16 penelitiannya. Gel yang telah dirunning diwarnai dengan urutan seperti yang
tertera pada Tabel 5. Selama proses pewarnaan, bak digoyang-goyang dengan bantuan shaker. Tahapan pewarnaan disajikan pada Tabel 5.
Tabel 5 Tahapan pewarnaan gel akrilamid dengan metode perak nitrat
Nomor bak Komposisi bahan
Lama pencelupan penggoyangan
Nama bahan Volume
Bak I : Asam asetat Aquadest
450 ml 10 – 15 menit
Etanol 50 ml
Acetic acid 25 µl
Bak II : Aquades Aquadest
500 ml 5 menit
Bak III : Perak nitrat Aquadest
500 ml 10 – 20 menit
Formaldehid 0,6 ml
Silbernitrat 0,5 gr
Bak IV : NaOH Aquadest
500 ml Sampai keluar pita
Formaldehid 1 ml
NaOH 7,5 gr
3.3.6 Analisis data
Hasil dari kegiatan teknik mikrosatelit pada daun selanjutnya difoto dan dianalisis dengan melakukan skoring pada pola pita yang muncul. Hasil
interpretasi foto kemudian dianalisis dengan menggunakan software POPGENE 32 versi 1.31 Yeh dan Yang, 1999, NTSys Ver 2.0 Rohlf 2008, dan MLTR
Multilocus Mating System Programme software Ritland 1996. Cara skoring pita DNA disajikan pada Gambar 7.
Gambar 7 Cara skoring pita DNA.
Untuk mengetahui tingkat keakuratan pendugaan lokasi amplifikasi DNA pada gel akrilamid maka digunakan persamaan kuadratik. Persamaan kuadratik ini
diperoleh melalui pengukuran manual pita DNA yang terbentuk pada gel akrilamid. Pengukuran dilakukan dengan mistar. Hasil pengukuran kemudian
diolah dengan Minitab 14 untuk mendapatkan nilai persamaannya. Persamaan kuadratik yang digunakan sebagai acuan skoring yaitu :
Keterangan : f x = Panjang basepair; x = Panjang pita dalam pengamatan
Hasil pengukuran dan pendugaan panjang fragmen DNA hasil amplifikasi disajikan pada Tabel 6.
Tabel 6 Hasil pengukuran dan pendugaan panjang fragmen DNA hasil
amplifikasi
Allele Foto
cm Basepair
Boontong et al, 2008 dan Lemes et al. 2002 Basepair
persamaan Ai-5
1
2,35 130 – 182
162 Ai-5
2
2,24 130 – 182
154 Ai-5
3
2,06 130 – 182
142 Ai-34
1
1,67 146 - 168
120 Ai-34
2
1,58 146 – 168
116 Ai-34
3
1,37 146 – 168
108 SM45
1
1,63 140 – 178
118 SM45
2
1,57 140 – 178
116
Gambar 8 Grafik panjang fragmen hasil amplifikasi mikrosatelit.
f x = 23.17x
2
+ 30.48x – 100.2
HA 4.1
Amplifikasi silang jen
Amplifikasi DNA m penyusun DNA direplikasi
rantai DNA antara 18-24 n templat dan menjadi batas
2007. Primer spesifik dari primer. Mindi sendiri bel
pendekatan primer menggu mahoni dan mimba.
Hasil seleksi primer y mahoni 10 primer dan m
primer yang mampu menga Ai-5, Ai-34 jenis mimba
ditunjukkan oleh adanya p dirunning pada gel akrilam
sekurang-kurangnya dua va Visualisasi DNA pada gel ak
Gambar 9 Pola polimorfik DNA
Hasil pengukuran d menunjukkan bahwa panjan
berkisar antara A
108
– A
162
A
154
, A
162
; Ai-34 pada frag A
118
. Hal ini menunjukkan mindi berhasil dilakukan m
BAB IV ASIL DAN PEMBAHASAN
