DNA template cetakan yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. Enzim DNA
polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri termofilik Thermus aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfa
t dNTP menempel pada ujung 3’ primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium menstimulasi aktivasi polimerase
Yusuf, 2010. Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: denaturasi awal, denaturasi,
annealing, ekstensi dan ekstensi akhir. Tahap 2 sampai dengan 4 merupakan tahapan berulang siklus, di mana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah
DNA Handoyo dan Rudiretna, 2001.
2.7.1.1. Denaturasi
Pada tahap ini molekul DNA dipanaskan sampai suhu 95 C yang
menyebabkan terjadinya pemisahan untai ganda DNA menjadi untai DNA tunggal. Untai DNA tunggal inilah yang menjadi cetakan bagi untai DNA baru
yang akan dibuat Kusuma, 2010.
Gambar 2.3. Untai DNA mengalami denaturasi. Sumber : Kusuma 2010
2.7.1.2. Penempelan Annealing
Enzim Taq polimerase dapat memulai pembentukan suatu untai DNA baru jika ada seuntai DNA berukuran pendek DNA yang mempunyai panjang
sekitar 10 sampai 30 pasang basa yang menempel pada untai DNA target yang telah terpisah. DNA yang pendek ini disebut primer. Agar suatu primer dapat
menempel dengan tepat pada target, diperlukan suhu yang rendah sekitar 55 C
selama 30-60 detik Kusuma, 2010.
Gambar 2.4. Penempelan primer dengan untai DNA yang telah terdenaturasi. Sumber : Kusuma 2010.
2.7.1.3. Pemanjangan Ektension
Pemanjangan Ektension merupakan langkah setelah primer menempel pada untai DNA target, enzim DNA polimerase akan memanjangkan sekaligus
membentuk DNA yang baru dari komponen primer, DNA cetakan dan nukleotida Kusuma, 2010.
Gambar 2.5. Perpanjangan DNA. Sumber : Kusuma 2010.
Deteksi kuman BTB dengan teknik PCR mempunyai sensitivitas yang amat tinggi. PCR merupakan cara amplifikasi DNA, dalam hal ini DNA
Mycobacterium sp., secara in vitro. Proses ini memerlukan DNA cetakan template untai ganda yang mengandung DNA target, enzim DNA polymerase,
nukleotida trifosfat, dan sepasang primer. Pemeriksaan Mycobacterium sp. dengan teknik PCR cukup baik bila dibandingkan dengan kultur bakteri BTB.
Pemeriksaan Mycobacterium sp. dengan teknik PCR mempunyai keunggulan, yaitu waktu pemeriksaannya relative singkat, yaitu hanya 24 jam saja, sedangkan
pemeriksaan kultur bakteri Mycobacterium sp. membutuhkan waktu 8 – 12
minggu Jasaputra et al., 2005. Teknik tes amplifikasi molekul PCR telah terbukti menjadi alternatif
peneguhan diagnose yang menjanjikan bahkan untuk negara-negara berkembang. Dengan PCR, diagnosis dapat ditegakkan lebih cepat dan proses diagnostik
menjadi tidak rumit, PCR dapat mengurangi keterlambatan baik dalam diagnosis dan awal pengobatan. Bergantung pada standar emas dan faktor metodologis
lainnya, studi menunjukkan sensitivitas PCR mulai dari 77 sampai dengan 95 Lydia et al., 2004.
2.8 Etiologi
