8 Susunan kimiawi DNA yang kompleks terdiri dari tiga macam molekul
yaitu, gula pentosa deoksiribosa, asam fosfat dan basa nitrogen. Basa nitrogen dibedakan atas dua tipe yaitu kelompok pirimidin sitosin dan timin merupakan
jenis basa nitrogen yang memiliki satu cincin organik serta kelompok purin adenine dan guanin merupakan jenis basa nitrogen yang terdiri atas dua cincin
organik Suryo, 2010. Molekul DNA merupakan molekul-molekul linear yang terdiri dari sebuah polimer panjang polinukleotida. Gugus fosfat menyambung
residu deoksiribosa pada 5’-C dengan nukleotida berikutnya pada 3’-C, sehingga ikatan-ikatan fosfodiester ini mengikat nukleotida-nukleotida kompleks menjadi
satu membentuk tulang punggung DNA Gunarso, 1988. Untaian-untaian polinukleotida ini akan membentuk struktur double helix dan akan dipegang oleh
ikatan hidrogen yang dibentuk oleh satu basa purin yang telah berpasangan dengan satu basa pirimidin Faatih, 2009.
2.4. Penanda DNA Mikrosatelit
Analisa DNA mikrosatelit merupakan salah satu ciri genetik yang sudah diaplikasikan secara meluas untuk mempelajari sistem perkawinan, struktur
populasi, pautan linkage, pemetaan kromosom dan analisa populasi. Hal ini dikarenakan DNA mikrosatelit sangat polimorfik dan jumlahnya banyak dalam
DNA genom Sumantri dkk., 2008. DNA mikrosatelit dapat digunakan untuk membandingkan genotip dari individu yang mempunyai hubungan kekerabatan
yang dekat. Mikrosatelit juga bersifat kodominan, karenanya memiliki kemampuan mendeteksi yang tinggi terhadap keragaman alel dan tidak terlalu
mahal untuk dianalisa dengan menggunakan PCR Haryati, 2011. Mikrosatelit atau Short Tandem Repeat STR merupakan salah satu marka
molekuler yang tersusun atas runutan DNA pendek berulang 2 sampai 6 pasang basa nukleotida dan dapat berulang 10 hingga 100 kali Haryati, 2011. Lokus
mikrosatelit diapit oleh suatu urutan nukleotida yang terkonservasi sehingga dimungkinkan untuk merancang primer yang komplementer pada urutan DNA
pengapit ini dan diamplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction PCR Aryantha dkk., 2008. Produk PCR yang dihasilkan dalam jumlah pengulangan
9 basa yang bervariasi disebut sebagai polimorfisme serta daerah yang
teramplifikasi oleh primer dinyatakan sebagai lokus dengan variasi panjang produk PCR sebagai alel Chaerani dkk., 2009.
Penanda molekuler dapat digunakan sebagai alat bantu seleksi pada generasi awal dengan tingkat ketelitian yang lebih tinggi yaitu dengan menentukan
penanda yang terpaut dengan suatu sifat yang diinginkan. Identifikasi fragmen spesifik dapat dilakukan dengan analisa dan pemetaan Quantitative Trait Loci
QTL Roberdi dkk., 2010. Penelitian lain yang menggunakan DNA mikrosatelit adalah variasi genetik masyarakat Bali Mula di Desa Sembiran Buleleng dengan
penanda DNA mikrosatelit menggunakan empat lokus yaitu D2S1338, D3S1358, D5S818 dan D13S317 yang menunjukkan bahwa ditemukannya 19 ragam alel
pada lokus D13S317 sebanyak enam alel pada lokus D2S1338, pada lokus D3S1358 sebanyak lima alel dan sebanyak tiga alel pada lokus D5S818 Dwitiari,
2012. Masing-masing lokus DNA mikrosatelit memberikan ragam alel yang akan
mempengaruhi tinggi rendahnya nilai heterozigositas dan nilai kekuatan pembeda Power of Discrimination. Penentuan dalam penggunaan lokus DNA mikrosatelit
yang baik digunakan dalam analisa DNA didasarkan pada tingginya nilai heterozigositas dan Power of Discrimination yang dihasilkan Octavia, 2015;
Rudin and Crim, 2002.
2.5. Ekstraksi DNA
