Analisis Data

D. Analisis Data

Data yang diperoleh dari pemotretan gel hasil RAPD yang diharapkan adalah pita-pita diksrit (tajam dan jelas) dengan ukuran tertentu dari masing- masing nomor genotipe salak. Jarak pita diukur dari batas bawah sampai batas atas yang masih nampak. Nomor pita diurutkan dari jarak pita terdekat dengan batas bawah sumur. Setiap pita dianggap sebagai satu karakter dan dinilai „1‟ bila terdapat pita dan „0‟ bila tidak ada pita. Pita DNA yang dinilai adalah pita yang terlihat baik bersolusi tajam atau lemah. Berdasarkan ada tidaknya suatu pita, disusun matriks data biner yang diturunkan menjadi matriks persamaan (matriks jarak genetic). Untuk menentukan kesamaan pasangan genotipe yang terdapat pada individu yang berbeda digunakan rumus Nei dan Li sebagai berikut:

F =2n ab /(n a +n b )

F adalah koefisien persamaan, n ab adalah jumlah pita sama posisinya, baik individu a dan b, n a dan n b adalah jumlah pita masing-masing individu a dan b Pada program NTSYS, data matriks dihitung melalui koefisien “Dice”

yang pada prinsipnya sama dengan rumus Nei dan Li, yakni:

S b = 2a / n 1 +n 2

Untuk menghitung koefisien jarak data harus dikonversikan dengan ;

d = 1- S

d adalah jarak, dan S adalah nilai matrik persamaan yang dihitung dengan rumus Nei dan Li. Setelah didapatkan nilai d (koefisien jarak) untuk seluruh perbandingan individu, kemudian disusun matriks jarak. Dari matriks jarak ini dapat

commit to user

dipilih nilai jarak paling kecil dalam jarak matriks, dua individu dibuat cabang, dan cabangnya adalah setengah jarak tersebut, mengelompokkan dua individu lainnya berdekatan dan membuat cabang dari setengah jarak tersebut, dan antar cabang juga dibuat, sampai akhir terbentuk diagram pohon. Dalam penelitian ini seluruh pengolahan data menggunakan program- program dalam computer. Prosedur pengolahan data tersebut adalah sebagai berikut:

1. Penyusunan data dalam bentuk data biner pada program Excel dengan keluaran data berbentuk Formatted Text/ Space delimited (.prn)

2. Data dalam bentuk .prn dimasukkan dalam program Notepad, diubah menjadi .dat.

3. Data berbentuk .dat dimasukkan dalam program Windisk dan diolah menjadi data matrik (.mat)

4. Pemrosesan data, matriks menggunakan program NTSYS-pc, dengan tahap: Data .mat dimasukan dalam analisis UPGMA dalam program Shan clustering menghasilkan pengelompokkan data berdasarkan jarak genetik. Hasil pengelompokkan dimasukkan dalam program Tree Display untuk menghasilkan dendogram.

5. Untuk mendapatkan hasil cetakan yang baik, hasil analisis TreeDisplay dipindahkan ke dalam program MS Word.

6. Pengujian validitas pengelompokkan dilakukan oleh NTSys, digunakan analisis bootstrap didalam program WinBoot.

7. Presentase pengelompokkan yang dilakukan WinBoot dituliskan dalam dendogram pada program MSWord.

8. Untuk mengetahui korelasi antar primer digunakan analisis Comparison dalam program NTSys. Data yang dipakai berasal dari data .mat keluaran data berupa nilai r (korelasi).

a. Analisis Similaritas

Analisis keragaman genetik menggunakan RAPD dilakukan dengan memberi skoring 0 = tidak ada pita, 1= ada pita pada tingkat migrasi yang

commit to user

versi 2.02 dengan proses Similarity for Qualitative Data ( SIMQUAL) dan dihitung berdasarkan metode Simple Matching Coefficient (SM) dari Sokal dan Sneath (Rohlf, F.J. 1998) dengan rumus sebagai berikut

SM = m/n

SM adalah koefisien similaritas, m adalah banyaknya data dengan pola yang sama, dan n adalah jumlah data. Analisis keragaman genotipik berdasarkan keragaman dianalisis dengan langkah: membuat matrik karakter vs genotipe, data hasil skoring dalam sofware untuk analisis keragaman, membuat dendogram hasil analisis gerombol. Data fenotipik tersebut dianalisis dengan NTSYSpc versi 2.02.

b. Analisis gerombol (Cluster analysis)

Analisis gerombol (Cluster analysis) menggunakan metode Sequential, Agglomerative, Hierarchical and Nested Clusthering (SAHN). Setiap karakter diubah dalam bentuk data biner. Nilai 1 diberikan pada subkarakter yang terdapat pada genotip dan yang tidak tampak diberi 0. Pola pita DNA hasil amplifikasi pada tanaman akan menunjukkan jumlah pita dan jarak migrasi. Penilaian dilakukan terhadap pita yang jelas dan terang secara konsisten yakni skor nol (0) jika tidak ada pita dan satu (1) jika ada pita pada posisi yang sama individu yang dibandingkan. Analisis pengelompokan adalah berdasarkan kesamaan genetik yang disajikan dalam bentuk dendogram sehingga dendogram yang dihasilkan adalah analisis gerombol berdasarkan penanda genotipik.

Pengelompokan kluster ditampilkan dalam suatu dendogram. Hubungan kekerabatan antar varietas salak ditentukan oleh nilai persamaan yang dihubungkan dalam diagram fenetik. Data hasil pengamatan dianalisis dan disajikan secara deskriptif. Data jumlah pita DNA yang diperoleh dari hasil amplifikasi digunakan untuk penyusunan matriks berdasarkan rumus koefisien korelasi Pearson (Gasperz (1992), Nandariyah, 2007).

commit to user

31

BAB. IV

HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN