pose yang memiliki ikatan dengan Asp351 Radifar dkk., 2013 dan dipilih pose dengan nilai Tc-PLIF terbesar setiap replikasi. Jika dalam penambatan
terdapat lebih dari satu pose dengan nilai Tc-PLIF terbesar, maka pose dengan nilai ChemPLP terbesar yang dipilih
6. Elusidasi pose ikatan coumestrol pada REα
Pose penambatan dengan nilai terbaik sesuai luaran protokol yang dinyatakan valid Gambar 3 dihitung nilai RMSD. RMSD yang didapat
kemudian dikelompokkan menggunakan metode pengelompokkan
k-means
pada aplikasi R komputasi statistik. Nilai median RMSD pada masing-masing kelompok dipilih sebagai kelompok representatif. Kemudian kelompok
tersebut digambar posenya menggunakan Pymol untuk menggambarkan bagaimana interaksi coumestrol dengan
REα.
E. Tata Cara Analisis Hasil
Data Tc-PLIF dianalisis dengan aplikasi R komputasi statisik menggunakan
shapiro-wilk
untuk melihat distribusi data tiap kelompok. Jika didapatkan distribusi data yang normal maka dilanjutkan dengan
var-test
untuk mengetahui variansi antar kelompok. Apabila distribusi normal selanjutnya
digunakan
t-test
bila tidak terdistribusi normal digunakan
Wilcoxon-test.
Ligan coumestrol dapat dikenali sebagai ligan bagi
REα bila secara statistik taraf kepercayaan 95 nilai Tc-
PLIF ≥ 0,600.
21
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
Pendekatan kimia medisinal komputasi memiliki peran dalam meningkatkan efisiensi penemuan obat. Protokol yang digunakan telah banyak
dikembangkan salah satunya adalah protokol yang dikembangkan oleh Anita dkk. 2012 dan divalidasi kembali oleh Radifar dkk. 2013. Untuk melakukan
pendekatan secara
in silico
dibutuhkan protokol yang tervalidasi. Penelitian ini menambatkan coumestrol yang secara
in vitro
Hopert dkk., 1998 maupun
in vivo
Jacob dkk., 2000 aktif sebagai ligan bagi REα dengan tujuan mengetahui dan
menguji kemampuan protokol yang dikembangkan oleh Radifar dkk. 2013 dapat mengenali coumestrol sebagai ligan pada
REα serta mengetahui pose coumestrol pada kantung ikatan
REα. Coumestrol ditambatkan pada
REα dengan menggunakan aplikasi PLANTS 1.2 Korb dkk., 2007; Korb dkk., 2009 luaran yang didapatkan adalah
nilai ChemPLP dimana nilai terendah merupakan nilai yang paling baik. Kemudian luaran tersebut digunakan untuk mengidentifikasi sidik jari interaksi
REα-coumestrol menggunakan aplikasi PyPLIF Radifar dkk., 2013. Untuk meningkatkan hasil penapisan dilakukan penyaringan pada pose yang memiliki
ikatan hidrogen dengan ASP351 Radifar dkk., 2013. Luaran dari PyPLIF memberikan nilai Tc-PLIF. Kemudian dipilih pose terbaik yang memiliki nilai
Tc-PLIF atau ChemPLP yang paling baik.
