4.00 1.11 Identifikasi keragaman gen FSH sub unit beta, gen FSH Reseptor dan gen GH pada sapi bali jantan sebagai penanda kualitas sperma
Ket : M = Marker : ladder 100 bp, 1 – 16 = sampel
Gambar 30 Produk PCR gen GH dengan panjang fragmen 327 bp
Produk PCR gen GH 327 bp yang telah dipotong dengan enzim MspI Gambar 31 setelah dielektroforesis menggunakan agarose 2 diperoleh hasil
bahwa terdapat tiga macam fragmen hasil potongan gen GH pada setiap individu yaitu fragmen yang terpotong dua pita dikenal dengan genotipe AA, tidak
terpotong satu pita genotipe BB dan fragmen gabungan tiga pita yang disebut genotipe AB.
Ket : M = Marker : ladder 100 bp, AA, BB dan AB = hasil genotyping
Gambar 31 Visualisasi hasil RFLP gen GH menggunakan enzim restriksi Msp1 Pada penelitian ini variasi fragmen gen GH situs Msp1 hanya terdapat
pada sapi Brahman, FH, Simmental dan Limousin, namun tidak dijumpai pada sapi Bali. Pada semua sampel sapi Bali yang dianalisis hanya ditemukan genotipe
BB.
500 bp 300 bp
200 bp 327 bp
222 bp 105 bp
M BB BB BB BB BB BB AB AB AB AB AB AB AB AA AA AA
500 bp 200 bp
300 bp 327 bp
M 1
2 3
4 5
6 7
8 9
10 11 12 13 14 15 16
Frekuensi Alel dan Genotipe Gen GH
Frekuensi alel A tertinggi ditemukan pada sapi Brahman 0.746 dan terendah pada sapi Bali 0.000, frekuensi alel B tertinggi pada sapi Bali 1.000
dan paling rendah pada sapi FH 0.402. Hasil penelitian ini sesuai dengan Jakaria et al. 2007 yang hanya menemukan alel B pada sapi Bali atau
monomorfik. Keragaman frekuensi alel dan genotipe fragmen gen GH disajikan pada Tabel 9.
Pada Tabel 9 menunjukkan proporsi alel dan genotipe gen GH pada sapi Bali maupun sapi Brahman, FH, Simmental dan Limousin. Pada sapi Bali
proporsi alel B dan genotipe BB lebih tinggi dibanding dengan bangsa sapi lain yang dianalisis. Jakaria et al. 2007 menyatakan bahwa alel B dan genotipe BB
lebih dominan pada sapi Bali dan sapi Pesisir dibandingkan dengan sapi kelompok Bos taurus Limousin dan Simmental.
Tabel 9 Frekuensi alel dan genotipe gen GH
Populasi Gen GH
Alel Genotipe
A B
AA AB
BB Bali
0.000 1.000
0.000 0 0.000 0
1.000 225 Brahman
0.746 0.254
0.594 41 0.304 21
0.101 7 FH
0.402 0.598
0.239 22 0.326 30
0.435 40 Simmental
0.625 0.375
0.089 20 0.089 20
0.036 8 Limousin
0.727 0.273
0.545 12 0.364 16
0.091 4 Gabungan
Bos javanicus 0.000
1.000 0.000 0
0.000 0 1.000 225
Bos indicus 0.746
0.254 0.594 41
0.304 21 0.101 7
Bos taurus 0.506
0.494 0.314 54
0.384 66 0.302 52
Ket : angka di dalam kurung = jumlah individu
Pada sapi FH di Iran juga dtemukan dominasi alel B - dan genotipe BB - - Mohammadabadi et al. 2010. Selanjutnya Zakizadeh et al. 2006 meneliti
gen GHMspI pada 3 bangsa sapi lokal Mazandrani, Sarabi dan Golpaygani di Iran menyatakan bahwa proporsi alel A dan B hampir sama, demikian pula pada
genotipenya. Yardibi et al. 2009 meneliti keragaman gen GH pada sapi Red Anatolian menemukan hal yang berbeda. Pada penelitian tersebut ditemukan
proporsi alel A dan genotipe AA yang lebih tinggi.
Lagziel et al. 2000 menyatakan bahwa ada fenomena proporsi alel dan genotipe gen GH pada bangsa sapi di dunia. Proporsi alel B yang tinggi dan
genotipe BB umumnya ditemukan pada kelompok sapi berpunuk humped. Sapi berpunuk umumnya termasuk pada Bos indicus, sedang proporsi alel A yang
tinggi dan genotipe AA ditemukan pada sapi yang tidak berpunuk humpless yang umumnya sapi Eropa Bos taurus. Ditemukannya proporsi alel B, genotipe
BB yang tinggi pada sapi Bali merupakan informasi baru pada sebaran alel dan genotipe gen GH serta dapat dijadikan sebagai penciri pada sapi Bali bahwa gen
GH di situs MspI intron 3 ekson 4.
Nilai Heterozigositas
Hasil analisis herozigositas pengamatan H
o
dan heterozigositas harapan H
e
gen GH disajikan pada Tabel 10. Pada gen GH hasil analisis nilai heterozygositas menunjukkan bahwa heterozigositas pengamatan tertinggi pada
sapi Simmental 0.500 dan terendah sapi Bali 0.000. Hasil peneltian ini sesuai dengan Jakaria et al. 2007 menemukan nilai heterozigositas pengamatan 0.000
pada sapi Bali. Tabel 10 Nilai heterozigositas harapan gen GH
Populasi n
Gen GH H
o
H
e
x
2
PIC Bali
225 0.000
0.000 -
- Brahman
69 0.304
0.379 2.64
tn
0.307 FH
92 0.326
0.481 9.53
0.365 Simmental
48 0.500
0.469 0.59
tn
0.359 Limousin
32 0.364
0.397 0.31
tn
0.359 Gabungan
Bos javanicus 225
0.000 0.000
- -
Bos indicus 69
0.304 0.379
2.64
tn
0.307 Bos taurus
172 0.348
0.500 4.54
0.375
Ket
:
tn = tidak berbeda nyata p 0.05, = berbeda nyata, = berbeda sangat nyata
Tingkat Abnormalitas Sperma pada Genotipe yang Berbeda
Pada genotipe AA, persentase tipe round head ditemukan paling tinggi, diikuti oleh tipe abaxial dan microcephalus, dan terendah ditemukan pada
macrocephalus. Tipe knobbed acrosom defect ditemukan paling tinggi pada genotipe BB, kemudian tipe abaxial dan microcephalus, sedang terendah
ditemukan tipe round head. Tipe abaxial ditemukan paling tinggi pada genotipe AB, kemudian microcephalus dan round head, sedang tipe abnormalitas terendah
ditemukan pada tipe microcephalus. Hasil pengamatan tingkat abnormalitas sperma pada genotipe gen GH yang berbeda disajikan pada Gambar 32.
Gambar 32 Abnormalitas sperma pada genotipe yang berbeda gen GH berdasarkan PCR-RFLP.
Hasil analisis gabungan menunjukkan persentase abnormalitas sperma Bos javanicus lebih rendah hanya 0.39, diikuti oleh Bos indicus 2.12 dan paling
tinggi pada Bos taurus sebesar 4.19 Gambar 33. Hasil penelitian ini sesuai Arifiantini et al. 2010 bahwa persentase abnormalitas sapi Bali Bos javanicus,
lebih rendah jika dibandingkan dengan sapi Brahman Bos indicus, sapi Limousin dan Simmental Bos taurus. Purwantara et al. 2012 juga melaporkan
pada sapi FH Bos taurus abnormalitas primer bervariasi antara 1.00 sampai dengan 8.40 bergantung pada lokasi pemeliharaan dan managemen.
1.33