III MASALAH CONTACT MAP OVERLAP
3.1 Contact Map Protein
Struktur tersier protein menggambarkan konformasi tiga dimensi 3D yang dapat
disederhanakan menjadi dua dimensi melalui contact map antar asam amino. Ahli biologi
mendefinisikan contact map dalam protein sebagai graf takberarah yang berisi satu
verteks untuk satu asam amino dan sisi antara dua verteks menyatakan bila antara dua asam
amino yang tidak berturutan dalam keadaan “in contact”, yaitu jika karbon alfa dari dua
asam amino yang tidak berturutan sangat dekat satu sama lain dalam struktur tersier
protein.
Ketika protein melipat, ikatan peptida memaksa asam-asam amino yang berturutan
dalam rangkaian aslinya pun dapat juga sangat dekat antara satu sama lain dalam struktur
tersier. Dikarenakan asam amino dan
berturutan, mereka saling berbagi ikatan peptida dan secara otomatis mengalami
contact. Namun contact yang demikian tidak dianggap
dan tidak
dibahas dalam
permasalahan ini. Secara matematika, Erik Bernstein 2008
mendefinisikan contact map dari suatu rangkaian polipeptida
yang mengandung
asam amino dapat direpresentasikan
sebagai suatu
graf takberarah
dengan himpunan verteks
dan sebagai
himpunan sisi , dengan syarat:
Misalkan diberikan dua protein, yaitu protein A dan protein B yang masing-masing
memiliki 6 asam amino. Pada protein A, asam amino 1 mengalami contact dengan asam
amino 3 dan 4, tetapi tidak dengan asam amino 2, 5 dan 6. Selanjutnya contact lain
terjadi pada asam amino 2 dengan 6, asam amino 3 dengan 1 dan 5, serta asam amino 4
dengan 1 dan 6.
Pada protein B, asam amino 1 mengalami contact dengan asam amino 2 dan 4, tetapi
tidak dengan asam amino 3, 5 dan 6. Selanjutnya contact lain terjadi pada asam
amino 2 dengan 1 dan 5, asam amino 3 dengan 6, serta asam amino 4 dengan 1 dan 6.
Sehingga didapatkan protein A dan protein B sama-sama memiliki 5 contact map yang
dapat dilihat pada Gambar 6 berikut.
Protein A
1 2
3 4
5 6
Protein B
1 2
3 4
5 6
Gambar 6 Contact map protein A dan B.
3.2 Contact Map Overlap
Kategori