Pemilihan Enzim Restriksi TINJAUAN PUSTAKA

2.6 Pemilihan Enzim Restriksi

Berbagai jenis enzim restriksi telah berhasil diidentifikasi dari organisme prokariot dan beberapa diantaranya telah dimanfaatkan dalam penelitian biologi molekuler. Setiap enzim restriksi memiliki karakterisitk tersendiri, sehingga dalam pemanfaatannya perlu diperhatikan berapa kriteria pemilihan enzim restriksi. Menurut Gerstein 2001, beberapa kriteria yang perlu dipertimbangkan dalam pemilihan enzim retriksi adalah titik pemotongan yang dikehendaki pada DNA, star activity, sensitivitas terhadap metilasi, dan kemampuan enzim restriksi memotong jenis sampel DNA yang digunakan. Titik pemotongan yang dikehendaki pada DNA merupakan pertimbangan utama dalam pemilihan enzim restriksi karena setiap enzim restriksi memiliki situs restriksi yang spesifik. Jumlah situs restriksi pada sampel DNA juga perlu dipertimbangkan karena situs restriksi yang terlalu banyak dapat menyebaban proses restriksi berlangsung lebih lama dan terjadi partial digestion Gerstein, 2001. Berdasarkan titik pemotongan yang dikehendaki, maka ukuran fragmen yang dihasilkan juga harus diperhatikan. Ukuran fragmen yang dihasilkan akan menjadi pertimbangan dalam pemilihan metode yang digunakan pada analisis fragmen restriksi. Umumnya, metode analisis fragmen yang digunakan adalah elektroforesis. Pada elektroforesis, konsentrasi dan jenis gel yang digunakan sangat menentukan resolusi pemisahan DNA untuk analisis fragmen restriksi Brown, 2016. Star activity merupakan kemampuan enzim restriksi untuk dapat memotong urutan DNA yang mirip dengan situs restriksinya pada kondisi tertentu kondisi reaksi tidak optimal. Star activity dapat disebabkan oleh pH buffer yang tinggi, waktu inkubasi yang lama, konsentrasi enzim yang tinggi, konentrasi gliserol yang tinggi, dan adanya pelarut organik. Pada enzim EcoRI pada kondisi pH buffer yang tinggi diketahui dapat memotong pada urutan N ▼ AATTC, walaupun situs restriksinya pada kondisi spesifik adalah G ▼ AATTC Gerstein, 2001. Menurut Wei et al. 2008, star activity diinyatakan dengan nilai fidelity index FI yaitu rasio jumlah tertinggi enzim yang tidak menimbulkan star activity terhadap jumlah minimum enzim yang diperlukan untuk mendigesti DNA secara keseluruhan complete digestion. Semakin tinggi nilai FI suatu enzim, maka potensi adanya star activity akan semakin besar. Untuk mencgeah terjadinya star activity, maka kondisi kondisi reaksi restriksi harus diatur dengan buffer yang sesuai agar tercapai kondisi optimal.

2.7 PCR

Dokumen baru

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

110 3491 16

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

39 891 43

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

39 805 23

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

18 526 24

PENGARUH PENERAPAN MODEL DISKUSI TERHADAP KEMAMPUAN TES LISAN SISWA PADA MATA PELAJARAN ALQUR’AN HADIS DI MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI TUNGGANGRI KALIDAWIR TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

26 677 23

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

57 1176 14

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

60 1067 50

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

19 672 17

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

28 947 30

KREATIVITAS GURU DALAM MENGGUNAKAN SUMBER BELAJAR UNTUK MENINGKATKAN KUALITAS PEMBELAJARAN PENDIDIKAN AGAMA ISLAM DI SMPN 2 NGANTRU TULUNGAGUNG Institutional Repository of IAIN Tulungagung

39 1165 23