2. Pose coumestrol adalah pose coumestrol di dalam kantung ikatan REα
yang dipilih secara obyektif kuantitatif berdasarkan nilai Tc-PLIF dan atau ChemPLP.
3. Filter
adalah penyaringan pose ligan yang memiliki interaksi dengan residu asam amino Asp351.
C. Bahan dan Alat Penelitian
1. Bahan yang digunakan dalam penelitian
a. Protokol yang telah dikembangkan oleh Anita dkk. 2012 dan telah
divalidasi kembali oleh Radifar dkk. 2013 b.
Struktur ko-kristal dari REα didapatkan dari PDB kode: 3ERT. c.
Struktur tiga dimensi coumestrol didapatkan dari zinc.docking.org, dengan kode: ZINC00001219
d.
Docking Software
PLANTS 1.2 Korb dkk., 2007; Korb dkk., 2009 untuk simulasi penambatan molekuler, PyPLIF Radifar dkk., 2013
untuk menilai kembali pose penambatan,
Open Babel
sebagai pustaka
fingerprinting open access
, PyMol 1.2rl Lill dan Danielson, 2011 untuk memvisualisasikan pose coumestrol, dan R 3.0.1. R Development Core
Team, 2013 untuk komputasi statistik. 2.
Alat atau instrumen penelitian Server Laboratorium Virtual Fakultas Farmasi Universitas Sanata
Dharma Pharcomp.usd HP Proliant ML110-67 dengan spesifikasi: CPU intel Xeon® E31220 3.10GHz, RAM 8 GB, dengan sistem operasi Ubuntu
12.04, versi kernel 3.5.0-23-genetic. Visualisasi mode ikatan dan statistik
dilakukan pada komputer dengan spesifikasi: CPU intel i5-3230 2.60GHz, RAM 4GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.8.0-32.
D. Tata Cara Penelitian
1.
Pengunduhan ko-kristal REα
Pengunduhan dilakukan dari website PDB www.rcsb.org
dengan kode PDB: 3ERT.
2. Pengunduhan struktur coumestrol
Struktur virtual coumestrol didapat dengan mengunduh dari zinc database dengan kode ZINC00001219
http:zinc.docking.org .
3. Penambatan ulang 4-hidroksi-tamoksifen validasi internal
4-hidroksi-tamoksifen ditambatkan pada REα sebanyak 1.000 kali
dengan 3 kali replikasi. Setelah itu, dilakukan identifikasi sidik jari interaksi dari hasil penambatan menggunakan aplikasi PyPLIF Radifar dkk., 2013
dilanjutkan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 Radifar dkk., 2013 dan pengurutan nilai yang didapatkan. Luaran yang didapat terbagi
menjadi empat bagian: i Nilai Tc-PLIF
filter
ikatan hidrogen dengan Asp351, ii Nilai Tc-PLIF
nonfilter
ikatan hidrogen dengan Asp351, iii Nilai ChemPLP
filter
ikatan hidrogen dengan Asp351, dan iv Nilai ChemPLP
nonfilter
ikatan hidrogen dengan Asp351. 4.
Analisis hasil validasi internal Hasil Penambatan Ulang 4-hidroksi-tamoksifen dengan nilai terbaik
dari masing-masing bagian luaran dipilih sebagai pose standar untuk menghitung nilai RMSD di masing-masing bagian tersebut secara berurutan
dimulai dari poin i sampai poin iv tata cara 3. Simulasi penambatan coumestrol berdasar pada protokol yang dinyatakan valid sesuai Gambar 3.
Gambar 3. Diagram pengambilan keputusan
5. Simulasi penambatan coumestrol
Ligan coumestrol ditambatkan pada REα sebanyak 1.000 kali dengan
replikasi 3 kali. Dijalankan proses penambatan molekuler dan PyPLIF. Setiap replikasi, dilakukan perhitungan Tc-PLIF kemudian dilakukan penyaringan
