MODUL PEMBELAJARAN METODE IDENTIFIKASI K

MODUL MIKROBIOLOGI
METODE IDENTIFIKASI, KLASIFIKASI MIKROBA
PROKARIOT, DAN VIRUS
Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Terstruktur
Mata Kuliah: Mikrobiologi
Dosen Pengampu: Evi Roviati, S. Si. M.Pd.

Disusun Oleh:
Kelompok 6 (Enam)
Dede Sri Mulyati (14111610009)
Iis Duwi Hartati

(14111620076)

Sri Reliyanti

(1411121387)

Kelas IPA BIOLOGI C / 5

KEMENTERIAN AGAMA ISLAM REPUBLIK INDONESIA

INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI (IAIN)
SYEKH NURJATI CIREBON
2013
1

METODE IDENTIFIKASI, KLASIFIKASI MIKROBA PROKARIOT, DAN
VIRUS
A.

B.

Metode identifikasi
Proses identifikasi bakteri didasarkan pada berbagai macam sifat
bakteri seperti sifat biokimia, morfologi koloni, dan morfologi selnya.
Pengamatan dan pencatatan ciri morfologi serta ciri lainnya merupakan tahap
pendahuluan yang penting sebelum identifikasi. Tingkat keakuratan
identifikasi bergantung pada ketelitian dan kerja preparasi seperti pembuatan
media, pembuatan reagen, pewarnaan dan ketelitian dalam melakukan,
mengamati dan mencatat hasil uji.
Langkah awal dalam proses identifikasi adalah pengamatan dan

pencatatan ciri morfologi serta ciri lainnya. Identifikasi bakteri didasarkan
pada berbagai macam sifat bakteri seperti sifat biokimia, morfologi koloni
dan morfologi selnya. Ciri lainnya seperti sifat pewarnaan, pola pertumbuhan
koloni, reaksi petumbuhan pada karbohidrat, dan penggunaan asam amino
sangat membantu dalam identifikasi mikroba.
Identifikasi dilakukan untuk mengetahui spesies bakteri wild tipe yang
diperoleh untuk selanjutnya digunakan untuk berbagai keperluan; selain itu
proses tersebut juga berfungsi untuk mengecek ulang (uji konfirmasi) isolat
yang telah diketahui spesies dan karakternya, sehingga dapat memperkecil
kesalahan pada hasil uji yang dilakukan. Identifikasi dan klasifikasi
mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu karakteristik atau ciri-ciri
mikroorganisme.
Pendekatan yang dapat dilakukan dalam uji identifikasi yaitu dengan
pendekatan konvensial (mikrobiologis) dan pendekatan molekuler.
Pendekatan yang banyak dan umum digunakan yaitu pendekatan
konvensional (mikrobiologis) dan pendekatan molekuler (analisis fragmen
gen 16 S). Pendekatan mirobiologis biasanya dengan menumbuhkan pada
media tertentu sehingga dapat diamati bentuk koloninya dan beberapa
perlakuan untuk menguji sifat biokimianya. Sedangkan metode pewarnaan
seperti pewarnaan Gram dan endospora dapat sekaligus melihat bentuk sel

mikroba tersebut.
Mikroba Prokariot (Bakteri, Archabacteria, dan Cyanobakteri)
1. Klasifikasi Bakteri
Klasifikasi bakteri seperti yang diatur dalam Bergey’s Manual
adalah sebagai berikut:

2

a. Kelompok 1. Bakteri fototrofik
Bakteri fototrofik adalah organisme yang berbeda
secara morfolgis dan semuanya mengandung
pigmen seperti klorofil, yakni bakterioklorofil.
Jasad renik ini melakukan fotosintesis. Bentuk
selnya; bulat, batang, vibrio atau spiral.
Berhabitat di lingkungan akuatik.
Chlorobium sp.
b. Kelompok 2. Bakteri luncur
Bakteri luncur dapat meluncur pada permukaan padat tetapi tidak
mempunyai flagela. Sel-sel berbentuk batang, dan dapat dijumpai
satu-satu atau sebagai filamen. Berhabitat di tanah, bahan tumbuhan

membusuk, dan lingkungan akuatik. Contoh: Cytophagales
c. Kelompok 3. Bakteri berselongsong
Bercirikan sel-sel berbentuk batang yang
dikelilingi selongsong. Bahan yang menjadi
selongsong berbeda-beda di setiap spesies.
Bakteri ini terdapat dalam air, limbah, dan
air buangan industri. Contoh: Leptothrix sp.
Leptothrix sp.
d. Kelompok 4. Bakteri kuncup dan/atau bakteri berapendiks
Bentuk selnya berupa bola, oval, ginjal,
batang dengan ujung meruncing. Mempunyai
ciri yang khas yaitu beberapa diantaranya
membentuk tonjolan berbentuk filamen yang
disebut
prosteka
dari
tubuh
selnya.berkembang biak dengan berkuncup
dan membelah. Habitatnya di tanah dan
lingkungan akuatik. Contoh: Caulobacter

Caulobacter crescentus
crescentus
e. Kelopok 5. Spiroket.
Bakteri ni bercirikan sel-sel langsing, lentur,
terpilin-pilin. Bakteri memiliki dinding sel
lentur. Perbanyakan dengan pembelahan
melintang. Bakteri ini berhabitat di tanah dan
lingkungan akuatik. Contoh: Treponema
pallidum.

3

f. Kelompok 6. Bakteri spiral dan lengkung
Bakteri ini berpilin-pilin, tetapi kaku.
Beberapa hidup bebas dalam lingkungan
akuatik, yang lainnya saprofit atau parasit.
Habitatnya di lingkunagan akuatik, organorgan refroduktif, saluran pencernaan, dan
rongga mulut hewan.
Spirillum sp.
Contoh: Campylobacter yang menyebabkan keguguran pada hewan

ternak atau hewan lain dan dapat juga menjangkit manusia.
g. Kelompok 7. Batang dan kokus aerobik gram negatif
Bentuk selnya berupa batang, lonjong, dan
bola dimensi khas untuk bakteri yaitu 0,5 –
1,0 x 1,5 – 3,0 μm. . Pada bakteri ini beberapa
spesies bersifat patogenik. Berhabitat di
tanah, lingkungan akuatik dan air asin.
Contoh: Azotobacter sp.
Azotobacter sp.
h. Kelompok 8. Batang aerobik fakultatif gram negatif
Bakteri dalam kelompok ini merupakan
penghuni normal dalam saluran pencernaan
manusia dan hewan. Selain itu, bakteri dalam
kelompok ini banyak menginfeksi saluran
pencernaan hewan dan manusia, juga menjadi
penyebab penyakit beberapa tanaman.
Berhabitat di lingkungan akuatik, tanah,
makanan, air seni, dan tinja. Contoh: Shigella
Shigella sp.
sp. yang menyebabkan disentri.

i. Kelompok 9. Batang gram negatif anaerobik
Mempunyai morfologi sel berbentuk batang,
lurus atau lengkung, memperlihatkan banyak
sekali pleomorfisme. Juga merupakan anaerob
obligat, berhabitat di rongga-rongga alamiah
pada manusia dan hewan, juga saluran
pencernaan serangga.
Fusobacterium sp.

4

j. Kelompok 10. Kokobasilus dan kokus gram negatif
Memiliki
morfologi
sel
yaitu
kokus,
berpasangan, dan dalam masa bebebrapa
kokobasili, terdapat tunggal dan berpasangan.
Kelompok ini relatif kecil, dengan dua spesies

patogenik yang umum, yaitu Neisseria
meningitidis, penyebab penyakit gonorea.
Neisseria
Bakteri ini nonmotil. Berhabitat pada selaput
meningitidis
lendir manusia dan hewan.
k. Kelompok 11. Kokus anaerobik gram negatif
Memiliki morfologi sel yang sangat kecil (0,3
– 0,5 μm) sampai sel-sel bulat yang lebih
besar berpasangan, dalam masa atau rantai.
Penetapan spesies di dalam kelompok ini
terutama didasarkan pada ciri-ciri biokimiawi
bakteri. Berhabitat di saluran pencernaan
manusia dan hewan.
Veillonella sp.
l. Kelompok 12. Bakteri kemolitotrofik gram negatif
Memiliki morfologi sel bulat, batang, spiral,
membran berlapis banyak pada beberapa
spesies. Ciri-ciri khusus dalam kelompok ini
ialah kemmapuannya menghasilkan energi dari

oksidasi zat-zat kimia anorganik. Bakteri ini
semuanya gram negatif. Beberapa motil dan
yang lain nonmotil.
Siderococcus sp.
Kelompok ini terdapat dalam tanah dan lingkungan akuatik secara
luas serta teramat penting karena melakukan perubahan-perubahan
biokimiawi dalam lingkungan-lingkungan tersebut. Kelompok ini
tidak patogenik.
m. Kelompok 13. Bakteri penghasil metan (metanogenik)
Memiliki morfologi sel berbentuk bola, spiral, dan batang. Ciri
pemersatu dalam kelompok ini ialah kemampuannya menghasilkan
metan. Gas ini dalam keadaan anaerobik. Bakteri ini motil karena
flagel kutub atau nonmotil. Tersebar luas di alam, dijumpai dalam
keadaan lingkungan akuatik. Juga terdapat dalam jumlah yang besar
dalam rumen hewan ternak.

5

n. Kelompok 14. Kokus gram positif
Memiliki morfologi sel kokus terdapat tunggal

atau berpasangan dalam rantai, paket, atau
gerombol. Dalam kelompok ini banyak
terkumpuk banyak spesies patogenik yang
penting bagi manusia dan hewan. Banyak
spesies adalah saprofit. Berhabitat di tanah dan
air tawar. Contohnya Staphylococcus sp.
Staphylococcus sp.
o. Kelompok 15. Batang dan kokus pembentuk endospora
Memiliki morfologi sel batang, kecuali satu
spesies mempunyai sel-sel bulat dan dalam
bentuk paket. Ciri pembeda yang menonjol adalah
kemampuannya membentuk endospora. Bakteri
ini beserta endosperonya tersebar luas dalam
B. anthracis
tananh dan terbawa partikel-partikel di udara.
Beberapa spesies menyebabkan infeksi pada manusia dan hewan,
termasuk serangga.
p. Kelompok 16. Bakteri batang gram positif tak membentuk spora
Memiliki Morfologi sel basilus terdapat
tunggal atau dalam rantai. Kelompok ini

hampir seluruhnya terdiri dari laktobasilus.
Kelompok ini mampu memfermentasi laktose
menjadi asam laktat laktat dan asam-asam
lain. Dapat dijumpai dalam hewan yang
melakukan fermentasi dan produk tumbuhan
Listeria
monocytogenes
serta dalam rongga mulut, vagina, dan saluran pencernaan manusia
dan hewan. Kelompok ini tidak dianggap patogenik. Contoh:
Listeria monocytogenes.
q. Kelompok 17. Aktinomisetes dan organisme yang sekerabat
Memiliki morfologi sel yang sangat beragam
dan pleomorfik, bentuk batang tak beraturan,
filamen, dan filamen bercabang. Ciri pemersatu
ialah
pleomorfisme
sel-selnya
dan
kecenderungan membentuk filamen (hifa)
bercabang. Pada beberapa kelompok taksonomi
(filamen) hifa-hifa itu bersatu membentuk
miselium.
Streptomyces sp.
Berhabitat di tanah, lingkungan akuatik, air, dan binatang. Contoh:
Streptomyces sp.
r. Kelompok 18. Riketsia

6

Riketsia termasuk bakteri yang paling kecil. Memiliki morfologi sel
batang pendek, atau lonjong, acapkali pleomorfik. Kelompok ini
gram negatif dan nonmotil. Ciri-ciri khususnya ialah sifat parasitik
obligatif dan hubungannya dengan antropoda pengisap darah.
Riketsia hanya tumbuh pada sel hidup lain (hewan dan serangga).
Berhabitat di serangga pembawa, burung, dan mamalia. Contoh:
Chlamydia.
s. Kelompok 19. Mikoplasma
Memiliki morfologi sel yang tidak mempunyai dinding sel sejati.
Sel-selnya terbungkus oleh suatu membran, tetapi membran ini tidak
mengandung satuan struktural, yaitu asam muramat dan asam
diaminopimelat yang terdapat dalam dinding sel bakteri lainnya dan
yang memberi kekuatan kepada dinding sel. Sangat pleomorfik.
Parasit dan patogen.
2. Klasifikasi Archaebacteria
Berdasarkan metaboslime dan lingkungan hidupnya yang ekstrim,
Archaebacteriaa digolongkan dalam 3 kelompok yaitu termofilik ekstrim,
halofilik ekstrim, dan metanogen. Selain itu ada kelompok
Archaebacteriaa tanpa dinding sel.
a. Archaebacteriaa termofilik ekstrim
Organisme termofilik dapat bertahan
hidup pada suhu > 45oC, sedangkan
organisme hipertermofilik hidup pada
suhu >80oC dengan suhu optimum 70110oC. habitat : lubang vulkanis, kawah
vulkanis, mata air belerang Contoh: Geogemma, Pyrodictium,
Thermoproteus,Sulfolobus
b. Archaebacteriaa halofilik ekstrim
Organisme ini dapat bertahan hidup pada kadar
garam 9%. Ada yang tumbuh optimum dengan
kadar garam 17-23% dan bertahan pada kadar
garam 35. habitat : Laut Mati, Danau Great Salt.
C
ontoh : Halobacterium salinarium, Halococcus,
Natronobacterium
c. Archaebacteriaa metanogen
Jenis
metanogen Methanobacterium
ruminantium hidup
dalam
saluran
pencernaan
hewan
ruminansia

7

(pemamah biak) memntu mencerna selulosa dari rumput dan
menghasilkan
400
liter
metana
dalam
sehari.
Contoh
lain: Methanobacteriales,
Methanococcales,
Methanomicrobiales,
Methanosarcinales, Methanopyrales
d. Archaebacteriaa tanpa dinding sel
Contoh : Thermoplasma, Picrophilus, dan Ferroplasma
3. Klasifikasi Cyanobacteria (alga hijau biru)
Cyanobacteria satu satunya alga yang tergolong dalam kingdom
monera. Dimasukkan dalam kingdom monera karena struktur selnya mirip
dengan struktur sel bakteri yaitu bersifat prokariotik (inti selnya tidak
diselubungi membran).
Cyanobacteria termasuk prokariota fototrofik yang melangsungkan
fotosintesis dengan cara yang serupa seperti yang digunakan tumbuhan
hijau dan berlainan dengan cara yang dipakai oleh bakteri-bakteri
fotosintetetik lainnya: prosesnya aerobik dan donor elektron di sini adalah
air. Beberapa terdapat tunggal dan yang lain terdiri dari rantaian sel ataupun
filamen yang lurus atau bercabang. Reproduksi dapat dengan pembelahan
biner, dengan pembelahan bahurangkap atau dengan pembebasan eksospora
secara berturut-turut. Bentuk-bentuk seperti filamen dapat berkembang biak
dengan fragmentasi filamennya atau pembebasan ujung rantai-rantai pendek
sel-sel motil.
Alga hijau biru dibedakan dalam 3 ordo.

C.

Klasifikasi Virus
Sejak tahun 1995, The International Committee on Taxonomy of
Viruses telah mengumpulkan lebih dari 4000 virus binatang dan tumbuhan
menjadi 71 famili, 11 subfamili, dan 164 genera, tetapi masih ada ratusan

8

virus yang masih belum ditemukan, 24 famili virus diantaranya dapat
menginfeksi manusia dan binatang. Berikut uraian beberapa Klasifikasi
Virus
a. Berdasarkan kandungan asam nukleatnya, virus terdiri dari:
1) Ribovirus, yaitu virus yang memiliki asam nukleat berupa RNA saja.
Jenis virus ini terdiri dari beberapa famili, diantaranya: Picornaviridae,
Reoviridae, Togaviridae, Paramyvoviridae, Orthomyxoviridae,
Retroviridae, Rhabdoviridae, dan Arenaviridae
2) Deoksiribovirus, yaitu virus yang memiliki asam nukleat berupa DNA
saja. Virus ini terdiri dari family: Parvoviridae, Papovaviridae,
Adenoviridae, Herpesviridae, dan Poxviridae.
b. Berdasarkan bentuk dasarnya, Virus dibedakan menjadi: virus bentuk
Ikosahedral, Heliks, dan Kompleks.
c. Berdasarkan jumlah kapsomernya, virus dibedakan menjadi: virus dengan
252 kapsomer, contoh adenovirus; virus dengan 162 kapsomer, contoh
herpesvirus; virus dengan 72 kapsomer, contoh papovavirus; virus dengan
60 kapsomer, contoh picornavirus; dan virus dengan 32 kapsomer, contoh
parvovirus
d. Berdasarkan sel inangnya, virus dibedakan menjadi: virus yang
menyerang manusia, contoh HIV; virus yang
menyerang hewan, contoh rabies; virus yang
menyerang tumbuhan, contoh TMV; dan
virus yang menyerang bakteri.
e.
Berdasarkan tempat hidupnya dibedakan
menjadi:
1) Virus bakteri (bakteriofage) adalah virus yang menggandakan dirinya
sendiri dengan menyerbu bakteri.
Virus ini tersusun dari suatu asam nukleat yang dikelilingi oleh
selubung protein atau kapsid. Kapsid tersusun dari submit atau
molekul protein yang disebut protomer. Ada dua tipe utama virus
bakteri: litik dan lisogenik.
Berdasarkan morfologinya, virus bakteri dikelompokkan menjadi
enam tipe, yaitu:
a) Tipe A yang paling rumit mempunyai kepala heksagonal, ekor yang
kaku dengan seludang kontraktil, dan serabut ekor.
b) Serupa dengan tipe A, tipe B ini mempunyai kepala heksagonal.
Tetapi, tidak mempunyai seludang kontraktil, ekornya kaku, dan
ada yang mempunyai serabu ekor dan ada yang tidak.

9

1.

2.

3.
4.
5.
6.

c) Tipe C dicirikan oleh sebuah kepala heksagonal dan sebuah ekor
yang pendek daripada kepalanya. Ekornya tidak mempunyai
seludang kontraktil dan ada yang mempunyai serabut ekor dan ada
yang tidak.
d) Tipe D mempunyai sebuah kepala tanpa ekor, dan kepalanya
tersusun dari kapsomer-kapsomer besar.
e) Tipe E mempunyai sebuah kepala tanpa ekor, dan kepalanya
tersusun atas kapsomer-kapsomer kecil.
f) Tipe F berbentuk filamen.
2) Virus tumbuhan yaitu virus yang parasit pada sel tumbuhan. Contoh
virus yang parasit pada tumbuhan: Tobacco Mozaic Virus (TMV) dan
Beet Yellow Virus (BYV).
3) Virus hewan adalah virus yang parasit pada sel hewan. Contoh: virus
Poliomylitis, virus Vaccina, dan virus Influenza.
Virus hewan diklasifikasikan dengan berbagai cara. Salah satu
cara klasifikasi yang mula-mula dipakai dulu didasarkan pada afinitas
jaringan virus, umpamanya, virus neurotrofik (jaringan saraf), dan
virus dermatropik (jaringan kulit). Dengan berkembangnya metode
pengukuran ciri-ciri fisik, kimiawi, dan biologis virus maka klasifikasi
virus didasarkan pada sifat-sifat virus.
Sifat-sifat yang digunakan untuk klasifkasi virus
Ciri-ciri utama
Ciri-ciri sekunder
Asam nukleat:
1. Kisaran inang
- RNA : berutasab tunggal atau ganda
- Spesies inang
- DNA : berutasan tunggal atau ganda
- Jaringan inang atau
tipe-tipe
sel
yang
Struktur partikel virus:
khusus
- Kapsid helikal: telanjang atau 2. Cara penularan (misalnya,
bersampul
tinja)
- Kapsid ikosahedral: telanjang atau 3. Struktur permukaan khusus
bersampul
(sifat-sifat antigenik)
- Struktur Kompleks (misalnya, ekor)
Jumlah kapsomer
Ukuran virion
Kerentanan terhadap bahan-bahan yang
melumpuhkan
Situs replikasi
- Nukleus
- Sitoplasma

10

f.

Virus-virus hewan dan tumbuhan sangat beragam ukurannya.
Ukuran dan bentuk merupakan ciri khas bagi tiap tipe virus. Ukuran
virion berkisar dari 10 sampai 300 nm. Virus-virus ini tersusun dari
suatu inti asam nukleat yang terletak di tengah dikelilingi oleh suatu
kapsid, yang terbuat dari kapsomer-kapsomer. Semua virion memiliki
struktur simetri sejati. Namun, pada beberapa virus hewan, asam
nukleat dan kapsidnya dibungkus oleh suatu membran luar yang
disebut sampul, yang terbuat dari lipoprotein. Virion yang mempunyai
sampul peka terhadap pelarut lemak seperti eter dan kloroform.
Sedangkan, virus yang tidak bersampul disebut virion telanjang. Virusvirus ini tidak terpengaruh oleh pelarut lemak.
Virus hewan dan tumbuhan mengandung DNA atau RNA;
tetapi virion yang sama tidak dapat mengandung kedua-duanya. Hal
ini tentunya berbeda dengan semua bentuk kehidupan seluler yang
tanpa perkecualian, mengandung kedua tipe asam nukleat dala setiap
sel. Ada empat jenis asam nukleat yang mungkin: DNA berutasan
tunggal, RNA berutasan tunggal, DNA berutasan ganda, dan RNA
berutasan ganda. Keempat tipe itu telah dijumpai pada virus hewan.
Pada virus tumbuhan, telah dijumpai RNA berutasan tunggal dan
ganda, dan juga DNA berutasan tunggal.
Kompnen-komponen kimiawi yang terdapat dalam virus
diantaranya: protein yang merupakan bagian terbesar dari kapsid,
lipid, serta karbohidrat karena asam nukleat sendiri mengandung
ribose dan deoksiribosa.
Virus hewan dan tumbuhan diklasifikasikan ke dalam empat
kelompok berdasarkan pada morfologi sebagai berikut: Ikosahedral,
helikal, bersampul, dan kompleks.
Berdasarkan punya tidaknya selubung virus dibedakan menjadi: virus
yang memiliki selubung atau sampul (enveloped virus), contoh:
Herpesvirus, Corronavirus, dan Orthomuxovirus; dan virus yang tidak
memiliki selubung, contoh: Reovirus, Papovirus, dan Adenovirus.

11

LEMBAR KERJA MAHASISWA
Jawablah pertanyaan-pertanyaan berikut:
1. Apa saja yang mendasari adanya identifikasi pada bakteri?
2. Kenapa para ilmuwan lebih tertarik pada klasifikasi mikroorganisme
berdasarkan evolusi teknik taksonomi?
3. Apa yang dimaksud dengan?
a) Spiroket
b) Metanogenik
c) Pleomorfik
d) Prosteka
e) Bakterioklorofil
f) Kemolitotrofik
g) Virion
4. Sebutkan ciri-ciri bakteri spiroket?
5. Sebutkan dua jenis penggolongan Archaebacteri berdasarkan karakteristik
dinding selnya dan jelaskan!
6. Sebutkan jenis virus yang hanya memiliki jenis asam nukleat DNA saja, serta
berikan contohnya!
7. Sebutkan ciri-ciri utama dan sekunder yang digunakan untuk klasifikasi virus
berdasarkan sifatnya?
8. Mengapa virus mengandung karbohidrat?
9. Apa perbedaan bakteriofage tipe D dengan E, kemudian apa juga perbedaan
bakteriofage tipe D dan E dengan Bakteriofage tipe A?
10. Jelaskan perbedaan virus hewan dan tumbuhan berdasarkan kandungan tipe
asam nukleatnya?
11. Sebutkan tahapan pewarnaan gram bakteri?

12