Tata Cara Analisis Hasil

Namun berdasarkan penelitian Hopert, dkk. 1998 dan Jacob dkk. 2000 secara in vitro maupun in vivo coumestrol aktif sebagai ligan pada REα. Oleh karena itu protokol Radifar dkk. 2013 perlu dikembangkan agar dapat mengenali coumestrol sebagai ligan bagi REα. Kelemahan dari metode interaksi sidik jari yaitu metode tersebut sangat bergantung pada senyawa standar karena prinsip dari sidik jari interaksi yaitu mengukur kemiripan sidik jari interaksi ligan dengan sidik jari interaksi senyawa standar. Dalam protokol Radifar dkk. 2013 senyawa standar yang digunakan adalah 4-hidroksi-tamoksifen yang diketahui mempunyai afinitas yang sangat tinggi terhadap REα oleh karena itu usulan pengembangannya adalah dengan mengganti senyawa standar 4-hidroksi-tamoksifen dengan senyawa ligan REα yang afinitasnya lebih rendah dari 4-hidroksi-tamoksifen. Usulan pengembangan lainnya yaitu dengan mengganti filter asam amino Asp351 degan asam amino lain yang berperan dalam pengikatan ligan bagi RE α seperti Glu353, Arg394, Thr347. Gambar 4. Histogram sebaran nilai Tc-PLIF coumestrol- REα

4.2. Protokol ChemPLP filter

Protokol ini berdasar pada nilai ChemPLP terbaik dari coumestrol yang memiliki ikatan hidrogen dengan ASP351 REα pada setiap penambatannya. Protokol ini digunakan untuk mengetahui pose coumestrol pada kantung ikatan REα. Penambatan dilakukan sebanyak 1.000 kali dengan 3 kali replikasi, kemudian dipilih pose dengan nilai ChemPLP terbaik untuk menjadi pembanding dalam menghitung nilai RMSD dari setiap penambatan coumestrol pada REα. Data yang didapatkan ditampilkan pada Gambar 5. Gambar 5. Histogram sebaran RMSD penambatan coumestrol- REα Berdasarkan Gambar 5 dapat dilihat bahwa terdapat sebaran nilai RMSD coumestrol pada REα sehingga coumestrol memiliki berbagai pose. Oleh karena itu selanjutnya perlu dilakukan pengelompokan dengan metode pengelompokkan k-means pada aplikasi statistik R 3.0.1. R Development Core Team, 2013 untuk mengidentifikasi jumlah pose coumestrol pada REα.