prioritas untuk pembangunan Hutan Tanaman Industri dan reboisasi hutan produksi.
Khaya anthotheca memiliki nama lokal khaya. Penyebaran alami di daerah Afrika tropis, di daerah tersebut spesies ini merupakan spesies kayu perdagangan
utama, dengan nama perdagangan internasional mahoni Afrika dan di Indonesia mempunyai nama perdagangan mahoni Uganda Burhaman 2004. Kayu spesies
ini mudah dikerjakan, mudah dikupas tanpa direbus terlebih dahulu serta perekatannya baik dan secara umum memenuhi persyaratan. Kayunya dapat
dipergunakan untuk keperluan bahan baku kayu lapis, bahan baku pembalutan mebel dan perkakas rumah tangga lainnya Burhaman 2004.
2.2 Keragaman Genetik Tanaman Hutan
Keragaman genetik adalah suatu tingkatan biodiversitas yang merujuk pada jumlah total karakteristik genetik dalam genetika keseluruhan spesies.
Keragaman genetik suatu spesies tanaman dapat dievaluasi pada dua tingkatan, yaitu keragaman dalam spesies intra-species dan keragaman antar spesies inter-
species Finkeldey 2005. Secara umum ada dua sebab utama yang menyebabkan keragaman, yaitu
perbedaan lingkungan enviromental variation dan perbedaan susunan genetik yang diturunkan dari tetua kepada keturunannya genetic variation. Adanya
keragaman dalam suatu spesies perlu diketahui terlebih dahulu sebelum memulai pemuliaan pohon, karena adanya keragaman genetik merupakan prasyarat mutlak
dalam pemuliaan, yaitu memungkinkan seleksi dan untuk mencegah dihasilkannya tanaman yang tidak bermutu Soerianegara dan Djamhuri 1979.
2.3 PCR polymerase chain reactions
Tahapan dalam proses PCR meliputi denaturasi pada suhu tinggi, penempelan DNA pada cetakan tahap annealing, serta pemanjangan primer
dengan melakukan reaksi polimerisasi nukleotida untuk membentuk rantai DNA baru tahap extention Saiki et al. 1998 dalam Mahfira 2010. Tahapan dari PCR
adalah sebagai berikut: 1 Tahap peleburan atau denaturasi
Denaturasi rantai DNA berlansung pada suhu 94
o
C atau pada suhu 95
o
C Saiki et al. 1998 dengan selang waktu antara 15 detik sampai 2 menit. Dalam proses
denaturasi, dua rantai DNA akan terpisah dan masing-masing rantai DNA akan digunakan sebagai cetakan pada proses PCR. DNA yang memiliki struktur
kompleks dapat didenaturasi pada suhu 100
o
C selama beberapa menit namun kemampuan aktivitas enzim Taq DNA polymerase menjadi turun.
2 Tahap penempelan atau annealing Penempelan primer pada DNA cetakan disebut annealing. Besarnya suhu
annealing tergantung pada panjang dan jumlah basa G dan C dalam primer serta konsentrasi garam dalam buffer.
3 Tahap pemanjangan atau extention Reaksi polimerisasi nukleotida oleh enzim Taq DNA polymerase extention
dimulai dari ujung 5’α-fosfat dan berakhir pada ujung 3’ gugus hidoksil H. Suhu extention yang digunakan berkisar antara 70-74
o
C karena pada selang suhu tersebut enzim Taq DNA polymerase bekerja optimum. Lamanya tahap extention
1−2 menit. Waktu extention yang terlalu lama akan menghasilkan produk amplifikasi yang tidak spesifik Saiki et al. 1998. Secara terperinci tahapan PCR
disajikan pada Gambar 1.
Gambar 1 Ilustrasi siklus PCR, 1 denaturasi, 2 annealing, 3 extention, 4 siklus ke-1 selesai Rice 2009
2.4 Sequencing DNA
