Simulasi yang dilakukan pada daidzein disesuaikan dengan bagian data yang dinyatakan valid dari Gambar 3 di atas.
3. Persiapan Perlakuan Daidzein
Dilakukan pengunduhan senyawa daidzein dari ZDD Irwin dan Schoichet, 2005; Irwin
et al.
, 2012 dengan kode ZINC18847034 dan disiapkan dengan menggunakan Open Babel O’Boyle
et al.
, 2011 dan SPORES Ten Brink dan Exner, 2009.
4. Penambatan Daidzein
Daidzein ditambatkan pada RE α sebanyak 1000 kali dengan tiga
replikasi. Setelah itu, hasil penambatan dilakukan identifikasi sidik jari interaksi menggunakan aplikasi PyPLIF Radifar
et al.
, 2013 dilanjutkan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 Radifar
et al.
, 2013 dan pengurutan dari nilai yang didapatkan. Pengurutan hanya dilakukan pada
bagian data yang telah dinyatakan valid dari Gambar 3.
5. Analisa Statistik
Nilai Tc-PLIF disaring ikatan hidrogen dengan Asp351 yang didapat kemudian dianalisa secara statistik taraf kepercayaan 95 dengan
menggunakan uji normalitas tidak berpasangan Shapiro-Wilk, uji Variansi, T- test bila didapatkan sebaran data normal dan Wilcoxon test bila didapatkan
sebaran data tidak normal pada R 2.14.0 R Development Core Team, 2008. Daidzein dapat dikatakan sebagai ligan dari R
Eα jika nilai Tc-PLIF-nya lebih besar atau sama dengan nilai standar 0,600
Rognan dan Marcou, 2007. .
6. Elusidasi Pose Ikatan Daidzein pada REα
Pose penambatan dengan nilai ChemPLP terbaik dipilih jika dalam penambatan terdapat lebih dari satu nilai ChemPLP terbaik, maka diambil nilai
yang mempunyai nilai Tc-PLIF yang lebih baik sebagai pose standar dalam memeriksa nilai RMSD. Jika nilai RMSD 2 Å yang didapat lebih dari 95
data, maka pose yang divisualisasikan adalah pose standar. Namun, jika nilai RMSD 2 Å yang didapat tidak lebih dari 95 data, maka data
dikelompokkan menggunakan metode pengelompokkan
k
-
means clustering
pada R 2.14.0 R Development Core Team, 2008 dan pose yang memiliki nilai median dari masing-masing kelompok dipilih sebagai pose yang akan
divisualisasikan dengan PyMOL1.2rl Lill dan Danielson, 2011.
21
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen
Tahap penambatan ulang 4-hidroksi-tamoxifen ini bertujuan untuk melakukan validasi internal terhadap protokol yang digunakan. Hasil awal
yang diperoleh adalah pose hasil penambatan molekul, nilai ChemPLP, dan nilai Tc-PLIF. Hasil awal yang didapatkan diproses lebih lanjut dengan
melakukan pengurutan nilai ChemPLP dan Tc-PLIF yang disaring ikatan hidrogen dengan Asp351 maupun yang tidak disaring ikatan hidrogen dengan
Asp351. Penyaringan pada interaksi ikatan hidrogen dengan Asp351 dilakukan karena dipercaya mampu meningkatkan kualitas penapisan virtual
yang dilakukan Radifar
et al.,
2013. Hasil akhir yang didapatkan dari tahap ini terbagi menjadi empat bagian: i nilai Tc-PLIF disaring ikatan hidrogen
dengan Asp351, ii nilai Tc-PLIF tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, iii nilai ChemPLP disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, dan
iv nilai ChemPLP tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp351 yang masing-masing bagiannya berisi 3000 data.
B. Analisis Hasil Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen
Analisis hasil yang dilakukan pada tahap ini adalah berupa penghitungan nilai RMSD dari masing-masing bagian yang didapatkan. Perbandingan
dilakukan antara pose dengan nilai terbaik dari setiap penambatan terhadap
