Identifikasi Fragmen DNA Genomik Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Hasil PCR (Polymerase Chain Reaction) Menggunakan Primer Spesifik untuk Beta Karoten
46
LAMPIRAN
Lampiran 1. Profil elektroforegram perbandingan primer SSR-3574
33D 33A 34D 34A 35D 35A 36D 36A 15D 15B 100bp 16D 16B 17D 17B 18D 18B
6D
6B
7D
Keterangan: M = DNA ladder 1kb (Marker), A = isolasi DNA berasal dari bagian akar,
D = isolasi DNA berasal dari bagian daun, B = isolasi DNA berasal dari bagian
buah
Lampiran 2. Profil elektroforesis perbandingan primer SSR-3574
7B
9D
9B 19D 19B 21D 21B 23D 23B 25D 100bp 25B 28D 28B 30D 30B 31D 32D
Keterangan: M = DNA ladder 1kb (Marker), D = DNA stok berasal dari bagian daun,
B = DNA stok berasal dari bagian buah P = DNA stok berasal dari bagian pollen,
O = DNA stok berasal dari bagian bunga betina
Universitas Sumatera Utara
47
Lampiran 3. Profil elektroforegram pengulangan proses PCR dengan Primer
Beta pada sampel bagian akar
M
33A 34A
35A 36A
19B
19B
β
Keterangan: M = DNA ladder 1kb (Marker), A = isolasi DNA berasal dari bagian akar,
B = isolasi DNA berasal dari bagian buah
Lampiran 4. Profil elektroforegram yang dianalisis menggunakan UVITEC
FIREREADER
Universitas Sumatera Utara
48
Lampiran 5. Profil elektroforegram yang dianalisis menggunakan UVITEC
FIREREADER
Lampiran 6. Pembuatan larutan stok dan buffer
A. Pembuatan Larutan Stok
•
CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB
sebanyak 5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan
ditambahkan 100 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirrer kemudian diletakkan diatas hotplate.
•
Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram.
Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hotplate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit
sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
•
Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris
sebanyak 6.057 gram.
Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk
Universitas Sumatera Utara
49
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hotplate. Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai
pH mencapai 7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml.
•
EDTA 0.5 M pH 8.0 (100 ml) : Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan
ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirer kemudian diletakkan diatas hotplate. Selanjutnya, ditambahkan HCl
pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas
ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
•
NaCl 5 M(l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke
dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan
dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hotplate. Masukkan
ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga
volume larutan menjadi 100 ml.
**Semua bahan di atas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB
5%.
B. Pembuatan Larutan Buffer
•
Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml
NaCl 5 M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml
aquades.
Universitas Sumatera Utara
50
•
Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7
ml Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga
volume larutan menjadi 100 ml.
•
Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
•
Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 m lEDTA
0.5 M pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
•
Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan
2 ml Isoamilalkohol.
•
Ethanol 70 % (100 ml): Campurkan 70 ml Etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara
51
Lampiran 7. Hasil uji kuantitas dengan nanospektrometer
Sampel
A260/A280
Konsentrasi (ng/µl)
6D
2.38
765.60
6B
2.01
244.90
7D
2.45
616.60
7B
2.09
255.00
9D
1.83
172.50
9B
2.15
500.60
15D
2.06
407.00
15B
2.04
422.50
16D
2.04
817.60
16B
2.06
400.10
17D
2.57
739.40
17B
2.08
712.50
18D
1.63
257.20
18B
2.01
66.60
19D
2.36
692.10
19B
1.78
60.40
21D
1.78
270.80
21B
3.17
336.40
23D
1.90
226.90
23B
2.11
597.80
25D
2.04
471.70
25B
2.08
606.30
28D
1.88
570.30
28B
2.11
468.30
30D
1.94
929.90
30B
2.15
786.80
31D
2.00
338.70
31P
1.95
53.50
32D
2.03
951.20
32O
1.74
706.09
33D
1.99
724.30
33A
1.96
112.50
34D
2.05
863.40
34A
1.89
120.50
35D
2.11
1316.30
35A
1.91
100.90
36D
2.11
451.60
36A
2.02
135.40
Universitas Sumatera Utara
52
Lampiran 8. Data binari skoring
0
0
0
0
6B
0
0
0
0
6D
0
0
0
1
7B
0
1
0
1
7D
0
0
0
0
9B
0
0
0
1
9D
0
0
0
0
15B
0
0
0
0
15D
0
0
0
0
16B
0
0
0
0
16D
0
0
0
0
17B
0
0
0
1
17D
0
0
0
0
18B
0
0
0
0
18D
0
0
0
0
19B
0
0
0
1
19D
0
0
0
1
21B
0
0
0
1
21D
0
0
0
1
23B
0
0
1
1
23D
0
0
0
1
25B
0
0
0
1
25D
0
0
0
1
28B
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
1
0
1
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
1
0
0
0
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
1
0
0
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
53
28D
30B
30D
31D
31P
32D
32O
33A
33D
34A
34D
35A
35D
36A
36D
0
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
1
1
0
1
0
0
0
#
1
#
1
#
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
#
1
#
1
#
1
1
1
1
1
1
1
0
0
1
#
1
#
1
#
1
0
0
0
1
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
0
1
1
1
0
0
0
0
1
#
1
#
1
#
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
1
1
0
0
0
0
1
#
1
#
1
#
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
Universitas Sumatera Utara
54
Lampiran 9. Data PCoA (Principal Coordinates Analysis)
Axis 1
Axis 2
Axis 3
Axis 4
Axis 5
Sampel
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
6B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
6D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
7B
0.3263
461
-0.1167
59
-0.1604
111
0
0
0
0
7D
0.3996
819
-0.1038
55
-0.1632
137
0
0
0
0
9B
-0.0918
229
0.143
557
-0.0929
235
0
0
0
0
9D
0.1321
859
0.0885
386
-0.0456
102
0
0
0
0
15B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
15D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
16B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
16D
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
17B
-0.058
45
0.1058
151
-0.0761
78
0
0
0
0
17D
0.1852
462
0.0318
14
-0.0675
61
0
0
0
0
18B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
18D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
19B
-0.5406
951
0.0551
10
0.0952
29
0
0
0
0
19D
0.2288
566
0.0046
0
0.1305
184
0
0
0
0
21B
0.4169
-0.0567
20
-0.1091
75
0
0
0
0
21D
0.179
746
0.0608
86
0.0069
1
0
0
0
0
23B
0.2367
643
0.0054
0
0.1661
317
0
0
0
0
23D
0.2473
533
-0.0181
3
0.1926
323
0
0
0
0
25B
0.2052
642
0.0307
14
0.1234
232
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
55
25D
0.1327
233
0.0327
14
0.2021
541
0
0
0
0
28B
0.0478
118
0.1026
544
-0.002
0
0
0
0
0
28D
0.1876
275
-0.0292
7
0.313
765
0
0
0
0
30B
0.2144
736
0.0298
14
0.1109
197
0
0
0
0
30D
0.2103
660
0.0351
18
0.0718
77
0
0
0
0
31D
0.1587
538
0.0611
80
-0.0288
18
0
0
0
0
31P
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
32D
0.0827
27
-0.1254
63
0.2718
294
0
0
0
0
32O
-0.5406
951
0.0551
10
0.0952
29
0
0
0
0
33A
-0.5406
951
0.0551
10
0.0952
29
0
0
0
0
33D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
34A
-0.1795
40
-0.6661
546
-0.0537
4
0.528
343
0.2335
67
34D
0.1321
859
0.0885
386
-0.0456
102
0
0
0
0
35A
-0.1795
40
-0.6661
546
-0.0537
4
-0.4662
267
0.3405
143
35D
0.1321
859
0.0885
386
-0.0456
102
0
0
0
0
36A
-0.1795
40
-0.6661
546
-0.0537
4
-0.0618
5
-0.574
405
36D
0.0973
103
0.0509
28
-0.1837
366
0
0
0
0
Keterangan : Axis
1
2
3
4
5
Eigenvalue
0.06456
0.04319
0.0147
0.01316
0.01316
Inertia%
33.67
22.52
7.67
6.86
6.86
Universitas Sumatera Utara
56
Lampiran 10. Data dissimilarity index
Keterangan : 1000 bootstrap
Universitas Sumatera Utara
57
Lampiran 11. Data ukuran pasangan basa amplikon DNA
Sampel Produk PCR
6B
6D
7B
7D
9B
9D
15B
15D
843
1934
2248
1934
1934
1934
843
1934
738
1060
1934
1756
843
1060
738
1060
843
1756
1060
738
843
843
738
1060
843
738
738
340
843
428
428
428
16B
843
738
16D
843
738
17B
1934
991
843
738
17D
2248
1934
991
843
738
428
18B
843
738
18D
1934
1060
843
738
Universitas Sumatera Utara
58
Lampiran 12. Data ukuran pasangan basa amplikon DNA
Sampel Produk PCR
19B
19D
21B
21D
23B
23D
25B
25D
738
3029
3029
3029
3029
3029
1934
1934
2248
1934
1934
1934
1934
1060
843
1934
1060
1060
1060
1060
843
738
1060
843
843
843
843
738
568
843
428
738
738
738
568
501
738
428
568
568
501
428
568
501
501
428
462
428
428
428
354
28B
1934
843
738
428
28D
3029
1934
1146
843
738
568
501
428
30B
3029
2248
1934
1060
843
738
568
428
30D
3029
2248
1934
1060
843
738
501
428
31D
1934
1060
991
843
738
428
31P
843
738
Universitas Sumatera Utara
59
Lampiran 13. Data ukuran pasangan basa amplikon DNA
Sampel Produk PCR
32D
32O
33A
33D
34A
34D
1756
738
738
1934
1934
1146
1060
1060
991
843
843
843
738
738
738
738
428
568
428
340
156
35A
35D
1934
1060
843
738
428
36A
36D
2248
1934
1060
843
738
340
Universitas Sumatera Utara
60
Lampiran 14. Foto kegiatan penelitian
Isolasi DNA
Uji Kuantitas
Elektroforesis
Preparasi PCR
Universitas Sumatera Utara
LAMPIRAN
Lampiran 1. Profil elektroforegram perbandingan primer SSR-3574
33D 33A 34D 34A 35D 35A 36D 36A 15D 15B 100bp 16D 16B 17D 17B 18D 18B
6D
6B
7D
Keterangan: M = DNA ladder 1kb (Marker), A = isolasi DNA berasal dari bagian akar,
D = isolasi DNA berasal dari bagian daun, B = isolasi DNA berasal dari bagian
buah
Lampiran 2. Profil elektroforesis perbandingan primer SSR-3574
7B
9D
9B 19D 19B 21D 21B 23D 23B 25D 100bp 25B 28D 28B 30D 30B 31D 32D
Keterangan: M = DNA ladder 1kb (Marker), D = DNA stok berasal dari bagian daun,
B = DNA stok berasal dari bagian buah P = DNA stok berasal dari bagian pollen,
O = DNA stok berasal dari bagian bunga betina
Universitas Sumatera Utara
47
Lampiran 3. Profil elektroforegram pengulangan proses PCR dengan Primer
Beta pada sampel bagian akar
M
33A 34A
35A 36A
19B
19B
β
Keterangan: M = DNA ladder 1kb (Marker), A = isolasi DNA berasal dari bagian akar,
B = isolasi DNA berasal dari bagian buah
Lampiran 4. Profil elektroforegram yang dianalisis menggunakan UVITEC
FIREREADER
Universitas Sumatera Utara
48
Lampiran 5. Profil elektroforegram yang dianalisis menggunakan UVITEC
FIREREADER
Lampiran 6. Pembuatan larutan stok dan buffer
A. Pembuatan Larutan Stok
•
CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB
sebanyak 5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan
ditambahkan 100 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirrer kemudian diletakkan diatas hotplate.
•
Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram.
Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hotplate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit
sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
•
Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris
sebanyak 6.057 gram.
Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk
Universitas Sumatera Utara
49
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hotplate. Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai
pH mencapai 7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml.
•
EDTA 0.5 M pH 8.0 (100 ml) : Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan
ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirer kemudian diletakkan diatas hotplate. Selanjutnya, ditambahkan HCl
pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas
ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
•
NaCl 5 M(l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke
dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan
dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hotplate. Masukkan
ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga
volume larutan menjadi 100 ml.
**Semua bahan di atas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB
5%.
B. Pembuatan Larutan Buffer
•
Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml
NaCl 5 M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml
aquades.
Universitas Sumatera Utara
50
•
Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7
ml Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga
volume larutan menjadi 100 ml.
•
Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
•
Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 m lEDTA
0.5 M pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
•
Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan
2 ml Isoamilalkohol.
•
Ethanol 70 % (100 ml): Campurkan 70 ml Etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara
51
Lampiran 7. Hasil uji kuantitas dengan nanospektrometer
Sampel
A260/A280
Konsentrasi (ng/µl)
6D
2.38
765.60
6B
2.01
244.90
7D
2.45
616.60
7B
2.09
255.00
9D
1.83
172.50
9B
2.15
500.60
15D
2.06
407.00
15B
2.04
422.50
16D
2.04
817.60
16B
2.06
400.10
17D
2.57
739.40
17B
2.08
712.50
18D
1.63
257.20
18B
2.01
66.60
19D
2.36
692.10
19B
1.78
60.40
21D
1.78
270.80
21B
3.17
336.40
23D
1.90
226.90
23B
2.11
597.80
25D
2.04
471.70
25B
2.08
606.30
28D
1.88
570.30
28B
2.11
468.30
30D
1.94
929.90
30B
2.15
786.80
31D
2.00
338.70
31P
1.95
53.50
32D
2.03
951.20
32O
1.74
706.09
33D
1.99
724.30
33A
1.96
112.50
34D
2.05
863.40
34A
1.89
120.50
35D
2.11
1316.30
35A
1.91
100.90
36D
2.11
451.60
36A
2.02
135.40
Universitas Sumatera Utara
52
Lampiran 8. Data binari skoring
0
0
0
0
6B
0
0
0
0
6D
0
0
0
1
7B
0
1
0
1
7D
0
0
0
0
9B
0
0
0
1
9D
0
0
0
0
15B
0
0
0
0
15D
0
0
0
0
16B
0
0
0
0
16D
0
0
0
0
17B
0
0
0
1
17D
0
0
0
0
18B
0
0
0
0
18D
0
0
0
0
19B
0
0
0
1
19D
0
0
0
1
21B
0
0
0
1
21D
0
0
0
1
23B
0
0
1
1
23D
0
0
0
1
25B
0
0
0
1
25D
0
0
0
1
28B
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
1
1
1
0
1
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
1
0
1
0
0
0
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
1
0
0
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
53
28D
30B
30D
31D
31P
32D
32O
33A
33D
34A
34D
35A
35D
36A
36D
0
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
1
1
0
1
0
0
0
#
1
#
1
#
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
#
1
#
1
#
1
1
1
1
1
1
1
0
0
1
#
1
#
1
#
1
0
0
0
1
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
0
1
1
1
0
0
0
0
1
#
1
#
1
#
1
1
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
#
0
#
0
#
0
1
1
1
1
0
0
0
0
1
#
1
#
1
#
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
#
0
#
0
#
0
Universitas Sumatera Utara
54
Lampiran 9. Data PCoA (Principal Coordinates Analysis)
Axis 1
Axis 2
Axis 3
Axis 4
Axis 5
Sampel
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
Coord.
Cos²
6B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
6D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
7B
0.3263
461
-0.1167
59
-0.1604
111
0
0
0
0
7D
0.3996
819
-0.1038
55
-0.1632
137
0
0
0
0
9B
-0.0918
229
0.143
557
-0.0929
235
0
0
0
0
9D
0.1321
859
0.0885
386
-0.0456
102
0
0
0
0
15B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
15D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
16B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
16D
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
17B
-0.058
45
0.1058
151
-0.0761
78
0
0
0
0
17D
0.1852
462
0.0318
14
-0.0675
61
0
0
0
0
18B
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
18D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
19B
-0.5406
951
0.0551
10
0.0952
29
0
0
0
0
19D
0.2288
566
0.0046
0
0.1305
184
0
0
0
0
21B
0.4169
-0.0567
20
-0.1091
75
0
0
0
0
21D
0.179
746
0.0608
86
0.0069
1
0
0
0
0
23B
0.2367
643
0.0054
0
0.1661
317
0
0
0
0
23D
0.2473
533
-0.0181
3
0.1926
323
0
0
0
0
25B
0.2052
642
0.0307
14
0.1234
232
0
0
0
0
Universitas Sumatera Utara
55
25D
0.1327
233
0.0327
14
0.2021
541
0
0
0
0
28B
0.0478
118
0.1026
544
-0.002
0
0
0
0
0
28D
0.1876
275
-0.0292
7
0.313
765
0
0
0
0
30B
0.2144
736
0.0298
14
0.1109
197
0
0
0
0
30D
0.2103
660
0.0351
18
0.0718
77
0
0
0
0
31D
0.1587
538
0.0611
80
-0.0288
18
0
0
0
0
31P
-0.2911
769
0.1363
169
-0.0297
8
0
0
0
0
32D
0.0827
27
-0.1254
63
0.2718
294
0
0
0
0
32O
-0.5406
951
0.0551
10
0.0952
29
0
0
0
0
33A
-0.5406
951
0.0551
10
0.0952
29
0
0
0
0
33D
0.026
24
0.1264
566
-0.1287
586
0
0
0
0
34A
-0.1795
40
-0.6661
546
-0.0537
4
0.528
343
0.2335
67
34D
0.1321
859
0.0885
386
-0.0456
102
0
0
0
0
35A
-0.1795
40
-0.6661
546
-0.0537
4
-0.4662
267
0.3405
143
35D
0.1321
859
0.0885
386
-0.0456
102
0
0
0
0
36A
-0.1795
40
-0.6661
546
-0.0537
4
-0.0618
5
-0.574
405
36D
0.0973
103
0.0509
28
-0.1837
366
0
0
0
0
Keterangan : Axis
1
2
3
4
5
Eigenvalue
0.06456
0.04319
0.0147
0.01316
0.01316
Inertia%
33.67
22.52
7.67
6.86
6.86
Universitas Sumatera Utara
56
Lampiran 10. Data dissimilarity index
Keterangan : 1000 bootstrap
Universitas Sumatera Utara
57
Lampiran 11. Data ukuran pasangan basa amplikon DNA
Sampel Produk PCR
6B
6D
7B
7D
9B
9D
15B
15D
843
1934
2248
1934
1934
1934
843
1934
738
1060
1934
1756
843
1060
738
1060
843
1756
1060
738
843
843
738
1060
843
738
738
340
843
428
428
428
16B
843
738
16D
843
738
17B
1934
991
843
738
17D
2248
1934
991
843
738
428
18B
843
738
18D
1934
1060
843
738
Universitas Sumatera Utara
58
Lampiran 12. Data ukuran pasangan basa amplikon DNA
Sampel Produk PCR
19B
19D
21B
21D
23B
23D
25B
25D
738
3029
3029
3029
3029
3029
1934
1934
2248
1934
1934
1934
1934
1060
843
1934
1060
1060
1060
1060
843
738
1060
843
843
843
843
738
568
843
428
738
738
738
568
501
738
428
568
568
501
428
568
501
501
428
462
428
428
428
354
28B
1934
843
738
428
28D
3029
1934
1146
843
738
568
501
428
30B
3029
2248
1934
1060
843
738
568
428
30D
3029
2248
1934
1060
843
738
501
428
31D
1934
1060
991
843
738
428
31P
843
738
Universitas Sumatera Utara
59
Lampiran 13. Data ukuran pasangan basa amplikon DNA
Sampel Produk PCR
32D
32O
33A
33D
34A
34D
1756
738
738
1934
1934
1146
1060
1060
991
843
843
843
738
738
738
738
428
568
428
340
156
35A
35D
1934
1060
843
738
428
36A
36D
2248
1934
1060
843
738
340
Universitas Sumatera Utara
60
Lampiran 14. Foto kegiatan penelitian
Isolasi DNA
Uji Kuantitas
Elektroforesis
Preparasi PCR
Universitas Sumatera Utara