I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Protein merupakan
salah satu
bio- makromolekul yang penting peranannya
dalam makhluk hidup. Protein terbentuk dari rangkaian asam-asam amino yang terikat satu
sama lain dalam ikatan peptida. Urutan asam amino
yang khas
dan berbeda
akan memengaruhi konformasi tiga dimensi 3D
dalam struktur tersier pada setiap jenis protein. Ketika suatu polipeptida dalam protein
melipat, asam amino yang tidak berturutan di dalam rangkaian aslinya dapat juga sangat
dekat dan membentuk suatu hubungan contact antara satu sama lain yang diakibatkan oleh
pengaruh fisik dan kimiawi protein tersebut. Hubungan contact yang terjadi dalam struktur
tersier tersebut dapat direpresentasikan secara simetri sebagai contact map.
Contact map
dalam protein
dapat dinyatakan sebagai suatu graf takberarah yang
merepresentasikan secara singkat struktur tiga dimensi
dari protein
dengan verteks
menyatakan asam amino dan sisi antara dua verteks menyatakan keadaan dua asam amino
yang mengalami contact. Pada contact map yang ekuivalen dalam dua protein, akan
terdapat suatu alignment yang menunjukkan suatu ikatan antara contact-contact dalam
protein pertama dengan contact-contact dalam protein kedua. Setiap pasangan contact
tersebut dinamakan overlap. Masalah Contact Map Overlap CMO
bertujuan mengukur kesamaan antara dua struktur
tersier protein
dengan membandingkan kedekatan asam amino yang
tidak berturutan. Solusinya adalah dengan menentukan jumlah overlap maksimum yang
dapat terbentuk. Model masalah Contact Map Overlap dari alignment struktur protein dapat
digambarkan sebagai masalah maksimum clique dalam suatu kasus pendefinisian graf.
Sebuah clique dalam graf adalah subgraf dengan sifat bahwa setiap pasang verteksnya
terhubung oleh sisi.
Dalam karya ilmiah ini akan dibahas masalah Contact Map Overlap yang optimal
pada protein dengan menggunakan metode maksimum clique. Sumber utama karya ilmiah
ini diambil dari jurnal yang berjudul Optimal Protein Structure Alignment Using Maximum
Cliques Dawn M Strickland et al. 2005. 1.2 Tujuan Penulisan
Tujuan penulisan karya ilmiah ini ialah sebagai berikut :
1. Menyelesaikan masalah CMO pada protein dengan cara mencari clique maksimum
dalam suatu masalah graf. 2. Memberikan studi kasus untuk mencari
solusi yang optimal dalam masalah CMO.
II LANDASAN TEORI
2.1 Graf Definisi 1 Graf