Ekstraksi DNA Bakteri Simbion
26
Inventarisasi Bakteri Simbion Rayap Tanah M. gilvus
Isolasi, Identifikasi Morfologi dan Fisologi Bakteri Simbion
Bakteri yang telah diisolasi dari saluran pencernaan rayap CA Yanlappa- Jasinga dan Kampus IPB Dramaga diperoleh hasil isolasi dengan jumlah yang
berbeda. Bakteri simbion yang berhasil diisolasi dari rayap CA Yanlappa berjumlah 17, sedangkan dari Kampus IPB Dramaga berjumlah 20 isolat yang berasal dari
saluran pencernaan tengah dan belakang Lampiran 7. Isolat bakteri simbion yang diperoleh dari rayap kasta pekerja CA Yanlappa-
Jasinga berjumlah 3 yaitu J4M1, J5P1, dan J5P2, sedangkan dari Kampus IPB Dramaga berjumlah 5 yaitu D4M1, D6P1, D6P2, D6P3, dan D6P5. Semua koloni
bakteri simbion mempunyai karakter berbentuk bulat dan pinggiran yang halus, akan tetapi warna tiap isolat berbeda-beda Tabel 10. Semua isolat bakteri yang
diperoleh bersifat aerobik dan umumnya bersifat Gram negatif, hanya dua isolat yang bersifat Gram positif yaitu J4M1 dan J5P1 Tabel 10.
Bakteri simbion di dalam saluran pencernaan rayap merupakan organisme yang membantu rayap untuk mencerna selulosa sebagai makanan utamanya Li et
al . 2006. Bakteri simbion mendapatkan keuntungan yaitu mendapatkan tempat
perlindungan yang nyaman untuk berkembang biak. Rayap dan bakteri simbion memberikan dan mendapatkan keuntungan satu sama lainnya, sehingga terjalin
sinergi diantara keduanya. Kehidupan rayap sangat bergantung pada mikrob simbion di dalam saluran pencernaannya Eutick et al. 1978; Bignell 2000.
Tabel 10 Hasil karakterisasi morfologi dan fisiologi bakteri simbion dari kasta pekerja rayap M. gilvus dari CA Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB
Dramaga Kode isolat
Karakter Morfologi
Fisiologi Warna
Bentuk Pinggiran Gram
Aerobik Cagar Alam Yanlappa-Jasinga
J4M1 Putih
Bulat Halus
+ √
J5P1 Kuning
Bulat Halus
+ √
J5P2 Krem
kekuningan Bulat
Halus -
√ Kampus IPB Dramaga
D4M1 Putih susu
Bulat Halus
- √
D6P1 Putih
bening Bulat
Halus -
√ D6P2
Putih susu mengkilat
Bulat Halus
- √
D6P3 Kuning
kejinggaan Bulat
Halus -
√ D6P5
Kuning Bulat
Halus -
√
Keterangan: J: CA Yanlappa-Jasinga, D: Dramaga, M: saluran pencernaan tengah midgutmesenteron, P: saluran pencernaan belakang hindgutproktodeum
Identifikasi Bakteri Simbion dengan Teknik Molekuler
Primer universal digunakan untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA pada bakteri simbion hasil karakterisasi morfologi dan fisiologi. Pita DNA pada sumuran
1-8 merupakan hasil amplifikasi DNA gen 16S rRNA bakteri menggunakan primer universal. Pita pada sumuran 1-8 mempunyai posisi + 1500 pb yaitu berad
a segaris dengan posisi marker di posisi 1500 pb Gambar 11.
Gambar 11 Hasil amplifikasi gen 16S rRNA dari bakteri simbion asal rayap CA Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB-Dramaga
Keterangan: Sumuran 1-8 dan M merupakan kode isolat J4M1, J5P1, J5P2, D4M1, D6P1, D6P2, D6P3, D6P5, dan Marker 1kb
Tabel 11 Homologi sekuen gen 16S rRNA bakteri simbion hasil isolasi rayap M. gilvus
dari CA Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB Dramaga Kode
isolat Homologi
No. aksesi Query
cover e-value
Max- Ident
J4M1 P. naphthalenovorans
NR_028817 99
0.0 98
J5P1 K. palustris
KC581675 95
0.0 96
J5P2 Stenotrophomonas sp.
KF542918 89
0.0 94
D4M1 E. coli CP007394
100 0.0
99 D6P1
Kluyvera sp.
AF176564 97
0.0 98
D6P2 Ochrobactrum sp.
KF737368 96
0.0 98
D6P3 Chryseobacterium
sp. EU500825 99
0.0 99
D6P5 P.nitroreducens
EU500825 99
0.0 98
Analisis homologi sekuen gen 16S rRNA dari bakteri simbion tersebut menunjukkan tingkat homologi yang tinggi. Isolat dengan kode J4M1, J5P1, J5P2,
D4M1, D6P1, D6P2, D6P3, dan D6P5 secara berurutan mempunyai homologi dengan Paenibacillus naphthalenovorans, Kocuria palustris, Stenotrophomonas
1500 pb 1500 pb
1000 pb 750 pb
500 pb 250 pb
1 2
3 4
5 6
7 8
M 27