Ekstraksi DNA Bakteri Simbion

26 Inventarisasi Bakteri Simbion Rayap Tanah M. gilvus Isolasi, Identifikasi Morfologi dan Fisologi Bakteri Simbion Bakteri yang telah diisolasi dari saluran pencernaan rayap CA Yanlappa- Jasinga dan Kampus IPB Dramaga diperoleh hasil isolasi dengan jumlah yang berbeda. Bakteri simbion yang berhasil diisolasi dari rayap CA Yanlappa berjumlah 17, sedangkan dari Kampus IPB Dramaga berjumlah 20 isolat yang berasal dari saluran pencernaan tengah dan belakang Lampiran 7. Isolat bakteri simbion yang diperoleh dari rayap kasta pekerja CA Yanlappa- Jasinga berjumlah 3 yaitu J4M1, J5P1, dan J5P2, sedangkan dari Kampus IPB Dramaga berjumlah 5 yaitu D4M1, D6P1, D6P2, D6P3, dan D6P5. Semua koloni bakteri simbion mempunyai karakter berbentuk bulat dan pinggiran yang halus, akan tetapi warna tiap isolat berbeda-beda Tabel 10. Semua isolat bakteri yang diperoleh bersifat aerobik dan umumnya bersifat Gram negatif, hanya dua isolat yang bersifat Gram positif yaitu J4M1 dan J5P1 Tabel 10. Bakteri simbion di dalam saluran pencernaan rayap merupakan organisme yang membantu rayap untuk mencerna selulosa sebagai makanan utamanya Li et al . 2006. Bakteri simbion mendapatkan keuntungan yaitu mendapatkan tempat perlindungan yang nyaman untuk berkembang biak. Rayap dan bakteri simbion memberikan dan mendapatkan keuntungan satu sama lainnya, sehingga terjalin sinergi diantara keduanya. Kehidupan rayap sangat bergantung pada mikrob simbion di dalam saluran pencernaannya Eutick et al. 1978; Bignell 2000. Tabel 10 Hasil karakterisasi morfologi dan fisiologi bakteri simbion dari kasta pekerja rayap M. gilvus dari CA Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB Dramaga Kode isolat Karakter Morfologi Fisiologi Warna Bentuk Pinggiran Gram Aerobik Cagar Alam Yanlappa-Jasinga J4M1 Putih Bulat Halus + √ J5P1 Kuning Bulat Halus + √ J5P2 Krem kekuningan Bulat Halus - √ Kampus IPB Dramaga D4M1 Putih susu Bulat Halus - √ D6P1 Putih bening Bulat Halus - √ D6P2 Putih susu mengkilat Bulat Halus - √ D6P3 Kuning kejinggaan Bulat Halus - √ D6P5 Kuning Bulat Halus - √ Keterangan: J: CA Yanlappa-Jasinga, D: Dramaga, M: saluran pencernaan tengah midgutmesenteron, P: saluran pencernaan belakang hindgutproktodeum Identifikasi Bakteri Simbion dengan Teknik Molekuler Primer universal digunakan untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA pada bakteri simbion hasil karakterisasi morfologi dan fisiologi. Pita DNA pada sumuran 1-8 merupakan hasil amplifikasi DNA gen 16S rRNA bakteri menggunakan primer universal. Pita pada sumuran 1-8 mempunyai posisi + 1500 pb yaitu berad a segaris dengan posisi marker di posisi 1500 pb Gambar 11. Gambar 11 Hasil amplifikasi gen 16S rRNA dari bakteri simbion asal rayap CA Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB-Dramaga Keterangan: Sumuran 1-8 dan M merupakan kode isolat J4M1, J5P1, J5P2, D4M1, D6P1, D6P2, D6P3, D6P5, dan Marker 1kb Tabel 11 Homologi sekuen gen 16S rRNA bakteri simbion hasil isolasi rayap M. gilvus dari CA Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB Dramaga Kode isolat Homologi No. aksesi Query cover e-value Max- Ident J4M1 P. naphthalenovorans NR_028817 99 0.0 98 J5P1 K. palustris KC581675 95 0.0 96 J5P2 Stenotrophomonas sp. KF542918 89 0.0 94 D4M1 E. coli CP007394 100 0.0 99 D6P1 Kluyvera sp. AF176564 97 0.0 98 D6P2 Ochrobactrum sp. KF737368 96 0.0 98 D6P3 Chryseobacterium sp. EU500825 99 0.0 99 D6P5 P.nitroreducens EU500825 99 0.0 98 Analisis homologi sekuen gen 16S rRNA dari bakteri simbion tersebut menunjukkan tingkat homologi yang tinggi. Isolat dengan kode J4M1, J5P1, J5P2, D4M1, D6P1, D6P2, D6P3, dan D6P5 secara berurutan mempunyai homologi dengan Paenibacillus naphthalenovorans, Kocuria palustris, Stenotrophomonas 1500 pb 1500 pb 1000 pb 750 pb 500 pb 250 pb 1 2 3 4 5 6 7 8 M 27