Penapisan dan Identifikasi Bakteri Endofit dari Tanaman Binahong dan Ketepeng Cina Penghasil Senyawa Antibakteri Patogen

PENAPISAN DAN IDENTIFIKASI BAKTERI ENDOFIT DARI
TANAMAN BINAHONG DAN KETEPENG CINA PENGHASIL
SENYAWA ANTIBAKTERI PATOGEN

UKHRADIYA MAGHARANIQ SAFIRA PURWANTO

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Penapisan dan
Identifikasi Bakteri Endofit dari Tanaman Binahong dan Ketepeng Cina Penghasil
Senyawa Antibakteri Patogen adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Penelitian ini didanai menggunakan sumber dana DIPA LIPI atas nama
Dr. Eng. Desriani, M.Si. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam

teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI).
Bogor, Agustus 2013
Ukhradiya Magharaniq Safira P
NIM G84090078

ABSTRAK
UKHRADIYA MAGHARANIQ SAFIRA PURWANTO. Penapisan dan
Identifikasi Bakteri Endofit dari Tanaman Binahong dan Ketepeng Cina Penghasil
Senyawa Antibakteri Patogen. Dibimbing oleh MARIA BINTANG dan
DESRIANI.
Bakteri endofit merupakan mikroorganisme menguntungkan yang
berinteraksi dengan tanaman inang tanpa menyebabkan gangguan atau kerusakan
pada tanaman. Beberapa studi menunjukkan bahwa bakteri endofit tertentu dapat
memproduksi senyawa kimia yang memiliki efek kesehatan bagi manusia,
terutama bakteri endofit yang diisolasi dari tanaman obat. Penelitian ini bertujuan
mengisolasi bakteri endofit dari tanaman binahong dan ketepeng cina yang
menghasilkan senyawa antibakteri penyebab penyakit infeksi sekaligus
mengidentifikasi isolat potensial dengan marka 16S rRNA. Isolat bakteri endofit

dari binahong dan ketepeng cina diuji terhadap 5 jenis bakteri patogen manusia,
yaitu Escherichia coli dH5α, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus,
Bacillus cereus, dan Enterobacter sakazakii. Isolat bakteri endofit dari tanaman
binahong dengan kode BB5 dan BB14 menunjukkan kemampuan penghambatan
terhadap kelima jenis bakteri tersebut (ditunjukkan dengan terbentuknya zona
hambat). Identifikasi berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa kedua
isolat tersebut kemungkinan adalah Pseudomonas sp. KR 1.13.
Kata kunci : antibakteri, bakteri endofit, binahong, ketepeng cina, 16S rRNA

ABSTRACT
UKHRADIYA MAGHARANIQ SAFIRA PURWANTO. Screening and
Identification of Endophytic Bacteria from Binahong and Ketepeng Cina that
Produced Antibacterial Pathogen Compound . Supervised by MARIA BINTANG
and DESRIANI.
Endophytic bacteria is a beneficial microorganism that interacts with plant
without causing any harm to the host. Most studies showed that certain endophytic
bacteria can produce chemical compound which have medical effect for human,
especially endophytic bacteria from medicinal plant. The objective of this research
are to isolation endophytic bacteria from binahong and ketepeng cina that produce
antibacterial compound and to identify the potencial isolate through 16S rRNA

gene. Endophytic bacteria from both plants was tested to 5 human pathogenic
bacteria, that are Escherichia coli dH5α, Pseudomonas aeruginosa,
Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, and Enterobacter sakazakii. Endophytic
bacteria isolate from binahong code BB5 and BB14 have ability to inhibit 5
pathogenic bacteria growth (showed by inhibition zone). Identification based on
16S rRNA gene showed that both isolates possibly are Pseudomonas sp. KR 1.13.
Keywords : antibacterial, endophytic bacteria, binahong, ketepeng cina, 16S
rRNA

PENAPISAN DAN IDENTIFIKASI BAKTERI ENDOFIT DARI
TANAMAN BINAHONG DAN KETEPENG CINA PENGHASIL
SENYAWA ANTIBAKTERI PATOGEN

UKHRADIYA MAGHARANIQ SAFIRA PURWANTO

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains
pada
Departemen Biokimia

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013

Judul Skripsi: Penapisan dan Identifikasi Bakteri Endofit dari Tanaman Binahong
dan Ketepeng Cina Penghasil Senyawa Antibakteri Patogen
Nama
: Ukbradiya Magharaniq Safira Purwanto
NIM
: G84090078

Disetujui oleh

Prof. Dr. drh. Maria Bintang, M.S.
Pembimbing I

DR. Eng. Desriani, M.S.

Pembimbing II

.Sc

ggal Lulus:

.8 2 AUG 2013

Judul Skripsi : Penapisan dan Identifikasi Bakteri Endofit dari Tanaman Binahong
dan Ketepeng Cina Penghasil Senyawa Antibakteri Patogen
Nama
: Ukhradiya Magharaniq Safira Purwanto
NIM
: G84090078

Disetujui oleh

Prof. Dr. drh. Maria Bintang, M.S.
Pembimbing I

DR. Eng. Desriani, M.S.
Pembimbing II

Diketahui

Dr. Ir. I Made Artika, M.App.Sc
Ketua Departemen

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas
segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang
dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Februari 2013 ini ialah
bakteri endofit, dengan judul Penapisan dan Identifikasi Bakteri Endofit dari
Tanaman Binahong dan Ketepeng Cina Penghasil Senyawa Antibakteri Patogen.
Melalui karya ilmiah ini penulis menyampaikan terima kasih kepada Prof.
Dr. drh. Maria Bintang, MS dan DR. Eng. Desriani, MS selaku pembimbing atas
arahan dan bimbingan dalam penyusunan tulisan ini. Penulis juga menyampaikan
terima kasih untuk Ayah, Ibu, Endah, Staf Laboratorium Rekayasa Protein untuk

Aplikasi Kesehatan Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI (Pak Rivai, Mba Neneng,
Mba Wiwit, Mba Lita) serta rekan-rekan Biokimia 46 atas dukungan dan doa yang
diberikan.
Penulis menyadari masih terdapat banyak kekurangan dalam karya ilmiah
ini. Karena itu, kritik dan saran yang membangun sangat penulis harapkan.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat bagi praktisi, akademisi, dan masyarakat luas.

Bogor, Agustus 2013
Ukhradiya Magharaniq Safira P

DAFTAR ISI
DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

vi

PENDAHULUAN

1 

Latar Belakang

1 

Rumusan Masalah

2 

Tujuan Penelitian

2 

Manfaat Penelitian

2 

Ruang Lingkup Penelitian

2 

METODE

3 

Bahan

3 

Alat

3 

Prosedur Penelitian

3

HASIL DAN PEMBAHASAN

5

Hasil

5

Pembahasan

8

SIMPULAN DAN SARAN

10

Simpulan

10

Saran

10

DAFTAR PUSTAKA

10 

LAMPIRAN

14

RIWAYAT HIDUP

20

DAFTAR GAMBAR
1 Beberapa isolat bakteri endofit dari binahong (kiri) dan ketepeng cina
(kanan)
2 Persentase isolat bakteri endofit dari tanaman binahong (a) dan
ketepeng cina (b)
3 Hasil uji antibakteri isolat bakteri endofit (kode BB 14) dari binahong
terhadap Staphylococcus aureus
4 Elektroforegram hasil ekstraksi DNA genom isolat BB5 dan BB14
5 Elektroforegram produk PCR isolat BB5 dan BB14 dengan primer 63F
dan 1387R

5 
6 
6
7 
7 

DAFTAR LAMPIRAN
1 Morfologi koloni isolat bakteri endofit dari tanaman binahong dan
interaksinya dengan bakteri patogen
2 Morfologi koloni isolat bakteri endofit dari tanaman ketepeng cina dan
interaksinya dengan bakteri patogen
3 Sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endoft BB5 dan BB14 hasil
amplifikasi dengan primer 63F dan 1387R
4 Hasil analisis homologi sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endofit
BB5 dan BB14 dengan program BLAST
5 Hasil pensejajaran sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endofit BB5
dan Pseudomonas sp. KR1.13 dengan program BLAST
6 Hasil pensejajaran sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endofit BB14
dan Pseudomonas sp. KR1.13 dengan program BLAST
 
 

14
15
16
17
18
19

 

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Bakteri endofit adalah bakteri yang hidup di dalam jaringan tanaman inang
tanpa menyebabkan gejala-gejala penyakit (Bhore dan Sathisha 2010). Bakteri
endofit masuk ke dalam jaringan tanaman umumnya melalui akar, namun bagian
tanaman yang terpapar udara langsung seperti bunga, batang dan kotiledon, juga
dapat menjadi jalur masuk bakteri endofit. Bakteri endofit yang telah masuk ke
dalam tanaman dapat tumbuh hanya di satu titik tertentu atau menyebar ke seluruh
tanaman. Mikroorganisme ini dapat hidup di dalam pembuluh vaskular atau di
ruang intersel (Zinniel et al. 2002). Bakteri endofit pada satu tanaman inang
umumnya terdiri atas beberapa genus dan spesies (Bhore dan Sathisha 2010).
Kajian mengenai manfaat bakteri endofit telah meluas ke bidang kesehatan
manusia, yaitu dengan banyak ditemukannya bakteri endofit yang mampu
menghasilkan senyawa berkhasiat sebagai obat. Salah satu sumber obat-obatan
bagi manusia adalah tanaman obat (medicinal plants). Tanaman obat
menghasilkan metabolit sekunder tertentu yang memiliki sifat sebagai zat
penyembuh. Produksi metabolit sekunder tersebut diduga akibat adanya interaksi
antara tanaman inang dan bakteri endofit. Bakteri endofit dari tanaman obat
diketahui memiliki aktivitas sebagai antifungi (Jalgaonwala et al. 2010), antibiotik
spektrum luas (Kumala dan Siswanto 2007), antikanker (Strobel et al. 2005),
penghasil inhibitor alpha-glukosidase (Pujiyanto dan Ferniah 2010) dan penghasil
senyawa antihiperlipidemia (Wirawan 2009).
Kemampuan bakteri endofit dalam menghasilkan metabolit sekunder yang
serupa dengan tanaman inangnya merupakan keuntungan tersendiri. Kentungan
tersebut dapat dilihat dari segi waktu dan biaya, mengingat diperlukan waktu yang
lama dan biomassa tanaman yang tidak sedikit untuk menghasilkan satu jenis
metabolit sekunder. Padahal, dengan adanya bakteri endofit yang potensial
tersebut diharapkan produksi metabolit sekunder dapat berjalan dengan maksimal.
Tanaman obat yang diketahui memiliki potensi di bidang kesehatan adalah
binahong dan ketepeng cina.
Daun binahong (Anredera cordifolia Ten. Sternis) memiliki khasiat
sebagai antihiperlipidemia, antipiretik, analgesik, antiinflamasi (Abou-Zeid et al
2007), antijamur, yaitu terhadap Candida albicans (Rochani 2009) dan sebagai
hepatoprotektor dan antioksidan pada tikus putih induksi CCl4 (Orbayinah dan
Kartyanto 2008). Selain daunnya, rizoma binahong juga memiliki kandungan
alkaloid, saponin, flavonoid, dan polifenol, serta memiliki aktivitas antibakteri
terhadap Staphylococcus aureus dan Escherichia coli (Setiaji 2009). Ketepeng
cina (Cassia alata Lin.) diketahui memiliki efek imunomodulator terhadap
aktivitas dan kapasitas fagositosis makrofag pada tikus yang diinjeksi S. aureus
(Kusmardi dkk 2007). Ekstrak daun dan akar ketepeng cina mampu menghambat
pertumbuhan Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus dan Proteus
mirabilis secara in vitro (El-Mahmood dan Doughari 2008). Ekstrak kasar kulit
kayu ketepeng cina berperan sebagai antifungi terhadap Trichophyton,
Microsporum dan Epidemophyton, yaitu fungi penyebab infeksi kulit (Sule et al
2011).

2
Penyakit infeksi pada manusia disebabkan oleh beberapa bakteri patogen,
diantaranya Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus,
Bacillus cereus, dan Enterobacter sakazakii. E. coli dapat menyebabkan diare
yang ringan sampai sedang, bahkan dapat berakibat fatal (Veling et al 2002). P.
aeruginosa dapat menyebabkan infeksi dan inflamasi pada mata akibat
penggunaan lensa kontak yang tidak higienis (Willcox 2007). S.aureus dapat
menyebabkan infeksi endokarditis (Nadji et al 2005) dan infeksi pada saluran
pernafasan (Safdar dan Bradley 2008). Infeksi saluran pernafasan juga dapat
disebabkan oleh B. cereus. Selain itu, B. cereus juga menyebabkan infeksi saluran
pencernaan, terutama di usus halus (Bottone 2010). E. sakazakii merupakan
patogen yang umumnya menyerang bayi baru lahir dan janin serta dapat
menyebabkan meningitis dan bakterimia (Mittal et al 2009).
Penanganan penyakit infeksi dengan antibiotik sintetik belakangan ini
menjadi sorotan terutama dikaitkan dengan munculnya sifat resistensi bakteri
patogen dan dampaknya bagi tubuh dan lingkungan. Sebagai contoh, ditemukan
adanya strain Staphylococcus aureus yang resisten terhadap methicillin sehingga
menyulitkan pengobatan pasien yang terinfeksi bakteri tersebut (Ruhe et al 2005).
Resistensi Bacillus cereus terhadap erythromycin, tetracycline, dan carbapenem
telah dilaporkan oleh Kiyomizu et al (2008) dan Savini et al (2009). Melalui
penelitian ini diharapkan dapat diperoleh informasi potensi bakteri endofit hasil
isolasi dari tanaman binahong dan ketepeng cina sebagai agen antibakteri
khususnya terkait bakteri penyebab penyakit infeksi.

Rumusan Masalah
Tanaman binahong dan ketepeng cina merupakan tanaman yang
digunakan sebagai tanaman obat di Indonesia. Sejauh ini belum ditemukan
laporan potensi metabolit bakteri endofit sebagai agen antibakteri dari kedua
tanaman tersebut. Dengan munculnya permasalahan resistensi bakteri penyebab
infeksi terhadap antibiotika yang beredar di pasaran, penelusuran dan pencarian
antibakteri baru menjadi penting dilakukan.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengisolasi bakteri endofit dari tanaman binahong
dan ketepeng cina yang menghasilkan senyawa antibakteri penyebab penyakit
infeksi sekaligus mengidentifikasi isolat potensial dengan marka 16S rRNA.
Manfaat Penelitian
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah di bidang
kimia, farmasi, dan kesehatan mengenai potensi bakteri endofit dari tanaman
binahong dan ketepeng cina dalam menghasilkan senyawa antibakteri patogen.
Ruang Lingkup Penelitian
Penelitian ini berfokus pada isolasi dan purifikasi bakteri endofit dari
tanaman binahong dan ketepeng cina, dilanjutkan dengan uji antibakteri isolat
bakteri endofit terhadap 5 jenis bakteri patogen manusia dan identifikasi isolat
bakteri endofit potensial dengan marka 16S rRNA.

3

METODE
Bahan
Bahan-bahan yang digunakan adalah tanaman binahong dan ketepeng cina
yang tumbuh liar dalam kondisi segar, isolat murni bakteri patogen (Escherichia
coli dH5α, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, dan
Enterobacter sakazakii), media NA, larutan Nistatin 100 mg/L, alkohol teknis,
larutan Chlorox 5.25%, akuades, media LB (tripton, yeast exract, NaCl, dan agar),
H2O steril, kit ekstraksi DNA genom (Genomic DNA Mini Kit Invitrogen,
PureLinkTM. Cat number K1820, Lot number 753279), primer 63F:
5’CAGGCCTAACACATGCAAGTC3’ dan primer 1387R: 5’GGGCGGCGTGT
ACAAGGC3’ (10 pmol/µL), DNA template, RNase pure water, Superscript III
RT Platinum Taq mix (invitrogen), 2x reaction mix (invitrogen), serbuk agarose
dan 1x buffer TAE.
Alat
Alat-alat yang digunakan antara lain cawan Petri steril, magnetic stirrer,
laminar air flow, vorteks, inkubator shaker, mesin sentrifus (Hitachi), mesin
Polymerase Chain Reaction (PCR), pipet mikro, seperangkat alat elektroforesis
(Bio-Rad, USA) dan UV transluminator.
Prosedur Penelitian
Penapisan Bakteri Endofit
Isolasi bakteri endofit (Modifikasi Simarmata et al 2007). Tanaman obat
yang akan digunakan sebagai sumber endofit merupakan tanaman obat yang sehat
dan telah cukup matang secara fisiologis. Bagian tanaman yang digunakan adalah
akar (ujung bawah, tengah, atas), batang (ujung, tengah, bawah), daun (bawah,
tengah, pucuk), umbi akar dan umbi batang (untuk binahong). Sampel tanaman
dalam keadaan segar dibersihkan dengan air mengalir kemudian dipotong-potong
sepanjang 2-5 cm dan dipisahkan menurut bagian tanamannya. Potongan sampel
tersebut direndam dalam alkohol teknis selama 1 menit, larutan Chlorox 5.25%
selama 5 menit, dan alkohol teknis selama 2 menit. Potongan sampel dipotongpotong dan dicacah kemudian ditanam dalam media NA yang mengandung
nistatin. Media yang sudah mengandung sampel tersebut diinkubasi pada suhu
ruang dalam keadaan gelap dan diamati setiap hari sampai ada pertumbuhan
koloni. Bakteri endofit yang tumbuh dimurnikan satu per satu dan dikultivasi
dalam agar miring serta dikarakterisasi dari segi morfologi koloninya. Setiap
koloni bakteri endofit diberi kode sesuai dengan bagian tanaman darimana bakteri
tersebut diperoleh (Lampiran 1 dan 2).
Pemurnian dan pemeliharaan bakteri endofit. Bakteri yang tumbuh dari
sampel tanaman pada media NA dimurnikan ke media LB padat dengan cara
digores menggunakan ose untuk mendapatkan koloni tunggal. Koloni tunggal
yang tumbuh dipisahkan lagi ke media LB padat baru untuk memastikan
kemurniannya. Setelah benar-benar murni, koloni tersebut dipindahkan ke dalam
media NA miring, dilabel, disegel, dan disimpan pada suhu ruang.

4
Penapisan isolat bakteri endofit melalui uji aktivitas antibakteri metode
cawan tuang (Modifikasi Simarmata et al 2007). Uji kualitatif aktivitas
antibakteri metode cawan tuang dilakukan secara aseptik. Satu ose bakteri patogen
yang berasal dari stok agar miring diambil kemudian ditumbuhkan di dalam 5 mL
media LB cair steril. Selanjutnya dikocok dalam inkubator dengan suhu 37°C
selama 24 jam. Sebanyak 2.5 mL kultur bakteri patogen yang berasal dari media
LB cair dimasukkan ke dalam 50 mL media LB padat yang bersuhu 35-40°C
kemudian dituang ke dalam cawan Petri sebanyak ±10 mL lalu didinginkan. Isolat
bakteri endofit yang akan diuji diletakkan ke media yang telah mengandung
bakteri patogen menggunakan ose. Kultur diinkubasi selama 1–2 hari. Isolat
endofit dinyatakan berpotensi menghasilkan agen antibakteri dilihat dari
kemampuannya menghasilkan zona hambat bakteri patogen.
Ekstraksi DNA Genom dari Isolat Bakteri Endofit Potensial
Penyiapan kultur bakteri. Sebanyak satu ose koloni bakteri endofit
potensial, yaitu isolat Batang Binahong (BB) 5 dan 14, dipindahkan ke dalam 5
mL LB cair steril kemudian diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37°C di dalam
shaker inkubator. Kultur cair yang telah berumur 24 jam disentrifuse dengan
kecepatan 10 000 rpm selama 10 menit dan diambil peletnya.
Pemecahan sel bakteri. Pelet hasil sentrifugasi ditambahkan 180 µL
larutan lisozim kemudian divorteks, lalu diinkubasi pada suhu 37°C selama 30
menit. Setelah itu, ditambahkan 20 µL Proteinase K dan divorteks. Kemudian
ditambahkan lagi dengan 200 µL PureLink™ Genomic Lysis/Binding Buffer,
divorteks, lalu diinkubasi pada suhu 55°C selama 30 menit. Sebanyak 200 µL
etanol 96-100% ditambahkan ke dalam lisat dan divorteks sampai homogen.
Pemurnian DNA genom. Sebanyak 640 µL lisat dipindahkan ke dalam
PureLink™ Spin Column lalu disentrifuse dengan kecepatan 12 000 rpm selama 3
menit pada suhu ruang. Spin column dipindahkan ke PureLink™ Collection Tube,
lalu ditambahkan 500 µL Wash Buffer 1 (yang sudah ditambah etanol). Kemudian
disentrifuse dengan kecepatan 12 000 rpm selama 1 menit pada suhu ruang. Spin
column dipindahkan ke PureLink™ Collection Tube yang baru, lalu ditambahkan
500 µL Wash Buffer 2 (yang sudah ditambah etanol). Kemudian disentrifuse
dengan kecepatan 12 000 rpm selama 3 menit pada suhu ruang. Spin column
ditempatkan ke tabung mikrosentrifuse 1.5 mL, lalu ditambahkan 25-200 µL
PureLink™ Genomic Elution Buffer (sesuai kebutuhan) dan diinkubasi pada suhu
ruang selama 10 menit. Spin column disentrifuse selama 1 menit pada kecepatan
12 000 rpm, kemudian ditambahkan 50 µL RNase pure water. Larutan berisi
DNA tersebut disimpan pada suhu -4°C.
Identifikasi Isolat Bakteri Endofit Potensial dengan Marka 16S rRNA
Amplifikasi gen 16S rRNA dengan teknik PCR. DNA genom total dari
isolat bakteri endofit yang sudah murni diamplifikasi menggunakan PCR. Gen
target amplifikasi adalah gen 16S rRNA. Primer yang digunakan adalah primer
untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA, yaitu primer 63F: 5’CAGGCCTAACACA
TGCAAGTC3’ dan primer 1387R: 5’GGGCGGCGTGTACAAGGC3’. Total
volume reaksi 50 µL yang terdiri atas 25 µL 2x reaction mix, 1 µL primer 63F 10
pmol/µL, 1 µL primer 1387R 10 pmol/µL, 1 µL DNA template, 2 µL Superscript
III RT dan 20 µL RNase pure water. Kondisi PCR terdiri atas denaturasi pada

5
ssuhu 94°C selama
s
2 meenit, pelekataan primer (a
annealing) ppada suhu 45
5°C selama
3 detik diiikuti dengann 35 siklus yang terdirii dari denatturasi pada suhu 94°C
30
s
selama
20 detik,
d
pelekaatan primer (annealing) pada suhu 45°C selam
ma 30 detik
d ekstensi pada suhuu 68°C selaama 1.5 men
dan
nit dan eksttensi akhir pada
p
68°C
s
selama
5 meenit.
Elek
ktroforesis hasil
h
PCR. Sebanyak 4 µL produkk hasil PCR
R ditambah
d
dengan
1 µL
µ loading dye
d lalu dihhomogenkann. Untuk marker, sebannyak 1 µL
m
marker
ditam
mbah 1 µL looading dye ddan 4 µL akuuades, lalu dihomogenka
d
an. Sampel
d
dan
marker kemudian dimasukkann ke dalam
m sumur padda gel agarrose 0.8%.
E
Elektrofores
sis dilakukan
n pada 110 Volt selam
ma 28 menit dengan menggunakan
r
running
bufffer TAE 1X. Visualisasi hasil elektroforessis dilakukaan dengan
m
merendam
g di dalam larutan EtB
gel
Br selama 5 menit.
m
Kemuudian gel dilletakkan di
d
dalam
UV trransluminato
or untuk mellihat pita DN
NA yang terbbentuk.
Peneentuan susu
unan basa (sequencingg) dan anaalisisnya. Prroduk PCR
m
menggunaka
an primer 63F dan prim
mer 1387R selanjutnya dilakukan sekuensing
u
untuk
meneentukan baasa nukleotiida penyusuunnya. Hassil sekuensiing dalam
f
format
.ab1 diolah den
ngan prograam BioEdit 7.2.0 kemuudian disimp
pan dalam
f
format
FAS
STA. Hasil sekuensing dalam form
mat FASTA
A kemudiann dianalisis
d
dengan
prog
gram BLAST
TN.

H
HASIL
DA
AN PEMBA
AHASAN
N
Hasil
I
Isolasi
dan Pemurnian Bakteri En
ndofit
h 73 isolat,
Baktteri endofit yang telah diisolasi dann dimurnikaan berjumah
y
yaitu
37 isolat dari tanaaman binahoong dan 36 isolat
i
dari taanaman keteepeng cina.
B
Beberapa
issolat menunj
njukkan kekhhasan baik dari warna maupun beentuk serta
k
konsistensi
koloni (Gam
mbar 1). Seccara umum, isolat koloni bakteri endofit
e
dari
k
kedua
tanam
man memiliiki warna putih
p
dan ku
uning, tepiaan rata, dann berlendir
d
dengan
elevaasi rata (Lam
mpiran 1 dann 2). Isolat dari tanaman binahong yaang berasal
d akar beerjumlah 10 isolat, batanng sebanyakk 13 isolat, ddaun sebanyyak 5 isolat
dari
d umbi seebanyak 9 isolat. Sedanngkan untuk
dan
k ketepeng ccina, isolat dari
d batang
b
berjumlah
21 isolat, puccuk 5 isolat, daun
d
1 isolaat dan akar 9 isolat (Gam
mbar 2).

Gam
mbar 1 Bebeerapa isolat bbakteri endoffit dari binahhong (kiri) dan
d
ketepeeng cina (kannan)

6

%
14%
4%
24

27%
Akar

14%
35%

(aa)

25%
%

3%

Akar

Batang

Bataang

Daun 

Daun

Umbi

Pucu
uk
58%

(b)

G
Gambar
2 Perrsentase isolat bakteri enndofit dari taanaman binahhong (a) dan
n
ketepeng cina (b)

pisan isolat bakteri
b
end
dofit melaluii uji aktivita
as antibakteeri
Penap
Hasil uji antibakteri ditunjukkann dengan terrbentuknya zona hambat di
sekitarr koloni baakteri endoffit (Gambarr 3). Sebannyak 6 isolaat dari tanaaman
binaho
ong menunnjukkan ak
ktivitas pennghambatan masing-m
masing terhhadap
P.aeruuginosa dann B.cereus, 8 isolat terrhadap S.au
ureus, dan 4 isolat maasingmasing
g terhadap E.coli dH5α
α dan E.sakkazakii. Sedangkan isolat dari keteepeng
cina yang memilikki aktivitas sebanyak satuu isolat (Lam
mpiran 1 dann 2).
Isolat denggan kode Baatang 4 (BB 4) menunjukkkan aktivitaas penghambbatan
terhaddap 3 jenis bakteri
b
patoggen, yaitu P
P.aeruginosaa, B.cereus, dan E.sakazzakii.
Isolat dengan kodde Akar 5.1 dan Akar 5..2 menunjukkkan aktivitaas penghambbatan
terhaddap S.aureuss dan E.co
oli dH5α. Isolat dengaan kode Daaun 2.1 maampu
mengh
hambat P.aeeruginosa daan E.sakazakkii. Isolat deengan kode Batang 5 (B
BB 5)
dan Batang 14 (B
BB 14) menuunjukkan akktivitas pengghambatan ppada kelima jenis
bakterri patogen, sehingga
s
keddua isolat inni yang kem
mudian diideentifikasi deengan
markaa 16S rRN
NA. Sehinngga total isolat yanng menunjuukkan aktiivitas
penghambatan berrjumlah 16 issolat.

zona haambat
yang terrbentuk

bar 3 Hasil uji
u antibakteeri isolat bak
kteri endofit (kode
(
BB 144) dari binahhong
Gamb
terhadap Staphyloococcus aurreus.

7
Ekstraksi DNA Genom dan Identifikasi Isolat Bakteri Endofit Potensial
dengan Marka 16S rRNA
Genom total dari isolat BB5 dan BB14 telah diekstraksi dan
dielektroforesis (Gambar 4). Pita yang terlihat merupakan pita tunggal yang
berada di bagian atas dari pita marker berukuran 10000 pb. Hal ini
mengindikasikan bahwa ekstraksi genom total dari kedua isolat telah berhasil
dilakukan. Selanjutnya genom total dari masing-masing bakteri digunakan sebagai
cetakan untuk isolasi gen 16S rRNA dengan teknik PCR. Hasil PCR
menunjukkan dihasilkan satu pita tunggal dengan ukuran sekitar 1400 pb (Gambar
5) yang kemungkinan adalah pita gen 16S rRNA.

BB14

BB5

marker
10000 pb
6000 pb

Gambar 4 Elektroforegram hasil ekstraksi DNA genom isolat BB5 dan BB14

marker
10000 pb
6000 pb

BB14
± 1400 pb

BB5
1500 pb
1000 pb

Gambar 5 Elektroforegram produk PCR isolat BB5 dan BB14 dengan primer 63F
dan 1387R
Hasil sekuensing gen 16S rRNA tersebut ternyata menunjukkan jumlah
basa untuk isolat BB5 dan BB14 masing-masing sebanyak 1179 basa dan 1134
basa (Lampiran 3). Hasil ini dapat dikatakan kurang sesuai dengan yang
diharapkan. Analisis hasil sekuensing dengan program BLASTN (NCBI)

8
menunjukkan bahwa isolat BB5 dan BB14 memiliki kemiripan 99% dengan
Pseudomonas sp. KR 1.13 berdasarkan sekuens 16S rRNA.
Pembahasan
Isolasi dan Pemurnian Bakteri Endofit
Morfologi isolat dari tanaman binahong dan ketepeng cina masing-masing
memiliki kekhasan terutama dari warna dan bentuk. Isolat bakteri endofit dari
tanaman ketepeng cina memiliki karakteristik morfologi yang lebih beragam
dibandingkan isolat dari tanaman binahong. Keberagaman isolat tersebut
mengindikasikan keragaman bakteri endofit di dalam tanaman (Bhore dan
Sathisha 2010). Bakteri endofit dari kedua tanaman tersebut paling banyak
diperoleh dari bagian akar dan batang. Akar merupakan bagian tanaman yang
umumnya menjadi jalur masuk bakteri endofit ke dalam jaringan tanaman selain
bunga, batang dan kotiledon (Zinniel et al. 2002). Setelah masuk ke dalam
tanaman, bakteri endofit dapat tumbuh hanya di satu titik tertentu atau menyebar
ke seluruh tanaman melalui batang.
Jumlah bakteri endofit di dalam tanaman tidak dapat ditentukan secara
pasti, namun bakteri ini dapat dideteksi dengan mengisolasi pada media agar
(Bacon dan Hinton 2006). Media agar yang digunakan adalah media kaya, yaitu
NA dan LB. Secara komposisi, kedua media tersebut serupa hanya dibedakan oleh
jenis sumber nitrogennya. NA umumnya mengandung pepton, sedangkan LB
umumnya mengandung tripton. Kedua media tesebut menunjukkan hasil yang
baik untuk mengisolasi bakteri endofit dari binahong dan ketepeng cina. Untuk
mengoptimalkan hasil isolasi, media ditambahkan dengan nistatin yang
merupakan senyawa antifungi (Kumala dan Siswanto 2007). Penambahan nistatin
tersebut terbukti mampu mengurangi laju pertumbuhan fungi.
Pertumbuhan bakteri endofit dari tanaman binahong dan ketepeng cina di
dalam media agar umumnya mulai terlihat pada hari ke-2 masa inkubasi. Hal ini
sesuai dengan Arunachalam dan Gayathri (2010), Simarmata (2007), Jalgaonwala
et al (2010) dan Zinniel et al (2002) yang menyatakan bahwa waktu pemilihan
inkubasi selama minimal 2 hari bertujuan untuk memastikan bahwa bakteri yang
tumbuh merupakan bakteri endofit, bukan bakteri yang hidup di permukaan
tanaman (filosfer) atau kontaminan. Proses isolasi dilakukan sampai diperoleh
isolat bakteri endofit murni yang ditandai dengan mofologi koloni (warna, bentuk,
elevasi) yang sama.
Penapisan isolat bakteri endofit melalui uji aktivitas antibakteri
Isolat bakteri endofit yang memiliki aktivitas penghambatan (ditandai
dengan adanya zona hambat) terhadap 5 jenis bakteri uji sebagian besar berasal
dari tanaman binahong, sedangkan ketepeng cina hanya memiliki satu isolat
potensial. Isolat BB5 dan BB14 merupakan isolat yang mampu menghambat
pertumbuhan 5 jenis bakteri uji. Penghambatan tersebut ditandai dengan
terbentuknya zona bening di sekitar isolat. Hal ini sesuai dengan beberapa
penelitian sebelumnya mengenai kemampuan bakteri endofit menghasilkan suatu
senyawa berkhasiat. Sebagai contoh, bakteri endofit Bacillus polymixa hasil
isolasi dari tanaman Anuma (Artemisia annua) dapat memproduksi senyawa
kimia antimalaria artemisinin di dalam media cair sintetik (Simanjuntak dkk

9
2004), Streptomyces griseus dari tanaman Kandelia candel menghasilkan asam paminoasetofenonik sebagai antimikroba (Guan et al. 2005 dalam Ryan et al. 2008),
Streptomyces NRRL 30562 dari tanaman Kennedia nigriscans menghasilkan
munumbicin (antibiotik) dan munumbicin D (antimalaria) (Castillo et al. 2002
dalam Ryan et al. 2008).
Kemampuan isolat BB5 dan BB14 dalam menghambat 5 jenis bakteri uji
(2 bakteri merupakan Gram positif dan 3 bakteri merupakan Gram negatif)
mengindikasikan kemungkinan senyawa antibakteri yang dihasilkan dapat
menjadi kandidat antibakteri berspektrum luas. Umumnya, bakteri endofit dari
suatu tanaman mampu menghasilkan senyawa yang ada di dalam tanaman
tersebut (Zinniel et al 2002). Kemungkinan isolat BB5 dan BB14 juga
menghasilkan salah satu senyawa yang ada di dalam tanaman binahong. Hal ini
diperkuat oleh Yu et al (2010) yang menyatakan bahwa terdapat beberapa
senyawa antimikroba yang dihasilkan oleh endofit antara lain senyawa aromatik,
flavonoid, alkaloid, peptida, fenol, kuinon, steroid, dan terpenoid.
Namun, kemungkinan lain seperti adanya quorum sensing juga bisa saja
terjadi. Quorum sensing merupakan sistem pengaturan yang memungkinkan
organisme untuk merespon sinyal-sinyal yang datang dari lingkungannya.
Beberapa bakteri memiliki jalur pengaturan yang dikontrol oleh respon terhadap
densitas sel dalam populasi bakteri itu sendiri (Madigan et al 2000). Zona hambat
yang terbentuk berdasarkan uji antibakteri kemungkinan juga merupakan hasil
adanya quorum sensing. Oleh sebab itu, hal ini masih perlu diteliti lebih lanjut.
Ekstraksi DNA Genom dan Identifikasi Isolat Bakteri Endofit Potensial
dengan Marka 16S rRNA
Hasil ekstraksi DNA genom isolat BB 5 dan BB 14 menunjukkan satu pita
dengan ukuran di atas 10000 pb. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa
keseluruhan genom telah terekstrak dan tidak adanya kontaminan dari bakteri lain.
Ukuran pita lebih dari 10000 pb menunjukkan bahwa genom tersebut adalah
genom bakteri karena umumnya genom total dari bakteri berukuran lebih besar
dari 10000 pb (Madigan et al 2000). Genom total bakteri umumnya terdiri dari
DNA inti, DNA mitokondria dan plasmid. Namun, pada penelitian ini genom
tersebut tidak dipisahkan berdasarkan jenisnya karena akan dijadikan cetakan
untuk PCR menggunakan primer yang spesifik.
Hasil PCR gen 16S rRNA dari isolat BB 5 dan BB 14 yang dilihat dengan
elektroforesis menunjukkan satu pita dengan ukuran cukup tebal. Hal ini
mengindikasikan konsentrasi DNA cetakan yang digunakan cukup dan banyaknya
siklus yang digunakan, yaitu 35 siklus, dapat mengamplifikasi fragmen DNA
dengan baik. Namun, terdapat ketidaksesuaian antara panjang amplikon gen 16S
rRNA dengan primer yang digunakan. Kode 63 dan 1387 pada primer
menunjukkan posisi basa berdasarkan sekuens gen E. coli (Wang dan Qian 2009).
Jika primer tersebut digunakan pada PCR, panjang amplikon hasil PCR
seharusnya berjumlah 1324 pb (diperoleh dari pengurangan 1387 terhadap 63).
Namun, berdasarkan hasil sekuensing, isolat BB 5 dan BB 14 menunjukkan
jumlah basa yang berbeda dengan panjang amplikon yang diharapkan, yaitu 1179
dan 1134 pb.
Perbedaan panjang amplikon tersebut dapat disebabkan dua hal. Pertama,
suhu annealing yang terlalu rendah (45°C) sehingga primer tidak menempel

10
dengan spesifik pada gen 16S rRNA. Kemungkinan primer justru menempel di
bagian lain gen atau justru menempel di gen lain selain 16S rRNA. Jika hal ini
terjadi, kemungkinan gen lain yang teramplifikasi. Umumnya, suhu annealing
yang digunakan pada proses amplifikasi gen dari bakteri endofit adalah 50°C60°C, tergantung primer yang digunakan (Zinniel et al 2002; Wang et al 2010;
Yogiara et al 2012). Kedua, suhu saat fase pemanjangan, yaitu 68°C, kurang
optimum untuk kerja enzim Taq polymerase sehingga proses sintesis amplikon
kurang maksimal yang menyebabkan ada beberapa bagian dari gen yang tidak
teramplifikasi.
Hasil analisis sekuens isolat BB 5 dan BB 14 dengan program BLASTN
memang menunjukkan bahwa kedua isolat memiliki kemiripan 99% dengan
Pseudomonas sp. KR 1.13. Namun, berdasarkan hasil perbandingan panjang
amplikon seperti yang disebutkan sebelumnya, belum dapat dikatakan dengan
pasti bahwa kedua isolat tersebut adalah Pseudomonas sp. KR 1.13. Selain itu,
pada proses sekuensing, primer yang digunakan hanya primer 63F sehingga hasil
sekuensing tidak dapat dipercaya sepenuhnya. Umumnya, dalam proses
sekuensing, kedua primer, yaitu primer forward dan reverse, digunakan sehingga
hasil sekuensing bisa dikonfirmasi dengan kedua primer tersebut, yaitu dengan
menentukan fragmen yang saling overlapping (tumpang tindih).

SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Isolasi bakteri endofit dari tanaman binahong dan ketepeng cina telah
berhasil dilakukan dengan total isolat bakteri endofit berjumlah 73 isolat yang
sebagian besar berasal dari bagian batang tanaman. Berdasarkan uji antibakteri,
diperoleh dua isolat bakteri endofit potensial yaitu BB5 dan BB14. Identifikasi
berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa kedua isolat tersebut
kemungkinan adalah Pseudomonas sp. KR 1.13.
Saran
Perlu dilakukan isolasi dan identifikasi lebih lanjut untuk mengetahui jenis
senyawa yang dihasilkan oleh isolat BB5 dan BB14 terkait kemampuannya
membentuk zona hambat. Selain itu, perlu dilakukan optimasi kondisi PCR untuk
mengamplifikasi gen 16S rRNA, serta perlunya menggunakan kedua primer
(forward dan reverse) dalam proses sekuensing agar hasil identifikasi lebih dapat
dipercaya.

DAFTAR PUSTAKA
Abou-Zeid AHS, Soliman FM, Sleem A, Mitry MNR. 2007. Phytochemical and
bioactivity investigations of the aerial parts of Anredera cordifolia (Ten.)
Steenis. Bulletin of the National Research Centre Cairo 32 (1) : 31-33.
Arunachalam C, Gayathri P. 2010. Studies on bioprospecting of endophytic
bacteria from the medicina plant of Andrographis paniculata for their

11
antimicrobial activity and antibiotic susceptibility pattern. Int J of Curr Pharm.
Res. 2 (4) : 63-68.
Bacon CW, Hinton DM. 2006. Bacterial endophytes : the endophytic niche, its
occupants, and its utility. Di dalam : Gnanamanickam SS, editor. PlantAssociated Bacteria. Netherland : Springer.
Bhore SJ, Sathisha G. 2010. Screening of endophytic colonizing bacteria for
cytokinin-like compounds: crude cell-free broth of endophytic colonizing
bacteria is unsuitable in cucumber cotyledon bioassay. World J. Agric. Sci. 6
(4): 345-352.
Bottone EJ. 2010. Bacillus cereus, a volatile human pathogen. Clin. Microbiol.
Rev. 23(2):382-398.
Cornelis P. 2008. Pseudomonas Genomics and Molecular Biology. Norfolk :
Caister Academic Press.
El-Mahmood AM, Doughari JH. 2008. Phytochemical screening and antibacterial
evaluation of the leaf and root extracts of Cassia alata Linn. Afr. J. of. Pharm.
and Pharmacol. 2 (7) : 124-129.
Jalgaonwala RE, Mohite BV, Mahajan RT. 2010. Evaluation of endophytes for
their antimicrobial activity from indigenous medicinal plants belonging to
north maharashtra region india . Int. J. on Pharm and Biomed Res. 1 (5) : 136141.
Kiyomizu K, Yagi T, Yoshida H, Minami R, Tanimura A, Karasuno T, Hiraoka A.
2008. Fuliminant septicemia of Bacillus cereus resistant to carbapenem in a
patient with biphenotypic acute leukemia. J. Infect. Chemother. 14: 361–367.
Kumala S, Siswanto EB. 2007. Isolation and screening of endophytic microbes
from Morinda citrifolia and their ability to produce anti-microbial Substances.
Microbiology Indonesia 1 (3) : 145-148.
Kusmardi, Kumala S, Triana EE. 2007. Efek imunomodulator ekstrak daun
ketepeng cina (Cassia alata L.) terhadap aktivitas dan kapasitas fagositosis
makrofag. MAKARA 11 (2) : 50-53.
Madigan MT, Martinko JM, Parker J. 2000. Brock Biology of Microorganisms
Ninth Edition. New Jersey : Prentice-Hall Inc.
Miller CM, Miller RV, Garton-Kenny D, Redgrave B, Sears J, Condron MM,
Teplow DB, Strobel GA. 1998. Ecomycins, unique antimycotics from
Pseudomonas viridiflava. J Appl Microbiol 84: 937–944 dalam Ryan RP,
Germaine K, Franks A, Ryan DJ , Dowling DN. 2008. Mini Review :
Bacterial endophytes: recent developments and applications. FEMS Microbiol
Lett 278:1–9.
Mittal R, Wang Y, Hunter CJ, Gonzalez-Gomez I, Prasadarao NV. Brain damage
in newborn rat model of meningitis by Enterobacter sakazakii: a role for outer
membrane protein A. Laboratory Investigation 89 : 263–277.
Mohapatra H, Singh SK, Ekka R. 2012. Molecular mechanism of resistance in
multiple antibiotic resistant isolates from aqueous environment. NISER,
forthcoming.
Nadji G et al. 2005. Comparison of clinical and morphological characteristics of
Staphylococcus aureus endocarditis with endocarditis caused by other
pathogens. Heart 91 : 932-937.
Orbayinah S, Kartyanto A. 2008. Efikasi Binahong (Anredera cordifolia (Tenore)
Steenis) terhadap Kadar Alkaline Phosphatase. Mutiara Medika 8 (2): 89 – 95.

12
Pujiyanto S, Ferniah RS. 2010. Aktifitas inhibitor alpha-glukosidase bakteri
endofit PR-3 yang diisolasi dari tanaman pare (Momordica charantia).
BIOMA 12 (1) : 1-5.
Ruhe JJ, Monson T, Bradsher, RW, Menon A. 2005. Use of Long-Acting
Tetracyclines for Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Infections:
Case Series and Review of the Literature. Clin. Inf. Dis. 40:1429–1434.
Rochani N. 2009. Uji aktivitas antijamur ekstrak daun binahong (Anredera
cordifolia) terhadap Candida albicans serta skrining fitokimianya. [Skripsi].
Solo : Universitas Muhammadiyah Surakarta.
Ryan RP, Germaine K, Franks A, Ryan DJ , Dowling DN. 2008. Mini Review :
Bacterial endophytes: recent developments and applications. FEMS Microbiol
Lett 278:1–9.
Safdar N, Bradley EA. 2008. The risk of infections after nasal colonization with
Staphylococcus aureus. The American Journal of Medicine 121 : 310-315.
Savini V, Favaro M, Fontana C, Catavitello C, Balbinot A, Talia M, Febbo F,
D’Antonio D. 2009. Bacillus cereus heteroresistant to carbapenems in a
cancer patient. J. Hosp. Infect. 71:288–290.
Setiaji, A. 2009. Uji Aktivitas Antibakteri Ekstrak Petroleum Eter, Etil Asetat Dan
Etanol 70% Rhizoma Binahong (Anredera Cordifolia (Tenore) Steen)
Terhadap Staphylococcus aureus Atcc 25923 Dan Escherichia Coli Atcc
11229 Serta Skrining Fitokimianya. [Skripsi]. Solo : Universitas
Muhammadiyah Surakarta.
Simanjuntak P, Bustanussalam, Otovina DM, Rahayuningsih M, Said EG. 2004.
Isolasi dan identifikasi artemisinin dari hasil kultivasi mikroba endofit dari
tanaman Artemisia annua. [studi mikroba endofitik tanaman Artemisia spp.].
Majalah Farmasi Indonesia 15 (2) : 68-74.
Simarmata R, Lekatompessy S, Sukiman H. 2007. Isolasi mikroba endofitik dati
tanaman obat sambung nyawa (Gymura procumbens) dan analisis
potensinya sebagai antimikroba. Berk Penel Hayati 13 : 85-90.
Strobel G, Daisy B, Castillo U. 2005. Novel natural products from rainforest
endophytes. Dalam: Natural Products: Drug Discovery and Therapeutic
Medicine (Zhang L. and Demain A., eds.). Humana Press. Totowa : NJ.
Sule WF, et al. 2011. Phytochemical properties and in-vitro antifungal activity of
Senna alata Linn. crude stem bark extract. J.of.Med. Plants. Res. 5 (2) : 176183.
Veling J, H.W Barkema, J. van der Schans, F. van Zijderverld, J. Verhoeff. 2002.
Herdlevel diagnosis for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin
infection in bovine dairy herds. Prev. Vet. Med. 14: 31-42.
Wang Y, Zeng Q, Zhang Z, Yan R, Zhu D. 2010. Antagonistic bioactivity of an
endophytic bacterium H-6. Afr. J. Biotechnol. 9 (37) : 6140-6145
Willcox MDP. 2007. Pseudomonas aeruginosa Infection and Inflammation During
Contact Lens Wear : A Review. Optometry and Vision Science 84 (4) : 273278.
Wirawan B. 2009. Potensi bakteri endofit tanaman obat sebagai penghasil
senyawa antihiperlipidemia melalui aktivitas lipase. [Skripsi]. Bogor : Institut
Pertanian Bogor.

13
Yogiara SS, Magdalena S, Rachelia D. 2012. The genetic diversity of endophytic
and phyllosphere bacteria from several indonesian herbal plants. Makara J.
Sci. 16 (1) : 39-45.
Yu H, Zhang L, Li L, Zheng C, Guo L, Li W, Sun P, Qin L. 2010. Recent
developments and future prospects of antimicrobial metabolites produced by
endophytes. Microbiol. Res. 165 : 437- 449.
Zinniel DK et al. 2002. Isolation and characterization of endophytic colonizing
bacteria from agronomic crops and prairie plant. Appl. Environ. Microbiol. 68
(5) : 2198–2208.

14
Lampiran 1 Morfologi koloni isolat bakteri endofit dari binahong dan interaksinya
terhadap bakteri patogen
Kode isolat
Bin DT 1
Bin DT 2
Bin BUB 1
Bin BUB 2
BBU
BBT
Akar 1
Akar 1.2
Akar 2.1
Akar 2.2
Akar 3
Akar 3.1
Akar 4
Akar 4.1
Akar 5.1
Akar 5.2
BB 1
BB 2
BB 3
BB 4
BB 5
BB 13
BB 14
BB 15
BB 16
Daun 1
Daun 2
Daun 2.1
Umbi Tengah 6
Umbi Tengah 7
Umbi Tengah 8
Umbi Tengah 9
Umbi Tengah 10
Umbi Tengah 11
Umbi Tengah 12
Umbi Akar 1
Umbi Akar 3

Warna

Koloni

Putih susu
Putih susu
Kuning cerah
Putih kekuningan
Kuning pucat
Kuning pucat
Putih
Bening
Putih kekuningan
Bening
Putih mengkilat
Putih kekuningan
Bening
Bening
Kuning pucat
Putih susu
Kuning
Kuning
Putih susu
Coklat (tengah)
Coklat (tengah)
Kuning pucat
Coklat (tengah)
Bening
Putih kecoklatan
Kuning
Putih kecoklatan
Putih
Kuning
Kuning
Kuning pucat
Kuning pucat
Kuning pucat
Kuning
Kuning pucat
Putih susu
Putih kecoklatan

Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Berlendir

Tepian

Elevasi

Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Bergelombang
Rata
Bergelombang
Rata
Bergerigi
Rata
Rata
Rata
Bergelombang
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Rata
Cembung
Bergerigi
Rata
Rata
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergelombang
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Bergerigi
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Bergelombang
Rata
Bergelombang Cembung
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Rata
Rata
Rata
Bergerigi
Rata

Keterangan : Bin DT (Binahong daun tengah), Bin BUB (Binahong batang ujung bawah),
BBU (Binahong batang ujung), BBT (Binahong batang tengah), BB (Batang
binahong). * interaksi ditandai dengan terbentuknya zona hambat.

Interaksi*
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-

15
Lampiran 2 Morfologi koloni isolat bakteri endofit dari tanaman ketepeng cina
dan interaksinya denga bakteri patogen
Kode isolat
AT
AT 1
AT 2
AU 1
BT 1
BT 2
BT 5
BT 6
BT 7
BT 8
BT 9
BDT 1
BDT 2
BDT 3
BDT 4
BDT 5
BDT 6
BDT 8
BDT 9
B 30 1
B 30 2
B 30 3
B 30 4
B 30 5
B 30 6
D bin 1
D bin 2
D bin 3
D bin 4
D bin 5
DB
P1
P2
P3
P4
P5

Warna

Koloni

Tepian

Elevasi

Interaksi*

Putih
Putih
Jingga
Kuning
Putih
Kuning
Putih kekuningan
Putih kekuningan
Bening
Bening
Kuning keemasan
Merah muda
Merah muda
Putih kecoklatan
Coklat muda
Putih
Merah muda
Merah muda
Bening
Bening kekuningan
Bening
Kuning
Kuning
Jingga muda
Kuning
Putih susu
Putih susu
Putih susu
Putih
Putih susu
Putih
Kuning
Kuning
Kuning
Putih susu
Jingga

Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Berlendir
Tidak berlendir
Berlendir
Berlendir

Bergerigi
Rata
Rata
Bergerigi
Bergerigi
Rata
Bergerigi
Bergerigi
Rata
Rata
Rata
Bergerigi
Bergerigi
Bergelombang
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Bergelombang
Rata
Bergelombang
Bergelombang
Bergelombang
Rata
Bergelombang
Rata
Bergerigi
Bergerigi
Bergelombang
Bergelombang
Rata
Bergelombang
Rata

Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Cembung
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Rata
Cembung
Cembung
Cembung
Rata
Cembung
Cembung
Rata
Rata
Rata
Cembung
Rata

+
-

Keterangan : AT (akar tengah), AU (akar ujung), BT (batang tengah),BDT (batang daun tengah),
B 30 (batang 30 cm dari akar), D bin (bintil akar), DB (daun bawah), P (pucuk).
*interaksi ditandai dengan terbentuknya zona hambat.

16
Lampiran 3 Sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endofit BB5 dan BB14 hasil
amplifikasi dengan primer 63F dan 1387R

>1234653_BB5
CTGCTCCTGATTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGG
ATAACGTTTCGAAAGGAACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGTGGGGGATCT
TCGGACCTCACGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCC
CACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGAC
ACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTG
ATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGGA
GGAAGGGCAGTAAGTTAATACCTTGCTGTTTTGACGTTACCAACAGAATAAGCACCGGCT
AACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGG
CGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTCAGCAAGTTGGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAACCTGGG
AATTGCATCCAAAACTACTGAGCTAGAGTACGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAG
CGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGAT
ACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCAC
GCCGTAAACGATGTCGACTAGCCGTTGGGATCCTTGAGATCTTAGTGGCGCAGCTAACGC
GATAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGG
GCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGG
CCTTGACATGCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGACACAGG
TGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCG
CAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACCTCGGGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGA
CAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGGCCCTTACGGGCCAGGGCTA
CCACCATGGCTACAATGGGCCGGGACAAAGGGTTGCCAA

>1234652_BB14
TTGCTCCTGATTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGG
ATAACGTTTCGAAAGGAACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGTGGGGGATCT
TCGGACCTCACGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCC
CACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGAC
ACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTG
ATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGGA
GGAAGGGCAGTAAGTTAATACCTTGCTGTTTTGACGTTACCAACAGAATAAGCACCGGCT
AACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGG
CGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTCAGCAAGTTGGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAACCTGGG
AATTGCATCCAAAACTACTGAGCTAGAGTACGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAG
CGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGAT
ACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCAC
GCCGTAAACGATGTCGACTAGCCGTTGGGATCCTTGAGATCTTAGTGGCGCAGCTAACGC
GATAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGG
GCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGG
CCTTGACATGCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGACACAGG
TGCTGCATGGCTTGTCGTCAGCTCCGTGTCCTGGAGATGTTGGGGTTAAGTCCCCGTAAC
CGAGCGCAACCCTTTGTCCTTTAGTTACCCAGCACCCTCGGGGTGGGGCACTCCTAGGGA
GAACTGCCCGGTGACAAAACCGGAAGGAAGGTGGGGGATGGACGGCCAAGGCCA

17
Lampiran 4 Hasil analisis homologi sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endofit
BB5 dan BB14 dengan program BLAST
Isolat BB5

Isolat BB14

18
Lampiran 5 Hasil pensejajaran sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endofit BB5
dan Pseudomonas sp. KR1.13 dengan program BLAST

19
Lampiran 6 Hasil pensejajaran sekuens gen 16S rRNA isolat bakteri endofit BB14
dan Pseudomonas sp. KR1.13 dengan program BLAST

20

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Tegal pada tanggal 24 April 1991 dari pasangan Heri
Purwanto dan Abdjad Asih Nawangsih. Penulis merupakan anak pertama dari tiga
bersaudara. Tahun 2009 penulis lulus dari SMAN 1 Bogor dan pada tahun yang
sama diterima di Departemen Biokimia Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam IPB melalui jalur SNMPTN.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah menjadi asisten praktikum
Genetika Dasar pada tahun ajaran 2011/2012. Pada tahun 2012, penulis
melaksanakan praktik lapangan di Laboratorium Keanekaragaman Genom dan
Penyakit Lembaga Biologi Molekuler Eijkman Jakarta dengan judul Profil Delesi
9-pb DNA Mitokondria pada Populasi Etnik Banjar dan Dayak di Banjarmasin
Kalimantan Selatan.