ANALISIS DAYA GABUNG, HETEROSIS, DAN HERITABILITAS SIFAT YANG BERKAITAN DENGAN

47 pengendalian hama serta penyakit. Selama penelitian tidak terjadi serangan hama ataupun penyakit sehingga tidak dilakukan penyemprotan pestisida. Hasil dan pembahasan Hasil uji daya gabung ternyata ada perbedaan tetua bawang merah yang digunakan pada daya gabung umum DGU dan daya gabung khusus DGK untuk semua karakter. Hal ini menunjukkan genotipe bawang merah tersebut berbeda kemampuan daya gabungnya Tabel 12. Dari tabel tersebut terlihat bahwa varian aditif ternyata nilainya lebih kecil dari varian dominan, ini berarti yang berperan pada karakter yang diamati adalah gen-gen dominan. Hal ini sejalan dengan penelitian yang telah berjalan pada sejumlah daya gabung beberapa tanaman diperoleh varian aditif lebih kecil dari varian dominan dan digunakan untuk perakitan varietas hasil tinggi Wang et al, 1999; Zeinanloo et al, 2009; Khan et al, 2009. Tabel 12. Hasil uji daya gabung umum DGU, daya gabung khusus DGK, varian aditif dan varian dominan pada karakter tinggi tanaman, jumlah anakan, jumlah umbi, diameter umbi, bobot umbi basah serta bobot kering umbi per rumpun Sumber Ragam Kuadrat Tengah Tinggi tanaman Jumlah anakan Jumlah umbi Diameter umbi Bobot umbi basah rumpun Bobot umbi kering rumpun DGU 172.71 8.71 8.71 0.18 178.98 172.88 DGK 53.64 3.42 3.42 0.44 367.37 277.28 Galat 6.11 0.08 0.08 0.04 5.71 2.34 Var. additive 31.55 1.55 1.55 0.01 15.79 19.37 Var. dominan 48.53 3.49 3.49 0.40 362.87 274.94 : sangat nyata Pengujian daya gabung umum dari tetua bawang merah yang digunakan dapat dilihat pada Tabel 13. Secara umum tetua bawang merah DGU-nya tertinggi adalah Tiron, kecuali pada karekter tinggi tanaman dan diameter umbi. Urutan kedua DGU yang tinggi adalah Timor. Jadi tetua bawang merah Tiron dan Timor secara umum memberikan keturunan yang hasil tinggi bila disilangkan dengan tetua lain. 48 Tabel 13. Hasil analisis daya gabung umum pada karakter agronomik bawang merah yang diamati dari tujuh tetua yang digunakan Tetua Karakter yanng diamati Tinggi tanaman Jumlah anakan Jumlah umbi Diameter umbi Bobot basah umbirumpun Bobot kering umbirumpun Kuning -6.34 1.27 1.27 -0.06 -2.80 -1.75 Bima -4.19 -1.78 -1.78 0.17 -4.73 -5.91 Tiron 3.76 2.01 2.01 0.20 10.61 8.83 Timor 2.24 0.17 0.17 -0.25 6.62 6.91 Sibolangit -7.98 -0.62 -0.62 -0.17 -6.17 -5.21 Maja 4.78 -1.42 -1.42 0.23 -2.69 -5.24 Bima Juna 7.73 0.37 0.37 -0.14 -0.82 2.38 Genotipe bawang merah yang mempunyai DGK yang tertinggi untuk tinggi tanaman adalah KuningSibolangit, selanjutnya TironTimor, dan KuningBima Juna. Dilihat jumlah anakan dan jumlah umbi, genotipe bawang merah yang ber-DGK tertinggi adalah KuningSibolangit, diikuti TironMaja, dan TironTimor. Ini berarti kombinasi persilangan antara genotipe bawang merah tersebut sesuai untuk perakitan genotipe yang banyak anakan dan jumlah umbinya. Karakter diameter umbi yang mempunyai DGK tertinggi yaitu KuningTimor, selanjutnya BimaMaja, dan KuningBima. Genotipe bawang merah ini sesuai untuk perakitan genotipe dengan ukuran umbi yang besar. Karakter hasil yang penting adalah bobot umbi, bobot basah umbi yang terbesar adalah KuningSibolangit, diikuti KuningTiron dan TimorBima Juna Tabel 14. Jadi genotipe bawang merah yang sesuai untuk perakitan hasil tinggi perlu dilihat tingkat heterosis maupun daya hasilnya. Dari kreteria ini dapat dipilih genotipe bawang merah KuningTiron, TimorBima Juna, TironTimor dan KuningSibolangit. Pemilihan persilangan untuk pembentukan genotipe baru hasil tinggi didasarkan pada nilai DGU, DGK dan heterosisnya Khan et al., 2009; Lawali Shehu 2008. 49 Tabel 14. Hasil analisis daya gabung khusus pada karakter yang diamati dari genotipe hasil persilangan antara tujuh tetua bawang merah yang digunakan Genotipe Karakter Tinggi tanaman Jumlah anakan Jumlah umbi Diameter umbi Bobot basah umbi rumpun Bobot kering umbi rumpun KuningBima -5.48 -1.16 -1.16 0.59 -12.99 -10.26 KuningTiron 0.80 -0.59 -0.59 0.24 28.82 26.76 KuningTimor -4.57 -0.33 -0.33 0.81 -3.15 -1.56 KuningSibolangit 11.82 3.32 3.32 -0.19 32.77 23.55 KuningMaja 1.87 -1.38 -1.38 0.16 -11.75 -9.77 KuningBima Juna 7.30 -2.47 -2.47 -0.07 -23.39 -21.85 BimaTiron -2.58 -2.18 -2.18 -0.28 -6.56 -7.06 BimaTimor -0.55 -1.07 -1.07 0.10 -3.22 -6.37 BimaSibolangit 3.79 0.57 0.57 -0.80 -11.11 -7.37 BimaMaja -5.45 0.47 0.47 -0.74 9.71 2.35 BimaBima Juna -0.45 -0.33 -0.33 0.73 3.32 3.77 TironTimor 8.63 2.39 2.39 0.14 12.94 13.37 TironSibolangit 1.51 -1.73 -1.73 0.16 -29.81 -24.34 TironMaja -1.70 2.49 2.49 0.47 14.71 13.75 TironBima Juna 1.44 2.27 2.27 -0.19 9.71 4.67 TimorSibolangit -1.71 -0.90 -0.90 0.05 0.74 -0.50 TimorMaja 5.22 -1.30 -1.30 -0.52 -5.64 -6.40 TimorBima Juna 6.83 -0.66 -0.66 0.10 16.37 18.65 SibolangitMaja -10.86 0.64 0.64 -0.95 -7.47 -4.12 SibolangitBima Juna -2.77 -0.45 -0.45 -0.43 -8.34 -7.68 MajaBima Juna -10.62 -0.85 -0.85 -0.03 -24.51 -20.21 Nilai duga heterosis pada karakter yang diamati bervariasi antara -76 sampai 111 . Persilangan antara KuningTiron berpotensi dipilih sebagai kombinasi persilangan untuk pembentukkan genotipe bawang merah hasil tinggi, karena nilai heterosis hasil umbi per rumpun tertinggi Tabel 15. Kombinasi persilangan yang potensial digunakan untuk pembentukan genotipe bawang baru hasil tinggi didasarkan nilai heterosis Aghorra Pathak 1991; Netrapal 1999; Shashikanthevoor et al., 2007. 50 Tabel 15. Nilai heterosis pada karakter yang diamati dari genotipe hasil persilangan antara tujuh tetua Genotipe Karakter Tinggi tanaman Jumlah anakan Jumlah umbi Diameter umbi Bobot basah umbi rumpun Bobot kering umbi rumpun KuningBima -17,87 0,00 0,00 -25,07 -50,38 -52,30 KuningTiron -15,99 -65,22 -65,22 15,11 94,57 111,01 KuningTimor 4,65 -21,74 -21,74 25,74 0,29 5,30 KuningSibolangit 5,36 -34,78 -34,78 -5,00 53,35 61,99 KuningMaja -14,42 13,04 13,04 -25,09 -49,92 -50,66 KuningBima Juna -8,92 -65,22 -65,22 11,16 -73,27 -75,02 BimaTiron -4,33 -64,71 -64,71 -9,15 -17,24 -27,27 BimaTimor -2,56 -64,71 -64,71 18,53 -15,18 -28,50 BimaSibolangit -5,01 -16,67 -16,67 -31,06 -50,77 -50,28 BimaMaja -23,07 -33,33 -33,33 -28,32 -8,27 -26,20 BimaBima Juna -7,98 -52,63 -52,63 22,46 -24,08 -26,52 TironTimor 15,10 52,94 52,94 2,49 63,25 69,72 TironSibolangit -2,07 -41,18 -41,18 -12,93 -71,53 -69,87 TironMaja -13,93 35,29 35,29 -6,31 21,25 25,98 TironBima Juna -0,13 36,84 36,84 1,47 6,31 -5,70 TimorSibolangit -1,42 -47,06 -47,06 -20,27 -6,95 -8,99 TimorMaja -7,55 -64,71 -64,71 -29,09 -25,52 -28,56 TimorBima Juna 5,07 -36,84 -36,84 2,01 14,42 21,25 SibolangitMaja -31,33 37,50 37,50 -35,81 -45,34 -41,60 SibolangitBima Juna -13,38 -42,11 -42,11 -27,93 -48,23 -49,69 MajaBima Juna -20,83 -57,89 -57,89 -19,14 -75,29 -76,05 Nilai heritabilitas adalah seberapa besar suatu sifat diturunkan pada keturunannya dari tetuanya. Selain itu, berarti seberapa besar pengaruh lingkungan pada penampilan suatu karakter Allard 1960. Semua karakter yang diamati berheritabilitas arti luasnya tergolong tinggi dan heritabilitas arti sempit rendah, kecuali karakter tinggi tanaman heritabilitas arti sempitnya termasuk sedang Tabel 16. Hal yang sama diperoleh penelitian sebelumnya bahwa nilai heritabilitas arti luas karakter bawang merah yang diamati adalah tinggi Sari 2007 kecuali bobot umbi yang sedang, tetapi heritabilitas arti sempitnya rendah sampai tinggi Farid et al., 2007. Hal ini diduga karena tetua yang digunakan berbeda. Nilai heritabilitas kurang dari 0.25 dinyatakan rendah, nilainya antara 0.25 sampai 0.50 tergolong sedang dan lebih dari 0.50 termasuk tinggi Stansfield 1983. 51 Tabel 16. Nilai heritabilitas arti luas dan arti sempit dari karakter bawang merah yang diamati Karakter Heritabilitas arti luas Heritabilitas arti sempit Tinggi tanaman cm 0.71 0.29 Jumlah anakan 0.93 0.20 Jumlah umbi 0.93 0.20 Diameter umbi 0.73 0.12 Bobot basah umbirumpun g 0.95 0.11 Bobot kering umbi per rumpun g 0.97 0.09 Kesimpulan dan Saran Dari hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa : 1. Genotipe bawang merah yang mempunyai DGU tinggi adalah Tiron dan Timor 2. Genotipe bawang merah hasil persilangan yang mempunyai nilai DGK dan heterosis tinggi ialah KuningTiron, TimorBima Juna, TironTimor dan KuningSibolangit 3. Heterosis pada karakter yang diamati dari persilangan ini bervariasi, ada yang mempunyai nilai dari rendah -76 sampai tinggi 111 . 4. Nilai pendugaan heritabilitas arti luas untuk karakter yang diamati tergolong tinggi tetapi heritabilitas arti sempit rendah, kecuali tinggi tanaman yang termasuk sedang. Saran yang dapat diberikan adalah pembentukan genotipe bawang merah hasil tinggi digunakan kombinasi persilangan bawang merah antara KuningTiron, TimorBima Juna, TironTimor dan KuningSibolangit. 53

V. UJI DAYA HASIL MUTAN BAWANG MERAH DAN KETAHANANNYA TERHADAP PENYAKIT BERCAK UNGU

YIELD TRIAL OF SHALLOTS MUTANTS AND THEIR RESISTANCES TO PURPLE BLOTCH DISEASE Abstract One of the problems in shallot production is purple blotch disease as it can significantly reduce the yield and its quality. Control of this disease is varied from the use resistant varieties, fungicide, as well as crop rotation. Breeding for purple disease resistance have been carried out through crossing and mutation. The present research is aimed at obtaining of yield potential of shallot mutants derived from crossing and mutation, as well as their resistance to purple blotch disease. The result has observed 1 13 shallot mutants which are resistance to purple blotch disease 2 there thirty shallot mutants which had greater yield potential above 45 ghill compared to another mutants, 3 anthocyanin content was greater in resistance mutants compared to susceptible mutants, 4 that based on RAPD marker, the mutants could be grouped into three class. Keywords: shallot, purple blotch disease. Abstrak Salah satu kendala produksi tanaman bawang merah adalah penyakit bercak ungu yang dapat menurunkan hasil dan kualitas. Pengendalian penyakit ini dapat berupa varietas tahan, penggunaan fungisida, dan pergiliran tanaman. Persilangan antara bawang merah dan mutasi telah dilakukan untuk perakitan varietas tahan penyakit bercak ungu. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan daya hasil mutan bawang merah hasil dan ketahanannya terhadap penyakit bercak ungu. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 1 diperoleh 13 mutan bawang merah tahan terhadap penyakit bercak ungu 2 diperoleh 30 mutan bawang merah yang mempunyai daya hasil lebih tinggi lebih 45 grumpun dari mutan bawang merah yang diuji 3 kandungan antosianin lebih tinggi pada mutan bawang merah tahan terhadap bercak ungu dari pada mutan rentan, dan 5 hasil penandaan RAPD ada 3 kelompok mutan bawang merah yang dicoba. Kata Kunci: mutan, bercak ungu, hasil, bawang merah 54 Pendahuluan Bawang merah salah satu komoditas sayuran yang penting mengingat tiap hari dibutuhkan. Rendahnya hasil bawang merah disebabkan antara lain: oleh varietas yang berdaya hasil rendah, adanya hama dan penyakit. Salah satu penyakit penting adalah bercak ungu yang dapat menurunkan hasil sampai 35-100 . Penyakit ini juga menyerang umbi sehingga menurunkan kualitas Semangun 1989; Surjaningsih 1994; Suhardi et al., 1994. Pengendalian yang dapat dilakukan adalah dengan varietas tahan, penggunaan fungisida dan pergiliran tanaman. Pengendalian dengan pestisida dapat berakibat pencemaran lingkungan dan pangan. Studi residu pestisida pada umbi bawang merah menunjukkan adanya kandungan pestisida golongan organoklorin dan organofosfat bawang merah dari Jawa Barat Cianjur maupun Jawa Tengah Brebes Miskiyah Munarso 2009. Penyakit bercak ungu disebabkan oleh fungi Altenaria porri Ell Cif., gejala serangan awal adalah nampak bercak kecil, melekuk, berwarna putih sampai kelabu pada daun. Gejala lebih lanjut, bercak membesar dan bercincin- cincin, warnanya keunguan dengan tepi daun berwarna kuning disertai mengeringnya ujung-ujung daun. Infeksi pada umbi selepas panen menyebabkan pembusukan umbi berwarna kuning sampai merah kecoklatan dan berair Aveling et al., 1994; Schwartz 2004. Penggunaan varietas tahan terhadap penyakit bercak ungu merupakan salah satu alternatif yang mudah dan murah. Varitas bawang merah tahan terhadap penyakit bercak ungu masih belum banyak dijumpai. Sumber genetik ketahanan terhadap penyakit bercak ungu terbatas sehingga perlu adanya peningkatan keragaman dengan mutasi. Hal ini karena sejumlah genotipe bawang merah dari hasil perilangan belum diperoleh keturunan yang tahan terhadap penyakit bercak ungu. Koleksi plasma nutfah bawang merah belum ada yang tahan terhadap penyakit bercak ungu Putrasamedja 2000; 2010; Soedomo 2006; Putrasamedja Soedomo 2007. Mutasi dapat digunakan untuk perbaikan tanaman seperti warna bunga, karakter daun, umur berbunga, umur panen, hasil, ketahanan terhadap hamapenyakit dan ketoleranan terhadap lingkungan rawan 55 Schum 1999; Borojevic 1990; Donini et. al., 1984. Mutasi dengan radiasi sinar gamma dapat diperoleh mutan bawang merah yang tahan bercak ungu dan dosis radiasi sinar gamma yang digunakan antara 3 sampai 15 Krad Sunarto et al., 2005. Pada tanaman kedelai mutasi dari 15 sampai 200 krad dengan sinar gamma telah dicoba. Dosis lebih dari 30 krad banyak biji yang tidak tumbuh Sunarto 2001; Farid Suwarto 2001. Penelitian ini bertujuan untuk 1 mendapatkan daya hasil mutan bawang merah mutasi 1 vegetatif 1M 1 V 1 dan ketahanannya terhadap penyakit bercak ungu, 2 melihat derajat kesamaan dengan penanda RAPD pada mutan bawang merah, 3 mendapatkan hubungan antara kandungan antosianin dengan tingkat ketahanan terhadap penyakit bercak ungu pada mutan bawang merah. Bahan dan Metode Waktu dan tempat Percobaan dilakukan di lahan bekas sawah pada musim hujan yaitu September sampai Desember 2010. Percobaan dilaksanakan di desa Prompong Kecamatan Baturaden Banyumas, Jawa Tengah. Ketinggian tempat adalah 125 m dpl, dengan curah hujan antara 430-430 mmbln. Materi dan metode penelitian Percobaan menggunakan mutan dari mutasi 10 krad sinar gamma pada biji F 1 dari persilangan setengah dialel M 1 V 1 . Dari persilangan setengah dialel dipilih 20 F 1 yang digunakan dalam percobaan ini Tabel 17. Hasil mutasi ditanam dan diberi perlakuan inokulasi dengan konidia dari fungi Altenaria porri sebanyak 3x10 6 . konidiaml. Pola penanaman yang digunakan adalah rancangan acak kelompok RAK dengan 3 kali ulangan. Tiap ulanganblok terdiri dari 20 petak, dengan ukuran 1 m x 1 m dan jarak tanam yang digunakan adalah 20 cm x 20 cm. Tiap petak ditanam sebanyak 25 tanaman dan tiap lubang tanam ditanam satu bibit yang berasal dari satu biji yang telah diradiasi dengan 10 Krad sinar gamma. Biji disemai selama 40 hari, selanjutnya ditanam pada petakan sesuai perlakuan. Dari tiap petak diamati sebanyak 5 tanaman. Karakter yang diamati : tinggi tanaman, 56 jumlah daun, jumlah umbi, bobot umbi, hasil dan ketahanan terhadap bercak ungu. Tabel 17. Mutan bawang merah generasi M 1 V 1 No mutan yang digunakan Nama Persilangan Jumlah biji yang diiradiasi 1 TironBima Juna 121 2 TimorBima Juna 123 3 KuningTiron 121 4 TironSibolangit 122 5 TimorSibolangit 125 6 TironTimor 123 7 BimaTiron 125 8 BimaTimor 112 9 BimaSibolangit 119 10 BimaBima Juna 125 11 KuningBima Juna 125 12 KuningSibolangit 111 13 KuningBima 121 14 TimorMaja 102 15 KuningTimor 125 16 TironBima Juna 122 17 KuningMaja 115 18 TironMaja 108 19 SibolangitBima Juna 125 20 SibolangitMaja 108 Jumlah 2378 Pemupukan diberikan sebanyak 500 g pupuk kandangpetak yang diberikan 1 minggu sebelum tanam dan 20 g NPKpetak yang diberikan 1 hari setelah tanam. Pupuk kandang diberikan campur pada tanah kering angin yang digunakan, sedangkan pupuk NPK diberikan dengan cara dibenamkan di sebelah lubang tanam. Evaluasi ketahanan terhadap penyakit bercak ungu sesuai Prihatiningsih 1990 dan Heruprayitno 1989 yang dimodifikasi. Inokulasi dilakukan setelah tanaman berdaun 5 helai, dengan cara larutan yang berisi konidia disemprotkan pada daunnya. Peningkatan kelembaban disekitar tanaman dengan cara digenangi pada saluran antar bedengan dan penyiraman. Pengamatan intensitas serangan penyakit bercak ungu dilakukan mulai 6-18 hari setelah inokulasi. Persentase rumpun tanaman yang terserang dihitung berdasarkan rumus : 57 a P = ---------- X 100 a + b Keterangan : P : persentase rumpun tanaman serangan a : Jumlah daun yang terserang b : Jumlah daun yang sehat Intensitas serangan dihitung berdasar rumus : Σ n x v I = ___________ x 100 Z x N Keterangan : I : Intensitas serangan n : Jumlah daun dari tiap kategori serangan v : Nilai skor tiap kategori serangan N : Jumlah daun sampel yang diamati Z : Nilai skor serangan tertinggi Kategori serangan tiap daun tanaman x berdasarkan skor sebagai berikut : = x = tidak ada gejala serangan 1 = 0 x 2 = 20 x 40 bagian daun yang terserang 20 bagian daun yang terserang 3 = 40 x 60 bagian daun yang terserang 4 = 60 x 80 bagian daun yang terserang 5 = 80 x 100 bagian daun yang terserang Tabel 18. Kriteria ketahanan terhadap penyakit bercak ungu sebagai berikut No. Kriteria Intensitas Serangan 1. 2. 3. 4. 5. 6. Imun I Tahan T Agak Tahan AT Agak Rentan AR Rentan R Sangat Rentan SR 0 x 5 5 x 10 10 x 25 25 x 50 50 x Sumber : Said 1976 yang dimodifikasi 58 Dari 10 mutan bawang merah 1, 2, 4, 5, 6, 8, 12, 13, 18, dan 19 yang tergolong tahan, agak tahan, agak rentan dan rentan terhadap bercak ungu dianalisis kandungan antosianin Arifin et al., 1999. Selain itu, diindentifikasi RAPD dengan primer acak sebanyak 20 primer, selanjutnya dipilih primer OPA- 08 GTGACGTAGG, OPA-20 GTTGCGATCC dan phi-080 CACCCGATGC pada mutan tersebut. Isolasi DNA dilakukan seperti prosedur Sanghai-Maroot et al. 1984 yaitu penggerusan jaringan sampel dengan nitrogen cair pada mortal dan pestel, ekstraksi khloroform-isoamil-alkohol, presipitasi DNA dengan ethanol, suspensi pelet DNA dalam buffer TE 1X. Pengukuran kualitas DNA dengan membagi hasil pengukuran pada panjang gelombang 260 nm dan hasil pengukuran panjang gelombang 280 nm. Isolasi DNA total tanaman Daun sampel 60 mg dihancurkan sampai berupa tepung dengan mortal dan pestel dalam nitrogen cair. Tepung daun tersebut dimasukkan ke dalam tabung plastik 15 ml dan ditambahkan 5 ml larutan buffer lysis dicampur hingga homogen selanjutnya diinkubasi selama 1 jam pada suhu 65 °C. Setelah didinginkan pada suhu ruang, dilakukan ekstraksi chloroform-isoamil alkohol dengan cara menambahkan 8 ml larutan chloroform-isoamil alkohol ke dalam tabung, dicampur secara perlahan hingga homogen dan disentrifugasi pada kecepatan 4000 rpm selama 15 menit. Larutan supernatan dipindahkan ke dalam tabung plastik 15 ul baru. DNA pada larutan supernatan dipresipitasikan dengan cara menambahkan 0.1 X volume sodium asetat dan 2 X volume ethanol absolut dingin dihomogenkan dan diinkubasi pada -20 °C selama 2 jam. DNA dikumpulkan dengan sentrifugasi pada kecepatan 4000 rpm pada suhu 4 °C selama 10 menit. Pelet DNA yang dihasilkan dicuci lagi dengan ethanol 70 dingin. Selanjutnya DNA diresuspensikan dalam 500 µl H 2 O akuades steril. RNase ditambahkan pada suspensi DNA dengan konsentrasi 10-100 µgml untuk menghilangkan RNA. Kembali dilakukan ekstraksi chloroform-isoamil alkohol untuk menghilangkan sisa RNAse. Kemudian DNA dipresipitasikan lagi dengan sodium asetat dan ethanol absolut 59 dan dikumpulkan dengan sentrifugasi dengan kecepatan 4000 rpm pada suhu 4 °C. Pelet DNA disuspensikan dalam 250 µl H 2 O akuades steril. Selanjutnya konsentrasi DNA diukur dengan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm dan kualitas DNA dengan membagi hasil pembacaan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm dengan pada panjang gelombang 280 nm. Analisis Kuantitas dan Kualitas DNA Kuantitas dan kemurnian DNA dari masing-masing hasil ekstraksi ditentukan dengan menggunakan spektrofotometer dengan membaca absorban pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Pembacaan A 260 =1 berarti konsentrasi DNA yang didapat sebesar 50 µgml. Konsentrasi DNA yang didapat dihitung dengan rumus sebagai berikut: DNA µgml = A 260 x faktor pengenceran x 5 Kemurnian DNA ditetapkan berdasarkan nilai rasio A 260 A 280 Batas kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis molekular mempunyai rasio A 260 A 280 DNA yang telah dipotong dan yang tidak dipotong dengan ensim restriksi dielektroforesis dengan elektroforesis gel agarose 0.8 bv menggunakan bufer TAE, voltase konstan sebesar 60 volt selama 2 jam. DNA yang telah dielektroforesis direndam dalam larutan etidium bromida 0.5 mgl selama 20 menit, dibilas dengan aquades secukupnya, divisualisasi di atas UV transiluminator, dan dipotret dengan menggunakan kamera digital. Dari tahapan ini diharapkan akan didapat preparasi DNA yang berukuran besar high molecular weight DNA, tidak terdegradasi selama proses ekstraksi dan pemurnian tidak smear pada hasil elektroforesisnya, dan dapat dipotong dengan baik oleh enzim restriksi yang digunakan Hind III, hasil DNA smear pada hasil sekitar 1.8-2.0 Sambrook et al., 1989. Kualitas DNA diuji berdasarkan kemampuannya untuk dipotong menggunakan enzim restriksi EcoRI. Pemotongan DNA menggunakan 20 µl volume reaksi yang terdiri dari: 1µl enzim restriksi EcoRI Promega; 2 µl bufer H; 0.2µl BSA dan 5µg DNA dan diinkubasi pada suhu 37 °C selama 4 jam. Reaksi dihentikan dengan penambahan 1µl EDTA 0.5M, kemudian ditambah 4 µl loading buffer.