yang dihasilkan sangat memiliki kecocokan dengan pose struktur ligan kokristal Schlosser, 2010
. Hasil dari penambatan molekul dengan aplikasi PLANTS 1.2 Korb,
Stutzle, dan Exner, 2009 menghasilkan luaran berupa pose penambatan dan nilai ChemPLP yang akan digunakan sebagai masukkan untuk aplikasi PyPLIF
Radifar
et al.
, 2013. ChemPLP merupakan
scoring function
dari hasil penambatan molekular yang bekerja dengan menilai interaksi yang ada
berdasarkan gaya tarik-menarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan Korb
et al.
, 2009. Nilai ini telah terbukti lebih efektif daripada
scoring function
lainnya untuk memprediksi pose dan penapisan virtual Liebeschuetz, Cole, dan Korb,
2012.
G. Sidik Jari Interaksi
Sidik jari interaksi SJI adalah metode yang dapat mengubah interaksi molekular dari ligan-protein 3D menjadi susunan bit 1D berdasarkan senyawa
yang dianalisa dan tipe interaksinya, yakni tipe non polar
van der waals
, interaksi aromatik
face to face
, interaksi aromatik
face to edge
, ikatan hidrogen protein sebagai donor ikatan hidrogen, ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
ikatan hidrogen, interaksi elektrostatik protein positif, dan interaksi elektrostatik protein negatif dengan hasil 1 senyawa yang dianalisa memiliki
tipe interaksi yang sama dengan ligan kokristal dan 0 senyawa yang dianalisa tidak memiliki tipe interaksi yang sama dengan ligan kokristal Radifar, 2013.
Susunan bit ligan daidzein maupun ligan standar yang telah didapat dari SJI, selanjutnya dapat dianalisa menggunakan perhitungan
Tanimoto Coefficient
Tc. Tc merupakan sebuah perhitungan sederhana yang menunjukkan ukuran kemiripan aktivitas senyawa-senyawa kimia Ahmed, 2011. Dalam perhitungan
ini dihasilkan nilai dengan rentang 0,000 yang berarti tidak ada kemiripan sampai 1,000 yang berarti keduanya memiliki kemiripan Radifar, 2013.
Protokol yang dikembangkan oleh Anita
et al.
2012 telah ditingkatkan kualitas penapisannya dengan penilaian ulang menggunakan nilai
Tanimoto Coefficient-Protein Ligand Interaction Finger Print
Tc-PLIF yang merupakan hasil identifikasi SJI protein-ligan dan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan
Asp351 dengan aplikasi
Python-based Protein Ligand Interaction Finger Print
PyPLIF oleh Radifar
et al.
2013. Protokol ini melakukan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 karena asam amino ini merupakan jangkar dari
ligan-ligan RE α dengan kata lain semua ligan bagi REα pasti mempunyai ikatan
hidrogen dengan Asp351. Selain itu, dengan disaring ikatan hydrogen dengan Asp351, nilai EF
1
meningkat secara signifikan menjadi 53,8 Radifar
et al.
, 2013. Suatu senyawa dapat dikatakan sebagai ligan dari RE
α jika memiliki nilai Tc-PLIF yang lebih besar atau sama dengan 0,600 nilai standar
Rognan dan Marcou, 2007.
H. Landasan Teori
