan atas di SMA Negeri Ciasem,
Subang (2005-2008).
Penulis melanjutkan pendidikannya di Institut Pertanian Bogor (IPB)
melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB tahun 2008 pada kurikulum berbasis
mayor-minor.
Penulis diterima sebagai mahasiswa Departemen Proteksi
Tanaman, Fakultas Pertanian, IPB dan mengikuti masa Tingkat Persiapan
Bersama selama 1 tahun.
Pada tahun berikutnya penulis melanjutkan
pendidikannya dengan Mayor Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian. Penulis
mengambil mata kuliah sebagai supporting course antara lain Perilaku Satwa Liar
(Departemen Konservasi Sumberdaya Hutan dan Ekowisata, Fakultas Kehutanan),
Ekonomi Sumberdaya Lahan (Departemen Ekonomi Sumberdaya Lahan),
Manajemen Pemasaran (Departemen Manajemen, Fakultas Ekonomi), Silvika
(Departemen Silvikultur), Perilaku Konsumen, Pendidikan dan Perlindungan
Konsumen (Departemen Ilmu Keluarga dan Konsumen)  
Selama masa kuliah, penulis aktif bergabung dengan beberapa organisasi
diantaranya Himasita sebagai Sekretaris II Periode 2009-2010 dan Ikatan
Mahasiswa Omda Subang FOKUS. Penulis juga pernah mengikuti magang di BB
Padi tahun 2009. Selain itu, penulis juga aktif dalam berbagai kegiatan kampus,
kepanitiaan, dan partisipasi yang dilaksanakan Departemen Proteksi Tanaman
maupun Fakultas Pertanias. Penulis memiliki hobi menari dan tergabung dalam
Tim Saman Proteksi Tanaman 2009-2012.