pose yang memiliki ikatan dengan Asp351 Radifar dkk., 2013 dan dipilih pose dengan nilai Tc-PLIF terbesar setiap replikasi. Jika dalam penambatan
terdapat lebih dari satu pose dengan nilai Tc-PLIF terbesar, maka pose dengan nilai ChemPLP terbesar yang dipilih
6. Elusidasi pose ikatan coumestrol pada REα
Pose penambatan dengan nilai terbaik sesuai luaran protokol yang dinyatakan valid Gambar 3 dihitung nilai RMSD. RMSD yang didapat
kemudian dikelompokkan menggunakan metode pengelompokkan k-means pada aplikasi R komputasi statistik. Nilai median RMSD pada masing-masing
kelompok dipilih sebagai kelompok representatif. Kemudian kelompok tersebut digambar posenya menggunakan Pymol untuk menggambarkan
bagaimana interaksi coumestrol dengan REα.
E. Tata Cara Analisis Hasil
Data Tc-PLIF dianalisis dengan aplikasi R komputasi statisik menggunakan shapiro-wilk untuk melihat distribusi data tiap kelompok. Jika
didapatkan distribusi data yang normal maka dilanjutkan dengan var-test untuk mengetahui variansi antar kelompok. Apabila distribusi normal selanjutnya
digunakan t-test bila tidak terdistribusi normal digunakan Wilcoxon-test. Ligan coumestrol dapat dikenali sebagai ligan bagi
REα bila secara statistik taraf kepercayaan 95 nilai Tc-
PLIF ≥ 0,600.
21
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
Pendekatan kimia medisinal komputasi memiliki peran dalam meningkatkan efisiensi penemuan obat. Protokol yang digunakan telah banyak
dikembangkan salah satunya adalah protokol yang dikembangkan oleh Anita dkk. 2012 dan divalidasi kembali oleh Radifar dkk. 2013. Untuk melakukan
pendekatan secara in silico dibutuhkan protokol yang tervalidasi. Penelitian ini menambatkan coumestrol yang secara in vitro Hopert dkk., 1998 maupun in vivo
Jacob dkk., 2000 aktif sebagai ligan bagi REα dengan tujuan mengetahui dan
menguji kemampuan protokol yang dikembangkan oleh Radifar dkk. 2013 dapat mengenali coumestrol sebagai ligan pada
REα serta mengetahui pose coumestrol pada kantung ikatan
REα. Coumestrol ditambatkan pada
REα dengan menggunakan aplikasi PLANTS 1.2 Korb dkk., 2007; Korb dkk., 2009 luaran yang didapatkan adalah
nilai ChemPLP dimana nilai terendah merupakan nilai yang paling baik. Kemudian luaran tersebut digunakan untuk mengidentifikasi sidik jari interaksi
REα-coumestrol menggunakan aplikasi PyPLIF Radifar dkk., 2013. Untuk meningkatkan hasil penapisan dilakukan penyaringan pada pose yang memiliki
ikatan hidrogen dengan ASP351 Radifar dkk., 2013. Luaran dari PyPLIF memberikan nilai Tc-PLIF. Kemudian dipilih pose terbaik yang memiliki nilai
Tc-PLIF atau ChemPLP yang paling baik.
Protokol yang digunakan dalam penelitian ini harus valid, oleh karena itu sebelum dilakukan penambatan coumestrol pada
REα perlu dilakukan validasi internal dengan menambatkan kembali 4-hidroksi-tamoksifen pada
REα untuk mengetahui apakah protokol yamg digunakan dapat menghasilkan kembali pose
dari ligan ko-kristal dengan menggunakan parameter nilai RMSD. Protokol dapat diterima apabila 95 dari data mempu
nyai nilai RMSD ≤ 2 Å sesuai dengan diagram pengambilan keputusan Gambar 3.
Tabel I. Data RMSD
penambatan ulang 4-hidroksi-tamoksifen
RMSD
≤
2 Å ChemPLP RMSD
≤
2 Å Tc-PLIF Non Filter
Filter Non Filter
Filter Rep.I Rep.II Rep.III Rep.I Rep.II Rep.III Rep.I Rep.II Rep.III Rep.I Rep.II Rep.III
99,9 99,8 99,8 100 100 99,9 89,6 89,9 90,5 91,2 92,5 90,6
Berdasarkan tabel I dapat diketahui bahwa protokol yang menggunakan parameter Tc-PLIF tidak dapat menghasilkan kembali pose ko-kristal sedangkan
protokol yang menggunakan parameter ChemPLP baik filter maupun non filter dapat menghasilkan kembali pose ko-kristal yang ditandai dengan lebih dari 95
data memiliki nilai RMSD ≤ 2 Å oleh karena itu protokol dengan parameter ChemPLP filter dapat digunakan untuk menentukan pose penambatan coumestrol
pada REα.
Salah satu tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui dan menguji kemampuan protokol yang dikembangkan oleh Radifar dkk. 2013 dapat
mengenali coumestrol sebagai ligan pada REα. Dari data validasi internal
diputuskan protokol dengan parameter ChemPLP filter yang digunakan, namun karena protokol tersebut berdasar pada nilai ChemPLP terbaik maka nila Tc-PLIF
yang didapat belum tentu merupakan nilai yang terbaik, sehingga digunakan
