Tata Cara Penelitian METODE PENELITIAN
Protokol yang digunakan dalam penelitian ini harus valid, oleh karena itu sebelum dilakukan penambatan coumestrol pada
REα perlu dilakukan validasi internal dengan menambatkan kembali 4-hidroksi-tamoksifen pada
REα untuk mengetahui apakah protokol yamg digunakan dapat menghasilkan kembali pose
dari ligan ko-kristal dengan menggunakan parameter nilai RMSD. Protokol dapat diterima apabila 95 dari data mempu
nyai nilai RMSD ≤ 2 Å sesuai dengan diagram pengambilan keputusan Gambar 3.
Tabel I. Data RMSD
penambatan ulang 4-hidroksi-tamoksifen
RMSD
≤
2 Å ChemPLP RMSD
≤
2 Å Tc-PLIF Non Filter
Filter Non Filter
Filter Rep.I Rep.II Rep.III Rep.I Rep.II Rep.III Rep.I Rep.II Rep.III Rep.I Rep.II Rep.III
99,9 99,8 99,8 100 100 99,9 89,6 89,9 90,5 91,2 92,5 90,6
Berdasarkan tabel I dapat diketahui bahwa protokol yang menggunakan parameter Tc-PLIF tidak dapat menghasilkan kembali pose ko-kristal sedangkan
protokol yang menggunakan parameter ChemPLP baik filter maupun non filter dapat menghasilkan kembali pose ko-kristal yang ditandai dengan lebih dari 95
data memiliki nilai RMSD ≤ 2 Å oleh karena itu protokol dengan parameter ChemPLP filter dapat digunakan untuk menentukan pose penambatan coumestrol
pada REα.
Salah satu tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui dan menguji kemampuan protokol yang dikembangkan oleh Radifar dkk. 2013 dapat
mengenali coumestrol sebagai ligan pada REα. Dari data validasi internal
diputuskan protokol dengan parameter ChemPLP filter yang digunakan, namun karena protokol tersebut berdasar pada nilai ChemPLP terbaik maka nila Tc-PLIF
yang didapat belum tentu merupakan nilai yang terbaik, sehingga digunakan
protokol dengan parameter Tc-PLIF filter untuk menguji apakah protokol dapat mengenali coumestrol sebagai ligan pada
REα. Protokol dengan parameter Tc-PLIF filter digunakan karena protokol
tersebut telah divalidasi oleh Radifar dkk. 2013 bahwa protokol tersebut mampu mengenali ligan
REα. Namun protokol tersebut belum dilakukan validasi apakah dapat menghasilkan kembali pose dari ligan ko-kristal. Oleh karena itu pada
penelitian ini digunakan protokol dengan parameter Tc-PLIF filter untuk mengetahui dan menguji kemampuan protokol yang dikembangkan oleh Radifar
dkk. 2013 dapat mengenali coumestrol sebagai ligan pada REα serta protokol
dengan parameter ChemPLP filter untuk mengetahui pose coumestrol pada kantung ikatan
REα.