Definisi 8 Chromatic number
Chromatic number dari suatu graf adalah banyaknya warna minimum yang dapat
digunakan dalam pewarnaan graf dan
dinotasikan dengan .
Vasudev 2007
Definisi 9 Graf Perfect
Graf perfect adalah suatu graf yang mempunyai clique number dan chromatic
number yang sama .
Chartrand Oellermann 1995
2.2 Protein
Protein merupakan polimer yang dibentuk dari rangkaian asam-asam amino, yaitu
molekul organik yang memiliki gugus karboksil COOH dan gugus amino NH
2
Campbell et al. 2004. Dua asam amino yang diposisikan sedemikian rupa sehingga gugus
karboksil dari satu asam amino berdekatan dengan gugus amino dari asam amino yang
lain akan membentuk suatu ikatan kovalen yang disebut ikatan peptida. Jika proses itu
dilakukan
berulang-ulang, maka
akan menghasilkan polipeptida, suatu polimer yang
terdiri dari banyak asam amino yang berikatan melalui ikatan peptida.
Jenis protein sangat beragam, tetapi semua molekulnya dibangun dari kumpulan 20 asam
amino yang sama dengan urutan asam amino yang khas dan berbeda. Hal ini disebabkan
karena kondisi fisik dan kimiawi lingkungan protein tersebut. Perbedaan urutan asam
amino yang unik di sepanjang rantai polipeptida menentukan konformasi bentuk-
bentuk molekul tiga dimensi apa yang akan diambil oleh protein tersebut. Banyak protein
berbentuk globuler secara kasar agak bulat, sementara yang lain bentuknya seperti serat.
Protein adalah
makromolekul yang
mempunyai struktur paling kompleks. Bentuk arsitektur kompleks protein terdiri dari tiga
tingkatan struktur yang saling berimpitan yaitu struktur primer, sekunder dan tersier.
Struktur primer terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida dan
mempunyai urutan yang spesifik. Struktur sekunder adalah pelipatan atau pelilitan
polipeptida dalam konfigurasi berulang, seperti
α-heliks dan lembaran berlipat-lipat β-sheet yang dihasilkan dari pembentukan
ikatan hidrogennya. Struktur tersier adalah keseluruhan bentuk tiga dimensi suatu
polipeptida dan dihasilkan dari interaksi antara rantai-rantai samping asam amino.
Tingkatan keempat, yaitu struktur kuartener yang terjadi ketika suatu protein terdiri atas
dua atau lebih rantai polipeptida Campbell et al. 2004.
Protein dapat
mengalami pelipatan
folding. Pelipatan protein memengaruhi konformasi tiga dimensi dalam rangkaian
polipeptida yang mengakibatkan adanya hubungan contact asam-asam amino antara
satu protein ke protein lain. Hubungan contact ini disebabkan adanya kesamaan sifat fisik
dan kimiawi antara asam-asam aminonya.
Gambar 5 Tingkatan struktur protein primer atas sampai dengan kuartener bawah
III MASALAH CONTACT MAP OVERLAP
3.1 Contact Map Protein
