Latar Belakang Pengoptimuman Alignment Struktur Protein Menggunakan Clique Maksimum

I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Protein merupakan salah satu bio- makromolekul yang penting peranannya dalam makhluk hidup. Protein terbentuk dari rangkaian asam-asam amino yang terikat satu sama lain dalam ikatan peptida. Urutan asam amino yang khas dan berbeda akan memengaruhi konformasi tiga dimensi 3D dalam struktur tersier pada setiap jenis protein. Ketika suatu polipeptida dalam protein melipat, asam amino yang tidak berturutan di dalam rangkaian aslinya dapat juga sangat dekat dan membentuk suatu hubungan contact antara satu sama lain yang diakibatkan oleh pengaruh fisik dan kimiawi protein tersebut. Hubungan contact yang terjadi dalam struktur tersier tersebut dapat direpresentasikan secara simetri sebagai contact map. Contact map dalam protein dapat dinyatakan sebagai suatu graf takberarah yang merepresentasikan secara singkat struktur tiga dimensi dari protein dengan verteks menyatakan asam amino dan sisi antara dua verteks menyatakan keadaan dua asam amino yang mengalami contact. Pada contact map yang ekuivalen dalam dua protein, akan terdapat suatu alignment yang menunjukkan suatu ikatan antara contact-contact dalam protein pertama dengan contact-contact dalam protein kedua. Setiap pasangan contact tersebut dinamakan overlap. Masalah Contact Map Overlap CMO bertujuan mengukur kesamaan antara dua struktur tersier protein dengan membandingkan kedekatan asam amino yang tidak berturutan. Solusinya adalah dengan menentukan jumlah overlap maksimum yang dapat terbentuk. Model masalah Contact Map Overlap dari alignment struktur protein dapat digambarkan sebagai masalah maksimum clique dalam suatu kasus pendefinisian graf. Sebuah clique dalam graf adalah subgraf dengan sifat bahwa setiap pasang verteksnya terhubung oleh sisi. Dalam karya ilmiah ini akan dibahas masalah Contact Map Overlap yang optimal pada protein dengan menggunakan metode maksimum clique. Sumber utama karya ilmiah ini diambil dari jurnal yang berjudul Optimal Protein Structure Alignment Using Maximum Cliques Dawn M Strickland et al. 2005. 1.2 Tujuan Penulisan Tujuan penulisan karya ilmiah ini ialah sebagai berikut : 1. Menyelesaikan masalah CMO pada protein dengan cara mencari clique maksimum dalam suatu masalah graf. 2. Memberikan studi kasus untuk mencari solusi yang optimal dalam masalah CMO. II LANDASAN TEORI

2.1 Graf Definisi 1 Graf