114
B. Prosedur elektroforesis horizontal DNA kelapa sawit
Running elektroforesis Bahan kimia :
• Sampel DNA stok atau produk PCR • Loading buffer 6X
• 1 kb DNA ladder • Larutan kerja buffer TAE 1X
Alat :
• Alat elektroforesis • Power supply
Prosedur :
• Letakkan cetakan pada camber, lalu tempatkan gel pada cetakan dengan posisi
sumur gel sebelah atas menghadap kutub negative.
• Ke dalam chamber elektroforesis dituang buffer TAE 1X sampai tanda batas yang ditunjukkan pada chamber tinggi permukaan buffer TAE kira-kira 1 cm
dari permukaan gel. • Teteskan masing-masing 2 µl loading buffer 6X pada lembaran plastik
sebanyak 20 sampel dengan urutan 10 sampel bagian atas dan 10 sampel bagian bawah sesuai dengan jumlah sumur pada gel.
• Dengan menggunakan pipet mikro, dipipet sebanyak 5 µl 1 kb DNA ladder kemudian dicampurkan dengan loading buffer pada lembaran plastik lalu
dimasukkan pada sumur no 1 bagian atas gel. Hal yang sama dilakukan untuk sumur no 1 pada bagian tengah gel.
• Dengan menggunakan pipet mikro, dipipet sebanyak 5 µl DNA sampel atau PCR produk lalu dicampurkan dengan loading buffer di lembaran plastik
kemudian dimasukkan pada sumur no 2. Hal yang sama dilakukan pada sumur no 3,4,5 dan seterusnya dengan sampel yang berbeda.
• Setelah semua sumur terisi dengan DNA sampel atau PCR produk chamber ditutup dengan menyesuaikan kutub negatif dan positif yang ada pada
tutupnya.
115 • Kabel yang terpasang dihubungkan ke power supply merah positif dan hitam
negatif pada port power supply. • Power supply dihubungkan ke arus listrik lalu tombol powernya dinyalakan.
• Tegangan diatur konstan pada voltase 50 volt selama 60 menit. • Setelah waktu tercapai power supply dimatikan dan tutup chamber dibuka,
kemudian gel beserta cetakan diangkat, lalu gel dilepaskan dan diletakkan pada bak plastik kecil.
Visualisasi dan dokumentasi gel Bahan kimia :
• Larutan etidium bromide 0,05 • Gel hasil elektroforesis
• Aquades steril
Alat :
• UV transiluminator • Kamera digital atau polaroid
Prosedur :
• Persiapkan dua buah bak plastik untuk staining dan destaining. • Pada bak plastik untuk staining diisi 500 ml aquades steril lalu ditambahkan
500 µl ethidium bromide 0,05 kemudian diaduk agar campuran melarut. • Sedangkan pada bak plastik untuk destaining diisi 1000 ml aquades steril.
• Masukkan gel yang telah dielektroforesis pada bak staining lalu dibiarkan gel
terendam selama 30 menit. • Setelah distaining selama 30 menit gel dipindahkan ke dalam bak destaining
dan dibiarkan terendan selama 20 menit. • Kemudian gel diangkan dari bak destaining menggunakan sendok lalu
diletakkan di atas kaca UV transiluminator. • Diatur posisi gel tepat ditengah untuk menghasilkan cahaya yang merata dan
memudahkan pengambilan gambar. • UV transiluminator dinyalakan, gambar dapat diambil menggunakan kamera
digital atau kamera polaroid.
116
Lampiran 4
. Prosedur baku analisis SSR kelapa sawit
A. Persiapan bahan PCR
Kategori