Beberapa faktor resiko infeksi pada pasien oleh E.coli dan K.pneumonia penghasil ESBL di RSUP H. Adam Malik Medan

BEBERAPA FAKTOR RESIKO PADA PASIEN DENGAN

  

INFEKSI OLEH E. coli DAN K. pneumonia PENGHASIL ESBL

DI RSUP H. ADAM MALIK MEDAN

T E S I S

SELASTRI AGNES

  

117111002 / PK

PROGRAM MAGISTER KLINIK - SPESIALIS ILMU PATOLOGI KLINIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA/ RSUP H. ADAM MALIK MEDAN

  

2014 BEBERAPA FAKTOR RESIKO PADA PASIEN DENGAN INFEKSI OLEH E. coli DAN K. pneumonia PENGHASIL ESBL DI RSUP H. ADAM MALIK MEDAN T E S I S

  Untukmemperolehgelar Magister KedokteranKlinik di Bidang Ilmu PatologiKlinik / M. Ked (Clin.Path) pada FakultasKedokteran Universitas Sumatera Utara

  SELASTRI AGNES 117111002 / PK PROGRAM MAGISTER KLINIK - SPESIALIS ILMU PATOLOGI KLINIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA/ RSUP H. ADAM MALIK MEDAN 2014

  

Judul Tesis : Beberapa faktor resiko infeksi pada pasien oleh

E.coli dan K.pneumonia penghasil ESBL di RSUP H. Adam Malik Medan Nama Mahasiswa : Selastri Agnes

  Nomor Induk Mahasiswa : 117111002 Program Magister : Magister Kedokteran Klinik Konsentrasi : Patologi Klinik

Menyetujui

  

Komisi Pembimbing

dr. Ricke Loesnihari, Mked (Clin-path), Sp.PK-K

Pembimbing I

dr. Muzahar, DMM, Sp.PK-K

  

Pembimbing II

Disahkan oleh :

Ketua Departemen Patologi Klinik Ketua Program Studi Departemen FK-USU/RSUP H. Adam Malik Patologi Klinik FK-USU/ Medan RSUP H. Adam Malik Medan

  Prof. dr. Adi Koesoema Aman, Sp.PK-KH Prof.DR.dr.Ratna Akbari Gani, Sp.PK-KH NIP. 19491011 1979 01 1 001 NIP. 1948711 1979 03 2 001

  Tanggal Lulus :

21 Agustus 2014

  Telah diuji pada Tanggal : 21 Agustus 2014 PANITIA PENGUJI TESIS Ketua : Prof. dr. Adi Koesoema Aman, Sp. PK-KH ..............................

  Anggota : 1. Prof. DR. dr. Ratna Akbari Ganie, Sp.PK-KH ..............................

  2. dr. Ricke Loesnihari, MKed (ClinPath), Sp.PK-K .............................. 3. dr. Muzahar, DMM, Sp.PK-K ……………………..

  4. Prof. Herman Hariman, Ph.D, Sp. PK-KH ..............................

  5. Prof.dr.Burhanuddin Nasution, SpPK-KN, KGEH .............................

  Tanggal Lulus: 21 Agustus 2014

KATA PENGANTAR

  Puji dan syukur atas segala kasih karunia Tuhan Yesus Kristus yang telah memberikan rahmat, berkat serta penyertaan selama seluruh proses ini, sehingga

  Beberapa Faktor

  akhirnya saya dapat menyelesaikan tesis saya yang berjudul “

  

Resiko Infeksi Oleh Escherecia coli Atau Klebsiella pneumonia Penghasil

Extended Spectrum Beta Lactamase” sebagai salah satu persyaratan dalam

  menyelesaikan pendidikan magister di bidang Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

  Selama saya mengikuti pendidikan sampai saat ini, saya telah banyak menerima bimbingan, petunjuk, bantuan dan pengarahan serta dorongan dari berbagai pihak. Untuk semua itu, izinkan saya menyampaikan rasa hormat dan terima kasih saya yang tidak terhingga kepada :

  Yth. Prof. dr. Adi Koesoema Aman, SpPK(KH), Ketua Departemen Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang telah banyak memberikan bimbingan, petunjuk, pengarahan, bantuan dan dorongan selama dalam pendidikan dan proses penyusunan sampai selesainya tesis ini. Saya mengucapkan terimakasih, kiranya Allah Yang Maha Kuasa membalas semua kebaikannya.

  Yth. Prof. Dr. dr.Ratna Akbari Ganie, SpPK(KH), sebagai Kepala Program Studi Departemen Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, yang telah bimbingan, arahan dan dorongan dalam pendidikan dan proses penyelesaian tesis ini.

  Yth. Dr. Ricke Loesnihari, Mked (ClinPath), SpPK(K), sebagai Sekretaris Program Studi Departemen Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara dan dan juga sebagai pembimbing pertama saya, atas bimbingan dan arahan dalam pendidikan dan penyelesaian tesis ini.

  Yth. dr. Muzahar, DMM, SpPK-K sebagai pembimbing kedua saya yang telah banyak membantu dan memudahkan saya dalam menyelesaikan pembuatan tesis saya ini. Rasa terima kasih juga saya sampaikan kepada beliau yang telah banyak memberikan bimbingan, petunjuk, arahan, bantuan dan dorongan dalam pendidikan, semoga Allah membalas semua kebaikannya.

  Yth, seluruh guru-guru saya, Prof. Dr. Burhanuddin Nasution SpPK-KN,

  

Prof. dr. Herman Hariman, PhD, SpPK(K), Dr. Zulfikar Lubis SpPK-K, Dr. Ozar

Sanuddin SpPK-K, dan Dr. Nelly Elfrida Samosir SpPK, yang telah banyak

  memberikan bimbingan, nasehat, arahan dan dukungan selama saya mengikuti pendidikan dan hingga selesainya tesis ini.

  Seluruh teman-teman sejawat Pendidikan Magister Bidang Patologi Klinik pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, para analis, dan semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah memberikan bantuan dan kerjasama yang baik selama saya menjalani pendidikan dan proses penyelesaian tesis ini.

  Terima kasih setulus-tulusnya kepada kedua orang tua saya. Drs.

  

Waldiger Pakpahan, MM dan Hertha Nainggolan, serta mertua saya Jaya Lintar

Ginting dan Melinda Situmorang atas cinta, pengorbanan dan kesabaran mereka

  yang telah membesarkan, mendidik, mendorong dan memberikan bantuan serta selalu tanpa bosan-bosannya mendoakan saya sehingga dapat menyelesaikan pendidikan sampai saat ini.

  Kepada teman hidup saya yang terkasih dr. Guntur M.J Ginting, serta dua malaikat kecilku Jesslyn Elnina Ginting dan Glenn Elnino Ginting yang selalu menjadi motivasi dan tujuan hidup saya. Semoga Tuhan senantiasa menjadikan kita keluarga yang paling bahagia.

  Kepada saudara-saudara saya yang tercinta : Elisabeth Ade Putri, Gerginto,

  

Herdinto, Ditha Tamara, Monalisa Ginting, Guruh Ginting, Topan Ginting saya

  ucapkan terima kasih atas doa dan segala dukungan yang kalian berikan. Semoga Yesus Kristus selalu menyertai mereka.

  Imee Surbakti,

  Kepada sahabat-sahabat saya, teman seiring perjalanan,

  

Naomi Dwipayana, Soraya Masyitah, Kurnia Sari Dewi, Edisyah Raskita, Andy

Arfan terima kasih banyak untuk kebersamaan, pengertian, kisah dan inspirasi.

  Semoga Tuhan Yang Maha Penyayang membalas kebaikan mereka.

  Akhir kata, semoga kiranya tesis ini dapat bermanfaat bagi kita semua. Semoga Allah Yang Maha Pengasih senantiasa melimpahkan Rahmat dan BerkatNya kepada kita semua.

  Medan , Agustus 2014 Penulis dr. Selastri Agnes

DAFTAR ISI

  Lembar Pengesahan Tesis ii

  Lembar Penetapan Panita Penguji iii

  Ucapan Terima Kasih iv

  Daftar Isi ix

  Daftar Tabel xii

  Daftar Lampiran xiii

  Daftar Singkatan xiv

  Abstrak xvi

BAB 1. PENDAHULUAN

  1.1. Latar Belakang

  1

  1.2. Rumusan Masalah

  7

  1.3. Hipotesis Penelitian

  8

  1.4. Tujuan Penelitian

  1.4.1. Tujuan Umum

  10

  1.4.2. Tujuan Khusus

  11

  1.5. Manfaat Penelitian

  11

  1.6. Kerangka Konsep

  12 BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA

  2.1. Definisi

  2.1.1.β-Lactamase

  13

  2.1.2. ESBL

  15

  2.2 Klasifikasi ESBL

  16

  2.3. Epidemiologi

  20

  2.4. Organisme penghasil ESBL

  23

  2.4.1. Klebsiella pneumonia

  24

  2.4.2. Escherichia coli

  25

  2.5. Faktor Resiko Infeksi oleh Organisme Penghasil ESBL 25

  2.6. Metode Deteksi ESBL

  2.6.1. Skrining ESBL

  2.6.1. Disk Diffusion Test

  27

  2.6.1.2 Dilution antimicrobial susceptibility tests 28

  2.6.2. Tes Konfirmasi Fenotipik

  29

  2.6.3. Metode deteksi lain untuk organism penghasil ESBL

  2.6.3.1 Double Disk Synergy Test (DDST )

  31

  2.6.3.2. Tes Komersil ESBL

  31

  2.7. ESBL Kaitannya dengan Tingkat Mortalitas, Lamanya Rawatan, dan Beban Ekonomis

  32

  2.8. Terapi ESBL

  35

  2.9. Kerangka Teori

  38

BAB 3. METODE PENELITIAN

  3.1. Desain Penelitian

  3.2. Tempat dan Waktu Penelitian

  39

  3.3. Populasi Penelitian

  39

  3.4. Sampel Penelitian

  3.4.1. Cara Pengambilan Sampel Penelitian

  39 3.4.2. Besar Sampel .

  40

  3.5. Kriteria Penelitian

  3.5.1. Kriteria Inklusi 41 3.5.2. Kriteria Eksklusi .

  42

  3.6. Identifikasi Variabel 3.6.1. Variabel Bebas .

  42

  3.6.2. Variabel Terikat

  42

  3.7. Definisi Operasional

  43

  3.8. Cara Kerja

  3.8.1 Kultur Darah, Sputum, Urin, Cairan Tubuh, dan Sekret

  3.8.1.1 Kultur Darah

  45

  3.8.1.2 Kultur Sputum

  46

  3.8.1.3 Kultur Urin

  47

  3.8.1.4. Kultur Cairan Tubuh

  47

  3.8.1.5. Kultur Sekret

  48

  3.8.2 Pewarnaan Gram

  49

  3.8.3 Prosedur Inokulasi Koloni Bakteri pada Panel

  BD Phoenix

  50

  3.8.4 Memasukkan Panel yang telah diinokulasi koloni bakteri ke dalam Mesin Phoenix

  55

  3.8.5. Mengeluarkan panel dari mesin Phoenix

  56

  3.8.6. Interpretasi hasil

  57

  3.9. Pemantapan Kualitas

  3.9.1. Pemantapan Kualitas Media Kultur

  58

  3.9.2. Pemantapan Kualitas Pewarnaan

  58

3.9.3. Pemantapan Kualitas BD Phoenix

  59

  3.10.Etichal Clearance dan Informed Consent

  59

  3.11.Rencana Pengolahan dan Analisis Data

  59

  3.12. Perkiraan Biaya Penelitian

  60

  3.13. Jadwal Kegiatan

  60

  3.14. Kerangka Kerja

  61 BAB 4. HASIL

  4.1. Karakteristik Subjek Penelitian

  62

  4.2. Pola Tes Kepekaan Antibiotik

  64

  4.3 Faktor Resiko

  68 BAB 5. PEMBAHASAN

  70

BAB 6. KESIMPULAN dan SARAN

  6.1 Kesimpulan

  72

  6.1 Saran

  72 DAFTAR PUSTAKA

  77 LAMPIRAN

  78

DAFTAR SINGKATAN

  BES : Brazilian Extended Spectrum Beta-Laktamase CLSI : Clinical and Laboratory Standards Institute CTX-M-2 : Cefotaxime-Munich-2 CTX-M -3 : Cefotaxime-Munich-3 CTX-M-10 : Cefotaxime-Munich-10 CTX-M : Cefotaxime-Munich CTX-M -14 : Cefotaxime-Munich-14 CTX-M -15 : Cefotaxime-Munich-15 CTX-M -44 : Cefotaxime-Munich-44 DDST : Double Disk Synergy Test EARSS : European Antimicrobial Resistance Surveillance System ESBL : Extended Spektrum β-Laktamase GES : Guiana Extended Spectrum Beta-Laktamase

  IBC : Integron Brone Cephalosporin MIC : Minimum Inhibitory Concentration NCCLS : National Committee for Clinical Laboratory Standards PEARLS : The Pan European Antimicrobial Resistance using Local

  Surveillance PER : Pseudomonas Aeruginosa PER -1 : Pseudomonas Aeruginosa-1 PER -2 : Pseudomonas Aeruginosa -2 SFO : Serratia fonticola enzyme SHV : Sulfhydryl Variable SHV-1 : Sulfhydryl Variable-1 TEM : Temoneira TEM-1 : Temoniera-1 TEM-2 : Temnoniera-2 TEM-17 : Temnoniera-17 TEM-42 : Temnoniera-42 TEM-63 : Temnoniera-63 TLA : Tlahuicas Indians

  VEB : Vietnam Extended Spectrum Beta-Laktamase

  VEB-1 : Vietnam Extended Spectrum Beta-Laktamase-1

  

DAFTAR GAMBAR

  Gambar 1. Reaksi hidrolitik oleh β-laktamase pada ikatan amida dari cincin β-laktam

  13 Gambar 2. Prevalensi ESBL pada E. Coli dan K. Pneumonia dari berbagai studi dan EAR

  23 Gambar 3. Tes Kepekaan Antibiotik pada Kelompok ESBL

  64 Gambar 4. Tes Kepekaan Antibiotik Kelompok Non-ESBL

  67

  

DAFTAR TABEL

  Tabel 1. Klasifikasi β- lactamase berdasarkan kelas molekuler dan fungsional

  14 Tabel. 2. Kriteria MIC dan Zona Inhibitor untuk mendeteksi ESBL pada K.pneumoniae and E.coli

  29 Tabel 3. Outcome dari pasien-pasien dengan bakteremia yang disebabkan oleh organism epenghasil ESBL : studi retrospektif

  32 Tabel 4. Karakteristik Subjek Penelitan

  62 Tabel 5. Jenis Spesimen

  63 Tabel 6. Sumber spesimen yang menghasilkan ESBL

  64 Tabel 7. Pola tes kepekaan antibiotik kelompok ESBL

  65 Tabel 8. Tes Kepekaan Antibiotik pada Kelompok ESBL

  66 Tabel 9. Faktor resiko terkait infeksi oleh E.coli atau K. pneumonia penghasil ESBL

  68

  

Beberapa Faktor Resiko Pada Pasien dengan Infeksi oleh E. coli dan

K. pneumonia Penghasil ESBL di RSUP H. Adam Malik Medan

  1

  2

  3 Selastri Agnes , Ricke L , Muzahar

  1 Departemen Patologi Klinik, Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera Utara, 2,3

Medan, Departemen Patologi Klinik, Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera

Utara, Medan

  Abstrak

Latar Belakang : Pengidentifikasian faktor resiko terhadap infeksi oleh bakteri penghasil

ESBL sangat penting dalam mencegah penyebaran ESBL dan menurunkan mortalitas.

  

Tujuan Umum : Mengetahui faktor resiko infeksi oleh E. coli atau K. pneumonia penghasil

  ESBL di RSUP H. Adam Malik Medan Penelitian analitik dengan pendekatan potong lintang ini dilakukan di

  Metoda dan cara :

  RSUP. H. Adam Malik Medan pada Januari–Maret 2014. Sampel dibagi 2 kelompok berpasangan: ESBL (n=27) dan Non ESBL (n=27). Faktor resiko yang dibandingkan adalah lamanya rawatan di rumah sakit, pemakaian alat invasif medis dan penyakit komorbid. Tes kepekaan antibiotik pada kedua kelompok juga ikut dievaluasi.

  

Hasil : Berdasarkan analisa statistik, didapatkan: faktor resiko yang bermakna secara

  signifikan adalah lama rawatan > 1minggu OR 8.594 (1,680-43.953) p value 0.004, kateter vena perifer OR 0,156 (0,045-0,539) p value 0.002, kateter urin OR 0,116 (0,023-0,595) p value 0.004, ventilator mekanik OR 0,091 (0,011-0,793) p value 0.002, pipa nasogastrik OR 0,160 (0,31-0,831) p value 0,018; penyakit komorbid OR 15,625 (3,067-79,594) p value <0.001. Sedangkan faktor resiko yang tidak bermakna adalah pemakaian vena sentral OR 0,413 (0,198-1,568) p value 0.190 dan pembedahan OR 5,909 (0,641-54,542) p value 0,096. Antibiotik yang paling sensitif terhadap bakteri E. coli atau K. pneumonia penghasil ESBL adalah meropenem dan imipenem (92,6%) diikuti oleh amikasin (85,2%).

  

Kesimpulan : Faktor resiko yang berhubungan dengan infeksi ESBL adalah lama rawatan > 1

  minggu, pemakaian kateter vena perifer, kateter urin, ventilator mekanik dan selang nasogastrik dan penyakit komorbid. Golongan karbapenem masih merupakan antibiotik pilihan dalam menangani infeksi ESBL.

  Kata kunci : Extended Spectrum β-lactamase, faktor resiko, E. coli, K. pneumonia

  

Some Risk Factors in Patient with Infection of ESBL producing

Escherichia Coli or Klebsiella Pneumoniae Infection In Haji Adam

  

Malik Hospital

  1

  2

  3 Selastri Agnes , Ricke L , Muzahar

  1 Departemen Patologi Klinik, Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera Utara, 2,3

Medan, Departemen Patologi Klinik, Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera

Utara,

  Abstract

Background: Identification of risk factors for ESBL-producing bacteria infection are very

important to avoid spread of ESBL and to decreased mortality. Purpose: To identify risk factors for infection ESBL-producing E. coli or K. pneumoniae

Method : An analytical study with cross sectional approach was conducted at H. Adam Malik

hospital Medan from January-March 2014. Samples were divided into 2 groups of pairs:

ESBL (n = 27) and non-ESBL (n = 27). The length of hospital stay, utilization of invasive

medical devices, comorbid disease, and surgery procedure are the risk factors that being

analyzed. Antibiotic sensitivity tests in both groups also evaluated.

  

Results: Based on the statistical analysis we found that the risk factors that have a significant

relationship with ESBL infection was length of hospital stay > 1 week OR 8,594 (1,680-

  43.953) p value 0.004, utilization of peripheral venous catheters OR 0,156 (0,045-0,539) p value 0.002, urinary catheters OR 0,116 (0,023-0,595) p value 0.004, mechanical ventilator OR 0,091 (0,011-0,793) p value 0.002 and comorbid disease OR 15,625 (3,067-79,594).

  

There was no significant correlation in utilization of CVC OR 0,413 (0,198-1,568) p value

  0.190 and surgery procedure OR 5,909 (0,641-54,542) p value 0,096. The ESBL-producing

  

Escherichia coli or Klebsiella pneumoniae showed very good susceptibility to meropenem,

imipenem (92.6%) and amikacin(85.2%).

  

Conclusions: Risk factors associated with ESBL infections are length of hospital stay > 1

week, utilization of invasive medical devices (peripheral venous catheters, urinary catheters,

nasogastric tube and mechanical ventilator) and comorbid disease. Carbapenem is still an

option for ESBL infection Key word : Extended Spectrum β-lactamase, risk factor, E. coli, K. pneumonia