Hasil PCR kemudian dianalisis dengan melakukan elektroforesis gel agarose 2 wv dalam larutan buffer TAE 1x. Setelah running selesai dilakukan distaining
dalam larutan Ethidium Bromide EtBr.
Sequencing DNA
Proses sequencing dilakukan setelah DNA hasil amplifikasi diukur kualitasnya dengan cara dielektroforesis pada gel agarose 2. DNA hasil
amplifikasi tersebut kemudian dikirim ke PT. Genetika Science Indonesia di Singapura bersama primer yang telah digunakan dalam proses amplifikasi.
Kemudian dianalisis
dengan program
ClustalW2 EMBL-EBI
http:ebi.ac.ukToolsmsaclustal-w2, software BioEdit dan TreeViewX Hall 2007 serta analisis keanekaragaman menggunakan software DNAsp versi 3.5
Rozas dan Rozas 1999 digunakan untuk mencari nilai keragaman nukleotida. 3.3.2 Analisis Fragmen ITS2 secara
In Silico
Sekuen DNA dimasukkan pada program pDRAW32 yang dikembangkan oleh AcaClone Software http:www.acaclone.com. Masing-masing sekuen
DNA kemudian dipotong menggunakan 18 enzim restriksi. Setelah dipotong kemudian ditampilkan dengan elektroforesis gel agarose 2 .
3.3.3 Analisis Fragmen matK
Data Mining Meliaceae
Data mining tidak dilakukan melalui prosedur kerja pada laboratorium. Data ini diambil dari database GenBank http:www.ncbi.nlm.nih.g-ovgenbank
untuk lima spesies yang sama pada region ITS2, ukuran sekuen yang digunakan berbeda pada kedua region, untuk eksplorasi marker pad mat-K digunakan sekuen
DNA dengan pangjang ± 800 bp, secara terperinci dapat dilihat seperti disajikan pada Tabel 5.
Tabel 5 Spesies yang digunakan untuk region mat-K GenBank 2012 Spesies
Sumber GenBank
Accession Panjang
basa bp Swietenia macrophylla
Swietenia mahagoni Azadirachta indica
Melia azedarach Khaya anthotheca
Muellner et al. 2003 Clayton et al. 2007
Muellner et al. 2003 Abbott et al. 2009
Muellner et al. 2003 AY128200
EU042907 AY128180
GU134981 AY128190
857 918
863 827
857
Sequence DNA
Runutan DNA dari data mining dirunutkan dengan menggunakan program perangkat lunak. Perangkat lunak yang digunakan adalah ClustalW2, software
BioEdit, TreeViewX.
Analisis Fragmen matK secara in silico
Sekuen DNA dimasukkan pada program pDRAW32 yang dikembangkan oleh AcaClone Software http:www.acaclone.com. Masing-masing sekuen
DNA kemudian dipotong menggunakan 18 enzim restriksi. Setelah dipotong kemudian ditampilkan dengan elektroforesis gel agarose 2 .
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
untuk diperhatikan dan perlu diatasi. Kualitas dan kuantitas hasil dari ekstraksi DNA tergantung dari spesies tanaman yang digunakan dan mempengaruhi analisis
lanjut seperti pada proses PCR maupun pemotongan DNA dengan enzim restriksi.
Gambar 6 Pola band DNA A K. anthotheca , B S. macrophylla , C S. mahagoni , D A. indica , E M. azedarach; 1 sumur DNA, 2 band DNA
Hasil ekstraksi DNA yang disajikan pada Gambar 6 ada beberapa band yang tidak muncul dan kurang jelas. Pola tersebut dapat disebabkan tidak adanya
atau kurang mencukupinya DNA yang terisolasi untuk uji elektroforesis, selain itu kemungkinan masih adanya DNA di dalam tube karena campuran tidak homogen,
jumlah ekstrak yang sedikit atau terbuang pada saat pencucian. Hal lain yang bisa terjadi adalah terkontaminasinya DNA atau memiliki tingkat kemurnian yang
rendah. Kondisi DNA dengan tingkat kemurnian dan berat molekul yang tinggi
sangat diupayakan agar dapat melakukan analisis genetika molekuler. Ekstraksi
A B
C E
D
2 1
