pada REα dapat menstimulasi proliferasi dari sel payudara sehingga menyebabkan
peningkatan pembelahan sel dan replikasi DNA. Laju replikasi yang sangat cepat akan menyebabkan sel menjadi rentan terhadap kesalahan penyandian genetik
sehingga memicu mutasi. Hal tersebut mengganggu daur sel, apoptosis, dan perbaikan DNA yang berujung pada terbentuknya tumor Deroo dan Korach,
2006. Radifar dkk. 2013 melakukan penelitian secara
in
silico dengan metode sidik jari interaksi dengan 4-hidroksi-tamoksifen sebagai ligan bagi
REα. Dalam penelitian tersebut Asp351 diketahui berperan menjadi jangkar dalam ikatan suatu
ligan dengan REα.
D. Coumestrol
Coumestrol 3,9-dihidroksi-6H-benzofuro[3,2-c] [1]benzopyran-6-one merupakan senyawa polifenolik alami golongan pterokarpan yang terdapat dalam
kacang-kacangan, bayam, kedelai, dan cengkeh. Coumestrol paling banyak terdapat dalam kedelai dan cengkeh dan dapat berfungsi sebagai antioksidan,
antibakteri, antiviral, dan antifungi Lee, Lee, Park, Sangurdekar, Chang 2012.
Coumestrol merupakan senyawa fitoestrogen yang memiliki aktivitas
biologis seperti estrogen sehingga memiliki reseptor yang sama dengan estrogen yaitu RE. Coumestrol dapat berikatan dengan
REα maupun REβ dengan kemampuan ikatan dengan RE
β lebih tinggi dibandingkan REα Kuiper, Enmark, Pelto-Huikko, Nilsson, dan Gustaffson, 1996. Berdasarkan penelitian Hopert
dkk. 1998 secara
in vitro
coumestrol dapat menjadi ligan bagi REα dengan
kemampuan yang lebih baik dibandingkan genis tein, daidzein, dan α-mangostin.
Selain itu, secara
in vivo
coumestrol dapat menjadi senyawa anti estrogen pada otak dan kelenjar pituitari yang bekerja dengan berikatan
REα Jacob dkk., 2000. Struktur coumestrol dapat dilihat pada Gambar 2.
Gambar 2. Struktur coumestrol
E. Penapisan Virtual Berbasis Struktur
Penapisan virtual berbasis struktur PVBS adalah teknik komputasi dalam penemuan obat untuk mengidentifikasi bagaimana suatu senyawa dapat
berikatan pada targetnya seperti enzim atau reseptor dimana struktur dari molekul target sudah diketahui sehingga dilakukan dengan cara menambatkan ligan
dengan protein target kemudian dilanjutkan dengan
scoring
untuk memperkirakan afinitas ligan terhadap protein target Kroemer, 2007.
PVBS bersifat
stochastic
, oleh karena itu diperlukan validasi
.
Ada 2 macam validasi yaitu validasi internal dan validasi retrospektif. Validasi internal
dilakukan dengan cara menambatkan kembali ligan standar dengan protein target untuk kemudian dilihat bagaimana pose penambatannya terhadap struktur kristal
awal. Tujuan dilakukan validasi internal adalah untuk menguji apakah protokol PVBS dapat memberikan data yang reprodusibel Anita dkk., 2012. Parameter
yang digunakan pada validasi internal yaitu
Root Mean Square Distance
RMSD.
