C. Kelengkapan Penelitian
1. Bahan visualisasi didapatkan dari
PDB www.rcsb.org dan
ZDD berupa struktur 3 dimensi 3D Irwin dan Schoichet, 2005; Irwin, Sterling, Mysinger, Bolstad,
dan Coleman, 2012. 2.
Berkas konfigurasi water_plantsconfig didapatkan dari hasil penelitian Anita
et al.
2012 dan config.txt didapatkan dari hasil penelitian Radifar
et al.
2013 3.
Penelitian ini menggunakan seperangkat alat kimia komputasi pharmacomp.usd di Laboratorium Virtual Universitas Sanata Dharma HP
Proliant ML1|0-67 dengan spesifikasi prosesor Intel Xeon® E31220 3.10 GHz dan
random acess memory
RAM 8GB terinstal sistem operasi Ubuntu 12.04, versi kernel 3.5.0-23-genetic dan aplikasi-aplikasi berikut: Open Babel
2.2.3 O’Boyle
et al.
, 2011, SPORES Ten Brink dan Exner, 2009, PLANTS 1.2 Korb
et al.
, 2009, PyPLIF Radifar
et al.
, 2013, PyMOL1.2rl Lill dan Danielson, 2011, dan R 2.14.0 R Development Core Team, 2008.
D. Tata Cara Penelitian
1. Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen
Ligan 4-hidroksi-tamoxifen ditambatkan pada RE α sebanyak 1000 kali
dengan tiga replikasi. Setelah itu, hasil penambatan dilakukan identifikasi sidik jari interaksi menggunakan aplikasi PyPLIF Radifar
et al.
, 2013 dilanjutkan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 Radifar
et al.
, 2013 dan pengurutan nilai yang didapatkan. Luaran yang didapat terbagi menjadi empat
bagian: i nilai Tc-PLIF disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, ii nilai Tc-
PLIF tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, iii nilai ChemPLP disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, dan iv nilai ChemPLP tidak
disaring ikatan hidrogen dengan Asp351.
2. Analisis Hasil Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen
Pose dengan nilai terbaik dari masing-masing bagian luaran dipilih sebagai pose standar untuk menghitung nilai RMSD di masing-masing bagian
tersebut secara berurutan dimulai dari nomor i sampai poin iv. Pengambilankeputusan ditampilkan pada Gambar 3.
Gambar 3. Diagram pengambilan keputusan
Simulasi yang dilakukan pada daidzein disesuaikan dengan bagian data yang dinyatakan valid dari Gambar 3 di atas.
3. Persiapan Perlakuan Daidzein
Dilakukan pengunduhan senyawa daidzein dari ZDD Irwin dan Schoichet, 2005; Irwin
et al.
, 2012 dengan kode ZINC18847034 dan disiapkan dengan menggunakan Open Babel O’Boyle
et al.
, 2011 dan SPORES Ten Brink dan Exner, 2009.
4. Penambatan Daidzein
Daidzein ditambatkan pada RE α sebanyak 1000 kali dengan tiga
replikasi. Setelah itu, hasil penambatan dilakukan identifikasi sidik jari interaksi menggunakan aplikasi PyPLIF Radifar
et al.
, 2013 dilanjutkan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 Radifar
et al.
, 2013 dan pengurutan dari nilai yang didapatkan. Pengurutan hanya dilakukan pada
bagian data yang telah dinyatakan valid dari Gambar 3.
5. Analisa Statistik
Kategori